딸기를 냉장포장하여 수출하는 경우 의제매입세액공제대상인지 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 딸기를 냉장포장하여 수출하는 사업자로 99년 1기 예정 신고기간중 ○○원예영농조합 등으로부터 생식용 딸기 1,374,350,470원(이하 “쟁점재화”라 한다)을 매입하고 의제매입세액 40,029,625원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 환급신고하였다. 처분청은 부가가치세 환급조사에 의하여 쟁점재화가 의제매입세액 공제대상이 아닌 것으로 보아 의제매입세액을 불공제하여 99.5.27. 환급신청세액 중 44,032,587원을 차감하고 환급결정하였다. 청구인은 이에 불복하여 99.8.12. 이의신청을 거쳐 99.11.1. 이건 심사청구를 제기하였다.

쟁점재화는 딸기를 매입하여 예냉처리, 선별작업, 컵포장, 알콜소독, 박스포장, 예냉보관과정을 거쳐 생식용으로 수출하는 재화로서 냉동딸기보다 더 많은 비용이 소요되는 가공과정을 거쳤고, 의제매입공제대상이 제조업으로 국한되지 않고 모든 업종으로 확대되었으므로 의제매입세액 공제대상재화이나 처분청이 의제매입세액공제를 배제하고 과세한 처분은 부당하다.

부가가치세가 면세되는 농산물을 매입하여 단순히 선별 및 포장하여 수출하는 경우에는 농산물을 원재료로 하여 제조ㆍ가공하였다고 볼 수 없으므로 의제매입세액 공제대상에서 제외하여 매입세액을 불공제하고 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점재화가 의제매입세액공제 대상에 해당되는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련 법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】제3항에서 『사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다』라고 규정하고 있고

○ 같은 법 시행령 제62조【의제매입세액계산】제1항에서 『법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 면세농산물등의 가액에 재정경제부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계를 살펴본다.

(1) 청구인은 ○○라는 브랜드를 상표등록출원하여 특허를 획득하였고, 신선한 생식용 딸기를 일본으로 수출하고자 청구인이 개발한 장기간 보관 및 저장할 수 있는 방법으로 처리하였음이 상표등록출원성공통지서와 딸기소독 및 가공공정도에 의하여 확인된다.

(2) 제조활동으로 보는 냉동딸기와 이건 생식용 딸기의 포장비를 비교해 보면 생식용 딸기의 포장비가 냉동딸기의 포장비보다 4.2배 정도 많다는 것이 청구인이 제시한 매출원가 비교표에 의하여 확인된다.

(3) 통계청의 한국표준산업분류표에 의하면 제조란 각종 재료를 생산과정에 투입하여 투입된 물질과 본질적으로 다른 성질을 갖도록 변환시켜 새로운 산출물을 생산하는 것이라고 정의하고 있고, 이러한 일련의 과정을 가공활동이라고 규정하고 있으며, 구입한 물질을 단순히 분할, 선별, 정리, 재포장 등과 같이 처리물품의 본질적 성질이 변환되지 않는 활동은 제조활동으로 볼 수 없다고 정의하고 있다.

(4) 한국표준산업분류표의 음식료품 제조 산업결정요인을 표면 기계적 공장식 설비내에서 식품재료가 처리된다 하더라도 이러한 처리과정을 거쳐 투입된 재료의 성질이 본질적으로 변화되는 것을 제조활동으로 보는 것이고, 제조활동의 예로서는 일반적인 음식료품 가공활동을 거쳐야 하는 것, 서로 다른 품명을 가져야 하는 것, 원재료상태로 재전환 또는 상호 대체성이 없어야 하는 것, 용도와 수요대상이 다른 것 등을 예시하고 있다.

(5) 한국표준산업분류표에서 제조업으로 분류되어 있는 분류번호 (15139)의 달리 분류되지 않은 과실, 채소가공 및 저장처리업에서 사용하기 전 보관 또는 수송중 단지 일시적 저장성을 확보하기 위해 처리된 과실과 견과류로서(표백하거나 끊는 물에 데친 것 불문) 그대로는 바로 식용에 사용할 수 없는 상태의 것에 한하여 제조업으로 분류하며, 이러한 것은 주로 식품공업(잼의 제조, 설탕절임과실의 조제 등)에 사용되며, 이 방법으로 제시되는 가장 일반적인 것은 버찌, 딸기, 오렌지, 시트론, 살구 및 그린게이즈가 있다고 규정하고 있다.

(6) 청구인은 생식용딸기의 가공공정이 냉동딸기의 가공공정보다 더 많은 공정을 거치고 비용이 더 소요되는 것을 보아 의제매입공제대상이 되는 농산물의 가공에 해당한다고 하고 제조ㆍ가공의 공정을 거친 경우 제조업자가 아닌 경우에도 의제매입세액은 공제되어야 한다고 주장하고 있다.

○ 청구주장과 사실관계를 종합하여 심리판단한다. 전시한 법령에서는 “사업자가 부가가치세가 면제되는 농ㆍ수산물 등을 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우 면세농산물등의 가액에 대하여 의제매입세액을 공제한다”고 규정하여 의제매입세액 공제대상자를 제조업자가 제조ㆍ가공한 재화뿐만 아니라 용역을 공급하는 사업자까지도 확대하였으며, 이건의 경우, 생식용 딸기를 장기보관ㆍ저장하기 위해 청구인이 개발한 방법대로 처리한 것이 제조ㆍ가공활동으로 볼 수 있는 지가 쟁점이라 할 수 있어 이에 대하여 살펴본다 청구인은 생식용 딸기를 매입하여 이를 일본으로 수출하기 위하여는 장기간의 보존이 필요하나 수확한 딸기는 일반적으로 5 ~6시간이 경과하면 짓무르게 되어 상품가치를 잃게 되므로 5~7일이 경과하여도 유통에 지장이 없도록 가공공정을 거치는 것은 제조ㆍ가공활동이라고 주장하고 있는 바, 투입물과 산출물이 서로 다른 경우가 제조라고 할 수 있으나 투입물과 산출물이 모두 생식용 딸기로서 성상이나 본질이 변함이 없어 제조활동으로 볼 수 없고, 청구인은 장기간 보관할 수 있는 방법을 가공공정이라고 주장하나 가공이란 일련의 제조과정을 일컬어 가공이라고 하는 것이므로 장기간 보관 할 수 있는 방법을 행하는 것은 제조활동이 아니므로 가공이라고 할 수 없다 하겠다. 한편, 한국표준산업분류표에 저장성을 확보하기 위해 처리된 과실중 바로 식용에 공할 수 없는 것은 제조업으로 분류하고 있고 이러한 것중 딸기를 열거하고 있는바, 청구인이 저장성을 확보하기 위하여 처리하였으나 처리 후에도 곧바로 식용딸기로 사용되므로 제조업으로 보기는 어렵다고 판단된다. 부가가치세법제17조 3항중 “제조업자”를 “사업자”로 개정한 것은 음식점 등 용역공급 사업자를 포함하기 위한 것이고, 쟁점재화는 제조ㆍ가공한 재화에 해당되지 않는다고 판단된다. 위의 사실을 볼 때, 청구인이 딸기를 매입하여 이를 장기간 보관ㆍ저장할 수 있도록 처리한 것은 면세 농산물을 원재료로하여 제조ㆍ가공하였다고 할 수 없어 쟁점재화는 의제매입세액공제대상이 아니므로 처분청이 쟁점재화에 대한 의제매입세액 적용을 배제하고 과세한 당초처분에는 잘못이 없다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.