○○협력단에 공급한 물품에 대하여 영세율적용여부

○○ 세무서장이 99.6.11. 청구법인에게 경정고지한 부가가치세 46,097,610원은 ○○협력단과의 거래금액을 98년 1기분은 68,550,000원, 98년 2기분은 286,047,000원으로 하여 이를 부가가치세 과세표준과 세율 10%로 재경정한다.

청구법인은 ○○협력단(이하 “협력단” 이라 한다)이 대외원조 대상국가에 무상원조하는 물품을 공급하면서 그 물품(이하 “쟁점물품” 이라 한다)이 수출재화라 하여 부가가치세 신고시 매출세액을 영세율로 신고하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점물품의 공급대가를 협력단으로부터 원화로 지급받고 있으며 협력단을 대신하여 통관절차만 대행한 것이라 하여 청구법인이 공급한 354,597,000원(공급가액)에 대하여 영세율 적용을 배제하고 99.6.11. 98년 1기분 부가가치세 46,097,610원을 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 99.9.2. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 협력단과의 물품공급계약에 따라 쟁점물품을 공급하였지만 수출신고필증에서 확인되는 바와 같이 실질적으로는 직접 수출하였다고 보아야 하며, 설령 수출로 볼 수 없다 하더라도 협력단은 국제기구에 해당하므로 국제기구에 공급하는 재화로 보아 영세율을 적용하여야 한다.

청구법인이 협력단으로부터 쟁점물품의 공급대가를 원화로 지급받았고, 협력단을 대신하여 쟁점물품의 통관절차만 대행한 것이므로 비록 수출신고 명의자는 청구법인이라 하더라도 실제 수출자는 협력단인 바, 영세율 적용을 배제하고 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이건의 다툼은 청구법인이 협력단에게 공급한 쟁점물품을 수출재화로 보지 아니하고 영세율 적용을 배제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제11조 제1항 제1호 에서는 수출하는 재화의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제24조에서는 수출은 내국물품을 외국으로 반출하는 것으로서 그 수출하는 재화에는 사업자가 내국신용장과 대외무역법에서 정하는 구매승인서에 의하여 공급하는 재화를 포함하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제9조의2에서는 내국신용장이라 함은 사업자가 국내에서 수출용 원자재ㆍ수출용 완제품 또는 수출재화 임가공용역을 공급받고자 하는 경우에 그 사업자의 신청에 의하여 외국환은행의 장이 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간내에 개설하는 신용장을 말하고 구매승인서라 함은 외국환은행의 장이 내국신용장에 준하여 재화의 공급시기가 속하는 과세기간내에 발급하는 승인서를 말한다고 규정하고 있고 대외무역법 시행령 제2조 제3호 의 규정에 따르면 수출이라 함은 매매ㆍ교환ㆍ임대차ㆍ증여 등을 원인으로 국내에서 외국으로 물품을 이동하는 것과 유상으로 외국에서 외국으로 물품을 인도하는 것으로서 산업자원부장관이 고시하는 기준에 해당하는 것을 말한다고 되어 있으며 또한, 부가가치세법 제12조 제1항 제17호 에서는 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역과 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것의 공급에 대하여 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제38조 제1항 제13호 및 제2항, 같은 법 시행규칙 제11조의5 및 그 별표5의 규정을 종합하여 보면 한국국제협력단법에 의한 ○○협력단이 그 고유의 목적사업으로서 한국국제협력단법 제7조 에 규정된 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역에 대하여 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있고 부가가치세법시행령 제26조 제1항 제4호 에 국내에 주재하는 외국정부기관국제기구국제연합군 또는 미국군에게 공급하는 재화 또는 용역은 기타 외화를 획득하는 것으로 보아 영세율을 적용하도록 규정되어 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 먼저, 청구법인은 협력단과의 계약에 따라 공급하는 쟁점물품은 수출재화이므로 영세율 적용대상이라고 주장하고 있어 이를 살펴본다. 제시된 심리자료에 의하면 청구법인이 자신의 명의로 수출신고서 및 선적서류를 작성하여 물품을 외국으로 반출하도록 하고 있는 점은 인정되나 그 거래의 실질에서 보면 외국 정부 등과 협력하여 물품을 외국으로 반출할 권한과 책임을 가진 자는 협력단이라고 보아야 할 것이므로 대외국가에 무상원조하기 위하여 반출하는 물품의 수출자는 협력단이고 청구법인은 협력단과 체결한 물품공급계약에 의하여 협력단에게 물품을 공급하는 자라고 보아야 할 것이다. 그렇다면 청구법인이 자신의 명의로 수출신고서 및 선적서류를 작성한다 하더라도 이는 협력단과 체결한 계약내용에 따라 위 협력단이 수행하여야 할 업무를 대행처리하는 데 불과하다 할 것이므로 청구법인이 협력단에게 공급한 쟁점물품은 영세율적용 대상이 될 수 없다(같은뜻: 감심 99제22호, 99.2.23, 국세청 예규: 부가46015-1410, 98.6.25)고 판단된다. 다음, ○○협력단이 국제기구에 해당하는지를 본다.

○○협력단은 한국국제협력단법(91.1.14. 법률 제4313호)에 의하여 설립된 법인으로서 국내법에 의하여 설립되었으므로 국내에 주재하는 국제기구로 볼 수 없으며, 따라서, 협력단에 공급한 재화는 전시한 법령에 의한 기타 외화를 획득하는 재화라고 할 수 없으므로 처분청이 영세율 적용대상에서 제외하고 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 그러나, 처분청의 이건 부가가치세조사서 내용을 살펴보면, 조사서에는 98년 1기 거래금액은 68,550,000원이고 98년 2기 거래금액은 286,047,000원 합계 354,597,000원으로 조사되어 있고, 또한 청구법인이 제시한 물품공급계약서와 수출신고필증에서도 이와 같은 사실이 확인되고 있는 바, 경정결의서상 354,597,000원 모두를 98년 1기 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 과세한 처분청의 처분은 잘못되었다고 할 수 있다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.