철거 예정 건물과 토지를 일괄양도시 건물가액을 안분과세하여야 하는지 여부

이 건 심사청구는 기각결정합니다.

• 가. 청구인1은 2019.11.11. A모텔이라는 상호로 여관업 사업자등록 후 대전 D (이하 “쟁점1 토지”라 한다) 및 지상 건물(이하 “쟁점1 건물”이라 한다)을 매수하여 모텔업을 영위하다가, 2021.5.4. 주식회사 B(이하 “B”라 한다)에 쟁점1 토지 및 건물을 일괄로 2,600,000,000원에 매도하였고, 청구인2는 1996.5.16. C모텔이라는 상호로 여관업 사업자등록 후 대전 D 대 492.9㎥(이하 “쟁점2 토지”이라 한다) 및 지상 건물(이하 “쟁점2 건물”이라 한다)을 매수하여 모텔업을 영위하다가 202.5.4. 쟁점2 토지 및 건물을 일괄로 1,750,000,000원에 B에 매도하였다.
• 나. 청구인1은 2021년 1기 부가가치세 신고를 하지 않았고 이에 처분청은 2022.3.17. 2021년 2기 부가가치세 무신고에 대해 숙박업 관련 신용카드매출 등의 과세표준을 결정하였고, 과세자료에 의해 해당 사업장이 쟁점1 건물분에 대한 과세표준을 누락한 것으로 보아 2024.5.23. 2021년 2기 부가가치세 214,162,031원의 과세예고통지를 하였다. 청구인2는 2021년 1기 부가가치세 신고시 쟁점2 건물 양도에 따른 재화의 공급분은 제외하고 과세표준을 신고하였고, 처분청은 과세자료에 의해 쟁점2 건물분에 대한 과세표준을 누락한 것으로 보아 2024.5.9. 2021년 1기 부가가치세 22,400,804원의 과세예고통지를 하였다.
• 다. 청구인2과 청구인2(이하 ‘청구인들’이라 한다)는 과세예고통지에 대한 조기결정신청을 하였고, 처분청은 청구인1에 대하여 2024.5.28. 부가가치세 213,152,640원을, 청구인2에 대하여 2024.6.4. 부가가치세 22,301,597원을 각 부과처분하였다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2024.9.2. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 토지의 대가에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다. 1) 토지와 건물을 함께 양도하면 부동산 매매대금은 토지와 건물의 가액으로 구성되고, 이 때 건물의 가액을 정상으로 받되 부동산 매매대금에 포함시켜 놓고, ‘구분약정’으로 건물의 가액을 낮게 표현하였다면 처분청은 ｢부가가치세법｣제29조제9항제2호(이하 “이 사건 규정”이라 한다)에 따라 ‘구분약정’의 부당함을 증명하고, 그 다음 합리적인 가액으로 탈루된 부가가치세를 회복시키게 된다. 납세자의 ‘구분약정’이 부당한지 여부는 이 사건 규정이 따라 ‘구분약정 가액이 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이’가 있는 경우이며 매매대금에 포함된 건물의 합리적인 가액은 ‘안분계산한 금액’으로 ①매매대금에 포함하고 있는 건물가액을 ｢부가가치세법 시행령｣제64조에 규정한 토지와 건물의 기준시가의 비례로 분리한 금액이고, 안분계산한 금액 = ①(토지,건물)매매대금×[②건물기준시가/(토지+건물)기준시가]이다. 위의 계산식은 ①의 매매대금에 ②의 비례적인 건물대가가 포함하고 있다고 누구나 공감하는 매매대금이어야 그 포함된 건물가액을 분리하는 계산식이므로, 일반적인 표준적 거래의 하나의 가액만 계산하는 식이다. 즉, ①의 매매대금에는 ②의 비율에 의하여 계산되는 건물의 가액이 포함하고 있다는 것이 전제조건이 성립하여야 그 가액을 분리할 수 있는 것이므로, ①의 매매대금에 ②의 금액이 포함하고 있지 아니하는데 분리한다면 허위의 가액을 분리하는 것이므로, 전제조건의 성립을 처분청에서 입증한 후 적용하는 규정이고 따라서 자산별 가액이 매매대금에 포함되었다는 개연성을 처분청이 증명한 후 적용하여야 하고, 매매대금에 건물의 가액이 포함되어 있지 않음에도 무조건적으로 대입을 하게 되면 아래와 같은 문제점이 발생이 된다. 2) 건물에 대한 납세자의 소득은 ‘안분계산한 금액’으로 강제된다. 같은 건물이라도 매수자의 사용 용도에 따라 건물의 매매가액은 천차만별인데, ‘안분계산한 금액’은 건물을 사용하는 모텔업자가 매수를 하든, 건물을 철거하고 토지만 사용할 건설업자가 매수를 하든 같은 금액으로 건물의 가액을 결정한다는 문제가 있다. 그럼에도 이 사건 매매대금에 포함된 ‘안분계산한 금액’은 모텔업자간에 형성이 되는 하나의 가액으로만 계산이 되는데 쟁점1 건물의 경우 그 계산된 ‘안분계산한 금액’은 1,311백만 원으로, 처분청은 그 가액과 ‘구분약정’ 0원과 비교하여 30% 이상의 차이가 있으므로 ‘구분약정’이 부당하다고 판정한 뒤 건물의 가액은 일반적으로 1,311백만 원을 주고받는데 0원으로 구분약정으로 조세회피한 것으로 보아, 이 사건 규정을 적용하였다고 주장한다. 부동산 매매대금에는 철거할 건물의 대가가 포함되어 있고 나머지는 토지의 대가로 철거할 건물의 대가가 아무리 크더라도 모텔업자간의 형성이 되는 건물의 대가에 비하면 아주 적다는 것은 증명된 거래이다. 고정된 매매대금에는 철거할 건물가액이 포함하고 있는데 모텔업자간 형성 되는 가액이 포함하고 있다고 간주하여, 그 가액을 분리하면 토지의 대가가 건물의 대가로 분리된다. 부가가치세 과세표준에 토지의 대가가 1백만 원만 포함하고 있다면 그 과세표준은 부당한 과세표준이다(대법원 1995.4.28. 선고 94누13527). 토지의 대가를 건물대가라고 분리하여 건물가액으로 과세하는 것은 토지의 대가에 대한 부가가치세 과세이고, 토지는 면세 재화이므로 이에 대한 부가가치세 과세는 위법이다.
• 나. ‘안분계산한 금액’으로 ‘구분약정’이 조세회피라는 검증에 적용할 수 없다. 1) 처분청의 조세회피의 검증 청구인이 이 사건 건물의 매매가액을 0원으로 정한 것은, 매수인은 이 사건 건물을 철거하여 새로운 건물을 신축하기 위한 매매이므로 건물의 가치를 고려될 수 없었기 때문인데 처분청은 청구인이 토지와 건물을 함께 공급하였으므로 부가가치세법 제29조제9항제2호 를 적용하여, 매매대금(26억원) ×건물기준시가(616백만원)/[494백만원(토지기준시가)+616백만원]= 1,311백만원 을 ‘안분계산한 금액’으로 계산하였다. 처분청은 청구인이 건물가액(‘안분 계산한 금액’인) 13억원을 매매대금에 포함시켜 놓고 조세회피를 위하여 건물 구분약정상으로만 0원으로 적은 것으로 보고, ‘안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우’에 해당하므로 구분약정 0원이 조세회피에 해당한다고 본 것이다. 2) ‘안분계산한 금액’을 기준으로 30%의 검증은 비교가능성이 없는 비교이다. 가) 전제조건 거래가액이 같은 구성자산에 의하여 동일하게 결정이 되는 거래는 그 가액은 동일할 수 밖에 없는데 구성자산의 매매가액 결정방법이 동일하여야 동질성이 있어 비교가 가능한 것이고, 계속 사용할 건물과 철거할 건물은 매매가액 결정방법이 상이할 수 밖에 없다. 부가가치세법에는 부동산 매매대금에 철거할 건물의 가액이 포함하고 있는 경우, 합리적인 철거할 건물의 가액을 계산할 수 있는 규정은 없다. 철거할 건물가액을 토지가액으로 표현하고 건물가액을 적게 신고하였다면, 적게 신고한 금액은 철거할 건물의 대가 범위 내일 뿐이고 건물을 사용소비하는 모텔업자간에 양도하였다면 형성이 되는 ‘안분계산한 금액’은 아니라고 보아야 하는데, 안분계산한 금액은 매매대금에는 건물을 정상적으로 사용하는 거래의 건물가액이 포함하고 있다고 간주하여 계산된 금액이고 그 안분계산한 금액은 정상적인 거래를 전제한 가액이므로, 실질거래에서는 철거할 건물은 정상적인 거래시의 건물대가보다 적게 받는 것은 명백하다는 점에서 철거할 건물은 철거할 건물의 대가 밖에 받지 못하는데 정상적인 거래시의 안분계산한 금액, 그 대가를 받는다는 전제로 조세회피 검증의 기준으로 삼을수 없기 때문이다. 나) 이 사건의 경우 조세심판원, 국세청 심사의 대상이 된 수많은 철거한 건물의 거래에서 철거할 건물의 실지거래가액은 ‘0원이거나 미미한 금액’으로 거래가 이루어짐이 확인이 되었다(이하 ‘철거할 건물의 일반성’이라 한다). ‘안분계산한 금액’은, 모텔업자 간에 형성이 되는 13억원 한 가지만 계산이 되는 한편 모텔업자간의 건물의 실지거래가액에 비해 철거할 건물의 실지거래가액이 적다는 것은 증명된 거래이므로, 철거할 건물의 실지거래가액을 적게 신고하였는지의 여부를 검증하면서 모텔업자간의 거래시에 형성이 되는 실지거래가액(‘안분계산한 금액’)으로 검증은 비교대상 거래가 아니여서 검증이 불가능하다. 청구인이 잘못하였다면 철거할 건물의 매매대금 범위내에서 조세회피를 하였지, 모텔업자간에 형성이 되는 매매대금의 상당액을 조세회피한 사실이 없으므로, 모텔업자간에 형성이 되는 가액을 기준으로 100분의 30 이상 차이가 있다는 처분청의 검증은 성립하지 아니하고 따라서 철거할 건물의 거래에 이 사건 규정을 적용할 수 없다.
• 다. 간주규정의 과세요건이 성립하지 아니하여 부가가치세법 제29조 를 적용할 수 없다. 1) 부가가치세는 납세자의 의지에 의하여 결정되는 실질소득을 과세대상으로 한는 것으로, 납세자의 의지를 규율하는 법을 간주규정으로 해석하여 집행하려면 간주규정은 헌법이 규정한 평등의 원칙과 차별금지의 원칙을 침해하는 위험성 있으므로, 그 범위가 명백하여야 하고 제한적이고 엄격하게 적용하여야 한다. 2) ｢부가가치세법｣ 제29조제9항 은‘안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우’에 해당하기만 하면 과세표준이 자동으로 결정이 되는 법률로, 이처럼 요건에 해당하는 경우를 전제로 무차별적 적용하는 법률을 간주규정이라고 한다. 간주규정은 법률에 의하여 진·부를 가려볼 여지도 없이 거래가액이 정하여지고 동 금액에 부가가치세가 과세가 되고, 그에 대하여는 다툴 수 있는 입증의 기회마져 갖지 못하며, 반증을 허용하지 아니하며, 이른바 법률의 힘으로 백을 흑으로 보는 강제법으로, 이 사건 건물의 매매대금인 ‘안분계산한 금액’으로 누구나 수수한다는 사실이 성립하여야 한다. 그 이유는 ‘안분계산한 금액’은 누구나 건물가액으로 수수하여 매매대금에 포함하고 있는 금액임에도 그 수준에 미치지 못하는 금액으로 ‘구분약정’은 부당하다는 근거가 되기 때문으로, ‘안분계산한 금액’은 건물의 가액으로 지급받은 것으로 간주가 되어 실질과세원칙에 증명이며 부가가치세를 과세하는 근거가 되기 때문이다. 예를 들어 쟁점1 부동산이 모텔업자 간의 거래라면, 모텔업자는 쟁점1 건물을 사용소비하여 부가가치를 창출하므로 건물의 신축비용과 영업권 등의 가액을 지급하여야 하는 필연성이 있으므로 부동산 매매대금 26억원에는 그 분리된 ‘안분계산된 금액’ 건물의 대가 13억원이 매매대금에 포함하고 있다고 보아야 하고, 건물의 가액을 0원으로 구분약정 하였다면 부당한 약정에 해당하여 13억원으로 과세시 불복도 할 수 없다. 그러나 건축업자라면 2003년도에 건축된 21년이 경과된 노후화 쟁점1 건물을 매입하여 건물을 신축시 드는 비용에 영업권의 대가를 추가한 13억원에 매수하여 철거한다는 사실은 누구도 동의하지 아니하므로 과세요건이 성립하지 아니한다. 3) 그러므로 간주규정의 과세요건에 해당하지 아니하므로 부가가치세법 제29조제9항제2호 가 적용될 수 없다.
• 라. 언제나 동일한 실지거래가액을 3년만 부정하는 것은 부당하다. 1) 부가가치세는 실지거래가액이 과세표준이 되고 이때 실지거래가액은 교환가치를 반영하는 시가가 아니라 당시 급부의 대가로 약정된 금액을 의미한다(대법원 1995.2.24. 선고 93누18914). 이에 근거하여 ‘구분약정’이 실지거래가액에 해당하는데 실지거래가액은 약정 금액만 납세자의 소득이 되고 건물의 자체의 가치는 그 대가를 받지 못하여 소득이 되지 아니하여 실지거래가액이 될 수 없다는 것이 평범한 진리이다. 2) 철거할 건물의 가액인 ‘구분약정’의 가액을 실지거래가액으로 인정경과 가) ｢부가가치세법｣ 제29조제9항 은 2013.7.1. 전면개정되었는데, 동 규정은 철거할 건물의 매매는 예외적 거래로 매매계약서에 건물의 가액을 ‘0원이거나 미미한 금액으로 구분약정’ 하였다면 실지거래가액으로 인정을 하였다. 2018.12.31. ｢부가가치세법｣제29조제9항제2호에 ‘사업자가 실지거래가액 으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령 으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우’가 규정 되었고, 위 규정에 따라 2019.1.1.부터 {‘안분계산한 금액’=실지거래가액 ×건물기준시가 /(토지+건물)기준시가}를 계산할 때에 실지거래가액에는, 부동산 거래의 계약서상의 매매대금이기만 하면 위의 계산식의 실지거래가액에 대입하여 안분계산한 금액을 계산하여 ‘구분약정’을 부인하였다. 또한 위 법은 ‘토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’에 위의 법의 적용에서 제외하도록 2022.2.15. 개정되어 ‘구분약정’을 인정을 하고 있다.

3. 이 사건의 경우 철거할 건물에 대한 이 사건 규정의 적용기간은 2019.1.1.부터 2021.12.31.까지로 이 사건 부동산 거래시기는 2021.7.15.로 적용기간에 해당한다. 처분청은 건축된지 21년이 경과하여 노후화 되었고 신축하였다면 지급할 가액에서 영업권 가액까지 추가하여도 비싼 13억원을 이 사건 규정의 가액으로 결정하였는데, 이는 매매대금 26억원에는 건물의 가액 13억원을 지급받아 포함시켜 놓고서 임의적으로 0원으로 구분약정 하였으므로 조세회피한 것으로 보고, 청구인이 받은 가액을 13억원으로 간주한 것이다. 한편 개정세법 해석에 따르면 이 사건 규정은 ‘자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것’이 취지라고 설명하고 있는데, 철거할 건물의 거래는 이 사건 규정의 적용대상에서 2022.1.1.부터 제외(구분약정을 인정)하도록 개정된 것으로, 조세회피거래를 인정하도록 법이 개정될 리는 없으며 따라서 조세회피거래가 아니라는 반증이므로 처분청이 철거할 건물의 구분약정을 조세회피로 부인한 것은 시정되어야 한다. 부가가치세는 실지거래가액에 대하여 과세하는 것으로, 실지거래가액은 소득의 크기이며 담세력의 기준이고 납세자만이 결정할 수 있는바 철거할 건물에 대한 납세자의 경제적 가치의 인식은 언제나 0원이거나 미미하며 언제나 동일하다. 납세자가 철거할 건물의 거래로 얻은 소득은 ‘구분약정’금액으로 언제나 동일한 데, 이 사건 규정을 적용하여 계산된 ‘안분계산한 금액’을 3년 동안만 납세자의 소득으로 간주하는 것은 부당하고, 이는 결국 세법규정이 납세자의 소득을 결정한다는 결론이 되는 것으로 이러한 법은 제정될 수 없고, 규정되어있지도 아니한데 국세청은 그러한 해석으로 집행하고 있다.

• 마. 토지의 매매대금에 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다. 청구인 조오순은 쟁점1 부동산의 매매대금 26억원 중 건물의 매매대금은 0원으로 신고하였는데, 처분청은 토지대가 26억원을 1,289백만 원으로 줄이고 건물의 대가를 0원에서 1,311백만 원으로 증가시켜 토지의 대가를 건물의 대가로 변경시켰으며, 청구인 이청자 역시 마찬가지이다. 앞에서 본 바와 같이 건물의 가액은 모텔업자간에 형성이 되는 가액으로만 계산이 되므로, 매매대금 26억원에는 모텔업자간에 형성이 되는 건물의 실지거래가액이 13억원이 포함하고 있어야 반대적으로 13억원이 분리된다고 할 수 있는데 처분청이 매매대금에 포함하고 있다는 13억원은 21년전 건축된 건물로 노후화 되었을 뿐만 아니라 현재의 신축비용에 영업권 대가까지 추가한 금액보다 비싼 가액으로 매입히여 철거할 건축업자는 없다. 그러므로 건물의 가액 13억원을 받는 다는 것은 불가능하고, 매매대금에 포함된 건물의 대가와 관계없이 분리되는 건물의 대가는 모텔업자간에 형성이 되는 가액에 한정된다고 보아야 한다. 매매대금은 토지와 건물의 가액으로 구성된 고정된 대금으로, 매매대금에는 철거할 건물의 가액이 포함하고 있고 나머지는 토지의 대가인데 철거할 건물의 대가의 경우 ‘안분계산한 금액’보다 적다는 것은 세상의 이치이고, 그 철거할 건물의 가액을 ‘안분계산한 금액’으로 계산하면 과대계산된 것이고 그 과대계산된 금액만틈 토지의 대가로 취급되었을 것은 명백하다. 과세표준에 토지의 대가가 1백만원이라도 포함하고 있다면 부당한 과세에 해당하는 것이고 그 이유는 과세표준을 계산할 수 없기 때문이다(대법원 1995.4.28. 선고 94누13527). 이처럼 철거할 건물의 거래에 이 사건 규정이 적용이 되지 아니함에도 처분청은 이를 적용하여 토지의 대가를 건물의 대가로 분리하고 토지의 대가에 대하여 부가가치세를 과세하였으므로 토지에 대한 부가가치세 과세는 무효이다.
• 바. 결론 철거할 건물의 거래에 이 사건 규정이 적용될 수 없으므로 이를 적용하여 과세한 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

• 가. 토지에 대한 과세가 아닌, 건물에 대한 부가가치세 과세이다. 1) ｢부가가치세법｣제29조제9항이 2018.12.31. 개정되면서, 토지와 건물을 함께 공급하는 경우 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에 ｢부가가치세법 시행령｣제64조의 안분계산한 금액을 공급가액으로 하는 것에서 토지와 건물을 함께 공급하면서 실지거래가액이 위 안분계산한 금액과 차이가 있을 경우 안분계산한 금액을 공급가액으로 하는 것으로 규정되었다.

2. 청구인들이 양도한 토지와 건물의 실지거래가액 중 건물의 경우 철거예정으로 0원으로 매매하였고 이는 이 사건 규정에서 규정하고 있는 안분계산한 금액과 100분의 30 이상의 차이가 있다.

3. 처분청은 ｢부가가치세법｣제64조제1항제1호에서 규정하고 있는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액으로, 조오순에 대하여는 총 매매가액 2,600백만원 중 건물에 대해 안분계산한 1,310,734,360원의 부가가치세를 과세하였고, 이청자에 대하여 총 매매가액 1750백만원 중 건물에 대해 안분계산한 835,656,328원의 부가가치세만 과세한 것으로 토지에 대한 부가가치세를 과세하지 않았다.

• 나. 처분청은 법률에 따라 건물에 대하여 부가가치세를 부과한 것이다. 1) ｢부가가치세법｣제29조제9항제2호의 단서규정은 납세자의 자의적 구분을 통한 조세회피 방지를 목적으로 신설된 법률 조문의 단서 규정으로 2021.12.8. 부가가치세법 개정을 통해 부가가치세 시행령 제64조제2항에서 철거 예정 건물에 대해서는 제외한다는 예외규정을 신설하였지만 법률 제18577호 부가가치세법 부칙 제7조에 의하면 ‘이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조제9항제2호의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있어 2021.5.4. 공급한 쟁점부동산 건물에는 적용될 여지가 없다. 2) 부가가치세법 제29조제9항 각호의 규정에 해당하지 않는 거래에 대해서는 매도자와 매수자의 구분약정에 의한 실지거래가액을 공급가액으로 인정하고 있으며 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명하거나 실지거래가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 감정평가가액 또는 기준시가로 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 명시하고 있기 때문에 처분에는 잘못이 없다.

3. 위에서 청구인은 ‘안분계산한 금액은 누구나 건물의 매매가액으로 수수한다’ 가 성립해야 과세요건이 충족한다고 주장하고 있으나, 이 안분계산한 금액은 매도인과 매수인이 계약한 실지거래가액이랑 비교할 때 사용하는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 감정평가가액 또는 기준시가로 계산하는 금액으로 명시되어 있어 처분에는 잘못이 없다.

4. 청구인은 3년(2019부터 2021까지)동안만 실지거래가액이 부가가치세법 시행령 제64조 에 따른 안분계산한 금액과 100분의 30이상 차이가 있을 경우 실지거래가액 대신 감정평가가액이나 기준시가로 안분계산한 금액을 공급가액으로 하는 것이 위법하다고 주장하지만 부가가치세법 제29조제9항 은 2018.12.31. 및 2021.12.8. 개정을 통해 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우에 대한 부가가치세 과세표준에 대해서 규정하고 있어 처분에는 잘못이 없다.

이처럼 처분청은 법률에 따라 부가가치세를 과세한 것으로 정당하다.

철거 예정 건물과 토지를 일괄양도시, 건물가액이 0원임에도 건물가액을 안분계산하여 과세한 처분은 부당하다는 주장의 당부

1) 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다. 2) 부가가치세법 제15조 【재화의 공급시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때 3) 부가가치세법 제29조 【과세표준】

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 3-1) 부가가치세법 시행령 64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기 (중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 4) 부가가치세법 제57조 【결정과 경정】

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 “납세지 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다. (이 면 이하 여 백)

• 다. 사실관계

1. 1) 청구인들 기본사항 및 신고내역 성명 구분 상호 개업일 (폐업일) 업태 주소 청구인1 대표자 A모텔 2019.11.11. (2021.7.7.) 숙박 대전시 D 청구인2 대표자 C모텔 1996.5.16. (2021.6.29.) 음식 및 숙박업 대전시 D

• 가. 2) 다툼이 없는 사실 가) 청구인 1은 2021.5.4. B에 쟁점1 토지 가액(영업보상금 포함)을 2,600,000,000원, 쟁점1 건물 가액은 0원으로 각 약정하고 매매대금 2,600,000,000원에 일괄양도하였다. 나) 청구인 2는 2021.5.4. B에 쟁점2 토지 가액(영업보상금 포함)을 1,750,000,000원, 쟁점2 건물 가액은 0원으로 각 약정하고, 매매대금 1,750,000,000원에 일괄양도하였다. 다) 안분계산에 따른 과세표준 및 세액에 관하여 다툼은 없다.
• 나. 3) 쟁점1 건물과 쟁점2 건물의 철거내역 청구인들이 제출한 자료에 의하면, 쟁점1 건물은 2021.12.13. 건축물 해체공사 완료에 따른 건축물대장 말소 사실이 확인되고, 쟁점2 건물은 2021.7.19.부터 2021.12.5.까지 해체기간을 거쳐 2021.10.25. 대전광역시 D청장으로부터 ‘건축물 해체공사 완료 신고확인증’을 발급받은 사실이 확인된다.
• 다. 4) 법률 개정 내용 ｢부가가치세법｣제29조제9항2호는 2021.12.8. 개정되었는데, 부칙에 따르면 시행일인 2022.1.1. 이전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조제9항제2호의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 부가가치세법 제29조제9항 개정 내용 제16101호 (2018.12.31.일부개정) 부가가치세법 제29조 [과세표준]

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 제18577호 (2021.

8. 일부개정) 부가가치세법 제29조 [과세표준]

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외 한다. 부칙 제7조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우의 공급가액에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조제9항제2호의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

1. 관련 법리 가) 구 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것) 제29조 제9항은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우의 과세표준에 대해서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다”고만 규정하고 있었으나, 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피 방지를 위하여 2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되면서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다”고 규정하고 각 호에서는 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우(제1호)’, ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우(제2호)’를 규정함으로써 위 제2호의 내용을 추가하였다. 다만 토지 및 건물 등에 대한 과세기준 합리화를 위하여, 부가가치세법이 2021.12.8. 법률 제18577호로 개정됨에 따라 제29조 제9항 제2호 단서가 신설되어 “다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다”고 규정하였고, 위 신설 규정의 위임에 따라 2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정된 부가가치세법 시행령에서 제64조 제2항이 신설되어 “법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다”고 규정하면서 각 호에서 ‘다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우(제1호)’, ‘토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우(제2호)’를 규정하였는데, 위 부가가치세법 및 같은 법 시행령의 개정 규정(이하 ‘개정 부가가치세법령 규정’이라고 한다)은 2022.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용된다. 나) 구 부가가치세법 제29조제9항제2호 의 입법취지는 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우 자산별 가액을 임의로 구분하여 조세를 회피하는 사례를 방지하기 위하여 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 대통령령에 따라 안분계산한 금액과 30퍼센트 이상 차이가 있는 경우 대통령령에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 한 것인 점, 그 문언이 간주규정의 형태를 취하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 그 토지에 정착된 건물의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우’에는 ‘대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다’는 간주규정에 해당하고, 위 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정에 해당하지는 않는다(부산고등법원 2024.11.15. 선고 2024누2008 판결 등 참조).

2. 철거 예정 건물과 토지를 일괄양도시, 건물 가액이 0원임에도 건물가액을 안분계산하여 과세한 처분은 부당하다는 청구주장에 대한 판단

• 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때, 처분청의 당초 처분이 부당하다고 보기 어렵다. (1) 청구인1은 2021.5.4. B에 쟁점1 건물 및 토지를 일괄하여 2,600,000,00원에 양도하고 2021년 1기 부가가치세를 무신고하였고, 청구인2는 2021.5.4. B에 쟁점2 건물 및 토지를 각 일괄하여 1,750,000,000원에 양도한 뒤 쟁점2 건물분을 0원으로 신고하였는데, 이는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있으므로, 쟁점1 건물 및 쟁점2 건물의 부가가치세법상 공급가액을 계산함에 있어서는 이 사건 규정에 의하여 기준시가에 따라 안분계산한 금액을 기준으로 하여야 한다. (2) 2021.12.8. 법률 제18577호로 부가가치세법 제29조제9항제2호 단서 및 부가가치세법 시행령 제64조제2항 의 규정이 신설되었으나, 그 부칙 제7조에 의하면, 개정 부가가치세법의 시행일인 2022.1.1. 이전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 종전의 규정에 따르도록 규정되어 있는바, 위 각 법률 규정의 문언에 비추어 보면 2021년에 이루어진 이 사건 토지 및 건물의 양도에 위 개정 부가가치세법령이 적용된다고 해석할 수 없으므로 처분은 정당하다. 한편, 신설 규정이 적용되는 시점을 언제부터로 할지는 광범위한 입법재량의 영역에 놓여있다고 할 것인데, 입법자는 위 예외규정을 그 시행 이전으로 소급하여 적용하는 것을 허용하게 되면 조세행정의 원활한 운영이 어려워질 수 있는 점 등을 종합적으로 고려하여 위 예외규정의 적용시기를 위 개정 법률 규정 시행 이후 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우부터 적용하도록 규정한 것이므로, 이를 두고 합리적인 입법재량의 한계를 일탈하였다고 볼 수는 없다. (3) 따라서 이 사건 규정에 의하여 기준시가에 따라 안분계산한 금액으로 기준으로 쟁점1 건물 및 쟁점2 건물의 부가가치세법상 공급가액을 계산하여 과세한 처분은 정당하다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣제65조제1항제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.