공통매입세액 안분계산 시 영세율 사료매출액을 총 공급가액에 포함하여 면세공급가액 비율을 산정해야 한다는 청구주장의 당부

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2006.1.20. 개업하여 현재 ○○ ○○시 ○○면 ○○○-○○에서 육가공(닭) 제품 수출(영세율), 육계 국내 공급(과세, 면세) 및 사료 도소매업(영세)을 영위하고 있는 과․면세 겸영사업자이다.
• 나. 청구법인은 2022년 제1기 부가가치세 예정신고 시 과․면세사업 등 공통매입세액 ○○○원을 안분 계산함에 있어, 영세율 사료 매출액 ○○○원을 총 공급가액에 포함하여 면세 사업 등 비율을 산정한 뒤 불공제 매입세액을 계산하고 부가가치세 ○○○원을 환급받을 세액으로 신고하였다.
• 다. 처분청은 2022.5.16.부터 2022.5.20.까지 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현장확인을 실시한 결과, 영세율 사료 매출액은 공통매입세액과 관련 없는 매출에 해당한다고 보아 총 공급가액에서 제외하여 불공제 매입세액을 계산한 뒤 2022.6.3. 청구법인에 2022년 제1기 예정 부가가치세 ○○○원을 환급 결정 통지 하였다.
• 라. 이에 청구법인은 2022년 제1기 부가가치세 확정신고분 부터 공통매입세액 안분계산 시 영세율 사료 매출액을 제외하고 불공제 매입세액을 계산하여 부가가치세 신고를 하였다.
• 마. 청구법인은 2023.

3.

7. 공통매입세액 안분계산 시 영세율 사료 매출액을 총공급가액에 포함해야 한다는 취지로 처분청에 경정청구 하였으며, 처분청은 2023.

5.

8. 영세율 사료 매출액은 공통매입세액과 관련한 공급가액에 해당하지 아니한다는 이유로 경정청구 거부통지를 하였다.

• 바. 청구법인은 이에 불복하여 2023.8.2. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인은 육가공제품 수출(영세), 육가공제품 국내공급(면세), 위탁농가에 대한 사료공급(영세)을 주 사업으로 영위하고 있다.
• 나. 청구법인의 각 매출에 직접 연관되어 실지 귀속 가능한 매입과 제품공급 등 특정 매출과 직접 연관되지 않은 매입이 모두 존재하며, 이러한 공통매입은 육계/종계를 위탁 사육하여 제품을 가공 및 공급하는 청구법인의 사업 전반에 투입된다.
• 다. 청구법인의 사업매출은 병아리의 부화부터 사육, 가공, 납품까지 모두 유기적으로 연계되어 있는 특징이 있다.
• 라. 특정 매출과 직접 연관되지 않는 매입에는 일반관리비 외에도 위탁사육농가에 투입되는 유지관리비용 등이 존재한다.
• 마. 위탁사육농가에 투입되는 유지관리비용은 계란을 부화시켜 사육하고 제품으로 공급하는 청구법인의 주된 사업 전반에 활용되므로 실지 귀속의 구분이 불가하며, 사육하는 과정에서 발생하는 사료공급 매출과 육가공 제품과 관련된 모든 매출에 기여한다.
• 바. 청구법인은 육가공 제품의 수출, 국내공급 및 사료공급 사업을 영위하기 위해 매입하는 재화와 서비스 중 실지 귀속이 명확하게 구분되지 않는 거래(세무대리수수료, 사무실 전기요금, 사육장 관리비용 등)에 대하여 상기 매출비율로 매입세액을 안분하여 계산하는 것이 합당하다.
• 사. 또한, 부가가치세 공통매입세액 안분계산 시 고정자산 처분액 외에는 특정 매출을 총공급가액에서 제외한다는 규정은 존재하지 아니할뿐더러, 사료 판매 또한 청구법인의 주요 사업이므로, 공통매입세액 안분 시 총공급가액에서 배제되어야 할 이유가 없으므로, 처분청의 경정청구 거부처분은 취소하여야 마땅하다.

청구법인은 사료매출분이 공통매입과 유기적으로 연계되어 있어 공통매입세액 안분계산 시 총공급가액에 포함되어야 한다고 주장하나, 부가가치세법 시행령제81조에 따르면 과세사업과 면세사업 등을 겸업하는 경우로서 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있는 경우 총공급가액에 대한 면세 공급가액의 비율에 따라 안분계산 하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제54조에서 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간이 과세사업에 대한 공급가액과 면세공급가액의 합계액으로 규정하고 있는바, 사료매출과 공통매입세액과의 유기적 연계성이 아닌 객관적인 인과관계가 성립되어야 총공급가액에 포함될 수 있을 것이나, 사료매출의 형태를 살펴보면, 사료제조회사에서 종계축산농장에 직접 사료를 배송하고 청구법인은 중계역할 만을 하는 것으로 확인되어 배송비 및 보관비 등 관련 제비용이 발생하지 아니하였으며, 청구법인이 제시한 공통매입세액 안분대상금액 즉, 공장 전체 용역비, 생계 운반비용, 공장에 대한 전기요금 및 가스요금 등과 사료매출과의 인과관계 또한 있다고 볼 수 없다. 따라서 청구법인에 경정청구를 거부한 통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 가. 쟁점 공통매입세액 안분계산 시 영세율 사료매출액을 총 공급가액에 포함하여 면세공급가액 비율을 산정해야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. 2) 부가가치세법 시행령 제81조 【공통매입세액 안분 계산】

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. <개정 2016.2.17, 2018.2.13., 2019.2.12> 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액 3) 부가가치세법 시행규칙 제54조 【공통매입세액 안분 계산】

② 영 제81조제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 영 제81조제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다. <개정 2016.3.9, 2018.3.19>

③ 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간 중에 그 재화를 공급하여 영 제63조제1항 및 제2항에 따라 공급가액을 계산한 경우 그 재화에 대한 매입세액의 안분(按分) 계산은 영 제63조제1항 및 제2항에 따라 계산한다. <개정 2016.3.9>

• 다. 조사내용

1. 청구법인의 사업자등록 내역

2. 청구법인의 부가가치세 신고 내역

3. 부가가치세 환급 현장확인 종결보고서 처분청이 제출한 자료에 따르면, 처분청은 2022.5.16.부터 2022.5.20.까지 청구법인의 2022년 제1기 예정신고 시 공통매입세액 안분계산의 적정여부를 확인하기 위하여 현장확인을 실시하였고, 당초 청구법인이 신고한 환급액 ○○○원에서 공통매입세액 중 과소 불공제한 ○○○원을 제외하고 가산세 ○○○원을 가산한 뒤 ○○○원을 환급 결정하였다.

4. 경정청구 내역

○ 과․면세 업종 사업자로서 공통매입세액 안분계산 적정여부에 대하여 현장확인

□ 업체 개황 -

○○

○○ 면에 위치한 가금류(닭) 도축 및 염지, 폐계 수출 등 제조․축산업․도소매업으로 2006.1.20. 개업하여 과․면세 사업을 영위하고 있으며, 계속적인 시설 투자로 자동화시스템을 통한 매출향상으로 2021사업연도부터 중견기업(유예기간 2년차) 으로 급성장하였음

• 면세매출 비율 평균 70%이며, 위탁업체를 통해 현장인력을 확보하고 있으며, 직영 농장을 운영하여 닭 사육 등 체계적으로 사업운영을 하고 있는 것으로 확인됨

□ 매입신고내역

□ 공통매입세액 안분계산 적정여부 검토 -“총공급가액이라 함은 공통매입세액과 관련된 과세사업에 대한 공급가액과 면세공급가액의 합계액으로 계산한다”라고 시행규칙에 명시되어 있으므로, 총공급가액

○○○ 원은 판매를 목적으로 영세율로 매입한 사료매출금액

○○○ 원, 수입금액 제외분

○○○ 원 포함하여 계산된 것으로 확인되는바,

○○○ 원 제외하여 불공제 매입 세액에서 과소 공제한

○○○ 원은 환급 제외함이 타당함

□ 과․면세사업 공통매입 적정여부 확인 (백만원) 계정과목 공통매입세액 내용 비고 잡급 용역 인건비(수출, 면세 공통사용) 과․면세 구분 불가한 경우 공통매입 제외 운반비 제품운송(수출, 과세, 면세 공통사용) 보관료 냉동보관창 고(수출, 내수보관 공통사용) 기계장치 닭 부분육 작업기계등(수출, 면세 공통사용) 지급수수료 폐기물처리 운반비용 공통사용 전력비 공통 전기사용 원재료 병아리 부화를 위한 위탁료(공통사용) 가스수도료 가스 공장 공통사용 폐수처리장 관리비 폐기물 위탁처리비용 공통사용 수선비 기계장치 수선비 공통사용 포장비 등 비닐포장지 과,면세 공통사용 등 합 계 공통매입세액 구분은 적정한 것으로 확인됨 ※ 참고사항 - 영세율 사료(원재료) 매입 공급가액

○○○ 원은 당사의 자체(농가

○○ 곳 이상) 병아리를 사육하기 위한 사료 구매이고, 과세 사료매입 공급가액

○○○ 원은 종란 사육(농가

○○ 곳 이상)을 위한 계약 조건 중 당사의 OEM사료를 사용한다는 조건과 판매를 목적으로 한 구매임

• 과세매입금액(

○○○ 원)보다 영세율 매출금액(

○○○ 원)이 적은 이유는, 과세 매입단가는 현 시세 원료구매단가이고, 영세율 매출단가는 고정계약단가로 인한 단가 차이로 확인됨

위 확인내용과 같이 공통매입세액 안분계산 부적정으로 확인되는바,

○○○ 원 불공제하여 경정결정하고 현장확인 종결하고자 함

• 가) 청구법인은 상기 현장확인에 따른 환급결정에 따라 2022년 제1기 확정 신고분 부터 영세율 사료 매출액을 공통매입세액 안분대상 총공급가액에서 제외하여 불공제 매입세액을 계산한 뒤 부가가치세 신고를 하였다.
• 나) 이후 청구법인은 공통매입세액에는 위탁사육농가에 투입되는 유지관리비용이 존재하는데, 종계/육계를 위탁 사육하는 과정에서 발생하는 사료 매출과 육가공제품과 관련된 매출 모두에 기여하므로, 공통매입안분계산 시 영세율 사료매출액을 공통매입세액 안분 대상 총 공급가액에 포함하여 불공제 매입세액을 계산한 뒤 2023.3.7. 처분청에 부가가치세 경정청구를 하였다.

5. 경정청구 거부통지 내역

○ 처분청은 2023.5.8. 청구법인에 경정청구 처리결과통지(기각)를 하였으며, 처리사유는 다음과 같다. 경정청구 내역(과세기간: 2022.01, 경정청구액 ○○○원) 처리결과: 기각(거부) 처리사유 영세율매출(사료)을 공통매입세액 안분대상 총공급가액에 포함하여 경정청구 하였으나, 해당 매출은 공통매입세액과 관련한 공급가액에 해당하지 아니하므로 경정청구를 기각합니다. 경정청구 내역(과세기간: 2022.07, 경정청구액 ○○○원) 처리결과: 기각(거부) 처리사유 영세율매출(사료)을 공통매입세액 안분대상 총공급가액에 포함하여 경정청구 하였으나, 해당 매출은 공통매입세액과 관련한 공급가액에 해당하지 아니하므로 경정청구를 기각합니다.

6. 청구법인의 사료 매입․매출거래 구조

○ 청구법인은 도계용 원료(생닭)를 확보하기 위하여 육계사료 및 종계사료를 청구법인 책임 하에 매입하여 육계 농장과 종계 농장에 공급하고 있는데, 청구법인이 농가에 사료공급 시 육계사료는 영세율매입을 하고 종계사료는 과세로 매입하여 종계농장에 과세매출(영세율)로 부가가치세 신고를 하고 있다(사료배송은 사료회사에서 직접 배송). * 육계는 청구법인 소유로 육계 농장에 위탁 사육하여 사육비를 지급하고 있으며, 종계는 종계 농장 소유임

7. 청구법인 매출 내역 구분

○ 청구법인의 2022년 제2기 부가가치세 매출신고 내역은 아래와 같다(2022년 제1기 매출내역도 이와 유사하여 기재 생략).

8. 청구법인이 제출한 심리자료

• 가) 청구법인은 2022.10.12. 육계 사육 농가인 ○○농장 최○○과 체결한 육계표준계약서와 부속 서류들을 제출하였으며, 그 내용의 일부는 아래와 같다.
• 나) 청구법인은 2022년 전체 과세기간의 공통매입세액 가운데 주요 매입 내용과 안분대상에 해당하는 사유를 아래와 같이 정리하여 제출하였으며, 공통매입세액 해당여부에 대한 다툼은 없다. (백만원) 거래처명 공급가액 주요매입내용 및 안분대상인 사유 계정명 ZZZ , 공장전체 시설관리에 대한 용역비로 특정매출에 귀속시킬 수 없음 잡급 AAAAA법인 , 생계 운반비용과 출하교육컨설팅비로, 특정매출에 귀속시킬 수 없음 지급수수료, 운반비 등 한국전력공사 , 공장에 대한 전기요금 공통분으로 특정 매출에 귀속시킬 수 없음 전력비 BB냉동산업 제품 냉동보관료로 특정 매출에 귀속시킬 수 없음 보관료 ㈜CCCC에너지 도시가스(공통) 가스비용으로 특정 매출에 귀속시킬 수 없음 가스수도료 DD개발 주식회사 육계운반비용으로 특정 매출에 귀속시킬 수 없음 운반비 EE부화장 병아리 부화 후 사육하면서 사료 매출이 발생하고 제품의 원재료로 사용되므로 매입세액 안분대상 임 원재료 농업회사법인(주) GG 동결포장 및 보관비용으로 특정 매출에 귀속시킬 수 없음 보관료 HH환경(주) 폐수처리시설비용으로 특정 매출에 귀속시킬 수 없음 KK주선 생계, 육계, 산란계 등 운반비용으로 특정 매출에 귀속시킬 수 없음 운반비 합 계 , * 전체 공통매입세액 안분대상 금액 ○○○원의 65%
• 라. 판단

1. 관련법리 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하나(대법원 2009.7.9. 선고 2007두10389 판결 등 참조), 부가가치세법 시행령제81조제1항에서 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 안분계산 하도록 규정되어 있으며, 같은 법 시행규칙 제54조제2항에서 총 공급가액이란 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세공급가액의 합계액으로 한다고 규정되어 있다.

2. 공통매입세액 안분계산 시 영세율 사료매출액을 총 공급가액에 포함하여 면세공급가액 비율을 산정해야 하는지 여부에 대한 판단

• 가) 위 법리와 다음 내용으로 볼 때, 영세율 사료매출액을 총공급가액에 포함하여 면세공급가액 비율을 산정해야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

① 부가가치세 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 사업자가 과세사업과 면세사업 등에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 부담하는 경우 총 공급가액에 대한 면세공급비율에 따라 그 매입세액을 안분계산 하는 것으로, 안분계산 대상이 되는 공통매입세액은 면세사업과 과세사업에 상당한 인과관계가 있어야 할 것이다(조심2013서4247, 2013.12.3.등 참조).

② 청구법인은 과세사업으로 육가공제품 공급업과 (영세율)사료 공급업을 영위하고 있고, 면세사업으로 육가공제품 공급업을 영위하고 있는바, 공통매입세액을 안분하기 위한 면세공급비율 산정 시 총 공급가액에 영세율 사료매출액이 포함되어야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인이 제시한 공통매입세액 안분대상금액을 살펴보면 대부분 공장 시설관리비, 생계 운 반비용, 공장 전기요금, 제품 냉동보관료, 도시가스 비용, 폐수처리시설비용, 동결포장 보관 비용 등 육가공제품의 과․면세 사업과 관련된 매입세액으로, 영세율 사료공급과의 인과관계를 찾아보기 어려워 영세율 사료매출액을 총 공급가액에 포함하여 면세공급비율을 산정할 수는 없다고 할 것이다.

• 나) 따라서 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.