토지개발분양사업자가 개발한 토지중 일부를 분양하는 경우 개발관련 부담한 자발적지출 및 제세공과금을 면적 및 공시지가 기준으로 필요경비에 산입한 처분이 맞는지

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인 등 8인은 공동소유인 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지. 대 10,871.3㎡를 ‘96.10.31. 청구의 ○○개발(주)에게 2,302,000,000원에 매각하였고, 청구인은 이중 청구인 소유면적 3,321.86㎡(10,871.3㎡ × 21,848.94/71,504. 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 수입금액을 703,404,842원으로, 필요경비를 452,912,357원으로 하여 ’96년 과세연도 종합소득세 확정신고를 하였는데, 처분청은 청구인에 대한 종합소득세 실지조사시 쟁점토지의 수입금액은 청구인이 신고한 금액을 시인하였으나, 필요경비로 계상한 452,912,357원중 202,305,413원을 필요경비 불산입하여 ‘96년 과세연도에 대한 종합소득세 123,850,920원을 ’98.10.9. 청구인에게 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ‘98.11.13. 이의신청을 거쳐 ’99.1.28. 심사청ㅋ구하였다.

처분청이 수입금액에 대응하는 원가배분시 공사비(설비비와 개량비)는 면적기준으로 계산하고, 제세공과금은 공시지가기준으로 계산하였는바, 하나의 원가를 두가지 기준으로 배분함은 합리적이라고 할 수 없으므로, 쟁점토지의 필요경비중 공사비와 조세공과금의 계산은 청구인이 위 관광지의 개발을 위해 지출한 금액인 6,976,000,000원에 청구인 소유토지 전체의 공시지가중 양도한 쟁점토지의 공시지가 비율을 곱하여 계산한 금액으로 하여야 한다.

쟁점토지의 공사비에 대한 안분계산에 있어서 토지의 공시지가를 기준으로 배분한 청구인의 신고내용은 결과적으로 토지의 공시지가에 따라 공사비가 결정되는 모순이 있고, 토지의 위치나 가액은 공사비의 배분에 영향을 미칠 수 없어 면적기준으로 산출한 금액을 쟁점토지의 수입금액에 대응하는 필요경비로 함이 타당하고, 제세공과금(취득세ㆍ등록세ㆍ개발부담금)의 원가 안분계산은 제세공과금 부가기준이 토지가액(공시지가)이므로 청구인이 소유한 전체토지의 공사지가중 양도한 쟁점토지의 공시지가 비율을 기준으로 산출한 금액을 필요경비로 하여 종합소득세를 결정한 당초처분 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 필요 경비를 계산함에 있어서 공사비는 면적기준으로, 제세공과금은 공시지가기준으로 배분하여 종합소득세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제80조 【결정과 경정】 제2항에서 『납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다』고 규정하고, 제1호에서 『신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때』 를 열거하고 있다. 같은법 제27조 【필요경비의 계산】 제1항에서 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액ㆍ일시재산소득금액ㆍ기타 소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용의 합계액으로 한다.고 규정하고 있으며, 같은법 제39조 【총수입금액과 필요경비의 귀속연도 등】 제3항에서 『거주자가 계속적으로 총수입금액과 필요경비의 귀속연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다.』라고 규정하고 있다. 지방세법 제111조 【과세표준】 제1항에서 『취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다.』고 규정하고, 제2항에서는 『제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

1. 토지에 대한 시가표준액은 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별 공시지가액에 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 지방자치단체의 장이 결정고시한 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액』이라고 규정하고 있으며, 같은법 제130조 【과세표준】 제1항에서는 『부동산ㆍ선박ㆍ항공기ㆍ자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기ㆍ등록당시의 가액으로 한다』라고 규정하고, 제2항에서는 『제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기ㆍ등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.』라고 규정하고 있다. 개발이익 환수에 관한 법률 제8조 【부과기준】 에서 『개발부담금의 부과기준은 부과종료시점의 부과대상토지의 가액에서 다음 각호의 금액을 뺀 금액으로 한다.

1. 부과개시시점의 부과대상토지의 가액

3. 제11조의 규정에 의한 개발비용』이라고 규정하고, 같은법 제10조 【지가의 산정】 제1항에서는 『제8조의 규정에 의한 종료시점지가는 부과종료시점 당시의 부과대상토지와 이용상황이 가장 유사한 표준지의 공시지가를 기준으로 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 산정한 가액에 당해연도 1월 1일부터 부과종료시점까지의 정상지가상승분을 합한 가액으로 한다.』라고 규정하고 있으며, 같은법 제13조 【부담률】에서 『납부의무자가 납부하여야 할 개발부담금은 제8조의 규정에 의하여 산정된 개발이익의 100분의 50으로 한다.』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구인 등 17인은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 일대에 ‘91.12.26. 교통부로부터 ○○온천 관광단지 조성계획 승인을 받아 청구의 주식회사 ○○온천을 사업시행자로 하여 총면적 844,000㎡(이하 “쟁점관광단지”라 한다. 쟁점관광단지내 청구인 소유면적 102,307.11㎡)의 개발을 시행하였고, (나) 쟁점관광단지내 청구인 등 8인 공동소유 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 대 10,871.3㎡를 ‘96.10.31. 청구의 ○○개발(주)에 2,302,000,000원에 매각하였으며, (다) 청구인은 이중 청구인 소유면적, 즉 쟁점토지인 3,321.86㎡(10,871.3㎡ × 21,848.94/71,504)에 대한 수입금액을 면적기준으로 배분한 703,404,842원으로, 필요경비를 공시지가기준으로 배분한 452,912,357원으로 하여 ‘96년 과세연도 종합소득세 확정신고를 하였음이 신고서 등 관련서류에 의하여 확인된다. (라) 처분청은 청구인에 대한 종합소득세 실지조사시 쟁점토지의 필요경비를 계산함에 있어서 쟁점관광단지의 총 조성공사비 53,433,300,000원에 쟁점관광단지내 청구인 소유토지의 면적비율(102,307,11/844,000)을 곱한 후 다시 청구인 소유 전체면적 중 양도면적비율(3,321.86/102,307.11)을 곱한 금액인 210,305,618원과, (마) 쟁점관광단지의 총 제세공과금 4,116,554,840원에 쟁점관광단지내 청구인 소유토지의 공사지가비율(6,575,311,184/84,427,410,291)을 곱한 후 다시 청구인 소유 전체토지의 공사지가중 양도토지의 공시지가 비율 (458,416,680/6,575,311,184)을 곱한 22,351,714원, (바) 종합토지세 납부액 17,444,690원 및 취득가액 540,922원 합계 250,606,944원을 필요경비로 인정하여, 청구인이 필요경비로 계상한 452,912,357원과의 차액 202,305,413원을 필요경비 불산입하여 ‘96년 과세연도에 대한 종합소득세 123,850,920원을 ’98.10.9. 결정고지하였음을 결정결의서 등에 의하여 확인할 수 있다. (사) 청구인은 쟁점관광단지의 개발을 위해 총 6,976,000,000원을 지출하였다고 주장하며 쟁점관광단지의 지주대표인 청구외 박○○의 확인서를 제출하고 있다.

(2) 판단 (가) 청구인은 쟁점관광단지의 개발을 위해 총 6,976,000,000원을 지출하였다고 주장하며 쟁점관광단지의 지주대표인 청구의 박○○의 확인서만을 제출하고 있을 뿐 이를 입증할만한 객관적인 증빙을 제출함이 없어 개발비로 총 6,976,000,000원을 지출하였다는 청구주장을 신뢰할 수 없다. (나) 부동산매매업의 수입금액에 대응하는 총공사비의 원가배분에 대하여 관련법령상 구체적인 설명이 없으므로, 수익ㆍ비용 대응의 원칙에 따라 당해연도의 총수입금액에 직접 대응하는 원가는 그 직접 대응 원가를 필요경비로 인정하고, 직접대응이 불확실한 경우에는 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준 내지 관행에 따라 원가계산방법을 채택하여 배분하여야 한다고 판단되는바, (다) 공사비의 필요경비 안분계산 방법을 결정함에 있어서, 청구인의 쟁점토지의 매각관련 총수입금액계산시 청구인소유면적 비율을 기준으로 계산하였고, 토지의 가액은 총공사비의 배분에 영향을 미칠 수 없으므로, 면적기준으로 배분한 금액을 쟁점토지의 수입금액에 대응하는 공사비로 함이 타당하다고 할 것이고, (라) 한편, 취득세ㆍ등록세ㆍ개발부담금 등 제세공과금은 그 과세표준 또는 부담률이 공시지가 등 가액이므로 가액(공시지가)비율로 배분함이 타당하다고 판단된다. (마) 위의 내용을 종합하면, 처분청이 토지의 위치나 가액은 공사비의 배분에 영향을 주지 않고 공사비가 공시지가에 의해 결정되는 모순을 지적하며 공사비 배분은 면적비율로, 제세공과금 배분은 공시지가비율로 배분한 후 이를 필요경비로 하여 청구인에게 종합소득세를 과세한 처분은 달리 잘못을 발견할 수 없다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.