공급시기가 속하는 확정신고기한이 도과한 이후 발급받은 세금계산서에 대하여 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

이 건 심사청구는 기각합니다. 이 유

• 가. 청구법인은 2004.3.31. 설립되어 청소 및 시설관리업 등을 영위하는 법인으로, 2018년 사업연도 법인세 신고준비 중 2018년 제1기, 제2기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 ○○에스엠과 주식회사 ○○아이비엠(이하 “쟁점법인 ” 이라 한다)으로부터 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 공급받고도 세금계산서를 발급받지 않은 사실을 알게 되었다.
• 나. 이에 청구법인은 2018년 제1기, 제2기 부가가치세 확정신고기한이 도과한 2019.3월경 쟁점법인으로부터 종이세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라고 한다)를 수취하고, 2018년 제1기, 제2기 부가가치세 신고 당시 이를 누락하였다는 이유로 2019.4.9. 쟁점용역에 대한 매입세액을 공제하여달라고 경정청구하였다.
• 다. 처분청은 쟁점세금계산서가 쟁점용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서, 청구법인이 쟁점용역의 공급시기가 속하는 2018년 제1기, 제2기 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 발급받지 못하였다는 이유로 2019.5.15. 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 2019.10.30. 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 청소 및 시설관리업을 영위하고 있는데, 수주한 청소용역이 많아 감당하기 어려운 경우에는 수주한 용역 중 일부를 쟁점법인에게 하도급하였다. 청구법인이 2018년 제1기, 제2기 부가가치세 과세기간에 쟁점법인에게 하도급한 쟁점용역은 공급가액 합계 511,687천원[주식회사 ○○ 아이비엠 376,807천원(26건), 주식회사 ○○에스엠 134,880천원(9건)]에 이른다. 청구법인 및 쟁점법인은 영세사업자로 경리직원을 둘 형편이 되지 못하고, 대표자들 역시 육체노동만을 주업으로 하다 보니 세무업무를 잘 알지 못한다. 특히 쟁점법인의 대표자들은 고령으로 전자세금계산서의 발행이 서툴다보니 청구법인으로부터 하도급받은 쟁점용역에 대하여 전자세금계산서를 적시에 발급하지 못하였다. 청구법인은 쟁점법인으로부터 쟁점용역을 공급 받고 용역대금을 지급하였지만 세법에 대한 무지로 인해 전자세금계산서를 공급시기에 수취하지 못하였고, 법인세 결산 중 비로소 세금계산서를 교부받지 못한 사실을 발견한 것이다. 청구법인은 위와 같이 세금계산서를 적시에 교부받지 못한 사실을 인정한다. 그러나 청구법인의 대표자인 이AA가 고령인 상황에서도 인건비를 아끼기 위해 수주받은 용역을 몸소 수행하다보니 세금계산서의 수수를 제때 챙기지 못한 것이고, 쟁점법인은 세금계산서를 발행하지 않은 사실을 확인하자마자 쟁점세금계산서를 발급하고 수정신고를 하였다. 이처럼 청구법인은 거래상대방인 쟁점법인의 귀책사유로 인하여 매입세액을 공제받지 못하게 되었는바, 청구법인은 선의의 피해자에 해당한다고 할 것이므로 쟁점세금계산서에 대한 매입세액 공제가 이루어져야 한다. 특히 부가가치세법 시행령제75조 제7항은 “재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 6개월 이내이고 국세기본법 시행령제25조제1항에 따른 과세표준수정신고서와 같은 영 제25조의3에 따른 경정 청구서를 세금계산서와 함께 제출하는 경우”에는 매입세액을 공제하도록 2019.2.12. 개정되었는바, 납세자 권익 보호 차원에서 개정 법률이 적용되어야 할 것이다. 따라서 청구법인이 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 이후 쟁점세금계산서를 발급받았더라도 과세기간의 확정신고 기한 다음날부터 6개월 이내에 발급되었으므로, 매입세액공제가 이루어져야 한다.

청구법인은 부가가치세 확정신고기한이 지난 후에서야 비로소 세금계산서를 미수취한 사실을 인지하 고 쟁점세금계산서를 수취하였으므로, 거래사실이 확인될지라도 매입세액공제를 할 수 없다. 전단계 세액공제법을 택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위하여는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이다(대법원 2004.11.18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 참조). 또한 청구법인의 대표자가 세무업무에 대한 지식이 부족하다는 점은 법령의 부지에 해당하여 면책사유가 될 수 없고, 쟁점법인은 청구법인과 같은 건물에 소재하며, 청구법인의 사내이사인 박BB이 쟁점법인의 감사 또는 사내이사로 재직하고 있으므로 청구법인에게 귀책사유가 존재하지 않는다고 할 수 없다. [청구법인과 쟁점법인의 관계] 구분 신규등록일 소재지 임원현황 청구법인 ’04.03.31. 서울 강동 성안로

• 사내이사: 이AA, 박BB

• 감사: 서CC ㈜○○ 아이비엠 ’14.03.13. 서울 강동 성안로

• 사내이사: 박BB ㈜○○ 에스엠 ’16.09.08. 서울 강동 성안로

• 사내이사: 서CC

• 감사: 박BB * 박BB은 2013년부터 2015년까지 청구법인의 대표이사를 역임하였고, 현재도 청구법인의 사내이사이며 청구법인의 주식 97%를 보유함 한편 청구법인은 비록 공급시기가 속하는 확정신고기간이 도과한 이후에 쟁점세금계산서가 발급되었다고 하더라도 신설된 부가가치세법 시행령제75조제7호에 의하여 매입세액 공제가 이루어져야한다고 주장한다. 그러나 청구법인이 적용할 것을 주장하는 부가가치세법 시행령제75조 제7호는 부칙에 따라 2019.2.12. 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용 가능하므로, 당해 사건에는 적용될 여지가 없다.

• 가. 쟁점 공급시기가 속하는 확정신고기한이 도과한 이후 발급받은 세금계산서에 대하여 매입세액을 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】[2017.12.19-15223호]

① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때 2) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 3) 부가가치세법 제34조 【세금계산서 발급시기】

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 4) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 5) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 6) 부가가치세법 시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】 법 제39조제1항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2016.2.17, 2019.2.12>

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급 시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우

5. 법 제32조제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우 <신설, 2019.2.12>

7. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고 기한 다음 날부터 6개월 이내이고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 국세기본법 시행령 제25조제1항 에 따른 과세표준수정신고서와 같은 영 제25조의3에 따른 경정 청구서를 세금계산서와 함께 제출하는 경우
• 나. 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장 등"이라 한다)이 결정 또는 경정하는 경우 ※ 부칙 <제29535호, 2019.2.12> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
• 다. 사실관계

1. 다툼이 없는 사실 청구법인이 2018년 제1기, 제2기 부가가치세 과세기간에 쟁점법인으로부터 용역을 공급받은 사실 및 청구법인이 위 과세기간에 대한 확정신고기한까지 쟁점법인으로부터 매입세금계산서를 수취하지 못한 사실(청구법인은 2019년 3월경 쟁점법인으로부터 쟁점세금계산서 수취)에 관하여 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

2. 청구법인 관련 사실관계 가) 국세청 전산시스템(NTIS)에 의하면, 청구법인의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다. [사업자등록 기본사항] 상호 대표자 사업장 개업일 업종 (주)○○아이비에스 이AA(66세) 서울 강동구 2004.3.31. (계속사업자) 청소, 시설관리 나) 청구법인의 2018년 제1기, 제2기 부가가치세 신고 내역은 다음과 같다. [청구법인의 2018년 부가가치세 신고내역] (단위: 원) 기간 구분 1기예정 1기확정 2기예정 2기예정수정 2기확정 세금계산서 발급금액 826,982,232 836,128,659 797,256,664 814,261,210 910,754,904 세금계산서발급건수 113건 (매출처:27) 85건 (매출처:24) 90건 (매출처:27) 91건 (매출처:27) 101건 (매출처:30) 세금계산서수취금액 38,058,539 38,048,501 34,167,656 34,167,656 51,067,704 세금계산서 수취건수 97건 (매입처:36) 92건 (매입처:30) 91건 (매입처:33) 91건 (매입처:33) 113건 (매입처:45) 납부세액 78,844,503 79,769,610 76,275,387 77,975,841 85,968,747 다) 청구법인은 2019.3월경 쟁점법인으로부터 쟁점세금계산서(2018년 제1기, 제2기 과세기간에 속하는 날짜가 작성일자로 기재됨)를 교부받고, 2019.4.9. 쟁점용역에 관한 매입세액을 공제하여 줄 것을 구하는 경정청구를 하였다.

• 라) 청구법인이 쟁점법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서의 상세내역은 다음과 같다. [㈜○○에스엠] 공급시기 공급가액 세액 과세기간 2018.03.31 9,000,000 900,000 2018년 1기 예정 2018.04.30 9,000,000 900,000 2018년 1기 정기 2018.05.31 9,000,000 900,000 2018년 1기 정기 2018.07.31 17,980,000 1,798,000 2018년 2기 예정 2018.08.31 17,980,000 1,798,000 2018년 2기 예정 2018.09.30 17,980,000 1,798,000 2018년 2기 예정 2018.10.31 17,980,000 1,798,000 2018년 2기 정기 2018.11.30 17,980,000 1,798,000 2018년 2기 정기 2018.12.31 17,980,000 1,798,000 2018년 2기 정기 합계 134,880,000 13,488,000 148,368,000 [㈜○○아이비엠] 공급시기 공급가액 세액 과세기간 2018.02.28 14,751,514 1,475,151 2018년 1기 예정 2018.03.31 14,751,514 1,475,151 2018년 1기 예정 2018.04.30 14,751,514 1,475,151 2018년 1기 정기 2018.05.31 14,751,514 1,475,151 2018년 1기 정기 2018.06.30 14,751,514 1,475,151 2018년 1기 정기 2018.07.31 14,751,514 1,475,151 2018년 2기 예정 2018.08.31 14,751,514 1,475,151 2018년 2기 예정 2018.09.30 14,751,514 1,475,151 2018년 2기 예정 2018.10.31 14,751,514 1,475,151 2018년 2기 정기 2018.11.30 14,751,514 1,475,151 2018년 2기 정기 2018.12.31 14,751,514 1,475,151 2018년 2기 정기 2018.03.31 16,874,545 1,687,455 2018년 1기 예정 2018.04.30 16,874,545 1,687,455 2018년 1기 정기 2018.05.31 16,874,545 1,687,455 2018년 1기 정기 2018.06.30 16,874,545 1,687,455 2018년 1기 정기 2018.07.31 16,874,545 1,687,455 2018년 2기 예정 2018.08.31 16,874,545 1,687,455 2018년 2기 예정 2018.09.30 17,004,545 1,700,455 2018년 2기 예정 2018.10.31 17,004,545 1,700,455 2018년 2기 정기 2018.11.30 17,004,545 1,700,455 2018년 2기 정기 2018.12.31 17,004,545 1,700,455 2018년 2기 정기 2018.08.31 9,055,000 905,500 2018년 2기 예정 2018.09.30 9,055,000 905,500 2018년 2기 예정 2018.10.31 9,055,000 905,500 2018년 2기 정기 2018.11.30 9,055,000 905,500 2018년 2기 정기 2018.12.31 9,055,000 905,500 2018년 2기 정기 합계 376,807,104 37,680,711 414,487,815
• 마) 청구법인이 제출한 용역표준계약서에 의하면, 청구법인은 쟁점법인과 다음과 같이 쟁점용역계약을 체결한 사실이 확인된다.
• 바) 청구법인이 제출한 송금확인증 등에 의하면, 청구법인이 쟁점법인에게 다음과 같이 용역대금을 지급한 사실이 확인되다. [청구법인 → ㈜○○에스엠] (단위: 원) 구분 이체금액 세금계산서 합계 1기 예정 7,030,000 9,900,000 1기 확정 3,050,000 19,800,000 2기 예정 42,556,000 59,334,000 2기 확정 42,856,000 59,334,000, 합계 95,492,000 148,368,000 [청구법인 → ㈜○○아이비엠] (단위: 원) 구분 이체금액 세금계산서 합계 1기 예정 15,292,381 51,015,330 1기 확정 123,447,405 104,365,995 2기 예정 110,817,078 124,429,995 2기 확정 152,641,067 134,676,495 합계 402,197,931 414,487,815

3. 쟁점법인 관련 사실관계 가) 국세청 전산시스템(NTIS)에 의하면, 쟁점법인의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다. 상호 대표자 사업장 개업일 업종 (주)○○에스엠 강DD(48세) 서울 강동구 2016.9.8. (계속사업자) 위생관리업 (주)○○아이비엠 박BB(68세) 서울 강동구 2014.3.13. (계속사업자) 위생관리업 나) 국세청 전산시스템(NTIS)에 의하면, 쟁점법인은 쟁점세금계산서를 제외 하고는 모두 전자세금계산서를 발급하였고, 2019.4.9. 쟁점세금계산서에 대하여 수정신고를 하였다. [(주)○○에스엠의 세금계산서 신고 및 수정신고 내역] 기간 구분 1기예정 1기확정 2기예정 2기확정 합계 전자 34,830,146 (6건) 65,374,589 (6건) 81,742,498 (12건) 81,742,498 (12건) 263,689,731 (36건) 쟁점세금계산서 (공급가액) 9,000,000 (1건) 18,000,000 (2건) 53,940,000 (3건) 53,940,000 (3건) 134,880,000 (9건) [(주)○○아이비엠의 세금계산서 신고 내역] 기간 구분 1기예정 1기확정 2기예정 2기확정 합계 전자 11,784,170 (6건) 16,894,170 (7건) 33,471,810 (5건) 24,140,000 (5건) 86,290,150 (36건) 쟁점세금계산서 (공급가액) 46,377,573 (3건) 94,878,177 (6건) 113,118,177 (8건) 122,433,177 (9건) 376,807,104 (26건) * 청구법인에 대한 전자세금계산서가 포함됨

• 라. 판단 공급시기가 속하는 확정신고기한이 도과한 이후에 발급받은 세금계산서에 대하여 매입세액을 공제할 수 있는지 여부에 관하여 살펴본다. 부가가치세법 시행령제75조 제3호에 의하면 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우에 한하여 매입세액을 공제하도록 규정하고 있다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바(대법원 2009.8.20.선고 2008두11372판결 등 참조), 이 건에서 청구법인이 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 세금계산서를 발급받지 못한 사실이 명백하므로 쟁점용역에 관하여 매입세액을 공제하기 어렵다고 판단된다. 한편 청구법인은 2019.2.12. 개정된 부가가치세법 시행령제75조제7호에 의하면 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후에 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 6개월 이내이고 국세기본법 시행령 제25조제1항 에 따른 과세표준수정신고서와 같은 영 제25조의3에 따른 경정청구서를 세금계산서와 함께 제출하는 경우 매입세액을 공제할 수 있다고 주장하나, 개정조항은 부칙 제2조에 의하여 2019.2.12.이후 재화 또는 용역을 공급받는 분부터 적용되므로 2018년 과세기간의 매입세액은 적용하기 어렵다고 판단된다. 따라서 쟁점용역에 대한 부가가치세를 환급하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법제65조 제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.