제3자에 대한 대법원 전원합의체 판결로 변경된 판례입장에 따라 민사판결이 선고된 경우 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않음

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 실내건축 공사업, 시설물유지 및 관리보수업 등을 목적으로 2011. 11. 9. 설립된 비상장법인이다. 청구법인은 ○○ ○○구 ○○동 0000-0 대 000.0㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 지상 9층 규모 오피스텔 신축사업의 시행자이다.
• 나. 청구법인은 위 신축사업의 공사비용 등을 마련하기 위하여 2013. 9. 16. XX부동산신탁 주식회사(이하 “XX부동산신탁”이라 한다)와 사이에 쟁점토지에 관하여 우선수익자를 ○○시YY신용협동조합(이하 “YY신협”이라 한다)으로 하는 부동산담보신탁계약을 체결하였다. YY신협은 2013. 9. 16. XX부동산신탁으로부터 증서금액 2,600,000,000원의 수익권증서를 발행·교부받고, 청구법인에 2013. 9. 16. 1,200,000,000원, 2013. 11. 6. 700,000,000원 합계 2,000,000,000원을 대출하였다.
• 다. 청구법인은 2014. 1.경 위 오피스텔 신축공사를 완공하고 2014. 2. 23. 이에 관한 사용승인을 받아 2014. 4. 4. 그 소유권보존등기를 마쳤다(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 통칭하여 “쟁점부동산”이라 한다). 이에 따라 청구법인은 2014. 3. XX부동산신탁과 사이에 쟁점건물에 관하여 우선수익자를 YY신협으로 하는 부동산담보신탁계약(최초의 부동산담보신탁계약과 통칭하여 “쟁점신탁계약”이라 한다)을 추가로 체결하였고, XX부동산신탁은 2014. 4. 4. YY신협에 증서금액 2,600,000,000원의 수익권증서를 발행·교부하였다.
• 라. 청구법인이 YY신협에 대한 대출원리금채무 변제를 지체하자 YY신협은 2014. 8. 1. XX부동산신탁에 신탁재산인 쟁점부동산의 환가를 요청하였다. XX부동산신탁은 공매절차를 통하여 2014. 8. 20. 쟁점부동산을 ZZ산업 주식회사(이하 “ZZ산업”이라 한다)에 합계 2,690,718,777원[= 매매대금 2,584,000,000원 + 쟁점건물에 대한 부가가치세 106,718,777원]에 매도하고(이하 “쟁점매매계약”이라 한다), 2014. 8. 21. 그 소유권이전등기를 마쳐주었다. 쟁점건물 중 주거전용면적 00㎡ 이하의 호실에 대하여는 부가가치세 면제
• 마. XX부동산신탁은 위 계약에 따라 ZZ산업으로부터 2,690,718,777원을 수령한 후, 쟁점건물에 대한 부가가치세 납세의무는 우선수익자인 YY신협과 위탁자인 청구법인이 우선수익권이 미치는 범위에 따라 안분하여 부담한다고 판단하고, ① YY신협에 2,154,425,917원[= 매매대금 중 2,067,894,680원 + 부가가치세 안분액 86,531,237원(이하 “쟁점부가가치세액”이라 한다)], ② 청구법인에 502,640,640원(= 매매대금 중 482,453,100원 + 부가가치세 안분액 20,187,540원)을 각 지급하기로 결정하였다. (단위: 원) 매매대금 부가가치세 합계 YY신협 2,067,894,680(81.08%) 86,531,237(81.08%) 2,154,425,917 청구법인 482,453,100(18.92%) 20,187,540(18.92%) 502,640,640 합계 2,550,347,780(100%) 106,718,777(100%) 2,657,066,557 XX부동산신탁은 YY신협에는 위 돈을 모두 지급하였으나, 청구법인에 지급할 매매대금 중 482,453,100원은 공탁하고, 부가가치세 안분액 20,187,540원을 포함한 23,191,540원은 유보금으로 남겨두었다.
• 바. 청구법인은 2014. 8. 26. ① YY신협에 공급가액 865,312,370원, 부가가치세 86,531,237원의 전자세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를, ② ZZ산업에 공급가액 201,875,400원, 부가가치세 20,187,540원의 전자세금계산서를 각 발행하고 위 부가가치세를 모두 납부하였다. YY신협은 2014. 8. 26. ZZ산업에 공급가액 865,312,370원, 부가가치세 86,531,237원의 전자세금계산서를 발행하고 2014년 제2기 부가가치세를 신고·납부하였다.
• 사. 대법원은 제3자가 과세관청을 상대로 제기한 부가가치세부과처분취소 사건에서, 신탁재산의 공급에 따른 부가가치세의 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 그 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 보아야 한다고 판시하면서, 부가가치세 납세의무자는 신탁재산 처분 등으로 발생한 이익과 비용이 최종적으로 귀속되는 신탁계약의 위탁자 또는 수익자가 되어야 한다는 기존 대법원 판결의 입장을 변경하였다(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결, 이하 “2017년 전원합의체 판결”이라 한다).
• 아. 청구법인은 2018. 10. 17. YY신협을 상대로, 쟁점부가가치세액 상당액은 원래 쟁점세금계산서를 발행할 당시의 대법원 판례 법리에 따라 그 납세의무자인 청구법인에게 귀속되어야 할 금원이라는 등의 이유로 위 금액 및 이에 대한 지연손해금의 지급을 구하는 손해배상청구소송을 제기하였다. 신탁재산의 관리·처분 등에 있어서의 부가가치세 납세의무자는 원칙적으로 위탁자이나, 신탁수익이 우선적으로 수익자에게 귀속하게 되어 있는 타익신탁의 경우에는 수익자가 납세의무자(대법원 2003. 4. 25. 선고 99다59290 판결 등) 청구법인은 2019. 9. 25. ○○지방법원 ○○지원(2018가단000000)으로부터 청구기각 판결을, 2020. 9. 18. ○○지방법원(2019나00000)으로부터 항소기각 판결(이하 “관련민사판결”이라 한다)을 각 선고받은 뒤 상고하였다가 2020. 10. 26. 상고를 취하하여 2020. 10. 6. 항소심 판결이 확정되었다. 위 관련민사판결에서 법원은, 2017년 전원합의체 판결에 따라 쟁점건물 매각에 따른 부가가치세의 납세의무자는 수탁자인 XX부동산신탁이고, 설령 종래의 판례이론이 적용된다고 하더라도 쟁점부가가치세액의 납세의무자는 수익자인 YY신협이 된다는 이유로 청구법인에 대하여 청구기각, 항소기각 판결을 각 선고하였다.
• 자. 청구법인은 대법원 2017년 전원합의체 판결로 판례변경이 이루어졌고 그 변경된 법리에 따라 위 관련민사판결이 2020. 10. 26. 확정되었다는 이유로 2021. 1. 18. 처분청에 쟁점부가가치세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2021. 3. 15. 대법원 판례 변경에 따른 관련민사판결 선고는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다는 이유로 경정청구 거부처분을 하였다.
• 차. 청구법인은 이에 불복하여 2021. 5. 4. 이 건 심사청구를 제기하였다. 2013.9. 2014.3. 2014.8. 2014.10. 2017.5.18. 2020.10.26. 2021.1.18. 2021.3.15. △ △ △ △ ▲ ▼·YY신협 대출·쟁점부동산 담보신탁·쟁점부동산 공매·부가가치세 신고 (쟁점세액 포함) 2017년 전원합의체 판결 선고 (판례변경) 관련민사사건 상고취하 (2020.10.6. 항소심 판결 확정) 경정청구 경정청구 거부처분

• 가. 2017년 전원합의체 판결에 의하면 쟁점부동산 처분(공급)에 따른 부가가치세 납세의무자는 위탁자인 청구법인이 아니라 수탁자인 XX부동산신탁이다. 판례변경 이전에 이루어진 쟁점세금계산서 발행 및 그에 따른 부가가치세 신고에 대하여도 2017년 전원합의체 판결에 따른 법리가 그대로 적용되어야 한다.
• 나. 관련민사판결은 위 2017년 전원합의체 판결 법리에 따라 쟁점부동산 공매로 인한 부가가치세 납세의무자가 수탁자인 XX부동산신탁이라고 판단하였고, 위 민사판결이 2020. 10. 26. 확정되었다. 따라서 이는 후발적 경정청구 사유에 해당하고 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법·부당하다.

• 가. 국세기본법 제45조의2 제2항 의 후발적 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유를 이유로 하는 것이므로 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부나 그 법률효과가 달라지는 경우 등의 사유는 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호 가 정한 후발적 사유에 포함될 수 있지만, 법령에 대한 해석이 최초의 신고·결정 또는 경정 당시와 달라졌다는 사유는 여기에 포함되지 않는다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두28254 판결 등 참조).
• 나. 2017년 전원합의체 판결로써 법령에 대한 해석이 최초의 신고 당시와 달라졌다는 사유는 청구법인의 2014년 제2기 부가가치세에 대한 후발적 경정청구 사유가 될 수 없으며, 청구법인에는 ‘최초 신고에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정’된 사정이나 이와 유사한 사유가 존재하지 않는다. 기획재정부(부가가치세제과-447, 2017.9.1.) 역시 ‘수탁자가 위탁받은 신탁재산을 매각하는 경우 부가가치세법 제3조 에 따른 납세의무자는 수탁자이고, 이는 2017. 9. 1. 이후 공급하는 분부터 적용한다’는 입장인 바, 처분청의 경정청구 거부처분은 적법·타당하다.

• 가. 쟁점 제3자에 대한 대법원 전원합의체 판결로 변경된 판례입장에 따라 민사판결이 선고된 경우 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 1-1) 국세기본법 시행령 제25조의2 【후발적 사유】 법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우 2) 부가가치세법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다. 3) 부가가치세법 제3조 【납세의무자】(2020. 12. 22. 법률 제17653호로 개정되기 전의 것) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

4) 부가가치세법 제4조 【과세대상】 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 5) 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 6) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 “전자세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

• 다. 사실관계

1. 관련민사판결에 의하여 인정된 사실관계

• 가) (토지담보신탁) 청구법인은 쟁점토지 지상 오피스텔 신축사업의 공사비용 등을 마련하기 위하여 2013. 9. 16. XX부동산신탁과 사이에 쟁점토지에 관하여 우선수익자를 YY신협으로 하는 부동산담보신탁계약을 체결하였다. YY신협은 2013. 9. 16. XX부동산신탁으로부터 증서금액 2,600,000,000원의 수익권증서를 발행·교부받고, 청구법인에 2013. 9. 16. 1,200,000,000원, 2013. 11. 6. 700,000,000원 합계 2,000,000,000원을 대출하였다.
• 나) (건물담보신탁) 청구법인은 2014. 1.경 쟁점건물 신축공사를 완공하고 2014. 4. 4. 그 소유권보존등기를 마친 뒤, 2014. 3. XX부동산신탁과 사이에 쟁점건물에 관하여 우선수익자를 YY신협으로 하는 부동산담보신탁계약을 추가로 체결하였고, XX부동산신탁은 2014. 4. 4. YY신협에 증서금액 2,600,000,000원의 수익권증서를 발행·교부하였다. 부동산담보신탁계약서 위탁자 청구법인은 별첨1 기재의 부동산(이하 “신탁부동산”이라 함, 쟁점건물)을 XX부동산신탁주식회사(이하 “수탁자”라 함)에 신탁하고 수탁자는 이를 인수함에 있어 다음과 같이 부동산담보신탁계약(이하 “신탁계약”이라 함)을 체결한다. 제1조 (신탁목적) 이 신탁은 신탁부동산의 소유권 관리와 위탁자(채무자가 따로 있는 경우에는 이를 포함한다. 이하 같다)가 부담하는 채무 내지는 책임의 이행을 보장하기 위하여 수탁자가 신탁부동산을 보전·관리하고 채무불이행시 환가·정산하는데 그 목적이 있다. 제2조 (신탁기간)

① 신탁기간은 별첨 2의1 (2013년 9월 일부터 채무변제 완료시까지) 과 같이하며, 위탁자는 신탁기간 종료전에 수탁자와 협의하여 그 기간을 연장할 수 있다.

② 제1항의 신탁기간 종료전에 우선수익자의 요청 등에 의하여 신탁부동산을 처분한 경우에는 매수인에게 소유권이전등기를 마친 때에 이 신탁계약이 종료되는 것으로 본다. 제3조 (수익자)

① 이 신탁계약에서 수익자는 별첨2의2 (아래 표) 와 같이한다.

순위 신탁원본의 우선수익자 1순위 성명(상호)

○○시YY신용협동조합 법인등록번호(사업자등록번호) 주소(사업장소재지) 신탁원본 및 신탁수익의 수익자 성명(상호) 청구법인 법인등록번호(사업자등록번호) 주소(사업장소재지) 제4조 (신탁의 원본) 신탁의 원본은 신탁부동산 또는 그 물상대위로 취득한 재산, 수탁자가 임대인으로서 취득·보관하는 임대차보증금, 신탁부동산의 처분대금 및 처분절차와 관련하여 발생되는 위약금 등, 신탁재산에 속하는 금전의 운용에 의하여 발생한 이익, 기타 이에 준하는 것으로 한다. 제5조 (신탁의 수익) 신탁의 수익은 신탁부동산으로부터 발생하는 임대료 등 기타 이에 준하는 것으로 한다. 제6조 (수익권증서)

① 수탁자는 위탁자 또는 우선수익자의 요청이 있는 경우에 이 신탁계약을 증명하기 위한 수익권증서를 발행하여 교부할 수 있다.

② 수탁자는 신탁부동산에 대한 신탁등기 및 보험가입을 완료한 후에 신탁부동산 가격 내에서 수익권증서를 발행한다. 제7조 (우선수익자의 우선권)

① 우선수익자가 갖는 수익권의 범위는 수탁자가 발행한 수익권증서를 근거로 한 우선수익자와 채무자(별첨 2의3, 청구법인)간의 여신거래계약 또는 기타 거래계약으로 발생하여 증감변동된 우선수익자의 채권원금 및 이자(연체이자 포함)에 한한다.

② 우선수익자는 수탁자가 발행하는 수익권증서에 기재된 별첨 2의4 (아래 표) 금액을 최고한도로 하여 이 한도 내에서 수익을 얻을 권리가 있다.

순위 신탁원본의 우선수익자 수익권증서발행금액 1순위

○○시YY신용협동조합 금2,600,000,000원

③ 신탁원본에 대한 우선수익자의 수익권은 위탁자의 수익권보다 우선한다.

④ 우선수익자가 갖는 수익권의 유효기간은 이 신탁계약에 의한 우선수익자의 채권발생일로부터 신탁계약 종료일까지로 한다. (후문 생략) 제8조 (신탁부동산의 소유권이전 및 신탁등기)

① 위탁자는 신탁계약 체결 후 지체없이 신탁부동산의 소유권이전 및 신탁내용을 공시하기 위하여 등기필증, 인감증명서, 위임장 등 신탁등기에 필요한 제반서류를 수탁자에게 제공하여야 한다. 제17조 (신탁부동산의 처분시기)

① 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 신탁기간 종료전이더라도 우선수익자의 요청에 의하여 신탁부동산을 처분할 수 있다. (단서 생략)

1. 우선수익자와 채무자간에 체결한 여신거래계약을 위반하거나 기타 채권자의 우선수익권이 담보하는 채무불이행시 제18조 (처분방법)

① 공개시장에서 경쟁을 통하여 처분하는 것(이하 “공매”라 한다)을 원칙으로 한다. 다만, 유찰시 다음 처분일 공고 전까지 직전 처분시 조건으로 수의계약 할 수 있다. 제21조 (처분대금 등 정산)

① 수탁자가 신탁부동산을 환가하여 정산하는 경우의 순위는 다음 각호에 의한다.

1. 신탁계약 및 처분절차와 관련하여 발생된 비용과 신탁보수 및 수탁자의 대지급금

2. 수탁자가 납부의무를 부담하는 신탁부동산에 대한 조세공과금

3. 수탁자에게 대항할 수 있는 임차인의 임대차보증금

4. 신탁부동산 자체에서 유래되는 조세공과금으로서 우선수익자의 동의를 얻은 금액

6. 순차 변제하고 잔여액이 있을 경우 그 잔여액은 수익자에게 지급 제24조 (신탁종료)

① 이 신탁계약은 신탁기간 만료, 신탁기간 중 위탁자가 우선수익자에 대한 채무를 변제하고 신탁계약을 해지하는 때, (중략), 제17조 제1항 제1호 내지 제3호에 의한 신탁부동산의 처분에 의하여 종료한다. 2014년 03월 일 위탁자 청구법인 수탁자 XX부동산신탁(주) <별첨4> 특 약 사 항 제1조 (우선적용) 특약사항은 본 계약에 우선한다. 제2조 (피담보채무의 범위) 이 신탁계약에 따라 우선수익자의 수익권에 의하여 담보되는 피담보채무의 범위는 다음과 같다. -한정근담보형- 채무자가 우선수익자에 대하여 다음 종류의 거래로 말미암아 현재 및 장래에 부담하는 모든 채무

제9조 (신탁재산에 관한 조세공과금 등)

① 수탁자는 수탁자가 납부의무를 부담하는 신탁재산 관련 조세공과금 또는 체납처분 등에 대하여 위탁자를 대신하여 수탁자의 고유재산으로 이를 납부할 의무를 부담하지 아니한다.

② 수탁자가 납부의무를 부담하는 신탁재산 관련 조세공과금이 체납되어 해당 신탁재산에 대한 체납처분 등이 발생한 경우에도 수탁자는 수탁자의 귀책사유가 없는 한 그 책임을 지지 아니한다.

③ 수탁자의 납부의무가 발생한 신탁재산 관련 조세공과금(괄호 생략)을 신탁재산으로 납부하기 전에 위탁자(수익자를 포함한다)가 신탁해지를 요청하는 경우, 수탁자는 신탁재산에서 해당 조세공과금 납부에 필요한 금전을 제외한 잔여 신탁재산을 신탁재산의 귀속권리자에게 교부한다.

④ 수탁자는 신탁재산에 속하는 금전으로 수탁자를 납부의무자로 하는 신탁재산 관련 조세공과금(괄호 생략)을 납부할 수 없는 경우, 위탁자(수익자를 포함한다)가 해당 조세공과금 납부를 위해 필요한 금전을 수탁자에게 지급하는 경우에 한하여 관련 신탁재산을 귀속권리자에게 교부한다.

⑤ 수탁자는 신탁부동산을 처분(공매에 의한 환가를 포함한다)하는 경우 처분대금에서 수탁자가 납부의무를 부담하는 신탁재산 관련 조세공과금(괄호 생략)을 우선적으로 납부하며, 신탁기간 종료 이후에 납부기한이 도래하는 수탁자가 납부의무를 부담하는 신탁재산 관련 조세공과금이 존재하는 경우 수탁자는 해당 조세공과금 납부를 위해 필요한 금전을 제외한 잔여 신탁재산을 신탁재산의 귀속권리자에게 교부한다.

⑥ 위탁자가 해당 신탁재산에 대한 지방세 완납증명서를 제출하지 못하여 신탁등기 설정 지연으로 손해가 발생하는 경우, 수탁자는 수탁자의 귀책사유가 없는 한 그 책임을 지지 아니한다.

• 다) (쟁점부동산 공매) 청구법인이 YY신협에 대한 대출원리금채무 변제를 지체하자 YY신협은 2014. 8. 1. XX부동산신탁에 신탁재산인 쟁점부동산의 환가를 요청하였다. XX부동산신탁은 공매절차를 통하여 2014. 8. 20. 쟁점부동산을 ZZ산업에 합계 2,690,718,777원[= 매매대금 2,584,000,000원 + 쟁점건물에 대한 부가가치세 106,718,777원]에 매도하고, 2014. 8. 21. ZZ산업에 그 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 라) (매매대금, 부가가치세 안분) XX부동산신탁은 ZZ산업으로부터 위 매매대금과 부가가치세액 합계 2,690,718,777원을 수령한 후, 쟁점건물에 대한 부가가치세 납세의무는 우선수익자인 YY신협과 위탁자인 청구법인이 우선수익권이 미치는 범위에 따라 안분하여 부담한다고 판단하고, 이에 따라 YY신협과 청구법인에 아래 표 기재 금원을 각 지급하기로 결정하였다. (단위: 원) 매매대금 부가가치세 합계 YY신협 2,067,894,680(81.08%) 86,531,237(81.08%) (쟁점부가가치세액) 2,154,425,917 청구법인 482,453,100(18.92%) 20,187,540(18.92%) 502,640,640 합계 2,550,347,780(100%) 106,718,777(100%) 2,657,066,557 XX부동산신탁은 YY신협에는 위 돈을 모두 지급하였으나, 청구법인에 지급할 매매대금 중 482,453,100원은 공탁하고, 부가가치세 안분액 20,187,540원을 포함한 23,191,540원은 유보금으로 남겨두었다.
• 마) (부가가치세 신고·납부) 청구법인은 2014. 8. 26. ① YY신협에 공급가액 865,312,370원, 부가가치세 86,531,237원의 쟁점세금계산서를, ② ZZ산업에 공급가액 201,875,400원, 부가가치세 20,187,540원의 전자세금계산서를 각 발행하고 위 부가가치세를 모두 납부하였다. YY신협은 2014. 8. 26. ZZ산업에 공급가액 865,312,370원, 부가가치세 86,531,237원의 전자세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고·납부하였다.

2. 대법원 판례변경과 기획재정부 질의회신, 부가가치세법 개정

• 가) (2017년 전원합의체 판결 이전) 부가가치세법은 위탁매매의 경우 위탁자가 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 보도록 정하고 있다. 2017년 전원합의체 판결 선고 이전에 대법원은 신탁법에 의한 신탁의 경제적 실질이 위탁매매와 유사하다고 보아, ‘수탁자가 신탁재산을 관리·처분함에 있어 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받게 되는 경우 수탁자 자신이 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리하게 되는 것이나, 그 신탁재산의 관리·처분 등으로 발생한 이익과 비용은 최종적으로 위탁자에게 귀속하게 되어 실질적으로는 위탁자의 계산에 의한 것이라고 할 것이므로, 신탁법에 의한 신탁 역시 부가가치세법 제6조 제5항 소정의 위탁매매와 같이 ‘자기(수탁자) 명의로 타인(위탁자)의 계산에 의하여’ 재화 또는 용역을 공급하거나 또는 공급받는 등의 신탁업무를 처리하고 그 보수를 받는 것이어서, 신탁재산의 관리·처분 등 신탁업무를 처리함에 있어서의 사업자 및 이에 따른 부가가치세 납세의무자는 원칙적으로 위탁자라고 봄이 상당하다 할 것이다. 그런데 신탁계약에 있어서 위탁자 이외의 수익자가 지정되어 신탁의 수익이 우선적으로 수익자에게 귀속하게 되어 있는 타익신탁의 경우에는, 그 우선수익권이 미치는 범위 내에서는 신탁재산의 관리·처분 등으로 발생한 이익과 비용도 최종적으로 수익자에게 귀속되어 실질적으로는 수익자의 계산에 의한 것으로 되므로, 이 경우 사업자 및 이에 따른 부가가치세 납세의무자는 위탁자가 아닌 수익자로 봄이 상당하다’는 입장이었다(대법원 2003. 4. 25. 선고 99다59290 판결 등 다수).
• 나) (2017년 전원합의체 판결로 인한 판례변경) 타익신탁 건에서 신탁건물의 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 위탁자로 보아 부가가치세 부과처분이 이루어지자, 타익신탁의 경우 우선수익자가 부가가치세 납세의무자라는 이유로 위탁자가 그에 대한 과세처분의 취소를 구한 사건에서, 대법원은 ‘수탁자가 위탁자로부터 이전받은 신탁재산을 관리·처분하면서 재화를 공급하는 경우 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로, 이때의 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 그 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 보아야 하고, 그 신탁재산의 관리·처분 등으로 발생한 이익과 비용이 거래상대방과 직접적인 법률관계를 형성한 바 없는 위탁자나 수익자에게 최종적으로 귀속된다는 사정만으로 달리 볼 것은 아니다. 그리고 세금계산서 발급·교부 등을 필수적으로 수반하는 다단계 거래세인 부가가치세의 특성을 고려할 때, 위와 같이 신탁재산 처분에 따른 공급의 주체 및 납세의무자를 수탁자로 보아야 신탁과 관련한 부가가치세법상 거래당사자를 쉽게 인식할 수 있고, 과세의 계기나 공급가액의 산정 등에서도 혼란을 방지할 수 있다’고 판시하여 판례를 변경하였다(2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결).
• 다) (기획재정부 질의회신) 기획재정부는 신탁부동산 매각시 납세의무자의 적용방법 질의에 대하여 2017. 9. 1. 아래 표와 같이 회신하였다.

○ 기획재정부 부가가치세제과-447, 2017.9.1.

1. 수탁자가 위탁받은 신탁재산을 매각하는 경우 부가가치세법 제3조 에 따른 납세의무자는 수탁자이며, 이는 신탁 유형에 관계없이 적용하는 것임

2. 동 질의회신은 우리부의 질의회신일 이후 공급하는 분부터 적용하시기 바람. 다만, 관련 대법원 전원합의체 판결(2017. 5. 18. 선고, 2012두22485)의 취지에 따라 판결일 이후부터 예규 회신일 전까지 수탁자가 해당 부가가치세의 납세의무자로서 부가가치세를 신고한 경우에는 수탁자를 납세의무자로 할 수 있음

• 라) (부가가치세법 개정) 부가가치세법이 2017. 12. 19. 개정되면서 신탁재산 관련하여 제3조의2, 제10조 제8항이 신설되었다. 제3조의2 【신탁 관련 수탁자의 물적납세의무】 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부가가치세ㆍ가산금 또는 체납처분비(이하 "부가가치세등"이라 한다)를 체납한 제3조에 따른 납세의무자에게 대통령령으로 정하는 신탁재산(이하 "신탁재산"이라 한다)이 있는 경우로서 그 납세의무자의 다른 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수할 금액에 미치지 못할 때에는 그 신탁재산으로써 신탁법 제2조 에 따른 수탁자 (이하 이 조, 제10조제8항, 같은 조 제9항제4호 및 제52조의2에서 "수탁자"라 한다)는 이 법에 따라 납세의무자의 부가가치세등을 납부할 의무가 있다.

국세기본법 제35조제1항제3호 에 따른 법정기일이 도래하는 부가가치세 또는 가산금(부가가치세에 대한 가산금으로 한정한다)으로서 해당 신탁재산과 관련하여 발생한 것

2. 제1호의 금액에 대한 체납처분 과정에서 발생한 체납처분비 제10조 【재화 공급의 특례】

⑧ 신탁재산을 수탁자의 명의로 매매할 때에는 신탁법 제2조 에 따른 위탁자(이하 "위탁자"라 한다)가 직접 재화를 공급하는 것으로 본다. 다만, 위탁자의 채무이행을 담보할 목적으로 대통령령으로 정하는 신탁계약을 체결한 경우로서 수탁자가 그 채무이행을 위하여 신탁재산을 처분하는 경우에는 수탁자가 재화를 공급하는 것으로 본다. 부칙 <법률 제15223호, 2017.12.19.> 제1조(시행일) 이 법은 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.

3. 관련민사판결 확정

• 가) (청구법인의 소제기) 청구법인은 2018. 10. 17. YY신협을 상대로, 쟁점부가가치세액 상당액은 원래 쟁점세금계산서를 발행할 당시의 대법원 판례 법리(변경 전 판례)에 따라 그 납세의무자인 청구법인에게 귀속되어야 할 금원이라는 것을 전제로, 쟁점부가가치세액 상당액 및 이에 대한 지연손해금의 지급을 구하는 손해배상청구소송을 제기하였다.
• 나) (관련민사판결 선고) 관련민사판결에서 ○○지방법원은 2017년 전원합의체 판결의 법리를 설시하면서 ‘쟁점건물 매각에 따른 부가가치세의 납세의무자는 수탁자인 XX부동산신탁이라고 봄이 타당하다.’고 판단한 뒤, ‘이에 대하여 원고(청구법인)는 쟁점세금계산서를 발행할 당시의 법리와 실무에 따라 적법하게 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 납부하였으므로 여기에는 2017년 전원합의체 판결에 따라 변경된 법리가 적용될 수 없기 때문에 원고가 쟁점부가가치세액의 납세의무자라고 주장하나, 판례의 변경은 법률조항 자체가 변경된 것과 달라 특별한 사정이 없는 한 소급효가 제한된다고 보기 어려우므로, 2017년 전원합의체 판결에 따라 변경된 견해가 당해 판결 선고 이후에 새로이 성립되는 법률관계에 대하여만 적용된다고 밝히지 아니한 이상(대법원 2005. 7. 21. 선고 2002다1178 전원합의체 판결과 비교), 이 사건에도 2017년 전원합의체 판결에 따른 법리가 그대로 적용되어야 하는바, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 설령 원고의 주장과 같이 종래의 판례이론이 적용된다고 하더라도, 쟁점부가가치세액의 납세의무자는 수익자인 피고(YY신협)가 되어, 원고의 주장이 이유 없는 것은 마찬가지이다’라고 판시하여 청구법인의 항소를 기각하였다(○○지방법원 2020. 9. 18. 선고 2019나00000 판결). 청구법인이 2020. 10. 26. 상고를 취하함으로써 위 판결이 2020. 10. 6. 확정되었다.

4. 청구법인의 2014년 제2기 부가가치세 경정청구와 그 거부처분

• 가) (경정청구) 청구법인은 관련민사판결에 의하여 쟁점부동산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자가 XX부동산신탁으로 확정되었고 2020. 10. 26. 청구법인의 상고취하로 위 판결이 2020. 10. 6.자로 확정되었다는 이유로, 2021. 1. 18. 처분청에 2014년 제2기 부가가치세 86,531,237원을 감액하여 달라는 경정청구를 하였다. ※ 청구법인이 ① 변경전 대법원 판례이론에 따르면 쟁점부가가치세액의 납세의무자가 YY신협이라거나, ② 신탁재산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자는 수탁자이므로 종래 대법원 판결은 변경되어야 한다는 등의 이유로, 국세기본법 제45조의2 제1항 통상의 경정청구를 한 사실은 없음
• 나) (경정거부처분) 처분청은 ‘후발적 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유를 이유로 하여, 국세의 법정신고기한이 지난 후에 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재여부나 그 법률효과가 달라지는 경우의 경정청구를 의미하는 것으로, 본 경정청구 사유는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는 것’이라는 이유로 2021. 3. 11. 청구인의 경정청구를 거부하였고, 그 통지서가 2021. 3. 15. 청구법인에 도달하였다. <경정청구 처리 결과 통지> - 그림 생략
• 라. 판단

1. 관련 법리 국세기본법이 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데에 있다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조). 그런데 후발적 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유를 이유로 하는 것이므로 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부나 그 법률효과가 달라지는 경우 등의 사유는 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호 가 정한 후발적 사유에 포함될 수 있지만, 법령에 대한 해석이 최초의 신고·결정 또는 경정 당시와 달라졌다는 사유는 여기에 포함되지 않는다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두28254 판결 등 참조).

2. 판단 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 후발적 경정청구 사유가 없다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 없다.

① 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 는 ‘최초의 신고에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’를 후발적 경정청구 사유로 들고 있고, 청구법인은 관련민사판결의 확정을 이유로 후발적 경정청구를 하였다. 그런데 위 판결은 2017년 전원합의체 판결에서 신탁재산의 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 보아야 한다고 기존 판례를 변경한 데에 따른 것으로, 당초 신고 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유에 의하여 청구법인의 거래 또는 행위 등이 다른 것으로 확정되었다고 볼 수는 없고, 그에 대한 관계 법령의 해석이 판결에 의하여 변경된 것에 불과하다.

② 쟁점부가가치세액을 포함한 부가가치세 신고행위에 대한 법적 구제수단으로 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따른 경정청구, 그 거부처분이 있다면 그에 대한 이의신청, 심사청구, 심판청구 및 행정소송법에 따른 취소소송 등 불복절차가 있었음에도 불구하고, 청구법인은 쟁점부가가치세액의 납세의무자가 청구법인이 아니라는 등을 이유로 한 불복절차를 밟지 않다가 그 신고일로부터 약 6년 3개월이 지난 이후에 비로소 대법원 판례변경에 따른 민사판결 확정을 이유로 후발적 경정청구를 하였다.

③ 2017년 전원합의체 판결이 선고되자 신탁부동산 매각 시 납세의무자 판단에 관한 질의가 있었는데, 그에 대하여 기획재정부는 2017. 9. 1. ‘수탁자가 위탁받은 신탁재산을 매각하는 경우 부가가치세법 제3조 에 따른 납세의무자는 수탁자이고, 이는 2017. 9. 1. 이후 공급하는 분부터 적용한다’고 회신하였다(기획재정부 부가가치세제과-447, 2017.9.1.).

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.