부가가치세 확정 신고기한까지 종이 세금계산서를 발급받았는지 여부

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 사실관계 청구법인은 2001.8.4. 개업하여 의료기기 제조업을 영위하다 2018.3.20. 본점 소재지를 경남 UU시에서 자회사인 주식회사 AA(제조, 이하 “AA”라 한다) 소유의 청주시 ○○구 ○○읍 ○○리 ***-* 공장건물(이하 “쟁점 건물”이라 한다)로 이전하였으며, 쟁점 건물을 AA로부터 임차하여 사용하다 2018.7.12. 쟁점 건물을 1,140백만원(공급대가)에 매입하는 계약을 체결하고 소유권 이전 등기하였다. AA는 2018년 제2기 확정 신고기한이 지난 후인 2019.3.12. 쟁점 건물 양도와 관련된 매출세금계산서(작성년월일: 2018.7.11. 공급가액: 1,036,363,637원, 이하 “쟁점 세금계산서”라 한다)를 신고누락 하였다며 부가가치세 수정신고서를 접수하고 가산세 포함 추가납부세액 123,322,080원을 납부하였다.
• 나. 처분내용 청구법인은 2019.3.13. 쟁점 세금계산서를 2018.10.18. 발급받았다며 부가가치세 환급세액 103,636,363원의 경정청구서를 접수하였으나, 처분청은 2019.5.15. 쟁점 세금계산서가 확정신고를 경과하여 발급받았다는 이유로 경청청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.7.22. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. AA가 2018.7.11. 세금계산서를 발행하지 않고 있다가 2018.10.18. 건물에 대한 부가가치세가 과세된다는 사실을 뒤늦게 인식하고 세금계산서를 수동으로 작성년월일을 2018.7.11.로 발급하였다. 경정청구의 사유서와 심사청구시 제출한 대표자 확인서 내용이 다른 것이 아니라 세금계산서의 수동발급 사실을 주장하기 위해 일부 왜곡되게 설명한 것이다.
• 나. 전자세금계산서를 발급하려 했으나 AA는 신설법인으로 제품판매 사실이 없어 전자세금계산서 발행해 본 사실이 전혀 없었으며, 쟁점 건물 양수도가 사업의 양도 양수에 해당될지 여부가 문제되어 일단 종이 세금계산서를 교부한 것이며, 실무자의 업무 미숙 및 회계사무소와의 의사소통 부족으로 2018년 제2기 확정신고에서 누락된 것이다.
• 다. 심판결정례(조심2015-중-4660, 2015.12.23.)에 의하면 “청구인과 쟁점거래처가 가족관계로 동일한 사업장을 이용하고 있고 직원들도 두 사업장의 업무를 같이 처리하고 있는 점, 쟁점 거래처가 신고누락사실을 발견하고 매출세액 및 가산세를 납부하였고 쟁점거래처의 추가 납부세액이 청구인의 매입세액보다 큰 점, 처분청도 쟁점 세금계산서가 공급시기 이후에 소급해서 작성된 사실을 확인한 것은 아닌 것으로 나타나는 점, 청구인 직원들이 사실확인서를 제출한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점 세금계산서를 공급시기 이후에 작성된 것으로 보아 청구인의 부가가치세 환급 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다”라고 하였으므로 이에 근거하여 처분청의 경정청구 거부처분도 취소되어야 한다.

• 가. 이 건 청구서에 첨부한 대표이사 확인서에는 ‘2018년 7월 건물 매매시 사업의 포괄적 양수도에 해당될 수 있으므로 세무법인의 자문을 받아 세금계산서 발행을 보류하여 2018년 10월 중순경에 세금계산서를 발행하였다’라고 되어 있는 반면 경정청구의 사유서에는 ‘건물 매매당시 2018년 7월 12일 법무사 사무소에서 상담받아 종이세금계산서를 발행하였고 세무법인에는 상담하지 않고 추후에 회계사무소 직원에게 카카오톡으로 쟁점세금계산서를 전달한 것’이라고 작성하여 청구주장의 일관성이 없다.
• 나. 청구법인이 제시한 심판결정례는 ‘종이세금계산서를 쟁점과세기간 중 14건을 발행하고 그 중 2건의 종이세금계산서 발행사실에 대하여 쟁점이 된 사안’으로 사실 내용이 다르므로 청구법인이 주장하는 유사사례로 인정될 부분이 없다고 판단된다.
• 다. 청구법인의 쟁점 세금계산서는 발급시기를 증명하는 객관적인 증빙이 없어 그 발급시기를 확인할 수 없으므로 과세기간이 경과한 이후 발행한 세금계산서로 판단하고 경정청구를 거부한 처분은 정당하다(의정부지방법원2015구합7824, 같은 뜻).

• 가. 쟁점 부가가치세 확정 신고기한까지 종이 세금계산서를 발급받았는지 여부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각호의 사항을 적은 계산서(이하 세금계산서 라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업장 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌경우에는 대통령령으로 정하는 고융번호 또는 공급받는 자의주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 전자세금계산서 라 한다)를 발급하여야 한다. 2) 부가가치세법 제34조 【세금계산서 발급시기】

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 3) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조도 불구하고 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다<개정 2017.12.19>

1. 제54조 제1항 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하“ 필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 3-1) 부가가치세법 시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】 법 제39조제1항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2016.2.17, 2019.2.12>

1. (생략)

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우 4.(생략)

5. 법 제32조제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우(2016.2.17.개정으로 2016.1.1. 이후 공급분부터 적용) 3-2) 부가가치세법 기본통칙 39-75-1 【공급시기 후에 발급받은 세금계산서의 매입세액 불공제】 공급시기 후에 발급받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제 또는 환급하지 아니한다. 다만, 재화 또는 용역의 공급시기 후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 경우에는 그러하지 아니한다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인의 2018년 부가가치세 신고내역은 다음과 같다. (백만원) 과세기간 매출가액 매입가액 납부세액 비 고 1기 예정 838 1,146 △30 1기 확정 1,730 1,036 70 2기 예정 1,242 583 66 2기 확정 1,091 678 42 합계 4,901 3,443 148

2. AA는 2015.9.4. 서울 PP구에서 개업하였다가 2018.1.17. 청주시 LL구로 본점을 이전하였다. 2018년 부가가치세 신고내역은 다음과 같으며 AA는 개업이후 매출실적이 없어 전자세금계산서를 한번도 발급한 사실이 없으며 쟁점 세금계산서는 수동 발급하였다. (백만원) 과세기간 매출가액 매입가액 납부세액 비 고 1기 예정 0 515 △52 1기 확정 0 44 △4 2기 예정 0 6 △1 2기 예정수정 1,036 6 123 쟁점건물분 2기 확정 0 12 △1 합계 1,036 583 65 * 수정신고서는 2019.3.12. 접수함

3. AA는 아래와 같이 연접한 2필지의 공장용지를 취득한 후 각 필지에 공장 건물 1동씩을 신축하여 2018.3.9. 보존등기하였으며, 2018.7.12. 쟁점 건물은 청구법인 명의로 매매를 원인으로 소유권이전 등기되었다. 구분 소재지 면적 취득일자 양도일자 토지 청주시 ○○구 ○○읍 ○○리 ***-3 4,623.2㎡의 4/14 4,632.2㎡의 4/14 2016.2.29. 2018.3.9. 2018.5.25.

건물 〃 1층 1,800.92㎡ 2층 355.43㎡ 부속 20.39㎡ 2018.3.9. (보존등기) 2018.7.12. 토지 청주시 ○○구 ○○읍 ○○리 ***-2 4,622.7㎡ 2016.1.21. 건물 〃 1층 673.76㎡ 2층 673.76㎡ 3층 673.76㎡ 4층 113.46㎡ 2018.3.9 (보존등기)

4. 청구법인이 2018.7.11. AA와 체결한 쟁점 건물의 매매계약서 주요내용은 다음과 같다.

충북 청주시 ○○구 ○○읍 ○○리 ***-3 일반철골구조 경사지붕 2층 교육연구시설 1층 1,800.92㎡ 2층 355.43㎡ 부속건물 경량철골구조 경사지붕 단층 창고 20.39㎡

매매대금: 1,140,000,000원 계약금: 114,000,000원은 계약시에 지불하고 영수함 잔 금: 1,026,000,000원은 2018.7.11에 지불한다. 2018.7.11. 매도인: AA 매수인: 청구법인

5. 청구법인은 2018.7.12. 쟁점 건물의 취득금액 1,140,000,000원을 AA에 대한 대여금 채권과 상계 처리하였다.

6. 청구법인이 2019.3.13. 접수한 경정청구서에 첨부된 청구사유서는 다음과 같다. 사 유 서 AA, 청구법인 대표이사 권MM은 2018.7.12. 소유권 이전된 AA 소유인 건물 ○○리 -2번지, -3번지 중 ○○리 건물 ***-3번지를 청구법인으로 이전하였습니다. 건물 매매대금으로 1,140,000,000원을 지급후 세금계산서 1장을 발급하였습니다. 본사는 법인인 관계로 전자세금계산서 발급을 하였여야 했으나 법무사님께서도 세금계산서 발급만 요청하였고 구체적인 사항이 언급되지 않았고 담당하는 회계사무소에 따로 문의하지 않고 AA 여직원은 세금계산서를 전산으로 된 종이 세금계산서를 발급하였습니다. AA는 신규 사업체인 관계로 매출이 없었고 직원 또한 업무에 미숙하여 세금계산서 발급을 전산으로 하였으나 실제 전자세금계산서로 발급 되지 않았던 것입니다. 그 후 2기 예정 부가세 신고 쯤에 발급된 세금계산서는 회계사무소 직원에게 카카오톡으로 여러 내용과 함께 전달되었습니다. 또한 공교롭게도 회계사무소 직원이 바쁜 부가가치세 신고기간이라서 카카오톡을 정확히 확인하지 못하고 국세청 자료만 확인하고 2018년 2기 예정 신고를 종료하였습니다. 그렇게 하여 시간이 흐른 후 2019년 3월 중 2018년 법인 결산업무를 진행하던 중 관련 내용을 회계사무소에서 확인한 결과 당초 발행되었던 세금계산서를 누락한 것을 알고 내용을 확인하다 보니 카카오톡 메시지로 세금계산서를 보내졌던 것이 파악되었습니다. 본사는 회계사무소를 통하여 즉각적으로 AA에서는 수정신고하고 가산세 포함 부가세를 납부하고 청구법인에서는 경정청구를 신고하였습니다. 세금계산서 누락분에 대한 참고서류로 당초 카카오톡 메시지를 켑쳐하여 제출하는 바입니다.

7. 청구법인과 AA의 종사자 수는 다음과 같다. 구 분 청구법인 AA 분야(직책) 및 인원수 대표이사: 1명 이사: 2명 관리직: 2명(경리, 무역) 연구직: 5명 생산직: 14명 연구직: 1명 계 24명 1명

8. 청구법인이 발급받았다는 쟁점 세금계산서는 다음과 같으며 ‘작성년월일’이 2018.7.11.로 기재되었으며 경정청구서에 첨부하여 제출하였다.

9. 청구법인은 쟁점 세금계산서를 2018.10.16.에 발급받은 사실을 입증하기 위하여 회계사무실 여직원의 카카오톡 화면을 캡쳐하였다면 다음과 같은 자료를 처분청에 제출하였으나, 처분청에서 휴대폰 제출을 요구하자 실제 카카오톡 화면이 아닌 합성된 가공의 자료임을 진술하였다.D

10. 이 건 청구와 함께 청구법인은 대표이사 권MM 및 여직원 곽CC의 확인서를 제출하였으며 쟁점 세금계산서의 발행 경위 등에 대한 내용은 다음과 같다. 사 실 확 인 서(대표이사) 청구법인은 2015년 금속 프린팅 사업부를 분사하여 AA를 설립하였으며 ‘당사’의 대표이사 권MM(이하 “본인”이라 한다)이 AA 대표이사를 겸임하고 청구법인 보유 금속프린터의 소유권을 AA로 이전하였습니다. 이후 AA는 청주시 ○○구 ○○읍에 공장 2동을 신축하고 2018.1월에 사업장을 서울에서 ○○으로 이전하였습니다. 2018.7월에 AA는 금속 프린팅 사업 중 의료기기개발/제조업을 주업종으로 하기로 하고 의료기기업과 관련이 없는 금속프린터와 함께 신축공장건물 2동 중 1동을 청구법인으로 양도하기로 결정하였습니다. 이와 관련된 세무사항을 청구법인과 AA의 세무일을 모두 담당하는 세무법인과 협의하였으며 세무법인은 양도받은 -번지 공장건물의 토지를 제외한 건물부분에 대하여 매입세금계산서를 수수하여야 하지만 본건의 경우 ‘사업의 포괄적양수도’에 해당될 수 있으므로 여기에 대한 명확한 판단을 위하여 검토가 필요하므로 AA는 세금계산서 발행을 잠시 보류하기를 권고하여 여기에 따라 AA는 세금계산서 발행을 보류하였습니다. 2018.10월 중순경에 세무법인에서 본 건에 대하여 보류하였던 세금계산서를 일단 발행하고 부가가치세 확정신고 이전에 처리하는 것이 좋겠다는 의견을 주셨습니다. 이 때 청구법인과 AA의 경리업무를 모두 담당하는 직원은 2018년 10월 15일에 입사한 신입직원이었으며 기존 청구법인과 AA의 경리업무를 모두 담당하던 직원은 2018년 9월 31일자로 퇴사한 상태로 업무인수인계에 애로사항이 있었습니다. AA는 설립 후 지속적인 개발업무만 진행해 오고 있으므로 매출세금계산서를 한번도 발행한 적이 없는 상태여서 신입직원은 2018년 10월 18일에 수기로 세금계산서를 발행하여 보관하고 있다가 바쁜 회사업무로 미처 세무법인에 보내지 않고 누락되었다가 부가세 확정신고 이후에 발견되었습니다. 사 실 확 인 서(여직원) 저는 2018.10.15.부터 청구법인과 AA의 경리업무를 담당하고 있습니다. 당시 사장님께서 AA 공장 양도건에 대하여 매매계약서를 주시면서 건물 양도부분에 대하여 세금계산서를 발급하라는 말씀이 있어 2018.10.18. 오후에 사무실에서 세금계산서를 직접 발급한 사실이 있습니다. 2019.7.19.

• 라. 판단 청구법인이 쟁점 세금계산서의 발급 경위에 대하여 경정청구할 때와 이 건 심사청구를 할 때 진술하는 내용이 다른 점, 청구법인과 AA는 법인으로서 전자 세금계산서를 발급할 의무가 있는데도 AA가 수동으로 종이 세금계산서를 발급하였으며, 2018.10.18. 발급받은 사실에 대한 객관적인 입증자료를 제시하지 못하는 점 등으로 종합해 볼 때 2018년 제2기 확정 신고기한까지 1,036백만원의 종이 세금계산서를 발급받았다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법제65조 제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.