사실상 폐업일 이전에 교부받은 매입세액은 공제대상 매입세액임.

○○세무서장이 99.12.15. 청구법인에게 경정고지한 99년 제2기분 부가가치세 63,908,020원의 처분은 공급가액 1,112,628,267원의 99. 8.17.자 세금계산서의 매입세액을 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

청구법인은 청구 외 (주)○○가구(이하 “양도법인”이라 한다) 공장인 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 공장용지 8,620㎡, 공장건물 7,109,065㎡, 기계장치 (이하 “쟁점공장”이라 한다)를 99.08.17. 경락을 통하여 취득한 후 이중 토지를 제외한 건물 및 기계장치에 대한 세금계산서(2매 공급가액 1,112,628,267원, 세액 111,262,826원 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 양도법인으로부터 교부받아 99. 2기 예정 부가가치세 신고 시 매입세액으로 신고하였다. 처분청은 청구법인이 99. 6.30. 직권폐업자인 양도법인으로부터 쟁점세금계산서를 교부받았으므로 매입세액불공제하여 99.12.15. 청구법인에게 99. 1기 부가가치세 63,908,020원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 99.12.23. 이건 심사청구를 제기하였다.

가구제조업을 영위하던 양도법인이 부도로 인하여 종업원에 대한 급료, 퇴직금을 지급할 능력이 없게 되자 종업원들이 사업을 인수하는 것이 유리하다고 판단하여 98. 8.22. 양도법인과는 별도로 청구법인을 설립한 후 공장을 공매가 종료될 때까지 임차하여 사용하던 중 대출을 받아 쟁점공장을 취득하였는바, 양도법인의 주된 사업인 가구제조업은 98. 8월 이후부터 실제로 가동하지는 아니하였으나 청구법인에게 공장과 사원아파트를 종업원에게 임대하고 있어 법인등기부상의 사업목적이 전부 폐업된 것이 아님에도 처분청에서 99. 6.30. 직권으로 폐업처리하고 폐업사실을 양도법인에 통보함이 없이 쟁점세금계산서를 폐업 후에 발행된 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

쟁점세금계산서는 양도법인이 99. 6.30. 직권폐업된 이후에 발행한 세금계산서로 부가가치세법 제2조 에 의한 사업자가 아닌 자로부터 교부받았으므로 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인은 양도법인이 폐업일 이후에 발행한 매입세금계산서를 교부받아 매입세액공제하였는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제5조 제4항 『제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 번동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.』 같은조 제5항에서 “사업자가 폐업하거나 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 사업장관할세무서장은 지체없이 그 등록을 말소하여야 한다” 고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행령 제12조 “법 제5조 제5항의 규정에 의하여 등록을 말소하는 때에는 관할세무서장은 지체없이 등록증을 회수하여야 하며 이를 회수할 수 없는 경우에는 등록말소의 사실을 공시하여야 한다”고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행규칙 제6조 【폐업일 기준】제1항 『법 제5조 제4항에 규정하는 폐업하는 때는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 한다. 다만 “이하생략”』이라고 규정하고 있고 같은조 제2항에서 『폐업한 때가 명백하지 아니한 경우에는 제4조 제1항에 규정하는 휴업(폐업)신고서의 접수일을 폐업일로 본다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 사실관계를 살펴본다.

(1) 양도법인이 쟁점공장 소재지에서 가구제조업을 영위하다가 사업부진으로 공장부지와 공장건물 및 기계장치가 98.12.23. ○○지방법원에 임의 경매개시결정(○○○○)이 되자, 양도법인의 종업원들이 설립한 청구법인이 쟁점공장을 99. 8.17. 경락가액 2,350,000천원에 경락받은 사실이 ○○지방법원 낙찰허가결정서에 의거 확인되며, 경락대금을 99. 7. 2. 계약금 235,000천원을 지급하고 잔금은 ○○은행으로부터 시설자금으로 대출을 받아 99. 8.17. 지급한 다음 동일자로 쟁점공장을 소유권이전등기하였다.

(2) 양도법인의 종업원들이 98. 8.21. 양도법인으로부터 쟁점공장(대지700편, 건물400평)을 전세보증금 10,000천원에 임차한 후 98. 8.22. 청구법인을 설립하고 사업자등록증을 교부받아 전 사업자와 동일한 가구를 제조하여 판매하고 98.2기 부가가치세 신고 시 공급가액 544,243천원으로 하여 부가가치세 21,916천원을 납부하였고, 99.1기 부가가치세 신고 시 공급가액 1,040,419천원으로 하여 부가가치세 45,377천원을 납부한 사실이 부가가치세 신고서에 의하여 확인된다.

(3) 처분청은 양도법인의 부도발생으로 98. 2기부터 부가가치세를 무신고하자 99. 9월 중에 사업장으로 출장하여 사업여부를 확인한 바, 사업장내에는 양도법인의 존재를 확인할 수 없어 99. 6.30. 폐업일로 하여 99. 9.16. 직권폐업 처리 하였음이 복명서 및 폐업신고 조회서에 의하여 확인된다.

(4) 처분청은 양도법인이 쟁점공장 경락일 현재 실지 폐업하였으므로 폐업일 이후 교부한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분에 대하여, 청구법인은 양도법인이 쟁점세금계산서 발행일 현재 폐업하지 않은 상태에서 정당하게 교부받은 세금계산서임에도 이건 매입세액 불공제한 처분은 부당하다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구법인의 설립내용을 보면, 양도법인의 부도로 종업원에 대한 급료와 퇴직금을 지급할 능력이 없게 되자 종업원들이 인수하여 사업을 영위하는 것이 장기적으로 유리하다고 판단하여 양도법인의 종업원들이 98. 8.22. 같은 사업장 내에 공장일부를 임차하여 법인을 설립하고 양도법인과 동일업종인 가구제조업을 하던 중 99. 8.17. 쟁점공장과 기계장치를 경락받은 다음 ○○은행으로부터 시설자금 대출을 받아 경락대금을 지급하고 제조업을 영위하고 있다. 둘째, 쟁점공장을 실지 임대하였는지에 대하여 보면, 양도법인의 부도로 공장을 가동하지 못하게 되자, 양도법인과 청구법인간에 쟁점공장 일부를 전세보증금 10, 000천원에 임차계약을 체결하였고 양도법인은 장부상에 부채계정으로 전세보증금을 계상하였음이 98. 1. 1.~98.12.31. 사업연도 법인세과세표준 및 세액신고서에 의하여 확인되므로 전세보증금을 받고 실지 임대한 사실이 인정되며, 또한, 청구법인도 쟁점공장에서 가구를 제조하여 판매하고 98. 2기부터 부가가치세를 신고·납부하고 있을 뿐만 아니라 장부상 전세보증금을 자산으로 계상하였고 청구법인이 쟁점공장을 인수할 후 양도법인으로부터 전세보증금을 회수하지 못하자 미수금계정으로 대체처리한 것으로 보아 전세보증금을 지급하고 임차한 사실이 인정된다. 셋째, 처분청이 양도법인을 99. 6.30. 직권폐업한 내용이 정당한지 여부를 보면, 국세청 예규에서 주사업인 가구제조업 폐지와 함께 쟁점공장을 임대하는 경우에는 부가가치세법 시행령 제11조 제1항 제4호 및 동법 시행규칙 제8조 제1호의 규정에 의한 사업자등록 정정사유에 해당되므로 사업을 실질적으로 폐업한 것으로 보지 아니하는 것으로 해석(부가22601-150, 86. 1.27.)하고 있는 바, 이건의 경우, 양도법인의 주된 사업인 가구제조업에 필요한 자산을 98.9.30 청구법인에 양도하고 제조업은 실제로 가동하지 않았으나, 청구법인이 양도법인으로부터 쟁점공장을 임차하여 공장을 가동하고 있으므로 실질적으로 폐업한 것으로 볼 수 없음에도 처분청은 쟁점공장이 경락된 이후인 99. 9월 쟁점공장에 출장하여 양도법인의 존재를 확인할 수 없다는 이유로 폐업일을 소급적용 99. 6.30.을 폐업일로하여 99. 9.16. 폐업처리한 것은 사실조사를 소홀히 하였을 뿐만 아니라 폐업일을 소급적용한 것은 부당하며, 설사, 폐업일을 99. 6.30.로 본다고 하더라도 경락일(99. 8.17.)까지는 부동산을 임대 중에 있었으므로 99. 6.30.을 폐업일로 볼 수는 없다고 하겠다. 넷째, 양도법인의 98. 1. 1.~98.12.31. 사업연도의 법인세과세표준 및 세액신고서 99. 3.30. 처분청에 신고하였고 쟁점공장이 경매가 진행 중에 있어 양도법인 스스로 재기를 우하여 노력하면서 폐업의사를 표시한 사실이 없으며 법인이 공장가동을 중단, 정지하였거나 회사정리 중에 있다고 하여 그 사실만으로 사업을 폐업한 것이라고 단정할 수 없는 것이고, 회사정리 및 청산절차에 있는 법인도 정리 및 청산절차를 종료하고 해산신고를 할 때까지는 법인격이 유지되는 것이며, 최소한 임대 중인 쟁점공장이 경락되어 제3자에게 명도함으로 인하여 임대기간이 종료되므로 이 때를 실질적으로 폐업한 것으로 봄이 타당하다고 하겠다. 위의 사실관계와 관련법령을 종합하여 볼 때, 청구법인이 양도법인으로부터 임차한 쟁점공장을 경락을 받아 ○○지방법원에 경락대금을 납부하고 소유권을 취득하였으며, 쟁점공장 경매되기 전에는 청구법인에 임대 중에 있었고 양도법인 스스로 폐업의사를 표시한 사실이 없는데도 처분청에서 사업장 존재를 확인할 수 없다는 이유로 폐업일을 소급적용하여 직권폐업한 것은 부당하므로 이건, 청구법인이 양도법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서이므로 매입세액은 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.