거래 당시 청구법인을 선의의 거래당사자에 해당한다고 보기 어려움

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2003.10.27. 설립되어 ○○도 ○○시 ○○면 ○○길 000-00를 사업장으로 하여 폐자원(고철) 재상가공 제조업을 영위하다가 2016.4.1. 폐업하였다.
• 나. ○○지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.7.1.부터 2015.11.10.까지 청구법인에 대하여 법인세통합조사(이하 “과거조사”라 한다)를 실시하여, 다음 <표1>과 같이 2013년 제2기부터 2014년 제2기까지 4곳의 매입처로부터 합계 9,650,915,580원의 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 보아 2015.12.4.과 2015.12.9. 청구법인에게 부가가치세 합계 1,425,921,040원(2013년 제2기 788,882,140원, 2014년 제1기 568,010,410원, 2014년 제2기 69,028,490원)과 법인세 합계 193,300,510원(법정증명서류 미수취가산세, 2013사업연도 104,659,810원, 2014사업연도 88,640,700원)을 각 경정․고지하였다. <표1> 조사청의 청구법인에 대한 조사 내용
• 다. 처분청은 2014년 제2기 다음 <표2>와 같이 청구법인의 매입처인 甲으로부터 발급받은 합계 2,087,572,450원(공급가액)의 세금계산서와 ㈜乙(이하 이들 매입처를 합하여 “쟁점매입처”라 한다)으로부터 발급받은 합계 449,788,050원(공급가액, 이하 쟁점매입처로부터 수취한 세금계산서 합계 금액 2,537,360,500원을 “쟁점금액”이라 하고, 이때 발급받은 세금계산서를 “쟁점세금계산서”라 하며, 이 거래를 “쟁점거래”라 한다)의 세금계산서가 각 가공거래라는 과세자료를 수보하자, 처분청은 2019.10.17.부터 2019.11.30.까지 청구법인의 2014년 제2기 부가가치세 부분조사(자료상 수취자 조사)를 실시하여 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점금액(2,537,360,500원)을 실물거래 없이 발급받은 세금계산서로 보아 2020.2.7. 청구법인에게 2014년 제2기 부가가치세 539,404,780원을 경정․고지하였다. <표2> 쟁점거래처 관련 과세자료 수보 내역 그리고 청구법인과 실행위자 홍길동(대표자 홍아내의 배우자)을조세범처벌법제10조【세금계산서 발급의무 위반 등】을 위반한 혐의로 수원지방검찰청 평택지청에 고발하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.17. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. (쟁점①) 청구법인은 처분청의 이 건 세무조사과정에서 납세자의 권리를 전혀 보장받지 못하는 등 세무조사 과정 등에 중대한 하자가 있으므로 이렇게 진행된 세무조사 결과로 고지된 이 건 처분은 취소되어야 한다.

1. 처분청이 이 건 조사계획을 수립하고 조사하는 과정에서 청구법인은 국세기본법에서 보장하고 있는 납세자의 권리를 전혀 보장받지 못하였다. 먼저 처분청 조사착수과정을 보면, 폐업된 청구법인의 사업장 대신 대표자 주민등록상 주소지이자 친적집인 ○○ ○○시 ○○ 00, 0동 0 ○○로 출석요구서 2회를 등기우편으로 보내고 반송되자 공시송달 후 조사를 진행하였으나, 대표자와 청구법인의 실사업자 홍길동(대표자의 배우자)는 생계를 위하여 온종일 지인들 사업장에서 일하였기 때문에 이러한 우편물을 수령할 수 없었다. 따라서 청구법인은 납세자권리헌장수령 및 납세자의 성실성 추정, 세무조사시 조력을 받을 권리 등이 전혀 보장되지 아니한 상태에서 조사가 진행되었다. 그 후 청구법인등은 조세범처벌법을 위반한 혐의로 검찰에 고발되었으며, 청구법인등은 검찰의 소환통보를 받고서야 비로소 세무조사가 실시된 사실을 알았다.

2. 이 건 세무조사는 중복조사이고 이중으로 형사처벌하는 것이어서 청구법인의 권리가 훼손되었다. 과거 범칙조사시 청구법인은 이아무개(중개인)을 통하여 고철납품 문의가 들어오면 홍길동이 매입처들의 사업장을 직접 방문하여 대표자와 면담한 후 대표자 신분증, 명함, 사업자등록증, 통장사본 등을 제출받고, 사무실과 고철 집하장, 계근대, 고철을 상하차할 수 있는 집게차 주차장 등을 확인하는 방법으로 정상사업자 여부를 판단하였다고 적극 설명하였다. 조사청의 과거 조사시 소명요구로 쟁점거래처의 쟁점금액을 소명하고 조사청은 이를 정상거래로 인정하여 과세하지 아니하였다가 다시 이 건 조사시 쟁점거래를 가공으로 보는 것은 중복조사에 해당되어 위법하고, 청구법인을 이중으로 형사처벌하는 것이어서 부당하다.

• 나. (쟁점②) 청구법인은 쟁점매입처들과 쟁점거래시 선의의 거래당사자에 해당하므로 쟁점세금계산서와 관련된 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다.

1. 매출처와의 거래 현황 청구법인은 특수강을 제조하는 甲乙철(주)(이하 “甲乙철”이라 한다)의 1군 협력업체로서, 甲乙철이 요구하는 까다로운 구매요건에 따라 투명하게 거래하였다. 고철 입고(납품)과정을 보면 甲乙철이 운송차량 및 적재고철을 CCTV로 촬영하고, 차량번호, 중량, 운전기사의 자필 서명, 운전기사 연락처 등을 전산관리하면서 납품받았다. 납품과정에서 감량, 등급 조절 등의 문제가 발생하거나 중요 의사결정이 필요한 경우 매입처와 직접 연락하여 이를 해결하였다.

2. 매입처와의 거래 현황 고철의 유통구조가 복잡하면 운반비가 많이 발생하므로 철거현장․공장→쟁점매입처→청구법인→甲乙철로 하는 물류흐름 거래를 하지 아니하고, 철거현장․공장→甲乙철로 바로 물량이 이동하는 거래를 하였다. 청구법인의 사업장에서는 전화를 받고 영업하였고, 소량의 고철인 경우에는 청구법인 사업장에 하치하였다가 납품하였다.

3. 청구법인은 쟁점매입처와 거래시 이아무개에게 중개수수료를 지급하면서 거래하였고 실물거래를 이아무개가 추가로 확인하였으므로 청구법인은 선의의 거래당사자로 보아야 한다. 쟁점거래 당시 청구법인은 부동산을 소유하고 있었고, 대표자는 제2차 납세의무를 부담하고 있었으므로 사실과 다른 세금계산서를 수취할 경우 법인 및 개인이 모두 파산할 것을 알면서 명의위장 사업자와 공모하거나 묵인하면서까지 거래를 할 이유가 없었다. 청구법인이 고철 매입경로를 추적하여 확인하는 것은 현실적으로 어려울 뿐만 아니라 적시에 조달하여 납품하는 방법으로 회사를 경영한 청구법인에게 매입거래에 있어 엄격한 주의의무를 부담하도록 하는 것은 부당하다.

• 가. (쟁점①) 이 건 세무조사 절차는 적법하게 진행되었고, 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있어 조사한 것이기 때문에 잘못이 없다.

1. 쟁점매입처로부터 쟁점금액이 가공거래라는 과세자료를 수보받은 처분청은 이를 확인하기 위하여 폐업된 청구법인을 부분조사 대상자로 선정하였고, 청구법인과 대표자에게 연락하였으나 연락이 되지 아니하여 조사시 연락을 못한 채 부득이 이 건 세무조사를 진행한 것이므로 이는 적법하다.

• 가) 세무조사 착수시 세무조사통지서를 교부하기 위하여 사업장을 방문하였으며, 대표자와의 연락불가, 우편물 반송 등에 따라 정상적인 세무조사통지서 교부가 불가하여 세무조사통지서 교부를 생략하였다.
• 나) 그리고 세무조사를 착수한 후 대표자와 연락이 불가하였고 주소지로 출석요청 등기우편을 보냈으나 반송되는 등 청구법인의 소재가 불분명하여 정상적인 세무조사 진행이 어려워 2019.10.31.부터 2019.11.13.까지 세무조사를 중지하는 조치까지 한 사실이 있다.
• 다) 2019.11.30. 세무조사를 종결한 후 대표자 주소지로 세무조사결과를 통지하였으나, 또 반송되어 부득이 공시송달하였으므로 처분청의 이 건 세무조사는 절차상 하자가 없다. 설령 세무조사 절차 등이 하자가 있었다고 하더라도 조세법은 강행규정이므로 세법이 정한 과세요건이 충족하면 과세관청은 세법이 정한 바에 따라 과세하는 것이므로 이 건 부과처분은 적법하다(조심2012서3615, 2013.5.14. 등 참조).

2. 청구법인은 조사청이 과거조사시 2014년 제2기를 조사하였으므로 같은 과세기간을 부분조사한 이 건 조사가 중복조사에 해당되어 위법하다고 주장하나, 쟁점매입처로부터 받은 쟁점금액의 세금계산서가 가공세금계산서라로 확정한 과세자료를 통보받고, 국세기본법제84조의4 【세무조사권 남용 금지】제2항 제1호 “조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에 해당되어 이 건 세무조사를 실시한 것이므로 이는 적법하다.

• 나. (쟁점②) 쟁점매입처들과 쟁점금액 거래시 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당한다고 주장하나, 이를 인정하기는 어렵다. 이 건 조사결과 쟁점거래처는 전형적인 자료상의 거래형태를 띠어 형사고발되었고, 쟁점거래처의 계근표에서 청구법인이 아닌 다른 업체의 계근표가 출력된 점, 과거조사시 청구법인이 세금계산서 수수의무를 위반한 혐의로 고발된 이력이 있는 점에 근거하여 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 세금계산서로 확정하였다. 청구법인은 이아무개에게 쟁점거래처와의 거래를 확인받았다고 주장하나, 조사청의 과거조사시 이아무개는 제3자의 위치에 있는 자로 조사되었기 때문에 이아무개에게 쟁점거래처가 실사업자임을 확인할 의무가 있었다고 보기 어렵다. 또한, 홍길동은 다년간 고철업계에 종사한 자로 세금계산서 수수의무 위반에 대하여 충분히 인지하고 있었던 상태로 보임에도 불구하고 쟁점거래처가 실사업자인지 여부를 직접 확인하지 아니한 채 거래하였으므로 청구법인이 쟁점거래시 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 보기는 어렵다.

• 가. 쟁점

① 이 건 세무조사는 조사절차에 중대한 하자가 있고, 중복조사에 해당되어 위법하다는 청구구장의 당부

② 청구법인이 쟁점거래시 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부

• 나. 관련 법령 는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계
• 가) 조사청은 2015.7.1.부터 2015.11.10.까지 청구법인을 조사(과거조사)한 내용은 다음과 같다.

(1) 청구법인 대표자 홍아내는 홍길동의 배우자로 실제 거래선 관리 및 매입․매출 등 중요한 의사결정은 홍길동이 수행하고, 홍아내는 통장관리 등 단순업무만 하고 있는 것으로 확인되며, 홍길동은 청구법인 이외 ○○ ○○시 ○○면 ○○에 소재하고 있는 丙철강(1999.11.1. 개업)을 계속 운영하고 있는 것으로 확인된다. * 丙철강은 과거조사 이후인 2016.4.1. 폐업함

(2) 조사청은 청구법인이 2013년 제2기부터 2014년 제2기까지 <표1>과 같이 ㈜aaa업체 등 4개 매입처로부터 합계 9,650,915,580원의 사실과 다른 세금계산서(위장세금계산서)를 수취한 것으로 보았으며, 이들 매입처와의 거래에 있어 청구법인을 선의의 거래 당사자 여부를 검토한 내용을 요약하면 다음과 같다.

(3) 조사청은 ㈜aaa업체 등 4개 매입처로부터 매입한 9,650,915,580원을 가공거래가 아닌 위장거래(사실과 다른 세금계산서 거래)로 본 이유를 정리하면 다음과 같다. ㉮ 청구법인의 법인세 신고 내용은 다음 <표3>과 같다. <표3> 2012∼2014사업연도 법인세 신고내용 ㉯ 법인세 신고서상 원가율은 2012사업연도 95.2%, 2013사업연도 96.9%, 2014사업연도 98.7%로 2013∼2014사업연도의 자료상 매입관련 건은 도매 형태의 거래 성격을 띠고 있어 원가율이 2∼3% 높아졌다. 한편, 위 자료상 매입분을 원가에서 제외시 원가율은 2013사업연도 70.8%, 2014사업연도 87.4%로 자료상 매입거래가 없던 2012사업연도의 95.2%와는 24.4% 포인트와7.8% 포인트의 큰 차이가 발생하고 있다. ㉰ 조사청의 검토의견 자료상 매입분은 수기 장부와 매출처(甲乙철)의 입고관리 전산시스템을 비교․검토한바, 자료상 매입분 상당량이 甲乙철에 납품된 사실이 객관적으로 확인되고, 원가율에 의해 비교․검토하여도 위 자료상 매입분을 제외시 원가율이 과도하여 일반적 내지 합리적이지 아니한 점, 매입 즉시 매출이 발생하여 재고가 발생하지 않아 매출한 수량만큼 실제 매입량은 있었다고 보이는 점, 그리고 송금한 매입대금이 청구법인에 다시 반환된 사실이 발견되지 않는 점 등을 살펴볼 때 위 자료상으로부터 수취한 세금계산서에 해당하는 고철은 신원불명의 제3자로부터 매입하여 甲乙철에 실제 납품한 것으로 판단되므로 이를 위장세금계산서로 보아 손금(매출원가) 산입함이 타당하다.

(4) 한편, 조사청은 과거조사 후 2015.11.27. 청구법인과 홍길동이 조세범처벌법제10조【세금계산서 발급의무 위반 등】을 위반한 혐의로 수원지방검찰청 평택지청에 고발하였고, 이 사건은 2016.6.17.부터 현재까지 기소중지(참고인 중지)상태로 있는 것으로 나타난다.

• 나) 2014사업연도말 현재 청구법인의 주주현황 등을 국세청 전산시스템(NTIS)에 따라 살펴보면, 청구법인이 자본금은 2억원이며, 청구법인의 주식 40,000주(액면가: 5천원)는 대표자 홍아내가 20,000주(50%), 배우자 홍길동이 10,000주(25%)를 보유하고 있고, 나머지도 홍아내의 형제자매 B.C 합계 10,000주(25%)를 보유하고 있는 것으로 나타난다.
• 다) 한편, 쟁점매입처의 사업자등록 현황을 국세청 전산시스템(NTIS)에 따라 살펴보면, ① 甲은 2014.7.1.개업하여 2014.8.31. 직권폐업되었고, 대표자는 ○○○이며, 업종은 도소매/ 재생용재료수집 및 판매업이며, 사업장은 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○로 000인 것으로 나타난다. 그리고 ② ㈜乙은 2014.1.20. 개업하여 2016.5.31. 직권폐업되었고, 대표자는 ○○○이며, 업종은 도매/ 비철금속이며, 사업장은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○길 000인 것으로 나타난다.

2. 처분청의 이 건 조사내용

• 가) 처분청은 甲 등 쟁점매입처로부터 받은 쟁점금액을 가공매입한 것으로 보아 다음 <표4>와 같이 2014년 제2기 부가가치세 539,404,781원을 경정․고지하였다. <표4> 2014년 제2기 부가가치세 경정․고지 내역
• 나) 처분청이 쟁점매입처로부터 쟁점거래가 가공거래라고 과세자료를 통보받은 내역은 다음과 같다.

(1) 조사청은 2015.4.15.부터 2016.1.8.까지 매입처 甲을 조사하고 동 업체를 자료상으로 고발한 것으로 나타나며, 이때 청구법인과 관련된 조사내용을 요약하면 다음과 같다. ㉮ 甲은 2014.7.1. 개업하여 2014.8.31. 직권폐업된 업체로 2014년 제2기 부가가치세를 무신고한 것으로 나타나며, 동 업체는 단기간 매입 없이 거액의 매출세금계산서만 교부한 속칭 “폭탄업체”혐의로 조사한 것으로 나타난다. ㉯ 2014년 제2기 청구법인에 대한 매출거래(매출전자세금계산서 교부, 40매 합계 2,087,572,450원) 전액을 가공거래로 확정

(2) 또한, 조사청은 2015.12.18. 매입처 ㈜乙을 조사하고, 2014년 제2기 청구법인이 받은 13매 합계 449,788,050원의 세금계산서 거래를 가공으로 본 것으로 나타나고, 가공거래로 본 이유는 다음과 같이 조사청의 ㈜乙에 대한 ‘조사 보충조서’에 나타난다.

• 다) 쟁점①(세무조사 절차위반 등)와 관련하여 처분청이 작성한 문서내역을 날짜순으로 정리하면 다음과 같다.

(1) 처분청은 2019.10.11. 이 건 세무조사를 착수하면서 청구법인을 수취인으로 하여 ‘세무조사통지’라는 문서(조사과-00)를 작성하였는바, 그 주요내용은 다음과 같다.

(2) 처분청은 2019.10.18. 대표자 홍아내의 주소지인 ○○ ○○시 ○○ 00, 0동 00호(○○동, ○○아파트)로 다음과 같은 요지로 ‘출석 요청’ 문서(조사과-000)를 등기우편(145***)으로 보냈으며, 동 우편물은 2회에 걸쳐 배달하려하였으나 ‘폐문부재’로 송달하지 못하고 2019.11.1. 반송되었다가, 2019.11.5. 송달(수령인: 이*조)된 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 2019.10.29. ‘세무조사 통지 교부생략 검토조서(생략사유: 폐업)’를 작성하였는바, 검토의견은 다음과 같다.

(4) 처분청은 2019.10.29. ‘세무조사 중지 검토조서’를 작성하였는바, 그 주요내용은 다음과 같다.

(5) 한편, 처분청은 이 건 세무조사를 종결한 후 2019.12.10. ‘세무조사결과 통지서’(문서번호: 조사과-000, 2019.12.9.)를 대표자 홍아내의 주소지(○○ ○○시 ○○ 00, 0동 00호)로 발송하였으며, 동 우편물(등기번호: 109*)은 2회에 걸쳐 배달하려하였으나 ‘폐문부재’로 송달하지 못하고 2019.12.17. 반송되자 처분청은 2019.12.30. 동 문서를 공시송달한 것으로 나타난다. 그러나, 인터넷우체국의 국내우편 배송조회에 따르면, 동 문서는 2019.12.19. 최에게 배달된 것으로 나타난다.

(6) 처분청은 2020.1.20. 이 건 부가가치세 고지서(세액: 539,404,780원)를 등기우편으로 대표자 홍아내의 주소지(○○ ○○시 ○○ 00, 0동 00호)로 발송하였으며, 2020.1.30. ‘폐문부재’로 반송되자, 2020.2.4. 다시 재발송하였고 동 우편물(등기번호: 109*)은 2020.2.7. 송달(수령인: 강)된 것으로 나타난다.

• 라) 쟁점②(청구법인이 선의의 거래당사자 인지)와 관련하여 처분청의 조사내용은 다음과 같다.

(1) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점매입처로부터 받은 쟁점금액을 가공거래로 본 것으로 나타나고 이때 작성한 ‘조사결과 검토보고서’의 주요 내용은 다음과 같다.

(2) 처분청은 청구법인과 실제 대표자 홍길동이 조세범처벌법제10조【세금계산서 발급의무 위반 등】등을 위반한 혐의로 고발하였으나, ○○지방검찰청 (검사: 이ㅇㅇ)은 2020.5.21. ‘혐의없음(증거불충분)’으로 처분한 것으로 나타난다.

3. 청구법인이 제출한 증빙

• 가) 2014년 제2기 쟁점매입처와 쟁점거래를 하면서 쟁점매입처가 실사업자였음을 사전에 확인하였다는 취지로 다음과 같은 증빙을 제출하였다.

(1) 甲: 사업자등록증 사본, 사업자명의 계좌(기업은행: **)의 통장표지 사본, 대표 ○○○의 운전면허증 사본, 인감증명서 사본(2014.6.25. 발행).

(2) ㈜乙: 사업자등록증 사본, 법인명의 계좌(기업은행: **)의 통장표지 사본, 법인인감증명서 사본(2014.8.21. 발행), 법인등기사항전부증명서 사본(2014.8.21. 발행), 대표자 ○○○의 운전면허증 사본, 납세증명서 사본(2014.8.20. 발행), 2014년 제1기 부가가치세 56,194,420원을 2014.8.5. 납부하였다는 영수증 사본, 사업장 사진 사본 3매, 청구법인과 ㈜乙 간 맺은 고철 매매계약서(작성일자: 2014.7.15.) 사본.

• 나) 쟁점거래가 실거래였다는 취지로 다음과 같은 증빙을 제출하였다.

(1) 甲: 甲이 작성한 철스크랩납품명세서 32매, 甲과 거래 내역이 나타나는 청구법인의 금전출납장 13매.

(2) ㈜乙: 매입전자세금계산서 목록, 송금 확인증

(3) 甲乙철: 2014.7.1.∼ 2017.31. 기간 동안 청구법인과 甲乙철 간 거래내역서 등 증빙 27매.

4. 과거조사에 대한 청구법인이 불복결과 청구법인은 조사청의 과거조사에 대하여 조세심판원에 이 건과 동일한 취지(선의의 거래당사자)로 심판청구를 제기하였으나, 2017.1.5. 기각결정(조심2000중0000)된 것으로 나타는바, 이때 조세심판원이 판단한 내용은 다음과 같다.

• 라. 판단

1. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살펴본다.

• 가) 관련 법리 국세기본법제81조의4 제1항은 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다.)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다고 규정하고 있다. 이 조항은 세무조사의 적법 요건으로 객관적 필요성, 최소성, 권한 남용의 금지 등을 규정하고 있는데, 이는 법치국가원리를 조세절차법의 영역에서도 관철하기 위한 것으로서 그 자체로서 법규적 효력을 가진다(대법원 2016.12.15. 선고 2016두47659 판결 참조). 한편, 같은 조 제2항 제1호는 “조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 있는 ‘중복조사 금지’의 예외를 규정하고 있다. 과세처분은 과세표준의 존재를 근거로 하여 되는 것이기 때문에 그 정당성 판단은 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 의해 결정되어야 하는 것이고, 세무조사절차에 어떠한 위법이 있다 하더라도 그것이 전혀 조사를 결한 경우나 사기나 강박 등의 방법으로 과세처분의 기준이 되는 자료를 수집하는 등 중대한 것이 아닌 한 과세처분의 취소사유로는 되지 않는다 하겠다(대법원 2009.4.23 선고 2009두2580 판결, 조심2020전0554, 2020.5.19., 참조).
• 나) 이 건 세무조사 절차에 있어 중대한 하자가 있고, 중복조사에 해당되어 위법하다는 청구구장에 대한 판단 청구인은 이 건 세무조사가 납세자가 알지 못하던 상태에서 진행되는 등 납세자의 권리를 심각하게 침해한 중대한 하자가 있고, 중복조사 금지규정을 위반하였으므로 이렇게 진행된 세무조사의 결과로 고지된 이 건 처분은 취소되어야 한다고 주장한다. 그러나 먼저 세무조사 과정을 살펴보면 ① 처분청이 이 건 세무조사를 착수하면서 청구법인에게 세무조사통지서를 송달하려 하였으나 청구법인의 폐업 및 관계자와의 연락두절로 송달하지 못한 것으로 나타나고, 국세기본법제81조의7 제4항 단서에 조사대상자가 폐업한 경우에는 세무조사통지를 생략할 수 있도록 규정되어 있는 점, ② 처분청이 이 건 세무조사기간 중 청구법인의 대표자 주소지에 ‘출석요청’문서를 발송하고 동 문서가 송달된 것으로 확인되고, 세무조사 종결 후 보낸 세무조사결과통지서 역시 대표자의 주소지로 송달된 것으로 확인되어, 처분청이 세금계산서 수수의무를 위반한 혐의로 청구법인 및 홍길동을 고발함에 따라 검찰의 소환통보를 받은 뒤에야 이 건 세무조사가 실시된 사실을 뒤늦게 알았다는 청구주장이 사실과 달라 보이는 점 등에 비추어 청구주장만으로는 이 건 세무조사절차에 중대한 하자가 있다고 보기는 어렵다고 판단된다. 다음으로 중복조사 여부에 대하여 살펴보면, 비록 조사청이 과거조사시 청구법인의 2014년 제2기 부가가치세를 조사한 것으로 나타나나 청구법인이 甲 등 쟁점매입처로부터 받은 쟁점금액(2,537,360,500원)이 가공이라는 과세자료를 통보받고 이를 근거로 쟁점매입처만을 조사대상으로 하여 2014년 제1기 부가가치세 부분조사(이 건 세무조사)를 실시하였는바, 이는 국세기본법제84조의4 제2항 제1호의 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하여 세무조사를 실시한 것으로 보이는 점, 처분청의 조사내용을 보아도 청구법인과 대표자 또는 쟁점매입처를 상대로 하여 직접 조사하지 아니하고 통보받은 과세자료를 근거로 과세자료를 처리하는 수준에서 조사를 종결한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

2. 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

• 가) 관련 법리 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 부가가치세법제39조 제1항 제2호의 ‘발급받은 세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌’ 것으로서 공급받은 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액은 공제 내지 환급받을 수 없고, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 1995.3.10. 선고 94누13206 판결, 대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결 등 참조).
• 나) 청구법인이 쟁점매입처들과 쟁점거래시 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부에 대한 판단 청구법인은 쟁점거래시 선의의 거래당사자에 해당하므로 쟁점세금계산서와 관련한 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다고 주장한다. 그러나 ① 쟁점매입처들의 조사내용을 살펴보면, 甲은 조사청이 2016년 1월 조사를 통하여 전액 자료상으로 확정한 업체로 개업 후 단기 고액매출이 발생하여 직권폐업되었으며, 대표 ○○○는 고철․비철 관련 업계에 종사한 이력이 없으며, 청구법인이 ○○○의 기업은행 계좌(**)에 대금을 입금하면, 입금 즉시 ○○○의 다른 계좌로 이체하거나 현금인출하여 사실상 추적이 불가능한 전형적인 자료상의 금융거래 형태로 확인되는 점, ② ㈜乙 또한, 조사청이 2015년 12월 조사를 통하여 고발한 업체로, 대표자 ○○은 고철․비철 관련 업계에 종사한 이력이 없고, 사업장엔 타 업체의 계근표가 출력되며, 실제 고철은 ㈜乙의 매출처에서 제철소로 간 것으로 파악되어 청구법인은 실물 거래 없이 세금계산서만 발급받고 발급한 것으로 보이는 점, ③ 청구법인을 실제로 운영한 홍길동은 다년간 고철업계에 종사한 자로 세금계산서 수수의무 위반에 대하여 충분히 인지하고 있었던 상태로 보임에도 쟁점거래처가 실사업자인지 여부를 직접 확인하지 아니한 채 이아무개를 거쳐 쟁점매입처와 거래한 것으로 나타나, 청구법인이 쟁점거래처와 쟁점거래시 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 보기는 어려운 점, ④ 청구법인이 과거조사시 이 건과 동일한 과세기간(2014년 제2기)에 대한 부가가치세 부과처분에 대하여 동일한 취지로 불복하였으나, 조세심판원이 청구주장을 기각한 점(조심2000중0000, 2000.0.0.) 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.