청구법인의 매출누락액이 과다 산정되었는지 여부

• 가. 청구법인은 2014.1.21. 설립되어 스크린골프기기 제조업을 영위하는 법인으로, 2019.10.24. ㈜△△△로부터 □□□ 차량 1대(이하 “쟁점차량 1” 이라 한다)를, 2019.11.13. ㈜▲▲▲로부터 ■■■ 차량 1대를 (이하 “쟁점차량 2”라 하며, 두 차량을 통칭 “쟁점차량”이라 한다) 리스한다는 금융리스계약을 체결하였다.
• 나. 청구법인은 2020.1.10. 쟁점차량 1의 금융리스계약을, 2020.2.24. 쟁점차량 2의 금융리스계약을 제3자가 승계하도록 하면서, 2020 사업연도 법인세 신고 시 업무용승용차 관련비용 명세서에 쟁점차량의 양도가액을 832,541,879원으로 (쟁점차량 1 313,262,681원, 쟁점차량 2 519,279,198원) 기재하였으나, 세금계산서를 발급하지 않았고 2020년 제1기 부가가치세 신고 시 매출세액에 반영하지 않았다.
• 다. 국세청 감사관(이하 “감사관”이라 한다)은 2024.11.1.부터 2024.11.22.까지 B지방국세청에 대한 정기감사를 실시하고, 청구법인은 금융리스자산인 쟁점차량을 양도하고도 그 거래상대방에게 세금계산서를 발급하지 않았고 2020년 제1기 부가가치세를 신고할 때 쟁점차량의 양도가액을 매출에서 누락해 부가가치세를 과소신고하였으므로 이를 시정할 것을 지적하였다.
• 라. 이에 청구법인 소재지 관할서인 AAA세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 관련 사항을 수보받아 2025.7.17. 청구법인에게 매출누락액 832,541,879원에 대한 부가가치세 142,869,170원(가산세 59,614,990원 포함)을 경정·고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.10. 이의신청서를 제출하였는데, 이는 ｢국세기본법｣ 제55조제3항 에 따라 이의신청이 배제되는 처분에 대한 이의신청이므로 대신 ｢국세심사사무처리규정｣ 제11조의2에 의거 심사청구로 의제되었다.

• 가. 처분청이 고지한 과세표준은 실 양도가액보다 과다하다. 청구인이 위 통지를 받고 2020년 당시 쟁점차량 1의 소유자인 ㈜△△△과 쟁점차량 2의 소유자인 ㈜▲▲▲에 각각 양도가액(매출 과소신고액)을 전화로 문의한 결과, 쟁점차량 1은 금 190,076,032원, 쟁점차량 2는 금 286,607,257원 합계 금 476,683,289원으로 확인하였다. 확인 결과에 따라 처분청이 매출 과소신고액을 금 832,541,879원이 아닌 금 476,683,289원으로 계산하고 처분세액을 감액 변경해야 마땅하다. 쟁점차량의 리스계약은 청구법인의 전 대표이사가 독단적으로 진행한 것으로서 구체적인 계약 경위는 확인하기 어렵고, 위 캐피탈사에 자료를 요청했으나 ㈜△△△에서는 리스 종료 후 5년이 경과해 관련 서류를 보존하고 있지 않다는 사유로, ㈜▲▲▲에서는 양수인의 동의 없이는 자료 제공이 불가하다는 사유로 거절하였으므로 처분청이 자료 제출을 요구해 처리할 것을 요청한다.

• 가. 실제 양도가액이 다르다는 사실은 청구법인이 입증해야 하고, 입증하지 못한다면 법인세 신고서식 상 가액으로 판단하여야 한다. 1) 법인세 신고서식 중 ｢업무용승용차 관련비용 명세서｣ 서식은 법인이 업무용 승용차 관련 비용을 손금으로 인정받기 위해 작성하여 제출하는 법정 서식으로 업무용 승용차의 감가상각비, 임차료, 유류비, 보험료, 수선비, 자동차세 등 관련 비용 전체가 기재되며, 이러한 비용뿐만 아니라 해당 사업연도에 업무용 승용차를 처분한 경우에도 처분손실 손금산입 및 한도초과액을 계산하기 위해 처분한 승용차의 양도가액을 기재하도록 되어 있다. 청구법인은 2020 사업연도 법인세 신고시 제출한 ｢업무용승용차 관련비용 명세서｣ 서식에 쟁점차량의 양도가액을 832,541,879원으로 기재하였고, 쟁점 양도가액에서 세무상 장부가액 (취득가액+감가상각비누계액)을 차감하여 처분손실 1,070,653원을 인식하여 손금으로 인정받은 사실이 있다.

2. 상기 차량의 취득가액과 양도가액은 ｢업무용승용차 관련비용 명세서｣뿐만 아니라 청구법인의 회계상 재무제표에서도 확인된다. 구체적으로, 상기 ｢업무용승용차 관련비용 명세서｣ 상의 당기 처분된 차량 의 취득가액 합계액은 816,270,996원으로 확인되며, 이는 청구법인의 2020 사업연도 재무제표 중 합계표준대차대조표 상의 차량 감액분 816,270,996원과 정확히 일치한다. 또한, 청구법인의 손익계산서를 보면 2020 사업연도 유형자산처분이익이 98,651,614원으로 확인되며, 이는 당해 매각이익이 발생한 쟁점차량의 양도가액 832,541,879원에서 당해 자산의 회계상 장부가액 733,890,265원 (취득가액 786,310,996원 – 감가상각누계액 52,420,731원)을 차감한 금액 98,651,614원과 정확히 일치한다. 결론적으로, 쟁점차량의 양도가액 및 취득가액은 세무조정명세서뿐만 아니라 재무제표 상에 계상된 신뢰할 수 있는 금액임을 알 수 있다. 이에 감사관은 청구법인이 법인세 신고시 제출한 법정서식에 기재한 쟁점차량의 양도가액을 부가가치세 과세표준으로 하여 부가가치세 142,869,170원을 부과하도록 처분청에 통지하였고, 청구법인은 쟁점차량의 양도가액을 리스회사에 유선으로 문의한 결과 양도가액이 총 476,683,289원이라고 주장하나, 동 양도가액을 입증할 수 있는 자료는 제출하지 못하고 있다. 만일, 청구법인이 당초 법인세신고서 및 재무제표에 계상한 양도가액과 달리 실제 양도가액이 존재한다는 주장을 하는 경우에는 이에 대한 입증책임은 이를 주장하는 청구법인에게 있는 것이다(대법원 90누1151, 2009.11.2.등 다수). 청구법인이 주장하는 실제 양도가액에 대한 입증자료를 제출하지 못한다면 당초 법인세 신고시 제출한 ｢업무용승용차 관련비용 명세서｣에 기재된 양도가액을 쟁점승용차의 양도가액으로 볼 수 밖에 없으므로 처분청의 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다. 앞서 검토한 바와 같이 청구법인의 주장은 받아들이기 어려우므로 본 건 심사청구를 기각하여 주시기를 바란다.

청구법인에게 고지된 매출누락액이 실제보다 과다하게 산정되었다는 청구주장의 당부

1) 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부 개정된 것)

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 1-1) 부가가치세법 시행령 제18조 【재화 공급의 범위】(2013.6.28. 대통령령 제246 38호로 전부 개정된 것)

① 법 제9조제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 현금판매, 외상판매, 할부판매, 장기할부판매, 조건부 및 기한부 판매, 위탁판매와 그 밖의 매매계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것 2) 부가가치세법 제29조 【과세표준】(2018.12.31. 법률 제16101호로 일부 개정된 것)

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액 3) 부가가치세법 제57조 【결정과 경정】(2018.12.24. 법률 제16008호로 일부 개정된 것)

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조 및 제57조의2에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다.

• 가. 청구법인 기본사항 및 부가가치세 신고·경정내역

1. 청구법인은 2014.1.21. CCC에서 설립되어 2025.2.19. DDD으로 이전한 법인으로, 2023.12.15. 대표자가 甲에서 현 대표자인 乙으로 변경된 이력이 있다.

2. 청구법인의 2020년 제1기 부가가치세 신고내역에 따르면, 청구법인이 동 기간 신고한 매출액은 956,282,002원으로 세금계산서 발급분 729,880,829원, 신용카드 및 현금영수증 발급분 15,055,822원, 영세율 적용 대상 210,888,075원, 기타 457,276원으로 이루어져 있으며 영세율 대상을 제외한 매출세액은 74,539,388원인데, 처분청은 매출세액에 83,254,187원을 더해 이를 157,793,575원으로 경정한 것으로 나타난다. <2020년 1기 부가가치세 신고·경정내역>

• 나. 청구법인 업무용승용차 관련비용 명세서

1. 청구법인의 2020 사업연도 업무용승용차 관련비용 명세서에 따르면, 청구법인은 쟁점차량 1을 2019.10.24. 317,000,000원에 취득해 2020 사업연도 중 1개월간 보유한 뒤 313,262,681원에 양도하면서 장부가액 314,333,334원을 기준으로 계산한 처분손실 1,070,653원을 손금산입하고, 쟁점차량 2를 2019.11.13. 469,310,996원에 취득해 2020 사업연도 중 2개월간 보유한 뒤 519,279,198원에 양도하였다고 신고하였다. 또한, 청구법인은 ●●● 차량(이하 “쟁점외차량”이라 한다) 1대를 2018.5.4. 29,960,000원에 취득하고 2020 사업연도 중 12,727,272원에 양도하면서, 장부가액 18,974,668원을 기준으로 계산한 처분손실 6,247,396원을 손금산입했다고 신고하였다. <청구법인 2020 사업연도 업무용승용차 관련비용 명세서>

2. 청구법인은 2020 사업연도 법인세 신고 시 쟁점차량 및 쟁점외차량의 취득가액 합 816,270,996원을 합계표준대차대조표의 차량운반구 계정 차변에 기재하였고, 쟁점차량의 처분이익(양도가액 — 취득가액 + 감가상각비누계액) 98,651,614원을 손익계산서에 유형자산처분이익으로 기재하였다.

• 다. 청구법인 금융리스계약 관련 증빙 검토 1) 청구법인이 제출한 계약사실증명원 및 리스승계확인서에 따르면, 청구법인은 쟁점차량 1 금융리스계약을 2019.10.24. 체결하고 2020.1.10. 이 계약을 제3자에게 승계해 주었는데 최초 취득원가는 226,350,000원으로, 청구법인이 납입할 리스료는 271,626,000원(4,527,100원 × 60개월)로 기재되어 있다 (<붙임1> 쟁점차량 1 계약 증빙 참조). 2) 청구법인이 제출한 계약종결확인서에 따르면, 청구법인은 쟁점차량 2 금융리스계약을 2019.11.14. 체결했고 2020.2.24. 이 계약을 제3자에게 승계해준 사실이 나타난다 (<붙임2> 쟁점차량 2 계약 증빙 참조).

3. 청구법인이 제출한 증빙에는 쟁점차량 승계 시의 양도가액이 나타나지 않으며 ｢국세기본법｣ 제56조제1항 및 ｢행정심판법｣ 제36조 에 따라 각 캐피탈사에 사실조회한 결과, ㈜△△△은 현재 승계계약서 등의 증빙을 보존하고 있지 않으며 승계금액은 남은 리스기간과 미해소원금을 바탕으로 산정하는 것이나 정확한 금액을 회신하기는 곤란하다고 구두로 답변하였고, ㈜▲▲▲은 2020.2.24. 체결된 승계계약서를 회신하여 확인한 바 계약서 상 청구법인이 납입할 리스료는 331,916,657원으로,(5,528,400원 × 59개월, 5,741,057원 1개월) 승계금액은 286,607,257원으로 기재되어 있다 (<붙임3> 쟁점차량 2 승계계약서 참조). 4) 청구법인이 쟁점차량 금융리스계약을 양도하면서 세금계산서를 발급한 사실은 나타나지 않는다.

1) 관련 법리 가) ｢부가가치세법｣ 제9조제1항 은 재화의 공급이란 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다고 정하고 있다. 나) 사업자가 시설대여회사로부터 리스자산을 금융리스로 인도받아 사용하다가 시설대여회사의 동의를 얻어 새로운 리스이용자에게 당해 리스자산을 넘겨주는 것은 자산의 양도로서 부가가치세가 과세되며(부가46015-3607, 2000.10.24. 참조), 그 과세표준은 대가를 받은 경우라면 같은 법 제29조제1항 및 제29조제3항제1호에 따라 받은 대가를 합한 금액을 공급가액으로 해 계산하는 것이다. 다) 한편, 일반적으로 조세소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 못되는 사정을 입증하지 않는 한 당해 세금부과처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 1997.10.24. 선고 97누2429 판결 참조). 2) 청구법인에게 고지된 매출누락액이 실제보다 과다한지에 대한 판단 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 청구법인에게 고지된 매출누락액이 실제보다 과다하다고 보기 어렵다. (1) 법인세 신고내역은 장부에 입각해 성실하게 사실대로 이루어졌다고 추정되는 것이므로 청구법인의 2020 사업연도 법인세 신고서에 따라 각 쟁점차량의 양도가액은 313,262, 681원과 519,279,198원으로 추정되고, 위 신고내역에 오류가 있다는 사실을 입증할 책임은 청구법인에게 있다. (2) 리스회사 로부터 제출받은 쟁점차량 2의 승계계약서와 청구법인이 국세심사위원회에 출석해 제출한 쟁점차량 1의 상환스케줄에 따르면 청구주장과 같이 쟁점차량의 승계가액은 각각 190,076,032원과 286,607,257원으로 기재된 사실이 인정되기는 하나, 위 가액은 승계계약 당시 청구법인이 리스회사에 정산해야 할 미해소원금의 정산 금액을 나타낼 수는 있더라도 승계계약으로 인해 청구법인이 부담하지 않게 된 총 리스부채의 현재가치를 의미하는 것은 아니고, 각 쟁점차량의 양도와 관련해 청구법인이 받은 공급대가에 해당한다고 보기 어렵다. (3) 오히려, 법인세 신고내역 상 각 쟁점차량의 취득가액도 리스계약서 상 청구법인이 납입할 리스료의 현재가치에 비해 현저히 높게 기재되어 있는 점, 청구법인은 쟁점차량 2의 양도가액을 취득가액보다 높게 신고해 스스로 법인세를 추가 부담하기도 한 점 등을 고려할 때, 리스계약과 별도로 존재하는 계약조건 등이 부가되어 있어 법인세 신고 시 이를 고려해 리스계약서 등과 다르게 신고했을 가능성을 배제할 수 없으므로 법인세 신고내역이 사실에 부합하는 것이라고 볼 수도 있다. (4) 이에 대해 판단하기 위해서는 법인세 신고가 어떠한 장부나 자료에 기초해 이루어졌는지 파악할 필요가 있고, 리스승계계약은 리스이용자와 리스승계인 간에 체결되는 계약으로서 리스회사도 계약에 이르게 된 구체적인 사정을 파악하기는 어려운 점 등을 고려할 때 계약당사자인 청구법인이 계정별원장 등 관련 사실관계 및 증빙을 밝혀야 할 것으로 보이나, 청구법인 측은 국세심사위원회에서 관련 자료 등이 일체 보존되어 있지 않다고 진술하였고 최초 리스계약도 전임 대표이사가 독단적으로 진행한 것이어서 그 계약 경위를 전혀 알지 못한다는 의견을 제시하고 있으므로, 결국 법인세 신고내역에 오류가 있다는 사실이 입증되었다고 볼 수 없는 이상 위 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못하는 위법한 처분이라고 단정할 수 없다. 나) 따라서, 처분청이 청구법인의 매출누락액을 832,541,879원으로 해 2020년 제1기 부가가치세를 경정·고지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.