총괄납부승인을 받은 법인이 본사로부터 원자재를 공급받고 세금계산서를 수취하여 매입세액공제한 사실에 대하여 신고불성실가산세를 부과하는 것이 타당한지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에 주된 사업장(이하 “본사”라고함)을 두고 1996.4.10 사업을 개시하여 1996.7.1 부터 총괄납부승인을 얻은 종된 사업장(이하 “지점”이라고함)으로 본사로부터 원자재를 공급받고 아래와 같이 세금계산서를 수취하여 부가가치세를 신고하면서 매입세액으로 공제하였다. 년도기분 공 급 자 공급가액 세 액 ’96.2기

○○(주) 9,935,655,630 933,565,563 ’97.1기 “ 9,876,037,595 987,603,759 ’97.2기 “ 6,544,732,980 654,473,298 ’98.1기 “ 5,199,736,880 519,973,687 ’98.2기 “ 4,276,460,325 427,646,031 계 35,832,623,410 3,583,262,338 처분청은 총괄납부승인 사업자의 본점과 지점 간의 내부거래는 부가가치세법상 재화의 공급이 아님에도, 청구법인이 세금계산서를 수취하고 부가가치세 신고시 매입처별 세금계산서합계표를 제출하여 매출세액에서 매입세액으로 공제함으로써 매입세액을 과다하게 공제하였다하여 매입세액 3,583,262,338원을 불공제하고 신고불성실가산세 358,326,231원을 적용하여 합계 3,941,588,569원의 부가가치세를 청구인에게 1999.3.4 결정고지 하였다 청구법인은 이에 불복하여 1999.10.13 이 건 심사청구를 제기하였다.

처분청에서는 총괄납부 사업자의 내부거래분 세금계산서 수취분에 대하여 매입세액 불공제 및 신고불성실가산세를 적용하였는 바, 총괄납부제도의 근본 취지는 납세자의 편익을 위한 제도임에도 불구하고, 총괄납부제도의 맹점인 내부거래분에 대하여 매입세액을 불공제하면서 신고불성실가산세를 부과함은 부당하다.

총괄납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부를 하는 과세기간에 다른 사업장에 반출하는 것은 부가가치세법 시행령 제15조 제2항 단서에 의하여 재화의 공급이 아님에도, 내부거래분에 대하여 세금계산서를 수취하여 매입세액으로 공제한 것은 부당하므로 매입세액을 불공제하고 신고불성신가산세를 적용하여 경정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 총괄납부승인을 얻은 지점이 본사로부터 원자재를 공급받고 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제한데 대하여, 이를 경정하면서 신고불성실가산세를 부과한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령

○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】 제2항에서『사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용ㆍ소비하는 경우에 대통령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다』고 규정하고,

○ 같은 법 시행령 제15조【자가공급의 범위】 제2항에서『2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다. 다만, 제5조 제3항의 규정에 의하여 총괄납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부를 하는 과세기간에 반출하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다』고 규정하고,

○ 같은 법 제22조【가산세】 제4항에서『사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 2. (생략)』고 규정하고, 같은 법 제5항 제1호에서『제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과한 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 1996.7.1 부터 종된 사업장으로 총괄납부승인을 얻은 청구법인은 본사로부터 원자재를 공급받고 1996년 제2기분부터 1998년 제2기분까지 본사가 발행한 세금계산서 35,832,623,410원(세액 3,583,262,338원)을 수취하여 부가가치세 신고시 매출세액에서 매입세액으로 공제한 사실과, 처분청은 총괄납부 사업자간의 내부거래분은 재화의 공급에 해당되지 아니함에도 세금계산서를 수취하여 매입세액으로 공제하였다하여, 이미 공제받은 매입세액 3,583,262,338원을 불공제하고 신고불성실가산세 358,326,231원을 적용하여 경정한 사실과, 본사에서는 같은 금액이 과다하게 신고되었다하여 주된 사업장 관할 세무서장이 1999.5.25 경정하여 환급통보한 사실에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 매입세액을 불공제하면서 신고불성실가산세 358,326,231원을 부과하는 것은 부당하다고 주장하나, 부가가치세법상 납세지는 사업장 과세원칙에 따라 각 사업장으로 하고 있으므로 한 사업장에서는 물품의 매입만 이루워져 환급세액이 발생하고, 다른 사업장에서는 판매만 이루워져 납부세액만 발생할 수 도 있어, 이러한 경우 납부세액은 과세표준의 신고와 함께 납부하여야 하고 환급세액은 일정기간이 경과한 후에 환급 받게 되므로 납세의무자에게는 자금상의 부담을 주고 세무행정상 번잡을 주게 되므로 이를 피하기 위하여 주사업장 총괄납부제도를 두고 있으며, 이러한 총괄납부승인을 얻은 사업자는 그렇지 않은 사업자와는 다르게 적용되는 부가가치세법상의 규정이 있는 바, 동법시행령 제15조 제2항에서 총괄납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부를 하는 과세기간에 재화를 반출하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있으므로, 이 건과 같이 총괄납부승인을 얻은 청구법인이 본사부터 원자재를 공급받는 것은 내부거래에 해당되므로 재화의 공급으로 볼 수 없음에도 본사로부터 세금계산서를 교부받고 부가가치세 신고시 매입처별 세금계산서합계표를 작성하여 제출한 것은 관련규정을 준수하였다고는 볼 수 없다 할 것이고, 부가가치세법 시행령 제5조 에 의하여 주사업장 총괄납부승인을 얻은 사업자라 하더라도 부가가치세는 사업장마다 신고하여야 한다는 기본원칙에 따라 그 과세표준 및 세액의 신고는 각 사업장에서 소관 세무서장에게 하여야 하며, 위 총괄납부제도는 단지 그 세액의 납부 또는 환급만을 주된 사업장에서 총괄 처리케 함으로써 사업자의 자금관리 등 편의와 세무관서의 행정능률을 제고하려는 것에 불과하므로, 총괄납부승인을 얻은 사업자가 한 사업장에서 다른 사업장으로 재화를 반출하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니하므로 이에 대하여 교부한 세금계산서는 사실과 다른 것이므로 반출받은 사업장에서 이 세금계산서를 근거로 매입세액공제를 신고할 수는 없다 할 것(대법88누9467, ’89.6.27)이며, 총괄납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부를 하는 과세기간에 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 재화에 대하여 세금계산서를 교부하고 반출 사업장에서는 매출로, 반입사업장에서는 매입으로 부가가치세를 신고하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표 불성실가산세를 적요하는 것(부가46015-1078, ’98.5.22)이며, 비록 총괄납부세액에는 변동이 없다 하더라도 종된 사업장에서 공제대상이 아닌 매입세액을 신고하여 공제한 경우 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하게 신고된 것이므로 신고불성실가산세를 적용하는 것은 타당(같은 뜻 국심85광101, ’85.9.14)하다 할 것이므로 처분청이 매입세액을 불공제하면서 신고불성실가산세를 적용하여 부과한 당초 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.