조세심판원 심사청구 부가가치세

쟁점세금계산서를 용역의 공급시기 후에 발급된 세금계산서로 보아 매입세액불공제할 수 있는지 여부

사건번호 심사-부가-2021-0055 선고일 2021.11.18

부가가치세법상 용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료된 때이며, 쟁점용역의 경우 건축설계용역으로서 공급시기를 건축허가일로 봄이 타당함

주 문

○○○세무서장이 청구인에게 한 부가가치세 환급 거부처분 중,

1. 2020년 제1기 환급 거부처분에 대하여는 불복청구 기간이 경과하여 【각하】결정하고,

2. 2021년 제1기 환급 거부처분에 대하여는【기각】결정합니다.

1. 처분 내용
  • 가. 청구인은 2014.

8.

7. 주식회사 ◇◇◇건축사사무소(이하 “◇◇◇”이라 한다)와 ○○ ○○ 택지개발지구 7-5BL 구역 내 재활요양병원의 신축(이하 “쟁점공사”라 한다)과 관련하여, 계약금액 7억원(부가가치세 별도)의 설계용역(이하 “쟁점용역”이라 한다) 계약을 체결하고, 2016. 10월 설계 변경 등의 사유로 공급가액 85백만원의 추가용역(쟁점용역과 추가용역을 합쳐 “쟁점용역 등”이라 한다) 계약을 체결하였다.

  • 나. 청구인은 ◇◇◇의 용역수행 중 중대한 귀책사유가 있음을 이유로 2016. 11월경까지 계약금액 중 105백만원(부가가치세 별도)만 지급하였고, 이러한 상태에서 2016.

12.

30. ○○시청으로부터 건축허가를 받았다.

  • 다. ◇◇◇은 청구인이 나머지 용역대금을 지급하지 않는다는 이유로 2017.

10.

26. ○○지방법원에 소송을 제기하였고,

○○지방법원에서는 2019.

8.

10. 청구인이 ◇◇◇에 미지급 설계용역비 748백만원을 지급하라는 화해권고결정을 하였다.

  • 라. 이에 따라 청구인은 ◇◇◇에 2019.

10.

24. 300백만원, 2020.

5.

22. 50백만원, 2021.

4.

23. 440백만원을 지급하였고, ◇◇◇은 이에 대한 세금계산서를 2020.

1.

2. 300백만원(부가가치세 포함, 이하 “쟁점1세금계산서”라 한다), 2021.

4.

26. 490백만원(부가가치세 포함, 이하 “쟁점2세금계산서”라 한다)을 발급하였으며, 청구인은 위 세금계산서를 수취하여 2020년 제1기와 2021년 제1기 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제하여 환급신청 하였다.

  • 마. 처분청은 건축허가일인 2016.

12. 30.을 쟁점용역 등의 공급시기로 보아, 쟁점1・2세금계산서 상 매입세액을 불공제한 금액으로 청구인에게 국세환급금 통지서를 발송하였는데, 2020년 제1기분에 대한 국세환급금 통지서는 2020.

9.

8. 송달되었고, 2021년 제1기분에 대한 국세환급금 통지서는 2021.

7.

29. 송달되었다.

  • 바. 청구인은 이에 불복하여 2021.

10.

2. 청구 주장

부가가치세법상 재화나 용역의 공급시기는 공급자와 공급받는자를 달리 볼 것이 아님에도, 분쟁이 발생하여 법원의 화해권고결정에 따라 세금계산서를 발급・수취한 건에 대해, 세금계산서를 발급한 ◇◇◇에 대해서는 공급시기를 그대로 인정하여 주고, 세금계산서를 수취한 청구인에 대해서만 공급시기를 부인하여 환급을 거부한 처분은 부당하다. 이처럼, 공급자와 공급받는자의 공급시기는 일치하여야 하므로 청구인이 당초 환급신청한 부가가치세 72백만원을 환급하여 달라.

3. 처분청 의견
  • 가. 2020년 제1기에 대한 심사청구는 불복청구 기간이 경과하여 ‘각하’ 대상이다. 처분청이 청구인의 2020년 제1기분 부가가치세 신고내용에 대해 신고 적정 여부를 검토한 결과, 쟁점1세금계산서가 용역의 공급시기 후에 발급된 사실이 확인되어, 관련 매입세액 27백만원을 불공제하여 2020.

9.

4. 청구인에게 국세환급금 통지서를 발송하였고, 청구인에게 2020.

9.

8. 송달되었음이 확인된다. 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 하여야 하므로 청구인의 경우 2020.

9. 8.부터 90일에 해당하는 날인 2020.

12. 7.까지는 심사청구를 제기하였어야 하나, 위 기간이 경과한 2021.

10. 7.에서야 심사청구를 제기하였다. 그러므로 이는 청구기간이 경과한 부적합한 청구에 해당하여 ‘각하’ 대상이다.

  • 나. 쟁점2세금계산서는 공급시기 후에 발급된 것으로 매입세액불공제 대상이다. 청구인은 쟁점2세금계산서가 ○○지방법원의 화해권고결정에 따라 발급된 것으로 공급시기에 오류가 없음을 주장하고 있으나, 부가가치세법상 용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료된 때이며, 쟁점용역 등의 경우 건축설계용역으로서 공급시기를 건축허가일인 2016.

12. 30.로 봄이 상당하고, 한 발 양보하여 청구인이 제시한 관련 판례 등을 그대로 인정하여 ○○지방법원의 화해권고결정일인 2019.

8. 10.을 공급시기로 본다 하더라도, 쟁점2세금계산서는 당해 과세기간이 지난 2021.

4.

26. 발급되었으므로 매입세액공제 대상이 아닌 것에는 변함이 없다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

○ 쟁점1・2세금계산서를 용역의 공급시기 후에 발급된 세금계산서로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부

  • 나. 관련 법령 1) 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】

① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 1-1) 부가가치세법 시행령 제29조 【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】

② 법 제16조제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 2) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(괄호 생략)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 3) 부가가치세법 제34조 【세금계산서 발급시기】

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 4) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 5) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

  • 다. 사실관계

1. (사실관계 요약)

2. (사업자 기본사항) 국세청 전산자료에서 확인되는 청구인(□□)과 ◇◇◇의 사업자등록 내용은 아래와 같다.

3. (쟁점용역 계약 체결) 청구인은 ○○ ○○ 택지개발지구 내의 1,998㎡ 대지 위에 지하 3층, 지상 8층의 재활요양병원을 짓고자, 2014.

8.

7. ◇◇◇과 쟁점용역 계약을 체결하였는데, 총 계약금액은 7억원(부가가치세 별도)이며, 설계용역 계약서의 일부를 발췌하면 아래와 같다.

4. (추가용역 계약 체결) ◇◇◇은 쟁점공사와 관련한 설계 변경 등의 사유가 발생한 데 대해 청구인에게 견적가 94백만원(부가기치세 포함)의 견적서를 제출하였고, 이에 따라 2016. 10월 청구인과 ◇◇◇ 간에 (추가)용역계약서를 작성하였는바, (추가)용역계약서의 일부를 발췌하면 아래와 같다.

5. (용역대금 일부 지급) 청구인은 쟁점공사와 관련하여 사업자등록을 하지 않다가, 2019.

10.

2. “□□”이라는 상호로 사업자등록을 하였는데, 그 결과 ◇◇◇은 쟁점용역계약 체결일부터 2016년 12월까지 청구인의 주민등록번호로 세금계산서를 발급하였는바 그 내역은 아래와 같고, 청구인은 이 중 116백만원(부가가치세 포함, 공급가액 105,454,545원)을 ◇◇◇에 지급하였음이 ○○지방법원 화해권고결정문(○○○○가합○○○○○, 2019.

8. 10)에 의해 확인된다. 〈 세금계산서 발급내역, 청구인 주민등록분 〉

6. (건축허가 및 착공신고) 2019.

1.

30. ○○시장이 발급한 “착공신고필증” 상 건축허가 일자는 2016.

12. 30.로 확인되며, “착공신고필증”의 내용을 일부 발췌하면 아래와 같다.

7. (◇◇◇ 소제기 ⇁ 법원의 화해권고결정) ◇◇◇은 청구인이 용역대금 중 일부만 지급하고, 나머지 용역대금을 지급하지 않는다는 이유로 2017.

10.

26. ○○지방법원에 소송(사건명: 용역비)을 제기하였고,

○○지방법원에서는 2019.

8.

10. 청구인이 ◇◇◇에 747,500,000원을 2019.

8. 31.까지 지급하라는 화해권고결정을 하였는바, 일부를 발췌하면 아래와 같다.

8. (용역대금 지급 및 세금계산서 발급) 앞에서 본 법원 결정문에 따라 청구인은 ◇◇◇에게 2019.

10.

24. 300백만원, 2020.

5.

22. 50백만원, 2021.

4.

23. 440백만원, 총 790백만원의 용역대금을 지급하였고, ◇◇◇은 청구인에게 2020.

1.

2. 300백만원(공급대가), 2021.

4.

26. 490백만원(공급대가)의 세금계산서를 발급하였다. 용역대금 지급 및 세금계산서 발급내역을 정리하면 아래와 같다.

9. (부가가치세 환급 검토) 처분청은 청구인이 2020년 제1기와 2021년 제1기에 대해 부가가치세 환급신고를 한 데 대해, 쟁점1・2세금계산서가 용역의 공급시기 후에 발급된 세금계산서로 판단하였고, 2021년 제1기 부가가치세 환급신고 시에는 2021.

7. 1.부021.

7. 10.까지 현장확인을 실시하였는바, “현장확인종결 보고서” 중 “현장확인 내용”의 일부를 발췌하면 아래와 같다.

10. (부가가치세 경정) 처분청은 각각의 부가가치세 환급 검토 내용에 따라, 청구인이 신고한 2020년 제1기 부가가치세 환급금에 대하여는, 신고환급세액 33백만원 중 쟁점1세금계산서 상 매입세액 27백만원을 불공제하고 관련 가산세 3백만원을 제외한 3백만원을 환급결정하여, 2020.

9.

8. 국세환급금 통지서를 청구인에게 송달하였으며, 2021년 제2기 부가가치세 환급금에 대하여는, 신고환급세액 55백만원 중 쟁점2세금계산서 상 매입세액 45백만원을 불공제하고 관련 가산세 4백만원을 제외한 6백만원을 환급결정하여, 2021.

7.

29. 국세환급금 통지서를 청구인에게 송달하였다. 부가가치세 경정내용을 정리하면 아래와 같다.

11. (거래처에 대한 과세자료 통보) 처분청은 청구인의 2020년 제1기 부가가치세 환급신고에 대해 쟁점1세금계산서 상의 매입세액을 불공제하고, 2020.

9.

7. 거래상대방인 ◇◇◇에 대한 과세자료를 통보하였음이 국세청 전산자료에서 확인된다. 처분청은 청구인의 2021년 제1기분에 대한 환급 현장확인 시에도 ◇◇◇에 대한 과세자료를 통보하려 하였으나, 2020.

9.

7. 2020년 제1기에 대한 환급 현장확인 시 이미 과세자료가 통보되어 있음을 확인하고 별도의 통보는 하지 않은 사실이 “부가가치세 환급 현장확인”보고서에 의해 확인된다. 이와 관련된 “부가가치세 환급 현장확인” 보고서의 내용은 아래와 같다. 청구인은 세금계산서를 발급한 ◇◇◇에 대해서는 공급시기를 그대로 인정하여 주고 세금계산서를 수취한 청구인에 대해서만 공급시기를 부인하는 것은 부당하다고 주장하고 있는데, 국세청 전산자료를 조회한바, 2020.

9.

7. ◇◇◇의 관할서인 ☆☆세무서에 쟁점용역과 관련된 과세자료가 통보되었고, ☆☆세무서에서는 아직 자료를 처리하지 않아 “미처리” 상태로 남아 있음이 확인된다.

  • 라. 판단

1. 관련 법리 부가가치세법 제16조 제1항 은 ‘역무의 제공이 완료되는 때’ 등을 용역의 공급시기로 정하고 있는바, 여기에서 ‘역무의 제공이 완료되는 때’란 거래사업자 사이의 계약에 따른 역무제공의 범위와 계약조건 등을 고려하여 역무의 제공사실을 가장 확실하게 확인할 수 있는 시점, 즉 역무가 현실적으로 제공됨으로써 역무를 제공받는 자가 역무제공의 산출물을 사용할 수 있는 상태에 놓이게 된 시점을 말한다(대법원 2015. 6. 11. 선고 2013두22291 판결 등 참조) 할 것이고, 부가가치세법 상의 과세사업을 영위하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 공급시기에 세금계산서를 발급하지 아니하고, 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 경과 후에 세금계산서를 발급하는 경우 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 에 따라 당해 세금계산서의 매입세액은 공급받은 자의 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이다.

2. 쟁점1・2세금계산서를 용역의 공급시기 후에 발급된 세금계산서로 보아 매입세액불공제할 수 있는지에 대한 판단

  • 가) 먼저, 2020년 제1기 부가가치세 환급 거부처분에 대한 이 건 심사청구가 적법한 청구인지에 대해 본다. 국세기본법 제55조 제1항 에서 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 하고, 같은 법 제61조 제1항에서 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하도록 규정하고 있다. 처분청은 청구인의 2020년 제1기 부가가치세 환급신고에 대해 쟁점1세금계산서 상의 매입세액을 불공제한 후, 2020.

9.

4. 청구인에게 국세환급금 통지서를 발송하였고, 청구인이 이를 2020.

9.

8. 송달받았음이 등기우편물 수령증에 의해 확인된다. 이처럼, 국세환급금 통지서가 2020.

9.

8. 송달되었으므로 청구인은 이날로부터 90일이 되는 2020.

12. 7.까지 심사청구를 제기하였어야 하나, 2021.

10.

7. 이 건 심사청구를 제기하였으므로 이 건 청구는 청구기간이 경과한 부적합한 청구에 해당한다.

  • 나) 그리고, 2021년 제1기 부가가치세 환급 거부처분에 대해 살펴보면, 앞서 본 법리와 사실관계 및 아래와 같은 이유로 쟁점2세금계산서 상 매입세액을 공제대상으로 인정하기는 어렵다.

① 청구인과 ◇◇◇ 간에 쟁점공사와 관련한 분쟁이 있기는 하였으나, 추가용역계약을 체결한 후 실시도면 등을 수정하여 2016.

12.

30. 건축허가를 받았고, 2019.

1. 30.에는 착공일자를 2018.

12. 27.로 하여 착공신고필증을 교부받았다.

② ◇◇◇이 제기한 용역비에 대한 소송(○○지방법원○○○○가○○○○○) 화해권고결정문에서도 2016.

12.

30. 현재 쟁점용역 등의 제공이 완료되었음을 인정하고 있고, 청구인도 당해 결정문에 따라 ◇◇◇에게 용역대금을 지급하였다.

③ 청구인은 세금계산서를 발급한 ◇◇◇에 대해서는 공급시기를 인정하여 주고, 세금계산서를 수취한 청구인에 대해서만 공급시기를 부인하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 처분청은 쟁점용역과 관련된 과세자료를 ◇◇◇ 관할서에 통보하였고, 관할서에서 아직 과세자료 처리를 하지 않은 상태에 있으므로 청구인의 주장처럼 ◇◇◇에 대해 공급시기를 인정하여 준 것은 아니다.

④ 청구인은 이 건 청구 시 ‘법원의 확정 판결일’을 용역의 공급시기로 본 판례 등을 여러 건 제출하였는데, 이 건과 관련하여 청구인의 주장처럼 ○○지방법원의 화해권고결정일인 2019.

8. 10.을 공급시기로 본다 하더라도 쟁점2세금계산서는 2021.

4.

26. 발급된 건으로서 당해 매입세액은 불공제매입세액에 해당한다

  • 다) 위 내용을 종합하여 보면, 2020년 제1기 환급 거부처분은 불복청구 기간이 경과하여 심리대상에 해당하지 아니하고, 2021년 제2기 환급 거부처분은 쟁점2세금계산서가 용역의 공급시기 후에 발급되어 불공제매입세액에 해당하므로 처분청의 이 건 처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)