물류대행업체가 자기 명의로 재화를 수입하여 최종소비자에게 배송만 하는 경우 재화의 수입에 대한 매입세액공제 여부

이건 심사청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 2016.10.4. 설립되어 경기 남양주시 A 에서 물류대행업을 영위하는 법인사업자이다.
• 나. 청구법인은 2020.10.5. 싱가포르에 소재한 B(이하 “B ”라 한다)와 물류대행 기본계약을 체결하고 건강기능식품과 화장품(이하 “쟁점물품”이라 한다)을 청구법인 명의로 수입하여 국내 최종소비자에게 배송하고 있다.
• 다. 청구법인은 2024.12.31. C세관으로부터 공급가액 1,013,682,286원, 매입세액 101,368,220원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)의 수입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급받고 2024년 제2기 부가가치세 확정신고를 하면서 쟁점매입세액을 공제하여 107,129,609원의 환급신고를 하였다.
• 라. 처분청은 쟁점매입세액이 ‘청구법인의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액’에 해당하지 아니하고 청구법인이 쟁점물품의 실질적인 수입자가 아닌 형식상의 수입자에 불과하여 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 쟁점매입세액을 불공제한 후 과세전적부심사청구를 거쳐 2025.5.22. 청구법인에게 2024년 제2기 부가가치세 4,375,431원을 경정･고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.25. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인은 실질적 수입주체로서 매입세액 공제요건을 충족한다. 1) 건강기능식품 및 화장품은 허가받은 자만이 국내로 수입할 수 있기 때문에 B는 허가요건을 갖춘 청구법인과 물류대행 기본계약을 체결 하였고, 동 계약서는 청구법인이 한국으로 수입되는 B의 모든 제품에 대한 물류관리 업무를 전담한다고 명시하고 있다. 2) 청구법인은 단순한 위탁매매업체가 아니라, 제품 수입 후 보관, 검수, 입고 데이터 관리, 주문처리, 로케이션 및 재고관리 등 유통 전반의 프로세스를 독자적으로 수행한다. 또한 수입제품에 대한 품질관리 및 최종소비자에게 전달되는 국내 유통 책임 역시 청구법인이 부담한다. 3) 위 계약서에는 물류업무 수행 중 발생할 수 있는 제품의 파손, 도난, 분실 등에 대해 청구법인이 법적･경제적 책임을 지며, 손해발생 시 배상의무가 있다는 내용이 포함되어 있다. 이는 수입된 제품이 청구법인의 책임과 계산 하에 관리되고 있다는 것을 명확히 보여준다. 4) 또한 청구법인은 수입과 관련된 통관비용, 관세 및 부가가치세를 직접 부담하고 있으며, 이는 청구법인이 수행하는 물류대행 사업의 필수적인 요소 이다. 따라서 쟁점물품은 자기의 사업을 위하여 사용할 목적으로 수입하는 재화에 해당한다.
• 나. 국세청은 기존 해석례에서 이 건과 구조가 동일한 거래에 대해 매입세액 공제가 가능하다고 해석하였으므로 이 건에도 동일한 법리가 적용되어야 한다. 1) 국세청 해석례(서면-2016-부가-3635, 2016.4.27.)에 따르면 국내 사업자가 수탁가공을 위하여 국외 위탁자로부터 원재료를 무환수입하는 경우 국내 사업자가 자기 명의로 세관장으로부터 수입세금계산서를 수취하고 자기의 책임과 계산 하에 수입을 수행한다면 매입세액 공제가 가능하다. 2) 청구법인은 위탁자인 B로부터 재화를 수입하고 세관에 부가가치세를 직접 납부한 후 자기 명의로 수입세금계산서를 수취하며 재고관리, 재포장 후 해외법인이 지정하는 국내 소비자에게 전달되기까지의 사업 전과정을 수행하고 있다. 즉 위 해석례와 적용요건이 유사하고 예외 사유도 존재하지 않으므로 이 건에 대해서도 동일한 법리가 적용되어야 한다.
• 다. 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다. ｢부가가치세법 시행령｣ 제75조제9호 가목은 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당함에도 위탁매매 등이 아닌 거래로 세금계산서를 발급받은 경우 거래 당사자 간 계약에 따라 적정하게 세금계산서를 발급받았다면 사실과 다른 세금계산서로 보지 않는다고 규정하고 있다. 청구법인은 명확한 계약내용과 거래흐름에 따라 적법하게 세금계산서를 수취하고 적정하게 회계처리 하였으므로 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 본 것은 부당하다. 라. 쟁점매입세액을 공제하더라도 부가가치세 과세누락은 발생하지 않는다. 1) ｢관세법｣ 및 ｢부가가치세법｣에 따르면 국내 소비자가 해외에서 직접 구매하는 경우 물품가격이 미화 150달러 이하인 경우 관세 및 부가가치세가 면제된다. B의 모든 제품은 기준금액 미만이어서 애초에 부가가치세 면제대상이므로 부가가치세 과세누락으로 볼 수 없다. 2) 청구법인은 쟁점물품 수입 시 국가에 부가가치세를 납부했으며 쟁점매입 세액 공제를 부인할 경우 이 세금은 어느 주체에게도 환원되지 않고 국고에 귀속된다. 이는 소액물품에 대해 부가가치세를 면제해주는 입법취지에 반하는 것으로 국가가 부당이득을 취하는 결과를 초래한다.

• 가. 쟁점물품은 청구법인의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화가 아니므로 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제하는 매입세액에 해당하지 않는다. 1) 청구법인과 B 간 물류대행 기본계약서의 내용에 비추어 청구법인은 B로부터 쟁점물품을 수입하여 보관하면서 B로부터 출고지시를 받아 국내 다수 소비자에게 단순히 배달하는 물류대행 서비스를 제공하고 있으며, 이를 두고 청구법인이 자기의 책임과 계산으로 쟁점물품을 관리한다고 보기는 어렵다. 2) 청구법인은 최근 2개 사업연도인 2022 사업연도와 2023 사업연도에 대한 법인세 신고 시 손익계산서 상 매출을 상품매출과 기타매출(물류대행수입)으로 구분하여 신고하였으며 재무상태표에서 수입물품을 재고자산으로 구분하지 않고 신고하였다. 3) 청구법인은 물류대행 기본계약에 따라 물류대행서비스에 대한 수수료만을 받을 뿐, 쟁점물품을 가공하거나 재판매하지 않으며 단순히 입고, 출고 등 물류대행서비스만을 위탁받아 수행하고 있다. 나아가 수입물품에 대한 대금의 귀속과 소유권은 모두 B에게 있는 것으로 확인되므로 쟁점매입세액은 공제하지 아니하는 매입세액으로 보아야 한다.
• 나. 쟁점물품의 실질적인 수입주체는 B로서 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 쟁점매입세액은 불공제 대상으로 보아야 한다. 1) 청구법인은 쟁점물품에 대하여 독립적인 사용･수익･처분권 없이 B 의 물류대행 일정에 따라 수입통관, 입출고, 보관 및 택배업무를 단순히 수행하는 것으로 쟁점물품에 대한 권리는 B에게 있다. 2) 쟁점세금계산서는 단순한 물류대행서비스를 제공한 청구법인에게 발행 되어 공급받는 자를 사실과 다르게 기재한 세금계산서에 해당하므로 쟁점매입 세액은 공제하지 아니하는 매입세액으로 보아야 한다. 3) 청구법인이 제시한 해석례(사전-2023-법규부가-0417, 2023.10.25.)는 수입대행업의 경우라도 자기의 책임과 계산으로 국외에서 물품을 수입하여 공급하고 그 물품에 대한 매출을 직접 인식하여 매입세액 공제가 가능하다고 본 사안이다. 4) 청구법인은 쟁점물품을 재고자산으로 계상하지도 아니하였고 관련 매출도 상품매출이 아닌 물류대행수입으로 계상하였으므로 쟁점매입세액은 공제하는 매입세액으로 보기 어렵다.

청구법인이 실질적인 수입자에 해당하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금 계산서로 볼 수 없으므로 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제해야 한다는 청구주장의 당부

1) 부가가치세법 제27조 【재화의 수입에 대한 면세】(2024.12.31. 법률 제20614호로 일부 개정되기 전의 것) 다음 각 호에 해당하는 재화의 수입에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

6. 거주자가 받는 소액물품으로서 관세가 면제되는 재화 2) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호 3) 부가가치세법 제35조 【수입세금계산서】

① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다. 3-1) 2024년 부가가치세 집행기준 13-0-1 【과세대상인 재화의 수입】

② 과세대상인 재화의 수입은 동일한 재화가 국내에서 생산되어 소비되는 경우와 과세형평을 도모하기 위한 정책적 목적과 국제적인 소비지국 과세원칙에 따라 국내에서 소비되거나 사용될 것으로 예상되는 것에 대하여 부가가치세를 과세하기 위함이다. 4) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액 5) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 5-1) 부가가치세법 시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】(2025.2.28. 대통령령 제35353호로 일부 개정되기 전의 것) 법 제39조제1항제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

9. 다음 각 목의 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 법 제48조･제49조 또는 제66조･제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우

• 가. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당함에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매가 아닌 거래로 하여 세금계산서를 발급받은 경우
• 나. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당하지 않음에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매로 하여 세금계산서를 발급받은 경우 6) 관세법 제94조 【소액물품 등의 면세】 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품이 수입될 때에는 그 관세를 면제할 수 있다.

4. 우리나라 거주자가 받는 소액물품으로서 기획재정부령으로 정하는 물품 6-1) 관세법 시행규칙 제45조 【관세가 면제되는 소액물품】

② 법 제94조제4호에 따라 관세가 면제되는 물품은 다음 각 호와 같다.

1. 물품가격(법 제30조부터 제35조까지의 규정에 따른 방법으로 결정된 과세가격에서 법 제30조제1항제6호 본문에 따른 금액을 뺀 가격. 다만, 법 제30조제1항제6호 본문에 따른 금액을 명백히 구분할 수 없는 경우에는 이를 포함한 가격으로 한다)이 미화 150달러 이하의 물품으로서 자가사용 물품으로 인정되는 것. 다만, 반복 또는 분할하여 수입되는 물품으로서 관세청장이 정하는 기준에 해당하는 것을 제외한다. 7) 관세법 제241조 【수출․수입 또는 반송의 신고】

① 물품을 수출․수입 또는 반송하려면 해당 물품의 품명․규격․수량 및 가격과 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 세관장에게 신고하여야 한다. 7-1) 관세법 시행령 제246조 【수출․수입 또는 반송의 신고】

① 법 제241조제1항에서 “대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 사항을 말한다.

5. 납세의무자 또는 화주의 상호(개인의 경우 성명을 말한다)․사업자등록번호․통관고유부호와 해외공급자부호 또는 해외구매자부호

1) 청구법인과 B 간 거래구조 국내 소비자는 B가 운영하는 판매사이트에서 쟁점물품을 구매하고 청구법인은 B 와의 물류대행 기본계약에 따라 쟁점물품을 청구법인 명의로 수입하여 국내 소비자에게 배송하고 있다. 2) 물류대행 기본계약의 체결 가) 청구법인은 2020.10.5. B와 물류대행 기본계약을 체결하였으며 그 계약서에 따르면 B는 청구법인에게 대한민국에 수입하는 모든 제품에 대한 물류관리업무를 위탁하고, 청구법인은 B의 제품 수입, 입고, 출고, 보관, 택배업무 등을 수행한다고 정하고 있다(제2조).

• 나) 또한 청구법인은 B의 물품이 대한민국에 도착하는 시점부터 B가 지정한 수하인에게 배송완료되는 시점까지 업무를 진행하고, 배송 중 수하인의 수취 거부 및 기타 사유로 미배송시에는 그 결과를 B에게 통지하고 B의 지시에 따르며(제3조), 제품 자체의 불량과 단순고객변심에 의한 반품에 대해서는 B에게 책임이 있고, 그 외 파손, 분실, 오배송에 의한 반품에 대해서는 청구법인에게 책임이 있다고 정하고 있다(제6조). 3) 청 구법인의 관련 제세 신고현황 가) 부가가치세 신고현황

(1) 청구법인이 제출한 2024년 제2기 확정 부가가치세 신고서 및 부속서류 (인보이스, 외국환 거래 계산서 등)에 따르면 청구법인은 2024.10.1.부터 2024.12.31. 까지 B로부터 Logistics service cost(물류대행수수료) 144,023,896원을 지급받고 이를 영세율 기타매출(국내에서 외국법인에게 공급되는 용역)로 신고한 것으로 나타난다.

(2) 또한 위 부가가치세 신고서 및 부속서류(수입신고필증 등)에 의하면 청구 법인은 2024.12.31. B로부터 쟁점물품 31,555개를 과세가격 1,013,682,286원에 수입한다는 내용의 수입신고를 마치고, 같은 날 C세관으로부터 공급가액 1,013,682,286원, 매입세액 101,368,220원의 수입세금계산서를 발급받았으며, 2024년 제2기 부가가치세 신고 시 동 세액을 매입세액으로 공제한 사실이 나타난다. 나) 법인세 신고현황

(1) 청구법인이 2022사업연도부터 2024사업연도까지의 법인세 신고 시 제출한 손익계산서에 따르면 청구법인은 상품매출과 물류대행수입을 구분하여 매출액을 신고한 것으로 나타난다.

(2) 위 법인세 신고 시 제출한 표준재무상태표에 따르면 청구법인은 상품에 대해서만 재고자산으로 신고한 것으로 나타난다. 4) 청 구법인의 수입식품 등 수입･판매업 영업등록 청구법인이 쟁점물품을 국내로 수입하기 위한 자격을 충족하였다고 주장하면서 제출한 영업등록증에 따르면 청구법인은 2019.9.23. ｢수입식품안전관리 특별법｣에 따라 수입식품등 수입･판매업 영업등록을 하고 서울지방식품의약품안전청장으로부터 영업등록증을 발급받은 것으로 확인된다. 5) 쟁점물품의 판매방식 및 가격 현황 가) B의 판매사이트에 따르면 국내소비자들은 동 판매사이트에서 쟁점물품을 구매하고 싱가포르 달러(SGD)로 구매대금을 결제하고 있는 것으로 나타난다. 나) 쟁점물품이 관세가 면제되는 미화 150달러 이하의 소액물품이라는 청구 법인의 주장과 관련하여, 쟁점물품은 1개당 50～60SGD(54천원～65천원)에 판매 되고 있는 사실이 위 판매사이트에서 확인된다.

1) 관련 법리 가) ｢부가가치세법｣ 제39조제1항제2호 는 발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출 세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있고, 제32조제1항제2호에서는 필요적 기재 사항의 하나로서 ‘공급받는 자의 등록번호’를 규정하고 있으며, 제35조제1항은 ‘세관장은 수입되는 재화에 대한 세금계산서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다’고 규정하고 있다. 나) 수입되는 재화에 대하여 세금계산서를 교부받아야 할 ‘수입자’라 함은 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자를 의미한다고 할 것이므로 단지 형식상의 수입신고 명의인에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니하는 자를 수입자로 하여 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다(대법원 2011.4.28. 선고 2009두11539 판결 참조). 다) 한편, 재화의 수입에 대해 과세하는 취지는 동일한 재화가 국내에서 생산되어 소비되는 경우와 과세형평을 도모하기 위한 정책적 목적과 국제적인 소비지국 과세원칙에 따라 국내에서 소비되거나 사용될 것으로 예상되는 것에 대하여 부가가치세를 과세하는 데 있다. 2) 청구법인이 실질적인 수입자에 해당한다는 청구주장에 대한 판단 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 청구법인을 쟁점물품의 실질적인 수입자로 보기 어렵다. (1) 청구법인은 B와 물류대행계약을 체결하고 B 가 지정하는 최종소비자에게 쟁점물품을 배송하는 용역을 제공하고 그 대가로 일정한 요율의 수수료를 지급받아 왔다. (2) 국내 최종소비자는 B의 판매사이트를 통해 쟁점물품을 구매하므로 그 판매대금이 B에게 귀속되는 반면, 청구법인은 2024 사업연도 법인세 신고 시 쟁점물품 배송과 관련하여 B로부터 지급 받은 수수료를 수입금액으로 계상하고 상품매출과 구분하여 물류대행수입으로 신고하였다. (3) 청구법인이 B와 물류대행계약을 체결한 상대방으로서, 자기의 계산과 책임으로 쟁점물품을 배송한다는 것은 쟁점물품을 청구법인 스스로 배송하든 다른 배송업자에게 위탁하여 배송하든 배송에 관한 모든 책임을 청구법인이 진다는 의미이고, 쟁점물품은 배송의 목적물일 뿐이다. (4) 쟁점물품이 수입･통관되는 주요한 목적은 이를 국내 최종소비자에게 판매하기 위한 것이므로 청구법인의 용역제공은 판매에 부수되는 행위에 불과한 것으로 보이고, 청구법인의 명의로 쟁점물품을 수입하였다는 사정만으로 그 수입의 효과가 실질적으로 청구법인에게 귀속된다고 보기는 어렵다. (5) 수입재화에 대하여는 국외의 공급자나 국내의 최종소비자가 부가 가치세를 자진납부하기를 바라기 어려우므로, 세관장이 국외의 공급하는 사업자의 지위를 대신하여 ｢부가가치세법｣ 제35조 에 따라 통관 시 부가가치세를 징수하고 수입세금계산서를 교부하고 있고, 국내 최종소비자가 재화를 수입하는 경우 ｢관세법｣ 제241조제1항 및 ｢관세법 시행령｣ 제246조제1항제5호 에 따라 자신의 개인통관고유부호를 제출하여 세관장에 의해 소액물품 등 면세대상으로 확인되는 경우에 한하여 부가가치세가 면제될 뿐이고 개별적으로 면세범위 내에 있더라도 합산금액이 기준금액을 초과하는 등 합산과세되는 경우에는 부가가치세를 납부하여야 한다. (6) 최종소비자가 수입재화를 국내에서 소비함에도 물류대행 업체를 통해 배송받는다는 사정만으로 부가가치세를 과세하지 않으면 국내에서 생산하는 재화와 담세상 불공평이 야기되고 나아가 국내산업과 외국산업간 경쟁에 있어서 국내산업이 그만큼 불리해진다. (7) 재화의 수입에 대해 부가가치세를 과세하는 취지는 소비지국 과세원칙에 따라 수입물품이 국내에서 소비되는 경우 부가가치세를 징수하기 위함인바, 청구법인과 같이 최종소비자에게 재화를 전달만 하는 경우에도 매입세액을 공제받는다면 최종소비자가 수입물품을 국내에서 소비함에도 누구도 부가가치세를 부담하지 않는 불합리한 결과에 이르게 된다. 나) 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 경정한 처분은 잘못이 없 는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.