주택의 양도가액 중 토지 및 건물가액이 구분되는지 여부

○○세무서장이 99.8.6. 청구인에게 결정고지한 98년 1기분 부가가치세 18,935,510원은 청구인이 98.5.10. 양도한 연립주택(○○시 ○○구 ○○동 00번지 ○○빌라 6세대)의 부가가치세 과세표준을 실제양도가액을 지방세법에 의한 시가표준액으로 안분계산하여 세액을 경정한다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 00번지에 소재하는 연립주택의 소유자 10명으로 구성된 재건축조합원으로 청구외 ○○건설(주)(이하 “○○건설”이라 한다)와 ○○동연립주택 재건축공사 도급계약을 체결하여 연립주택 16세대를 시공하였다. 청구인은 신축한 연립주책 16세대중 10세대는 조합원 지분으로 하고, 나머지 6세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)는 일반분양하여 건축비에 충당코자 하였으나 주택경기 침체로 1세대만 분양되어 그 분양대금과 5세대를 시공회사에 대물변제하고, 쟁점주택에 대한 부가가치세 과세표준을 지방세과세시가표준액에 의하여 안분계산하여 부가가치세 신고하였다. 처분청은 쟁점주택의 실지거래가액이 확인되고, 토지와 건물가액이 구분되는 것으로 보아 건물의 실지거래가액을 과세표준으로 하여 98년 1기 부가가치세 18,935,510원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 99.8.23. 본 심사청구를 제기하였다.

청구인은 쟁점주택을 토지와 건물가액의 구분 없이 일괄하여 양도하였고, 주택건설촉진법상 승인받은 분양가액이나 장부가액이 존재하는 것도 아닌데 처분청이 임의로 건물가액을 계산하여 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.

쟁점주택의 건물 취득가액은 공사도급계약서에 의하여 확인되고, 토지가액은 총공사비에서 건물가액을 차감한 가액임을 알 수 있으므로 이를 토지 및 건물가액이 구분되는 것으로 보아 실지거래가액에 의하여 과세표준을 계산한 부가가치세 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점주택의 양도가액중 토지 및 건물가액이 구분되는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제3조 【과세표준】제5항에서 『제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다』라고 규정하고 있고

○ 같은법 시행령 제48조의 2【과세표준의 안분계산】제4항 및 제5항에서 『④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. (97.12.31 항번개정)

⑤ 제4항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다.

1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다.

3. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 심리판단 본 건의 과세경위를 보면, 청구인은 쟁점주택의 토지 및 건물가액이 구분되지 아니한 것으로 보아 부가가치세 과세표준을 지방세과세시가표준액으로 안분계산하여 신고하였으나, 처분청은 쟁점주택의 총 양도가액이 매매계약서 및 대물변제계약서에 의하여 확인되고, 청구인이 신축한 주택의 취득가액은 공사도급계약서에 의하여 확인되어 토지가액도 계산할 수 있으므로 쟁점주택의 토지 및 건물가액이 구분되는 경우에 해당된다며 쟁점주택의 과세표준을 실지거래가액으로 계산하여 과세하였다. 청구인은 이에 대하여 쟁점주택의 토지 및 건물가액을 구분하지 아니하고 일괄 양도하였다며 매매계약서 및 대물변제계약서를 제시하였고, 부동산매매계약서에는 쟁점주택 302호를 토지 및 건물을 구분하지 아니하고 청구외 구○○에게 금 194,900,000원에 매매한 것으로 확인되고, 대물변제계약서도 토지와 건물을 구분하지 아니하고 쟁점주택 5세대를 공사대금 860,000,000원을 면제받는 조건으로 시공법인에게 소유권을 이전하기로 계약한 사실이 확인된다. 전시한 법령에 따르면, 사업자가 토지 및 건물을 함께 공급하는 경우 건물가액의 과세표준은 실지거래가액에 의하고 그 실지거래가액이 불분명한 경우에는 총 공급가액을 지방세과세시가표준액으로 안분계산하며, 주택건설촉진법에 의하여 승인된 분양가액이나 토지 및 건물의 장부가액, 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액을 실지거래가액으로 본다고 규정하고 있다. 본 건의 경우, 쟁점주택의 분양가액이나 감정가액이 존재하지 아니한 사실에 대하여는 다툼이 없고 장부가액이 확인되는지에 대하여 보면, 처분청은 토지의 취득가액을 쟁점주택의 양도가액에서 건물의 취득가액을 차감하여 계산하였지만 취득가액은 역사적 원가에 의하여 실제 거래한 가액을 의미하는 것이고, 쟁점주택의 토지는 조합원이 시기를 달리하여 각각 취득하여 출자한 것으로 실질적으로 거래된 사실이 없고 청구인도 토지의 장부가액을 기장할 수 없어 쟁점주택의 매매에 따른 종합소득세를 추계방식에 의하여 신고한 사실에 비추어 쟁점주택의 부수토지에 대한 취득가액이 확인되었다고 보기 어렵다. 한편, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우 그 건물의 공급가액은 실지거래가액이나 실지거래가액중 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 것으로 취득원가비례에 의거 안분계산할 수 없는 것이고, (부가22601-2143, 85.11.02, 같은 뜻) 처분청이 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 및 제5항에 규정되지 아니한 방법으로 부가가치세 과세표준을 계산하여 부가가치세를 부과한 처분은 잘못인 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.