부동산 임대사업의 폐업일은 소유권이전 등기일이므로 쟁점 부동산의 양도는 부가가치세 과세대상임

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2002.8.29. 경남 AA시 AA읍 BB로 74 소재 토지 1,525㎥와 건물 3,366.93㎥(이하 “쟁점 부동산”이라 한다)을 취득하여 CC예식장과 CC뷔페식당을 8년간 운영하다 2010.7.22.부터 쟁점 부동산을 AA현대병원에 임대하고 2014.6.26. 의료법인 DD의료재단(이하 “DD의료재단2” 또는 “AA동희병원”이라 한다)에 양도하였다. 2014.7.31. 처분청에 양도소득세 신고하였으나 부가가치세는 신고하지 않았다.
• 나. 감사관은 2016.10.10.부터 2016.10.28.까지 FF지방국세청에 대한 종합감사를 실시하여 쟁점 부동산의 양도는 부가가치세법 상 재화의 공급에 해당함에도 건물가액 1,804백만원에 대하여 부가가치세 과세자료 통보를 누락하였다하여 부가가치세를 징수하도록 시정지시하였다. 처분청은 2019.2.7. 청구인에게 2014년 1기 부가가치세 314,841,626원(가산세 129,160,082원 포함)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.5.7. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인의 부동산 임대업 폐업일은 임차인인 박EE이 AA현대병원을 운영하다 야반도주한 2012.11.30.경 또는 처분청이 AA현대병원을 직권 폐업처리한 2012.12.31.경이므로 2014.6.26. 양도한 쟁점 부동산은 사업자의 지위가 아닌 폐업 후 거래로 부가가치세법 상 재화의 공급으로 볼 수 없다. 따라서 처분청이 재화의 공급으로 판단하여 청구인에게 한 이 건 부과처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 가사 사실상의 폐업 인정에 대하여 다툼의 여지가 있다 할지라도, 양도소득세 담당공무원의 부가가치세 과세대상이 아니라는 견해표명이 있었고, 감사지적에 대한 소명자료를 제출하였으나 별다른 통보를 받지 못한 채 상당한 기간이 경과하여 과세예고를 받는 등 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있으므로 가산세는 취소되어야 한다.

• 가. 청구인은 임차인 AA현대병원이 폐업(2012.12.31.)한 이후에도 폐업신고를 하지 않았고, 소유권이전 등기일까지 쟁점 부동산에서 DD의료재단2와 GG마트가 의료업 및 소매업을 영위하도록 하였으므로 소유권이전 등기일 현재 부동산임대업을 사실상 폐업하였다고 볼 수 없다.
• 나. 청구인이 양도소득세 담당공무원의 견해 표명을 신뢰하여 부가가치세 납세의무를 불이행한 것에 대해 과세한 처분은 신의성실원칙에 위배되지 않으며 가산세가 감면되는 정당한 사유에 해당되지 않는다.

• 가. 쟁점

① 부동산 양도일 전에 임대업을 실질적으로 폐업하였는지

② (쟁점① 기각시) 신고납부의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있는지

• 나. 관련법령

1. 구 부가가치세법 제5조 【과세기간】 (2014. 12. 23. 법률 제12851호로 개정되기 전의 것)

③ 사업자가 폐업하는 경우의 과세기간은 폐업일이 속하는 과세기간의 개시일부터 폐업일까지로 한다. 이 경우 폐업일의 기준은 대통령령으로 정한다. 1-1) 구 부가가치세법 시행령 제7조 【폐업일의 기준】 (2015. 2. 3. 대통령령 제26071호로 개정되기 전의 것)

① 법 제5조 제3항에 따른 폐업일은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 합병으로 인한 소멸법인의 경우: 합병법인의 변경등기일 또는 설립등기일

2. 분할로 인하여 사업을 폐업하는 경우: 분할법인의 분할변경등기일(분할법인이 소멸하는 경우에는 분할신설법인의 설립등기일)

3. 제1호 및 제2호 외의 경우: 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날. 다만, 폐업한 날이 분명하지 아니한 경우에는 제13조 제1항에 따른 폐업신고서의 접수일

2. 구 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】 (2014. 12. 23. 법률 제12851호로 개정되기 전의 것)

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

3. 구 부가가치세법 제29조 【과세표준】 (2014. 12. 23. 법률 제12851호로 개정되기 전의 것)

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 3-1) 구 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 (2015. 2. 3. 대통령령 제26071호로 개정되기 전의 것) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(안분) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

4. 구 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】 (2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계

1. 다툼 없는 사실 쟁점 부동산의 양도가 출연이 아니고 매매로 소유권 이전되었다는 점에 대하여는 처분청과 청구인 간 다툼이 없다. 다만 임대업의 폐업일을 언제로 볼 것인지에 대하여만 다툼이 있다. 2) 부가가치세 과세내역은 아래와 같고 건물의 공급가액은 직전 과세기간의 감정평가액이 있어 양도가액 26억원을 감정평가액으로 안분하여 계산하였다. 과세표준 매출세액 무신고가산세 납부불성실가산세 고지세액 1,856,815,447 185,681,544 37,136,309 92,023,773 314,841,626 양도가액 26억원× 건물 감정평가액 2,641,160,010원 = 1,856,815,447원 2,641,160,010원+264,116,001원+793,000,000원 감정평가액(2013.8.12.): 건물 2,641,160,010원, 토지 793,000,000원(합계 3,434,160,010원)

3. 청구인의 사업자등록내역은 아래와 같고, 2014.6.26. 직권폐업되었다. 사업자번호 사업장소재지 구분 업태 종목 개업일 폐업일 비고 613-10-55*** AA시 AA읍 BB로 74 일반 부동산 임대 2010.10.12. 2014.6.26. 직권 폐업

4. 청구인의 부가가치세 신고내역은 아래와 같다. 과세기간 매출 과세표준 납부세액 과세기간 매출 과세표준 납부세액 2010년2기 40,118,575 4,011,857 2012년2기 0 0 2011년1기 35,896,463 1,316,919 2013년1기 0 0 2011년2기 36,271,160 2,051,929 2013년2기 0 0 2012년1기 36,506,504 -9,165,347 2014년1기 0 0

5. 2010년 이후 쟁점부동산 소재지의 사업자현황은 아래와 같다. 사업자번호 상호 구분 종목 개업일 폐업일 619-18-00 대중상회 간이 소매/식잡 1979.07.01. 계속사업 613-91-74 AA현대병원 면세 보건/병원 2010.07.23. 2012.12.31. 619-01-47 현대병원구내매점 간이 소매/잡화 2010.07.23. 2011.05.26. 619-01-23 현대병원매점 간이 구내매점 2012.06.16. 2013.01.31. 613-82-160 (의)DD의료재단1 법인 보건/병원 2013.04.03. 2013.09.23. 613-82-163 (의)DD의료재단2 “AA동희병원” 법인 보건/병원 2013.10.29. 계속사업 613-22-66 GG마트 간이 소매/잡화 2013.11.18. 2015.1.20. 208-29-64 GG매점 일반 소매/잡화 2015.07.01. 2017.05.06.

6. AA현대병원은 사업자등록시 보증금 190백만원, 월세 6백만원이라고 기재하였고, 청구인의 부가가치세 신고내용도 이와 부합한다.

7. 청구인은 2013.6.10. 처분청에 개업일 2013.4.3., DD의료재단1(613- 82-160) 대표로 사업자 등록하였다가 2013.9.23. 폐업하였고, 서HH이 2013. 10.29.자로 다시 DD의료재단2(613-82-163)로 사업자등록하였다. DD의료재단2(AA동희병원)는 사업자등록시 자가로 신고하였다.

8. GG마트는 2013.11.15. 사업자등록시 보증금을 50백만원, 월세 0원이라고 신고하고 임대인은 서HH(DD의료재단2 대표)이라고 기재되어 있다.

9. 쟁점 부동산의 등기부등본에 의하면 2013.10.4. 출연을 원인으로 2014. 6.26. DD의료재단2에 소유권 이전되었다.

10. 부동산매매계약서, 합의서에 의하면 쟁점 부동산의 계약 내용 및 양도 경위는 아래와 같다. 일자 서류 주요 내용 작성자 2013.4.11. 부동산매매계약서

1. 매매대금 26억원

• 근저당권채무액 20억 5천만원 승계

• 나머지 5억5천만원 현금지급

2. 병원 시설비 1억5천만원은 별도

3. 소유권이전방법: 의료법인설립 신청시 매도인이 부동산 전부를 무상출연(기부)하는 일체서류 교부

4. 2013.5.31.까지 병원개원이 되지 않거나 중도금 및 잔금이행이 되지 않을시 매도인은 매수인으로부터 지급받은 계약금 3억5천만원을 위약금으로 몰취한다. 특약사항

1. 2012.12.3.자 매매계약 합의해제

매도인 청구인, 매수인 이II 2014.6.25. 합의서

1. 乙丙丁은 3억1천만원을 2014.6.25.까지 지급하고, 동시에 甲은 乙에게 소유권이전등기 서류 일체를 교부한다.

2. 乙丙丁은 연대하여 甲의 부동산 등기 전후 발생 제반비용(양도세 등)을 실행 즉시 지불한다. 甲 청구인 乙 두암의료 재단 丙 서HH 丁 이II

11. 국세청 전산시스템에 의하면, 쟁점 부동산의 양도소득세 신고 및 경정내용은 아래와 같고, 현장확인조사 당시 담당자는 윤연○이다. 청구인은 2018.11.23. 청구인에게 과세될 예정인 부가가치세 185,681,545원은 양도가액에서 차감하여야 한다고 민원을 제기하였고, 처분청은 2018.11.28. 양도소득세 70,368,076원과 지방소득세 7,036,808원을 환급하였다.

12. 청구인은 이 건과 관련 과세예고 통지를 받고 2018.3.21. 국세청에 과세전적부심사청구를 하였으나, 양도소득세를 환급받은 후 2019.1.11. 취하하였다. 일자 구 분 내 용 총결정세액 2014.7.31. 양도세 신고 출연이고, 부담부증여분 양도 신고 386,154,762 2015.2.27. 경정청구 부담부증여분 취득가액 감정가액 아닌 기준시가로 평가 136,419,600 2015.11.12. ～12.11. 현장확인 경정 매매에 해당하며, 양도세 133백만원 매수자가 부담하기로 약정, 양도가액에 포함하여 경정 464,276,424 2016.6.16. 이의신청 인용 취득가액 당초 1,140백만원에서 1,330백만원 377,983,195 2018.11.23. 민원 제기 건물 부가가치세 양도가액에서 차감하여 경정 307,615,119

• 라. 판단

1. 부동산 양도일 전 임대업을 실질적으로 폐업하였는지

• 가) 관련 법리 부가가치세의 부과대상이 되는 재화의 공급이라 함은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 말하고, 그 납세의무자는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자이므로, 사업자가 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 경우에는 부가가치세를 면제하거나 부과하지 아니한다는 특별한 규정이 없는 한 모두 부가가치세를 납부할 과세대상이 되며(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누6221 판결 등 참조), 사업자가 주된 사업으로서 계속적으로 반복하여 재화 또는 용역을 공급하는 것이 아니라 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에도 과세대상이 되고, 또한, 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급에 해당하는 이상 그 공급의 목적이 사업의 유지·확장을 위한 것이든 아니면 사업의 청산·정리 또는 폐지를 위한 것이든 관계없이 과세대상이 된다고 할 것이다(대법원 1995. 10. 13. 선고 95누8225 판결 등). 부가가치세법상 사업의 개시, 폐지 등은 법상 등록, 신고 여부와는 관계없이 그 해당 사실의 실질에 의하여 결정된다 할 것이다(대법원 1997. 6. 27. 선고 96누16193 판결 등 참조).
• 나) 아래의 사실과 사정에 의하면, 쟁점 부동산 양도일인 2014.6.26. 이전에 청구인이 임대업을 실질적으로 폐업하였다고 볼 수 없고, 임대사업의 폐업일은 이 사건 소유권이전 등기일인 2014.6.26.로 보아야 한다.

① 쟁점 부동산의 임차인 박EE이 AA현대병원을 운영하지 않아 2012.12.31. 직권폐업되었으나, 청구인은 부동산임대업에 대하여 폐업신고를 하지 않았다. ② 청구인은 2013.4.11. 이II와 쟁점 부동산에 대하여 26억원에 매매하기로 계약을 체결하였는데, 계약서에는 2013.5.31.까지 병원개원이 되지 않거나 중도금 및 잔금이행이 되지 않을 시 매도인은 매수인으로부터 지급받은 계약금 3억 5천만원을 위약금으로 몰취하고, 매매계약일 이전까지의 AA현대병원의 제세공과금 및 도시가스시설요금 등을 모두 매수인이 부담하기로 하고, 특약사항에 2012.12.3.자 매매계약은 합의해제하고 양도소득세는 매수인이 부담하기로 하였다. ③ 이II는 2013.5.31.까지 병원을 개원하지 않았고, 청구인이 2013.4.3. 쟁점 부동산에 DD의료재단1 법인 사업자등록을 하였다가 2013.9.23. 폐업하였고, 서HH이 2013.10.29. DD의료재단2로 사업자등록하여 현재까지 AA동희병원을 운영하고 있다. DD의료재단2는 2014.3.28. 처분청에 2013 사업연도 법인세신고를 하였다. ④ GG마트는 2013.11.18. 사업자등록하여 2015.1.20. 폐업하였다. ⑤ 청구인과 DD의료재단2, 서HH, 이II는 2014.6.25. DD의료재단2와 서HH, 이II가 3억1천만원을 2014.6.25.까지 청구인에게 지급하고, 청구인은 DD의료재단에 소유권이전등기 서류 일체를 교부하기로 하는 합의서를 작성하였다. ⑥ 쟁점 부동산은 2014.6.26. 2013.10.4. 출연을 원인으로 DD의료재단2에 소유권이전되었고, 처분청은 2014.6.26.자로 직권폐업처리하였다. ⑦ 부동산임대업의 폐업일은 2014. 6.26.이라 할 것이고, 청구인은 잔금청산을 하지 않은 상태에서 2013.10.29.부터 DD의료재단2가 쟁점 부동산에서 병원을 운영하도록 허락하였고, GG마트도 2013.11.18.부터 쟁점 부동산에서 사업을 하였으므로 소유권이전 등기일 현재 부동산 임대업이 폐업상태였다고 볼 수 없다.

• 다) 따라서 쟁점 부동산의 양도는 사업자가 법률상, 계약상의 원인에 의하여 재화를 공급하는 경우에 해당하며 이는 부가가치세법상 과세대상이므로 처분청이 청구인에게 한 이 사건 처분은 적법하다.

2. 신고납부의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있는지

• 가) 관련 법리 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고・납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 등 참조).
• 나) 아래의 사실과 사정에 의하면, 청구인이 부가가치세 신고를 하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

① 청구인이 제출한 녹취록 등을 살펴보면 양도소득세 담당자는 양도소득세의 적정여부에 대하여 확인한 것이고 담당자가 부가가치세 과세대상이 아니라고 답변하였다고 인정하기 어렵다. ② 부가가치세는 신고납세방식 세목으로 신고하는 과세표준과 세액 등의 적정 여부에 대한 최종 책임은 납세자에게 있다. ③ 가산세는 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는다. ④ 설령 청구인이 세무공무원의 잘못된 설명을 듣고 그 신고납세의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그러한 사유만으로는 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.