무상임대용역 공급분에 해당하는 임차료 등의 매입세액을 불공제한 처분은 정당

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 **광역시의 소프트웨어, 정보통신 및 문화콘텐트산업 등을 효율적으로 육성하기 위한 기반조성 및 관련기업의 경쟁력 강화를 지원함으로써 국가 및 지역경제 발전에 이바지함을 목적으로 2001.11.30. 재단법인으로 설립되었다.
• 나. 청구법인은 센터1 ”, 센터2, 센터3 운영을 위한 사업장(<표1> 참조, 이하 “ 쟁점 사업장 ”이라 한다)을 학교법인 SS학원 등 2곳으로부터 임차하여 입주업체에 무상 또는 실비로 임대(이하 “ 쟁점 임대용역 ”이라 한다)하고 임차료는 국비·시비로 보전하여 지급하였다.
• 다. 청구법인은 부가가치세 신고시 입주업체에 대한 임대사업과 관련된 임차료 매입세액에 대하여 부가가치세 매입세액을 전액 불공제하여 신고·납부하였으나, **광역시 감사관의 재무감사 결과 불공제한 부가가치세 매입세액에 대하여 경정청구하라는 내용의 시정요구에 따라 청구법인은 2019.7.16. 2014.1기 확정신고분부터 2019.1기 예정신고분까지에 대한 매입세액을 추가공제하여 부가가치세를 환급하여 달라는 내용의 경정청구서를 접수하였으며, 처분청은 2019.10.10. 청구인의 경정청구는 용역의 무상제공 관련 매입세액에 대한 것으로서 당초 매입세액불공제는 정당하다는 이유로 경정청구를 거부(기각)한다는 내용의 결과통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거친 후 2020.5.13. 이 건 심사청구를 제기하였다. <표1> 쟁점 사업장 현황 구분 명칭 위치 개소시기 규모 면적 (㎡) 입주업체 센터1 ** 구 중앙대로 180 ’11.11월 지상3층 ∼4층 899.2 11개업체 센터2 ** 구 로 487 ’14.6월 12층 1,511 12개업체 센터3 ** 구 *로 487 ’15.12월 2층 288.47 6개업체

처분청은 무상임대에 대응되는 임차료는 부가가치세법 제12조 및 제39조에 의하여 매입세액을 공제할 수 없다는 주장이나, 청구법인은 입주업체에 대한 지원을 목적으로 쟁점 사업장을 무상으로 제공하고 있으나 입주업체로부터 관리비를 수령함에 따라 계속적·반복적으로 매출 부가가치세가 발생하므로 과세사업을 영위하고 있는 것이다. 따라서 쟁점 사업장에 대한 임차료와 관리비 지급액은 공통매입세액에 해당하므로 관리비 등 과세사업에 대한 매입세액을 안분하여 매입세액을 공제하여야 한다.

청구법인은 입주업체들에게 무상 또는 실비 임대하여 부가가치세법 제38조 에 따라 사업성이 없는 무상임대공급에 해당하므로 대응되는 임차료 역시 매입세액불공제함이 타당하다. 조세심판원도 용역의 무상공급은 부가가치세 과세대상에서 제외되며, 용역의 무상공급과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다라고 결정한 사례가 있다(조심2014중0325, 2014.4.11. 같은 뜻)

• 가. 쟁점 무상 임대용역 공급분에 해당하는 임차료 등의 매입세액 불공제가 부당한지
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제12조 【용역 공급의 특례】

② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다. 2) 부가가치세법 제29조 【과세표준】

⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 3) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. <개정 2017.12.19, 2019.12.31>

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 1) 청구법인은 **광역시의 소프트웨어, 정보통신 및 문화콘텐츠산업을 효율적으로 육성하기 위한 기반 조성 및 관련 기업의 경쟁력 강화를 지원함으로써 국가 및 지역경제 발전에 이바지함을 목적으로 민법에 따라 설립된 출연기관으로 법인세법상 비영리법인에 해당한다는데 다툼이 없으며, 사업자 등록증 상 청구법인은 ‘부동산임대, 연구개발 및 교육용역 서비스업’을 영위하는 것으로 나타난다.

2. 청구법인의 임대차 현황은 다음과 같다.

• 가) 센터1에 대한 임대차내역은 다음 <표2>와 같이 확인된다. <표2> (센터1 임차내역) (원) 임차 목적물 임차기간 보증금 월세 관리비 2층, 3층 (12호실, 227평) 2017.7.24.∼2019.7.23. 10,000,000 5,059,780 없음 4층 (6호실, 151평) 〃 7,000,000 3,488,100 * 관리비는 없으나 전기요금에 대한 세금계산서가 청구법인에게 직접 교부가 되어 청구법인이 부담을 하고 있음 (센터1 임대내역) (원) 입주업체 임대 목적물 임대기간 보증금 (월세) 건물관리비 전기료 유 203호 (비즈니스) 2017.3.16.∼ 2018.12.31. 없음 5,000/3.3㎡ 121,000/월 실비가액 범위내 부과 최 206호 (비즈니스) 2017.7.1.∼ 2018.6.30. 없음 5,000/3.3㎡ 140,000/월 실비가액 범위내 부과 (중략) 우 303호 (Start-up) 2017.4.1.~ 2018.3.31. 없음 25,000/인 25,000/월 실비가액 범위내 부과 이 406호 (비즈니스) 2017.7.1.~ 2018.6.30. 없음 5,000/3.3㎡ 212,000/월 실비가액 범위내 부과
• 나) 센터2에 대한 임대차내역은 다음 <표3>과 같이 확인된다. <표3> (센터2 임차내역) (원) 임대 목적물 임대기간 보증금 월세 관리비 12층 (576.95㎡/174.53평) 2018.10.1.∼2019.12.31. 0 4,927,077 (28,231/평) 4,223,626 (24,200/평) 〃 2020.1.1.∼ 2020.12.31. 0 5,074,889 (29,077/평) 4,319,618 (24,750/평) (센터2 임대내역) (원) 입주업체 임대 목적물 임대기간 보증금 (월세) 관리운영비 전기료 등 ㈜토 1203호 2018.1.1.∼ 2018.12.31. 4,930,332 (무상) 373,510 (50% 지원) 관리비에 포함, 추가사용분 실비부과 ㈜플 1201호 2018.1.1.∼ 2018.12.31. 3,529,416 (무상) 267,380 (50% 지원) 관리비에 포함, 추가사용분 실비부과 (중략) 킬** 1200호 2018.7.1.~ 2018.3.31. 2,691,744 (무상) 407,840 (50% 지원) 관리비에 포함, 추가사용분 실비부과 블** 1210호 2018.11.1.~ 2018.12.31. 710,336 (무상) 322,880 (50% 지원) 관리비에 포함, 추가사용분 실비부과 * 보증금은 입주계약 기간 내 관리비 청구금과 동일, 부가세 포함
• 다) 센터3에 대한 임대차내역은 다음 <표4>와 같이 확인된다. <표4> (센터3 임차내역) (원) 임대 목적물 임대기간 보증금 월세 관리비 2층 (576.95㎡/174.53평) 2018.10.1.∼2019.12.31. 0 4,927,077 (28,231/평) 4,223,626 (24,200/평) 〃 2020.1.1.∼ 2020.12.31. 0 5,074,889 (29,077/평) 4,319,618 (24,750/평) * 센터3의 입주업체에 대하여는 임대료와 관리비 징수없이 모두 무상제공

3. 쟁점 사업장에서 발생한 매출·매입내역은 다음과 같다. (원) 센터 과세기간 구분 매입 매출 매출/매입 센터1 2014.4.1. ∼2014.12.31. 임차료 12,660,000 0 50% 전기요금 16,642,564 14,633,977 계 29,302,564 14,633,977 2015.1.1. ∼2015.12.31. 임차료 88,692,000 0 33% 전기요금 24,440,907 37,036,804 계 113,132,907 37,036,804 2016.1.1. ∼2016.12.31. 임차료 88,692,000 0 39% 전기요금 28,649,483 45,946,130 계 117,341,483 45,946,130 2017.1.1. ∼2017.12.31. 임차료 90,591,000 0 37% 전기요금 27,431,922 43,275,735 계 118,022,922 43,275,735 2018.1.1. ∼2018.12.31. 임차료 83,515,900 0 32% 전기요금 22,948,886 33,937,860 계 106,464,786 33,937,860 2019.1.1. ∼2019.3.31. 임차료 17,412,180 0 19% 전기요금 5,411,103 4,445,278 계 22,823,283 4,445,278 센터2 2014.4.1. ∼2014.12.31. 임차료 36,803,795 0 0% 관리비 67,206,930 0 계 104,010,725 0 2015.1.1. ∼2015.12.31. 임차료 63,092,220 0 21% 관리비 115,211,880 37,831,625 계 178,304,100 37,831,625 2016.1.1. ∼2016.12.31. 임차료 63,092,220 0 17% 관리비 117,112,720 29,872,208 계 180,204,940 29,872,208 2017.1.1. ∼2017.12.31. 임차료 77,813,745 0 26% 관리비 119,233,545 31,173,443 계 197,047,290 31,173,443 2018.1.1. ∼2018.12.31. 임차료 88,329,120 0 18% 관리비 117,955,080 36,558,801 계 206,284,200 36,558,801 2019.1.1. ∼2019.3.31. 임차료 22,082,280 0 18% 관리비 29,488,770 9,063,700 계 51,571,050 9,063,700 센터3 2018.1.1. ∼2018.12.31. 임차료 13,437,483 0 0% 관리비 11,518,980 0 계 24,956,463 0 2019.1.1. ∼2019.12.31. 임차료 13,437,483 0 0% 관리비 11,518,980 0 계 24,956,463 0

4. 청구법인의 이의신청에 따른 처분청의 매입세액 경정세액 및 청구법인의 추가공제 신청내역은 다음과 같다. 센터명 구분 2014년 2015년 공급가액 세액 공급가액 세액 센터1 매출 관리비 14,633,977 1,463,381 37,036,804 3,703,649 매입 임차료 37,980,000 3,798,000 88,692,000 8,869,200 전기요금 16,642,564 1,664,256 24,440,907 2,444,093 임차료 안분금액 2,971,017 7,422,203 전기요금 안분금액 1,301,878 2,036,237 기환급액(경정) 1,301,878 2,036,237 추가공제 신청세액 2,971,017 7,422,203 센터2 매출 관리비

• - 37,831,625 3,787,157 매입 임차료 36,803,795 3,680,383 63,092,220 6,309,228 관리비 67,206,930 6,720,693 115,211,880 11,521,188 매입세액 안분금액 10,401,076 17,830,416 기환급액(경정)

• 3,787,157 추가공제 신청세액 10,401,076 14,047,259 센터3 매출 관리비

• - 매입 임차료

• - 관리비

• - 매입세액 안분금액

• 기환급액

• 추가공제 신청세액

• 합계 기환급세액(경정) 1,301,878 5,823,394 추가공제 신청세액 13,372,093 21,469,462 센터명 구분 2016년 2017년 공급가액 세액 공급가액 세액 센터1 매출 관리비 45,946,130 4,594,575 43,275,735 4,327,552 매입 임차료 88,692,000 8,869,000 90,591,000 9,059,100 전기요금 28,649,483 2,864,948 27,431,922 2,743,196 임차료 안분금액 7,615,136 7,778,185 전기요금 안분금액 2,459,857 2,355,321 기환급액(경정) 2,459,857 2,355,321 추가공제 신청세액 7,615,136 7,778,185 센터2 매출 관리비 29,872,208 2,987,214 31,173,443 3,198,905 매입 임차료 63,092,220 6,309,228 77,813,745 7,781,371 관리비 117,112,720 11,711,272 119,233,545 11,923,346 매입세액 안분금액 18,020,500 19,704,717 기환급액(경정) 2,987,214 3,198,905 추가공제 신청세액 15,033,286 16,505,812 센터3 매출 관리비 매입 임차료 관리비 매입세액 안분금액 기환급액 추가공제 신청세액 합계 기환급세액(경정) 5,447,071 5,554,226 추가공제 신청세액 22,648,422 24,283,997 센터명 구분 2018년 2019년 공급가액 세액 공급가액 세액 센터1 매출 관리비 33,937,860 3,393,760 4,445,278 444,522 매입 임차료 83,515,900 8,351,590 17,472,180 1,747,218 전기요금 22,948,886 2,294,890 5,411,103 541,111 임차료 안분금액 7,181,677 1,511,134 전기요금 안분금액 1,973,706 467,996 기환급액(경정) 1,973,706 467,996 추가공제 신청세액 7,181,677 1,511,134 센터2 매출 관리비 36,558,801 3,655,874 9,063,700 906,370 매입 임차료 88,329,120 8,832,912 22,082,280 2,208,228 관리비 117,955,080 11,795,508 29,488,770 2,948,877 매입세액 안분금액 20,628,420 5,157,105 기환급액(경정) 3,655,874 906,370 추가공제 신청세액 16,972,546 4,250,735 센터3 매출 관리비 0 0 0 0 매입 임차료 13,437,483 1,343,748 13,437,483 1,343,748 관리비 11,518,980 1,151,898 11,518,980 1,151,898 매입세액 안분금액 1,632,626 1,632,626 기환급액 0 0 추가공제 신청세액 1,632,626 1,632,626 합계 기환급세액(경정) 7,262,206 3,006,992 추가공제 신청세액 25,786,849 7,394,495 센터명 구분 2014년∼2019년 매입세액 안분계산기준 공급가액 세액 센터1 매출 관리비 179,275,784 17,927,439

○ (청구법인) 임차료 포함 전체 매입세액 을 청구법인과 입주업체의 사용면적비율로 안분 -입주업체 사용면적비율 공제 신청

○ (처분청) 임차료를 제외한 전기료, 관리비 등만 공통매입세액으로 보아 청구법인 주장 사용면적비율로 안분 매입 임차료 406,943,080 40,694,308 전기요금 125,524,865 12,552,494 임차료 안분금액 34,479,352 전기요금 안분금액 10,594,995 기환급액(경정) 10,594,995 추가공제 신청세액 34,479,352 센터2 매출 관리비 144,499,777 14,531,520 매입 임차료 351,213,380 35,121,350 관리비 566,208,925 56,620,884 매입세액 안분금액 91,742,234 기환급액(경정) 14,531,520 추가공제 신청세액 77,210,714 센터3 매출 관리비 0 0 매입 임차료 26,874,966 2,687,496 관리비 23,037,960 2,303,796 매입세액 안분금액 3,265,252 기환급액 0 추가공제 신청세액 3,265,252 합계 기환급세액(경정) 25,126,515 추가공제 신청세액 114,955,318

5. 청구법인의 임대현황을 보면 청구법인은 센터1, 센터2, 센터3에 입주한 입주업체로 모두로부터 임대료를 받지 않고 있다. 다만, 센터2의 경우는 임대기간의 관리운영비 상당액과 동일한 금액의 임대보증금을 받고 있다. 6) 청구법인의 쟁점사업장에 대한 전기료 등 관리비 징수현황을 다음과 같다. 센터 구 분 징수내역 센터1 관리운영비 비즈니스 입주실의 경우 3.3㎡당 5,000원, Start-up 입주실의 경우 1인당 25,000원의 관리운영비를 징수 전기요금 개별 계량기 검침을 통한 전기요금을 실비가액 이내의 범위에서 청구법인이 별도로 정하는 방법으로 징수 센터2 관리운영비 청구법인의 납부 관리비의 50% 지원 원칙으로 월별 정액 공정비 징수 전기요금 관리운영비에 포함되어 별도 징수내역은 없으나 기준 초과 사용분에 대하여는 실비로 징수하고 있음 센터3 관리운영비 전액 무상지원 전기요금 전액 무상지원

7. 청구법인의 정관 제23조(운영재원) 제1항에 의하면 ‘진흥원 운영에 필요한 재원은 출연금, 보조금, 재산의 운영에서 발생하는 과실금, 수익 사업의 수익금 및 기타 수입금, 후원금, 기부금 등으로 충당한다’라고 되어 있으며, 청구법인은 쟁점사업장의 운영과 관련하여 입주업체로부터 임대료를 받지 않고 관리비를 무상 또는 일부 무상 지원함으로 인해 발생하는 부족액을 국가 또는 **시의 보조금으로 충당하고 있는 것으로 확인된다.

8. 청구법인은 2020.1.6. 처분청에 쟁점사업장 관련 매입세액을 당초 불공제 신고하였으나 임대사업과 관련된 것이므로 환급하여 달라는 취지의 이의신청을 접수하였는바, 처분청은 매입세액 중 임차료를 제외한 전기료 및 관리운영비에 대한 매입세액은 공통매입세액에 해당한다고 보아 청구인이 주장하는 입주업체와 청구법인의 사용면적비율에 따라 재계산하여 2014년 제1기부터 2019년 제1기까지의 부가가치세를 경정하고 25,126,515원을 환급한 사실이 확인된다.

• 라. 판단

1. 관련 법리 부가가치세법 제12조 제2항 에서는 “사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.”라고 규정하고 있고, 제39조 제1항 제7호에서는 ‘면세사업등에 관련된 매입세액’은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 명시하고 있는바, 위 각 규정에 의하면 청구법인의 쟁점사업장 임대가 대가를 받은 유상의 부동산 임대용역의 공급에 해당하는 경우에만 부가가치세 과세대상이 되고, 그에 관련한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다고 할 것이며, 한편 쟁점사업장 임대가 대가를 받고 이루어진 것이라고 하기 위하여는 그 공급한 임대용역과 그 반대급부가 서로 실질적, 경제적 대가관계에 있어야 한다고 할 것이다(대법원 1997. 10. 10. 선고 96누15909 판결, 대법원 2000. 2. 25. 선고 98다47184 판결 등 참조). 또한 부동산 임대용역의 제공에 대한 부가가치세의 과세표준은 전세금 또는 임대보증금을 관련 규정에 의하여 계산한 금액과 월 임료 등의 합계액이라고 할 것이고, 임대사업자가 임차인으로부터 월 임료 등과 구분하여 편의상 함께 수령하는 관리비 명목의 전기료, 수도료, 냉난방료, 청소비, 경비비 등은 그 성격상 공공요금 등의 납입을 대행하는 것이거나 다른 용역에 대한 대가에 해당되는 것으로서 위 임대용역의 제공으로 인한 부가가치세의 과세표준에는 포함되지 아니한다(대법원 1996. 12. 6. 선고 96누13 판결 등 참조)(서울고등법원2015누42680, 2015.10.13. 판결).

2. 무상 임대용역 공급분에 해당하는 임차료 등의 매입세액 불공제가 부당한지에 대한 판단

• 가) 이상의 법리와 사실관계 및 아래와 같은 사정을 종합하여 보건대, 청구법인이 쟁점사업장의 입주업체들로부터 지급받은 돈이 쟁점사업장 임대용역 제공에 대한 실질적, 경제적 대가에 해당한다고 보기 어렵다.

① 청구법인은 센터1 입주업체로부터 임대료 받지 않으면서 건물관리비를 매월 일정액으로 받았으며, 전기료는 관리비와 별도로 실비가액 범위내에서 청구법인이 부과하여 지급받았다.

② 청구법인은 센터2 입주업체로부터 임대료를 받지 않으면서 청구법인이 지급하는 관리비의 50% 수준으로 관리운영비를 매월 일정액으로 받았으며, 전기료 등은 기본적으로 관리비에 포함하였으나 추가 사용분은 실비로 부과하여 지급받았다.

③ 청구법인은 센터3 입주업체에 대하여는 임대료와 관리비 징수없이 모두 무상으로 제공하였다.

④ 청구법인은 입주업체로부터 건물관리비를 받은 후 청구법인이 부담하기로 한 나머지 관리비와 함께 그대로 쟁점사업장의 임대인에게 전달하였을 뿐이며. 전기료 또한 한국전력공사에 그대로 납부하였을 뿐이다.

• 나) 따라서, 청구법인은 쟁점사업장의 입주업체들로부터 부동산 용역의 제공과 관련하여 대가를 받았다고 볼 수 없으므로 청구법인의 쟁점사업장 임대는 부가가치세법 제12조 제2항 에서 정한 ‘대가를 받지 아니하고 한 용역의 공급’에 해당하여 부가가치세법상 과세대상에서 제외되며, 결국 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 에 따라 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법제65조 제①항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.