공유수면매립공사를 하고 매립지의 소유권을 취득하는 경우 토지의 취득으로 볼 것인지, 부가가치세가 과세되는 용역제공으로 볼 것인지 여부

○○세무서장이 99.6.1 청구법인에게 결정고지한 96년2기분 부가가치세 3,105,921,000의 처분은 이를 취소한다.

청구법인은 항만하역 및 화물운송업을 영위하는 업체로서 청구외 ○○건설(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)가 85.2.4 해운항만청으로부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지, 같은곳 ○○번지 지선 공유수면 매립면허를 받아 공사가 진행중인 상태에서 동 면허권 1/2지분을 매매금액 23,891,700,000원에 매수하여 96.8.19 청구법인의 소유지분을 해운항만청으로부터 토지사용허가를 득한 후 토지를 사용하다가 98.9.9 공유수면매립을 준공하여 토지 37,251㎡를 취득하였다. 처분청은 청구법인이 공유수면 매립면허에 의한 매립공사를 완료하고 토지에 대한 소유권을 취득한 것은 국가에 토지매립공사의 용역을 제공하고 그 대가로 매립지의 소유권을 취득함으로써 부가가치세 과세대상이 되는 용역의 공급으로 보아 매립지 사용승인일인 96.8.19을 용역의 공급시기로 하여 99.6.1 96년 2기분 부가가치세 3,105,921,000원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 99.8.24 본 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 공유수면 매립과 관련하여 86.12.30 개정전 공유수면매립법에 의하여 공유수면 매립면허 허가를 받은 면허권을 매입하여 공유수면 매립으로 취득한 매립지 전체에 대한 소유권이 매립면허를 취득한 자에게 귀속되는데 반해, 86.12.30 개정 후의 법은 매립에 소요되는 사업비등에 상당하는 매립지만 공유수면 매립면허를 취득한 자에게 귀속되고 잔여 매립지는 준공 후 국가에게 귀속되는 바, 청구법인의 경우에는 공유수면매립법 개정전(86.12.30)인 85.2.4 공유수면 매립면허를 받아 매립 공사중인 면허권을 청구의 법인으로부터 매수하여 공유수면 매립공사를 완료하고 매립지 전체에 대한 소유권이 청구법인에게 귀속됨으로 인하여 공유수면 매립과 관련 국가와의 대가관계도 없을 뿐만 아니라 국가에 제공한 용역도 없으며, 이는 청구법인이 공유수면 매립토지와 관련 매립권면허 취득원가 및 매립조성원가는 토지를 취득하기 위한 토지조성원가이므로 매립토지는 면세재화이므로 토지 취득은 부가가치세를 면세하여야 한다는 주장이다.

청구법인은 공유수면매립 면허에 의한 매립공사를 완료하고 토지에 대한 소유권을 취득한 경우 청구법인도 국가에 토지 매립공사의 용역을 제공하고 그 대가로 매립지의 소유권을 취득한 것으로써 청구법인의 용역제공과 매립토지의 소유권 취득과의 사이에는 경제적 실질적 대가 관계가 있다고 봄이 상당하므로 공유수면매립지 조성공사는 부가가치세 과세대상이 되는 용역의 공급으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 86.12.30개정전 공유수면매립법에 의하여 공유수면매립 면허를 받아 매립지 조성공사를 하고 매립지의 소유권을 취득하는 경우 토지의 취득으로 볼 것인지, 부가가치세가 과세되는 건설용역으로 볼 것인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】 제1항에서 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다”고 규정하고 있고

○ 같은법 제7조【용역의 공급】 제1항에서 “용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화.시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다”고 규정하고 있으며,

○ 같은법 제12조 제1항에서 “다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면세한다. 1~11호 『생략』

12. 토지”라고 규정하고 있다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제2항 제4호에서 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액”이라고 규정하고 있고

○ 같은법 시행령 제60조【매입세액의 범위】 제6항에서 『법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련매입세액”이라 함은 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다』고 규정하고 있다. 다음으로 공유수면매립법에 의하면,

○ 공유수면매립법(86.12.30개정전) 제14조【매립지의 소유권 취득】 제1항에서『매립의 면허를 받은자는 제12조의 규정에 의한 준공인가를 받은 날에 그 매립지의 소유권을 취득한다. 다만, 공용 또는 공공의 용(用)에 사용하기 위하여 필요한 매립지는 그러하지 아니한다』고 규정하고 있고,

○ 공유수면매립법(법 제3901호, 86.12.30개정) 제14조【매립지의 소유권 취득】 제1항에서 『매립의 허가를 받은 자는 제12조 규정에 의한 준공의 인가를 받은날에 공용 또는 공공의 용(用)에 사용하기 위하여 필요한 매립지를 제외한 매립지 중준공인가 신청시 본인이 원하는 위치의 매립지로서 그 매립에 소요되는 사업비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득한다』고 규정하고 있으며

○ 부칙(법 제3901호, 86.12.30) 제1항【시행일】에서 『이 법은 공포한 날로부터 시행한다』 제3항【이미 면허를 받은 자에 관한 경과조지】에서『이법 시행전에 이미 매립의 면허를 받은 자에 대하여는 종전의 규정에 의한다』 고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 이건 사실관계를 살펴본다. (1)청구외 법인(면허권 취득당시는 (주) ○○공사임)이 85.2.1 해운항만청(항무0000-000)으로부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지, ○○번지 지선 공유수면매립 면허를 득한 후 매립지 공사를 진행하던중 청구외법인이 96.5.10 ○○지방해운 항만청(항무 0000-000)으로부터 공유수면매립 면허를 청구법인과 청구외 (주)○○해운에 양도.양수 인가를 얻은 다음, 같은해 5.18 동 면허권 일부(사유지중 23,377분지 11,377)에 대한 모든 권리를 청구법인에게 매매대금 23,891,700,000원에 매매하기로 매매계약을 체결하였음이 관련공문서 사본 및 양수도계약서에 의하여 확인된다. 또한, 공유수면매립 면허권 양수와 관련 매매대금을 지급하고 청구외 법인으로부터 계산서를 수수하여 부가가치세를 면세신고하였음을 알 수 있다.

(2) 청구법인은 매립지 공사를 완료하고 96.8.19 ○○지방해운항만청(항무0000-000)으로부터 공유수면 매립지 사용허가를 받아 토지를 사용하다가 98.9.9 공유수면 매립공사를 준공하여 다음과 같이 토지를 각각 취득하였음이 공유수면 매립공사 준공인가 필증 및 토지대장에 의하여 확인된다. 부 동 산 소 재 지 지 목 지적(㎡) 소 유 자 비 고

○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 잡종지 37,251 (주)○○ 토지취득조건: 공유수면매립 법 제14조 및 같은법시행령 제20조 〃 잡종지 38,682 (주)○○해운 〃 잡종지 5,681 국가(해양수산부) 〃 도 로 5,608 〃 합 계 87,222

(3) 처분청은 매립공사의 용역을 제공하고 그 대가로 소유권을 취득하는 것은 부가가치세 과세대상인 용역의 공급으로 보아 공유수면 매립지 사용승인일을 용역의 공급시기로 보아 과세하였다. 이에 대하여, 청구법인은 86.12.30 개정전 공유수면매립법에 의하여 허가 받은 공유수면매립 면허권을 취득하였고 매립공사를 완료하여 공공용지를 제외한 매립지 전체를 취득함으로 국가와의 대가관계 및 용역을 제공한 사실이 없으며, 이건의 경우 매립토지와 관련 취득원가는 토지를 취득하기 위한 원가이므로 매립토지는 부가가치세를 면세하여야 한다는 주장이다. 86.12.30개정전 공유수면매립법에 의하여 공유수면매립 면허를 받아 매립지 조성공사를 하고 매립지의 소유권을 취득하는 경우 토지의 취득으로 볼 것인지, 부가가치세가 과세되는 건설용역으로 볼 것인지 여부를 가리는데 있는 바, 이에 대하여 살펴보면, 첫째, 먼저, 공유수면매립법 제14조 의 매립지의 소유권취득에 관련된 법조항이 86.12.30 개정되었는바, 개정전의 법과 개정 후의 관련 내용을 보면, 86.12.30 개정전의 공유수면매립법(개정 72.12.30,법 제2411호)에는 공용 또는 공공의 용(用)에 사용하기 위한 매립지를 제외한 매립지 전체에 대한 소유권이 공유수면 매립면허를 취득한 자에게 귀속되는 데 반해, 86.12.30개정 후, 공유수면매립법(법 제3901호, 86.12.30개정)에는 매립에 소요되는 사업비와 사업비의 10%에 해당하는 이윤과 1년간의 자금회수기간에 대한 건설이자를 합한 금액에 상당하는 매립지를 면허 받은 사업자가 취득하게 되고, 이때 당해 매립지의 가격은 2인 이상의 감정평가사가 평가한 평가액의 산술평균치를 기준으로 산정하며, 잔여매립지는 준공 후 국가에 귀속된다고 규정하고 있다. 또한, 동법 부칙 제3항에서 『이법 시행전에 이미 매립의 면허를 받은 자에 대하여는 종전의 규정에 의한다』고 규정하고 있는 바, 이건의 경우, 청구외 법인이 86.12.30 개정전 공유수면매립법에 의하여 85.2.4 공유수면매립 면허권을 취득 매립공사 중인 상태에서 청구법인이 96.5.18 피면허자인 청구외 법인으로부터 매립면허권을 양수 후 추가공사로 토지조성을 완료한 다음 도로부지, 항만시설은 국가에 귀속하고 나머지 매립지는 면허 취득한 자인 청구법인과 청구외 (주)○○해운 소유로 등록되었음이 확인된다. 둘째, 처분청은 공유수면매립지 조성공사완료 후 취득한 토지에 대하여 국가등과 대가관계가 있다고 보아 용역의 공급에 해당하는 것으로 보았으나, 86.12.30 개정전 공유수면매립법에 의하여 공유수면매립 면허를 취득 매립공사를 완료하여 공용 또는 공공의 용을 제외한 매립토지 전체를 피면허자가 취득함으로 인하여 국가와 대가관계가 없고 또한, 86.12.30 개정 후 공유수면매립법에 의한 공사비에 상당하는 매립지를 국가로부터 취득하는 경우가 아니므로 피면허자가 국가 에 용역을 공급한 것으로 보아 국가와 대가관계가 있다고 보는 것은 타당하지 아니하다고 할 것이다. 셋째, 사업자가 공유수면매립법중『매립지의 소유권 취득』에 대한 규정 개정(86.12.30)전에 공유수면 매립면허를 취득하여 매립공사의 준공인가를 받은 날에 그 매립지의 소유권을 취득(공용 또는 공공의 사용하기 위하여 필요한 매립지 제외)하는 경우로서 당해 매립공사에 관련된 매입세액을 공제하지 아니한 경우에는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것으로 해석(국세청 부가46015-4655, 99.11.20)하고 있는 바, 이는 공유수면매립법 개정 이전에 매립면허를 취득하여 매립공사를 시행한 경우는 공유수면을 매립.준공한 후 그 대가로 공사비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득하는 것이 아니라 준공인가를 받은 날에 공용 또는 공공의 용에 필요한 매립지를 제외한 모든 매립지의 소유권을 원시 취득한 것으로써 토지를 취득하기 위한 일련의 과정으로 보아야 할 것이다. 따라서, 청구법인이 부담한 매립면허권 취득원가와 추가 매립공사원가는 토지를 취득하기 위한 토지조성원가로 보아야 하며(국심 00서0000, 94.11.4외 다수) 또한, 공유수면매립법 개정전(86.12.30)에 매립면허를 받아 매립공사를 하여 토지를 취득한 경우에는 국가에 대가관계나 용역을 공급한 것으로 볼 수 없으며, 공유수면 매립토지 관련 매립권 면허취득원가 및 매립조성 공사원가는 토지를 취득하기 위한 토지조성원가이므로 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은법시행령 제60조 제6항 규정에 의한 토지관련매입세액은 매입세액 불공제 대상에 해당되므로 청구법인이 취득한 매립토지는 부가가치세 면세로 봄이 타당하다고 하겠다. 한편, 매립면허권 취득과 관련하여 국가에 귀속된 토지가 공용 또는 공공용지인 도로등 기반시설로서 청구법인이 매립하여 국가에 기부채납한 토지인 바, 이건의 경우, 매립면허 조건에 따라 매립을 완료하여 도로부지와 부두기반시설을 국가에 기부채납하였고 부가가치세가 면세되는 토지를 기부채납하였으므로 국가등에 귀속된 공용 또는 공공용지에 대하여는 부가가치세를 과세 할 수 없다고 판단된다.(국심00부000, 88.4.28) 위의 사실관계와 관련법령을 종합하여 볼 때, 처분청은 공유수면매립 면허를 받아 매립공사를 완료하고 그 토지 소유권을 취득하는 경우 매립공사의 용역을 제공하고 그 대가로 소유권을 취득하는 것으로서 부가가치세 과세 대상인 용역의 공급으로 보아 과세하였으나, 청구법인의 경우에는 공유수면매립법 개정전(86.12.30)인 85.2.4 공유수면 매립면허를 받아 매립 공사중인 면허권을 청구외 법인으로부터 매수하여 공유수면 매립공사를 완료하고 매립지 전체에 대한 소유권이 청구법인에게 귀속됨으로 인하여 공유수면 매립과 관련하여 국가와의 대가관계도 없을 뿐만 아니라 국가에 용역을 제공한 사실이 없고, 공유수면 매립토지와 관련 계산서를 수수하여 매입세액을 공제받은 사실이 없는 점, 또한, 86.12.30 개정전 공유수면매립법에 의하여 공유수면 매립면허를 취득하여 매립공사의 준공인가를 받은 날에 그 매립지의 소유권을 취득(공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지 제외)하는 경우로서 당해 매립공사에 관련된 매입세액을 공제하지 아니한 경우에는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것으로 해석(국세청 부가46015-4655, 99.11.20)하고 있으므로 청구법인이 취득한 매립토지는 부가가치세를 면세함이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.