도로공사가 토지관련 매입세액인지 여부

○○세무서장이 99.7.16자로 청구법인에게 경정고지한 부가가치세 1,246,610,940원(97년 2기 107,609,590원, 98년 1기 350,091,500원, 98년 2기 639,462,020원, 99년 1기 149,447,830원)은 97년 2기부터 99년 1기까지 ○○건설(주)로부터 교부받은 세금계산서상 매입세액 1,128,400,751원(97년 2기 97,826,909원, 98년 1기 318,265,000원, 98년 2기 581,329,110원, 99년 1기 130,979,698원)을 당해 과세기간의 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 이를 재경정합니다.

청구법인은 ○○공사의 지점법인으로 ○○시 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지에 ○○화력발전소를 건설하여 전력을 생산ㆍ공급하기 위하여 청구외 ○○건설(주)(이하 “○○건설”이라 한다)와 ○○화력발전소 진입도로 및 교량건설공사계약(이하 “쟁점공사”라 한다)을 체결하고, 건설용역에 대한 세금계산서를 교부받아 부가가치세 환급신고하였다. 처분청은 청구법인이 97년 2기부터 99년 1기까지 시공회사로부터 교부받은 세금계산서 매입세액중 1,128,400,751원(97년 2기 97,826,909원, 98년 1기 318,265,000원, 98년 2기 581,329,110원, 99년 1기 130,979,698원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하고 이에 대한 부가가치세 1,246,610,940원(97년 2기 107,609,590원, 98년 1기 350,091,500원, 98넌 2기 639,462,020원, 99년 1기 149,447,830원)을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 99.9.20. 본 심사청구를 제기하였다.

쟁점공사는 토지조성공사가 아니고, 산업자원부장관이 승인한 화력발전소 건설허가조건에 따라 발전소 진입도로 및 교량을 축조하는 공사로서 이는 토지의 유용성을 향상시키거나 토지의 가치를 현실적으로 증대시키는 토지관련 공사가 아니고 토지와 구분되는 구축물로서 도로를 건설하여 관리청에 기부채납하는 것이므로 그 공사와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.

쟁점공사중 육상도로부분의 포장공사 및 각종 부대시설공사는 구축물인 도로로 인정되나, 토공부문의 공사내용은 토사절취 및 운반, 성토, 토사정비 및 다짐 등으로서 도로와 직접 관련이 적고, 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 토지에 대한 자본적 지출에 해당되므로 매입세액의 불공제는 정당하며, 그 금액도 기성검사보고서상의 공정율에 의하여 환산한 것으로 계산금액이 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세액이 토지관련 매입세액인지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. ~ 3의 2. (생 략)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (93.12.31 개정)』이라고 규정하고 있고

○ 같은 법 시행령 제60조【매입세액의 범위】제6항에서 『법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련매입세액”이라 함은 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다. (93.12.31. 개정)』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 심리판단 청구법인은 ○○공사가 ○○화력발전소를 건설하여 전력을 생산ㆍ공급할 목적으로 설립한 지점법인으로 산업자원부장관이 98.6.12. 승인한 전원개발사업실시계획에 따라 진입도로공사(쟁점공사), 본부지공사(발전소 지반공사), 사택공사(임직원 사택신축공사)를 연차적으로 각각 발주하여 청구외 ○○건설(주)와 각각 공사계약을 체결하였고, 건설용역과 관련하여 시공회사로부터 교부받은 세금계산서중 본부지공사와 사택신축공사중 국민주택규모이하 부분의 매입세액은 토지관련매입세액 또는 면세관련매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하고 나머지 매입세액은 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고하였다. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 경정조사에서 청구법인의 신고내용중 육상도로공사의 토공사 부분을 도로와 직접 관련이 없는 토지관련공사로 보아 매입세액을 불공제하고 나머지 부분은 정산신고로 인정하였으나, 청구법인은 토공사 부분도 도로공사의 일부이므로 공제되는 매입세액이라고 주장하므로 이 부분에 대하여 살펴본다.

(1) 쟁점공사는 97.8.25. 착공하여 2001.8.24. 준공예정으로 ○○건설이 시공한 육상도로 및 교량공사로서 도로구간은 ○○시 ○○면 ○○앞 삼거리에서 ○○시 ○○군 ○○면 ○○화력발전소 입구까지 총 연장길이 16.52km이며, 그 구간에 ○○대교 및 ○○대교의 축조가 포함되었고, 육상도로공사의 공사내용은 기존도로의 확장, 도로의 신설, 해안도로의 확장을 위한 공유수면 점용 및 부수공사로서 토공사, 포장공사, 부대시설 설치공사로 구분할 수 있고, 처분청은 이중에서 기성고검사보고서에 첨부된 기성고사정명세서에 의하여 포장공사 및 부대시설 설치공사부분만 구축물인 도로로 인정하고 토공사부분은 도로와 직접 관련이 없는 토지조성비용으로 보아 토지에 대한 자본적지출로 인정하였다.

(2) 쟁점공사중 토공사부분은 육상도로를 확장ㆍ축조하기 위하여 도로의 지반에 장애물이 있는 경우 이를 제거하고 낮은 지형에는 토사를 성토한 공사로서, 청구법인과 시공법인은 기성금을 산정하기 위하여 97년 2기 확정분부터 99년 1기 확정분까지 14회에 걸쳐 기성고 사정명세서를 작성하였으며, 그 명세서에는 토사의 절취성토ㆍ운반성토ㆍ정리 및 다짐, 풍화암 및 연암의 절취, 사토운반공사 등 토공사의 누적 공정율이 표시되어있고, 처분청은 쟁점공사의 계약금액에 토공사의 누적공정율을 곱하여 토공사 누적공사금액을 산정하고 여기에서 전회까지의 누적공사금액을 차감하여 당해분 토공사의 공사금액으로 계산하여 이를 토지의 자본적지출로 인정한 사실이 조사복명서에 의하여 확인된다.

(3) 처분청이 매입세액 불공제한 쟁점매입세액은 97년 2기 확정분부터 99년 1기 확정분까지 ○○건설에서 교부받은 매입세금계산서(14매)중 위에서 계산한 토공사 관련 매입세액을 불공제하여 당해 과세기간별로 부가가치세를 과세한 사실이 부가가치세 경정결의서 및 세금계산서 사본에 의하여 확인된다. 전시한 법령에서는 토지의 조성등을 위한 자본적지출과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있으나, 부가가치세 과세사업자로서 사업상 필요한 도로를 개설하기 위하여 부담한 부가가치세라 하더라도 그것이 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 대한 부가가치세인 경우에는 부가가치세가 면제되는 토지관련매입세액으로서 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이나 법인세법 시행규칙 별표 1에서 안벽ㆍ방벽ㆍ제방ㆍ포장도로ㆍ포장노면 등은 토지와는 구분되는 별도의 구축물로서 감가상각 대상자산으로 규정하고 있으므로 도로의 유실을 방지하기 위한 석축ㆍ옹벽ㆍ구조물 등은 토지와는 구분되는 구축물로서 관련 매입세액은 공제대상으로 인정되고(국심95중199, 95.6.17, 같은 뜻) 있고, 사업과 직접적인 관련없이 당해 법인이 도로를 확장 또는 포장하여 국가에 기부채납하는 경우에 동 공사비용은 기부금에 해당하며 이에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 의 규정에 의하여 매출세액에서 공제 또는 환급받을 수 없는 것이나, 사업장의 진입도로를 확장 및 포장하여 국가에 기부채납하는 경우 동 공사비용과 관련된 매입세액은 동법 동조 제1항의 규정에 의하여 매출세액에서 공제 또는 환급받을 수 있는 것(부가22601-1758, 85.9.10, 같은 뜻)으로 해석하고 있다. 본 건의 경우, 쟁점공사는 발전소 진입도인 육상도로와 교량의 축조공사로서 처분청은 육상도로의 지반공사인 토공사 부분을 구축물인 도로보다는 토지의 조성과 직접 관련된 자본적지출로 보았으나, 육상도로는 사업상 필요에 의하여 청구법인의 소유토지가 전혀 없는 기존 공공도로를 확장ㆍ포장하여 완성된 도로를 관리청에 기부채납할 목적으로 축조한 것이고, 그 공사의 토공사부분도 도로를 축조하기 위한 기반공사로서 구축물인 도로건설에 필수적인 공정이므로 도로공사의 일부로 인정되고 이에 따른 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있는 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.