세금계산서를 근거로 과세한 처분의 당부

○○세무서장(1999.9.1 변경전 ○○세무서장)이 1999.3.15 청구인에게 결정고지한 1998년 제1기분 부가가치세 96,412,340원은, 아래 매출 세금계산서에 대한 사실관계를 재조사하여 이를 경정합니다. 아 래 공급자 공급받는자 작성일자 품 목 공급가액 세 액 청구법인

○○산업(주) 1998.6.30

○○-○○간도로 포장공사 선급금 342,450,909 34,245,091

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재에서 건설업을 영위하는 영리법인으로 1998년 제1기분 및 제2기분 부가가치세를 아래와 같이 신고한 사실이 있다. 구 분 매출과표(천원) 매입과표(천원) 비 고 ’98. 1기 984,456 1,433,017 ’98. 2기 3,110,028 3,601,158 처분청은 1999.2.1 ～ 2.6 까지 부가가치세 경정조사를 실시하여 아래 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라고함)를 포함한 매출누락 1,346,472천원 등을 확인하고 1999.3.15 청구법인에게 1998년 제1기분 96,412,340원, 1998년 제2기분 34,748,740원 합계 131,161,080원의 부가가치세를 결정 고지하였다. 공급자 공급받는자 작성일자 품 목 공급가액 세 액 청구법인

○○산업(주) 1998.6.30 선급금 342,450,909 34,245,091 청구법인은 이에 불복하여 1999.6.21 이 건 심사청구를 제기하였다.

○○도 ○○출장소가 발주한 ○○-○○간 도로 확ㆍ포장공사(이하 “쟁점공사”라함)를 청구법인, 청구외 ○○산업(주)(이하 “청구외법인”이라함), 청구외 ○○산업(주)가 공동으로 도급계약을 체결하였으나, 실제로는 청구외 법인이 쟁점공사의 대부분을 수행하였으므로 청구법인이 청구외 법인에게 세금계산서를 발행할 이유가 없음에도, 청구외 법인이 임의로 작성한 쟁점 세금계산서 의하여 청구법인이 매출누락한 것으로 보아 과세한 당초 처분은 부당하다.

청구법인은 쟁점 세금계산서와 관련하여 백지로 세금계산서를 청구외 법인에게 맡겼다고 주장하나 이는 있을 수 없는 일이며, 설령 그렇다 하더라도 선량한 사업자로서의 책임과 의무를 다하지 못한 것으로 그 결과에 대하여는 청구법인에게 책임이 있고, 청구외 법인에서 쟁점 세금계산서의 매입세액을 공제받은 사실이 있으므로 쟁점 세금계산서의 공급가액을 매출누락액으로 보아 경정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점 세금계산서를 근거로 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다
• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】 제2항에서 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질 내용에 따라 적용한다.고 규정하고,

○ 같은 법 제16조【근거과세】 제2항에서 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.고 규정하고

○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】 제1항 제1호에서 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 과세하는 것으로 규정하고,

○ 같은 법 제7조【용역의 공급】 제1항에서용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다고 규정하고,

○ 같은 법 시행령 제48조【과세표준의 계산】 제1항에서 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다고 규정하고,

○ 같은 법 제16조【세금계산서】 제1항에서 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 세금계산서를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, (생략)고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 1999.2.1 ～ 2.6 까지 부가가치세 경정조사를 실시하여 쟁점 세금계산서를 포함한 매출누락 1,346,472천원 등을 확인하고, 1999.3.15 청구법인에게 1998년 제1기분 96,412,340원, 1998년 제2기분 34,748,740원, 합계 131,161,080원의 부가가치세를 결정 고지하였는바, 청구법인은 1998년 제1기분 중 쟁점 세금계산서와 관련된 부가가치세 44,518,610원에 대하여 이 건 심사청구를 하였다.

(2) 쟁점 세금계산서의 공급자인 청구법인은 1998년 제1기분 부가가치세 신고시 이에 대한 과세표준을 신고누락하였으며, 공급받는 자인 청구외 법인은 부가가치세 신고시 제출하여 매입세액을 공제받았음이 처분청에서 제시한 조사복명서에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인은 쟁점세금계산서와 관련하여 쟁점공사의 대부분을 청구외 법인이 수행하였으므로 청구법인이 청구외 법인에게 세금계산서를 발행 할 이유가 없다고 주장하므로, 이에 대하여 사실여부를 확인하기 위하여 심리기간 중 2차례에 걸쳐 보정요구【1.공동도급계약서사본. 2. 청구법인은 이 건 도급계약과 관련하여 실지로는 전혀 공사를 한 사실이 없는 지, 또는 당초 계약의 일부만을 수행하였는지, 일부만을 수행하였다면, 청구외 법인과 내부적으로 수정된 계약서가 있는 지 여부. 3.쟁점세금계산서와 관련하여 공급가액이 선급금인 지, 또는 기성금인 지 여부와 쟁점세금계산서 이외에 쟁점공사와 관련하여 발행한 세금계산서가 있는 지 여부. 4. 쟁점공사와 관련하여 청구외 법인으로부터 매입한 내역 등】를 하였으나, 청구법인은 심리일 현재까지 보정자료를 제출하지 아니하여, 쟁점공사와 관련된 사실관계가 불분명하여 청구주장이 사실인 지 여부가 판단되지 아니한다.

(4) 한편, 처분청은 이 건 조사시 청구외 법인이 쟁점 세금계산서를 신고하고 매입세액으로 공제한 사실로 보아, 청구법인이 매출누락한 것으로 확정하여 경정하였는바, 쟁점 세금계산서상 거래품목이 “○○ - ○○간 도로 확ㆍ포장공사 선급금”으로 되어 있고 공급자와 공급받는 자가 같은 쟁점공사의 수급자로서 통상적인 거래로 인하여 발행되는 일반적인 세금계산서의 경우와는 다른 점이 있는데도 청구법인이 실지 쟁점공사에 참여하여 공사용역을 공급하였는지 등을 검토하여 쟁점 세금계산서의 내용이 사실인 지 여부를 구체적으로 확인하여 이 건 과세여부를 결정하였어야 함에도, 단지 청구법인 명의로 발행된 쟁점 세금계산서가 부가가치세 신고시 신고누락된 점과 청구외 법인이 쟁점세금계산서를 부가가치세 신고하여 매입세액으로 공제 받았다는 사실만을 확인하였을 뿐 공급자, 공급받는자, 공사 발주처 등에 쟁점 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 등에 대하여 확인하지 아니하여 구체적인 과세근거를 확보하지 아니하고, 이 건 경정하였음이 인정된다. 위의 사실관계와 관계법령을 모아보면, 쟁점공사의 공동사업 당사자인 청구법인의 경우, 쟁점공사에 전혀 참여하지 아니하였는지, 또는 당초 계약과 달리 일부 공사만을 수행하였는지 등이 불분명하여 보정요구를 하였으나 보정자료를 제출하지 아니하여 청구주장이 사실인 지 여부가 판단되지 아니하며, 처분청의 경우, 당초 조사시 청구법인이 쟁점공사를 실지 수행하였는지와 쟁점 세금계산서에 대한 사실여부를 확인하지 아니하여 과세근거를 확보하지 아니하고 과세한 것은 세법 중 과세표준의 계산은 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다고 규정한 실질과세원칙과 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다고 규정한 근거과세원칙을 위배한 것으로 보여지므로, 처분청은 전시한【보정요구】사항 등을 재조사하여 쟁점 세금계산서의 사실 여부를 검토한 후 이 건을 결정하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.