매입세액의 안분계산의 당부

○○세무서장이 1999.8.3 청구인에게 경정고지한 1996.1기분 부가가치세 137,532,040원의 부과처분은 아래와 같이 계산한 102,455,597원을 면세관련 매입세액으로하여 1996.1기 부가가치세를 경정한다.

○ 1996.1기 공통매입세액 계산 총발생매입세액(855,426,419원) × 공통사용면적(15,144.34㎡) / 총면적(18,476.65㎡) × <1-10/100×경과된 과세기간(3)> = 공통매입세액(490,803,688원)

○ 면세관련 매입세액 계산 공통매입세액(490,803,688원) × 면세 공급가액(2,315,515,000원) / 총 공급가액(11,092,252,000원) = 면세관련 매입세액(102,455,597원)

○ 경정감 예상세액 당초 결정 면세관련 매입세액(125,029,125원) - 재계산한 면세관련 매입세액(102,455,597원) = 차액(22,573,528원) × < 1 + 10/100 > = 경정감 예상세액(24,830,880원)

○○시 ○○구 ○○동 00번지에 본점을 두고 있는 청구법인은『○○건설(주) ○○지점』이라는 상호로 ○○시 ○○구 ○○동 00번지에 지하2층 및 지상3층 건물 18,476.65㎡(이하 “쟁점건물” 이라 한다)를 신축(사용검사일: 94.10.20)하면서 부가가치세 매입세액 855,426,419원(이하 “전체 매입세액” 이라 한다)을 부가가치세 매출세액에서 공제 받고 부동산 임대업을 영위하다가 96.1기부터 쟁점건물에서 『○○』이라는 상호로 할인매장을 직영하게 되었으며 위 할인매장에서 면세분 매출액이 발생하였으나 공통매입세액 중 면세분에 대한 매입세액을 공제하지 아니하고 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다. 처분청은 99.8.19 청구법인에 대한 부가가치세 경정조사시 쟁점건물 전체의 면적에 대하여 과ㆍ면세 공통사용면적으로 보아 위 전체 매입세액을 공통매입세액으로 하여 96.1기분 과ㆍ면세분 매출액을 기준으로 면세분 매입세액을 안분 계산하여 96.1기분 부가가치세 137,532,040원을 99.8.3 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 99.8.12 이건 심사청구를 제기하였다.

쟁점건물 면적 중 과세ㆍ면세분 매출액이 공통으로 발생된 할인매장 면적 및 부속면적이 공통사용 면적에 해당함에도 쟁점건물 전체면적을 공통사용면적으로 보아 공통매입세액을 안분 계산한 처분은 부당하다.

쟁점건물의 주된 사용 용도는 대형 할인매장으로 각층의 운동시설이 할인매장의 매출에 영향을 미치고 있으며, 회원제 형태로 매출이 발생하므로 운동시설 등의 수입금액이 경미하여 전체 수입금액 중 차지하는 비율이 미미한 바, 전체의 매출금액기준에 의한 안분 계산이 타당하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 쟁점건물의 전체 면적을 공통사용면적으로 보아 그 매입세액을 공통매입세액으로 하여 과ㆍ면세분 매출액을 기준으로 안분계산한 후 면세분 매입세액 상당액을 불공제 하여 부가가치세를 과세한 처분이 정당한 지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】제2항에서는 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 제1호 내지 제3호 (생략) 4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 (이하생략)”이라 규정하고, 같은 법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】제1항에서는 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. (단서 생략) 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 ÷ 총공급가액”이라 규정하고, 같은 조 제4항에서는 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율”이라 규정하고, 같은 령 제61조의2【공통매입세액의 정산】에서는 “사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 =【총 공통매입세액 × (1 - 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 ÷ 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액) - 기공제세액】

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 =【총 공통매입세액 × (1 - 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 ÷ 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적) - 기공제세액】”이라 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청이 쟁점건물 전체의 면적을 공통사용면적으로 보아 96.1기분 과ㆍ면세분 공급가액을 기준으로 안분계산하여 부가가치세를 과세한 반면, 청구법인은 쟁점건물이 임대아파트 단지내 상가로 주택건설촉진법에 의하여 구매 및 생활시설, 의료시설, 운동시설 등으로 용도가 지정되어 타용도로 전용이 불가능하고 구매 및 생활시설에서 면세분 매출액이 발생하였으므로 동 면적만이 공통사용면적이라고 주장하면서 건축물 매입세액 공제분 안분계산표(처분청 과세 및 청구인 주장 계산표) 및 연수지점 건축물 면적표 등을 제시하고 있어 이를 살펴본다. 첫째, 제시된 건축물 관리대장, 청구인이 제시한 ○○지점 건축물 면적표등 심리자료에 의하여 쟁점건물의 각층별 사용현황을 보면 아래 명세서와 같다. 쟁점건물의 층별, 용도별 명세서 (단위: ㎡) 용도 구분 구매시설 운동시설 의료시설 기타시설 합 계 비 고 지하2층 건물대장 5,209.80 5,209.80 심리일 현재까지 주차장등 기타용도로 사용중임 청구주장 5,209.80 지하 1층 건물대장 1,415.56 941.16 2,290.94 4,647.66 심리일 현재까지 할인매장으로 사용중임 청구주장 2,791.61 1,856.05 지상 1층 건물대장 672.79 434.12 1,236.02 2,342.93 약국치과등 일부 임대하고 잔여면적은 할인매장으로 사용 청구주장 1,424.06 918.87 지상 2층 건물대장 835.00 948.43 1,354.7 3,138.13 양도전까지 할인매장으로 사용하다가 99.5.11 2층전체 양도함 청구주장 1,469.27 1,668.86 지상 3층 건물대장 2,981.81 156.32 3,138.13 스포츠센타, 종합사무실등으로 사용하다가 99.7.20 스포츠센타만 매매계약 체결함 청구주장 3,138.13 합 계 건물대장 2,923.35 4,871.4 434.12 10,247.78 18,476.65 청구주장 5,684.94 6,663.04 918.87 5,209.80 둘째, 청구법인은 쟁점건물이 임대아파트 단지내 상가로 주택건설촉진법에 의하여 구매 및 생활시설, 의료시설, 운동시설 등으로 용도가 지정되어 타용도로 전용이 불가능하고 구매 및 생활시설에서 면세분 매출액이 발생하였다는 주장이나, 쟁점건물은 ○○시 ○○구 아파트 단지와 연접한 지역의 8차선 도로 및 2차선 도로에 접하고 있으며 청구법인이 건축하여 임대하고 있는 시대아파트(950세대 정도) 단지와 담으로 구분되어 있는 점과 주변의 아파트 단지 등과 비교하여 볼 때 쟁점건물은 아파트 단지내 상가로 보기 어렵고 오히려 독립된 쇼핑센터로 보기에 충분하다. 또한, 위 명세서와 같이 쟁점건물의 공부상 용도와 청구인이 주장하는 실제용도별 사용면적이 서로 다르므로 타용도로 전용이 불가능 하다는 청구주장을 받아들이기 어렵다. 셋째, 제시된 심리자료에 의하면 처분청은 쟁점건물 전체의 면적을 공통사용 면적으로 보아 공통매입세액을 안분계산하였고, 이에 대하여 청구법인은 쟁점건물의 공통사용면적은 7,917.38㎡(판매시설 5,684.94㎡ 및 기타시설중 안분계산한 면적 2,232.44㎡)라고 주장하면서 건축물 매입세액 공제분 안분계산표(처분청 과세 및 청구인 주장 계산표)와 ○○지점 건축물 면적표를 제시하고 있으나, 쟁점건물의 실제 사용내역은 지상3층 스포츠센타(수영, 헬스, 골프, 사우나, 에어로빅, 휴게실 등)와 종합사무실로 사용하다가 99.7.20 스포츠센타 면적 2,981,81㎡을 양도하는 것으로 매매계약을 체결, 지상2층은 할인매장으로 사용하다가 99.5.11 청구외 ○○화장품(주)에 매매, 지상1층은 치과병원등 일부면적을 임대하고 잔여면적은 할인매장으로 사용하고 있고 지하1층은 할인매장으로 사용하고 지하2층은 주차장 등 기타시설로 사용하고 있었음이 관련자료 및 우리청의 출장결과 확인된다. 넷째, 위 관계법령 및 관련사실을 종합하여 보면 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 <면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 ÷ 총공급가액> 의 산식에 의하여 계산하도록 규정되어 있고, 쟁점건물의 3층 스포츠센타(2,981.81㎡)와 1층의 치과병원(350.50㎡)등의 면적(3,332.31㎡) 등은 과세사업에 사용되었음이 인정되므로 공통매입세액 안분계산시 동 면적을 제외한 잔여면적을 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 면적으로 보아 관련 매입세액을 안분계산하여 부가가치세를 과세하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이상과 같이 심리한 바 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.