쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보는 것이 타당한지 여부

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2002.2.28. 개업하여, ○○도 ○○시 ○○구 ○○읍 ○○리283-7에서 통신장비 등의 임가공업을 영위하다가 2024.4.18. 폐업하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 2018년 제2기부터 2023년 제1기까지 부가가치세 과세기간에 대하여 2023.3.15.부터 2023.6.10.까지 세무조사를 실시하여, 청구법인이 다음 <표1>과 같이 실물거래 없이 甲기업(대표자: 이) 등 9개 업체(이하 “쟁점매출처들”이라 한다)에 공급가액 합계 7,193,997,300원의 가공세금계산서를 발급하고, ㈜乙기업(대표자: 전) 등 11개 업체(이하 “쟁점매입처들”이라 하고, 쟁점매출처들과 쟁점매입처들을 합하여 “쟁점거래처들”이라 한다)로부터 공급가액 합계 7,362,533,120원의 가공세금계산서를 수취한 것으로 보아 2023.7.7. 청구법인에 2018년 제2기부터 2023년 제1기까지 부가가치세 합계 479,203,047원을 경정·고지하였다. <표1> 가공거래로 조사한 금액 및 이 건 고지내역
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.2. 이의신청을 거쳐 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 처분청이 실물거래 있는 금액과 없는 금액을 구분하지 못하면서 쟁점거래처들과 수수한 모든 세금계산서를 가공세금계산서라는 의견이나, 이는 청구법인을 근거 없이 조세범으로 간주하고 있는 것이어서 부당하다.

1. 처분청은 <표1>과 같이 쟁점거래처 거래분을 모두 가공거래라는 의견이나, 일부 거래처의 요청으로 부가가치세를 제외한 공급가액만을 상대 거래처 대표자에게 재입금한 874,630,000원 및 거래명세서를 제출하지 못한 금액 905,925,800원 합계 1,780,555,800원(아래 <표2>의 ②)에 상당하는 세금계산서는 실물거래 없이 세금계산서를 수수한 사실을 인정하겠다. 그러나 처분청이 가공세금계산서로 확정한 금액(<표2>의 ①) 중 청구법인이 가공세금계산서라고 인정한 세금계산서(②)를 제외한 12,727,274,620원에 상당하는 세금계산서(매출 6,498,341,500원, 매입 6,277,633,120원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)는 정상적인 거래에 따라 수수한 세금계산서이므로 이룰 가공세금계산서로 보는 것은 부당하다. <표2> 쟁점매입처 거래분 중 정상거래 주장 금액 따라서 처분청의 가공세금계산서로 확정한 14,556,530,420원(①)에서 청구법인이 가공거래로 인정한 1,780,555,800원(②)을 제외한 쟁점세금계산서(12,775,974,620원, ③합계)은 정당한 세금계산서로 구분하여 이 사건 처분을 경정하여야 한다.

2. 한편, 처분청은 청구법인의 금융거래 내역이 비정상적이라는 의견이나, 청구법인은 거래처가 입금할 금액을 대신 입금한 적은 있지만, 그 상대방인 대금수취자가 누구인지는 알 수 없어 처분청에 금융거래를 소명하는 데에 어려움이 있다. 그러나 그렇다고 하여 금융거래내역을 비정상적이라고 하는 것은 부당하다.

3. 청구법인은 20여 년간 제조업을 경영하면서 거래대금 대부분은 금융계좌를 이용해 정상적으로 거래하였고, 이 건 세무조사를 할 때 세무사에게 위탁하여 기장한 장부, 거래명세서, 거래처별 원장 및 보통예금 원장 등을 제시하였으므로 처분청은 국세기본법제16조【근거과세】에 따라 장부에 의하여 과세하여야 한다. 처분청은 청구법인이 제출한 거래명세서에 수량만 있고 단가가 없어 실제 거래증빙으로 인정할 수 없다고 하나, 통상적으로 늘 있는 거래는 거래명세서에 수량만 기재하고 세금계산서를 발행할 때 공급가액을 결정하므로 청구법인이 제출한 거래명세서도 실제 거래사실을 증명하는 증빙이 된다.

• 나. 청구법인은 실제 사업을 하였고, 장부를 어떠한 조작한 사실이 없다. 청구법인은 이 건 세무조사 당시 사업장 임대차계약이 만료되어 사업장 이전을 준비하고 있어서 번잡하고 어수선했을 뿐 실제로 사업을 영위하였고, 세무조사를 받을 때 애로사항이 있어 세무대리인을 3번 변경한 사실이 있으나, 그렇다고 하여 어떠한 조작이나 거짓을 행한 사실은 없다.

• 가. 처분청이 청구법인을 조사하여 2018년 제2기부터 2023년 제1기 과세기간(10개 과세기간)까지 부가가가치세를 부과처분한 경위는 다음과 같다.
• 가) 처분청은 청구법이 2022년 제2기부터 2023년 제1기(2023.2.28.까지) 과세기간 동안 거래처로부터 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받지 않고 가공세금계산서를 수수한 혐의가 있어 2023.3.15.부터 2023.4.26.까지 해당 과세기간에 대한 부가가치세 (세목별)조사를 실시하였다.
• 나) 처분청은 청구법인이 해당 조사대상기간 이외에도 동일하게 가공세금계산서를 수수한 혐의를 발견하고, 다른 과세기간에 대한 조사가 필요하여 2019년 제2기부터 2022년 제1기 과세기간에 대하여 1차로 세무조사 범위를 확대하였다.
• 다) 처분청은 세무조사 범위가 확대된 과세기간에 대한 세무조사를 추가로 실시하면서 가공거래 혐의가 확인되는 매입거래처 丙기업과의 거래가 2018년 제2기부터 2019년 제1기 과세기간에도 동일하게 있는 것을 확인하였고, 해당 거래처에 대하여 2차로 세무조사 범위를 부분확대하여 세무조사를 하였다.
• 라) 한편, 처분청은 가공거래가 이루어진 청구법인의 금융계좌, 청구법인 대표 홍길동 금융계좌 및 비정상적인 금융거래 내역이 확인되는 연결계좌에 대하여 금융거래 현장확인을 실시하였고, 주요 매입․매출 거래처(丁기업 외 5개 업체)에 대하여 추가로 거래처 현장확인을 실시하였다.
• 마) 처분청은 2023.5.8. 청구법인에 대한 세무조사를 조세범칙조사로 전환하여 조사한 결과, 청구법인이 甲기업 등 8개 매출거래처에 재화 또는 용역을 공급하지 않고 가공세금계산서 합계 100매 공급가액 7,193,997,300원의 세금계산서를 발급하고, 丙기업 등 11개 매입거래처로부터 재화 또는 용역을 공급받지 않고 가공세금계산서 합계 90매 공급가액 7,362,533,120원의 세금계산서를 수취한 사실이 확인되었다. 이에 처분청은 청구법인에 이 건 부가가치세를 부과처분하는 한편, 청구법인을 조세범처벌법상 세금계산서의 발급의무 위반 등의 혐의로 2023.8.16. 사법기관에 고발하였다.
• 나. 청구법인은 처분청이 확정한 가공세금계산서 중 일부를 가공세금계산서라고 인정하면서 나머지 쟁점세금계산서는 정상세금계산서라고 주장하나, 청구법인은 주된 업종인 통신장비 등 임가공 용역을 쟁점거래처들에게공급하거나 공급받은 사실이 없으므로 쟁점세금계산서도 모두 가공세금계산서이다.

1. 청구법인은 사업장등록상 주업종은 통신장비 제조이고 부업종으로 조명기기 제조, 컴퓨터 도소매업을 영위하는 것으로 등록되어 있으나 세금계산서(거래명세서)는 2차전지에 들어가는 차량용 가이드 제품, 반도체 부품, 전기 PCB회로기판 등의 임가공용역을 제공하거나 제공받고 세금계산서를 수수하였다고 주장한다.

• 가) 그러나 청구법인은 조사대상기간 동안 매출액은 8,053백만원에 이르고 매입액은 7,703백만원인데 반해 임가공 용역을 제공한 인력 모집내역이 없고, 임가공시 투입되는 원․부재료 매입내역 및 임가공을 수행하는 근로자(대표자 본인 및 여직원 1명 제외)들의 근무내역, 인건비 신고내역 등이 전혀 확인되지 않는다.
• 나) 이에 대해 청구법인은 매출처로부터 수주받은 대부분의 임가공을 매입처에 재하도급하여 수행하였다고 주장하지만, ㈜戊기업 등 처분청이 가공거래로 확정한 주요 매입처들은 사업장 실체가 없고 정상적으로 사업을 영위하지 않은 고액 체납자들임이 사업장현장확인 결과 확인되었다.
• 다) 한편, 청구인의 진술은 상황에 따라 자주 진술이 번복되어 일관성이 없고 근거자료 등을 제출하지 못해 신뢰성이 결여되어 있다.

(1) 예를 들면, 매출처 중 3,787백만원으로 52.6%를 차지하는 甲기업과의 거래에 대해 청구법인 대표 홍길동은 2023.4.12. 1차 진술에서 甲기업을 처음 알게 된 계기가 己기업 박사장의 소개로 알게 되었고 거래품목은 2차전지에 들어가는 차량용 가이드를 甲기업로부터 받아서 바로 ㈜戊기업에 갖다주고 조립작업 등 임가공용역을 제공하였다고 진술하였다. 그러나 2023.5.17. 조사팀에서 甲기업 사업장현장확인 결과, 甲기업 대표 이는 청구법인 대표 홍길동을 지인 허의 소개로 알게 되었고, 거래시 보통 구두로 주문하고 발주서 등의 서류는 없으며 거래증빙으로는 임가공표준계약서, 세금계산서, 거래명세서만 주고받고 거래품목은 반도체 부품에 사용하는 고무제품에 알미늄을 접합하는 임가공 용역을 제공받았다고 진술하여 청구법인의 주장과 전혀 일치되지 않는 사실이 확인되었다. 이에 대해 2023.5.26.자 홍길동은 2차 진술에서 甲기업와 거래한 품목은 반도체 챔버에 들어가는 부품으로 관련업계 허 이사의 소개를 받아 처음 거래하였고, 메일로 발주를 받아 甲기업에서 생산된 고무제품을 무상사급으로 공급받아 매입처 ㈜乙기업(대표: 전**) 등으로부터 알루미늄 부자재등을 공급받아 임가공용역을 제공하였다고 하여 甲기업 대표의 진술에 맞추어 당초 1차 진술 내용을 번복하였다. 그러나 청구법인이 ㈜乙기업 등 매입처로부터 알루미늄등의 부자재를 공급받았다고 하나, 해당 ㈜乙기업 등의 매입처에서는 정작 알루미늄 등을 매입한 거래내역이 없어 청구법인 대표 홍길동의 진술과는 일치되지 않는다.

2. 또한, 청구법인은 쟁점매출처들로부터 수주받은 대부분의 임가공을 매입처에 재하도급하여 수행하였다고 주장하나, 처분청이 가공거래로 확정한 대부분의 쟁점매입처들은 실체가 없고 정상적으로 사업을 영위하지 않은 고액 체납자들이다.

3. 청구법인은 처분청이 가공세금계산서에 해당하는 금액을 구체적으로 구분하지 못한다고 주장하나, 부가가치세법에 따라 발급하는 세금계산서는 재화 또는 용역의 공급과 해당 거래대금의 지급이 반드시 수반되어야 함에도 청구법인이 용역을 공급하거나 공급받은 사실을 확인할 수 없었고, 또한 거래대금을 거래처 등에 반환한 이유를 객관적이고 합리적인으로 소명하지 못하고 있다. 반면, 처분청이 청구법인의 금융거래 내역에 대한 조사, 쟁점거래들의 사업장에 대한 현장확인 등으로 쟁점세금계산서상 거래가 허위임을 상당히 증명하였다.

4. 청구법인은 장부, 거래명세서 등을 제시하였으므로 장부에 따라 과세하여야 한다고 주장하나, 청구법인에 대한 이 사건 세무조사는 연장 및 중지 기간을 포함하여 약 3개월(2023.3.15.～2023.6.17.)이라는 장기간 조사가 진행되었음에도 불구하고, 쟁점세금계산서상 거래에 대해 가공세금계산서에 기반하여 작성되어 있는 거래처 원장 등 전산장부 출력본, 품목 및 수량 등이 적시된 거래명세표만을 제출하였을 뿐인바, 그러한 자료는 쟁점세금계산서가 정상거래라고 인정할 만한 객관적인 증빙자료로 볼 수 없다.

5. 한편, 청구법인은 비정상적인 자금세탁을 통해 가공거래를 정상거래인 것처럼 가장하였다

• 가) 처분청이 청구법인의 금융거래 내역을 조사한 결과, 청구법인은 쟁점매입처들에게 출금․이체한 대금을 대표 홍길동의 개인계좌로 다시 입금받은 이후 신원 불명의 제3자에게 이체하거나, 쟁점매출처들로부터 입금받은 대금을 여러 단계의 자금세탁 과정을 거친 다음 다시 쟁점매출처들의 직원이나 친인척 금융계좌로 반환한 사실을 확인하였다. 이러한 비정상적인 금융거래에 대해 청구법인과 쟁점거래처들은 객관적이고 합리적인 해명을 하지 못하였다.
• 나) 예를 들어, 청구법인이 100% 정상거래라고 주장하는 매출처 甲기업(대표: 이**)는 쟁점매출처들 중 가장 큰 비율(공급대가 4,166백만원, 52.6%)을 차지하는데, 甲기업와 청구법인의 금융거래에 대한 조사결과는 다음과 같이 확인되었다.

(1) 甲기업에서 청구법인 및 홍길동의 계좌로 입금한 금액 4,237백만원(청구법인 4,169백만원, 홍길동 68백만원)은 그 중 甲기업의 매출처인 庚기업(주)의 직원 박◆◆ 계좌로 1,645백만원이 송금 이체되었고, 甲기업의 최상위 매출처인 ㈜辛기업 직원 안** 계좌로 1,999백만원이 송금 이체되어 합계 3,645백만원이 반환되었다

(2) 또한, 甲기업로부터 받은 자금 중 홍길동에게 320백만원이 귀속되었고 청구법인의 매입거래처 戊기업(최승국)에게 177백만원이 귀속된 사실이 확인되었다. 그러나 청구법인 대표 홍길동은 개인적 금전거래로 답변하기 어렵다거나 오래되어 잘 기억이 나지 않는다는 둥 금전 수수 및 반환내용에 대하여 납득할 만한 해명을 하지 못하고 있다.

6. 처분청이 쟁점거래처와의 거래가 허위임을 상당히 증명하였기 때문에 이 거래의 진정성에 대한 입증책임은 청구법인에게 있으나, 정상거래라고 주장할 뿐 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다.

• 가) 한편, 청구법인은 매출처 任기업(대표: 이**)과의 거래분 501,780,000원과 매출처 癸기업(대표 이◇◇)과의 거래분 48,770,000원은 관할세무서에서 사실거래로 판정받았다는 주장하나, 이는 사실이 아니다.

(1) 먼저 任기업를 보면, 처분청이 관할세무서에 가공거래로 보아 자료통보(4건, 929,280,000원)하였고, 관할세무서 담당자가 통보한 과세자료와 세금계산서불부합자료가 중복되자 자료중복을 이유로 “과세하지 않음”으로 처리한 것으로 나타날 뿐 나머지 자료는 “미처리”상태인 것으로 확인된다.

(2) 그리고 癸기업 역시 통보한 과세자료가 현재까지 “미처리”상태인 것으로 확인된다. 더욱이 癸기업의 경우, 금융거래 확인한 결과 공급가액 48,700,000원과 부가가치세 487,000원을 합한 53,570,000원을 송금받은 후 10,000,000원을 제외한 43,570,000원이 여러 도관 계좌(전**, 김△△는 폭탄업체 대표이고 김MM, 김BB, 황JJ 등 3인은 己기업, ㈜AA기업 직원들)를 거쳐 다시 癸기업로 매출대금이 반환된 사실이 확인되었다. 또한, 2020.6.26. 癸기업가 청구법인에게 3,570,000원을 입급하였으나, 청구법인→청구법인 대표 홍길동을 거쳐 박▲▲((주)AA기업 직원)이 2020.7.7. 癸기업에 5,300,000원을 입금한 것으로 확인되었다.

• 나) 청구법인은 매입거래처의 ‘사실확인서’를 제시하고 있으나, 작성자와 확인내용에 신빙성이 없다.

(1) 사실거래확인서를 제출한 매입거래처들은 속칭 전형적인 자료상 폭탄업체로 실제 운영자는 청구외 최♧♧(1967년생, 男)으로 청구법인 스스로도 사실거래확인서를 제출한 매입거래처 대표 전**, 김☆☆, 인★★을 만나서 거래한 적 없고 거래 관련 상의는 모두 최♧♧과 하였다고 2023.6.16. 1차 심문에서 진술하였다. 또한, 처분청에서 2023.5.17. 이들 사업장에 대한 현장확인을 실시한 결과 사업장은 이미 퇴거 되거나 다른 업체의 사업장으로 확인되어 서류상으로만 존재하는 폭탄업체에 불과하였다.

(2) 상기 업체들은 청구법인의 매입거래처로 청구법인이 거래대금을 이들 계좌로 입금하면 당일 청구법인 대표 홍길동 명의의 개인계좌로 입금받아 일정 수수료를 제외하고, 다시 매출거래처에 반환하는 행태에 대해 홍길동은 2023.5.26. 1차 심문조사, 2023.6.16. 2차 심문조사에서 대부분 “오래되어서 기억이 잘 안난다.”, “확인해보고 나중에 답변하겠다.”, “개인적 채권채무로 거래했다.” 등으로 답변을 못하거나 회피한 사실이 있다. 그럼에도 청구법인은 상기 업체의 ‘사실거래확인서’를 보면 실지거래하고 하면서도 상기 업체가 경영상 어려움으로 인하여 부업대표들에게 인건비를 지급하기 위하여 매출대금을 홍길동 개인 통장으로 이체를 하였다는 납득할 수 없는 주장을 하고 있어 ‘사실거래확인서’는 설득력이 없다.

• 가. 쟁점 정상거래인 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】 (2017.12.19. 법률 제15220호로 일부개정된 것, 이하 같다)

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 2) 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. 3) 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】 (2017.12.19. 법률 제15223호로 일부개정된 것, 이하 같다)

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

4) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 4-1) 부가가치세법 시행령 제32조 【세금계산서 등】 (2018.2.13. 대통령령 제28641호로 일부개정된 것)

② 법 제32조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 적을 그 밖의 사항은 다음 각 호와 같다.

2. 공급받는 자의 상호·성명·주소

3. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

5) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 6) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액.(단서 생략)

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액.(단서 생략)

• 다. 사실관계

1. 기초 사실관계 국세청 대내포털시스템(NTIS)에 따라 청구법인의 사업자등록 현황을 보면, 청구법인은 2002.2.28. 개업하여 2024.4.18. 사업부진으로 폐업한 것으로 나타난다.

2. 처분청이 조사한 내용

• 가) 처분청은 청구법인의 2018년 제2기부터 2023년 제1기 부가가치세 과세기간을 조사하여 청구법인이 수수한 세금계산서 중 다음 <표3>과 같이 매출 7,194백만원, 매입 7,362백만원의 세금계산서를 가공세금계산서로 확정(가공거래 확정비율: 매출 89.3%, 매입 95.6%)하였다. <표3> 과세기간별 신고금액과 가공확정금액
• 나) 청구법인에 대한 조사 착수 당시 사업장에는 컴퓨터 1대, 사무실 집기와 작업 선반 등이 있으나, 작업 선반 등은 오랜 기간 사용하지 않은 것으로 나타났다.
• 다) 청구법인 대표 홍길동은 청구법인의 모든 업무를 총괄하고 있는 실질적인 대표자이고, 현재는 직원 없이 혼자서 법인을 운영하고 있는 것을 확인되었는다. 홍길동은 2024.4.12. 및 2023.6.16. 및 처분청에 출석하여 청구법인의 매입·매출 거래 등에 대해 진술서(1회), 심문조서(2회)를 작성하였으며, 다음과 같이 ‘거래가 오래되어서 답변하기 어렵다’거나 ‘개인 간 거래로 답변하기 어렵다’는 취지로 진술하였다.
• 라) 청구법인의 ○○은행 등 6개 금융계좌에 대한 금융거래 조사를 실시한 결과 대부분의 매입·매출 거래대금이 홍길동 개인 계좌로 입출금된 사실이 확인되어 홍길동에 대한 금융거래 조사도 실시하였다. 홍길동의 ○○은행 등 3개 금융계좌에 대한 금융거래 조사를 실시한 결과, 청구법인 계좌에서 이체받은 대금을 또 다른 거래처 또는 제3자 명의의 계좌에 이체하거나, 거래처 또는 제3자로부터 이체받은 거래 대금을 청구법인의 금융계좌에 이체하는 등 비정상적인 금융거래 내역이 확인되어, 74개 연결계좌에 대한 금융거래 조사도 실시하였다.
• 마) 처분청은 조사종결보고서 작성시 청구법인과 쟁점거래처(매출처 9곳, 매입처 11곳, 중복 3곳 포함)와의 거래에 대하여 각 거래처별로 조사내용을 첨부하였는데, 그 내용을 예시적으로 보면 다음과 같다.

(1) 쟁점매출처 중 1곳인 甲기업에 대한 조사내용을 정리하면 다음과 같다.

(2) 쟁점매입처 중 1곳인 ㈜乙기업 대한 조사내용을 정리하면 다음과 같다.

• 바) 조사 당시 청구법인이 가공으로 인정한 금액과 처분청이 조사하여 가공으로 확정한 금액과 사유를 정리하면 다음<표4> 및 <표5>와 같다. <표4> 쟁점매출처들에 대한 조사결과 <표5> 쟁점매입처들에 대한 조사결과

3. 청구법인이 제출한 증빙자료

• 가) 청구법인은 쟁점거래처와 수수한 세금계산서 금액 중 가공세금계산서로 인정한 1,780,555,800원을 제외한 나머지 12,775,971,620원은 정상거래라는 주장이며, 그 증빙으로 작업지시서, 발주서, 작업지도서, 임가공계약서를 제시하였으며, 예시적으로 보면 다음과 같다.
• 나) 청구법인은 종업원을 고용한 정상적인 사업자였다는 증빙으로 김, 한, 현의 사실확인서과 공장동 109호의 2022년 4월분 관리비 고지서를 예시적으로 제시하였다.
• 다) 청구법인은 쟁점매입처 6곳[㈜戊기업, ㈜乙기업, , **, 丁기업, ㈜丁기업퍼니]로부터 아래와 같이 ‘부업대표들에게 인건비를 지급하기 위하여 청구법인 대표 홍길동에게 금전을 이체하였다’는 취지로 작성된 ‘사실확인서’를 제시하고 있다.
• 라) 청구법인은 쟁점거래처들과의 거래를 기록한 전산장부(거래처별 원장, 매출전표)를 제시하였다.
• 바) 청구법인은 일부 작업지시서, 발주서, 작업지도서 및 사진자료 등을 정상거래의 증빙으로 제시하고 있다.

4. 청구법인에 대한 범칙처분 내역 등

• 가) 처분청은 2023.8.16. 청구법인과 대표 홍길동을 세금계산서 발급의무를 위반한 혐의로 조세범처벌법 제3항 제1호 및 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 제8조의2 제1항 제1호 를 적용하여 ○○지방검찰청에 고발한 것으로 나타나고, 현재 대내포털시스템(NTIS)상으로 처리결과는 입력되어 있지 아니하다.
• 나) 한편, 청구법인은 이 건을 청구하면서 조사 당시 가공거래로 인정하였던 매출처 AA기업(대표: 이◇◇)과의 거래금액 48,700,000원(공급가액)을 관할관서(○○)으로부터 정상거래로 인정받았고 하면서 정상거래라고 주장하고 있다.
• 라. 판단

1. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

• 가) 관련 법리 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 ｢부가가치세법｣에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적・구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2006.4.14. 선고 2005두16406 판결, 대법원 2009.6.23. 선고 2008두13446 판결 등 참조). 한편, 납세의무자가 신고한 특정 재화나 용역의 거래에 관한 세금계산서가 재화 등의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래가 재화나 용역의 실제로 수수되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다(대법원 2009.8.20. 선고 2007두1439 판결, 서을고등법원 2012.8.30. 선고 2011누39013 판결 등 참조).
• 나) 쟁점세금계산서에 대한 판단 청구법인은 처분청이 가공세금계산서로 확정한 금액 중 쟁점세금계산서는 실물거래를 하고 수수한 정상적인 세금계산서라고 주장한다. 그러나 다음과 같은 사정에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다. 첫째, 청구법인은 스스로 일부 세금계산서는 실물거래 없이 수수하였다고 인정하고 있는 상황에서 실거래 증빙이라며 단편적인 자료들을 제시하고 있을 뿐, 쟁점세금계산서가 실물거래에 따른 것이라는 청구주장을 입증할 구체적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있다. 둘째, 처분청이 청구법인에 대한 조사, 쟁점거래처 및 금융거래 현장확인한 후 조사대상기간(2018년 제2기～2023년 제1기) 거래 중 가공거래로 확정한 비율이 청구인이 수수한 세금계산서 대비 매출의 89.3% 매입의 95.6%에 달하고 있는 것으로 나타나 청구법인을 정상적인 사업자로 보기 어렵고, 거래 상대방인 쟁점거래처(중복 3곳을 포함하여 매출처 9곳, 매입처 11곳) 또한 대부분이 정상적으로 사업을 영위한 것으로 보기 어렵다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.