재건축에 따른 공동사업의 분양수입에 대응하는 현물출자 토지가액을 취득시 가액으로 하여 필요경비에 산입한 처분이 정당한지 여부

○○세무서장이 99.3.10자로 청구인에게 결정 고지한 '97과세년도 종합소득세 8,604,760원은 청구인 등 48인이 소유하고 있던 ○○시 ○○구 ○동 ○○번지 31호 ○○연립주택 48호 전체를 삼호연립재건축조합에 현물출자한 '94.10.20 현재의 토지 기준시가를 취득가액으로 공제하여 삼호연립재건축조합의 공동사업소득금액으로 계산하고, 공동사업소득금액을 청구인의 손익분배비율로 분배한 소득금액과 근로소득금액을 합산한 가액을 종합소득금액으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○동 1i번지 31호에 있던 ○○연립주택의 소유자 48인 중 1인으로서, 연립주택 48호 전체(이하 "쟁점부동산"이라 한다)가 재건축하기 위하여 "삼보연립재건축조합" (이하 "쟁점조합" 이라 한다)을 결성하고, 당시 관할이었던 도봉구청장으로부터 '94.10.20 설립인가를 받은 후, 국민주택규모 미만의 아파트 99호와 상가를 신축하여 '97.5.31 준공하였으며, 조합원이 소유하던 연립주택 48호를 초과하는 아파트 51호와 상가(이하 "쟁점사업장" 이라 한다)를 '97년에 분양한 후, 그 부수토지의 취득가액으로 '95.6.9자 한국감정원과 나라감정평가법인의 감정가액의 산술평균가액인 5,025,728,000원(이하 "감정가액" 이라 한다)을 취득가액으로 하여 계산한 사업소득금액 △514,173,570원 중 공동사업자인 청구인에게 분배된 금액 △10,711,949원과 근로소득 23,894,705원을 합산하여 청구인이 '97년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고를 '98.5.31 함에 대하여, 처분청은 조합원들의 당초 삼보연립주택 취득 당시의 기준시가를 그 부수토지의 취득가액으로 계산한 사업소득금액 중 공동사업자인 청구인에게 분배된 금액 23,894,705원(이하 "쟁점소득" 이라 한다)을 청구인의 근로소득과 합산하여 종합소득세과세표준과 그 세액을 경정하고 청구인에게 99.3.10 97과세년도 종합소득세 8,604,760(이하 "쟁점세액" 이라 한다)을 결정고지하였다. 이에 불복하여 청구인은 99.4.2 심사청구하였다.

쟁점조합에서 쟁점사업장의 부수토지를 취득한 시점은 조합원들이 쟁점조합에 신탁등기해 준 때이며, 신탁등기 당시인 '95.6.9의 감정가액을 취득가액으로 하여 쟁점 사업장의 사업소득금액을 계산하여야 함에도, 조합원들의 각각 다른 취득시기의 기준시가를 취득가액으로 하여 계산한 쟁점소득과 근로소득을 합산하여 종합소득세를 과세한 당초의 처분은 부당하다.

재건축조합이 일반분양하는 아파트와 상가의 분양대금이 총수입금액이며, 그 수입금액에 대응하는 필요경비 중 토지가액은 조합원들이 당초 취득할 때의 토지가액 상당액으로 하는것이며, 또한, 조합원들의 당초 토지취득가액이 불분명하므로, 소득세법기본통칙 39-21호 규정에 따라 조합원들의 당초에 취득할 당시의 토지 기준시가에 등록세와 취득세 상당액을 가산한 금액을 토지의 취득가액으로 필요경비 공제하고 계산된 쟁점소득으로 과세한 당초의 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 공동사업자인 재건축조합에 대한 사업소득금액을 계산함에 있어서, 조합원들이 현물출자한 토지의 정당한 취득가액을 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 종합소득세 과세표준의 경정에 대하여, 소득세법('96.12.30 법률 제5191호 개정분, 이하 같다) 제80조 제2항의 규정에서 『납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때(외는 생략)에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.(이하생략)』라고 규정하고 있고, 사업소득금액을 계산할 때의 필요경비 계산에 대하여, 같은법 제27조 제1항의 규정에서 『필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용의 합계액으로 한다』라고 규정하면서, 사업소득의 각 과세연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비로 같은법시행령 ('96.12.31 대통령령 제15191호 개정분, 이하 같다) 제55조 제1항에서 다음을 포함하고 있다. 제1호 - 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격과 그 부대비용. 이 경우 사업용 외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 함. 제2호 - 부동산의 양도당시의 장부가액(부동산매매업의 경우에 한한다). 이 경우 사업용 외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 함. 또한, 부동산(토지와 건물)의 취득가액을 계산할 수 없는 경우의 취득가액 계산에 대하여, 같은법 제39조【총수입금액과 필요경비의 귀속연도 등】와 같은령 제89조【자산의 취득가액 등】및 같은법 기본통칙 39-21호에서 『취득당시의 법 제99조 및 영 제164조의 규정에 의한 기준시가로 평가한 가액에 취득당시의 지방세법에 의하여 계산한 등록세 ․ 취득세 상당액을 가산한 금액을 그 취득가액으로 한다』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 재건축주택등이 재건축되기 전에 있던 삼보연립주택 48호 중에 1호를 보유하던 청구인은 전체 48호를 같이 재건축하기 위하여 결성한 쟁점조합의 조합원으로서, 조합원들이 소유하던 삼보연립주택의 부수토지를 모두가 쟁점조합에 현물출자하여 재건축하기위하여 재건축조합설립인가 신청을 하였고, 관할이었던 도봉구청장으로부터 '94.10.20 조합인가 받았다. 쟁점조합은 쟁점사업장의 대지 3,3064.4㎡에 국민주택규모 미만인 아파트 32평형 48호와 26평형 51호 계 99호의 아파트와 상가를 지어 26평형 아파트 51호와 상가를 '97년도에 일반분양한 후에, 사업소득을 계산하면서, 조합원들이 그 부수토지를 쟁점조합에 신탁등기하던 당시인 '95.6.9 현재를 기준으로 한 감정평가가격, 한국감정원의 4,860,408,000원과 나라감정평가법인의 5,191,048,000원의 산술평균가액 5,025,728,000원을 토지의 취득가액으로 하여 쟁점사업장의 소득금액을 계산하였고, 쟁점사업장에 대한 청구인의 손익배분비율에 따라 계산 ․ 분배된 △10,711,950원을 쟁점사업장에서 발생한 청구인의 소득금액으로 하고, 근로소득과 합산하여 '97년귀속종합소득세 과세표준확정신고하였으나, 분청에서는 조합원들이 당초에 연립주택을 취득할 당시의 기준시가를 합한 금액을 부수토지의 취득가액으로 하여 계산한 쟁점소득을 근로소득과 합산하여 쟁점세액을 경정ㆍ고지하였다. 재건축조합원이 공동사업자의 지위로 쟁점조합에 토지를 현물출자한 경우로서, 현물출자받은 토지 위에 아파트를 재건축하고, 아파트 분양수입에 대한 소득금액을 계산함에 있어서, 필요경비로 공제하는 부수토지의 취득가액에 대하여 살펴본다.

(1) 쟁점조합에서 부수토지에 대한 소유권을 가지는 시기, 즉, 취득시기를 살펴보면, 공동사업자인 조합원들이 쟁점조합에 현물출자하기로 하는 계약체결내용에 따라서 조합원들이 현물출자하는 시기가 쟁점조합에서는 취득시기가 될 것이나(같은뜻: 국심 87서 214, '87.5.23), 청구인과 쟁점조합에서 현물출자시기를 확인할 수 있는 증거서류를 제시하지 아니하고 있고, 관할이었던 도봉구청장이 쟁점조합을 재건축주택조합으로 '94.10.20 설립인가하였음이 확인되므로, 재건축주택조합설립인가일 당시에는 현물출자되었음을 알 수 있다.

(2) 현물출자 당시의 청구인의 출자가액 즉, 쟁점조합의 취득가액을 살펴보면, 실제거래가액을 확인할 수 있는 증거서류를 청구인과 쟁점조합에서 제시하지 아니하여, 쟁점조합에서 부수토지의 취득가액을 알 수 없으므로, 같은통칙 39-21호의 규정에 따라서, 취득당시의 기준시가로 평가한 가액에 취득당시의 지방세법에 의하여 계산한 등록세ㆍ취득세 상당액을 가산한 금액을 그 취득가액으로 하여야 함을 알 수 있다. 부수토지에 대한 신탁등기일을 취득시기로 보아야 하고, 신탁등기 당시인 '95.6.9자 감정가액을 정상가액으로 보아 그 감정가액을 부수토지의 취득가액으로 하여 쟁점사업장의 소득금액을 계산하여야 한다는 청구주장을 살펴보면, 취득시기로 보는 쟁점조합의 설립인가일인 '94.10.20자 감정가액이 아닌, 신탁등기 당시인 '95.6.9자 감정가액이므로, 취득일 기준이 아닌 감정가액을 실지거래가액으로 볼 수 있는지를 심리할 필요가 없다고 할 것이다. 그렇다면, 쟁점조합의 설립인가일인 '94.10.20을 쟁점사업장 부수토지의 취득시기로 보아야 하고, 쟁점조합에서 부수토지를 취득한 날인 '94.10.20 현재의 기준시가로 계산한 금액을 쟁점사업장의 총수입금액에 대응하는 토지의 취득가액으로 공제하여 사업소득금액을 계산하지 아니한 처분청의 당초 처분은 잘못이라고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.