부동산의 일괄 공급 시 건물분 가액에 대한 세금계산서를 발행하여 신고·납부 후, 건물이 없는 것으로 세금계산서를 수정할 수 있는지

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인과 배우자 UK현은 2020.11.30. 부산 BB구 CC동 825-7, 825-13 토지 및 건물[내 제(조표A7-2**호)](이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하여 부동산 임대업을 영위하다가, 2022.7.15. DD성에게 0,000백만원에 양도한 후 2022.7.30. 폐업하였다.
• 나. 청구인은 쟁점부동산의 양도 후 건물부분에 대하여 2022.7.15. 공급가액이 000,000,000원인 매출세금계산서(이하 “당초세금계산서”라 한다)를 발행하여 매수인에게 교부하고, 2022.8.22. 쟁점사업장의 2022년 제2기 과세기간(폐업확정)의 부가가치세를 00,000,000원으로 신고·납부하였다.
• 다. 한편, 매수인은 쟁점부동산의 매입으로 수취한 당초세금계산서상 매입세액을 공제하여 부가가치세의 환급을 신청하였으나 처분청은 환급을 거부하였고, 청구인은 매수인이 쟁점부동산을 매수한 후() 건물을 즉시 철거한 것을 알고 매수인과 건물가액이 없는 것으로 합의하고, 2022.8.26. 당초세금계산서상 공급가액과 세액을 전액 감액(-)하는 세금계산서를 발행·교부하였으며, 2022.9.26. 처분청에 당초세금계산서에 따라 신고·납부한 부가가치세 69,083,924원을 환급해달라고 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.10.25. 청구인의 경정청구를 거부하였다. () 처분청과 청구인 간에 건물의 철거 시점이 쟁점부동산의 매수 전인지 후인지에 대하여 이견이 있음
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2023.1.11. 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점부동산의 진행 상태(토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우)는 개정된 부가가치세법령에 부합하는 것으로, 건물에 대한 당초세금계산서 교부 및 부가가치세 신고·납부는 단지 개정된 세법내용을 미리 알지 못하였기 때문이므로, 부가가치세법령의 개정취지와 매수인의 어려운 자금사정을 고려하여 청구내용을 인용하여 주기 바란다.

• 가. 매수인은 쟁점부동산의 잔금청산 전에 지상 건물을 모두 철거하고, 지금은 지하 터파기 공사를 하고 있는데 금리상승과 대출제한에 따라 자금이 없어 공사가 진행되지 않고 있으며, 쟁점부동산의 당초 매매계약서에는 양도가액이 0,000백만원이고 토지와 건물의 가액은 구분되어 있지 않았고, 청구인은 양도 당시에 개정된 세법을 몰라서 부득이하게 기준시가로 안분한 건물 가액에 대한 당초세금계산서에 따라 부가가치세를 신고·납부하였다.
• 나. 청구인은 당초세금계산서에 따른 부가가치세를 신고·납부 후 8월 말경에 개정된 세법령의 내용()을 알고 매수인과 합의하여 건물가액이 없는 것으로 매매계약서를 소급하여 다시 작성하였다. () 2022.2월에 개정된 부가가치세법 시행령제64조제2항에는 2022년 2월 1일 이후 매도 분부터는 건물등이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우로서 계약서에 건물가액을 0원으로 기재한 경우 부가가치세는 없다고 되어 있다.
• 다. 이러한 부가가치세법령의 개정취지는 소형 건설사들에게 자금 부담을 덜어줌과 동시에 실질과세의 원칙에 따라 실질가치가 없는 것은 없는 것으로 인정하라는 것으로 알고 있는데, 청구인의 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 개정세법의 취지로 볼 때 부당하다.

청구인은 쟁점부동산 양도일 전인 2022.7.6. 건물이 철거되었다고 주장하나 매매계약일(2022.6.6.) 이후인 2022.6.18. 방수 및 보수공사(전자세금계산서 매입 공급가액 0,000,000원)를 한 내역이 있고, 쟁점부동산은 2022.7.15. 소유권이전 및 건물의 용도변경 내역이 있으며, 2022.7.28. 건물의 멸실 등기가 되었는데, 건물의 철거는 소유자가 철거예정 7일 전까지 관할구청에 철거 신고 등을 해야 하는 것이어서, 건물 철거일자는 소유권이전일인 2022.7.15. 이후로 검토되므로, 건물이 2022.7.15. 이전인 2022.7.6. 철거되었다며, 당초 신고·납부한 부가가치세를 환급해 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 부동산을 일괄 공급 후 기준시가로 안분하여 건물분 세금계산서를 발행·교부하고 부가가치세를 신고·납부한 후, 건물가액이 없는 것으로 매매계약서 수정 및 세금계산서를 취소한 경우 신고·납부한 부가가치세가 환급되어야 하는지
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제29조 【과세표준】(2021.12.8. 법률 제18577호로 일부개정된 것)

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다. <개정 2018.12.31, 2021.12.8>

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다. 1-1) 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정된 것)

① 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. <개정 2015.2.3, 2016.8.31, 2019.2.12, 2022.1.21, 2022.2.15>

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[대괄호 안의 내용 생략]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

② 법 제29조제9항제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. <신설 2022.2.15>

1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우

2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우 2) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. <개정 2017.12.19, 2019.12.31>

1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계

1. 청구인의 쟁점부동산 취득·양도 및 관련 세금계산서 발행 및 부가가치세 신고 등의 사건 흐름은 다음 <표1>와 같다. <표1> 청구인의 쟁점부동산 취득·양도 과정 등 사건 흐름 󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏▼󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏▽󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏▼󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏▽󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏▼󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏▽󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏▼󰠏󰠏 ’20.7.31. ’20.11.30. ’22.7.15 ’22.7.28. ’22.8.22. ’22.8.26. ’22.9.26. 쟁점부동산 임대업 사업자등록 쟁점부동산 취득 등기 (계약 2020.7.5.) 쟁점부동산 양도·용도변경 등기 당초세금계산서 발행 건물 멸실 등기 부가세 신고·납부 감액 세금계산서 발행 경정청구

2. 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에서 확인되는 내용은 아래와 같다.

• 가) 갑구에 따르면, 청구인과 배우자는 2020.7.5. 매매를 원인으로 2020.11.30. 쟁점부동산의 소유권을 등기하였고, 2022.6.6. 매매를 원인으로 2022.7.15. DD성에게 소유권을 이전 등기한 것으로 확인된다.
• 나) 표제부에 따르면, 철근콘크리트조 슬래브지붕 ‘4층 근린생활시설 및 숙박시설’로 되어 있던 용도가 2022.7.15. ‘4층 숙박시설’로 변경되었다가, 2022.7.28. 멸실된 것으로 확인된다.

3. 청구인의 쟁점부동산 양도 및 관련된 청구주장과 처분청의 의견 등은 아래와 같다.

• 가) 청구인이 2022.7.15. DD성에게 양도한 쟁점부동산의 양도가액은 0,000백만원이고 매매계약서에는 토지와 건물의 가액이 구분되어 있지 않았으며, 양도가액을 기준시가로 안분한 토지와 건물의 가액은 각 0,000,000,000원과 000,000,000원이다.
• 나) 청구인은 매수인이 쟁점부동산의 잔금청산일 이전인 2022.7.6. 쟁점부동산의 모든 건축물을 철거하였다고 주장한다. 처분청은 쟁점부동산의 취득등기일에 용도변경 등기도 함께 이루어졌고, 쟁점부동산의 매매계약일 이후인 2022.6.18. 방수 및 보수공사가 이루어진 사실 및 멸실 등기일이 2022.7.28.이며 건물의 철거 시에는 철거예정 7일 전까지 관할구청에 철거 신고를 해야 하므로, 건축물은 최소한 쟁점부동산의 잔금청산일 이후에 이루어진 것이라고 주장한다.
• 다) 처분청이 제출한 전자세금계산서에 따르면 청구인이 쟁점부동산을 사업장으로 하는 운영하던 “SH()”에서 2022.6.18. DI종합방수(701-15-)로부터 공급가액이 0백만원과 0백만원인 매입세금계산서를 발급받은 사실이 확인되며, 해당 세금계산서의 ‘품목’란에는 1, 2층 방수 및 보수공사(0백만원), 302호(0백만원) 방수공사로 기재되어 있다. (*) 사업자등록상 업종은 부동산 임대업이나, 청구이유서에는 여관업으로 되어 있고, 청구인이 쟁점부동산을 취득한 이후 해당소재지에서 타인의 사업자등록 내용은 확인되지 않으며, 소액의 신용카드매출액이 발생하였음

4. 쟁점부동산의 당초 및 수정된 매매계약서 내용 등은 아래와 같다.

• 가) 청구인이 이 건 청구 시 제출한 당초 매매계약서의 주요 내용은 다음 <표2>와 같은데, ‘매매계약서 별지’에는 매매계약서에서 이어지는 특약사항이 7번부터 14번까지 기재되어 있으며, 11번에는 “본 건물은 멸실 후 신축예정이므로 하자담보책임을 묻지 않기로 한다.”는 내용이, 12번에는 “본 건물에 진행 중이던 건축허가 및 설계비용은 매매가에 포함 됨.”이라는 내용이 기재되어 있다. 부동산 매매계약서 매도인과 매수인 쌍방은 아래 표시 부동산에 관하여 다음 계약 내용과 같이 매매계약을 체결한다.

소재지 부산 BB구 CC동 825-7외 2필지(825-13, 825-15) 토지 지목 대 면적 132㎡ 대지권종류 대지권비율 건물 구조 철근콘크리트구조 용도 근린생활시설 면적 723.33㎡

제1조[목적] 위 부동산의 매매에 대하여 매도인과 매수인은 합의에 의하여 매매대금을 아래와 같이 지불하기로 한다. 매매대금 금 일십팔억이천만원정(\0,000,000,000) 계 약 금 금 00백만원정은 계약 시에 지불하고 영수함 ※ 영수자 UK현(날인됨) 잔 금 일0000백만원정은 2022년 7월 15일에 지불한다. 제2조 [소유권 이전 등] 매도인은 매매대금의 잔금 수령과 동시에 매수인에게 소유권 이전등기에 필요한 모든 서류를 교부하고 등기절차에 협력하여야 하며, 위 부동산의 인도일은 2022년 7월 15일로 한다. (중간 생략) 제9조 [중개대상물 확인 설명서 교부 등] 개업공인중개사는 중개대상물 확인 설명서를 작성하고, 업무 보증관계증서(공제증서 등) 사본을 첨부하여 거래당사자 쌍방에게 교부한다(교부일자: 2022년 6월 6일). [특약사항]

• 양 당사자는 계약서 작성에 필요한 신분증 제시 및 개인정보수집과 이용·활용에 동의한다.

1. 현 시설상태의 계약이며 양 당사자가 토지이용계획확인원, 등기사항전부증명서, 토지대장, 건축물관리대장 및 물건의 현 상태를 육안으로 확인하고 계약 서명·날인한다.

2. 매매대금은 825-7, 13, 15 3필지 금액이다.

3. 본 매매계약은 825-4 소유자 OA애님과 825-7, 13, 15 소유자 UK현, 청구인님의 합의하에 공동으로 매매하는 계약이며 매매계약의 대표는 UK현님으로 한다. 공동매매가 불가할 시에 계약은 무효로 한다.

4. 본 매매계약은 매도인과 매수인 양 당사자 협의에 의해 잔금 전 건축물의 용도를 근린생활시설로 변경하기로 한다.

5. 용도변경과 관련한 업무 및 비용은 대표 매도인이 부담하기로 한다.

6. 본 계약서에 기재되지 않은 사항은 상호협의를 우선하며, 민법상 계약에 관한 규정과 부동산매매 일반 관례에 따른다. 본 계약을 증명하기 위하여 계약 당사자가 이의 없음을 확인하고 각각 서명 또는 날인한다. 2022년 6월 6일 매도인 주소 생략 날인됨 주민등록번호 생략 전화 생략 성명 UK현 공동 명의인 주소 생략 날인됨 주민등록번호 생략 전화 생략 성명 청구인 매수인 주소 생략 날인됨 주민등록번호 생략 전화 생략 성명 DD성 개업중개사 내용 생략 대표자명 AJ성(서명됨) 공동개업공인중개사 내용 생략 대표자명 JJ아(서명됨) 부동산 매매계약서 별지 ◆ 부동산의 표시 (생략: 매매계약서와 동일) ◆ 특약 사항

7. 본 계약은 중도금 지급 없는 계약이며 협의되지 않은 중도급 지급은 인정 하지 않는다.

8. 대지, 건물면적은 공부상 기준으로 한 매매이며, 실측면적과 차이가 있더라도 일체의 이의를 제기하지 않기로 한다.

9. 잔금 시까지 각종 공과금은 매도자 부담으로 한다.

10. 매도인은 잔금일 이전에 명도를 완료키로 한다.

11. 본 건물은 멸실 후 신축예정이므로 하자담보책임을 묻지 않기로 한다.

12. 본 건물에 진행 중이던 건축허가 및 설계비용은 매매가에 포함 됨.

13. 포괄양도양수하는 조건의 계약이며 부가세 발생 시 부가세 별도임.

14. 잔금 전까지 매수인 명의변경에 동의한다. ◆ 관계지번 소재지 부산 BB구 CC동 825-13 소재지 부산 BB구 CC동 825-15 <표2> 쟁점부동산의 당초 매매계약서 및 계약서 별지

• 나) 청구인이 이 건 청구 시 제출한 수정 매매계약서는 ‘주요 내용’과 ‘매매계약서 별지’ 중 매매계약서에서 이어지는 특약사항 7번부터 9번까지는 청구인이 제출한 당초 매매약서와 동일하나, 10번은 “잔금일 이전에 현 세입자의 퇴거는 매도인이 책임진다.”로 수정되었고, 15번에 “건물가액은 매수 후 즉시 철거함으로 없는 것으로 한다. ‘토지가액: 0,000,000,000원’, ‘건물가액: 0원’”이라는 내용이 추가되어 있다.
• 다) 처분청이 이 건 청구에 대한 의견서에 첨부하여 제출한 당초 매매계약서의 내용은 대부분 청구인이 제출한 당초 매매계약서와 동일하나, ‘매매계약서 별지’가 첨부되어 있지 않고, “[특약사항]”란에 1번부터 6번까지 기재되어 있고 그 하단에는 다음 <표3>에서 보는 바와 같이 “2022년 7월 15일 잔금 전액 수령함 UK현(날인)”이라고 표시되어 있다. <표3> 처분청 제출 쟁점부동산의 당초 매매계약서(생략)

5. 청구인의 경정청구 내용은 아래와 같다.

• 가) 청구인이 2022.9.26. 제출한 2022년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 경정청구 내용은 다음 <표4>와 같으며, ‘경정청구 사유서’에 따르면 청구인이 쟁점부동산을 DD성에게 양도하고 양도가액을 기준시가로 안분하여 산정한 건물가액에 대하여 당초세금계산서(공급가액 000백만원)을 발행하고 부가가치세를 신고·납부하였으나, DD성이 청구인의 부가가치세 신고·납부 후 찾아와 건물 부분은 가치가 없으니 세금계산서를 취소해달라고 하였고, 쟁점 건물을 매수자가 잔금 전·후에 자기비용으로 철거하여 지금은 나대지 상태여서 서로 합의하에 건물 가격은 없는(“0원”)으로 하였다고 기재되어 있다. <표4> 청구인이 제출한 경정청구서 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서 처리기간 2개월 청구인

① 성 명 청구인 외 1명

② 주민등록번호

③ 사업자등록번호 55**-2** 8-04-01***

④ 주소(거소) 부산 BB구 SS로 2-

⑤ 전화번호

⑥ 상호 청구인-여관임대 신 고 내 용

⑦ 법정신고일 2022-08-25

⑧ 최초신고일 2022-08-25

⑨ 경정청구이유 <경정청구 사유서> 별첨 구분 최 초 신 고 경 정(결정) 청 구

⑩ 세목 부가가치세

⑪ 과세표준금액 000,000,000

⑫ 산출세액 00,000,000

⑭ 공제 및 감면세액

⑮ 납부할세액 00,000,000

⑯ 국세환급금 계좌신고

⑰ 환급받을세액 00,000,000 (이하 여백)

• 나) 경정청구서에 첨부된 당초세금계산서를 수정한 세금계산서의 ‘합계’란 중 ‘작성’란에는 ‘222.7.15.’로, ‘공급가액’란에는 ‘–000,000,000’으로 기재되어 있고, 하단의 ‘월일’란에는 ‘8.26.’, ‘품목·규격·수량’란에는 ‘BB CC동 825-7 건축물’이 기재되어 있으며, “매수 후 건축물 즉시 철거함에 따라 매도자와 매수자 합의에 의해 건물가액은 없는(0)것으로 함”이라고 부기되어 있다.
• 다) 매매계약서는 앞서 언급된 수정된 매매계약서로 ‘부동산 매매계약서 별지’ 15번에 “건물가액은 매수 후 즉시 철거함으로 없는 것으로 한다.”는 내용이 기재되어 있다.

6. 처분청이 2022.10.25. 청구인(SH)에게 보낸 “경정청구 처리 결과 통지” 문서에는 “1. 처리결과: 기각(거부)”라고 되어 있고, ‘처리 사유’에는 “당초 부동산 매매계약서 및 세금계산서 등으로 건물가액(공급가액 000,000,000

• 원) 계약 사실 확인되므로, 사후에 건물가액을 ‘0원’으로 부가가치세 경정청구한 내용이므로 기각(거부)합니다.”라고 되어 있다.

7. 쟁점부동산 매수인의 부가가치세 환급 신고 및 처분청의 환급 거부 내용은 아래와 같다.

• 가) 쟁점부동산의 매수인(DD성, SE개발)의 부가가치세 조기환급 신고에 따르면, 매수인은 당초세금계산서를 교부받은 후, 2022.8.25. 처분청에 2022년 제2기 과세기간(7.16.∼8.31.)에 대한 부가가치세 매입세액 00,000,000 원을 환급해달라고 월별조기 환급신청을 하였다.
• 나) 처분청은 환급신고서를 검토한바 “건축물 철거(CC동 825-7, 825-13 건물 숙박시설 723.33㎡, 2022.7.15. 취득 → 2022.7.28. 멸실) 사실 확인되므로, 매입세액 불공제(토지 관련 매입세액) 경정코자 한다.”는 내용으로 매수인의 환급 신청을 거부한 것으로 확인된다.

8. 일괄 공급된 토지·건물등 가액의 안분기준과 관련된 부가가치세법령 개정 내용 및 개정취지는 아래와 같다.

• 가) (개정내용) 2021.12.8. 법률 제18577호로 일부개정된 부가가치세법제29조제9항제2호 단서와 2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정(신설)된 같은 법 시행령 제64조 제2항의 내용은, ‘사업자가 구분한 토지, 건물의 실지거래가액이 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 있는 경우’에도 ‘사업자가 구분한 실지거래가액을 인정할 만한 사유가 있는 경우’에는 기준시가 등에 비례하여 안분계산하는 대상에서 제외하겠다는 것이며, 해당 사유 중에는 ‘건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우’가 포함되어 있다.
• 나) (개정취지) 국세청이 발간한 “2022 개정세법 해설(P.198)”에 따르면, 2021.12.8. 법률 제18577호로 일부개정된 부가가치세법제29조제9항제2호 단서와 2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정(신설)된 같은 법 시행령 제64조 제2항의 개정취지는 “토지 및 건물 등에 대한 과세기준 합리화”로 확인된다.
• 다) (청구인의 경우) 청구인은 쟁점부동산을 양도함에 있어서 토지와 건물의 가액을 구분하지 않고 당초 매매계약서를 작성하여 거래하였고, 해당 거래는 2021.12월 및 2022.2월 개정한 부가가치세법령이 적용되지 않으나, 2022.8.26.경 토지와 건물의 가액을 구분하여 작성한 수정 매매계약서의 경우에는 적용되는 것으로 확인된다.
• 라. 판단

1. 관련 법리

• 가) 부가가치세법제29조(2021.12.8. 법률 제18577호로 일부개정된 것)제9항에는 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.”고 규정하고 있고, 제1호에는 “실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우”가, 제2호에는 “사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.”고 규정되어 있다. 나) 부가가치세법 시행령제64조(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정된 것)제2항에는 “법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.”고 규정하고 있고 제1호에는 “다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우”를 제2호에는 “토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우”를 규정하고 있다.
• 다) 위 법령을 보면 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우로써 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 기준시가에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 하는데, 이때 사업자가 “건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우” 등에는 그러한 기준을 적용하지 않는다는 것이며, 이러한 내용은 당초부터 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액을 구분하지 않은 경우에는 적용되지 않는다.

2. 건물가액이 없는 것으로 당초 매매계약서를 수정하고 당초세금계산서를 취소한 경우 신고·납부한 부가가치세가 환급되어야 하는지에 대한 판단

• 가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 당초 신고·납부한 부가가치세가 환급되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(1) 청구인은 쟁점부동산 양도일 전인 2022.7.6. 건물이 철거되었다고 주장하나 매매계약일(2022.6.6.) 이후인 2022.6.18. 방수 및 보수공사(전자세금계산서 매입 공급가액 8,000,000원)를 한 내역이 있고, 쟁점부동산의 소유권이전 및 건물의 용도변경 등기가 2022.7.15. 있었으며, 건물의 멸실 등기는 2022.7.28. 있었는데, 청구주장이 타당하다면 건물 방수 및 보수공사나 건물의 용도 변경등기를 할 이유가 없어 보인다.

(2) 청구인과 처분청이 제출한 당초 매매계약서에는 토지와 건물의 가액이 구분되어 있지 않고 총액으로 계약이 되어 있으며, 특히 처분청이 제출한 매매계약서를 보면 특약사항 6번 아래에 공란이 있고 그 공란 부분에 “2022년 7월 15일 잔금 전액 수령함 UK현”이라고 기재 및 날인된 내용이 확인되므로 당초 특약사항이 1번부터 6번까지만 있었던 것으로 보인다.

(3) 청구인이 제출한 수정 매매계약서에는 특약사항 15번에 “건물가액은 매수 후 즉시 철거함으로 없는 것으로 한다. ‘토지가액: 0,000,000,000원’, ‘건물가액: 0원’”이라는 내용이 추가되어 있으나, 이는 쟁점부동산의 공급시기에 당초세금계산서가 발행되고 그에 따른 청구인의 부가가치세 신고·납부 및 매수인이 당초세금계산서에 따라 매입 부가가치세액의 환급을 신청하였다가 거부된 이후에 작성 및 추가된 것으로 보인다.

(4) 위의 내용으로 볼 때 청구인의 쟁점부동산 공급은 실지거래가액을 토지와 건물로 구분한 경우로써 매수인이 토지와 건물을 함께 매입하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에 해당하지 않으므로, 당초세금계산서는 공급시기에 발행된 적법한 세금계산서로 보이고, 임의로 당초 매매계약서를 수정하고 그것을 근거로 당초세금계산서를 수정(-) 발행한 것은 적법한 것으로 볼 수 없다.

• 나) 따라서 처분청이 청구인의 “당초세금계산서에 따라 신고·납부한 부가가치세를 환급해 달라.”는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법제65조제1항제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.