실비성격의 관리비 상당액만을 임대료로 지급받는 경우 관련 매입세액의 공제여부

NN세무서장이 2019.4.25. 청구법인에게 한 2016년 제2기분 00,000,000원, 2017년 제2기분 00,000,000원, 2018년 제1기분 000,000,000원, 2018년 제2기 예정분 00,000,000원 합계 000,000,000원의 부가가치세 경정청구 거부처분은

1. YY센터 보수공사 등과 관련된 매입세액인 2016년 제2기분 000,000원, 2017년 제2기분 0,000,000원, 2018년 제1기분 0,000,000원, 2018년 제2기분 0,000,000합계 0,000,000원을 매출세액에서 공제하여 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 부가가치세법제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】및 같은 법 시행령 제46조【국가, 지방자치단체 또는 지방자치 단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】제3항에 따라 2016년 2기부터 2018년 2기까지 과세기간 중 YY공설시장(이하 “공설시장”이라 한다) 및 YY센터(이하 “센터”라 한다) 임대수입에 대하여 부가가치세를 신고･납부하였는데, 공설시장 임대수입에 대하여는 2019.2.26. 경정청구 시 신고·납부함 당해 사업과 관련한 공설시장 주차장 신축 등 및 센터 사업장 개보수 등 관련 매입세액공제를 누락하였다는 사유로 2019.2.26. 부가가치세 000,000,000원을 환급해 달라고 경정청구하였다.
• 나. 처분청은 공설시장 임대와 관련한 사용료 수입은 소액의 관리비 등 실비 정도로 수익사업으로 보기 어렵고 주차장 건설 및 유지 관리비 등은 임대 관련 매입세액으로 보기 어렵다는 사유로, 센터와 관련해서는 기계장치 등의 임대는 부동산 임대에 해당하지 않으나 제출한 서류만으로는 기계장치 구입에 따른 매입세액 공제 가능 여부를 판단하기 어렵다는 사유로 2019.4.25. 경정청구 거부 통지하였다.
• 다. 청구법인은 당초 경정청구 세액 중 센터의 기계관련 매입세액 00,000,000원을 제외한 000,000,000원의 경정청구 거부 처분에 불복하여 2019.7.24. 이 건 심사청구를 제기하 였다.

• 가. 공설시장은 건물연면적 6,575㎡, 점포수 67개로 YY군 시장사용관리조례대로 시장사용자에게 사용면적에 따라 사용료를 월액으로 계산하여 매월 징수하고 있는데, 공설시장 점포사용계약서(정육점)를 보면 점포면적 49.35㎡에 입주보증금 2,911,600원, 월사용료 107,500원을 받고 있으며, 공설시장 주차장의 경우 시장사용자의 공동시설로 별도의 사용료를 받지 않고 사용자 공동부담으로 운영･관리하고 있으며, 환급신청세액의 대부분이 공설시장 주차장 신축공사 관련 매입세액에 해당한다.
• 나. 센터의 2018년도 사용료는 감정평가액을 기준으로 결정된 00백만원을 연차별로 부과하고 있으며, 동 사용료에는 토지 및 건물, 기계장치 등 가공센터 일체의 자산을 포함한 금액이며, 당초 경정청구 시에는 기계장치 구입 관련 매입세액을 포함하여 환급 신청하였으나 이 건 불복청구 시에는 기계장치는 제외하고 센터 보수공사, 소방설비공사 등 관련 매입세액 부분에 대해서만 환급 청구한다.
• 다. 비록 공설시장 사용료가 소액이지만 이는 농촌지역의 특수성과 농민우대정책 등의 일환으로 조례에서 책정된 금액이며 처분청이 이를 수익사업으로 보기 어렵다 하여 매입세액을 공제하여 환급해 달라는 경정청구를 거부한 결정은 부당하며, 센터의 매입세액도 가공센터 보수관련 매입세액이므로 공제하여 환급함이 타당하다.
• 라. 국세상담센터의 상담(2018.11.29.)에서도 “과세사업인 임대부동산의 부속 주차장에 대한 개보수 및 신축공사 관련 매입세액이라면 토지의 자본적 지출을 제외하고는 매출세액에서 공제가 가능할 것으로 판단된다”는 답변이 있었다.