법정신고기한내에 과세특례포기신고서를 미제출한 경우 재고납부세액을 과세함이 타당한지 여부

○○세무서장이 1999. 6. 2. 청구인에게 결정고지한 98년 1기분 부가가치세 6,273,430원은 재고납부세액 계산의 기준이 되는 과세표준을 17,822,250원으로하여 과세표준과 세액을 경정한다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 지하상가 ○동 ○호(이하 “쟁점사업장”이라 한다)를 분양받아 이를 임대하고 부동산 임대용역에 대하여 부가가치세 신고하였다. 처분청은 쟁점사업장의 사업개시년도의 부가가치세 연간환산과표가 일반사업자 규모(150백만원)에 미달함에도 청구인이 ’98.6.20.까지 과세특례포기신고서를 제출하지 않았고, 처분청은 ’98년 1기 과세기간부터 과세특례자로 과세유형이 전환된 것으로 보아 재고납부세액을 가산하여 98년 1기분 부가가치세 6,273,430원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’99.9.10. 본 심사청구를 제기하였다.

청구인은 쟁점사업장의 임차권을 분양받아 이를 청구외 박○○에게 임대하고 임대용약에 대하여 부가가치세 신고하였으며, 처분청으로부터 쟁점사업장의 과세유형전환을 통지받은 사실이 없는데도 과세유형전환을 소급 적용하여 재고납부세액을 과세하는 것은 신의성실의 원칙에 위배되어 부당하다.

청구인은 ’96.6.25. 쟁점사업장에 대한 사업자등록증을 교부받았고, 최초 사업개시년도인 ’97.1기 부가가치세 과세표준이 만기 환산한 경우 과세특례자에 해당됨에도 ’97.12.20.까지 과세특례포기신고서를 제출한 사실이 없으므로 과세유형전환일 현재 감가상각자산에 대한 재고납부세액을 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 법정신고기한내에 과세특례포기신고서를 미제출한 경우 재고납부세액을 과세함이 정당한지의 여부
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제26조 의 2 【재고매입세액가산】에서 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경당시의 재고품 및 감가상각자산(제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 공제받은 경우에 한한다)에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다.』라고 규정하고 있고

○ 부가가치세법시행령 제74조 의 2 【간이과세ㆍ과세특례 및 일반과세의 적용시기】제1항 및 제2항, 제3항에서 『① 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 법 제25조 제1항 제1호 또는 제74조 제1항 각 호에서 규정하는 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다.

② 제1항의 경우에 당해 사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간 개시전일까지 교부하여야 한다.

③ 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용한다』라고 규정되어 있고

○ 같은 법 시행령 제74조의 4 【간이관세ㆍ과세특례 전환시의 세액계산특례 제3항에서 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에 당해 사업자는 다음 각 호의 방법에 의하여 계산한 금액(이하『재고납부세액』이라 한다)을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다. 이 경우 제2호 및 제3호의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단 및 동조 제4항의 규정을 준용한다.

1. (생 략)

2. 제1항 제4호에 규정된 자산으로서 다른 사람으로부터 매입한 자산 (가) 건물 또는 구축물 재고납부세액 = 취득가액×(1-10/100×경과된 과세기간의 수)×10/100 ×(1-법 제26조 제3항 각 호에 규정하는 공제율) (나) 기타의 감가상각자산 재고납부세액 = 취득가액×(1-25/100×경과된 과세기간의 수)×10/100 ×(1-법 제26조 제3항 각 호에 규정하는 공제율)』이라고 규정하고 있으며

○ 같은 법 시행령 제49조【자가공급등에 대한 과세표준의 계산】제1항에서 『과세사업에 공한 재화가 소득세법시행령 제62조 또는 법인세법시행령 제48조 에 규정된 감가상각자산에 해당하는 경우에 당해 재화를 법 제6조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 공급으로 보는 때에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액을 당해 재화의 시가로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제3조의 규정에 의한 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 10을 초과하는 때는 10으로, 기타의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과하는 때에는 4로 한다. (이하 생략)』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 심리판단 본 건의 과세경위에 대하여 보면, 쟁점사업장은 ○○시청이 발주하고 청구외 ○○건설 및 ○○개발이 시공한 ○○역 지하상가(이하 “쟁점상가”라 한다)로서 시공회사는 그 상가를 ○○시청에 기부체납하고 20년간 점용권을 획득하였고, 시공회사는 쟁점상가에 대한 점용권의 일부를 청구외 (주) ○○에 분양하였고, 청구인은 96.12.20. 청구외 (주) ○○로부터 쟁점사업장을 금 79,210,000원(부가가치세 별도)에 재분양 받고 세금계산서를 교부받아 매입세액을 환급받았으며 그 상가의 전대수입에 대하여 97년 1기부터 부가가치세 신고하였다. 처분청은 쟁점사업장에 대하여 96.6.25. 부동산 임대업으로 일반사업자 사업자등록증을 교부하였고, 청구인은 97년 1기 부가가치세 과세표준이 일반사업자의 규모에 미달함에도 97.12.20까지 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하여 98년 1기부터 과세유형이 자동으로 과세특례자로 전환되었으나 과세유형전환에 따른 재고납부세액을 신고하지 아니하고 계속하여 일반과세자로서 부가가치세 신고하였다. 한편, 처분청은 청구인이 매입세액을 공제받은 상가점용권을 건축물로 보아 재고납부세액계산의 기준이 되는 과세표준을 1개 과세기간에 10/100씩 체감하고 2개 과세기간이 경과한 것으로 보아 과세표준을 57,031,200원(79,210,000원×80/100×90/100)으로 계산하였으나, 청구인이 취득한 상가점용권은 시공법인이 시설물을 ○○시에 기부체납하고 20년간 사용권을 취득한 사용수익기부자산의 점용권으로서 재고납부세액계산 대상자산에는 해당되나(부가46015-1972, 97.8.26, 같은 뜻), 그 자산은 유형자산인 건축물을 볼 수 없고 기타의 감가상각자산으로 보아야 하므로 경과된 과세기간당 체감율을 25/100로 보아야 하고, 청구인이 쟁점상가의 임대용역에 대하여 97년 1기부터 부가가치세를 신고하였더라도 청구인이 96.6.25. 사업자등록증을 교부받고 96.12.20. 쟁점상가를 분양받아 과세사업에 공하였으므로 ″경과된 과세기간″은 96년 2기, 97년 1기, 97년 2기로 3개 과세기간으로하여 과세표준을 계산하여야 하고, 그 가액은 17,822,250원(79,210,000원×25/100×3×90/100)으로 계산되는 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장의 일부가 이유 있으므로 국세기본법 제65조제1항제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.