건설 중인 쟁점건물이 사용된 사업장의 2017년 제1기 과세기간의 매입세액으로 공제되어야 하고, 이 건 청구가 해당 과세기간의 과세표준 신고자의 청구기한 내에 이루어졌으므로 매입세액 공제 특례의 적용이 부당하다고 보기 어려움
건설 중인 쟁점건물이 사용된 사업장의 2017년 제1기 과세기간의 매입세액으로 공제되어야 하고, 이 건 청구가 해당 과세기간의 과세표준 신고자의 청구기한 내에 이루어졌으므로 매입세액 공제 특례의 적용이 부당하다고 보기 어려움
○○세무서장이 2022.8.1. 청구인에게 한 2017년 제1기분 부가가치세 161,651, 073원을 환급해 달라는 경정청구 중 117,487,550원에 대한 거부처분은
1. 2016.10.13. ‘서울 AA구 BB동 630-14 CC팰리스 4층’을 사업장으로, ‘DD동(167-160)’을 상호로, 업종을 ‘임대/주택임대’로 하여 면세사업자로 사업자등록 한 사업장에서 2016년 제2기 과세기간에 수취한 매입세금계산서 670,536,000원 (공급가액)에 대한 세액 67,053,600원과 같은 장소에서 ‘주거용건물신축 및 건물신축’으로 하여 과면세로 사업자등록 한 사업장의 2017년 제1기 과세기간의 매입세액으로 신고하였으나 경정청구에 따른 경정결정 시 공제 누락한 15,419,085원을 과면세로 등록한 사업장의 2017년 제1기 과세기간의 매출세액에서 공제하여 이를 재경정하고,
2. 나머지 청구는 이를 기각합니다. 이 유
가. 청구인은 주거용건물 신축 및 건물신축업자로 2016.6.15. 주식회사 EE개발 (이하 “EE개발”이라 하고, 청구인과 함께 “청구인등”이라 한다)과 사업장을 서울 ○○구 DD동 167-160, 161, 172, 173(이하 “쟁점소재지”라 한다)로, 상호를 ‘주택신축(BB 167-160 외 3필지)’으로, 업종을 ‘건설/주택신축판매’로 하여 일반과세자로 공동사업자등록(사업자등록번호: 882-0-008, 이하 “A사업장” 이라 한다)을 하였다가, 2016.8.17. EE개발이 공동사업자에서 탈퇴하였으며, 청구인은 2016.10.10. 폐업일을 2016.9.30.로 하고 폐업사유를 ‘기타’로 하여 폐업 신고를 하였다. 나. 이후 청구인은 2016.10.13. 사업장을 ‘서울 AA구 BB동 630-14 CC팰리스 4층’으로, 상호를 ‘DD동(167-160)’으로, 업종을 ‘임대/주택임대’로 하여 면세사업자로 사업자등록(사업자등록번호: 242-3-007, 개업일: 2017.2.1., 이하 “B사업장”이라 한다)을 하였다가 2017.4.4. 업종을 ‘건설/주거용건물신축 및 건물신축’으로 정정하였고, 2017.4.10. ‘과세겸업에 의한 면세폐업’을 사유로 신고 폐업하였다. 그리고, B사업장 폐업일인 2017.4.10. 사업장을 ‘서울 ○○구 DD동 167-161, 172, 173’으로 상호를 ‘DD동(167-160)’으로, 업종을 ‘주거용건물신축 및 건물신축’으로 하여 사업자등록(사업자등록번호: 799-*5-00**0, 개업일: 2017.2.1., 이하 “C사업장”이라 한다)을 하였으며, A사업장 당시인 2016.5.27. 건물을 신축에 착공하여 지하 1층, 지상 11층의 업무시설(오피스텔)과 도시형생활주택인 성우스타팰리스(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 2017.5.16. 사용승인을 받아 분양하는 사업을 영위하고 있다. 다. 청구인은 2022.5.31. A·B사업장의 2016년 제1기와 제2기 과세기간 중 주식 회사 가온종합건설(이하 “FF건설”이라 한다)로부터 수취한 세금계산서 각 120백만원(공급가액)과 790백만원(공급가액) 1) 과 B사업장의 2017년 제1기 과세기간 중 FF건설 등 6개 업체로부터 수취한 세금계산서 1,492백만원(공급가액) 합계 2,402백만원(공급가액)에 대한 매입세액을 2017년 제1기 과세기간의 공제세액으로 하여 부가가치세 161,651,073원을 환급해 달라고 처분청에 경정청구를 하였다. 라. 처분청은 2022.8.1. FF건설로부터 A사업장에서 2016년 제1기와 제2기에 수취한 세금계산서 239,008,000원(공급가액)에 대한 세액 23,900,800원(이하 “쟁점①세액”이라 한다)은 경정청구기한 경과로, B사업장에서 2016년 제2기에 수취한 매입세금계산서 670,536,000원(공급가액)에 대한 세액 67,053,600원 (이하 “쟁점②세액”이라 하며, 쟁점①세액과 함께 “쟁점세액”이라 한다)은 경정청구기한 경과 및 등록 전 매입세액으로 보아 경정청구를 거부하고, 2017년 제1기 과세기간 중에 FF건설 등 6개 업체로부터 수취한 매입세금계산서 1,491,871, 454원에 대한 매입세액 149,187,145원의 공제는 인정하겠다는 내용의 ‘경정청구 부분 인용’ 처리결과를 통지하였다. 그러나, 처분청이 부가가치세 경정결의서를 작성하면서 청구인이 당초 신고한 매입세액 15,419,085원을 공제세액에 포함하지 않아, 당초 경정청구한 세액 161,651,073원 중 117,484,550원이 경정청구 거부되었다. 마. 청구인은 이에 불복하여 2022.11.3. 이 건 심사청구를 제기하였다.
가. 청구인이 쟁점건물 신축 분양사업을 하는 과정에서 이루어진 이 건 관련 청구인 등의 사업자등록 내역은 다음 <표1>과 같다. 나. (쟁점①, ②) 쟁점건물을 신축하고자 A사업장(과면세, 분양) ➪ B사업장(면세, 주택임대) ➪ C사업장(과면세, 분양)으로 사업자등록번호만 변경한 것이므로, 이들 A, B, C사업장을 동일한 사업장으로 보아야 한다.
1. (처분청 주장) B사업장은 A사업장은 폐업 후 상당한 시일이 지난 후인 2017.2.1. 개업하였으므로 동일한 사업장이라고 보기 어렵다.
2. 청구인은 쟁점건물을 신축하면서, A사업장을 공동사업에서 단독사업으로 변경 하 고자 폐업신고 2) 와 동시에 2 016.10.13. B사업장 사업자등록을 신청하면서 임대개시 일(준공 예정일)을 2017.2.1.로 기재한 것이므로, 이는 동일한 사업장으로 폐업 후 상당한 시일이 경과한 후에 신청한 것이 아니다.
3. 또한, 면세사업자로 사업자등록한 자가 과세사업자로 사업자등록을 정정 신청한 날부터 역산하여 20일 이내에 재화 또는 용역을 공급받고 면세사업자등록번호로 교부받은 세금계산서의 매입세액은 부가가치세법제17조제2항 제1의2 단서 및 제5호 단서에 따라 매출세액에서 공제가 가능하고(법규과-693, 2009.2.24.), 가사 정정신고를 하지 않았다고 하더라도 세무서장이 그 신청내용을 조사하여 사 업자등록을 정정하여 발급하면 되고 (부가 46015-862, 1995.5. 10.), 정정하지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우 그 거래사실이 확인되는 때에는 그 세금 계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하거나 환급할 수 있도록 규정하고 있다[부가가치세 기본통칙38-0-4, 서면3팀-71(2005.1.14.)].
4. 따라서, A사업장에서 쟁점건물 신축과정에서 대가를 지급하고 기 성고 상당액만 큼 수취 한 매입세액은 등록 전 매입세액으로 볼 수 없다(심사 부가1999-295, 1999.6.11. 같은 뜻). 다. (쟁점①, ②) 면세사업에 사용된 쟁점건물은 10년 이내에 면세사업에서 과세사업으로 전환하면, 공제받지 못한 매입세액은 과세사업으로 전환된 시점의 신고기한 다음날부터 5년 내에 경정청구가 가능하다. 1) (처분청 주장) 2016년 제1기․제2기 부가가치세 과세기간의 법정 신고기한으로부터 5년이 2021.7.25. 및 2022.1.25.로 경과하였는데, 청구인은 2022.5.31. 이 건 부가 가치세 경정청구를 하였으므로 처분청의 거부처분은 정당하다.
2. 관련 법령 등
1. 처분청은 2017년 제1기분 오피스텔 매출누락분 740,737,000원(공급가액, 세액 74,073,700원, 이하 “쟁점매출누락금액”이라 한다) 에 대하여 종합소득세 수입금액에 포함하지 않았으며, 세금계산서를 발급하지 않았으므로 미발급가산세 2%는 정당하다고 주장한다.
2. 그러나, 부가가치세 경청청구 시인 2022.5.31. 2017년 제1기 과세기간분 오피스텔 매출누락분인 쟁점매출누락금액에 대하여 2017년 과세연도 종합소득 세도 송파세무서에 수정신고를 하였다.
3. 세법상 가산세는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다 할 것이다(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66).
4. 조세심판원 등은 그 동안 이 건의 쟁점과 유사한 ‘공부상의 용도가 업무시설인 오피스텔의 공급이 국민주택의 공급에 해당하여 부가가치세의 면제가 적용되는지 여부’에 대하여 세법 해석상 견해의 대립이 있었고, 우리 원도 위 면세적용 여부에 대한 결정이 엇갈리다가, 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정(조심 2017서991, 2017.12.20.) 으로 ‘오피스텔의 공급이 위 국민주택의 공급에 해당하지 아니하는 것’으로 판단한 점 등에 비추어 조세심판관합동회의 결정이 있기 전에 공급한 오피스텔은 국민주택으로 인정한 심판결정례를 신뢰하여 세금계산서를 발급하지 아니한 것으로 보이므로 이에 대하여 청구인들에게 책임이 있다고 보기는 어렵다며, 업무시설인 오피스텔의 공급은 부가가치세가 면제되지 않는다고 결정하면서도[조심 2017중5031(2017.12.22.), 조심 2018중1075(2018.5.15.), 조심 2018중0978(2018.4.27.)], 청구인들의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보여 부가가치세 무신고가산세와 세금계산서미발급등 가산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 결정하였다[조심 2021인2251(2021.11.26.), 심사부가 2018-0087(2019.3.22.) 등 다수]. 그리고 이러한 조세심판원 결정 (조심 2021인2251, 2021.12.2.) 은 대법원의 판결(대법원 2020두44725, 2021.1.28.) 이후에도 2017년 12월 이전 거래분에 대하여는 세금계산서미발급가산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 인용한 것인데, 이 건도 2017년 제1기분 거래에 대한 것이므로 과세형평성 차원에서도 정당한 사유가 있는 것으로 보아 세금계산서미발급가산세를 취소해야 한다. 5) 쟁점매출누락은 2017년 제1기 과세기간분으로 부가가치세 국세부과 제척 기간은 2022.7.25.까지인데, 이 건 감액경정은 2022.8.1. 통지된 것이므로 제척기간이 지난 후에 이루어져 위법·부당하다.
가. (쟁점①, ②) 청구인은 아래와 같이 A사업장의 사업자등록 정정신고를 하지 않고 폐업한 후, 상당한 시일이 지난 2017.2.1. B, C사업장의 사업자등록 및 사업을 시작하였으므로 동일한 사업장이라고 볼 수 없다. 1) (A사업장) 2016.4.25. 쟁점소재지에 EE개발과 지분 비율 50:50으로 주택 신축판매업을 과세·면세 겸업 공동사업자로 등록(882-0*-00**8)을 하였다가 2016.8.17. EE개발이 공동사업에서 탈퇴하고 청구인 1인 사업으로 정정한 후 2016.9.30. 폐업하였다.
2. (B사업장) 2016.10.13. 개업일을 2017.2.1.로 사업장소재지를 ‘서울 AA구 BB동 630-14 CC팰리스 4층’로 하여 면세사업인 주택임대로 사업자등록(242 -*3-00**7)을 하였다가 2017.4.4. 건설업/주거용건물신축 및 건물신축업(과면세) 으로 업종을 정정한 후, 2017.4.10. 과세전환을 사유로 면세폐업(지)하였다. 3) (C사업장) 2017.4.10. 개업일을 2017.2.1.로, 사업장을 B사업장과 같이하여, 업종을 건설업/주거용건물신축 및 건물신축으로 하는 과세·면세 겸업사업자등록을 하였다. 나. (쟁점①, ②) 쟁점 건물을 신축과 관련하여 청구인이 A, B사업장 사업자 등록번호로 매입한 쟁점세액에 대한 경정청구는 청구기간이 경과한 후에 이루어졌으므로 이를 거부한 것은 정당하다. 1) 부가가치세법제49조【확정신고와 납부】에 따라 2016년 제1기와 제2기 과세기간의 확정신고 기한은 각 2016.7.25.과 2017.1.25.이며, 해당 과세기간에 대한 경정청구기한은 각각 그 신고기한 다음날로부터 5년인 2021.7.25.까지와 2022.1.25.까지이므로, 국세기본법제45조의2【경정 등의 청구】에 따라 법정 청구기한이 지난 2016년도분에 대한 경정청구를 거부한 것은 정당하다. 2) 다만, 2017년 제1기 과세기간에 대한 당초 신고분 매입세액 15,419,085원은 환급되지 않은 것으로 확인되므로 직권으로 경정(환급)할 예정이다. 다. (쟁점③) 쟁점 건물 중 오피스텔(주거용) 매출금액(쟁점매출누락금액)에 대한 매출 세금계산서를 발급하지 않아 미발급가산세를 적용한 것은 정당하다.
1. 청구인은 2017년 제1기 과세기간의 부가가치세 과세표준 확정신고 시 과세표준(매출)을 707,272,216원(공급가액, 세액 70,727,222원, 5매), 면세사업수입 금액 1,897,400,561원으로 신고하여, 쟁점매출누락금액을 신고누락 하였다.
2. 그리고, 청구인은 이 건 경정청구서에서 쟁점매출누락금액의 과세표준을 신고누락 하였다고 인정하였으나, 2017년 과세연도 종합소득세 과세표준확정신고 시에는 해당 금액을 사업소득 수입금액으로 신고하지 않았다.
3. 따라서 부가가치세법제60조【가산세】규정에 따라 부가가치세 확정 신고기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 쟁점매출누락금액에 대하여 세금 계산서미발급가산세 2%를 적용하여 경정한 것은 정당하다.
1. 쟁점①세액을 면세사업으로 전환한 이후, 다시 과면세사업으로 전환한 C사업장의 2017년 제1기 매입세액으로 공제받을 수 있는지
2. 쟁점②세액을 과면세사업인 주택·건물 분양사업 전환에 따라 C사업장의 2017년 제1기 매입세액으로 공제받을 수 있는지
3. 2017년 매출한 오피스텔(주거용) 매출에 따른 세금계산서미발급의 경우 의무불이행에 정당한 사유 등이 있어 가산세가 면제되어야 하는지
① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.
⑥ 제5항에 따라 등록한 사업자는 휴업 또는 폐업을 하거나 등록사항이 변경되면 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서에 따라 등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다.
⑩ 제1항부터 제9항까지에서 규정한 사항 외에 사업자등록, 사업자등록증 발급, 등록사항의 변경 및 등록의 말소 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 1-1) 부가가치세법 시행령 제11조 【사업자등록 신청과 사업자등록증 발급】
⑩ 소득세법 제168조 및 법인세법 제111조 에 따라 등록한 자로서 면세사업을 경영하는 자가 추가로 과세사업을 경영하려는 경우 제14조제1항을 준용하여 사업자등록 정정신고서를 제출하면 제1항 및 제2항에 따른 등록신청을 한 것으로 본다. 1-2) 부가가치세법 시행령 제14조【사업자등록 사항의 변경】
① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 세무서장(관할 세무서장 또는 그 밖의 세무서장 중 어느 한 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 따른 제출을 포함한다)하여야 한다.
국세기본법 제13조제1항 및 제2항에 따라 법인으로 보는 단체 외의 단체로서 기획재정부령으로 정하는 단체가 대표자를 변경하는 경우
3. 기획재정부령으로 정하는 사업의 종류에 변동이 있는 경우 2) 부가가치세법 제5조 【과세기간】
① 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 다음 각 호와 같다.
1. 간이과세자: 1월 1일부터 12월 31일까지
구분 과세기간 제1기 1월 1일부터 6월 30일까지 제2기 7월 1일부터 12월 31일까지 3) 부가가치세법 제49조 【확정신고와 납부】
① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우 제5조제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, (이하 생략) 4) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】 (2017.12.19. 법률 제15223호로 일부 개정되기 전의 것)
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, (이하 생략) 4-1) 부가가치세법 제43조 【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】 사업자는 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다. 4-2) 부가가치세법 시행령 제85조 【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세 사업 전환 시 매입세액 공제 특례】 (2017.12.19. 대통령령 제28475호로 일부 개정되기 전의 것)
① 사업자가 법 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 법 제43조에 따라 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.
공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업 등과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1- 5 × 경과된 과세기간의 수) 100
⑤ 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비할 때에는 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 작성하여 각 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 4-3) 부가가치세 집행기준 43-85-1【과세전환 감가상각자산의 매입세액 공제】 당초 면세사업에 사용 또는 소비되어 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업용으로 전환하여 사용 또는 소비하는 경우 당초 공제받지 못한 매입세액 중 일부를 매입세액으로 공제하는 것을 말한다. 4-4) 부가가치세 집행기준 43-85-2 【과세전환 감가상각자산의 매입세액 공제 요건】 면세사업용 감가상각자산을 과세사업용으로 전환함에 따른 매입세액을 공제받기 위해서는 다음의 요건을 모두 충족하여야 한다.
1. 면세사업에 사용하기 위한 자산에 해당하여 면세사업 관련 매입세액으로 불공제된 감가상각자산일 것
2. 해당 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간 이후에 과세사업에 전용하거나 과세사업과 면세사업에 겸용으로 사용 또는 소비할 것
3. 과세사업 또는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용․소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고시 ‘과세사업전환 감가상각자산신고서’에 의해 사업장 관할세무서장에게 신고할 것 4-5) 부가가치세 집행기준 43-85-4 비사업자 취득자산의 과세사업용 전환시 매입세액 공제 비사업자가 본인의 주거 목적으로 오피스텔을 취득하여 사용하다가 과세사업인 부동산 임대용으로 전환하는 경우 해당 오피스텔의 취득과 관련된 매입세액은 면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 전환시 공제되는 매입세액에 해당되지 아니한다. 가) 5) 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. <개정 2010.12.27, 2014.12.23, 2019.12.31>
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 나) 6) 국세기본법 제26조의2 【국세의 부과제척기간】
① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조제1항제1호 에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다. <개정 2019.12.31>
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다. <개정 2011.12.31, 2016.12.20, 2017.12.19, 2018.12.31, 2019.12.31, 2020.12.22, 2021.12.21, 2022.12.31>
3. 제45조의2제1항ㆍ제2항ㆍ제5항 및 제6항 또는 국제조세조정에 관한 법률 제19조제1항 및 제33조제2항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제20조제2항에 따른 조정권고가 있는 경우: 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월
4. 제3호에 따른 경정청구 또는 조정권고가 있는 경우 그 경정청구 또는 조정권고의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월 7) 부가가치세법 제60조 【가산세】 (2016.12.20. 법률 제14387호로 일부개정된 것)
② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다. <개정 2014.12.23, 2016.12.20>
2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트. 다만, 제32조제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하여야 할 의무가 있는 자가 전자세금계산서를 발급하지 아니하고 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기에 전자세금계산서 외의 세금계산서를 발급한 경우에는 그 공급가액의 1퍼센트로 한다.
⑥ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 제54조제1항에 따라 제출한 매출처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 사업자가 발급한 세금계산서에 따라 거래사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다. <개정 2016.12.20>
1. 제54조제1항 및 제3항에 따른 매출처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우에는 매출처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 부분에 대한 공급가액의 0.5퍼센트 다) 8) 국세기본법 제48조【가산세 감면 등】
① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 쟁점관련 다툼 없는 사실관계
(2) 또한, B, C사업장은 당초 사업장소재지가 쟁점소재지(○○구)가 아닌 AA구(BB동)였으며, C사업장은 2017.6.2. 쟁점소재지(○○구)로 소재지를 정정한 것으로 확인된다.
(3) 쟁점소재지의 부동산등기사항전부증명서에 따르면 당초 A사업장의 사업자등록 당시에 쟁점소재지 중 DD동 167-161(167-172 병합) 대지 238㎡는 청구인 소유, DD동 167-160(167-173 병합) 대지 241㎡는 EE개발 소유였는데, 2016.8.17. 청구인이 EE개발 소유의 대지를 매입한 것으로 확인된다.
2. 청구주장 관련 증빙자료 검토
(1) B사업장의 사업자등록증 사본과 민원서류 접수증에 따르면 청구인의 B사업장 사업자등록 신청일이 2016.10.13.이고, 개업연월일이 2017.2.1.로 확인 되며, A사업장의 폐업일은 2016.9.30.(폐업신청일은 2016.10.10.)이므로 처분청의 청구인이 A사업장 폐업 후 상당한 시일이 지난 후인 2017.2.1. B사업장을 시작 하였다는 주장은 사실과 다르다. (2) C사업장의 사업자등록증 사본에는 개업연월일이 2017.2.1.로 되어 있고 발급일이 2017.6.9.로 되어 있으나, 사업자등록증명원에 따르면 사업자등록일이 2017.4.10.로 되어 있으며, 국세청 전산자료에서도 사업자등록신청일이 2017.4.10.로 확인된다.
3. 처분청 의견 관련 제출된 증빙자료 검토 가) A, B, C사업장의 세적변경이력은 다음 <표8>과 같으며, 해당 세적변경 이력을 근거로 A, B, C사업장을 동일한 사업장으로 볼 수 없다고 주장한다.
1. 쟁점① 세액을 면세사업으로 전환한 이후, 다시 과면세사업으로 전환한 C사업장의 2017년 제1기 매입세액으로 공제받을 수 있는지
(1) 국세기본법제45조의2【경정 등의 청구】제1항에는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자가 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하여 신고한 경우에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있다고 규정되어 있다. (2) 부가가치세법제5조 및 제49조에 따르면 부가가치세법상 과세기간은 제1기와 제2기로 나뉘는데, 각 과세기간의 부가가치세 신고기한은 7월 25일과 1월 25일까지이다.
(3) 따라서 2016년 제1기와 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 경정청구 기한은 각 과세기간의 신고기한인 2016.7.25.과 2017.1.25.의 다음 날부터 5년이 되는 때인 각 2021.7.25.과 2022.1.25.까지가 된다. 나) 쟁점①세액을 C사업장의 2017년 제1기 매입세액으로 공제받을 수 있는 지에 대한 판단 (1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점①세액은 C사업장의 매입세액으로 공제받아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. (가) 청구인은 쟁점①세액이 감가상각자산에 대한 매입세액이고 해당 감가 상각자산을 2017년 제1기 과세기간에 C사업장에서 사용하였기 때문에 2017년 제1기 과세기간에 대한 매입세액으로 공제를 받을 수 있고, 이 건 경정청구가 2017년 제1기 과세기간에 대한 경정청구 기한 내에 이루어졌으므로 공제되어야 한다고 주장한다. (나) 그러나, 쟁점①세액은 A사업장이 해당 세금계산서를 수취할 당시 부터 부가가치법상 과면세 겸업사업장으로 사업자등록이 되어 있어 매입 세액 공제가 가능했으므로, 2016년 제1기와 제2기 과세기간에 공제받지 않은 매입세액은 A사업장에서 해당 과세기간의 매입세액으로 공제를 받았어야 한다. (나) 그리고, 설령 A사업장과 C사업장이 같은 사업장이라고 할지라도 쟁점①세액을 A사업장의 2016년 제1기·제2기 매입세액으로 공제받아야 한다는 사실은 달라지지 않는다. (다) 한편, 납세자가 공제가 가능한 매입세액을 공제받지 않아 세액을 과다하게 납부한 데 따른 경정청구는 해당 과세기간의 부가가치세 과세표준확정신고 기한으로부터 5년 이내까지 가능한데, 청구인은 쟁점①세액에 대한 경정청구 기한인 2021.7.25.과 2022.1.25.이 경과한 2022.5.31. 이 건 경정청구를 한 것으로 확인된다. (2) 따라서, 처분청이 쟁점①세액에 대한 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 2) 쟁점②세액을 과면세사업인 주택·건물 분양사업 전환에 따라 C사업장의 2017년 제1기 매입세액으로 공제받을 수 있는지
(2) 따라서, 처분청이 쟁점②세액 에 대한 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
3. 2017년 매출한 오피스텔(주거용) 매출에 따른 세금계산서미발급의 경우 의무불이행에 정당한 사유 등이 있어 가산세가 면제되어야 하는지
(1) 구 부가가치세법제60조【가산세】(2016.12.20. 법률 제14387호로 일부개정된 것)제2항제2호에는 “제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한 까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트”를 납부세액에 더한다고 규정되어 있다. (2) 구 국세기본법제48조【가산세 감면 등】(2017.12.19. 법률 제15220호로 일부개정되기 전의 것)제1항에는 “정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.”라고 규정되어 있다. (3) 법원은 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하며(대법원 1999.9.17. 선고 98두16705 판결, 대법원 1999.12.28. 선고 98두3532 판결 등 참조), 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없는 것이 지만, 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세 의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2013.6.27. 선고 2011두17776 판결, 대법원 2021.1.28. 선고 2020두44725 판결 등 참조)고 판단하고 있다.
(1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 청구인에게 세금계산서발급의무불이행에 대한 정당한 사유가 있거나, 가산세 적용이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (가) 청구인은 조세심판원 등이 2017.12.20. 조세심판원의 조세심판관합동 회의로 오피스텔 공급이 부가가치세 과세대상이라는 것이 명확하게 밝혀지기 전에 공급된 거래에 대하여, 오피스텔 공급의 부가가치세 과세여부에 해석상 견해 대립이 있었다는 이유로, 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 판단(조심 2021인2251, 2021.12.2.)한 바가 있으므로 동일한 유형인 청구인 에게도 가산세가 면제되어야 한다고 주장한다. (나) 그런데, 조세심판원이 2017년 조세심판관합동회의 결정이 있기 전 까지는 전반적으로 오피스텔의 공급에 대하여 부가가치세 면제대상이라고 판단한 사실은 인정되나, 이와 같은 조세심판원의 결정이 있어왔다는 사정만으로 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있었다고 인정할 수 있는 정도에 이르렀다고 보기는 어렵다. (다) 왜냐하면, 조세심판원과 달리 과세관청인 기획재정부와 국세청은 질의회신 등을 통해 일관되게 오피스텔의 공급에 대해서는 부가가치세가 과세 된다는 취지로 공적 견해를 계속하여 표명하여 왔기 때문이다. (라) 그리고, 법원도 과세관청의 견해표명 등을 들어 오피스텔 등의 공급에 대한 부가가치세 신고․납부할 것을 기대하는 것이 무리라거나 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 결정한바 있는데(인천지방 법원 2021구합55016, 2022.2.17.), 청구인은 부가가치세 과세대상인 쟁점매출누락 금액(741백만원)에 대한 세금계산서를 발급하지 않은 것으로 확인된다. (마) 한편, 청구인은 이 건 부가가치세에 대한 경정결정이 2017년 제1기 과세기간의 국세부과 제척기간(2022.7.25.)이 지난 2022.8.1. 이루어져 위법하다고 주장하나, 처분청의 경정결정은 청구인의 경정청구에 대하여 이루어진 것으로 경정청구에 따른 매입세액공제와 매출세액 증가 및 그와 관련하여 쟁점매출 누락금액에 대하여 세금계산서미발급가산세를 적용하여 경정하는 것은 하나의 처분으로 제척기간의 특례가 적용되는 것으로 보아야 하고, 만일 청구주장의 논리라면 매입세액을 추가로 공제하는 것도 제척기간이 경과하여 한 부당한 경정결정이 되는 점에 비추어 볼 때 타당하지 않아 보인다.
(2) 따라서 처분청이 쟁점매출누락금액에 대한 세금계산서미발급가산세를 적용하여 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제65조제1항 제2호 및 3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다. 1) 사업장별로는 A사업장(’16.1·2기) 239백만원, B사업장(’16.2기) 671백만원 2) 청구인은 대리인을 통해 폐업신고를 하였으며 대리인은 홈택스를 이용하여 2016.10.10. A사업장의 폐업신고(폐업일 2016.9.30.)를 하였음
결정 내용은 붙임과 같습니다.