과・면세 겸업자의 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세 부과대상

○○세무서장이 1999.12. 3. 청구인에게 경정고지한 1999년 2기분 부가가치세 40, 538,350원의 부과처분은,

1. 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 2,505,769원 [250,576,902원 × 1/100]으로 하여 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 1,671.10㎡, 건물 12,415.23㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축 분양하는 과세 및 면세 겸영하는 사업자로서 청구 외 ○○산업개발(주)로부터 1999. 6.19.을 거래시기로 하여 교부받은 공급가액 1,192,609,606원, 매입세액 119,260,659원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)와 기타 업체 등으로부터 1999년 2기 부가가치세 예정기간에 교부받은 매입세액 11,210,331원 합계 130,470,990원을 1999년 2기 부가가치세 예정신고 시 매입처별세금계산서합계표에 기재하고 과세 및 면세사업관련 공통매입세액을 사용면적의 비율에 따라 안분계산한 27,413,008원을 과세사업관련 매입세액으로 매출세액에서 공제하여 부가가치세 21,381,979원을 환급 신고하였다. 처분청은 청구인에 대한 부가가치세 환급 현지 확인 조사를 실시하여 쟁점세금계산서의 교부시기는 1999. 6.19.이나 1999년 2기 예정분에 매입처별세금계산서합계표에 이를 기재하여 신고한 것을 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 신고한 것으로 보아 공제받은 매입세액 25,057,690원을 불공제하고, 총공급가액 중 면세공급가액 비율에 따라 안분계산하여 과다하게 공제받은 1,321,288원을 불공제하여 1999.12. 3. 청구인에게 1999년 2기분 부가가치세 40,538,350원을 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.12.29. 심사청구를 하였다.

(1) 쟁점세금계산서에 대하여 1999년 2기 예정분 매입처별 세금계산서 합계표에 기재하여 신고한 것은 단순히 직원의 업무착오로 인하여 신고기간을 달리하여 제출한 것이므로 매입처별 세금계산서 합계표 기재불성실 가산세를 부과한 것은 부당하고, 설령 가산세를 부과하더라도 공통매입세액으로 안분계산하여 과세사업에 관련된 매입세액 25,057,690원에 상당하는 공급가액 250,576,902원에 대하여만 가산세를 적용하여야 한다.

(2) 수정신고기한 내에 수정신고하였으므로 신고불성실가산세 적용에 있어서 50%감면을 하여야 한다.

(3) 1999년 2기 예정분 매입세액(11,210,331원)에 대해 공통매입세액으로 안분계산 시 면세공급가액 비율이 아닌 면세사용면적비율에 의하여 적용하여야 한다.

(1) 청구인의 청구 외 ○○산업개발(주)와 1999. 6.19. 거래한 쟁점세금계산서에 대해 과세기간이 사실과 다르게 1999년 2기 예정분 매입처별 세금계산서합계표에 공급가액을 과다 기재하여 신고하였으므로 부가가치세법 제22조 제4항 의 규정에 의하여 매입처별 합계표 기재불성실가산세를 적용한 것은 정당하다.

(2) 청구인이 국세기본법 제49조 의 의하여 조사에 착수한 것을 알고 수정신고한 것은 신고불성실 가산세의 50%가 감면되지 아니하므로 당초처분은 정당하다.

(3) 쟁점부동산은 1999. 6.19. 준공되어 과세사업 및 면세사업의 사용면적이 확정되었고, 1999년 2기 예정 과세기간에 과세 및 면세사업의 공급가액이 별도로 발생되었으므로 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 규정에 의거 총공급가액에 대하여 면세공급가액의 비율에 따라 안분계산한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점세금계산서에 대하여 과세기간을 달리하여 1999년 2기 예정분 매입처별세금계산서 합계표에 공급가액을 과다기재하여 공통매입세액으로 안분계산하여 공제신고한 경우 공급가액 전체에 대하여 매입처별 세금계산서 합계표 불성실가산세를 적용한 처분이 정당한 지를 가리는 데 있다.

(2) 조사에 착수한 것을 알고 수정신고한 경우 신고불성실가산세 50%가 감면되는 지 여부를 가리는 데 있다.

(3) 과세 및 면세사업관련 공급가액이 발생한 경우, 1999년 2기 예정분 매입세액에 대하여 공통매입세액으로 총공급가액 중 면세공급가액 비율에 따라 안분계산하여 과세한 처분이 정당한 지를 가리는 데 있다.

• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제49조 【수정신고에 의한 감면】 “관할세무서장은 제45조의 규정에 의하여 과세표준수정신고서를 법정신고기한 경과 후 6월 이내에 제출한 자에 대하여는 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다. 다만, 과세표준수정신고를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우에는 그러하지 아니하다.”라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 시행령 제29조 제2항에서 “법 제49조 단서에서 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우라 함은 당해 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우를 말한다.”고 규정하고 있다.

○ 부가가치세법 제22조 【가산세】 제4항에서 “사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재상이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 안한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

2. 제20조 제1항 및 제2하의 규정에 의하여 제출한 매업처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때”라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】 제1항에서는 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ”공통매입세액“이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다.(이하 생략). 면세사업 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액/총공급가액) 같은조 제4항에서는 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. - 2. (생략)

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율”이라 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 심리판단

○ 먼저 사실관계를 살펴보면, 첫째, 쟁점부동산은 주상복합아파트로서 준공되어 청구인이 1999. 6.19. ○○구청으로부터 사용허가를 받은 사실이 건축물대장 등에 의하여 확인된다. 둘째, 청구인은 쟁점부동산 신축과 관련하여 청구 외 ○○산업개발(주)와 1999. 6.19.에 거래한 공급가액 1,192,609,606원 매입세액 119,260,096원의 쟁점세금계산서를 1999년 1기분 부가가치세 확정신고 시 신고누락하고, 1999년 제2기 예정분 매입처별세금계산서합계표에 기재하여 신고하면서 이를 과세 및 면세사업관련 공통매입세액을 면세사용면적비율로 안분계산하여 과세사업분 매입세액 25,057, 690원(공급가액 250,576,902원)을 매출세액에서 공제하여 신고한 사실이 확인된다. 셋째, 처분청은 청구인에 대한 부가가치세 환급 현지확인조사(기간: 1999.11. 9.~1999.11.17.)를 실시하여 청구인은 과세기간을 달리하여 매입처별세금계산서합계표에 공급가액을 과다 기재하여 신고하였다고 보아 쟁점제금계산서와 관련하여 공제받은 매입세액 25,057,690원을 불공제하고, 1999년 2기 예정 거래분 공통매입세액 11,210,331원에 대하여 총 공급가액 중 면세공급가액의 비율에 따라 안분계산하여 과다공제 신고한 매입세액 1,321,288원을 불공제하여 매입처별세금계산서 불성실가산세[1,192,609,606(공급가액)×1/100=11,926,096원]와 신고불성실 가산세 [환급세액 21,381,979원×10/100=2,138,197원]및 납부불성실가산세 [납세세액 4,996,999원×38일×5/10,000=94,942원]를 가산하여 과세한 사실이 확인된다.

○ 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. 처분청은 매업처별세금계산서합계표 불성실가산세를 쟁점세금계산서의 공급가액(1,192,609,606원)에 100분의 1을 곱한 11,926,096원으로 하여 부과하였는 바, 첫째, 청구인이 쟁점부동산 신축과 관련 청구 외 ○○산업개발(주)와 1999. 6.19. 거래한 공급가액 1,192,609,606원, 매입세액 119,260,960원의 쟁점세금계산서를 과세기간을 달리하여 1999년 2기 예정분 매입처별세금계산서합계표에 기재하여 신고한 것은 거래금액이 고액이고, 거래시기가 1999. 6.19.로서 쟁점세금계산서의 과세기간이 1999년 1기 확정신고기간임을 명백히 할 수 있는데도 이를 신고하여야 할 과세기간에 신고하지 아니한 것은 청구인이 관련법령에 의하여 부가가치세 신고의무를 성실하게 이행하지 못하였다고 보여지고, 또한 이러한 사유는 청구인이 매입처별세금계산서합계표의 기재사항을 착오로 기재한 경우로는 볼 수 없으므로 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 적용하는 것은 부당하다는 청구주장을 인정하기 어렵다 할 것이다. 둘째, 처분청은 매업처별세금계산서합계표 불성실가산세를 적용함에 있어 쟁점세금계산서에 대하여 1999년 2기 예정분 매입처별세금계산서합계표에 기재한 공급가액 전액인 1,192,609,606원을 대상으로 적용하였으나, 부가가치세법 제22조 제4항 에서 매입세금계산서에 대한 불성실가산세의 적용대상을 세금계산서의 경우 공제받은 매입세액으로 하고 있고 부가가치세의 과세체계상 면세사업을 과세대상에서 제외하고 있으므로, 세금계산서의 제출의무를 면제하고 이를 거래처별 합계표로 작성하여 제출하는 매입처별세금계산서합계표의 경우에도 공제받은 매입세액에 상당하는 공급가액을 대상으로 가산세를 적용하는 것이 합리적이라 할 것이다. 그러므로 사실과 다르다고 본 매입처별세금계산서합계표상 모든 공급가액에 대하여 매입처벌세금계산서합계표 불성실가산세를 적용한 처분은 가산세의 적용에 관한 관련법리를 오해한 잘못이 있어 부당하다 하겠다.(같은 뜻, 심사부가 98-183, 1998. 6.12.) 따라서 쟁점세금계산서에 대해 과세기간을 사실과 달리하여 1999년 2기 예정 매입처별세금계산서합계표에 공급가액을 과다 기재하여 신고함으로써 과세사업분으로 공제받은 매입세액에 상당하는 공급가액 250,576,902원을 대상으로 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세 2,505,769원[250,576,902원×1/100]을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

○ 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. 청구인은 1999년 2기 예정분 부가가치세 신고서에 대하여 1999.12.10. 수정신고기한 내에 수정신고서를 제출하였으므로 신고불성실가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하여야 한다는 주장이나, 처분청에서 청구인에 대한 1999년 2기 예정분 부가가치세 환급현지확인조사(기간 1999.11. 9.~1999.11.17.)를 실시하여 쟁점세금계산서에 대하여 과세기간이 다름에도 1999년 2기 예정분 부가가치세 신고 시에 이를 포함하여 매입세액을 과다공제신고하여 환급받은 것에 대하여 적출한 사실 및 1999.11.20. 이에 대하여 청구인에게 부가가치세 현지확인조사에 대하여 결정전통지서를 발송한 사실들이 관계서류에 의하여 확인된다. 따라서 이 건의 경우 처분청에서 청구인에 대한 1999년 2기분 부가가치세 환급현지확인조사를 실시한 후 세액의 경정이 있을 것을 미리 알고 1999.12.10. 제출한 수정신고서에 대하여는 전시한 국세기본법 제49조 단서 규정에 의하여 신고불성실가산세의 100분의 50에 상당하는 감면을 배제한 당초처분은 정당하다.

○ 쟁점(3)에 대하여 본다. 청구인은 1999년 2기 예정분 매입세액 11,201,331원에 대하여 공통매입세액으로 총사용면적(12,415.23㎡)에서 면세사업의 사용면적(9,806.69㎡)의 비율에 따라 안분계산하여 과세사업분 매입세액 2,355,381원[11,210,331-(11,210,331×9,806. 69㎡/12,415.23㎡)을 공제하여야 한다고 주장하나, 청구인이 쟁점부동산에 대하여 1999. 6.19. ○○구청으로부터 사용검사를 득한 사실이 확인되고, 1999년 2기 예정분부터 과세 및 면세사업관련 공급가액(과세사업분: 60,311,662원, 면세사업분: 593,551,619원 합계: 653,863,281원)이 발생된 점 및 1999년 2기 예정분 매입세액 11,210,331원을 공통매입세액으로 보는 점에 대하여는 처분청과 다툼이 없다. 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총공급가액 중 면세공급가액비율에 의하여 계산한다고 규정하고, 같은 조 제4항에서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어 면세사업과 관련된 매입세액의 계산은 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 면세예정사용면적의 비율에 의하여 안분계산한다고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 1999년 2기 예정분 매입세액 11,210,331원은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 구분되지 아니하고, 쟁점부동산의 준공된 후 과세 및 면세사업을 겸영하면서 이와 관련 당해 과세기간에 발생된 매입세액으로 보여지는 바, 1999년 2기 예정신고기간에 과세사업과 면세사업의 공급가액이 있으므로 총공급가액에서 면세공급가액의 비율에 따라 안분계산하는 것이 적법하다고 할 것이므로 처분청의 당초처분은 정당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의거 주문과 같이 결정한다.