부가가치세 과세표준의 추계경정 당부

〇〇세무서장이 99. 7. 15. 청구인에게 경정고지한 부가가치세 5,030,330원(98년 2기분 2,025,180원, 99년 1기분 3,005,150원)은 과세표준과 세액을 실지조사방법에 의하여 경정한다.

청구인은 98.9.5. 청구외(주) 〇〇(이하 “본사”라 한다)과 가맹점계약을 체결하고 〇〇점(〇〇시 〇〇구 〇〇동 〇〇번지) 〇〇빌딩 〇호, 이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 개업하여 98.11.11.부터 본사로부터 제과를 공급받아 이를 판매하고 사업실적에 대한 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 부가가치세 경정조사에 의하여 청구인이 매출에 관련된 장부를 보관하고 있지 않다는 사실을 확인받아 그 과세기간에 대한 과세표준을 추계경정하여 부가가치세 98년 2기분 2,025,180원 및 99년 1기분 3,005,150원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 99. 7. 27. 본 심사청구를 제기하였다.

쟁점사업장에서 매입한 상품 및 수량은 매입세금계산서 및 거래명세표에 의하여 확인되고, 이에 대한 판매실적은 청구인이 수기로 작성한 판매일보에 의하여 알 수 있는데 부가가치세 과세표준을 추계경정한 것은 근거과세원칙에 위배되며, 과세표준을 부가가치율에 의하여 추계로 경정하더라도 납세자의 개별적인 사정이 반영된 청구인의 부가가치율을 적용하지 아니하고 전국평균 부가가치율을 적용한 것은 부당하다.

청구인은 부가가치세 경정조사시 매출장부 및 증빙을 제시한 사실이 없고, 기타 거래증빙에 의하여 청구인의 부가가치율이 확인되지 아니하여 전국평균율을 적용한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인의 부가가치세 과세표준을 추계경정방법으로 결정한 처분이 적법한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제21조 【경 정】제2항에서 『사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계경정할 수 있다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때

2. 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모ㆍ종업원수와 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때

3. 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙의 내용이 원자재사용량ㆍ동력사용량 기타의 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 때』이라고 규정하고 있고

○ 같은법시행령 제69조【추계경정방법】제1항에서 『법 제21조 제2항 단서에 규정하는 추계경정은 다음 각호에 규정하는 방법에 의한다. 1호 내지 3호 (생 략)

4. 국세청장이 사업의 종류별, 지역별로 정한 다음의 기준 중의 하나에 의하는 방법 가목 내지 다목 (생 략)

• 라. 일정기간동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률
• 마. 일정기간동안의 매출액과 부가가치액의 비율을 정한 부가가치율

5. 추계경정대상사업자에 대하여 제2호 내지 제4호의 비율을 산정할 수 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법

6. 주로 최종소비자를 대상으로 거래하는 음식 및 숙박업과 서비스업에 대하여는 국세청장이 정하는 입회조사 기준에 의하여 계산하는 방법』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 심리판단 처분청은 청구인이 부가가치율을 저조하게 신고한 것으로 보아 지도확인조사를 실시하고, 청구인이 매출관련장부를 보관하지 아니한 것으로 보아 과세표준을 추계경정하였으나 그 추계경정처분이 부당하다고 주장하므로 이에 대한 사실관계를 본다.

(1) 청구인이 98,9.5. 본사와 가맹점게약을 체결하고 98.11.11.부터 본사로 부터 상품을 공급받아 제과를 판매하고 영업실적에 대하여 부가가치세를 신고한 사실이 가맹점 계약서 및 부가가치세 신고서에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 부가가치세 경정조사시 매입세금계산서 및 거래명세표만 제시하고 매출관련 장부를 제시하지 아니하여 무기장확인서를 징취하고 추후에 제출한 매출장부는 관련증빙이 없어 이를 신뢰할 수 없다며 98년 2기 및 99년 1기 예정분 과세표준을 전국평균부가가치율(37.24%)을 적용하여 추계경정한 사실이 조사종결복명서에 의하여 확인된다.

(3) 국세청장이 정한 제과점업의 1998년 부가가치율은 고시된 바 없고, 1997년 부가가치율은 연간 매출액이 1억5천만원 미만인 경우 24.44%, 1억5천만원 이상 5억원 미만인 경우 37.24%, 5억원 이상인 경우 44.39%로 확인되며, 본 심리청에서 청구인의 판매마진율에 대하여 본사에 확인한 바, 회계과 장○○대리는 포장재료를 제외한 순수 상품중 완제품은 29.6%, 반제품은 39.5%라고 확인한 사실이 있다.

(4) 청구인은 세무사사무실에서 전산으로 작성한 매출장부를 처분청이 신뢰할 수 없다며 과세표준을 추계로 경정하자 청구인이 직접 수기로 작성한 판매일보를 제시하며 그 장부상의 금액이 쟁점사업장의 실질 매출액이라고 주장하므로 순수 상품매입 및 매출에 대한 과세기간별 신고실적 및 조사실적, 판매일보상 매출액에 대하여 부가가치율을 분석한 내용은 아래 표와 같이 확인된다. 【표】 (단위: 천원) 과세 기간 신 고 실 적 경 정 실 적 판 매 일 보 실 적 매 출 매 입 VA율 매 출 매 입 VA율 매 출 매 입 VA율 98.2 51.370 43,794 14.7 69,781 43,794 37.2 60,507 43,794 27.6 99.1 70.833 61,049 13.8 97,275 61,049 37.2 77,916 61,049 21.6 합계 122,203 104,843 14.2 167,056 104,843 37.2 138,423 104,843 24.3

(5) 청구인의 부가가치세 과세표준을 추계경정한 처분이 적법한지에 대하여 본다. 부가가치세 과세표준과 세액은 원칙적으로 납세자가 비치ㆍ기장한 장부와 거래증빙에 의하여 결정하고 장부가 없거나 중요한 부분이 미비하여 추계로 결정하는 경우에도 그 추계결정은 합리적이고 타당성 있는 방법을 적용하여야 되는 것으로 판시하고 있다.(대법원 86주578, 87.2.24. 외 다수 같은 뜻) 청구인은 〇〇 제과의 가맹점으로 모든 상품을 본사에서 매입하여 포장지에 기재된 정찰가격에 의하여 판매한 사실을 알 수 있으며 처분청의 조사과정에서 청구인이 매입에 대한 거래명세표와 세금계산서를 제시하였다면, 설사, 매출액에 관한 장부가 사실과 다르게 기장되었더라도 거래명세표에 의하여 과세기간별로 실질 매출액을 계산할 수 있는 것으로 인정되고, 청구인이 제시한 판매일보상 매출액도 본사에서 확인한 마진율과 재고상품 폐기액 등을 감안할 때 실질매출액에 근접한 매출장부로 인정되므로 처분청이 경정조사시 매출장부가 없는 것으로 보아 무기장 확인서를 징취하여 과세표준과 세액을 추계경정한 처분은 잘못인 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.