쟁점세금계산서가 공급시기가 다른 세금계산서인지 여부

A세무서장이 2024.12.3. 청구법인에게 한 2024년 제1기 부가가치세 84,591,144원의 부과처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구법인은 2019.9.25. 개업하여 강원도 속초시 B 임야 4,403㎡ 지상에 10층 규모로 쟁점호텔를 건축하고 있으며, 본점은 경북 포항시 C에 두고 있다. 청구법인은 2024.4.30. 쟁점호텔을 시공하고 있는 E(주)로부터 2,819,704,800원(공급가액, 이하 “쟁점금액”이라 한다)의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라고 하고, E(주)가 공급한 건설용역을 “쟁점건설용역”이라 한다)를 수취하고, 2024.7.25. 처분청에 부가가치세 환급세액을 281,970,480원으로 하여 조기환급 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 2024.9.25.부터 2024.11.14.까지 청구법인 및 E(주)의 2024년 제1기 부가가치세 부분조사를 실시하여, 쟁점세금계산서는 공급시기를 지나 발행되어서 사실과 다른 세금계산서로 보아 2024.12.3. 청구법인에 다음 <표1>과 같이 관련 매입세액 281,970,480원을 불공제하여 부가가치세 84,591,144원(초과환급신고가산세 28,197,048원, 세금계산서불성실가산세 56,394,096원)을 경정·고지하였다. <표1> 처분청의 2024년 제1기 부가가치세 경정․고지내역
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.19. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 기본적인 사실관계는 다음과 같다.

1. 쟁점호텔은 강원도 속초시 전경이 보이는 곳에 있고, 청구법인(그 당시 대표: F)은 2006년경 쟁점호텔을 경매를 통하여 낙찰(낙찰 당시 8층까지 지어진 상태)받았다. 이후 2022.3.5. E(주)(대표: G)와 14,732백만원(공급가액)에 쟁점호텔을 신축하는 도급계약을 체결하였고, 2022.12.30. 준공할 예정이었다.

2. 그 후 서울～속초 간 고속철도 건설 발표 뉴스가 잇따르자 청구법인 대표 F는 그때부터 돌변하여, 고의로 E(주)의 호텔 건축공사를 방해하였다. F의 지속적인 공사 방해로 신축공사는 진행과 중단이 끊임없이 반복되었고, 부득이 2022.12.26. 공사 마감 기한을 당초 2022.12.30.에서 2023.10.31.로 변경하였다.

3. 도급계약서상으로 공사 기성청구는 매월 1회 하는 것으로 약정되어 있었으나, F의 공사 기성에 대한 잦은 불만과 면담 회피로 매월 기성 청구는 고사하고 시공자인 E(주)는 F를 겨우 설득한 끝에 2022년 연말이 되어서야 첫 번째 기성 합의하여 2022.12.27. 1차 공사 기성금에 관한 세금계산서 540,000,000원(공급가액)를 수취하였다. 청구법인 대표 F는 1회차 기성금 세금계산서에 대해서도 부가가치세 환급신고를 수행하지 않았다.

4. 2차 기성청구와 쟁점세금계산서를 수취받은 경위는 다음과 같다.

• 가) 2023년이 되어도 청구법인 대표 F의 공사방해는 지속되다가 2023.10.19. 청구법인의 대표이사가 F에서 G으로 교체되었고 그 후 2023.12.15. 공사마감 기한이 다시 2024.12.31.로 변경되었다. 2023년 겨울 월동기에 접어들면서 계절요인으로 공사가 잠정 중단되었고 이어 해가 바뀌어 2024년에 접어들면서 본격적인 부동산 경기 둔화로 건설 프로젝트 파이낸싱(ProjE(주)ct Financing)이 막히고 기존 채무이자 상환이 어려워져 2024년 봄이 되어도 공사를 재개할 수 없었다.
• 나) 청구법인은 2024년 4월 초부터 금융기관(포항J조합) 채무에 대한 이자를 갚지 못하여 채무에 대한 기한의 이익이 상실되었고 이후 금융기관측으로부터 청구법인의 쟁점호텔(토지 및 건축 중인 건물)에 대한 경매착수 통보를 받았다. 2024년 5월 초 은행권의 경매착수를 앞둔 E(주)는 본인들의 공사대금 채권을 확정(확보)을 위하여 청구법인에 공사 기성청구를 진행할 것을 통보하였고, 청구법이 더 이상 기성합의를 미룰 수 없어 E(주)와 상의하여 잠정적으로 쟁점호텔 공사를 중단하기로 결정하였다.
• 다) 이어 E(주)는 청구법인에 총투입원가 기준으로 공사완성도를 19.14%(기성청구 순공사비 2,680,000,000원/전체 순공사비 13,995,400,000원)로 측정하고, 이를 근거로 공사기성금을 확정하자고 제안하였고, 청구법인이 이 제안을 받아들여 공사완성도에 기초하여 계산된 공급가액 2,819,704,800원(순공사비 기성액 2,680,000,000원+일반관리비 및 이윤 139,704,800원)의 쟁점세금계산서 1매를 수수하게 되었다. * 청구법인의 2회 기성총괄표
• 나. (쟁점①) 처분청이 세무조사 결과를 통지할 때는 과세표준 및 세액을 경정하게 되는 사유를 설명하고 결과통지를 하여야 하나, 과세요건조차 설명하지 아니하였으므로 위법․부당하다.

1. 청구법인은 쟁점세금계산서 수취분에 대하여 2024년 제1기 부가가치세 환급신고를 하였고, 이에 처분청 공무원은 환급 검토를 위해 건설도급계약서 제출을 요청하여 도급계약서를 제출하였다.

• 가) 그 후 2024년 8월 말경 처분청은 청구법인에 쟁점세금계산서에 대한 현장확인할 것을 통보하였고, 먼저 속초 쟁점호텔 건설현장을 확인하였다. 이어 처분청은 청구법인 사무실에서 2차 현장확인을 실시하였고 그곳에서 대법원 판례 및 심사 결정례를 참고해 볼 때 쟁점건설용역은 공사완성기준을 적용하는 것이 타당하다는 의견만을 제시하였고, 청구법인이 현장확인을 위하여 준비한 기성청구서 등 제반 준비서류를 검토하거나 복사하지 않은 채 현장확인을 마무리하였다.
• 나) 현장확인 후 청구법인은 공무원으로부터 현장확인에 대한 답변을 기다렸으나 1달이 지나도록 환급신고 건에 대해 환급을 부인한다거나 조사과에 조사를 의뢰한다거나 하는 어떠한 답변도 듣지 못하였다. 그 후 2024년 9월 말경 조사공무원들이 사전에 연락도 없이 청구법인을 방문하여 쟁점건설용역에 대한 부가가치세 부분조사를 실시하였다.

2. 처분청 조사공무원은 세무조사 후 세액산출과 불복절차에 대하여 많은 시간을 할애하여 설명하였으나, 정작 환급을 부인하는 사유에 대해서는 ‘공급시기 오류로 경정하는 것이다’라고만 설명하였다.

• 가) 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때는 그 조사를 마친 날부터 20일 이내에 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지해야 한다. 납세자에게 설명하고 통지하여야 할 내용에는 세무조사 내용, 납세자의 과세표준을 경정하는 경우 그 근거 법령 및 조항, 세액 계산의 기초가 되는 구체적 사실관계 등을 포함한 경정의 사유 등이 포함되어 있어야 한다. 그러나 청구법인은 세무조사를 하는 도중이나 세무조사가 끝나고 난 뒤에도 환급신고와 관련하여 환급신고가 부인당하는 사유에 대한 설명을 듣지 못하였다.
• 나) 세무조사결과통지서에도 경정 사유로 “용역의 공급시기 오류 확인되어 매입세액 불공제 및 가산세 경정함”이라고 기재되어 있고, 경정의 근거 법령으로 부가가치세법 제16조, 부가가치세법 시행령 제29조 라고 적혀 있었다. 청구법인은 ‘공급시기 오류로 경정한다’만 기재되어 있어서 세금계산서의 작성일자(공급시기)를 잘못 기재하여 이를 부인한다는 뜻으로 알아들었으나, 조사공무원은 공급시기를 특정하지 않고 오류라고만 기재하여 과세처분 사유를 알 수 없는 상태이다.
• 다) 청구법인은 조사기간 중에도 완성도기준지급조건부를 적용할 때 잘못 적용한 부분을 설명해 달라고 조사공무원에게 수차례 요구하였고, 또 공급시기가 잘못 적용된 경우라면 조사공무원이 보는 공급시기를 특정하여 달라고 요구하였으나, 조사공무원은 청구법인이 적용한 공급시기가 오류로 보고 있는 이유에 대한 설명이라든지, 다른 공급시기를 특정하여 알려줄 의무는 없다고 답변하였다.
• 라) 쟁점호텔 시공사인 E(주)가 2차 기성을 청구하였고 청구법인이 이를 확인(또는 승낙)하여 쟁점세금계산서가 발급되었는데, 이에 대하여 어떠한 문제점이 있는지에 대한 설명조차 없었다.
• 다. (쟁점②) 쟁점건설용역은 공사대금지급일을 명시하지 아니한 완성도기준지급조건부 건설용역에 해당하고, 쟁점세금계산서는 공급시기에 맞추어 발행된 정상적인 세금계산서이다.

1. 쟁점건설용역은 당초 도급계약서에 “기성부분금: 매월에 1회” 라고 기재되어 있고 실제 공사 기성금 합의는 공사완성도에 따라 이루어졌으므로, 쟁점건설용역은 공사대금 지급일을 명시하지 아니한 완성도기준지급조건부 건설용역이다. 가) 부가가치세법 16조 제1항 에서 용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료되는 때라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제29조 제1항 제2호는 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우 대가의 각 부분을 받기로 한때를 공급시기로 규정하고 있다. 부가가치세법 기본통칙(16-29…2)은 건설공사 계약시에 완성도에 따라 기성대가를 수차례에 걸쳐 지급받기로 했으나 그 지급일을 명시하지 아니한 경우에는 공사완성도가 결정되어 그 대금을 지급받을 수 있는 날을 그 공급시기로 보는 것으로 규정하고 있다.

• 나) 쟁점호텔 공사도급계약서에는 공사기성 청구를 매월 1회 하는 것으로 약정되어 있다. 그러나 2022년 당시 E(주)는 청구법인 대표 F에게 지속적으로 공사기성 합의를 요구하고 종용하였음에도 F의 공사 방해와 불성실한 합의 태도로 2022.12.27.이 되어서야 1차 공사 기성에 대한 합의를 볼 수 있었다.
• 다) 2023년에도 E(주)가 F에게 공사 기성 합의를 연일 독촉하였으나, F는 이에 응하지 아니하였으며, 2023년 11월 말경 F이 청구법인 대표자리에서 물러나고 새로운 대표로 G이 선임되었으나, G도 기성 합의에 응하지 않았다.
• 라) 청구법인이 차입금 이자를 변제하지 못하자 2024년 4월～5월경 금융권에서 청구법인 소유 쟁점호텔 부동산을 경매하겠다고 통보했다. 이런 상황이 벌어지자 E(주)와 청구법인이 합의하여 2024.4.30. E(주)가 쟁점세금계산서를 발급하고, 청구법인이 수취하게 되었다.
• 마) 공사도급계약상으로 기성부분금을 매월 1회 상호 협의하여 지급하기로 약정하였으므로 쟁점건설용역의 공급시기는 원칙적으로 완성도기준지급조건부에 해당하여 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’를 공급시기로 볼 수 있다. 한편, E(주)의 공사완성도에 따라 청구법인에게 공사 기성금이 청구되고 청구법인은 이를 확인하고 그에 따라 세금계산서를 수취한 것이므로 이는 그 지급일을 명시하지 아니한 완성도기준지급조건부(부가가치세법 기본통칙 16-29…2)에 해당하여 그 공급시기는 공사완성도가 결정되어 공사기성금이 확정된 때라고 할 것이다.
• 바) 조세심판원도 당초 도급공사계약시에 ‘매 2개월마다 기성을 현금으로 지급한다’라고 약정하고도 자금사정 등으로 이와 다르게 기성금이 늦게 지급되면서 그에 따라서 도급계약서상 발급시기보다 세금계산서가 늦게 발급된 건에 대하여 이를 그 지급일을 명시하지 아니한 완성도기준지급조건부에 해당하는 것으로 보아 그 공급시기를 “공사기성고가 결정되어 그 대금을 지급받을 수 있는 날”이라고 결정하였다(조심 2008중0713, 2008.11.7., 조심 2013서2530, 2013.9.25. 같은 뜻임). 국세청 심사결정에서도 당초 도급공사계약시에 ‘기성부분금은 공정률에 준해 현금결제한다’라고만 약정하고 관련 세금계산서를 선발급하고 자금사정에 따라 추후 대출금을 받아 늦게 공사 기성금을 지급한 건에 대하여 쟁점 건설용역은 완성도기준지급조건부 용역으로 보아야 하므로, 공장 건설용역의 공급시기는 원칙적으로 대가의 각 부분을 받기로 한 때라고 할 것이지만, 도급계약액은 공정률에 준해 기성부분금을 현금 결제하기로 약정하였을 뿐, 그 지급일을 구체적으로 명시하지 아니하였으므로 공사완성도가 결정되어 그 대금을 지급받을 수 있는 날이 공급시기라고 결정하였다(심사부가 2016-0093, 2016.8.29.).
• 사) 처분청이 쟁점세금계산서가 공급시기가 2024.4.30.이 아니라고 판단하였다면 다른 공급시기를 특정하여야 하나, 특정하지 않고 있다. 만약, 다른 공급시기를 특정할 수 없다면 경정할 사유가 없음에도 이 건을 경정하였다는 것을 자인하고 있는 것이다.
• 아) 따라서 쟁점세금계산서는 부가가치세법 기본통칙(16-29…2)에 부합되게 발급되었으므로 처분청이 청구법인의 부가가치세 환급신청을 거부하고 가산세를 과세한 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 라. 처분청이 이 건 부과처분이 정당하다는 의견 중 잘못된 부분을 다음과 같다.

1. 처분청은 2023년 11월부터 청구법인과 시공사인 E(주)가 특수관계로 변경되어 두 회사 간에 얼마든지 기성합의가 가능하였다는 의견이나, 청구법인 대표 G은 E(주)과 엄연하게 다른 경제적 이해관계를 가지고 있다.

• 가) G은 청구법인의 대표이자 대주주(지분율 40%)로서 쟁점호텔에 대한 경영권을 행사하고 있다. 2022년 초 G은 E(주) 대표 G의 父 H와 쟁점호텔 공동투자를 약속하였다. E(주)는 쟁점호텔 공사에 관한 자금조달(프로젝트 파이낸싱)을 담당하고, G은 쟁점호텔 공사감독과 공사 완성 후 호텔 운영권을 행사하기로 하였다. 그러한 배경하에 G은 2023년 11월 청구법인 대표에 취임하고 대주주가 되었다.
• 나) 한편, 2022년 초에 바로 청구법인의 지분과 경영권을 G 등에 넘겨줄 것을 약속한 청구법인 前 대표 F는 2023년 11월이 되어서야 이를 이행하였으며, 경영권 이양이 늦어진 결과 2022년 3월～2023년 11월 기간 동안 E(주)가 공사자금 조달이 어려워지자, E(주) 대표 G 등은 개인 자금(주주․임원․종업원장기채권)을 조달하여 쟁점호텔 공사를 진행하였다.
• 다) 2023년 11월 청구법인 대표가 G으로 바뀌자 E(주)는 이제까지의 투입된 공사대금을 회수하려고 G에게 기성청구를 제안하였다. 이에 G은 공사자금 조달은 E(주)의 책임인바, 프로젝트 파이낸싱에 터잡은 기성청구에는 응할 수 있지만, E(주)의 사주들(G과 父 H) 자금을 투입해 공사를 한 부분에 대해서는 당초부터 본인(G)의 동의 없이 E(주)의 독단적인 판단하여 이루어진 공사이므로 이 부분 기성청구에는 응할 수 없다고 하여 끝내 기성청구는 이루어지지 않았다. 2022년 초 F는 청구법인의 경영권을 공동투자자인 G과 G에게 곧 넘겨줄 것처럼 약속하였는데, E(주) 대표 G과 父 H는 G의 만류에도 불구하고 이 약속을 믿고 사비를 들여 건설공사를 시작하였으나, 경영권 이관은 2023년 11월이 되어서야 이루어져 회수되지 않은 공사대금만 선 지출된 E(주)는 공사비 회수가 최우선 과제가 되었다.
• 라) E(주)가 2023년 11월～2024년 4월 중 프로젝트 파이낸싱에 실패하자 그때야 청구법인은 E(주) 기성청구 제안을 받아들인 것이다.

2. 처분청은 쟁점세금계산서의 근거자료인 2024년 4월 작성된 기성청구서가 실제 2024년 10월 조사착수 후 작성된 것으로 보고 있으나, 기성청구서는 2024년 4월에 작성되었다.

• 가) G은 대부분 속초에 있는 쟁점호텔 공사현장에서 공사감독 업무를 수행하고, 주말에 포항집에 내려오는데, 매주 월요일 오전 또는 금요일 오후에는 시공사인 E(주) 사무실을 들러 그 주간의 공사 상황에 대하여 의견을 교환하였다. 2024년 4월의 공사 기성청구에 대해서도 E(주) 전무 I와 미리 의견을 교환하였고 평소에 이러한 사항들을 구두로 논의하였다.
• 나) 2024년 4월의 기성청구는 2024년 5월의 경매 통보를 앞두고 E(주) I가 채권 확정 목적으로 기성청구서를 작성한 뒤 청구법인 대표 G를 설득하여 이루어진 것이다.
• 다) 한편, 2024년 8월 처분청의 현장확인시 기성청구서 등을 준비해 놓았으나, 출장공무원은 어떤 서류도 검토하지 않고 자신의 의견만을 주장한 뒤 사무실을 떠났다.

3. 처분청은 2024년 4월 작성된 기성청구서가 기성청구일의 7개월 전의 2023.6.26. 현재 공정률을 기준으로 작성되었고 감리자의 공정확인서도 2023.6월 작성되어 있고 그 이후에 신축공사는 계속 진행되었으므로 이 기성청구서는 사실과 달라 완성도가 결정된 기성청구라고 보기 어렵다는 의견이나, 이는 사실과 다르다.

• 가) 청구법인은 2024년 4월 E(주)와 투입원가 기준으로 공정률을 확정하여 그것을 기초로 공사대금을 청구하기로 약정하였다. 그래서 2024년 4월의 기성청구서는 2023년 6월의 공정확인서에 기초하여 작성된 것이 아니라 2024년 4월말 현재 투입원가로 측정된 공사진행율에 기초한 것이다.
• 나) 처분청은는 투입원가 이외 공정률을 확인할 수 있는 제3자의 공정확인서를 요구하였으나, 2024년 4월에 측정된 제3자의 공정확인서가 없어서 제출할 수 없었고, 보유하고 있는 제3자의 공정확인서로 2023년 6월의 공정확인서(2종)를 처분청에 제출한 것이다. 2023년 6월의 공정확인서는 쟁점호텔 건축물의 대위등기를 위하여 법원의 요구에 따라 작성된 것으로, 당초부터 이를 기성청구에 활용할 목적으로 작성된 것이 아니었으며, 실제 2024년 4월의 기성청구에는 2023년 6월의 공정확인서(2종)는 전혀 사용되지 않았다.
• 다) E(주)가 2023년말 결산시 위 작업진행률을 기준으로 쟁점호텔 신축공사 수입금액을 인식하였는데, 이때 적용한 작업진행률은 2024년 4월 발급한 쟁점세금계산서 발급시 적용한 작업진행률과 동일하다. 그 이유는 2023년말부터 2024년 4월까지 쟁점호텔 건축공사가 진행된 것이 없었기 때문이다. 이것은 2024년 4월의 작업진행률이 회계에 바탕을 두고 정상적으로 산정되었음을 의미하는 것이다.
• 라) 처분청은 투입원가 기준의 공정률에 대하여 의심을 하고, 이 의심을 해소하기 위해 60여 일간의 기간을 정해 조사까지 마쳤으나 공정률(65%)이 잘못 산정되었다는 어떠한 증거도 제시하지 못하였다.
• 마) 쟁점호텔 신축공사는 15여 년 전부터 공사진행하다 부도로 경매로 나온 건축물에 대한 추가공사 계약으로 진행된 것인데, 2023년 6월의 공정확인서는 쟁점호텔 공사계약 이후 투입된 원가를 기준으로 공정률을 측정한 것이 아니라, 15년 전에 이미 완성된 기존 건축물의 완성도를 포함하여 공정률을 측정한 것으로, 이는 오직 담보가치를 측정할 목적으로 작성된 것이다. 따라서 2024년 4월의 공정률은 E(주)와 공사도급을 맺고 공사를 시작한 2022년 3월 이후 투입원가 기준으로 산정하는 것이 가장 타당한 측정 방법이었다.

4. 처분청은 E(주)가 2023년 결산시 작업진행률에 따라 쟁점세금계산서상 금액을 수입금액으로 인식하였기 때문에 청구법인도 이에 맞추어 2023년에 세금계산서를 발급하여야 했다는 의견이나, 이는 법에 맞지 않는다.

• 가) E(주)는 법인세법 시행령 제69조 와 기업회계기준에서 그 사업연도의 수입금액을 작업진행률에 따라 인식하도록 규정하고 있어서 그에 따라서 2023년에 수입금액으로 인식하였다.
• 나) 법인세법(기업회계기준 포함)은 그 사업연도 말에 작업진행률에 따라 수입금액을 인식하도록 규정하고 있는 반면, 부가가치세법은 공사 기성에 대한 청구와 수용이라는 의사의 합치 단계를 거쳐 공급시기 및 공급가액이 확정되는 것으로 규정하고 있다. 그래서 법인세법상 수입금액과 부가가치세법의 과세표준과 일치하지 아니하는 것이 일반적이고, 법인세 신고서식에 ‘수입금액 조정명세서’에서 그 차이 금액을 조정하고 있다.

5. 처분청은 포항J조합의 쟁점호텔 부동산에 대한 경매통보가 E(주)에게만 통보되고 청구법인은 제3자 담보제공자에 불과하므로 이 경매와 직접적인 관련이 없다는 의견이나, 이는 사실과 다르다.

• 가) 청구법인의 금융기관 채무는 형식상 K(주)(대표 G)의 채무이다. 채무자 K(주)는 차입을 위하여 설립된 법인으로 사실상 실체가 없다.
• 나) 청구법인은 채무자 K(주)을 위하여 부동산 담보를 제공하고, K(주) 대표 G과 E(주) 대표 G은 각각 이 채무에 대해 보증을 제공하고 있다. 따라서 포항J조합의 채무는 실제 청구법인의 채무이다.
• 다) 청구법인(대표 G 포함)은 포항J조합의 금융채무를 상환하지 못할 경우, 경매로 인한 부동산 헐값 매각을 피할 수 없고 이로 인하여 막대한 경제적 손실을 입을 수밖에 없으며 E(주)도 공사채권을 전혀 받지 못하여 부도에 직면할 것이다.

• 가. (쟁점①) 청구법인은 세무조사 결과를 통지할 때 경정 사유를 설명하지 아니하여 세무조사가 절차상 위법하다고 주장하나, 이유가 없다.

1. 처분청은 청구법인에 세무조사 결과통지를 하면서 국세기본법 제81조의12 등에 따라 다음과 같이 <표2>와 같이 세무조사 내용, 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거 등을 설명하였고, 이러한 사실은 심사청구 이유서를 통하여 청구법인도 인지하고 있는 것으로 확인된다. <표2> 세무조사 결과통지시 설명할 내용

2. 또한, 처분청은 조사시, 2024.10.30. 청구법인 대표 G 및 E(주) 회장 H를 상대로 하여 작성한 문답서 작성, 2024.11.8. 처분청 조사과장과의 면담, 2024.11.12. 처분청을 방문하여 면담할 때 등 쟁점세금계산서의 공급시기가 사실과 다름을 설명하였다.

3. 한편, 처분청은 청구법인에 대하여 부가가치세 부분조사를 한 경위는 다음과 같다.

• 가) 청구법인이 쟁점세금계산서 관련 매입세액 281,970,480원을 환급세액으로 하여 2024년 제1기 부가가치세를 신고하자, 처분청 재산법인세과 법인팀에서 세무조사 의뢰하였고, 처분청 조사과는 국세기본법 제81조의11 제3항에 따라 필요한 부분에 한정하여 조사(세무조사 개시 통지서에도 확인됨, 부분조사: 2024년 제1기 과세기간의 거래처 E(주)와의 거래사실 확인 범위)하였다.
• 나) 국세기본법제81조의4 제1항 및 제3항에 따라 세무공무원은 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 실시 및 장부 등의 제출을 요구하여야 하고, 특히 2018년도 세법개정으로 조사범위를 벗어난 장부 등의 제출요구 및 조사범위 이외의 질문조사권 행사 등도 법률로서 엄격히 금지하고 있다. 그래서 처분청은 부분조사 범위(2024년 제1기 부가가치세 과세기간의 거래처 E(주)와의 거래사실 확인 범위) 이외 조사범위를 벗어나지 않도록 청구주장과 같이 조사진행 과정에서 쟁점세금계산서와 관련한 쟁점건설용역의 올바른 공급시기를 특정하지 않았다.
• 다) 이에 세무대리인으로부터 수차례 쟁점건설용역의 공급시기를 특정하여 달라는 요청을 받은 사실은 있으나, 처분청에서 실시하는 조사는 2024년 제1기에 수수한 쟁점세금계산서가 공급시기에 맞게 발급된 것인지 여부에 대하여만 실시하는 부분조사였기 때문에 조사절차 준수 이유로 조사범위 이외 자료를 요구하거나 질문⦁조사할 수 없었다.
• 나. (쟁점②) 쟁점세금계산서는 공급시기에 맞추어 발행된 정상적인 세금계산서라고 주장하나, 공급시기가 다르게 발행된 것이다.

1. 청구법인은 쟁점건설용역은 공사대금지급일을 명시하지 아니한 완성도기준지급조건부 건설용역에 해당하고, 쟁점세금계산서는 공급시기에 맞추어 발행된 정상적인 세금계산서라고 주장한다. 그 이유로 청구법인과 특수관계법인인 시공사 E(주) 간 체결한 도급계약서상으로 기성청구는 매월 1회 하기로 하였으나 매월 이행되지 않았고, E(주)은 그간 청구법인의 前 대표 F의 업무방해로 기성청구를 할 수 없었고, 2023년 11월 새로운 대표인 G 또한 기성합의에 응하지 아니하였다가 2024년 4월초 금융기관으로부터 청구법인의 쟁점호텔(토지 및 건축 중인 건물)에 대한 경매 착수 통보를 받은 이후 기성에 합의하여 쟁점세금계산서가 수수되었다는 주장이나 이는 모순된 주장이다.

2. 청구법인의 주주가 다음 <표3>과 같이 2023.11.9. F 등3인에서 시공사인 E(주) 등 청구법인의 특수관계인으로 변경되었기 때문에 이때부터 얼마든지 기성합의가 가능한 상태였다. <표3> 청구법인의 주주변동 내역(2023.11.9.～현재까지) 청구법인 대표 G이 기성청구에 따른 기성확인을 하고, 쟁점세금계산서를 수취한 후 환급을 받는 당사자임에도 본인이 E(주)와 기성합의에 응하지 않아 기성합의를 볼 수 없었다는 주장은 모순된다.

3. 쟁점건설용역의 공급시기는 2024년 제1기가 아닌 2023년인 것으로 봄이 타당하다고 판단된다.

• 가) 처분청 재산법인세과에서 2024년 제1기 부가가치세 조기환급신고와 관련하여 청구법인에 검토자료를 요청하였을 때, 고액의 환급신고 건임에도 불구하고 2024.8.9. 팩스로 계약서 3장만을 제출하였고, 공급자인 E(주)에 공사대금을 지급한 사실이 없었다. 공급자 E(주) 또한, 부가가치세를 납부한 사실이 없다. 처분청이 2024.9.25. 부분조사를 착수한 이후 10일 뒤인 2024.10.4.에야 소명자료로 작성일자 2024년 3월이 기재된 기성검사원을 제출하였는데, 이때 기성을 하였는지와 그 내용이 불명확하다. 즉, 특수관계 사이인 두 법인이 2024년 3월 당시에 공급자인 E(주)가 기성을 청구하였는지, 공급받는 자인 청구법인이 기성확인을 하였는지 여부 불명확하다.
• 나) 청구법인 대표 G은 2024년 3월 당시 기성확인을 하였다고 주장하나, 기성청구서 송달 및 기성을 확인하였다는 사실을 증명할 기성조사서 등 근거서류를 제시하지 못하고 있다.
• 다) 청구법인이 제출한 기성검사원(2024년 3월 기성청구)의 내용을 검토한 결과, 기성청구일의 7개월 前인 2023.6.26. 현재 공정률을 기준으로 작성된 것이고, 첨부된 감리자의 공정확인서도 2023.6.26.에 작성된 것으로 나타난다. 한편, 속초시 쟁점호텔 신축현장은 2023년 6월 이후에도 공사는 계속 진행되었으므로(근거: 쟁점공사용역 공급자인 E(주)가 2023년 6월 이후 전자세금계산서를 수취한 내역 등) 청구법인이 2024년 3월 작성되었다는 기성검사원의 내용은 사실과 달라 정상적, 객관적으로 완성도가 결정된 기성청구로 보기 어렵고, 기성확인을 하였다는 주장 또한 신뢰할 수 없다.
• 라) 쟁점건설용역의 공급자인 E(주)는 2023사업연도 법인세를 신고하면서 제출한 수입금액조정명세서에 쟁점금액(2,819,704,800원)을 작업진행률로 계산하여 수입금액으로 계상하였는바, 동 금액은 쟁점세금계산서와 정확히 일치하는 금액으로 쟁점건설용역의 공급시기가 2023년이었음을 알 수 있다.
• 마) 청구법인은 금융기관(포항J조합)의 담보부동산에 대한 경매통보(2024.2.20. 독촉, 2024.4.16. 최고, 2024.5.8. 경매착수 통지)로 사실상 부도상황으로 최종 공사중단을 결정하였다고 주장한다. 그러나 발주처인 청구법인은 경매통보 금융기관의 채무자가 아니며, 제3자인 채무자 K(주)에 쟁점호텔 토지․건물을 담보로 제공한 것에 불과하고, 금융기관의 경매통보는 청구법인이 아닌 E(주)에 한 것일 뿐, 청구법인과 직접적인 관련이 없다. 더구나 해당 경매 건은 2024.7.1. 취하되었고, 청구법인과 시공사 E(주)는 쟁점호텔 신축공사계약 해지에 합의한 사실이 없다.
• 바) 세무조사 진행 중 경매처분시 채권신고할 때 유리한 위치를 차지하기 위해 쟁점세금계산서를 발행하였다는 주장과 기성청구내용을 신뢰할 수 없는 사실 등을 종합할 때, 2024년 3월 기성청구는 정상적으로 건설용역의 완성도가 결정되었다 보기 어려우므로 쟁점세금계산서상 작성일자로 기재되어 있는 2024.4.30.은 쟁점건설용역의 공급시기가 아닌 것으로 판단된다.
• 다. 처분청의 의견에 대하여 청구법인이 항변한 내용 중 잘못된 부분을 다음과 같다.

1. 청구법인은 청구법인 대표 G과 E(주)와는 엄연하게 다른 경제적 이해관계를 가지고 있다고 주장하나 이는 사실과 다르다.

• 가) 청구법인은 <표3>(15페이지 참조)와 같이 E(주), 사주 G 및 父 H가 지분 55%를 소유하고 있고, E(주) 역시 H 회장 일가(G 44%, H 12%)가 지분 56%를 소유하고 있어 청구법인과 E(주)는 공통의 이해관계를 가지고 있다. 따라서 두 법인은 특수관계인이라서 H 회장 일가가 청구법인을 인수한 이후 공사용역에 대한 충분히 세금계산서 발급 및 수취를 할 수 있었다고 판단된다.
• 나) 한편, G은 E(주)의 지분 20%를 소유하고 있는 주요주주이고, 청구법인의 대표이고, E(주)의 감사이다. K(주)의 주주구성을 보면, G이 70%를, 나머지 30%는 E(주)의 전무 I가 보유하고 있어, K(주) 또한 E(주)와 밀접한 관계가 있다.

2. 쟁점세금계산서 수수가 정상적인 기성청구에 따른 것이라는 청구주장은 사실과 다르다.

• 가) 처분청 재산법인세과 현장확인업무 담당자에 확인결과, 2024.8.23. 청구법인 사업장에 방문하여, 기성청구내역을 요청하였으나 없다고 하였고, 테이블에 준비된 자료는 E(주)의 원가명세서 등이었다. 청구법인은 부가가치세 조기환급신고 처리기한이 임박한 2024.8.9.이 되어서야 팩스로 공사도급계약서 3장만 제출한 것이 객관적 사실이다.
• 나) 처분청의 부분조사 착수 이후 10일이 지난 2024.10.4.이 되어서야 청구법인은 기성청구 내역 등을 이메일로 제출하였다. 청구주장처럼 부도위기의 상황에서 고액의 환급금이 달린 중요한 업무인데, 이미 준비되어 있었다고 주장하는 자료를 왜 제출지연한 것인지 의문이다. 처분청은 2024.9.30 1차로 자료 제출을 독촉(있는 자료 그냥 주면 되는거 아니냐)하니, 세무대리인은 ‘준비가 되지 않았다. 소명서도 다시 한번 보고 사무실에 알아보고 연락주겠다’라고 답변하였다. 2024.10.2. 2차로 독촉하니 I 전무는 ‘자료를 취합하고 있다’라고 답변하였다.
• 다) 도급계약서상으로 공사 기성분을 매월 청구하게 되어있으나, 공급시기에 청구하지 않았다. 통상적인 기성청구라면 이행하였어야 할 감리인의 공정확인, 공급받는 자의 기성조사 및 확인, 대금 청구 및 금융기관을 통한 지급의 절차가 있어야 하나, 이러한 절차가 없었기 때문에 쟁점세금계산서가 정상적인 기성청구에 따른 것으로 보기 어렵다. 청구법인은 공급시기인 매월 세금계산서가 수취하지 않은 것이 사실이다.
• 라) 한편, 청구법인은 K(주)가 금융채무와 관련하여 설립하여 사실상 실체가 없는 법인이라고 주장하고 있는데, 이는 청구법인의 지분 45% 지분을 가지고 있는 회사가 실체가 없음을 시인하는 것이며, 청구주장이 사실이라면 청구법인은 E(주)의 완전종속법인이 되는 것이며, 이는 청구법인 대표 G이 가지고 있는 K(주) 지분 70%가 실체가 없는 것이 된다. 그러면 G이 직간접적으로 청구법인의 주식 소유지분이 전혀 없게 되고, 두 법인(청구법인, E(주))이 특수관계이고 이해관계가 동일하다는 사실이 더욱 명백해진다.
• 마) 결론적으로, 2024년 4월 발행하고 수취한 쟁점세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 기성합의를 하지 못하여 공급시기에 세금계산서를 발행할 수 없었다는 청구주장은 사실이 아니다.

• 가. 쟁점

① 세무조사결과통지시 경정사유를 설명하지 아니하였으므로 위법하다는 청구주장의 당부

② 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서를 공급시기가 다른 세금계산서로 보는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 가) 1) 국세기본법 제81조의12 【세무조사의 결과 통지】

① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 나) 1-1) 국세기본법 시행령 제63조의13 【세무조사의 결과 통지 및 예외】

① 법 제81조의12 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 사항을 말한다.

1. 세무조사 대상 세목 및 과세기간

2. 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우 그 사유(근거 법령 및 조항, 과세표준 및 세액 계산의 기초가 되는 구체적 사실관계 등을 포함한다) 2의2. 가산세의 종류, 금액 및 그 산출근거

3. 관할세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 법 제45조에 따른 수정신고가 가능하다는 사실

4. 법 제81조의15에 따른 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실 다) 2) 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】 (2022.12.31. 법률 제19194호로 개정된 것, 이하 같다)

① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 라) 2-1) 부가가치세법 시행령 제29조 【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】 (2023.12.26. 대통령령 제34019호로 개정된 것, 이하 같다)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우

② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 마) 2-2) 부가가치세법 시행규칙 제20조 【중간지급조건부 용역의 공급】 영 제29조 제1항 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우 바) 3) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 4) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액.(단서 생략)

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다).(단서 생략) ※ 부가가치세법 기본통칙 16-29…2【지급일을 명시하지 아니한 완성도 기준지급조건부 건설공사의 공급시기】 건설공사 계약시에 완성도에 따라 기성대가를 수차에 걸쳐 지급받기로 했으나 그 지급일을 명시하지 아니한 경우에는 공사완성도가 결정되어 그 대금을 지급받을 수 있는 날을 그 공급시기로 본다. ※ 부가가치세법 기본통칙 16-29…3 【지급시기를 정하지 아니한 통상적인 건설용역의 공급시기 】 건설용역을 공급함에 있어 건설공사기간에 대한 약정만 체결하고 대금지급기일에 관한 약정이 없는 경우의 공급시기는 다음 각호와 같다.

1. 해당 건설공사에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때. 다만, 해당 건설용역 제공의 완료 여부가 불분명한 경우에는 준공검사일

2. 해당 건설공사의 일부분을 완성하여 사용하는 경우에는 해당 부분에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때. 다만, 해당 건설용역 제공의 완료 여부가 불분명한 경우에는 그 부분에 대한 준공검사일 ※ 부가가치세법 기본통칙 16-29…4【완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급시기】 사업자가 완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급계약서상 특정내용에 따라 해당 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사 후 대가의 지급이 확정되는 때를 그 공급시기로 본다.

• 다. 사실관계

1. 기초 사실관계

• 가) 국세청 대내포털시스템(NTIS)에 따라 청구법인, 쟁점호텔 시공사인 E(주) 및 청구법인의 최대주주(지분 45%)인 K(주)의 사업자등록 현황을 보면 다음과 같다.
• 나) E(주)가 발급하고 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서(전자세금계산서)는 다음과 같다.
• 다) 청구법인과 관련 법인들의 주주구성을 그림으로 보면 다음과 같으며, 이들은 부가가치세법 시행령 제26조 제1항 에서 규정하고 있는 특수관계인이라는 사실에 대한 다툼은 없다.
• 라) 처분청은 2024.9.25.부터 2024.11.14.까지 청구법인의 2024년 제1기 부가가치세 부분조사를 실시한 후 2024.11.18. 다음과 같이 ‘세무조사 결과통지’를 한 것으로 나타난다.

2. 처분청과 청구인이 제시한 주요 증빙

• 가) 청구법인과 E(주)는 2022.3.5. 14,732백만원(공급가액)에 쟁점호텔을 신축하는 도급계약을 체결하였다. 위 공사도급계약은 2022.12.26., 2023.12.15. 두 차례에 걸쳐 공사기간을 변경하였고, 최종 변경계약서(2023.12.15.자)상으로 공사기간은 2022.3.10.～2024.12.31.까지이다.
• 나) 도급계약서상으로 매월 1회 기성분 공사대금을 수수하는 것으로 계약하였으나, 실제 쟁점호텔 신축과 관련하여 E(주)가 청구법인에 세금계산서를 발급한 내역은 다음 <표4>와 같이 2회 합계 3,359,704,800원이다. <표4> 쟁점호텔 신축공사와 관련하여 E(주)가 발급한 세금계산서 내역
• 다) 쟁점호텔이 소재하고 있는 ‘속초시 B 토지 및 건물분 등기사항의 주요내용을 보면, ① E(주)가 2023.4.4. 임의경매를 신청하였다가 2023.4.14. 취하한 것으로 나타나고, ② 포항J조합이 토지 및 건물을 경매신청하여 2024.5.20. 임의경매개시결정(춘천지방법원 속초지원 2000타경000)되었다가 2024.7.1. 취하한 것으로 나타난다.
• 라) E(주)는 2024.4.30.을 작성일자로 하여 쟁점세금계산서를 발급한 후 2024.5.8. 다음과 같이 청구법인에 문서로 쟁점호텔 신축공사 기성금을 청구한 것으로 나타난다. 이와 관련된 증빙으로 기성금 청구서(2회), 기성검사원(2회), 2023.6.26. 감리자 ㈜건축사사무소 L이 작성한 ‘공정확인서’, 기성총괄표(2회), 기성청구서(2회)내역서 등이 있다.
• 마) 처분청은 2024년 3월에 작성된 기성검사원(2회)을 보면 2023.6.26. 현재 누계 공정률이 65%로 기재되어 있고, 2023.6.26. 감리자 ㈜건축사사무소 L이 작성한 ‘공정확인서’상 공정률도 65%인바, 이는 청구주장과 달리 2023년 6월 이후 쟁점호텔 신축공사가 계속진행된 것으로 확인되므로 쟁점세금계산서 발급의 근거가 된 2024년 3월의 기성검사원의 내용(공정률 65%)은 사실과 다른 것인바, 이는 정상적인 기성청구와 기성확인으로 볼 수 없다며 그 증빙으로 다음 <표5>와 같이 E(주)가 2023년 이후 수취한 23건 합계 1,013백만원의 세금계산서를 제시하고 있다. <표5> E(주)가 신축공사와 관련하여 수취한 세금계산서 내역 (’23.7월 이후)
• 라. 판단

1. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①부터 살펴본다. 청구법인은 세무조사결과통지시 경정사유를 설명하지 아니하였으므로 세무조사에 절차상 위법이 있다고 주장하나, 다음과 같은 이유에서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 첫째, 처분청이 2024.11.18. 청구법인에 통지한 ‘세무조사 결과 통지’문서에 “용역의 공급시기 오류 확인되어 매입세액불공제 및 가산세 경정함”이라고 경정사유를 밝힌 것으로 나타나고, 처분청이 세무조사를 마쳤을 때, 청구법인 대표 G 및 E(주) 회장 H를 상대로 하여 문답서를 작성할 때, 처분청 조사과장과의 면담할 때 등에 이 건 세무조사의 내용, 경정할 과세표준 및 세액 및 산출근거 등을 설명한 것으로 보여 세무조사에 절차상 위법이 있어 보이지 않는다. 둘째, 조세법은 강행규정이므로 세법이 정한 과세요건을 충족하면 과세관청은 세법이 정하는 바에 의하여 징수하여야 하므로 설령, 세무조사에 있어 절차 위반 등이 있다고 하더라도 중대한 것이 아닌 한 이를 이유로 그에 기초한 처분이 무효가 되거나 당해 처분을 취소하기는 어렵다(조심 2020부0280, 2020.10.8. 등 같은 뜻임).

2. 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

• 가) 관련 법리 부가가치세법 제16조 제1항 은 역무의 제공이 완료되는 때 등을 용역의 공급시기로 삼으면서, 제2항에서 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 위임하고 있고, 이에 따라 그 위임을 받은 시행령 제29조 제1항은 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하거나 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우 등은 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 보되, 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 보도록 규정하고 있다. 한편, 완성도기준지급조건부 용역의 공급이라 함은, 장기간에 걸쳐 용역을 공급하는 경우 진행도 또는 완성도를 확인하여 그 비율만큼 대가를 지급하는 거래 형태를 말한다(서울행정법원 2008.10.30. 선고 2008구합13170 판결 참조).
• 나) 쟁점세금계산서가 공급시기가 다르게 적힌 것인지에 관한 판단

(1) 처분청은 E(주)가 청구법인에 제공한 쟁점건설용역의 공급시기가 2023년이므로 2024년 제1기에 발급된 쟁점세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 의견이나, 다음과 같은 사정에 비추어 공급시기에 맞추어 발급된 정상적인 세금계산서로 봄이 타당하다고 판단된다. 첫째, 청구법인이 쟁점호텔 신축하고 있고 E(주)가 쟁점호텔 신축공사를 하고 있으며 쟁점세금계산서 발급일인 2024.4.30. 현재 E(주)가 청구법인에 쟁점세금계산서에 기재되어 있는 쟁점금액(2,819백만원) 상당의 건설용역을 제공하였다는 사실에 다툼이 없다. 둘째, 2022.3.5. 체결한 도급계약서상으로 기성률에 따른 분할 지급 약정(매월 1회)이 존재하는 것은 사실이지만, 쟁점세금계산서가 발급되기 이전에 기성청구는 한 차례(2022.12.27.)에 불과하므로 이 건설공사는 지급일을 명시하지 아니한 공사완성도지급조건부 건설공사로 봄이 타당하고, 이 경우 건설용역의 공급시기는 공사완성도가 결정되어 그 대금을 지급받을 수 있는 날이다(부가가치세법 기본통칙 16-29…2 참조). 이렇게 볼 때 제2회 기성의 경우, E(주)가 2024.4.30. 쟁점세금계산서를 발급하고 2024.5.8. 청구법인에 문서로 공사대금을 청구하였는데, 기성총괄표(2회), 기성금 청구서(2회), 기성검사원(2회)을 갖추어 기성을 청구한 것으로 나타나고, 쟁점세금계산서상 공급가액과 기성청구서상 기성금액이 쟁점금액으로 동일한 것으로 나타나므로 2024.4.30.이 공사완성도가 결정되어 그 대금을 지급받을 수 있는 날로 보인다. 셋째, 처분청은 청구법인이 2024년 3월 당시 기성청구서 송달 및 기성을 확인하였다는 사실을 증명할 기성조사서 등 근거서류를 제시하지 못하고 있고, 기성청구한 내용을 보면 감리회사가 2023.6.28. 작성한 ‘공정확인서’(공정률 65%)를 근거로 하여 쟁점세금계산서가 발급되었기 때문에 쟁점세금계산서가 공급시기 이후에 발급된 것이라는 의견이다. 그러나 E(주)는 청구법인에 제2차 기성을 청구하면서 총투입원가 기준으로 공사완성도를 19.14%(기성청구 순공사비 2,680,000,000원/전체 순공사비 13,995,400,000원)로 측정하고, 이를 근거로 쟁점세금계산서를 발급하였다고 소명하고 있고 그 주장이 일리가 있다.

(2) 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 발급된 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.