실지 거래 사실과 다른 세금계산서의 매입세액 불공제의 당부

○○세무서장이 98.12.16 청구인에게 결정고지한 97년 2기분 부가가치세 142,826,030원의 부과처분은,

1. 청구인이 청구외 (주)○○과 거래한 97.2기 매입세금계산서 1,190,217,000원에 대한 거래사실의 진위여부 및 구체적인 사실관계를 재조사하고 그 결과에 따라 매입세액 공제여부를 결정한다.

청구인은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리에 소재한 농약 도매상으로서 거래처인 청구외 (주)○○으로부터 97년 2기 농약 매입분 1,190,217,000원에 대한 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 매입세액을 공제하였으나 처분청이 거래명세서와 매입세금계산서 교부일자가 서로 다르다 하여 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액을 불공제하여 98.12.16 부가가치세 142,826,030원을 경정결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 처분청에 이의신청(신청: 99.2.6, 결정: 99.3.31)을 거쳐 99. 7. 7일 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구외 (주)○○과 거래한 쟁점세금계산서는 실거래를 하고 교부받은 것임에도 단순히 거래명세서상의 거래일자와 세금계산서 교부일자가 다르다 하여 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액을 불공제함은 부당하다는 주장이다.

청구인이 쟁점세금계산서에 대하여 실거래를 입증할 수 있는 금융자료등 아무런 증빙을 제시하지 못하고 있고, 거래명세표와 쟁점세금계산서의 거래시기가 일치하지 아니하므로 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제2항 제1의 2호에서 “ 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액 (단서 생략) 은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제2호 에서 “법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액은 매출세액에서 공제한다”라고 규정하고 있으며, 대법원 판례 00경000(94.7.23)호에서는 세금계산서의 작성교부가 같은 과세기간내에 이루어지고 실제거래가 있었음이 확인되면 매입세액은 공제하는 것으로 해석하고 있다.

• 다. 사실관계 및 심리판단

(1) 처분청은 청구인에 대한 부가가치세 조사시 거래명세표와 쟁점세금계산서의 교부일자가 다르다하여 매입세액을 불공제하였으나, 처분청이 제시한 거래명세표와 청구인이 제시하는 거래명세표가 서로 다르며, 청구인 제시 거래명세표에 의하면 거래명세표일자와 쟁점세금계산서 교부일자가 같은 월에 속하고 있으므로 사실과 다른 세금계산서로 보기 어렵다고 판단된다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점세금계산서에 대한 거래 사실을 입증할 수 있는 어떠한 증빙을 제시하지 못하여 사실과 다른 세금계산서로 판단하였으나, 청구인은 청구과정에서 거래명세서, 입금표, 거래대금지급내역서와 이를 입증할 수 있는 ○○은행ㆍ○○은행예금통장 사본, 현금판매장 사본, 외상매출금 장부 사본 등을 제시하고 있다.

(3) 청구인은 이건 조사당시 조사공무원에게 거래명세서 및 매입장을 비치하지 않았다고 확인하여 주었으나, 청구서에서 거래명세서와 현금ㆍ외상판매장 사본을 제시하고 있으므로 첨부된 청구인의 확인서는 신빙성이 없다고 판단된다. 위 사실과 관련 법령을 종합해 볼 때, 처분청은 청구인에 대한 세무조사 과정에서 쟁점세금계산서가 사실 거래인지 여부를 확인할 수 있는 거래명세서나 대금지급사실관계를 확인할수 있는 증빙자료를 청구인이 제시하지 아니하므로서 쟁점세금계산서에 대한 사실거래 여부 조사를 소홀이한 점이 인정되며, 청구인은 청구과정에서 쟁점세금계산서가 사실 거래라고 주장하며 이를 입증할 수 있는 거래명세서, 매출관련장부, 대금지급내역서와 이를 입증할 수 있는 예금통장 사본등 증빙서류를 제시하고 있으므로 처분청은 이들 서류에 근거하여 쟁점세금계산서에 대한 사실거래 진위여부 및 구체적인 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 쟁점세금계산서에 대한 매입세액공제 여부를 경정결정함이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.