토지와 건물가액의 안분계산이 적정한지 여부

○○세무서장이 1999. 8. 2. 청구법인에게 경정·고지한 1998년 제2기분 부가가치세 825,274,860원의 처분은

1. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 3,235.2㎡, 같은 곳 ○○번지 대지 79㎡, 같은 곳 ○○번지 대지 18.2㎡, 같은 곳 ○○번지 대지 26.1㎡ 합계 3,358.5㎡이 양도가액 중 건물분 양도가액은 “0”원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○

○○번지 외1필지 대지 7,402.5㎡, 근린생활시설 5,175.86㎡의 양도가액(14,084,550,000원)중 건물분 공급가액을 1,348, 909,760원으로 하여 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 음식료품 및 인삼제품을 제조하는 업체로서 본점소재지로 사용하던 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 3필지 대지 3,358.5㎡ 건물 3,424.95㎡(이하 “토지는 쟁점①토지”라 하고, 건물은 이하 “본사건물”이라 한다)중 쟁점①토지를 98. 7.31. ○○공사에 3,600,000천원에 매매하기로 매매계약을 체결하였고, 또한 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 1필지 대지 7,402.5㎡, 근린생활시설 5,175.86㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 토지와 쟁점건물을 합하여 이하 “쟁점②부동산”이라 한다)를 98.12.28. ○○공사에 14,084,550천원(토지가액 14,084,550천원, 건물가액0원)에 양도하고 쟁점건물가액을 “0”원으로 하여 98년 2기 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점①토지를 ○○공사에 양도함에 있어 지상 건물인 본사건물을 철거하지 않은 상태로 양도한 후 매수자인 ○○공사로부터 임차하여 사용하고 있으므로 토지와 건물을 함께 양도한 것으로 보아 매매가액에 건물의 가액이 포함된 것으로 하여 토지와 건물을 장부가액으로 안분계산하여 건물가액 332,240,169원을 부가가치세 과세표준에 가산하였고, 쟁점②부동산 매매계약서상에 쟁점건물을 포함하여 양도하였으며, 토지와 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 토지와 건물을 장부가액으로 안분계산하여 건물가액 6,016,028,013원을 부가가치세 과세표준에 가산하여 99. 8. 2. 청구법인에게 98년 2기분 부가가치세 825,274,860원을 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.10.20. 본 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 IMF 상황 이후 기업구조조정의 일환으로 보유 부동산을 매각코자 하였으나 극심한 경제 불안으로 부동산 시장이 마비되어 매매가 성사되지 못하였던 중 98. 4.14. 경제대책조정회의에서 결정된 금융기업구조 개혁촉진방안에 따라 정부가 공기업인 ○○공사로 하여금 금융기관 부채상환 목적으로 기업의 보유토지를 매입케하는 정책을 시행하고 가장 낮은 가격을 제시하는 기업의 토지를 우선 매입하는 최저가제시 경쟁입찰매입방식에 의하여 제1차, 제2차의 입찰에도 불구하고 청구법인 소유부동산이 낙찰되지 않다가 쟁점①토지를 98. 7.31. 매각하였고, 쟁점②부동산을 98.12.28. 매각하여 매매대금은 토지개발채권으로 ○○은행과 ○○은행에 직접 입금 부채상환하였는 바, 청구1) 처분청은 쟁점①토지와 지상 본사건물을 ○○공사에 매도된 것으로 보아 과세하였으나, 청구법인의 본점이 소재한 쟁점①토지를 ○○공사에 매매함에 있어 본사건물은 청구법인이 철거하는 조건으로 쟁점①토지만 매매계약을 체결하였고, 건물철거 연장승인을 받아 쟁점①토지를 ○○공사로부터 임차하여 사용 중에 있으며 본사건물이 매매된 사실이 없는데도 쟁점①토지와 함께 양도된 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다. 청구2) 쟁점②부동산이 토지공시가의 69% 상당가액에 낙찰되었고 청구법인과 ○○공사와 체결된 매매계약서에도 토지가액 14,084,550천원, 건물가액 “0”원으로 구분되어 있으며, ○○공사의 내부문서에도 건물가액을 “0”원으로 기재되어 있으므로 이를 토지 및 건물의 시가로 보아 당초 처분을 취소하여야 한다. 설령, 매매계약서상 토지, 건물로 구분된 가액을 실지거래가액으로 인정할 수 없다면, 쟁점②부동산중 74. 3. 25.에 취득한 토지원가와 그 지상에 95년에 준공한 쟁점건물 취득원가를 기준으로 기장한 장부가액은 양도당시 시가를 반영하지 못하므로 양도 당시 쟁점②부동산을 감정한 감정가액에서 비례하여 건물가액을 산정하여 과세하여야 한다는 주장이다.

(1) 청구법인은 쟁점①토지를 ○○공사에 양도함에 있어 토지만 매매하였다고 주장하나, 양도 당시 본사건물은 철거하지 않은 상태로 양도하였고, 양도와 동시에 청구법인이 매수자인 ○○공사로부터 쟁점①토지를 임차하여 조사일 현재까지 사용하고 있는 점 등으로 볼 때 매수자인 ○○공사가 당해 건물에 대한 소유권을 실질적으로 행사하고 있다고 보아야 하며, 또한, 양도당시 토지와 건물을 함께 양도한 것으로 보아 토지와 건물을 장부가액으로 안분계산하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점②부동산을 ○○공사에 양도함에 있어 쟁점건물가액을 “0”원으로 하여 매매하였다고 주장하나, 쟁점②부동산 매매계약서에는 쟁점건물을 포함하여 양도하였고 쟁점건물의 규모로 보아 건물가액을 “0”으로 볼 수 없으며 토지와 건물 가액의 구분이 불분명한 경우로 보아 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제5항 제2호 규정에 의거 토지와 건물을 장부가액으로 안분계산하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 이 건의 다툼은 쟁점①토지 지상 본사건물이 쟁점①토지와 함께 양도되었는지 여부.

② 쟁점②부동산을 양도하고 토지, 건물가액을 구분 신고한 건물가액이 불분명한 것으로 보아 양도당시의 장부가액에 비례하여 안분계산한 건물가액을 과세표준으로 하여 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 【과세표준의 안분계산】 제3항에서 『사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 다라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하다』고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행령 제48조의 2 제4항에서 『제3항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다.

1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. (이하 생략)

3. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 청구주장1)에 대하여 살펴본다.

(1) 쟁점①토지 지상에는 건물총면적이 3,424.95㎡이 있으며, 그 사용용도를 보면 1,910.62㎡는 공장(3개동)으로, 313.13㎡는 창고로, 548.86㎡는 사무실로, 642.42㎡는 기숙사로, 9.92㎡는 주택으로 각 사용하고 있으며, 청구법인의 본점소재지로 사용하고 있음을 알 수 있다.

(2) 청구법인과 ○○공사와 체결한 매매계약서에 의하면, 쟁점①토지를 3,600,000천원에 양도하기로 98. 7.31. 매매계약을 체결하고 매매대금은 금융기관 부채를 상환하는데 사용하여야 하며 목적토지 중 정착물의 철거 및 거주자의 퇴거, 기타 목적토지에 존재하는 폭발물, 가스등 위험물과 도괴할 우려가 있는 구축물의 철거 등을 이행하고 ○○공사에 하자 없이 인도한다 라고 약정되어 있다.

(3) ○○공사는 쟁점①토지를 청구법인에 보증금 49,500천원, 월세 9,000천원에 입대하기로 임대차계약을 체결하였고 특약사항은 다음과 같다.

① 청구법인은 목적토지상의 지상정착물 철거이행을 보증하기 위하여 철거이행 보증금으로 금 555,000천원을 ○○공사에 납부하도록 약정되어 있고 청구법인은 철거이행보증금으로 지급보증보험증권을 제출하였다.

(4) 본사건물은 청구법인의 소유이고 공장 및 사무실로 사용하다가 ○○공사와 약정에 따라 2000. 1. 4. 본사건물을 청구법인이 직접 멸실하였음이 건축물관리대장에 의하여 확인된다. 위와 같은 사실에 대하여, 처분청은 쟁점①토지와 지상 본사건물을 ○○공사에 매도된 것으로 보아 과세하였으나, 청구법인이 ○○공사에 쟁점①토지만 매각하였음이 매매계약서에 의하여 확인되고 본사건물은 청구법인의 소유로 철거하지 않고 사용하다가 2000. 1. 4. 본사건물을 멸실한 사실로 보아 청구법인이 ○○공사에 쟁점①토지만 양도한 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 토지와 건물을 함께 양도한 것으로 보아 매매가액에 건물가액이 포함된 것으로 하여 토지와 건물을 장부가액으로 안분계산하여 과세한 처분은 사실조사를 소홀히 한 점이 인정되므로 당초 처분은 취소함이 타당하다고 판단된다.

○ 청구주장2)에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인은 쟁점②부동산을 ○○공사에 매매하여 실지거래가액이 확인되고, 계약서상에 토지의 가액과 건물의 가액이 구분표시가 되어 있으며 구분표시 된 토지와 건물가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하므로 이를 실지거래가액으로 보아야 한다고 주장하여 이에 대하여 살펴보면, 첫째, 쟁점②부동산 매매계약서를 보면, 청구법인이 쟁점②부동산(토지면적:7,402.5㎡, 건물면적: 5,175.86㎡)을 매수인 ○○공사에 매매대금 14,084,550천원에 매매하기로 98.12.28. 매매계약을 체결하였고 토지가액 14,084,550천원, 건물가액 “0”으로 기재되어 있으나 ○○공사는 토지와 쟁점건물을 청구법인으로부터 소유권을 이전받아 쟁점건물을 다음과 같이 임대하고 임대료를 받고 있음이 임대차계약서에 의하여 확인된다. 쟁점②부동산 임대 현황 (단위: 천원. ㎡) 임대인 임차인 임 대 내 역 상 호 성 명 계약일 면 적 임대기간 보증금 월 세

○○공사

○○지사

• 윤○○, 김○○ 99.10. 8. 1,228.93 99.10. 8.- 2000. 9.30. 73,000 13,250 (주)○○기업 최○○ 98.12.30. 2,849.43 98.12.30.-99.12.29. 140,000 24,940

• 여○○,나○○ 98.12.30. 935.08 98.12.30.-99.12.29. 30,000 4,900 합계 5,013.44 243,000 43,090 둘째, 이건 관련 국세청 예규를 보면, 사업자가 토지 및 건물 등을 양도함에 있어 건물 등은 양도자의 부담으로 철거하여 나대지 상태로 양도하는 것을 원칙으로 하되 양도자가 철거하지 않고 양도하면 건물 등의 양도가액은 없는 것으로 한다는 내용을 계약서에 명시하였다 하더라도 양도당시 건물 등을 철거하지 않는 상태로 양도하는 경우에는 당해 건물 등에 대한 부가가치세 과세표준은 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 과세한다고 해석하고 있다.(부가 46015-2862, 99. 9.17.) 위의 사실을 종합하여 볼 때, 청구법인과 ○○공사 사이에 체결한 부동산매매계약서상에 쟁점건물을 매도자가 철거하는 조건으로 토지가액 14,084,550천원, 건물가액 “0”으로 구분표시하여 양도하였으나, 매수자인 ○○공사는 쟁점건물을 토지와 함께 소유권을 이전받아 98.12.30.부터 청구 외 (주)○○기업 대표이사 최○○외 4인에게 상기와 같이 임대하고 월세 43,090천원을 수령하고 있는 점으로 보아 매매계약서상 건물가액 “0”원이 실지거래가액으로 볼 수 없다고 보여진다. 따라서 계약서상 토지와 건물의 가액이 구분표시가 되어 있다고 하더라도 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되지 않으므로 건물가액을 “0”원이라고 주장하는 청구주장은 설득력이 없다고 판단된다.

○ 예비적 청구주장에 대하여 살펴본다. 설령, 매매계약서상 토지, 건물로 구분된 가액을 실지거래가액으로 인정할 수 없다면, 쟁점②부동산 중 74년 3월에 취득한 토지 취득원가와 그 지상에 95년에 준공한 쟁점건물 취득원가를 기준으로 기장한 장부가액은 양도당시 시가를 반영하지 못하므로 양도당시 쟁점②부동산을 감정한 감정가액에 비례하여 건물가액을 산정하여 과세하여야 한다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 쟁점②부동산의 양도당시 토지 및 건물의 장부가액은 토지가액이 2,663, 440,417원이고 건물가액은 2,145,908,968원인 사실에 대하여 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다. 둘째, ○○공사는 기업토지 매입을 위해 쟁점②부동산을 ○○감정평가법인에 의뢰하여 98. 7.15. 가격시점(작성일자 98. 8. 6.)으로 평가하였으며, 동 감정평가서에 대지 7,402.5㎡는 21,652,312,500원으로 평가된 사실이 확인된다. 또한 쟁점건물은 청구법인이 재산재평가를 위해 쟁점건물을 ○○감정평가법인에 의뢰하여 98. 6. 1. 가격시점(작성일자 98. 6.15.)으로 평가하였고 동 감정평가서에 건물 5,175.86㎡는 2,080,999,300원, 구축물은 236,880,000원 합계 2,317,879, 300원으로 평가된 사실이 확인된다. 셋째, 쟁점②부동산의 실지매매가액 14,084,550,000원을 장부가액, 감정가액, 지방세과세시가표준액에 의하여 토지 건물의 가액을 안분계산하여 보면 아래와 같이 산정된다. 아 래 (단위: 원) 구 분 가 액 안분계산한가액 비 고 토 지 건 물 토지가액 건물가액 장부가액 2,663,440,417 2,145,908,968 7,466,919,187 6,016,028,013 98년 귀속 장부가액 (601,602,800) 감정가액 21,652,312,500 2,317,879,300 12,600,749,270 1,348,909,760 감정평가일:

98. 7.15. (134,890,970) 과세시가표준 5,477,850,000 1,625,746,433 10,618,116,700 3,151,303,000 토지취득일

74. 3.25. 건물준공: 98년도 신축 (315,130,000) ※ 건물가액 하단 ()는 부가가치세액임 넷째, 처분청은 청구법인이 기장된 장부가액이 있으므로 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항의 규정에 의하여 장부가액으로 안분계산한 건물분 가액을 과세표준으로 하여 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다고 주장하나, 양도당시 토지가액이 적정하게 반영되었는지에 대하여 보면, 쟁점②부동산의 장부상 토지가액은 74. 3.25. 취득당시의 가액으로 양도일까지 토지를 평가한 사실이 없고 장부상가액을 양도당시의 개별공시지가에 의한 가액과 감정가액으로 비교한 바, 장부상 양도당시 토지가액은 ㎡당 359,800원(2,663,440천원÷7,402.5㎡)이나 98년 개별공시지가에 의한 토지가액은 ㎡당 3,700,000원, 감정가액은 ㎡당 2,925, 000원(21,652,312천원÷7,402.5㎡)임을 알 수 있으며, 이는 장부상 토지가액은 공시지가에 의한 기준시가액 대비 9.7%, 감정가액 대비 12.3%에 해당되어 장부상 토지가액은 양도당시 토지의 시가를 적절히 반영하지 못하였다고 보여진다. 또한, 처분청에서 장부가액을 실지거래가액으로 보고 이를 근거로 쟁점②부동산의 양도가액(14,084,550천원)을 안분계산한 건물가액 6,617,630천원(부가가치세포함)이 쟁점②부동산의 양도가액에서 차지하는 비율은 46.9%으로, 감정가액으로 안분계산한 건물가액 1,483,800천원이 차지하는 비율인 10.5%과 지방세법에 의한 시가표준액에 의한 안분계산한 건물가액 3,466,433천원이 차지하는 비율인 24.6%보다 현저히 높게 배분되었는 바, 이는 건물가액이 토지가액보다 높게 배분되는 결과가 되어 불합리하므로 장부가액을 기준으로 안분계산한 금액을 실지거래가액으로 보기는 어렵다 할 것이다. 넷째, 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제3항의 취지는 일반적으로 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 동 계약서상에 토지의 가액과 건물의 가액이 구분 표시되어 있으며, 구분 표시된 토지와 건물가액이 당해 토지, 건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 공급가액으로 보아야 하고, 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물가액의 구분이 불분명하거나 그 구분 표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부득이 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산하여야 하나, 부동산 매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 매매계약일을 전후하여 공인된 감정평가기관의 감정가액이 있거나 거래당사자중 일반 또는 쌍방이 국가, 지방자치단체 또는 법인으로서 거래당사자가 토지 및 건물가액을 구분하여 기장하고 동 기장내용을 신뢰할 수 있는 경우 등에는 그 감정가액 또는 거래당사자의 기장금액 중에서 건물가액 상당을 그 실질거래가액으로 보는 것이 지방세법상 과세시가표준액으로 안분계산한 가액을 공급가액으로 보는 것보다 합리적인 경우에 적용되는 것으로서 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항은 위 제3항의 규정내용을 구체화하여 입법화한 것이라 하겠다. (국심99부3, 99. 8. 27. 외 다수 같은 취지) 위의 사실관계와 관련법령을 종합하여 보면, 이 건의 경우처럼 부동산 매매계약서상의 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 공인된 감정평가기관의 토지와 건물의 감정가액을 신뢰할 수 있는 경우에는 부적정한 장부가액에 의하여 안분계산할 것이 아니라 감정가액에 의하여 안분계산한 건물분 가액을 건물분 실지거래가액으로 보아 부가가치세를 부과하는 것이 합리적인 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제66조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.