토지의 자본적 지출액인지 미완성건물의 공사비인지

이 건 심사청구는 기각한다.

• 가. 청구인 박AA와 김BB(이하 “청구인들”이라 한다)는 2019.3.1.부터 ○○ ○○시 ○○읍 ○○리 000 전 1,229㎡ 외 3필지(000-0 전 967㎡, 000-0 전 1,207㎡, 000-0 전 1,488㎡) 합계 4,891㎡에서 신축건물 개발 및 공급업을 영위하는 공동사업자(지분율 50: 50)로서, 상기 사업장 소재지 토지를 3개의 사업장 부지로 분할하여 각각 부지에 별도의 관광숙박시설 부지조성공사 및 신축공사를 진행하였다.
• 나. 청구인들과 청구외 김CC은 2020.5.1. DDDD㈜와 ○○시 ○○읍 ○○리 000-0 전 1,488㎡, 같은 리 000-3 전 1,207㎡ 합계 2,695㎡(지분: 박AA 10분의2, 김BB 10분의 7, 김CC 10분의 1, 이하 “쟁점토지”라 한다)에 숙박시설을 신축하는 공사도급계약(공사기간: 2020.5.4.～2020.11.30., 공급가액 2,850,000,000원, 이하 “쟁점공사”라 한다)을 체결하고, 2020.7.17. 청구인들 사업장을 공급받는 자로 하여 DDDD㈜로부터 공급가액 350,000,000원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서” 또는 “쟁점매입액”이라 한다)를 발급받았다.
• 다. 청구인들과 청구외 김CC은 2020.7.6. 양수법인 ㈜EEEE(이하 “양수법인”이라 한다)와 쟁점토지를 매매대금 1,250,000,000원에 양도하는 부동산매매계약(이하 “이 사건 매매계약”이라 한다)을 체결하고, 2020.7.22. 이 사건 매매계약에 따라 쟁점토지를 양도하였다.
• 라. 청구인들은 2020년 제2기 부가가치세 예정신고 시 이 사건 매매계약에 따른 부동산의 양도를 사업의 양도로 보아 관련 부가가치세를 신고하지 않았고, 쟁점세금계산서를 포함하여 DDDD㈜에서 교부받은 세금계산서상 매입세액 124,363,636원을 매출세액에서 공제한 후, 부가가치세 조기환급신고(환급세액 121,545,455원)를 하였다.
• 마. 처분청은 2020.11.23.부터 2020.11.27.까지 청구인들의 조기환급신청에 대하여 현장확인을 실시한 결과, 이 사건 매매계약에 의한 부동산의 양도는 쟁점토지와 미완성건물(이하 “쟁점미완성건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다) 등을 함께 공급하는 경우로서 그 가액의 구분이 불분명하므로 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제3호 및 ‘토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우 과세표준 안분계산방법 고시’(국세청 고시 제2018-36호) 제4조가 적용되는 것으로 판단하고, 쟁점부동산의 매매대금 1,250백만원을 쟁점토지의 기준시가와 쟁점미완성건물의 장부가액(취득가액)으로 안분계산하여 쟁점미완성건물의 공급가액을 625,000,000원으로 산정한 후, 관련 매출세액 62,500,000원과 가산세 18,750,000원을 당초 환급신청세액 121,545,455원에서 차감하여 부가가치세 40,295,450원을 환급세액으로 결정하고 2020.12.9. 청구인들에게 40,295,450원을 환급하였다.
• 바. 이후 처분청은 쟁점부동산의 공급가액 중 청구외 김CC의 지분(10분의 1) 해당분 62,500,000원을 감액하여 2020.12.29. 청구인들에게 8,125,000원을 추가로 환급결정하였다(2020.12.9.자 81,250,000원의 환급거부처분에서 2020.12.29. 추가환급결정한 8,125,000원을 차감하고 남은 73,125,000원의 환급거부처분을 이하에서는 “이 건 환급거부처분” 또는 “이 건 처분”이라 한다).
• 사. 청구인들은 이에 불복하여 2020.12.21. 이의신청을 거쳐 2021.3.2. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. (주위적 청구) 쟁점매입액은 부지조성 공사비로서 토지의 자본적 지출액이지 미완성된 건물에 대한 공사비가 아니다. 쟁점매입액은 쟁점토지의 일부가 해안가 쪽 저지대 경사면에 위치해 있어서 토지의 이용가치를 높이고자 저지대를 돋우기 위한 토공사, 옹벽공사, 토지 평탄화 작업 등과 관련한 부지조성 공사비로서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출액이다. 쟁점부동산은 2020.5.25.자에 매매대금을 1,300,000,000원으로 하여 부동산매매에 대한 가계약서를 작성한 후, 최종적인 본계약은 2020.7.6.자에 매매대금 1,250,000,000원에 잔금일을 2020.7.22.로 계약이 이루어진 것으로, 가계약서 작성일인 2020.5.25. 이후에 양수법인이 건물 신축공사를 하였으며, 청구인들은 토공사, 옹벽공사, 토지 평탄화 작업 등의 부지조성만 한 상태에서 토지만 양도한 것이다. 따라서, 쟁점부동산을 미완성된 건물과 토지를 함께 공급하는 경우에 해당하는 것으로 본 이 사건 처분은 부당하다.
• 나. (예비적 청구) 장부가액이 있는 토지와 장부가액이 있는 미완성된 건물을 함께 공급하는 경우, ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제2호 에 따라 미완성된 건물의 공급가액은 토지의 장부가액과 미완성된 건물의 장부가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 하여야 한다. 1) 설령 쟁점부동산이 미완성된 건물등을 토지와 함께 공급하는 경우에 해당한다고 하더라도, 미완성된 건물의 공급가액을 산정함에 있어 미완성된 건물에 대한 기준시가나 감정가액이 없고 장부가액이 있으면 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제2호 에 따라 총 거래가액을 토지의 장부가액과 미완성된 건물의 장부가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 하여야 하고, ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제1호 및 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에만 국세청장이 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액으로 할 수 있다. 2) 이 건의 경우 쟁점미완성건물에 대한 기준시가나 감정가액이 없고 쟁점토지의 장부가액과 쟁점미완성건물의 장부가액이 있으므로 쟁점미완성건물의 공급가액은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제2호 에 따라 총 거래가액을 쟁점토지의 장부가액과 쟁점미완성건물의 장부가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 하여야 하는데도 이를 적용하지 않고, ｢국세청 고시 제2018-36호｣ 제4조에 따라 쟁점토지는 기준시가로 하고 쟁점미완성건물은 장부가액으로 하여 그 가액에 비례하여 총 거래가액을 안분 계산한 금액으로 쟁점미완성건물의 공급가액을 산정한 이 건 처분은 부당하다. 3) 처분청은, 국세청 질의회신 부가22601-484(1991.4.19.)에 따르면, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물등을 건물신축 중에 중간지급조건부로 함께 공급하는 경우에는 중간지급조건부의 공급시기인 대가를 받기로 한 날에는 장부가액 또는 취득가액이 확정되지 아니한 상태이기 때문에 장부가액에 비례하여 안분 계산하는 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제2호 를 적용할 수 없다고 주장하나, 쟁점부동산의 양도는 건물을 완성하여 공급해 주기로 한 중간지급조건부 공급이 아니므로 본 건 사례와는 무관하다.

• 가. 쟁점공사는 건물의 신축과 직접 관련된 것으로서 쟁점매입액은 건물 관련 매입액에 해당한다. 1) 청구인들은 쟁점세금계산서의 매입세액을 건물 관련 매입세액으로 보아 2020년 제2기 예정신고 시 쟁점세금계산서의 매입세액을 포함하여 조기환급신고를 하였으나, 조기환급신고에 대한 현지확인에서 쟁점미완성건물 공급가액에 대한 신고누락이 확인되자 쟁점세금계산서의 매입세액은 토지에 관련된 매입세액에 해당한다고 주장을 하고 있다. 2) 쟁점매입액은 토지와 구분되는 감가상각자산인 구축물(옹벽 등)에 대한 공사대금으로서 쟁점세금계산서 매입세액은 토지 관련 매입세액으로 보지 않는 매입세액에 해당한다(부가가치세 집행기준 39-80-1). 3) 또한, 현장사진을 보면 쟁점공사는 건물의 신축과 직접 관련된 것으로 확인되므로 쟁점세금계산서 매입세액은 건물 관련 매입세액으로 봄이 타당하다(조심2014부3273, 2014.12.31. 참조).
• 나. 토지와 미완성된 건물등을 함께 공급하며 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우, ｢국세청 고시 제2018-36호｣ 제4조에 따라 토지는 기준시가로 하고 미완성된 건물 등은 장부가액으로 하여 그 가액에 비례하여 실지거래가액을 안분 계산하여야 한다. 국세청 질의회신(부가22601-484, 1991.4.19.)에 따르면, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 건물신축 중에 중간지급조건부로 함께 공급하는 경우에는 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제2호 를 적용할 수 없다. 왜냐하면 중간지급조건부의 공급시기인 대가를 받기로 한 날에는 장부가액 또는 취득가액이 확정되지 아니한 상태이기 때문이다. 예를 들어 건물이 준공되기 전에 도급계약서상의 도급금액을 취득금액 또는 장부가액으로 할 수 있는 것으로 보기 쉬우나 도급금액 이외에 장부가액 또는 취득가액에 포함되는 취득세․등록세․도급금액의 물가상승에 따른 추가분 등이 있기 때문에 신축중인 건물은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제2호 를 적용할 여지가 없게 된다. 한편, ｢토지와 건물등의 가액구분이 불분명한 경우 과세표준 안분계산방법 고시｣(국세청 고시 제2018-36호) 제4조에 따르면, “사업자가 토지와 미완성된 건물 등을 함께 공급하며 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우, 토지는 기준시가로 하고 미완성된 건물 등은 장부가액으로 하여 그 가액에 비례하여 실지거래가액을 안분 계산한다”고 규정하고 있다. 따라서 쟁점부동산의 양도는 토지와 건물등의 가액 구분이 불분명한 경우로서 토지와 미완성건물을 함께 양도하는 경우에 해당하므로 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제3호 및 ｢토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우 과세표준 안분계산방법 고시｣(국세청 고시 제2018-36호) 제4조에 따라 쟁점미완성건물의 공급가액을 산정함에 있어 쟁점토지는 기준시가로 하고 쟁점미완성건물은 장부가액으로 하여 그 가액에 비례하여 실지거래가액을 안분 계산하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점매입액이 토지의 자본적 지출액인지 미완성건물의 공사비인지

② 쟁점토지와 쟁점미완성건물을 모두 장부가액을 기준으로 안분 계산하여야 한다는 주장의 당부

• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법 시행령 제80조 【토지에 관련된 매입세액】 법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 <쟁점② 관련> 3) 부가가치세법 제29조 【과세표준】

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 4) 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 ｢소득세법｣ 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[괄호 생략]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 ※ 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우 과세표준 안분계산방법 고시(국세청 고시 제2018-36호, 2018.8.24.) 제1조(목적) 이 고시는부가가치세법제29조제9항, 같은 법 시행령 제64조제3호에서 국세청장에게 위임한, 사업자가 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우로서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에 대한 과세표준 안분계산방법에 관한 사항을 정함을 목적으로 한다. 제2조(토지와 건물 등의 가액을 일괄 산정ㆍ고시하는 오피스텔, 상업용 건물 및 주택을 공급하는 경우) 사업자가소득세법제99조제1항제1호다목 및 라목에 규정하는 오피스텔, 상업용 건물, 주택을 공급하는 경우로서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호와 같이 과세표준을 계산한다.

1. 토지 및 건물 등의 기준가액 산정 토지의 기준가액은소득세법제99조제1항제1호가목에 따른 토지의 기준시가로 하고, 건물 등의 기준가액은 같은 법 제99조 제1항제1호나목의 규정에 따라 국세청장이 고시한 건물의 기준시가의 산정방법을 준용하여 계산한 가액으로 한다.

과세표준 = 실지거래가액 (부가가치세 불포함) × 제1호에 따른 건물 등의 기준가액 제1호에 따른 토지의 기준가액과 건물 등 의 기준가액의 합계액 제3조(건물의 건축 중에 토지와 건물을 함께 공급하는 경우) 사업자가 건물의 건축 중에 토지와 건물의 공급계약을 체결하면서 해당 건물을 완성하여 공급하기로 한 경우로서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 순서에 따라 과세표준을 계산한다.

1. 토지 및 건물 등의 기준가액 산정 토지는 제2조제1호에 따른 토지의 기준가액에 의하고, 건물 등은 공급계약일 현재에 건축법상의 건축허가조건에 따라 건물이 완성된 것으로 보아 제2조제1호에 따른 건물 등의 기준가액에 의한다. 다만, 당초의 건축허가조건이 변경되거나 건축허가조건과 다르게 건물이 완성되는 경우에는 해당 건물 등이 완성된 날(완성된 날이 불분명한 경우에는 준공검사일)에 정산하여야 한다.

과세표준 = 실지거래가액 (부가가치세 불포함) × 제1호 에 따른 건물 등의 기준가액 제1호에 따른 토지의 기준가액과 건물 등의 기준가액의 합계액

제1호의 단서규정에 따라 토지와 건물 등의 기준가액을 정산하는 경우에는 제2호의 규정에 따른 과세표준을 정산하여야 한다. 제4조(미완성된 건물 등을 토지와 함께 공급하는 경우) 사업자가 토지와 미완성된 건물 등을 함께 공급하며 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우, 토지는 제2조제1호의 기준가액으로 하고, 미완성된 건물 등은 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)으로 하여 그 가액에 비례하여 실지거래가액을 안분계산한다.

• 다. 사실관계 1) 쟁점사업장의 사업자등록 현황 및 부가가치세 신고내역은 다음과 같다. <표1> 쟁점사업장의 사업자등록 현황 (기재 생략) <표2> 쟁점사업장의 부가가치세 신고내역 (기재 생략) 2) 쟁점사업장 토지의 등기 현황 및 소유권 변동 내역은 다음과 같다. <표3> 쟁점사업장 토지의 등기 현황 및 소유권 변동 내역 (기재 생략) 3) 쟁점토지의 지적도 내역은 다음과 같다. <지적도> (기재 생략) 4) 쟁점사업장의 건축허가 사항 등 청구인들은 2019.3.6. ○○ ○○시 ○○읍 ○○리 000 외 3필지 토지에서 2개동의 ‘다가구주택 및 제1,2종 근린생활시설’ 신축 허가를 받고 2019.4.9. 착공하여 공사를 하다가 2020.3.20. 제3동 숙박시설을 추가하여 건물용도를 다가구주택에서 숙박시설로 용도변경 신청을 하였고, ○○시장은 2020.5.22. 용도변경을 허가하였다. <2020.5.22. 용도변경 허가서> (기재 생략) 5) 제1～3동 숙박시설 신축공사 도급계약서 및 공사도면은 다음과 같다. 가) 청구인들은 2019.3.8. DDDD㈜와 공사계약금액 1,540백만원(부가가치세 포함)에 제1․2동 숙박시설 신축공사 도급계약을 체결하였다. <제1․2동 숙박시설 신축공사 도급계약서 중 1면> (기재 생략) 나) 청구인들과 청구외 김CC은 2020.5.1. DDDD㈜와 공사계약금액 2,850백만원(부가가치세 제외)에 제3동 숙박시설 신축공사 도급계약을 체결하였다. <제3동 숙박시설 신축공사 도급계약서 중 1면> (기재 생략) 다) 제1～3동 숙박시설 신축건물 도면도 <제1～3동 숙박시설 신축건물 도면도> (기재 생략) 6) 박AA 신협계좌에서 DDDD㈜로 계좌이체된 내역 가) 박AA 신협계좌에서 DDDD㈜로 계좌이체된 내역든 다음과 같으며, 현장확인 당시 청구인들은 제1～3동 숙박시설 신축공사와 관련하여 DDDD㈜로부터 수취한 세금계산서 1,925,000천원(공급대가)에 대한 대금지급액으로 1,898,000천원(①+③+④+⑥)을 소명하였으나, 현장확인 당시 제출한 박AA의 신협 --계좌(이하 “박AA의 신협계좌”라 한다)의 지급내역을 확인한바, 위 대금지급액 1,898,000천원(①+③+④+⑥) 외에도 2019.6.28. 160,000천원(②)과 2019.8.23. 420,000천원(⑤)을 DDDD㈜에 지급한 내역이 있는 것으로 확인된다. <표4> 박AA 신협계좌에서 DDDD㈜로 계좌이체된 내역 (기재 생략) 나) 청구인들은 DDDD㈜에 청구인 박AA가 송금한 금액 2,478백만원이 제1․2동 숙박시설의 도급공사 계약금액(1,540백만원)과 제3동 숙박시설 도급공사 관련하여 수취한 쟁점세금계산서 공급대가(385백만원)의 합계 1,925백만원보다 553백만원을 더 지급한 사유에 대해, 청구인 박AA의 다른 부동산 개발 및 공급업 공사현장인 ‘용강동 근린생활시설 신축공사’의 공사대금을 지급한 것이라고 주장하면서 관련 도급공사 계약서 2건을 제출하였는바 그 주요 내용은 다음과 같다. <용강동 근린생활시설 신축공사 도급계약서 내역(2건)> (기재 생략) 다) 청구인들이 제출한 용강동 근린생활시설 신축공사 관련 공사대금(420백만원)은 2019.8.23.자 송금액 420백만원과 일치하므로 2019.8.23.자 송금액 420백만원을 지급한 사유에 대한 소명으로 보여지나, 나머지 2019.6.28.자 송금액 160백만원을 지급한 사유에 대해서는 소명하지 않았다. 7) 쟁점공사에 대한 기성고 청구 및 쟁점세금계산서 수취 내역 가) DDDD㈜은 2020.7.10. 제3동 숙박시설 신축공사(쟁점공사)에 대한 1차 기성고 청구(공급대가 385,000천원)를 하였고, 청구인들은 2020.7.17. 쟁점세금계산서(공급대가 385,000천원)를 수취하였다. <표5> DDDD㈜의 쟁점공사에 대한 1차 기성금 청구 내역 (기재 생략) <표6> 쟁점공사 관련하여 수취한 쟁점세금계산서 내역 (기재 생략) 나) 이후 DDDD㈜는 2020.11.25. “2020.7.10. 기성금 청구(공급대가 385,000천원)는 공사대금을 2019년도에 지급받았으므로 기성금 청구를 취소함을 확인합니다”는 내용의 사실확인서를 청구인들에게 발급하였다. 다) DDDD㈜의 쟁점공사에 대한 1차 기성고 청구 내역 중 공사원가계산서, 공정별 집계표 및 공정별 내역서에 의하면, 쟁점세금계산서는 건축공사공정 중 공통가설공사 기성 29,345천원과 토공사/옹벽공사 기성 270,599천원(이 중 옹벽공사 기성금액이 201,000천원임)에 대한 것으로 확인된다. <표7> 쟁점공사 1차 기성 내역서 중 ‘공사원가계산서’ (기재 생략) <표8> 쟁점공사 1차 기성 내역서 중 ‘공정별 집계표’ (기재 생략) <표9> 쟁점공사에 대한 1차 기성 내역서 중 공정별 내역서 (기재 생략) 8) 쟁점부동산 양도 내역 청구인들과 청구외 김CC은 2020.7.6. 양수법인에 쟁점토지(청구인들 지분 10분의 9, 김CC 지분 10분의 1)만을 매매대상 부동산으로 표시하고 매매대금은 1,250백만원으로 하여 이 사건 부동산매매계약을 체결하였다. <이 사건 부동산매매계약서(2020.7.6.)> (기재 생략) 9) 처분청 처분근거 및 입증 등 가) 처분청의 환급 현장확인 결과보고서 주요 내용은 다음과 같다. (기재 생략) 나) 현장확인 당시 2020.11.30. 촬영한 제3동 숙박시설(쟁점부동산) 현장사진 (기재 생략) 다) 처분청의 이 건 환급거부처분 경정 내역 처분청은, 쟁점부동산의 양도는 토지와 미완성건물을 함께 공급하며 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우로서 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제3호 및 ｢국세청 고시 제2018-36호｣ 제4조가 적용되는 것으로 판단하고, 2020.12.9. 쟁점부동산의 양도가액을 쟁점토지는 기준시가, 쟁점미완성건물은 장부가액(취득가액)으로 안분계산하여 625,000,000원을 쟁점미완성건물의 공급가액으로 보았다가, 이의신청 심리중이던 2020.12.29. 쟁점미완성건물 공급가액 중 청구외 김CC 지분(10분의1) 해당분 62,500,000원을 감액하여 쟁점미완성건물의 공급가액을 562,500,000원으로 재산정하여 이 건 처분을 하였다. <표10> 처분청의 쟁점부동산 안분계산 내역(토지는 기준시가, 미완성건물은 장부가액을 기준으로 안분계산) (기재 생략) 10) 청구주장 근거와 입증 등 가) 쟁점부동산 매매 가계약서(2020.5.25.) (1) 청구인들은, 2020.5.25.자 쟁점부동산 매매에 대한 가계약서 작성일 이후 양수법인이 쟁점토지상에 건물신축 공사를 하였고 청구인들은 부지조성하여 토지만 양도한 것이라고 주장하면서 쟁점부동산 매매 가계약서를 제출하였다. (2) 특약사항에는 “본 계약일로부터 매수인이 건축공사를 하며, 공사대금은 매수인이 지급한다. 단, 2020.5.25. 기준 토공사 부분은 매도인이 지급한다”고 기재되어 있다. <쟁점부동산 매매 가계약서(2020.5.25.)> (기재 생략) 나) 쟁점토지의 장부가액 청구인들이 제출한 토지 계정별원장에 의하면, 쟁점토지의 장부가액(쟁점세금계산서 매입액 미포함)은 973,377천원이다. <표11> 청구인들이 제출한 쟁점토지의 장부가액 (기재 생략) 11) 기타 확인한 사항 가) 2020.5월～7월에 제1․2동 숙박시설(○○○ 펜션 ○○○○) 방문 후기를 작성한 여러 블로그 사진에 의해 확인되는 제3동 건물의 신축현황은 다음과 같다. (1) 2020.5.14. 작성한 인터넷 블로그에 게시된 사진 (기재 생략) (2) 2020.5.28. 작성한 인터넷 블로그에 게시된 사진 (기재 생략) (3) 2020.6.28. 작성한 인터넷 블로그에 게시된 사진 (기재 생략) (4) 2020.6.29. 작성한 인터넷 블로그에 게시된 사진 (기재 생략) (5) 2020.7.27. 작성한 인터넷 블로그에 게시된 사진 (기재 생략) 나) 청구인들과 처분청은 쟁점세금계산서의 매입세액이 토지 관련 매입세액에 해당하는지 여부에 대한 주장의 근거로 ｢부가가치세 집행기준｣ 39-80-1(토지 관련 매입세액의 범위)을 제시하고 있는바, 그 내용은 다음과 같다. ※ 부가가치세법 집행기준 39-80-1【토지 관련 매입세액의 범위】

① 자기의 매출세액에서 공제되지 아니하는 토지 관련 매입세액을 예시하면 다음과 같다.

4. 공장건물 신축을 위하여 임야에 대지조성공사를 하는 경우 해당 공사비용 관련 매입세액

② 토지 관련 매입세액으로 보지 않는 매입세액은 다음과 같다.

3. 토지와 구분되는 감가상각자산인 구축물(옹벽, 석축, 하수도, 맨홀 등) 공사 관련 매입세액

4. 공장 구내의 토지 위에 콘크리트 포장공사를 하는 경우 해당 공사 관련 매입세액

• 라. 판단 1) 우선, 청구인들은 쟁점매입액이 토지의 자본적 지출액에 해당하므로 이 사건 매매계약에 의한 쟁점부동산의 양도는 쟁점토지만 양도한 것이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 가) ｢부가가치세법｣ 제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조는 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 등 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있는바, 이러한 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말하는 것이며, 이와 달리 토지와 구분되는 건물․구축물 등 건설공사와 관련된 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제38조 제1항 의 규정에 따라 매출세액에서 공제하여야 할 것이다. 한편, 구축물이란 토지 위에 정착 건설한 건물 이외의 토목설비․공작물 및 이들의 부속설비로서 교량, 샘, 상하수도, 용수설비, 도로, 터널, 지하도관, 정원 등을 포함하는 것을 의미한다. 나) 이상의 사실관계 및 관련 법리 등을 종합하여 살피건대, 다음과 같은 사정에 비추어 쟁점매입액은 토지의 자본적 지출액이 아닌 쟁점미완성건물의 공사비로 보는 것이 타당하다고 판단된다. (1) 청구인들은 쟁점토지에 숙박시설을 신축하기 위해 쟁점매입액을 지출하였을 뿐만 아니라 2020년 제2기 부가가치세 예정신고시 쟁점매입액 관련 매입세액을 건물 등 관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하여 신고하였다. (2) 쟁점매입액 관련 공사는 숙박시설 신축을 위한 쟁점공사와 별개로 진행된 공사가 아니라 쟁점공사에 포함되어 진행되었다. (3) 처분청의 현장확인 당시 촬영한 사진 및 2020.5월～7월 기간중 인터넷 블로그상 사진에 의하면, 옹벽이 쟁점건물 측면 및 근처에서 구축물로 형성되어 있고, 쟁점공사 ‘공정별 내역서’상 공사원가 299,945천원의 내역을 보면 공통가설공사 29,345천원, 터파기 등 토공사 69,599천원, 옹벽공사 201,000천원으로서 옹벽공사 관련 원가가 쟁점매입액의 대부분이다. (4) 공정별 내역서상 공통가설공사, 터파기 등 토공사, 옹벽공사 등은 토지의 성토 및 절토면을 보호하고 토사의 유출을 막아 토지의 가치를 증가시키기 위한 것이라기 보다는 쟁점토지에 건물을 신축하기 위한 공사로서 건물의 신축과 직접 관련이 있는 것으로 보인다. 다) 따라서, 이 사건 매매계약에 의한 쟁점부동산의 양도는 쟁점토지와 쟁점미완성건물을 함께 공급한 것으로 보아 환급을 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다. 2) 다음으로, 청구인들은 쟁점미완성건물의 공급가액을 산정함에 있어 쟁점토지와 쟁점미완성건물 모두 장부가액이 있으므로 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제2호 에 따라 쟁점토지의 장부가액과 쟁점미완성건물의 장부가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 가) ｢부가가치세법｣ 제29조 제9항 은 ‘토지와 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우로서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제64조는 제2호에서 ‘토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 금액’을 공급가액으로 한다고 규정하는 한편, 제3호에서 ‘제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액’으로 한다고 규정하고 있다. 한편, 국세청 고시 제2018-36호 ｢토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우 과세표준 안분계산방법 고시｣ 제4조(미완성된 건물 등을 토지와 함께 공급하는 경우)는 ‘사업자가 토지와 미완성된 건물 등을 함께 공급하며 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우, 토지는 제2조 제1호의 기준가액으로 하고, 미완성된 건물 등은 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)으로 하여 그 가액에 비례하여 실지거래가액을 안분계산한다’고 규정하고 있다. 나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ‘건축물’이란 토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것을 말하고, ‘구축물’이란 토지에 부착하여 설치되는 건물 이외의 구조물, 토목설비 또는 공작물을 말하는바, 미완성된 건물 또는 구축물은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제1호 와 제2호에서 규정한 ‘건물 또는 구축물 등’에 포함된다고 볼 수 없으므로 쟁점부동산의 양도는 같은 조 제3호에서 규정한 “제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우”에 해당한다고 판단된다. 따라서, 쟁점미완성건물의 공급가액을 산정함에 있어 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제3호 에 따라 ｢국세청 고시 제2018-36호｣ 제4조를 적용하여 쟁점토지는 기준시가로 하고, 쟁점미완성건물은 장부가액(취득가액)으로 하여 그 가액에 비례하여 안분 계산한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다. 다) 설령 미완성된 건물이 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제1호 와 제2호에 규정한 ‘건물 또는 구축물 등’에 포함된다고 하더라도, 청구인들은 2019.6.14.부터 2020.7.20.까지 DDDD㈜에 청구인 박AA가 송금한 금액 중 2019.6.28.자 송금액 160백만원을 지급한 사유에 대해서는 소명하지 못하였는바, 쟁점미완성건물과 관련하여 쟁점세금계산서를 수취하였다는 사정만으로 그 공급가액 350백만원을 쟁점미완성건물의 장부가액(취득가액)으로 인정하기 어려운 점, 2020.5.14.부터 2020.7.27.까지 기간 중 작성된 인터넷 블로그에 게시된 사진을 보면, 쟁점미완성건물은 공사가 상당부분(3개층 이상) 진행되었던 것으로 확인되므로 쟁점부동산 양도일(2020.7.27.)에는 청구인들이 제출한 쟁점공사의 ‘공정별 내역서’상 기성고 금액(쟁점매입액)보다 더 많은 공사용역이 제공되었다고 봄이 상당하므로 쟁점매입액을 쟁점미완성건물의 취득가액으로 보기 어려운 점에 비추어 쟁점부동산의 양도는 같은 조 제3호에서 규정한 “제1호와 제2호를 적용하기 곤란한 경우”에 해당한다고 판단된다. 따라서, 쟁점미완성건물의 공급가액을 산정함에 있어 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제3호 에 따라 ｢국세청 고시 제2018-36호｣ 제4조를 적용하여 쟁점토지는 기준시가로 하고, 쟁점미완성건물은 장부가액(취득가액)으로 하여 그 가액에 비례하여 안분 계산한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.