면세사업자 등록번호로 세금계산서를 수취한 후 과세사업자 등록번호로 발급받은 수정세금계산서 상 매입세액이 공제대상 매입세액인지 여부

• 가. 청구인 서AA(이하 “청구인1” 이라 한다)은 2019.6.4. OO시 소재지의 단독주택 매입계약을 체결하고, 2019.7.31. 주택임대업을 영위하는 것으로 면세사업자등록을 한 후, 해당 사업장 소재지에 다중주택 및 제2종근린생활시설(이하 “쟁점1사업장” 이라 한다)을 신축하고 2020.2.12. 관할 지방자치단체장으로부터 사용승인을 받았다.
• 나. 한편 청구인 서AA 및 안AA(부부관계로 이하 “청구인2” 라 하고, 청구인1과 합하여 “청구인들” 이라 한다)은 2020.7.14. OO시 소재지의 단독주택 매입계약을 체결하고, 2020.7.15. 주택임대업을 영위하는 것으로 면세사업자등록(공동사업자 지분 각 50%)을 한 후, 해당 사업장 소재지에 다중주택 및 제2종근린생활시설(이하 “쟁점2사업장” 이라 하고, 쟁점1사업장과 합하여 “쟁점사업장들” 이라 한다)을 신축하고 2021.5.12. 관할 지방자치단체장으로부터 사용승인을 받았다.
• 다. 청구인들은 2023.2.20. 쟁점사업장들에 대해 단독주택건설업으로 과세사업자등록을 신청하며, 당초 불찰로 면세사업자등록을 신청하였으므로 개업일을 면세사업자 개업일(쟁점1사업장 2019.7.31., 쟁점2사업장 2020.7.15.)로 소급 신청하여 일반과세자로 사업자등록을 하였다(등록일 2023.2.21.).
• 라. 청구인들은 과세사업자등록 후 시공사인 ㈜BB(대표이사 안AA)로부터 면세사업자번호로 발급받은 세금계산서를 과세사업자번호로 소급 수정 교부받아, 2023.3.17. 공사비 매입에 대하여 쟁점1사업장 관련 2019년 제2기∼2020년 제1기 매입세액 100백만원과 쟁점2사업장 관련 2020년 제2기∼2021년 제2기 매입세액 113백만원을 경정청구하였다.
• 마. 처분청은 청구인들이 부가가치세 경정청구한 과세기간은 면세사업자로 부가가치세 신고의무가 없으며 당초 부가가치세 신고가 없었으므로 경정청구 요건에 해당하지 않는 것으로 판단하여 2023.4.13. 각하 통지를 하였다.
• 바. 청구인들은 이에 불복하여 2023.4.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 기초 사실관계 청구인들은 주택신축판매업자이다. 복합건물(다중주택과 근린시설)을 신축하기 위해 토지 매입 계약을 체결하고 잔금 지급을 위해 은행에 대출을 신청하였는데, 은행에서는 사업자등록증을 요구하였다. 세무대리인에게 문의하지 않고 직접 세무서에 내방하여 사업자등록 신청을 하는 과정에서 불찰로 면세사업자(주택임대)로 등록이 되었다. 건물 신축에 따른 매입세금계산서를 수취하였으나 세무대리인은 청구인들이 면세사업자로 되어 있으므로 면세신고시 세금계산서 합계표를 제출하였다. 이후 분양을 앞두고 세무대리인이 확인해보니 쟁점사업장들은 매매시 건물분에 대한 부가가치세를 납부해야 하는 과세사업에 해당함을 알게 되었다. 그리하여 과세사업자로 변경(사업개시일은 당초 면세사업자 등록증의 개시일)하고, 수정세금계산서를 수취하여 쟁점사업장들의 건축비에 대한 매입세액을 공제(환급)해 줄 것을 경정청구하게 되었다. 이 건은 처분청의 경정청구 각하 처분의 타당성, 매입세액공제 가능여부, 사업자등록의 적정성, 수정세금계산서에 의한 경정청구의 적법성이 문제되는 바, 아래에서 각각 상술한다.
• 나. 경정청구 각하처분에 대하여 당초 면세사업자로 되어있어 부가가치세 신고는 하지 못하였으나 면세사업자 사업장현황신고 시 매입세금계산서합계표를 제출하였으며, 또한 경정청구와 동시에 기한 후 신고서를 제출하였으므로 국세기본법제45조의2(경정 등의 청구) 요건에 부합되며, 또한 같은 법 제45조의3(기한 후 신고)에도 부합되므로 각하처분은 위법하다.
• 다. 매입세액공제 가능 여부에 대하여 청구인들이 운영하는 이 건 쟁점사업들은 부가가치세가 과세되는 사업이며, 청구인들이 발급받은 수정세금계산서들은 그에 필요한 매입자료이고, 또한 부가가치세법제8조에 따른 개인사업자용 사업자등록을 신청하였으므로, 매입세액 공제의 원칙사항을 충족하고 있다. 부가가치세법제39조는 사실과 다른 세금계산서, 등록 전 매입세액 등 불공제하는 매입세액을 규정하고 있는데, 이 건은 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않으므로 등록 전 매입세액에 해당하는지가 문제될 것이다. 등록 전 매입세액 불공제 관련 국세청 유권해석(서삼 46015-11001, 2002.6.19. 외 다수)은 면세사업을 운영하는 도중 과세사업을 겸영하게 되거나, 과세사업자로 변경하는 경우를 말하므로, 처음부터 과세사업자였던 청구인들의 쟁점사업장들 관련 매입세액은 동 유권해석에서 말하는 불공제하는 등록 전 매입세액에 해당하지 않는다. 등록 전 매입세액이라 해도 이는 법에서 정한 의무(사업 개시 전 사업자등록 의무)를 위반한 것이니 의무불이행에 따른 가산세를 부과해야지, 매입세액 공제 자체를 불허 하는 것은 이중과세로서 부가가치세 제도의 본질을 훼손하는 것이다. 매입세액과 관련하여, 전단계세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 다음 단계 사업자에게 부가가치세를 받아 국가에 납부할 때, 자기가 선납한 세금을 빼고 납부하도록 하고 있다. 즉 공급받는 사업자가 낸 돈은 부가가치세로 납부되지만(매입세액이라 지칭되지만) 본래 사업자가 부담해야 할 돈이 아니다. 부가가치세법제39조의 ‘등록 전 매입세액은 불공제한다’는 문구를 어떻게 생각할 것인가는 관점의 차이라고 생각한다. 거래 전에 사업자등록을 해야한다는 의무이행의 관점에서 보면 법규에 따른 의무이행을 안했으니 가산세 부과의 대상이 된다. 그러나 매입세액(공급받는 자가 선납하는 세금)의 적정성에 관점을 두면 과오납된 세금이니 돌려주는 것이 타당하다. 청구인들의 주장을 예를 들어 설명하면, 공사원가 10억원(선납 부가가치세 8천만원), 소비자 매매가액이 12억원일 경우 매매가액의 10%인 1억2천만원을 받아 청구인들이 선납한 8천만원을 뺀 4천만원을 납부하면 합계 1억2천만원(8천만원 + 4천만원)이 부가가치세로 납부되어 최종공급가액 12억원의 10%가 징수되게 된다. 그런데, 선납한 부가가치세 8천만원을 공제받지 못하고 매매가액의 10%인 1억2천만원을 납부하면 합계 2억원(8천만원 + 1억2천만원)이 부가가치세로 납부되게 된다. 부가가치세는 최종공급가액의 10%인데, 그보다 많은 금액이 징수된다면 어디선가 문제가 있다는 것이다. 이는 (잘못) 선납된 세금(위의 8천만원)을 돌려주지 않고(매입세액으로 공제해주지 않고) 부가가치세로 받고 있기 때문이다. 각론이 총론을 넘어 설 수 없듯이 어떠한 법적용이나 단계를 거치든 부가가치세가 최종공급가액의 10%를 초과할 수는 없는 것이다.
• 라. 사업자등록의 적정성에 대하여 사업자등록증은 과세관청에서 과세업무의 관리를 위한 것이지 납세자에게 새로운 권리나 허가사항을 보충해주는 것이 아니다. 또한 사업자등록증은 납세자의 신청에 의하지만 발급은 관할 세무서장이 사실확인 및 판단하여 발급하는 것이다. 따라서 청구인들이 불찰(무지)로 면세사업자로 등록하였다고 하더라도 청구인들에게 오류의 책임을 지울 수 없고, 사업자등록증의 내용대로 세금계산서 를 수수한 이 건에서 매입세액을 불공제할 법적 근거는 없는 것으로 생각된다. 한편 납세자에게 다중주택의 과‧면세를 정확히 구분하도록 요구하는 것은 무리인 것으로 생각된다. 이 건은 다중주택(일반적으로 일컬어지는 원룸)과 근린시설의 복합건물이다. 다중주택의 국민주택규모 해당여부와 관련하여, 오래전 국세청은 ‘다가구주주택은 한 세대가 거주하는 공간 면적을 기준으로, 다중주택은 건물 전체 면적을 기준으로 국민주택규모 여부를 판단한다’고 유권해석을 하였다. 이후 기획재정부에서 ‘주택 공급시 부가가치세가 면세되는 국민주택규모는 주택법에 따른다’고 유권해석을 하였고(기획재정부 부가가치세제과-563, 2014.9.24. 등), 그에 따라 국세청도 그와 같이 유권해석을 변경하였다(서면법규과-1020, 2014.9.25.). 주택법제2조 제6호에 따르면 ‘국민주택규모란 1호 또는 한 세대가 주거 전용으로 사용하는 면적이 85㎡ 이하인 주택’을 말한다. 다중주택은 한 세대가 거주하는 공간이 3∼4평에 불과하므로 면세에 해당하며 이렇게 해석하는 것이 서민생활 주거안정이라는 면세의 취지에도 부합한다. 그런데 당시 국세청이 유권해석을 변경할 때, 구체적으로 다중주택은 각 실별 면적을 기준으로 판단한다고 했으면 문제가 없었을 텐데, 그저 주택법에 따른다고만 하여 세무서별로 혼선이 있었다. 어느 세무서에서는 종전 예규에 따라 부가가치세를 과세하였고, 그 사업자가 심판청구를 하니 조세심판원에서 전체 면적을 기준으로 한다고 결정하였고, 이후 법원에서도 같은 판단을 하였다. 상급심 판결이 그러하니 국세청은 다시 ‘다중주택은 건물 전체 면적을 기준으로 국민주택규모 여부를 판단한다’고 현재 질의, 답변을 하고 있다. 이와 같이 과세관청에서도 판단이 번복되는데 세법 지식이 부족한 납세자에게 과세, 면세 구분 및 정확한 업종 구분을 요구하는 것은 무리인 것으로 생각된다.
• 마. 수정세금계산서에 대하여 세금계산서 발행 후 오류가 있을 경우 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우는 착오임을 알았을 때, 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우는 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 수정세금계산서를 발행할 수 있다. 이 건의 경우 공급자는 매입자가 제시한 사업자등록증의 내용대로 세금계산서를 발행한 것이어서 매입자의 착오로 필요적 기재사항 등이 잘못 적힌 경우이기 때문에, 착오임을 알았을 때 수정세금계산서를 수수함이 법규적으로 제한되지 않는 것으로 생각된다. 청구인들이 과세사업자로 변경하고 수정세금계산서를 수수한 것은 법규적인 타당성이나 경정청구 인용 여부에 앞서 이 같은 절차를 거쳐야 경정청구를 할 수 있는 형식적 요건을 갖추는 것으로 생각했기 때문이다.
• 바. 결어 이상에서와 같이 청구인들의 불찰(무지)에서 비롯되었으나, 그 책임을 청구인들에게 지울 수 없고, 또한 신청한 내용이 법규적으로 제한되거나 불가하지 않다고 생각되어 경정청구를 하였다. 청구인들은 쟁점사업장들 매각시에 건물분 부가가치세를 납부해야 한다. 부가가치세의 과세 여부는 형식적인 요건에 불구하고 실지 내용을 기준으로 판단한다. 청구인이 종전 면세사업자등록의 상태를 유지한다고 해서 매출시 부가가치세가 과세되지 않는 것은 아니다. 그런데 만일 매출세액은 실지 내용을 기준으로 판단하면서 매입세액은 사업자등록증 등 형식요건을 기준으로 판단한다면, 일관성과 형평성이 결여되며 청구인은 매우 억울하지 않을 수 없다.

• 가. 경정청구 각하처분에 대하여 청구인1은 2023.3.17. 2019년 제2기∼2020년 제1기 귀속 부가가치세 경정청구서를, 청구인2는 같은 날 2020년 제2기∼2021년 제2기 귀속 부가가치세 경정청구서를 각 접수하였으나, 동 과세기간에는 주택임대 면세사업자 상태로 부가가치세 납세의무가 없으므로, 국세기본법45조의2(경정 등의 청구)에 의한 부가가치세 경정청구 요건에 해당하지 않아 경정청구 “각하” 처리한 당초 처분은 정당하다.
• 나. 매입세액공제 가능 여부에 대하여 부가가치세법제8조 제1항 소정의 사업자등록 의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고, 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로, 같은 법 제39조 제1항 제8호 소정의 “제8조에 따른 사업자등록”이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 할 것이고 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 같은 법 제39조 제1항 제8호에서 규정한 “제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액”에 해당(대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146 판결, 참조)하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다. 이 건의 경우 청구인들은 부가가치세 과세대상 주택(다중주택) 및 근린생활시설을 공급하는 사업을 하면서, 주택임대 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 한 후 쟁점사업장들의 건설 관련 매입세액이 발생하였고, 쟁점1사업장은 2020.2.12., 쟁점2사업장은 2021.5.12. 각 사용승인을 받고, 2023.2.21. 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 하여 건설 관련 매입세액공제 경정청구를 하였다. 그런데, 해당 매입세액은 부가가치세법제39조 제1항에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정한 ‘제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액(제8호)’으로서 이를 매출세액에서 공제할 수 없다고 판단된다.
• 다. 사업자등록 적정성에 대하여 청구인1은 다가구주택 매매계약서를, 청구인2는 다가구주택 매매계약서와 동업계약서를 첨부하여 각 주택임대업 면세사업자로 사업자등록 신청을 하였고, 매입한 다가구주택을 멸실하고 다중주택 및 근린생활시설을 신축하여 판매하는 과세사업을 영위할 것이라는 의사표시 및 관련 서류를 제출한 바 없으므로, 면세사업자등록 및 면세사업자등록증 교부는 정당하다. 또한 부가가치세법상 사업자 등록 전 매입세액 공제는 부가가치세법제39조 제1항 제8호에서 제한적으로 인정하고 있으며, 면세사업자 등록번호로 수취한 세금계산서에 대한 별도의 과세특례가 존재하지 않으므로, 면세사업자 등록번호로 수취한 세금계산서로 매입세액을 공제해 주어야 한다는 청구인들의 주장은 조세법의 대원칙인 조세법률주의에 위반되는 주장이다.
• 라. 수정세금계산서에 대하여 세금계산서 발행 후 오류가 있을 경우 수정세금계산서를 발행할 수 있는데, 이 건의 경우 공급받는 자를 수정하는 경우로서 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제5호 에 따른 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우가 아니라, 제6호에 따른 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우에 해당한다. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것이며, 확정신고기한이 경과한 후에 공급받는 자를 수정한 수정세금계산서를 발행한 경우 해당 수정세금계산서는 정당한 수정세금계산서에 해당하지 않는다. 따라서 청구인들이 면세사업자 등록번호로 공사비 관련 매입세금계산서를 수취하고, 용역제공이 완료된 신축건물 사용승인일로부터 쟁점1사업장은 3년이, 쟁점2사업장은 1년 9개월이 경과한 후 과세사업자 등록번호를 신청하여 공급받는자를 과세사업자 등록번호로 소급하여 수정하는 것은 정당한 수정세금계산서에 해당하지 않는다.
• 마. 결어 이 사건 관련 경정청구는 ①국세기본법제45조의2(경정 등의 청구)에 의한 부가가치세 경정청구 요건에 해당하지 않는 점, ② 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 등록을 하기 전의 매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없는 점, ③ 청구인들이 주택임대업 면세사업자로 사업자등록 신청을 하여 과세사업을 영위할 것이라는 의사표시가 없었고, 면세사업자 등록번호로 수취한 세금계산서에 대한 별도의 과세특례가 존재하지 않는 점, ④ 확정신고기한이 경과한 후에 공급받는 자를 수정하여 발급한 수정세금계산서는 정당한 수정세금계산서에 해당하지 않는 점 등에 비추어, 이 사건 경정청구 거부처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 면세사업자 등록번호로 세금계산서를 수취한 후 과세사업자 등록번호로 발급받은 수정세금계산서 상 매입세액이 공제대상 매입세액이라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 2) 부가가치세법 제3조 【납세의무자】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

2-1) 부가가치세법 제8조 【사업자등록】

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다. 3) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 3-1) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다. 4) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4-1) 부가가치세법 시행령 제70조 【수정세금계산서 또는 수정세금계산서의 발급사유 및 발급절차】 (2019.2.12. 대통령령 제29535호로 일부개정 된 것, 이하 같다)

① 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급

• 가. 세무조사의 통지를 받은 경우
• 나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우
• 다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우
• 라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성 하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급 개정사항(2021.2.17. 대통령령 제31445호로 일부개정된 것)

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급 5) 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다) 5-1) 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세의 면제 등】 (2019.2.12. 대통령령 제29527호로 일부개정된 것, 이하 같다)

④ 법 제106조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제51조의2제3항에 규정된 규모 이하의 주택 5-2) 조세특례제한법 시행령 제51조의2 【자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례】

③ 법 제55조의2제4항에서 "대통령령으로 정하는 규모"란 주택법에 따른 국민주택 규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다. 5-3) 주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "주택"이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

2. "단독주택"이란 1세대가 하나의 건축물 안에서 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 주택을 말하며, 그 종류와 범위는 대통령령으로 정한다.

6. "국민주택규모"란 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(수도권정비계획법 제2조제1호 에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다. 5-4) 주택법 시행령 제2조 【단독주택의 종류와 범위】 주택법(이하 "법"이라 한다) 제2조제2호에 따른 단독주택의 종류와 범위는 다음 각 호와 같다.

1. 건축법 시행령 별표 1 제1호가목에 따른 단독주택

2. 건축법 시행령 별표 1 제1호나목에 따른 다중주택

3. 건축법 시행령 별표 1 제1호다목에 따른 다가구주택 5-5) 건축법 시행령 별표1【용도별 건축물의 종류】

1. 단독주택[단독주택의 형태를 갖춘 가정어린이집·공동생활가정·지역아동센터ㆍ공동육아나눔터(아이돌봄 지원법 제19조 에 따른 공동육아나눔터를 말한다. 이하 같다)ㆍ작은도서관(도서관법 제4조제2항제1호 가목에 따른 작은도서관을 말하며, 해당 주택의 1층에 설치한 경우만 해당한다. 이하 같다) 및 노인복지시설(노인복지주택은 제외한다)을 포함한다]

• 가. 단독주택
• 나. 다중주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택을 말한다.

1. 학생 또는 직장인 등 여러 사람이 장기간 거주할 수 있는 구조로 되어 있는 것

2. 독립된 주거의 형태를 갖추지 않은 것(각 실별로 욕실은 설치할 수 있으나, 취사시설은 설치하지 않은 것을 말한다)

3. 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적(부설 주차장 면적은 제외한다. 이하 같다)의 합계가 660제곱미터 이하이고 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택(주거 목적으로 한정한다) 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

4. 적정한 주거환경을 조성하기 위하여 건축조례로 정하는 실별 최소 면적, 창문의 설치 및 크기 등의 기준에 적합할 것 (이 면 이하 여백)

1. 쟁점사업장들의 건축물 대장 상 현황 쟁점사업장들의 건축물 대장 상 현황은 아래와 같은데, 쟁점1사업장은 지하1층에서 지상4층으로 그 중 다중주택 부분은 325.59㎡이고, 착공일 2019.10.7. 사용승인일은 2020.2.12.로 확인된다. 쟁점2사업장은 지하1층에서 지상5층으로 그 중 다중주택 부분은 300.33㎡이고, 착공일 2020.10.1. 사용승인일은 2021.5.12.로 확인된다. <표>

2. 청구인들의 쟁점사업장에 대한 사업자등록 내역

• 가) 면세사업자 등록 청구인1은 쟁점1사업장에 대해 2019.7.31. 아래와 같이 면세사업자등록 신청을 하였는데, 신청서 상 주업태는 부동산임대업, 주종목은 주택임대로, 개업일은 2019.7.31.로 기재되어 있으며, 쟁점1사업장의 신축으로 철거된 구건물을 청구인1이 매수하기로 하는 내용의 매매계약서가 첨부되어 있다. <표> 청구인2는 쟁점2사업장에 대해 2020.7.15. 아래와 같이 면세사업자등록 신청을 하였는데, 신청서 상 주업태는 임대, 주종목은 주택임대로, 개업일은 2020.7.15.로 기재되어 있으며, 쟁점2사업장의 신축으로 철거된 구건물을 청구인2가 매수하기로 하는 내용의 매매계약서가 첨부되어 있다. 또한 청구인2인 서AA과 안AA이 쟁점2사업장 소재지에서 임대사업을 공동으로 하겠다는 내용의 동업계약서가 첨부되어 있다. <표>
• 나) 과세사업자로 등록정정 청구인1은 쟁점1사업장에 대해 2023.2.20. 과세사업자등록 신청을 하였는데, 신청서 상 주업태는 건설업, 주종목은 단독주택 건설업, 개업일은 당초 면세사업자 개업일인 2019.7.31.로 기재되어 있는 것으로 확인된다. 한편, 국세청통합전산시스템 조회 결과 기존 면세사업자등록은 2023.2.24. 신고 폐업처리 된 것으로 확인된다. <표> 청구인2는 쟁점2사업장에 대해 2023.2.20. 과세사업자등록 신청을 하였는데, 신청서 상 주업태는 건설업, 주종목은 단독주택 건설업, 개업일은 당초 면세사업자 개업일인 2020.7.15.로 기재되어 있는 것으로 확인된다. 한편, 국세청통합전산시스템 조회 결과 기존 면세사업자등록은 2023.2.24. 신고 폐업처리 된 것으로 확인된다. <표>

3. 청구인들의 경정청구 내역 청구인1은 2023.2.20. 쟁점1사업장에 대해 과세사업자로 등록신청을 한 후 쟁점1사업장의 신축공사와 관련하여 시공사인 ㈜BB로부터 당초 면세사업자등록번호로 발급받은 세금계산서를 과세사업자등록번호로 수정 발급받고, 이를 기초로 2023.3.17. 2019년 제2기∼2020년 제1기 과세기간 부가가치세 기한후 신고와 함께 아래와 같이 경정청구를 하였다. <표> 청구인2는 2023.2.20. 쟁점2사업장에 대해 과세사업자로 등록신청을 한 후 쟁점2사업장의 신축공사와 관련하여 시공사인 ㈜BB로부터 당초 면세사업자등록번호로 발급받은 세금계산서를 과세사업자등록번호로 수정 발급받고, 이를 기초로 2023.3.17. 2020년 제2기∼2021년 제2기 과세기간 부가가치세 기한후 신고와 함께 아래와 같이 경정청구를 하였다. <표>

4. 처분청의 경정청구에 대한 처분 내역 청구인들이 2023.3.17. 신청한 쟁점사업장들에 대한 부가가치세 경정청구에 대해 처분청은 2023.4.13. 경정청구 요건에 해당하지 않음을 이유로 각하 처분을 하였다.

• 라. 판단

1. 관련 법리 부가가치세법제8조 제1항 소정의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로, 같은 법 제39조 제1항 제8호 소정의 ‘제8조에 따른 사업자등록’이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미하고, 부가가치세의 면세사업자인지 또는 과세사업자인지 여부를 불문하고 사업자가 ‘면세사업자용’이라고 기재된 사업자등록증을 교부받은 것만으로는 같은 법 제8조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없다고 할 것이다(대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146 판결 참조)

2. 이 사건 매입세액이 공제대상인지에 대한 판단

• 가) 위 법리와 다음과 같은 사정을 종합해 보건대, 이 사건 매입세액이 공제대상이라는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (1) 청구인들이 쟁점사업장들에 대해 기존 면세사업자를 폐업하고 과세사업자로 사업자등록을 신청(2023.1.20.)하기 전까지는 청구인의 쟁점사업장들이 당초부터 과세사업이었다고 하더라도 부가가치세법에 따른 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없으므로, 면세사업자로 사업자등록을 한 기간 중에 교부받은 이 사건 세금계산서 상 매입세액은 부가가치세법제39조 제1항 제8호에서 규정하는 등록을 하기 전의 매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수는 없다고 할 것이다.

(2) 한편, 시공사인 ㈜BB가 청구인들에게 당초 세금계산서를 교부할 때 당시 청구인들의 면세사업자 등록상태에 따라 면세사업자등록번호로 세금계산서를 교부한 것이므로 적법하게 발급된 것이라 할 것이고, 다만 착오외의 사유로 과세사업자등록번호로 수정세금계산서를 발급할 수도 있을 것이나, 이 사건 수정세금계산서는 그 발급기한을 지나 발급(쟁점사업장들의 사용승인일이 속하는 과세기간의 확정신고기한으로부터 최소 1년 7개월이 경과)된 것이어서 적법한 수정세금계산서로 볼 수 없다.

• 나) 따라서 처분청이 이 사건 매입세액을 공제대상으로 보지 아니하고 한 이 사건 처분에 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.