당초 세무조사에 따른 환급처분 이후 재경정이 당초 잘못 결정에 따른 부당한 경정인지 여부

이건 심사청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 2015.3.19. 비철금속 소매업을 주업으로 개업하여 2015년 제1기분부터 2016년 제2기분까지 아래와 같이 부가가치세를 신고하였다.(생략)
• 나. AA지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.3.16.부터 2017.6.6. 기간 동안 청구인에 대한 2015년 제2기분부터 2016년 제2기분에 대하여 거래질서조사를 실시한 결과 아래와 같이 청구인이 수수한 세금계산서와 재활용폐자원 매입금액을 가공거래로 확정하였다.(생략)
• 다. 조사청은 2017.6.29. 과세기간별로 부가가치세를 경정하였는데, 이 중 2016년 제1기분 부가가치세 34,934,136원을 아래와 같이 환급 경정하였다. (생략)
• 라. 국세청 감사관실은 처분청에 대해 2018.3.28.부터 2018.4.23.까지 “매입자납부제도 업무처리 기획 감사”를 실시한 결과 전액 자료상인 청구인에게 공급받은 자가 납부한 부가가치세를 환급한 것을 잘못된 것으로 보아 2016년 제1기분 부가가치세 34,934,136원과 이자상당액 4,496,023원을 추징할 것과 공급받은 자가 납부한 매입자납부특례 기납부세액을 조정하여 아래와 같이 부가가치세를 경정하도록 처분지시하였다.(생략)
• 마. 이에 조사청은 당초 환급한 부가가치세 34,934,136원, 재계산한 이자상당액 5,135,317원, 기납부세액 조정분 부가가치세 53,048,974원 합계 93,118,427원을 경정한 부가가치세 경정결의서를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2018. 11.13. 청구인에게 2016년 제1기분 부가가치세를 고지하였다.
• 바. 청구인은 이에 불복하여 2019.1.31. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 당초 세무조사 당시 가공매출 가공매입을 인정하지 않았고, 실제로도 가공거래가 아닌 실지거래이다.

1. 당초 세무조사 당시 조사공무원이 청구인의 사업장을 방문하여 2016년 제1기분 35백만원의 환급할 세액을 2015년 제2기분 및 2016년 제2기분 고지세액에 충당할 충당동의서에 서명하라고 하여 청구인은 “본인은 DD메탈 사업장에서 일어난 모든 것은 사실거래가 맞습니다. 조사관님은 자료상이라고 하는데 사실거래가 맞고요. 자료상이라는 것은 인정할 수 없습니다. 행정상 충당청구 동의가 필요하다고 하니 저로 인해서 지연되는 것을 원하지 않기에 충당 동의만 합니다.”라는 내용을 기재하여 국세환급금 충당청구서에 동의하는 서명을 하였다.

2. 당초 세무조사 당시 조사공무원은 당사 사업장에서 실지로 물건들이 운송되고 있는 것을 목격하고 당사 사무실에 비치된 CCTV 영상에서 해당 거래일자에 실지 상품들이 상하차되는 것을 눈으로 확인하였다. 다만, 그 분량이 많은 관계로 출력을 하지 않았다.

3. 청구인으로서도 실지 세부담이 환급세액 충당하고 11,463,314원에 불과하고 조사공무원들의 어려움을 감안하여 이를 수용하기로 하였고, 앞으로 사업에나 전념하고자 하였던 것이다.

• 나. 당초 세무조사에서 잘못된 경정내용을 근거로 재경정하여 고지한 이 건은 부당한 처분이다.

1. 조사공무원이 당초 세무조사 당시 당사를 방문하여 실지거래가 인정됨에도 상대방 거래처에 대한 조회나 조사 등을 하지 않았고, 이후 거래상대방에게 자료통보 절차도 없었다.

2. 청구인의 사업장에 대한 전기요금, 전화요금, 무인경비시스템 경비 등을 제외한 모든 상품 매출매입거래가 가공거래이고 자료상이라면 전기요금, 전화요금, 무인경비시스템 경비 비용이 발생할 수가 없을 것이다. 그러함에도 당사의 모든 상품거래를 가공거래라고 몰아서 처분하는 것은 억울하다.

• 가. 이 건 심사청구는 국세기본법상 청구기간 요건을 충족하지 못한 청구로서 각하 대상이다.

1. 쟁점사항 판단에 앞서 청구인이 잘못되었다고 주장하는 조사청의 조사결과에 대한 이 건 심사청구의 적법성에 대해 살펴보면, 국세기본법제61조에 따르면 심사청구를 “해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.”고 규정되어 있다.

2. 당초 조사기간은 2017.3.16.부터 2017.6.6.까지였으며, 조사청은 2017.6.26. 국세환급금 충당청구(동의)서를 받아 2017.6.29. 부가가치세를 경정하였다. 청구인은 당초 조사결과에 대한 심사청구는 2017.9.30.까지 제기하여야 함에도 청구기간이 지난 2019.1.31. 심사청구를 제기하였으므로 본 심사청구는 국세기본법상 청구기간 요건을 충족하지 못한 청구로서 본안 심리 이전에 각하대상이다.

• 나. 세무조사 당시 청구인의 매출․매입거래를 가공거래로 확정한 조사청의 당초처분은 정당하다.

1. 조사청이 당초 2017.3.16.부터 2017.6.6.까지 기간 동안 청구인에 대한 거래 질서 조사를 하면서 매출․매입거래를 가공거래로 확정하였으며, 매출거래를 가공거래로 경정한 근거는 아래와 같다.

• 가) 청구인의 주요매입처는 SS자원 외 22개 업체로서 매입처는 모두 실물거래 없이 세금계산서만을 발행하는 업체였으며, 청구인이 매입 없이 매출세금계산서만 先 발행한 점, 先 발행한 매출세금계산서에 대한 증빙으로 무자료 의제매입 및 가공 매입세금계산서 수취를 통해 매출에 대한 매입을 맞추려 한 점
• 나) 제출한 증빙(계량사진, 금융증빙 등)을 조작한 사실이 확인되거나 실물 거래 흐름과 장부상 거래흐름이 전혀 일치하지 않는 점, 사업개시 당시의 중요사항에 대한 진술에 신빙성이 없는 점 등 실제 매출거래를 하였다고 입증할 근거가 없었기 때문에 청구인의 매출거래를 가공거래로 확정하였다.

2. 또한 조사청이 청구인의 매입거래를 가공거래로 확정한 근거는 아래와 같다. 청구인의 매입처들은 기본적인 운송증빙, 계량증빙을 갖추지 못하였으며, 장부상 물량흐름과 세금계산서 물량흐름이 일치하지 않는 점, 계량 전에 세금계산서를 먼저 수취한 점, 계량증명서 등의 거래증빙 및 매입단가를 조작한 사실이 있는 점 등 실지 재화의 공급 없이 단순히 매입처로부터 세금계산서를 수취하였기 때문에 매입거래를 가공거래로 확정하였다.

• 다. 공급받은 자가 납부한 부가가치세를 기납부세액으로 공제하여 잘못 환급한 세액과 동 이자, 당초 과소부과한 세액을 경정·고지한 이 건 처분은 정당하다.

1. 당초 조사가 사실관계를 잘못 확인하여 경정된 조사가 아닌 것은 별론으로 하고 재경정 건에 대해서 살펴보면, 2) 조세특례제한법 제106조의9 【스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례】제11항에 따르면 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은국세기본법제51조 제1항에도 불구하고 공급받은 자에게 환급하여야 한다고 규정하고 있으며, 이 규정은 2018.1.1.부터 시행하여 이 규정 시행전에 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 분에 대해서도 적용하도록 규정되어 있다.

3. 위 법 개정 전에 ‘구리스크랩 등 거래사업자는 2014.1.

1. 이후 공급하거나 공급받는 분부터는조세특례제한법제106조의9 제2항에 따라 공급받는 자가 부가가치세를 지정금융기관에 입금하는바, 가공매출세금계산서 관련 부가가치세의 실납부자는 매입자로 보여, 자료상인 매출자가 가공매출세금계산서 관련 매출세액으로 신고한 금액을 환급하여야 한다는 주장은 부적법하다.’는 심판례도 있다(조심 2015중3837, 2016.4.12.).

• 가. 쟁점

① 당초 세무조사에 따른 처분(‘17.6월)이 위법․부당한지 여부

② 이 건 재경정이 당초 잘못 환급결정에 따른 부당한 경정인지 여부

• 나. 관련 법령 1) 부가가치세법 제57조 【결정과 경정】

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. (단서 생략)

③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다. 2) 국세기본법 제61조 【청구기간】

① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 3) 국세기본법 제65조 【결정】

① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

• 나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우 4) 조세특례제한법 제106조의9 【스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례】

② 스크랩등사업자가 스크랩등을 다른 스크랩등사업자에게 공급하였을 때에는부가가치세법제31조에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다.

③ 스크랩등사업자가 스크랩 등을 다른 스크랩등사업자로부터 공급받았을 때에는 그 공급을 받은 날(스크랩 등을 공급받은 날이 세금계산서를 발급받은 날보다 빠른 경우에는 세금계산서를 발급받은 날을 말한다)의 다음 날(이하 이 조에서 "부가가치세액 입금기한"이라 한다)까지 스크랩 등 거래계좌를 사용하여 제1호의 금액은 스크랩 등을 공급한 사업자에게, 제2호의 금액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 한다. 다만, 기업구매 자금대출 등 대통령령으로 정하는 방법으로 스크랩 등의 가액을 결제하는 경우에는 제2호의 금액만 입금할 수 있다.

2.부가가치세법제29조에 따른 과세표준에 같은 법 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 "부가가치세액"이라 한다)

⑧ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 스크랩등을 공급한 스크랩 등 사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다.

⑪ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은국세기본법제51조 제1항에도 불구하고 공급받은 자에게 환급하여야 한다. 5) 부가가치세법 제31조 【거래징수】 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제29조제1항에 따른 공급가액에 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 징수하여야 한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인은 2015.3.19. AA도 BB시에서 DD메탈이라는 상호로 비철금속 소매업을 개업하여 현재 계속사업 중이다.

2. 조사청은 2017.3.16.부터 2017.6.6.까지 기간 동안 청구인에 대한 2015년 제2기분부터 2016년 제2기분에 대하여 거래질서조사를 실시한 후에 아래와 같이 경정하였다. (생략)

3. 처분청은 국세청 감사관실이 2018.3.28.부터 2018.4.23.까지 기간 동안 “매입자납부제도 업무처리 기획 감사”를 실시한 결과 전액 자료상인 청구인에게 공급받은 자가 납부한 부가가치세를 환급한 것을 잘못된 것으로 보아 2016년 제1기분 부가가치세 34,934,136원과 이자상당액 4,496,023원을 추징할 것과 공급받은 자가 납부한 매입자납부특례 기납부세액을 조정하여 아래와 같이 부가가치세를 경정하도록 한 처분지시에 따라 2018.11.13. 다음과 같이 경정․고지하였다. (생략)

4. 청구인은 당초 세무조사 당시 “본인은 DD메탈 사업장에서 일어난 모든 것은 사실거래가 맞습니다. 조사관님은 자료상이라고 하는데 사실거래가 맞고요. 자료상이라는 것은 인정할 수 없습니다. 행정상 충당청구 동의가 필요하다고 하니 저로 인해서 지연되는 것을 원하지 않기에 충당 동의만 합니다.”라는 내용을 기재하여 국세환급금 충당청구서에 동의하는 서명을 하였다고 주장하면서 당시 작성한 충당동의서를 다음과 같이 제출하였다.(생략)

5. 청구인은 당초 세무조사 당시 가공거래로 확인된 거래 전체가 정상거래라는 입증자료로 전체 거래에 대하여 전자세금계산서 및 거래명세표, 계량 확인서 및 사진을 다음과 제출하였다.(생략)

6. 청구인의 사업장인 DD메탈은 세무조사 이후 2017.7.6. 세금계산서 발급의무 등으로 고발되어 현재 재판 진행 중인 것으로 국세청 전산시스템으로 확인된다.

7. 청구인은 조세법처벌법 위반사건으로 SS지방법원 BB지원이 2019.4.1. 판결한 판결문을 사전열람에 대한 추가 의견으로 제출하였는데 주요 내용은 다음과 같다. (생략)

• 라. 판단 먼저 심리에 앞서 2017.3.16.부터 2017.6.6. 기간 동안 조사청이 실시한 세무조사에 따른 처분이 위법․부당하다는 청구인의 이건 청구가 적법한지 여부에 대하여 살펴보면, 국세기본법제55조 제1항은 “이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 “제1항 및 제2항의 규정에 의한 처분이 국세청장이 조사․결정 또는 처리하거나 하였어야 할 것인 경우를 제외하고는 그 처분에 대하여 심사청구 또는 심판청구에 앞서 이 장의 규정에 의한 이의신청을 할 수 있다.”고 규정하고 있으며, 같은 법 제66조 제6항 및 제61조 제1항은 “당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 이의신청이나 심사청구를 제기하여야 한다.”고 규정하고 있는 바, 청구인은 당초 조사기간인 2017.3.16.부터 2017.6.6.까지 세무조사를 받은 후 조사청에 2017.6.26. 국세환급금 충당청구(동의)서를 제출하였고, 조사청은 2017.6.29. 부가가치세를 경정하였으나, 청구인은 당초 조사결과에 대한 심사청구는 2017.9.27.까지 제기하여야 함에도 불구하고 청구기간이 지난 2019.1. 31. 심사청구를 제기하였으므로 2017.3월 조사에 따른 처분이 위법․부당한지에 대한 이 건 심사청구는 국세기본법상 청구기간을 도과한 부적법한 불복청구에 해당한다고 판단된다. 다음으로 당초 잘못 환급결정에 따른 이 건 재경정이 적정한지 여부에 대하여 살펴본다. 당초 세무조사 당시 청구인의 주요매입처는 SS자원 외 22개 업체로서 매입처는 모두 실물거래 없이 세금계산서만을 발행하는 업체인 점, 청구인은 매입 없이 매출세금계산서만 先 발행하고, 先 발행한 매출세금계산서에 대한 증빙으로 무자료 의제매입 및 가공 매입세금계산서 수취를 통해 매출에 대한 매입을 맞추려 한 점, 제출한 증빙(계량사진, 금융증빙 등)을 조작한 사실이 확인되거나 실물 거래 흐름과 장부상 거래흐름이 전혀 일치하지 않는 점, 사업개시 당시의 중요 사항에 대한 진술에 신빙성이 없는 점 등으로 보아 실제 매출거래를 하였다고 입증할 근거가 없고, 청구인의 매입처들은 기본적인 운송증빙, 계량증빙을 갖추지 못하였으며, 장부상 물량흐름과 세금계산서 물량흐름이 일치하지 않는 점, 계량 전에 세금계산서를 먼저 수취한 점, 계량증명서 등의 거래증빙 및 매입단가를 조작한 사실이 있는 점 등을 종합하여 볼 때 가공거래는 없고 실지거래라는 청구인의 주장은 인정하기 어렵다고 할 것이다. 조세특례제한법제106조의9【스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례】에 따라 구리스크랩 등을 공급한 사업자는부가가치세법제31조에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니하고 공급받는 자가 구리스크랩 등 거래계좌를 사용하여 부가가치세를 지정금융기관에 입금하도록 규정되어 있는바, 매입자납부특례에 따라 이 건과 관련된 부가가치세의 실제 납부자는 청구인이 아니라 청구인의 매출처(매입자)라고 할 것이므로 당초 잘못된 환급결정에 따른 이 건 재경정은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.