조세심판원 심사청구 양도소득세

철거 예정이었던 쟁점건물의 공급가액을 계약서상 매매가액으로 산정할 수 있는지 여부

사건번호 심사-부가-2024-0019 선고일 2024.04.17

2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 「부가가치세법」 제29조제9항에서는 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 건물의 공급가액으로 하도록 규정되어 있음

주 문

이 건 심사청구는 기각결정합니다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2011.

6.

27. 서울 ○○구 □□동 413-17 대지 324.7㎡ 및 토지 지상 6층 숙박시설(이하 “쟁점토지”와 “쟁점건물”이라 하고, 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득한 후 2011.

6.

29. 부동산임대업을 영위 하는 것으로 사업자등록(상호 MMMM, 이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 하여 쟁점부동산을 쟁점사업장의 사업용 고정자산으로 사용하다가, 2020.

3.

3. 주식회사 KKKK(이하 “매수인”이라 한다)에 쟁점부동산을 양도 가액 4,900,000,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 일괄 공급하면서, 쟁점건물의 가격을 부가가치세를 포함하여 11,000,000원으로, 쟁점토지 4,890,000,000원으로 하여 부동산매매 계약을 체결하고 양도소득세를 신고 ㆍ납부하였다.

  • 나. 매수인은 ‘□□동AA BBB’을 신축하기 위하여 2019년 11월 설계 의뢰, 2019년 12월 경관ㆍ건축심의 신청, 2020.

3.

11. 건축허가를 받았으며, 위 지상 건축물은 2020.

4.

30. 멸실되었고 ‘□□동AA BBB’은 2021.

5.

6. 착공하여 2023.

7. 3 준공되었다.

  • 다. ▤▤세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.

4. 24.부터 2023.

5. 13.까지 청구인의 양도소득세 실지조사를 실시하고, 청구인이 쟁점부동산을 일괄 공급하였으나 쟁점토지 및 쟁점건물의 부동산 매매계약서상 구분 기장한 가액이 기준시가 대비 30% 이상 차이가 나는 경우 「소득세법」 제100조제3항 및 같은 법 시행령 제166조제6항, 「부가가치세법」 제29조 및 같은 법 시행령 제64조 규정에 의거 쟁점금액을 쟁점건물과 쟁점토지 기준 시가 비율로 양도가액을 재계산한 후 양도차손 및 장기보유 특별 공제 재계산 경정결정하고 건물 과소공급가액을 처분청에 자료 파생하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점토지 및 쟁점건물의 기준시가로 안분ㆍ계산하여 산출된 1,409,688,167원을 쟁점건물의 공급가액으로 하여 2023.

12.

1. 청구인에게 2020년 제1기 과세기간 부가가치세 197,222,840원을 경정ㆍ고지 하였다.

  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2024.

2.

21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장
  • 가. 무차별적으로 적용하는 것은 부당하다. 1) 「부가가치세법」 제29조제9항 (이하 “이 사건 법률”이라 한다) 이 사건 법률의 입법 취지는 토지와 건물을 함께 매매하면서 건물의 대가는 거래 관행상 기준시가로 안분한 금액의 범위의 금액을 받는 것이 통상적인데 건물의 대가는 계약서에 아주 적은 금액으로 구분 약정하고, 그 대가를 토지의 대가로 대신 받았으므로, ‘구분 약정한 가액이 「부가가치세법 시행령」 제64조제1호 에 의하여 계산된 금액과 차이가 30% 이상’(이하 “30% 범위 밖의 거래”라 한다)의 차이가 나는 거래는 임의적 구분에 의한 건물의 부가가치세의 조세탈루에 해당하므로 이를 방지하기 위하여 2018.

12.

31. 단서조항 없이 제정되었다. (안분된 건물기준시가×30%) < (안분된 건물기준시가

• 건물약정금액) 거래를 부인하는 예외에 대한 단서조항이 없는 법률의 적용은, 일반성이 없는 예외적 거래는 그 적용에서 제외하여야 한다. (근거: 89헌바3, 1898.

7. 21.)

2. 철거할 건물의 거래는 개연성과 일반성이 없다. 국세청에서는 ‘30% 범위 밖의 거래’에 해당하기만 하면 그 거래의 진·부에 관계없이 무조건 세법에서 정한 가액을 실지거래가액으로 간주 하여야 한다고 해석한다. ‘30% 범위 밖의 거래’를 일률적으로 조세회피 거래로 간주하려면, 모든 건물의 거래가 30%의 범위 내에서 거래가 이루어진다는 개연성과 일반성이 있어야 한다. 철거할 건물의 매매(예외적 거래) 가액은 건물 현재 상태의 가액이 아닌 매수자의 이용 목적의 가액으로 합의되며, 그 가액은 ‘30% 범위 밖의’ 가액으로 이루어지는 것으로, 철거할 건물의 거래가액은 대부분 동일하며 그러한 가액은 수많은 거래에서 증명되었다. ※ 철거할 건물 4,612㎡을 기준시가 안분액은 67억원이나 0원으로 매매한 사건에서 0원은 실지거래가액이다(심사 부가2018-0079 외 다수). 그러므로 철거할 건물은 정상적인 대가를 받을 개연성과 일반성이 없다. 3) 교환가치의 대가를 받을 개연성과 일반성이 없는데, 그 대가를 받는 것으로 간주하는 것은 위법이다. 부가가치세는 실지거래가액에 대하여 과세하며, 실지거래가액은 교환가치를 반영하는 시가가 아니라 당시 급부의 대가로 약정된 금액을 의미(대법원 93누 18914)하는 것으로 실지거래가액은 납세자가 만드는 것이며, 세법은 동일유형에 동일유형과 비교한 부당성이 있을 때 예외적으로 만들 수 있다(철거할 건물의 가액유형에서 그 유형과 비교 에서 벗어난 부당성의 사례는 없다). 철거할 건물의 실지거래가액은 납세자 영역에서는 언제나 동일한데, 국세청에서는,

12.

31. 이전과 2022.

1.

1. 이후는 건물의 교환가치를 반영하는 시가가 아니라 당시 급부의 대가로 약정된 금액으로 본다.

1. 1.부터 2021.

12. 31.까지 3년 동안은 구분 약정된 금액이 ‘100분의 30’ 이상 차이가 나면, 이 사건 법률은 강행하여야 하는 간주 규정으로 실지거래가액은 법에서 정하고 있으므로 그 반대되는 증명은 허락하지 않는다고 국세청에서는 해석한다(납세자의 소득은 납세자가 결정하는데, 거래유형이나 단서도 없이 모든 거래에 대하여 포괄적·획일적·일률적으로 납세자의 소득의 크기를 강제하는 법률이 존재하는지 궁금하다). ‘간주규정’은, 법적 사실에 대한 증명이 확실하지 않더라도 법률이 정한 효력을 발생시키는 것으로 본다는 것으로, 반증을 허용하지 아니하고, 이른바 법률의 힘으로 백을 흑으로 보는 것이며 ‘반대 사실을 입증한다.’ 하더라도 법적 효과를 뒤집지 못한다는 규정이다. 그러므로 무차별 적용의 전제는 모든 건물의 거래가 ‘30%의 범위 내’에서 거래가 이루어진다는 고도의 개연성과 일반성이 있어야 하나, 불특정 다수인은 철거할 건물을 ‘30% 범위 밖’에서 거래가 이루어지는 것이 증명되어, 철거할 건물의 일반성은 ‘30% 범위 밖’이므로 무차별 적용대상이 될 수 없다. 철거할 건물의 실지거래가액은 그 당시의 건물 자체 교환가치에 훨씬 미치지 못한 가액으로 거래가 되고 있음이 증명되어, 그 사실을 반영한 이 사건 법률을 개정까지 한 거래유형에 교환가치의 소득이 있었다고 간주하여 무차별 적용은 위법이다.

4. ‘이 사건 법률’의 무차별 적용에 따른 부당한 점 개연성과 일반성이 없는 거래에 일반성을 적용하여 ‘이 사건 법률’을 적용함으로 인하여 실제보다 많은 가공의 소득에 대하여 과세하였으므로 실질과세원칙에 위배된다. 또한 ‘30% 범위 밖의’ 거래를 획일적으로 조세회피 거래로 해석하는 것은 사법질서의 근간을 뒤흔들어 국법질서의 통일성과 체계성을 교란 하는 부당한 해석이다. ‘이 사건 법률’은 예외적 거래에 대하여 관련 법령에 따라 안분 계산한 금액을 기준으로 과세하는 것은 불합리하다는 인식에서 「부가 가치세법」 제29조제9항 의 단서조항을 2021.

12.

8. 신설하면서 ‘토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’를 명문화하고 ‘이 사건 법률’에서 제외하도록 규정하였다. 그 적용 시기를 2022.

1. 1.부터 할 경우 이는 2022.

1.

1. 이후 재화를 공급하는 자는 실지거래가액으로 인정이 되고 그 이전에 재화를 공급한 자는 조세회피 거래로 차별하는 것으로 조세평등주의에 위반되는 해석이다.

5. 간주규정에 해당하지 않는다. ‘토지와 건물의 가액이 불분명한 때’의 판단 기준으로, ‘30% 범위 밖의’ 거래에 해당하기만 하면 진정성과 건물의 대가의 유·무, 고·저와 관계없이 세법이 정한 일률적인 가액을 지급받은 것으로 간주하고 있다 (청구에 대한 답변은 “이 사건 법률에 의하여 과세하였습니다”가 전부이다). (93헌바9의 해석을 기준으로) 경험칙상 철거할 건물의 가액은 대부분 ‘30% 범위 밖’에서 그 가액이 합의되어 거래가 이루어지고 있는 것이 증명된 거래이다. 그러한 거래는 정당하다는 쟁송 수단에 의하여 그에 대한 진ㆍ부를 가려볼 여지도 없이 법률에 의하여 거래가액이 정하여져 소득이 없는데도 부가가치세가 부과되고 그에 대하여는 다툴 수 있는 입증 기회마저 갖지 못하게 하는 것이어서 평등권, 재판청구권을 박탈하는 것이다. 아무리 입법목적이 정당하다고 하더라도 간주규정으로 해석하여 철거할 건물은 매수자로부터 그 당시의 교환가치로 그 대가를 지급받지 못하는 사유가 있어 이를 증명할 수 있는데도 이를 허용하지 아니하는 것은, 억울한 조세부과에 대하여 쟁송의 길마져 막아버리는 것이 될 뿐만 아니라 실지조사와 쟁송의 번거로움을 피하고 편리한 세금징수의 방법 만을 강구한 나머지 행정편의주의의 정도가 지나치다고 아니할 수 없는 것으로 이는 헌법 제38조 제59조에 위반된다. 6) 철거할 건물은 예외적 거래로 ‘이 사건 법률’의 적용에서 제외하여야 한다. ‘이 사건 법률’은 납세자가 부가가치세를 적게 납부하기 위하여 임의적으로 거래를 조작하더라도 그 조작을 무력화시켜 정상적인 경제인이 거래하였다면 받을 수 있는 가액으로 과세하겠다는 법률이다. 그 법률에서 거래의 유형에 관하여 아무런 규정을 두지 아니하였고 예외에 대한 단서 조항도 없이, 임의적 거래의 판단의 기준을 ‘30% 범위’ 로만 정하였다[매매가액 × 건물기준시가 / (토지+건물) 기준시가 = 안분된 건물 기준시가 × 30%]. 그러므로 철거할 건물의 거래유형에 무조건 이 사건 법률을 적용하라는 규정은 없다. 이 사건 법률은 납세자가 임의적 거래를 택함으로써 적게 납부한 세금 만큼만 회복시키는 법률로, 국세청은 집행기준을 통하여 세법을 해석하고 있으며 ‘이 사건 법률’의 해석의 기준은 정상적인 경제인이 철거할 건물을 거래하였다면 급부의 대가로 받을 금액을 기준으로 그 가액만큼만 과세하도록 그 기준을 삼아야 한다. 철거할 건물의 ‘실지거래가액’은 정상적인 경제인이라면 ‘30% 범위 밖’의 가액으로 거래를 하고 있음이 증명되었으므로, ‘30% 범위 밖’의 가액이 진실한 일반적인 가액이며, 일반적인 가액을 탈세를 위한 조작 가액이라고 세법이 규정하지는 아니하였을 것이다. 이러한 연유로 임의적 거래를 판단하는 기준인 ‘30% 범위’를 적용할 때 철거할 건물의 거래는 이 사건 법률의 적용에서 제외하도록 「부가가치세법 시행령」 제64조제2항제2호 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우의 거래유형을 구체적으로 명시하고 있다(2022.

2.

15. 신설). 그러나 국세청은 철거할 건물의 거래는 ‘30% 범위 밖’의 가액으로 거래가 되는 것은 알지만 이 사건 법률은 간주규정이므로 무차별적으로 적용한다라고 한다. 위에서 이 사건 법률은 간주규정에 해당하지 아니하고 무차별적 적용에 따른 위법함도 언급하였다. 위와 같은 사례에서 헌법재판소의 해석기준은, “과세요건이 법률로 명확히 정해진 것일지라도 그것만으로 충분한 것은 아니고, 조세법의 목적이나 내용이 헌법상 요구되는 제 원칙에 합치되도록 해석하여야 한다”라고 헌법재판소 93헌바9(1994.

6. 30.)에서 세법해석의 기준을 제시 하고 있다. 예외 거래에 대한 단서 조항이 없는 법률의 해석을 예외 거래를 인정 하지 아니하고 간주규정으로 보아 무차별로 적용하게 되면, 헌법 위반의 소지가 있으므로 이를 제거할 대책으로 합헌적 해석을 통하여 규정의 미비점을 보완할 수 있다라고 해석하고 있다(헌법재판소 89헌바3 1898.

7. 21.). 예외적 거래(철거할 건물의 거래)에 대하여 ‘이 사건 법률’의 적용에서 제외하는 것으로 해석하게 되면 모든 문제가 없게 되므로, 2018.

12.

31. 단서조항 없이 신설된

「부가가치세법」 제29조제9항제2호 의 적용 에서 「토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우」는 예외적인 상황에 해당하는 것으로 철거할 건물의 거래는 동 법의 적용에서 제외하여야 무차별적으로 적용함으로써 생기는 불합리성을 시정하는 합헌법적 해석이 되므로, 동일한 거래를 이 사건 법률의 적용에서 제외하기 위하여 2021.

12.

8. 신설되었으나 그 적용 시기와 관계없이 2019.

1. 1.부터 동 법의 적용에서 제외되어야 한다.

  • 나. 예외에 대한 ‘단서조항’이 없는 법률의 해석 “권리의 이전이나 그 행사에 등기·등록·명의개서 등을 요하는 재산에 있어서 실질소유자와 명의자가 다른 경우에는 「국세기본법」 제14조 의 규정에 불구하고 그 명의자로 등기 등을 한 날에 실질소유자가 그 명의자에게 증여한 것으로 본다”라는 예외에 대한 단서조항 없이 「상속세 및 증여세법」 제32조의2 가 1981.

12.

31. 전문개정 되었다. 등기 등을 요하는 재산에 관하여 실질소유자와 명의자가 달라지는 결과가 발생하면 무차별적으로 위의 법률을 적용하여야 하는지가 문제가 되었다. 이에 대하여 89헌마3(1989.

7. 21.)에서 “법률조항에는 무차별한 증여 의제로 인한 위헌의 소지가 있으므로 예외적으로 조세회피의 목적이 없음이 명백한 경우에는 이를 증여로 보지 않는다고 해석하여야 한다.” 라고 결정하였다. 한편으로 “조세회피 목적 없이 타인의 명의를 빌려 등기 등을 한 경우로서 대통령이 정하는 때에는 그러하지 아니하다.”라고 단서조항을 1990.

12.

31. 신설하였고, 그 적용 시기를 1991.

1.

1. 시행한다라고 규정 하였다. 부칙에서 그 적용 시기를 1991.

1. 1.부터 시행한다라고 규정하였지만, 그 이전 기간에 대하여 조세회피의 목적이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제32조의2 의 규정을 적용할 수 없다라고 해석하여 적용되어졌다. (이 면 이하 여백) ❙ 「상속세 및 증여세법」 관련규정 개정연혁❙ 제32조의2 【제3자명의로 등기등을 한 재산에 대한 증여의제】

① 권리의 이전이나 그 행사에 등기·등록·명의개서등(이하 "登記등"이라 한다)을 요하는 재산에 있어서 실질소유자와 명의자가 다른 경우에는 국세기본법 제14조 의 규정에 불구하고 그 명의자로 등기등을 한 날에 실질소유자가 그 명의자에게 증여한 것으로 본다.[전문개정 1981.12.31.] 제32조의2 【제3자명의로 등기등을 한 재산에 대한 증여의제】

① 권리의 이전이나 그 행사에 등기·등록·명의개서등(이하 "登記등"이라 한다)을 요하는 재산에 있어서 실질소유자와 명의자가 다른 경우에는 국세기본법 제14조 의 규정에 불구하고 그 명의자로 등기등을 한 날에 실질소유자가 그 명의자에게 증여한 것으로 본다. 다만, 타인의 명의를 빌려 소유권이전등기를 한 것 중 부동산등기특별조치법 제7조제2항 의 규정에 의한 명의신탁에 해당하는 경우 및 조세 회피목적없이 타인의 명의를 빌려 등기등을 한 경우로서 대통령이 정하는 때에는 그러하지 아니하다.<개정1990.12.31> 부칙 <제4283호,1990.12.31>제1조(시행일) 이 법은 1991년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 것부터 적용한다.

3. 처분청 의견
  • 가. 청구인이 주장하는 쟁점건물의 실지거래(공급)가액(10,000,000원)은 「부가가치세법」 제29조제9항제2호 에 따라 기준시가로 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당되므로, 같은 법 시행령 제64조 제1호에 따라 기준시가로 안분 계산하여 산정한 가액을 쟁점건물의 공급 가액으로 하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.
  • 나. 청구인은 2021.

12.

8. 개정된

「부가가치세법」 제29조제9항제2호 단서 규정 및 같은 법 시행령 제64조제2항제2호에 따라 쟁점건물의 실지거래 가액을 인정하여야 하고, 그에 따라 이 건 부과처분이 위법하다고 주장 하나, 2021.

12.

8. 개정된

「부가가치세법」 부칙 제7조에 의하면 ‘이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정을 따른다’고 규정하고 있는바, 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.

  • 다. 청구인은 2018.

12.

24. 개정된

「부가가치세법」 제29조제9항제2호 단서 규정이 「국세기본법」 제14조 에 위배된다고 주장하나, 「부가가치세법」 제29조 제9항제2호 단서 규정 개정취지는 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세 회피 방지를 명시하고 있는바, 해당 조문의 단서 규정은 납세자의 자의적 구분을 통한 조세회피 방지를 목적으로 신설된 법률 조문의 단서 규정으로 「국세기본법」 제14조 에 위반되었다고 처분관서가 다툴 수 없다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 철거 예정이었던 쟁점건물의 공급가액은 계약서상 매매가액이라는 청구주장의 당부
  • 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세 】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익,재산,행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득,수익,재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 2) 부가가치세법 제29조 【과세표준】(2019.12.31. 법률 제16845호로 개정 되기 전의 것)

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 2-1) 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】(2020.2.11. 대통령령 제30397호로 개정 되기 전의 것) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액 으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준 시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기 할부판매의 경우는 최초 공급시기) 가속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조제4호 에 따른 감정 평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다] 이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액 (장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 3) 부가가치세법 제57조 【결정과 경정】

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장 (이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금 계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서 합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우

2. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 시설규모, 종업원 수와 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 거짓임이 명백한 경우

3. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 원자재 사용량, 동력(動力) 사용량이나 그 밖의 조업 상황에 비추어 거짓임이 명백한 경우

③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다.

  • 다. 사실관계 1) 쟁점부동산의 양도내역과 부동산매매계약서는 아래와 같으며, 쟁점 부동산 매매계약서에 “매수인은 건축신축용 토지사용을 목적으로 본 부동산을 매입하는 것으로 매도자는 매도자 명의의 건축허가 및 건물 멸실 신고에 협조한다. 단, 건축허가 및 건물철거는 잔금 후 매수자가 매수자 비용으로 한다. 또한 토지 및 건물 총매매금액 중 건물가격(부가가치세 포함)은 금 1,100만원으로 한다”라는 특약사항이 기재되어 있다. ❙쟁점부동산 양도내역❙ (㎡, 백만원) 부동산소재지 종류 면적 양도 취득 양도일 양도가액 기준시가 안분가액 취득일 취득가액 토지 324.7 2020.3.3. 4,890 1,858 3,349 2011.6.27. 2,520 건물 1,077.8 10 782 1,409 2) 쟁점건물의 폐쇄등기부에 ‘2020년 9월 20일 멸실’로 기재되어 있는 것이 확인되며, 청구인에 따르면 2020년 4월 쟁점건물이 멸실되었다고 한다. 3) 청구인의 쟁점사업장에 대한 2020년 1기 과세기간 부가가치세 신고 내역과 본 사건 관련 처분청의 경정내역은 아래와 같다. (원) 구 분 신고 경정 증감액 과세표준 17,032,786 1,426,720,953 1,409,688,167 매출세액 1,703,278 142,672,094 140,968,816 매입세액

• 2,736,363 2,736,363 납부세액 1,703,278 139,935,731 138,232,453 기납부세액 2,263,834 2,263,834

• 가산세액 560,556 59,550,953 58,990,397 차감고지세액

• 197,222,850 197,222,850 4)

12.

8. 개정된

「부가가치세법」 제29조제9항제2호 단서 규정과 2022.

2.

15. 신설된

「부가가치세법 시행령」 제64조제2항제2호 에 따라 ‘토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하도록 개정되었으나,

12.

8. 개정된

「부가가치세법」 부칙 제7조에서 ‘이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정을 따른다’고 규정하고 있으며, 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을 기준시가로 안분 계산 시 토지 양도가액은 3,349백만원, 건물 양도가액은 1,409백만원으로, 건물 양도가액을 10백만원으로 산정한 쟁점부동산 매매계약은 2018.

12.

31. 법률 제16101호로 개정된 「부가가치세법」 제29조제9항제2호 에서 규정하고 있는 ‘기준시가로 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우’에 해당하는 것으로 보인다. ❙ 「부가가치세법」 제29조제9항 개정 현황❙ 시행 2022.

1. (2021.

12.

8. 일부개정) 시행 2019.

1. (2018.12.31. 일부개정) 시행 2013.

1. (2013.

6.

7. 전부개정)

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로

구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령 으로 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다. 부칙 제7조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우의 공급 가액에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급 가액에 관하여는 제29조제9항제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로

구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령 으로 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지 거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. ❙ 「부가가치세법 시행령」 제64조 개정 현황❙ 시행 2022.

15. (2022.

2.

15. 일부개정) 시행 2019.

14. (2019.2.12. 일부개정)

① 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등" 이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가 (이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준 시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액.

② 법 제29조제9항제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. <신설>

1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우

2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우

① 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등" 이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가 (이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준 시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액.

  • 라. 판단

1. 관련 법리

12.

31. 법률 제16101호로 개정된 「부가가치세법」 제29조제9항 에서는 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래액을 공급가액으로 하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우나 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액’으로 하도록 규정하고 있고, 「부가가치 세법 시행령」 제64조제1호 (2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것)에서는 ‘ 「부가가치세법」 제29조제9항 에 따른 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액’이라고 규정하고 있다.

2. 쟁점건물의 공급가액이 매매계약서상 건물가액인지에 대한 판단

  • 가) 위 법리와 다음 내용으로 볼 때, 쟁점건물의 공급가액은 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 보는 것이 타당하다. (1) 청구인은 철거예정이었던 쟁점건물 가액을 1천만원으로 약정하였음에도 처분청이 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 2018.

12.

31. 법률 제16101호로 개정된 「부가가치세법」 제29조제9항 에서는 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 건물의 공급가액으로 하도록 규정되어 있다. (2) 또한, 2018.

12.

31. 개정된

「부가가치세법」 제29조제9항 의 개정취지가 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것이고, 부칙에서 ‘2019.

1.

1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용’된다고 규정하고 있어 이 건 처분에 적용되는 반면, 2021.

12.

8. 법률 제18577호로 개정된 「부가가치세법」 제29조제9항 은 부칙에서 ‘2022.

1. 1.이후 공급하는 분부터 적용’하도록 규정하고 있어 2020년 공급된 쟁점부동산에는 적용될 여지가 없다.

  • 나) 따라서 처분청이 쟁점건물의 공급가액을 토지와 건물의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 산정하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제65조제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)