조세심판원 심사청구 부가가치세

확인서에 의한 고지처분은 신의성실의 원칙과 근거과세의 원칙에 위배되는지 여부

사건번호 심사-부가-2020-0048 선고일 2020.10.28

납세의무자로부터 매출누락확인서를 받았다면 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성, 내용미비로 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 사정이 없는 한 증거를 부인할 수 없고, 조사사무처리규정은 납세자의 권리가 부당하게 침해되지 않도록 조사의 기본적사항과 처리절차를 규정한 내부지침으로 규정에 반하는 부분이 있다는 사실만으로 조사결과까지 위법하다고 볼 수 없음

주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

1. 사실관계와 처분내용
  • 가. 청구법인은 AA법인의 BB법인으로 2014.9.1. 서울 광진구 ○○○ 소재지에서 세무사업으로 개업한 법인이다. AA법인은 3월말 법인으로 2006.12.1. 서울시 서초구 □□□를 본점 소재지로 하여 개업하였으며, 현재 13개 지점(조사대상기간 15개 지점)이 영업을 하고 있다.
  • 나. (과세경위) CC지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.2.4.부터 2020.3.13.까지 AA법인의 본점과 청구법인인 BB지점을 포함하여 15개 지점에 대하여 2016년 사업연도부터 2018년 사업연도까지 법인세통합조사를 실시한 결과, AA법인의 본점과 청구법인을 포함한 13개 지점이 2015년 48백만원, 2016년 48백만원, 2017년 45백만원(총 142백만원)의 수수료를 신고누락한 것을 확인하고, 청구법인이 신고누락한 수입금액 52,172,294(공급가액)에 대하여 부가가치세 총 8,815,011원(2015년 1기 819,475원, 2015년 2기 1,467,555원, 2016년 1기 2,515,958원, 2016년 2기 349,648원, 2017년1기 3,294,511원, 2017년 2기 89,035원, 2018년 1기 308,829원) 및 직원에게 특별상여금 16백만원을 지급하고 광고선전비로 처리하여 원천세를 누락한 2017년 7월 원천세 2,747,400원을 경정·고지하였다.(이하 “이 건 처분”이라 한다).
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.13. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장
  • 가. 청구법인은 독립채산제로 운영되는 세무법인으로 청구법인의 탈루여부를 구체적으로 확인하지 않는 상태에서 본점대표자 확인서를 근거로 한 이 건 처분은 신의성실과 근거과세 원칙에 위배된다.

1. 청구법인의 본점 대표이사는 2016년 사업연도부터 2018년 사업연도까지에 대하여 본점 및 지점에 대하여 부가가치세 신고시 수입금액을 누락하였다며 확인서에 날인한 후 조사청에 제출하였다. 조사청은 이 확인서를 근거로 AA법인의 지점의 하나인 청구법인에 이 건을 처분하였다.

2. ‘확인서’란 측정의 사실 또는 법률관계의 존재여부를 인정하는 내용을 담은 문서를 말하는데, 조사청은 지점을 조사하면서 독립채산제로 운영되는 처분의 당사자인 청구법인의 대표자의 확인없이 본점의 대표이사가 날인하여 준 확인서를 근거로 과세하였다.

3. 이는조사사무처리 규정제41조(조사진행) 제1항에서 규정하는 ‘납세자의 해명 기회’와 제45조(조사종결) 제3항에서 규정하는 ‘납세자에게 조사결과에 대하여 구체적으로 설명’을 하지 않아 조사공무원 스스로가 위 규정을 위반한 결과로 보이며, 조사청이 청구법인의 탈루여부를 구체적으로 확인하지도 않은 상태에서 이 건을 처분한 것은 신의성실의 원칙과 근거과세의 원칙을 위배하였다. <조사청 의견에 대한 항변>

1. 청구법인은 조사청이 조사청의 사무실로 내방을 요청하여 2번 방문한 적은 있으나, 조사청과 조사와 관련한 대화를 한 적이 없고 그 자리에서 소명을 요청하거나 관련 설명을 듣지 못하였다. 조사청의 의견대로 청구법인에게 충분한 소명기회를 주었거나, 충실히 검토한 후 설명하였다면 불복을 제기하지 않았다.

2. 조사청의 의견대로 확인서가 과세하는데 필요적 절차가 아닌 부가적인 절차에 불과하므로 확인서를 작성하지 않았다하더라도 이 건 처분에 영향이 없다고 판단하여 확인서를 받지 않고 과세하였다면, 과세의 적정여부에 대한 불복을 청구하였을 것이다. 확인서 없이 과세할 수 있었다면 조사청이 조사연장까지 해 가면서 시간을 낭비하는지 알 수가 없다.

3. 본점이 청구법인의 기장내용을 알 수 없음에도 청구법인이 매출누락하였다는 구체적인 확인 없이, 본점이 제출한 확인서를 근거로 과세한다는 것은 이해 할 수 없다. 청구법인을 과세할 때에는 청구법인이 매출누락등이 확인된 조사결과를 가지고 그에 따라 본점의 총괄확인을 받아야 한다. 그렇지 않을 경우조사사무처리 규정과 신의칙 및 근거과세 원칙에 위배된다.

3. 조사청 의견
  • 가. 이 건 처분은 청구법인의 장부와 제출 자료에 의한 것으로 국세기본법제16조 근거과세의 원칙에 따라 과세한 것이며, 청구법인에게 충분한 소명기회를 주어 조사사무처리 규정 제41조 및 제45조를 위반하지 않았다.

1. 조사청은 청구법인의 수입금액을 조사하는 중 장부상 적용란에 수수료로 명확히 표기되어 있으나, 이를 (차)보통예금 ××× (대) 가수금 ×××으로 분개한 사실에 대하여 청구법인에게 소명을 요청하였다.

2. 청구법인은 이중 일부는 이전 세무사의 수입금액 미수금으로 청구법인의 수입금액이 아니라고 주장하면서 조사기간 중 조사청 사무실을 방문하여 소명자료(이전 세무사의 미수금 및 청구법인의 미수금 명세)를 제출하였고 2020.3.12. 팩스로 2차 소명자료를 제출하였다. 이에 조사청은 청구법인의 주장에 따라 제출된 자료를 충실하게 검토하였다. 조사청은 위와 같이 청구법인에게 충분한 소명기회를 제공하였으면 제출한 자료를 검토하여 이전 세무사의 수입금액으로 확인되는 부분등을 제외하고 최종적으로 52백만원(공급가액)을 과세하였다.

3. 원천세 2,743,400원은 장부상 광고선전비로 계상된 ×××사무장의 특별상여금으로 원천세 신고가 누락되어 이를 과세한 것이다.

4. 조사청은 청구법인의 장부와 청구법인의 제출한 자료를 통해 과세하였는바, 청구법인의 주장하는바와 같이 국세기본법제16조 근거과세의 원칙에 위배하였다는 것은 사실과 다르다. 청구법인은 조사기간 중 조사청을 방문하여 의견진술을 하였으며, 조사청은 이를 경청하고 제출자료를 충실히 검토하여 이 건 처분을 하였으므로 청구법인에게 충분한 소명기회를 주어조사사무처리 규정제41조와 제45조에 위배되지 않는다.

5. 이와 별론으로 조사청은 청구법인의 의견을 조사 마지막날까지 신중하게 고려하여 과세하였으며, 청구법인이 제출한 확인서는 초안에 불과하고 최종 확인서는 청구법인의 주장을 검토하여 감액된 내용을 담고 있음에도 청구법인은 최종 확인서를 확인해보지도 않았다. 청구법인외의 다른 지점에서는 불복청구가 없다는 사실과 중요 쟁점에 대해 청구법인의 대표자가 직접 소명한 것을 미루어 볼 때, 본점에서 일괄 대응시 지점들의 주장을 계속적으로 전달받아 조사 대응을 하고 있었음이 분명하며, 본점은 조사결과통지시 별도로 이사회를 개최하여 이를 지점대표들인 각 이사들에게 내용을 알리고 의견을 수렴한 사실이 아래와 같이 확인된다. 따라서 청구법인이 다른 지점과 달리 구체적으로 설명을 듣지 못하였다는 주장은 위 사실로 미루어 볼 때 이해하기 어렵다. 설령 청구법인이 확인서 통지시 본점으로부터 청구법인이 구체적 설명을 듣지 못하였다하더라도 조사진행 상황에 대해 알고 있었던 청구법인은 이를 알기 위해 본점에 적극적인 내용을 알고자 노력하지 않은 것에 불과하며, 따라서 청구법인과 본점간의 내부적인 사유일 뿐 조사청과는 무관하다.

  • 나. 확인서는 청구법인이 주장한대로 과세사실의 존재여부를 인정하는 내용에 불과함으로 청구법인이 이를 확인하지 않았다고 하더라도 이 건 처분은 정당하며, 청구법인이 과세관청이 신의성실의 원칙을 위배하였다는 주장은 법리에 맞지 않은 주장이다.

1. 청구법인이 주장하는바와 같이 확인서는 과세사실의 존재여부의 인정하는 내용에 불과하며 조사청이 조사하여 과세하는데 있어서 필요적인 절차가 아닌 부가적인 절차에 불과하므로 설사 확인서를 작성하지 않았다고 하더라도 이 건 처분에는 영향이 없다. 2) 국세기본법 제16조 신의성실의 원칙에 대한 판례에 의하면 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 ‘① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, ② 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 ⑤납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바(대법원 2007두7741, 2009.10.29.외 다수), 조사청은 당초부터 수입금액 누락에 대한 소명요청이라는 공적인 견해표명만 있을 뿐이어서 ①∼④의 요건을 모두 충족하지 못하므로 조사청이 신의성실의 원칙을 위반하였다는 것은 법리상 성립될 수 없다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 확인서에 의한 고지처분은 신의성실의 원칙과 근거과세의 원칙에 위배된다는 청구주장 당부
  • 나. 관련법령 1) 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】 (2020.06.09. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 2) 국세기본법 제16조 【근거과세】 (2020.06.09. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것)

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. 3) 부가가치세법 제4조 【과세대상】 (2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

4) 부가가치세법 제2조 【정의】 (2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "용역"이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4-1) 부가가치세법 시행령 제3조 【용역의 범위 】(2018.02.13. 대통령령 제28641호로 개전되기 전의 것)

① 법 제2조제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위로 한다.

7. 전문, 과학 및 기술 서비스업과 사업시설관리 및 사업지원 서비스업 5) 부가가치세법 제57조 【결정과 경정】 (2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우 6) 법인세법 제67조 【소득 처분】 (2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. 6-1) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】 (2018.07.16. 대통령령 제29045호로 개정되기 전의 것)

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

  • 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 7) 법인세법 제15조 【익금의 범위】 (2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 8) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】 (2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

9. 조사사무처리 규정 제41조(조사의 진행) (2019.5.1. 국세청훈령 제2305호 개정된 것)

① 조사공무원은 세무조사 진행 과정에서 세금탈루 혐의 등에 대하여 납세자에게 해명할 수 있는 기회를 주어야 한다.

10. 조사사무처리 규정 제45조(조사의 종결)(2019.5.1. 국세청훈령 제2305호 개정된 것)

③ 조사공무원은 납세자 또는 납세관리인에게 조사결과에 대하여 구체적으로 설명하여야 하며, 조사결과에 대한 이의가 있을 경우 납세자의 권리구제 방법을 상세히 알려 주어야 한다.

  • 다. 조사내용

1. 사실관계

  • 가) 국세청 전산시스템(NTIS)에 따르면, 청구법인의 사업자등록 내역은 다음과 같다.
  • 나) 청구법인과 조사청은 이 건 처분과 관련하여 확인서를 다음과 같이 제출하였고, 조사청은 2016년 수입금액누락액을 30,704,898원에 22,732,176원으로 감액한 것으로 확인된다.
  • 다) 양쪽에서 제출한 확인서에서 수입금액누락이라고 확인된 13개 법인들 중 청구법인을 제외하고 불복을 제기한 법인은 없는 것으로 확인된다.
  • 라) 조사청의 조사서류에 의하면 조사청이 수입금액누락이라고 예상되는 108건에 대하여 AA법인에 자료소명을 요청하였고, 청구법인은 매출누락에서 제외하여야 한다고 하면서 이 전 세무사의 업체별 미수금 명세서 11매, 청구법인의 미수금명세서 11매, 추가로 2016년과 2017년 수입금액제외 자료를 제출하였다. 조사청은 108건 중 84건을 수입금액 누락한 것으로 확정하였다. 국세청 전산시스템에 의하면, 조사청은 당초 소명요청 금액(공급대가) 75,143,440원에서 최종 57,389,540원으로 결정한 것으로 확인된다.
  • 라. 판단

1. 관련 법리 구국세기본법제15조 는 ‘납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다’라고 규정하고 있고, 구국세기본법제16조 제1항은 ‘납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다’라고 규정하고 있다.

2. 확인서에 의한 고지처분은 신의성실의 원칙과 근거과세의 원칙에 위배된다는지에 대한 판단

  • 가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건을 보건대, 확인서에 의한 고지처분은 신의성실의 원칙과 근거과세의 원칙에 위배된다고 보기 어렵다.

① 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래에 관하여 매출누락이 있었다는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다(대법원2001두2560, 2002. 12. 6. 같은 뜻).

② 본점 대표가 제출한 확인서에는 매출누락의 구체적이 내용이 들어있지 않으나, 매출누락에 대한 구체적인 거래시기나 거래 금액에 대한 증빙자료가 확인되어, 본점 대표자의 확인서의 의하지 않더라도 과세가 가능하다.

조사사무처리규정은 세무조사와 관련하여 납세자의 권리가 부당하게 침해되지 않도록 조사의 기본적 사항과 사무처리절차를 규정한 내부지침으로서, 세무조사 과정에서 위 규정에 반하는 부분이 있다고 하더라도 그러한 사실만으로 곧바로 조사결과까지 위법하여 이를 과세의 기초자료로 삼을 수 없다고 할 것은 아니다(서울행정법원2016구합68465, 2017.09.22.같은 뜻).

④ 청구법인의 본점에서 청구법인의 매출누락에 대하여 소명을 하였고, 청구법인 또한 조사청에 직접 2차례 소명한 점을 보아 조사사무처리 규정 제41조를 위반하였다고 단정하기 어렵고, 조사청이 청구법인에게 직접 세무조사결과를 설명하지 않았다하더라도 조사청은 청구법인의 본점에 조사결과통지를 하였고 본점은 이사회를 개최하여 지점대표들인 이사들에게 세무조사 결과를 알린 사실이 AA법인의 문서에 의하여 확인된 점을 보아 조사사무처리 규정 제45조를 위반하였다고 단정할 수 없다.

  • 나) 따라서 처분청이 본점 대표자의 확인서에 의한 고지처분은 신의성실의 원칙과 근거과세의 원칙에 위배한 것으로 볼 수 없어 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
5. 결론

이 건 심사청구의 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)