청구법인의 2017년 제2기 과세기간에 대한 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 처분청이 직권경정을 한 결과 결과적으로 청구를 다툴 실익이 없음.
청구법인의 2017년 제2기 과세기간에 대한 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 처분청이 직권경정을 한 결과 결과적으로 청구를 다툴 실익이 없음.
이 건 심사청구는 기각합니다.
1. 2016.10.20. 건설/건축공사업을 영위하는 청구법인(1999.1.27. 설립, 개업일: 1999.4.1.)과 공사도급계약(공사도급금액: 0,000백만원, 부가가치세 포함)을 체결하였다.
2. 사업양도인은 2016.12.22. 건축허가를 받은 후, 2017.1.5. 쟁점시행사업에 대한 공사를 착공하여 2017.10.27. B프라자 2개 동을 사용승인받았으며, 2016.12월～2019.3월경 분양을 완료하였다(B프라자 1차 112호～114호, 201ㆍ202호, 205호 등 6개 호는 사업양도인 명의로 소유권이 등기되어 있다).
1. 사업양도약정서 작성 이후에도 전과 같이 ‘쟁점시행사업 시공사인 청구법인’은 관련 공사도급계약의 기성률에 따라 ‘시행사인 사업양도인’에게 매출 세금계산서를 발급ㆍ교부하였고, 이후 2017년 제2기 과세기간 부가가치세 000,000,000원(B프라자 1차 해당 분 000,000,000원, B프라자 2차 해당 분 000,000,000원)을 신고ㆍ납부(이하 “쟁점부가가치세”라고 한다)하였다.
2. 그리고 시행사인 사업양도인도 쟁점시행사업에 따른 사업소득의 귀속자로 해당 소득에 대한 종합소득세를 신고하였다.
1. 재결청은 2024.8.28. 사업양도인의 위 주장을 받아들여 사업양도약정서를 체결한 2017.7.21. 쟁점시행사업이 청구법인에 양도되었다고 보아, 이를 전제로 하지 않은 과세처분은 위법하다는 취지의 쟁점심사결정(인용결정)을 하였다.
2. 이후 처분청은 쟁점심사결정(인용) 취지에 따라 ① 사업양도인에게는 그 과세처분을 취소하는 한편 2024.10.4. 사업양도약정서에 따라 수령한 정산대가에 대해 2018년 과세연도 종합소득세로 다시 부과하고, ② 청구법인에는 귀속 변경에 따른 특례제척기간(국세기본법제26조의2제7항제1호)을 적용하여 2025.3.20. 증액경정처분 당시 사업양도인에게 부과하였던 사업양도인이 신고한 사업소득금액에 상당하는 소득금액을 청구법인의 2018 사업연도 법인세로 부과하였다.
1. 사업양도인은 위 심사청구에 대한 쟁점심사결정 이후 다시 2024.10.4. 부과된 2018년 과세연도 종합소득세 등에 대해, 청구법인이 대신 부담하여야 한다는 취지로 심사결정서를 증거로 첨부하여 민사소송을 제기하였고, 청구법인은 2025.1.13. 소장 부본을 송달받았으며, 청구법인은 2025.1.13. 소장 부본에 첨부된 쟁점심사결정서를 처음 접하였다. 2) (2025.1.13. 거래내용 변경 사실 확인) 위 심사결정서를 받아보고 나서야 비로소 사업양도인의 심사청구에 대한 쟁점심사결정에 따라 사업양도약정서 작성일인 2017.7.21. 이후 공사용역 제공이라는 거래내용[공사도급계약(시공사 청구법인, 시행사 사업양도인)]이 시행사업[상가 신축ㆍ분양사업의 사업양도(시공사 및 시행사 청구법인)]으로 변경되었다는 것을 알게 되었다. 즉, 소장 부본을 송달받기 전까지는 사업양도인이 제기한 심사청구와 그 결정내용을 알 수 없었고, 청구법인에 대한 과세예고 통지(2024.12.4.) 역시 2018 사업연도 법인세 000,000,000원으로만 되어 있을 뿐 쟁점심사결정에 대한 내용이 고지된 바 없다.
3. 청구법인이 쟁점심사결정으로 2017년 제2기 과세기간 쟁점부가가치세 신고ㆍ납부의 과세요건 근거가 된 거래행위(내용)가 다른 것(공사용역 제공→시행사업)으로 확정되었다는 사실은 사업양도인의 민사소송 관련 소장 부본이 송달된 2025.1.13. 이후 소장 검토를 한 후에야 알 수 있었다. 4) (2025.3.7. 후발적 경정청구 사유로 경정청구 제기) 청구법인은 신고ㆍ납부한 쟁점부가가치세의 근거가 된 거래행위(공사도급)가 다른 것(사업양도)으로 확정된 경우로 당초 신고내용과 달리 납세의무가 성립된 적도 없음(아래 “대법원 2018.10.25. 선고 2015다215243 판결” 등 내용 참조)에도 부가가치세를 납부한 것이 되었으므로, 이에 청구법인은 2025.3.7. 처분청에 국세기본법제45조의2제2항제1호에 따라 후발적 경정청구를 제기하게 된 것이다. (참조)
1. 후발적 경정청구 제도는 통상적 경정청구 기간이 경과한 후 당초 과세표준 및 세액 등 산정의 기초가 되는 사정에 변동이 생겨 당초 부과처분을 유지하는 것이 납세의무자에게 과하다고 인정되는 경우 납세자로 하여금 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는데 의의가 있다(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결 참조).
2. 쟁점심사결정의 취지에 따라 청구법인과 사업양도인 간의 관계가 공사도급계약에 따른 시공사와 시행사의 관계에서 2017.7.21. 이후 쟁점시행사업 양수인과 양도인으로 결정된 이상, 처분청의 특례제척기간(국세기본법제26조의2제7항제1호)에 따른 후속처분과 마찬가지로 거래의 당사자인 청구법인 역시 후발적 경정청구를 통해 쟁점부가가치세를 환급받아야 하는 것이 타당하다.
3. 사정이 이와 같음에도 청구법인의 후발적 경정청구에 대한 권리구제를 외면한 처분청의 거부처분은 마땅히 취소되어야 한다.
2. 그러나, 청구법인의 경우에는 국세기본법제45조의2제2항제1호에서 정하고 있는 후발적 경정청구사유에 해당한다.
3. 처분청 주장 ①, 청구법인 주장대로 매출세액 감액을 하면, 사업양도인이 공제받은 매입세액도 감액해야 하는바, 환급세액은 발생하지 않는다는 주장에 대하여 가) 전단계세액공제방식을 취하는 우리나라 부가가치세법은 거래의 매출자와 매입자를 각각 별개의 납세의무자로 정하고 있으며, 납세의무자 단위로 매출세액에 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하게 되어 있다. 마찬가지로 하나의 거래에서도 매출자의 매출세액 납부 여부와 매입자의 매입세액 공제 여부는 물론 환급 여부도 납세의무자 별로 판단하는 것이다.
4. 처분청 주장 ②, 2017.7.21. 이후 청구법인과 사업양도인은 동일 실체로 판단되는바, 청구법인의 청구는 부적법하다는 주장에 대하여
5. 처분청 주장 ③, 청구법인은 관련 법인세 부과처분에 대한 심사청구를 제기하였는데 사업권을 양수받지 않았다고 전제하고 있어 처분청의 부가가치세 경정거부 처분은 적법하다는 주장에 대하여
6. (결어) 쟁점심사결정으로, 청구법인과 사업양도인의 당초 거래내용이 다른 것으로 확정되었으므로 청구법인은 당초 거래내용에 따라 신고ㆍ납부한 부가가치세에 대한 환급을 구할 수 있다. 사정이 이러함에도 처분청이 청구법인의 후발적 경정청구를 거부한 것은 국세기본법을 위반한 위법한 처분으로 마땅히 취소되어야 한다.
① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 2) 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】
⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 제6항제1호의 결정 또는 판결에 의하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 당초의 부과처분을 취소하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 이내에 다음 각 호의 구분에 따른 자에게 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다. <신설 2019.12.31, 2022.12.31>
1. 명의대여 사실이 확인된 경우: 실제로 사업을 경영한 자
2. 과세의 대상이 되는 재산의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있다는 사실이 확인된 경우: 재산의 사실상 귀속자
3. 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조 에 따른 국내원천소득의 실질귀속자(이하 이 항에서 "국내원천소득의 실질귀속자"라 한다)가 확인된 경우: 국내원천소득의 실질귀속자 또는 소득세법 제156조 및 법인세법 제98조 에 따른 원천징수의무자 3) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. <개정 2015.12.15, 2022.12.31>
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 3-1) 국세기본법 부칙 <제19189호, 2022.12.31>
○ 제1조(시행일) 이 법은 2023년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제35조의 개정규정은 2023년 4월 1일부터 시행하고, 제47조의5제6항의 개정규정은 2025년 1월 1일부터 시행한다.
○ 제2조(국세의 부과제척기간에 관한 적용례) ① 제26조의2제5항제8호의 개정규정은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여를 받는 경우부터 적용한다.
② 제26조의2제7항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정되어 재산의 사실상 귀속자가 따로 있다는 사실이 확인되는 경우(이 법 시행 전에 종전의 제26조의2에 따라 부과제척기간이 만료된 경우는 제외한다)부터 적용한다.
○ 제5조(경정 등의 청구에 관한 적용례) ① 제45조의2제2항제1호의 개정규정(같은 조 제5항의 규정 및 제6항의 개정규정에 따라 준용되는 경우를 포함한다)은 이 법 시행 이후 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이 확정되는 경우부터 적용한다. 3-2) 국세기본법 시행령 제25조의2 【후발적 사유】(2025.2.28. 대통령령 제35345호로 개정된 것) 법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2017.2.7., 2019.2.12>
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우
2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우
3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우
4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우 4) 부가가치세법 제12조 【용역 공급의 특례】(2016.12.20. 법률 제14387호로 개정된 것)
① 사업자가 자신의 용역을 자기의 사업을 위하여 대가를 받지 아니하고 공급함으로써 다른 사업자와의 과세형평이 침해되는 경우에는 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다. 이 경우 그 용역의 범위는 대통령령으로 정한다.
② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.
③ 고용관계에 따라 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.
④ 제1항부터 제3항까지에서 규정된 사항 외에 용역의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4-1) 부가가치세법 기본통칙 12-0…1【용역의 자가공급에 해당되어 과세되지 않는 경우】 다음 각호의 예시와 유사한 경우에는 용역의 자가공급이므로 부가가치세를 과세하지 아니한다. (1998. 8. 1. 개정)
1. 사업자가 자기의 사업과 관련하여 사업장 내에서 그 사용인에게 음식용역을 무상으로 제공하는 경우 (1998. 8. 1. 개정)
2. 사업자가 사용인의 직무상 부상 또는 질병을 무상으로 치료하는 경우 (1998. 8. 1. 개정)
3. 국내에 사업장이 각각 다른 수개의 사업을 겸영하는 사업자가 그 중 한 사업장의 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 용역을 자기의 다른 사업장에서 공급하는 경우 (2024. 3. 15. 개정) 5) 부가가치세법 제29조 【과세표준】
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. 6) 부가가치세법 제37조 【납부세액 등의 계산】
① 매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.
② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다.
③ 제2항에 따른 납부세액을 기준으로 사업자가 최종 납부하거나 환급받을 세액은 다음 계산식에 따라 계산한다.
- 다. 사실관계
1. (B프라자 신축분양 개요) B프라자는 2017.10.27. 사용 승인된 상가건물 2개 동으로, 건물현황 및 진행일자별 사업추진 내용은 다음과 같다. (생략)
2. 쟁점시행사업 관련 공사도급계약서 주요내용을 살펴보면, 공사착공일이 2016.12.1. 준공일은 2017.8.30., 2017.10.30.로 각 기재되어 있고, 부가가치세를 포함한 도급금액은 B프라자 1차 상가건물 0,000백만원으로, B프라자 2차 상가건물 0,000백만원으로 각 기재되어 있으며, 공사도급계약서에 첨부된 ‘건축공사표준계약 일반조건’ 말미에는 “분양대금으로 공사 기성금을 우선 지급조건으로 하며, 분양대금이 기성률에 부족하더라도 책임 준공하기로 한다”는 내용이 수기로 기재되어 있는 것이 확인된다. (생략)
3. 2017.7.21. 사업양도인과 청구법인은 쟁점시행사업에 대한 사업양도약정서를 작성하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다.
- 가) 사업양도약정서 제6조 제1항에는 ‘쟁점시행사업과 관련하여 사업양도인이 투자한 0,000백만원을 2017.12.31.까지 사업양도인에게 지급할 것’을, 제2항에는 ‘사업양도인에게 세후 기준 0,000백만원을 책임보장하기로 하며, 동 금원을 2017.12.31.까지 현금으로 지급한다’라고 기재되어 있다.
- 나) 그리고, ‘미분양 시 현금 지급이 지연될 경우 미분양 상가를 분양가의 70% 기준으로 대물변제할 수 있음’을, 같은 조 제5항에는 ‘약정 체결 이전에 쟁점시행사업과 관련하여 사업양도인이 체결한 계약에 대해 약정서에 첨부하여 청구법인의 책임으로 승계하여 이행할 것’ 등을 청구법인의 의무로 약정한 사실이 아래와 같이 확인된다. (생략)
4. 청구법인과 (주)C의 법인등기사항전부증명서상 사업목적, 임원현황 등 내용은 다음과 같다. (생략)
5. 2016.2기～2017.2기 과세기간 동안 쟁점시행사업 관련 청구법인이 공사용역 제공 명목으로 사업양도인에게 세금계산서를 발급ㆍ교부한 내역은 다음과 같다. (생략)
6. 청구법인과 (주)C의 사업장 변경, 대표자 변경 등 내용은 다음과 같다[청구법인(902호)과 (주)C(901호)는 ’20.3.11.～’22.8.11. 동안 동일 건물 옆사무실에 소재하고 있었던 것으로 보인다]. (생략)
7. 쟁점시행사업과 관련한 공사비용 및 분양대금 입출금 내역은 다음과 같이 확인되며, 쟁점시행사업 양도일(2017.7.21.) 이후 금융거래 흐름에 대하여 확인해 보면, 분양대금 등이 사업양도인 계좌로 입금되었다가, 그 대금이 분양수수료, 시공비, 사업양도인 투자금 정산 명목 등으로 청구법인으로 출금되고 있는 것이 확인된다. 특히, 2017.11월과 12월에는 청구법인과 (주)C가 사업양도인에게 신축건물 보존등기에 필요한 자금마저 보존등기비조로 각 100백만원을 입금한 사실이 확인된다(※ “쟁점심사결정서” 참조). (생략)
8. 사업양도인의 재결청(국세청장)에 대한 심사청구 결정서(쟁점심사결정서)를 살펴보면, 2017.7.21. 사업양도약정서에 따라 쟁점시행사업의 사업권이 사업양도인에게서 청구법인으로 양도되었다는 것이 확인된다는 내용이 나온다. (생략)
9. 쟁점시행사업 관련 B프라자 1차ㆍ2차 상가건물의 소유권 변동내역은 다음과 같으며, (주)C는 사업양도인에게서 8개 상가[B프라자 2차 112호～114호, 201호～205호(2층 전부)]를 바로 소유권이전 받았음을 확인할 수 있다. (생략)
10. 청구법인의 이 건 심사청구에 대한 심리진행 중 사업약정서상 말미에 사업양수인인 “을”의 명단에 (주)C가 서명ㆍ날인되어 있는 것[※ 실제로, (주)C는 B프라자 2차 상가건물 8개 호를 사업양도인에게서 취득하였다]을 확인하고 처분청과 청구법인 양측의 의견을 청취하였는바, 그 내용(의견)은 다음과 같다.
- 가) 처분청 의견 청구법인과 사업양도인은 2016.10.20. B프라자 신축 도급계약을 하였으며 그 공사도급금액은 B프라자 1차 0,000백만원, B프라자 2차 0,000백만원 합계 0,000백만원으로 확인되며, 쟁점세금계산서 8매 0,000백만원은 B프라자 공사비 명목으로 세금계산서가 발급ㆍ교부된 것으로 확인된다. 그러나, 세금계산서 8매 0,000백만원 중 (주)C에 대한 용역의 공급으로 보는 금액은 없는 것으로 확인된다.
- 나) 청구법인 주장
(1) 쟁점심사결정서의 라항 판단(57쪽)을 보면, B프라자 상가 신축분양사업이 청구법인에 양도되었다고 판단하고 있다. (생략)
(2) 아울러, 사업양도약정서는 쟁점시행사업 관련 공사도급계약의 당사자인 사업양도인과 청구법인 간에 체결된 것으로 약정서에도 시행사인 사업양도인을 “갑”, 시공사인 청구법인을 “을”이라고 명시하고, 갑과 을의 권리관계를 정하고 있을 뿐이다. 참고로 사업양도약정서에 따라 시공사인 청구법인은 공사기성고에 따라 부족한 자금을, 시행사인 사업양도인은 (주)C에서 차용하여 지급받는 방식으로 자금을 조달하였다. 이러한 대여관계를 명확하게 하기 위해 (주)C가 사업양도약정서 말미에 기명날인한 것일 뿐이다[“쟁점심사결정서 48쪽 (주)C 문답서” 참조]. (생략)
(3) 따라서 질의 내용과 달리 쟁점시행사업을 청구법인과 (주)C가 공동으로 양수한 사실이 없다. 쟁점심사결정서에서도 사업양도약정서의 당사자를 사업양도인과 청구법인으로 명확하게 판단하였다. 11) 2023.1.1. 이후 있은 재결청의 심사ㆍ심판결정 등에 따라 ‘당초 신고 당시 거래내용이 다른 것으로 확정된 경우’에는 국세기본법제45조의2제2항의 후발적 경정청구에 해당하는 것으로 그 경정청구 사유가 확대되었다(기획재정부 발간, 2022 간추린 개정세법참조).(생략) 12) 청구법인이 사전열람 후 정정을 요청한 사항 및 추가로 제기한 주장은 다음과 같다. (생략)
13. 처분청이 사전열람 후 수정요청한 사항은 심리자료에 반영하였으며, 추가로 제시한 의견은 다음과 같다. (생략)
14. 처분청은 이 건 심사청구 심리진행 중인 2025.7.25. 국세심사위원회에서 진술 시 2017.7.21. 이후 청구법인이 시공사로서 사업양도인에게 발행ㆍ교부한 매출세금계산서상 공급가액 상당액을 과세표준에서 차감하는 결정을 하였으며, 반대로 동기간 사업양도인의 분양수입금액 상당액을 매출과세표준에 가산하는 경정결정을 하였다고 진술하면서 아래와 같이 그 경정내용을 제출하였다. (생략)
- 라. 판단
1. 관련 법리
- 가) 국세기본법(2024.12.31. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 “법”이라 한다)제45조의2제2항은 “과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다”라고 규정하면서, 그 제1호에서 “최초의 신고․결정 또는 경정(이하 “최초의 신고 등”이라 한다)에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때“를 규정하고 있다.
- 나) 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는데 있는바, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 심사ㆍ심판결정, 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 심사ㆍ심판청구, 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결 등 참조).
- 다) 부가가치세법(2016.12.20. 법률 제14387호로 개정된 것, 이하 같다)제12조, 부가가치세법 기본통칙 12-0…1에서는, ‘사업자가 자신의 용역을 자기의 사업을 위하여 대가를 받지 아니하는 경우인 용역의 자가공급에 대해서는 부가가치세를 과세하지 아니한다’라고 규정되어 있다.
2. 심사청구 결정에 따라 청구법인의 사업자 지위가 시공사에서 시행사로 변경되었으므로 청구법인이 시공사로서 발행한 매출세금계산서상 공급가액 상당액은 과세표준에서 차감되어야 하는 것인지에 대한 판단
- 가) 관련 법리와 다음의 사정들을 고려할 때, 청구법인의 경정청구를 거부한 처분청의 처분을 취소하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
① 사업권의 양도ㆍ양수는 사업의 포괄적 양도ㆍ양수로 보아야 하므로 청구법인이 사업양도인에게 공사대금으로 교부한 세금계산서와 사업양도인이 상가분양과 관련 발행ㆍ교부한 세금계산서는 청구법인에 귀속되어야 함으로 청구법인 주장대로 매출세액을 감액하면, 사업양도인이 신고한 B프라자 1차, 2차 상가건물의 공급과 관련된 매출과세표준(분양수입금액) 상당액을 청구법인의 매출과세표준에 가산함이 바람직하다.
② 한편으로, 2024.8월 국세심사위원회에서 사업양도인의 청구를 인용해줌(쟁점심사결정)으로써 청구법인은 시공사에서 그 지위가 시행사로 변경되었으나, 처분청은 사업양도인의 개인 부가가치세를 경정ㆍ결정을 하고(B프라자 1차, 2차가 청구법인에서 받은 매입세금계산서상 매입세액을 차감하고 수분양자에게 발행한 매출세금계산서상 매출세액도 차감하는 것), 청구법인에 대해서도 시공사 매출세금계산서상 매출세액을 차감하고 수분양자에게 사업양도인이 발행한 매출세금계산서상 금액 상당액(약 0,000백만원)을 매출과세표준에 가산하고 그 매출세액 10%에 상당하는 금액을 매출세액에 가산하는 경정ㆍ결정을 하는 것이나, 이러한 경우 오히려 청구법인에 고지세액이 발생하는 점을 감안[그런데, 처분청은 2025.7.25. 이러한 경정결정을 하면서 사업양도인이 환급받아야 할 부가가치세액을 청구법인의 기납부세액으로 공제(서울중앙지방법원 2004.2.20. 선고 2003나30035 판결 참조)하여 고지세액이 추가로 발생하지 않는 것으로 결의하였다]할 때 청구법인의 경정청구를 받아들이는 실익은 없는 것으로 보인다.
③ 청구법인은 본 건 심사청구 제기일인 2025.6.2. 사업양수자로서 청구법인에 부과된 법인세도 취소되어야 한다고 심사청구(심사법인2025-G, 처분청의 직권시정으로 2025.7.28. 청구취하)를 제기하였는바, 이는 청구법인이 사업양도인에게서 쟁점시행사업을 양수받지 않았다는 것을 전제로 하고 있는 것으로 청구법인의 주장에 일관성이 없기도 하다.
- 나) 따라서, 청구법인의 2017년 제2기 과세기간에 대한 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 위에서 살펴본 바와 같이 결과적으로 청구를 다툴 실익이 없어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.