매출액이 발생하기 이전 과세기간의 매입세액은 매출액이 발생한 과세기간에 몰아서 공제할 수 없음

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2014년에 인천 구 동 1-4(이하 “쟁점1사업장”이라 한다), 2015년에 인천 구 동 3-7(이하 “쟁점2사업장”이라 하며, “쟁점1사업장”을 포함하여 “쟁점사업장”이라 한다)의 다세대주택 및 주거용오피스텔을 신축하여 분양하고 전부 면세사업의 수입금액으로 신고하였다.
• 나. 국세청 감사관(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.4.9.부터 2019.4.26.까지 처분청에 대한 업무종합감사를 실시하면서 청구인이 업무용 부동산(업무시설)을 양도하고 부가가치세 및 토지 등 매매차익 예정신고 누락하였다는 감사지적을 하였고, 이체 따라 처분청은 2018.11.1. 청구인에게 2014.1기 부가가치세 186,346,010원, 2015.1기 부가가치세 127,007,950원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.2.7. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 처분청은 청구인의 사업이 면세사업에 해당하는지 여부를 판단하여 사업자등록증을 교부하여야 할 책임이 있다. 면세사업자등록은 이후 납세자의 부가가치세의 신고의무가 결정되는 중요한 사항이기 때문에 이에 해당하는지 여부를 신중하게 판단하여야 할 사항이므로 과세관청은 납세자가 면세사업으로 사업자등록 신청을 한 경우 최소한 해당 사업이 면세사업에 해당하는지 여부는 판단하여 사업자등록증을 발급하는 것이 가장 기본적인 업무수행일 것이다. 청구인은 사업자등록 신청시 주거용오피스텔도 부가가치세가 면제되는 주택으로 보는 당시의 국세심판례를 근거로 면세사업 등록을 신청한 것이며 처분청은 이에 대하여 면세사업자등록증을 발급하였다. 청구인의 주택신축 판매사업에 주거용오피스텔의 판매가 포함된 사실은 ‘건축설계개요서’에 표시된 내용을 보면 바로 알 수 있을 뿐만 아니라 도시지역의 상업지구에 건축허가를 하는 경우 당연히 일부층은 오피스텔이 들어간다는 것을 알 수 있는 사항임에도 불구하고 어떠한 확인절차도 없이 면세사업자등록을 해준 것은 과세관청도 이를 면세사업으로 인식하고 있었거나 아니면 이에 대한 정확한 판단을 내리지 못하고 있었다는 것을 의미한다.
• 나. 동일한 상황에 대한 국세심판청구결과를 전혀 다르게 결정하여 납세자의 판단에 혼동을 가져온 것은 과세관청의 귀책사유임에도 불구하고 납세자에게 가산세까지 고지하는 것은 부당한 처분이다. 주거용오피스텔의 판매를 부가가치세 과세대상이라고 변경하는 국세심판결정(조심2017중1275, 2017.9.21., 조심2017중0897, 2017.9.22.)이 나오기 전까지 청구인은 기존의 국세심판례를 근거로 주거용오피스텔의 분양금액을 면세 수입금액으로 신고하는 것이 실질과세원칙에 부합된다고 판단하였다. 기존의 국세심판례는 계속적으로 주거용오피스텔도 면세에 해당한다는 결정을 하였는데 과세관청에서는 이에 대한 정확한 해석이나 판단을 내리지 아니하고 방치하다가 변경된 국세심판결정이 나오자마자 기다렸다는 듯이 수개의 과거사업연도분에 대하여 소급하여 부가가치세를 고지하였다. 기존의 국세심판결정 결과에 의거하여 세무신고를 하는 것은 과세관청에 대하여 상대적으로 약자일 수 밖에 없는 납세자로서 합리적인 행동이며, 오히려 동일한 조건의 오피스텔 판매에 대하여 국세심판결정을 갑자기 변경하여 납세자의 판단에 혼동을 가져온 것은 과세관청의 잘못이 없다고 할 수 없다. 따라서 처분청이 청구인의 면세수입 신고금액을 과세대상으로 판정하여 부가가치세를 부과하는 것은 받아들일 수밖에 없지만 여기에 가산세까지 부과하여 의무불이행에 모든 귀책사유를 청구인에게 전가하는 것은 부당한 처분이다. 가산세는 의무불이행에 대한 납세자의 정당한 사유가 있는 경우 제외할 수 있는바, 2017년에 변경된 심판결정이 나오기 전까지 기존의 결정례를 신뢰하여 청구인이 면세로 신고한 부분에 대하여는 가산세를 부과하지 않는 것이 신의성실원칙에 부합한다.
• 다. 부득이 가산세를 부과하더라고 건물신축에서 판매까지 장기간이 소요되는 사업특성을 고려하지 아니하고 과세기간을 구분하여 건물신축기간에 발생한 매입세액을 매출세액에서 직접 공제하지 아니하고 환급처분하여 가산세를 증가시킨 것은 부당한 처분이다. 청구인의 사업기간은 건물을 신축하여 판매가 완료될 때까지 기간이 한정된 반면에 건축과정에 시간이 필요하므로 수개의 과세기간에 걸쳐 부가가치세 매입세액만 발생하다가 건물이 준공되어 판매하는 시점에 매출세액이 발생하는 구조이다. 일반과세자가 부가가치세를 과세기간별로 구분하여 납부세액을 신고 납부하는 것이 당연하지만 청구인은 면세업자로 등록한 상태에서 정상적인 부가가치세 신고가 불가능하였고 건물신축판매가 장기간이 소요되는 사업특성을 고려한다면 처분청은 오피스텔 판매분에 대한 매출세액에서 해당 과세연도 이전에 발생한 매입세액을 포함하여 건물의 신축과 관련된 매입세액 전부를 공제하여 청구인이 실질적으로 납부하여야할 부가가치세를 징수하는 것이 타당할 것이다. 그러나 처분청은 과세기간이 다르다는 이유로 건축 중인 과세기간에서 발생한 매입세액은 환급하고 판매일이 속하는 과세기간의 매출세액은 징수하는 결정을 하여 청구인의 가산세 부담을 증가시키는 처분을 하였다. 면세사업에서 과세사업으로 전용시 감가상각자산의 매입세액을 공제해주는 제도에서 보듯이 과세기간별 매입세액공제가 절대적인 기준은 아니다. 청구인은 면세사업으로 알고 건물을 신축하는데 발생한 매입세액을 공제받지 아니 하였으므로 처분청의 결정처럼 해당 건물이 부가가치세 과세대상이라면 이에 대한 매입세액도 과세사업 전용과 동일하게 매출세액에서 공제하는 것이 정상적인 처분일 것이다. 만약 처분청이 과세기간이 다르다는 이유로 환급으로 결정한 매입세액을 매출세액에서 공제하였다면 청구인의 가산세 부담은 2014년 1기분 23,421,527원, 2015년 1기분 20,667,024원이 감소한다.

• 가. 처분청에서 사업자등록을 일반과세자가 아닌 면세사업자로 안내 및 발급하였고 동일한 상황에 대한 국세심판청구결과를 전혀 다르게 결정하여 납세자의 판단에 혼동을 가져온 것은 과세관청의 귀책사유임에도 가산세를 부과하는 것은 부당한 처분이라고 주장하고 있으나 부가가치세법 상 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세의 납세의무자를 파악하고 그 과세자료를 확보하게 하려는 입법취지가 있는 것이며, 이는 단순한 사업 사실의 신고로서 세무서장이 납세의무자에게 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부하였다 하더라도 그가 영위하는 사업에 관하여 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것으로 볼 수 없다. 또한, 조세심판원 결정이 과세관청의 공적 견해표명이라고 볼 수 없으며, 특정사건에 대한 조세심판원의 판결은 원칙적으로 당해 사건의 해결을 위한 것이므로 그 외의 사건에 있어서 과세관청을 기속할 수 없으며, 과세관청에서는 업무용 오피스텔을 분양하여 주거용으로 사용하더라도 부가가치세 과세대상이라고 지속적으로 공적인 견해 표명을 하였으므로 과세관청의 귀책사유에 해당하지 않는다(법규부가-2012-201, ’12.5.23., 기획재정부 부가가치세과-563, ’14.9.24., 사전-2017-법령해석부가-0515, ’17.10.12.).
• 나. 부가가치세 결정 시 매출세액에서 당해 과세기간 이전에 발생한 매입세액을 포함하여 공제하는 것이 타당하다고 주장하고 있으나 부가가치세 매입세액은 부가가치세법 제5조 및 제38조에 따라 재화 또는 용역을 공급받은 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제하는 것이므로 매출액이 발생하기 이전 과세기간의 매입세액을 해당 과세기간에 공제하지 아니하고 매출액이 발생한 과세기간에 전부를 공제할 수 없는 것이다.

• 가. 쟁점

① 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지

② 매출세액이 발생한 과세기간에 이전 과세기간의 매입세액을 공제할 수 있는지

• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제15조 【 신의성실 】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좋아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 2) 국세기본법 제47조의2 【무신고가산세】

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법 및 종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다. <개정 2016.12.20>

1. 부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우: 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위인 경우에는 100분의 60)

2. 제1호 외의 경우: 100분의 20 3) 국세기본법 제47조의4 【납부불성실·환급불성실가산세】

① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.(단서 생략)

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 4) 국세기본법 제48조 【 가산세 감면 등 】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. <개정 2018.12.31>

1. 제6조제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 5) 부가가치세법 제5조 【과세기간】

① 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 다음 각 호와 같다.

: 1월 1일부터 12월 31일까지

: 제1기 1월 1일부터 6월 30일까지 제2기 7월 1일부터 12월 31일까지 6) 부가가치세법 제37조 【납부세액 등의 계산】

① 매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다.

③ 제2항에 따른 납부세액을 기준으로 사업자가 최종 납부하거나 환급받을 세액은 다음 계산식에 따라 계산한다. 7) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 8) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 9) 부가가치세법 제43조 【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】 사업자는 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

• 다. 사실관계

1. 청구인은 2013.5.28. 쟁점1사업장에서 주택신축판매업으로 사업자등록하고 지상 10층(다세대 9세대, 오피스텔 18호)건물을 2014.1.14. 사용승인 후 분양하였고, 2014.8.6. 쟁점2사업장에서 주택신축판매업으로 사업자등록하고 지상 8층(다세대주택 7세대, 오피스텔 16호) 건물을 2015.3.19. 사용승인 후 분양하였다.

2. 청구인과 조사청 간에 쟁점사업장의 오피스텔 분양이 부가가치세 과세대상이라는 점에 대하여는 다툼이 없다.

2. 청구인은 쟁점사업장을 면세대상이라고 판단하여 부가가치세 신고를 하지 않고 각 과세기간에 대한 매입세액을 환급받지도 않았으며, 과세연도 종료 후 법정신고기한내에 면세사업자의 사업장현황신고서와 매입처별세금계산서합계표를 제출하였다.

3. 청구인이 신고한 종합소득세신고서에 의하면 쟁점사업장의 총수입금액, 필요경비, 소득금액 등은 다음과 같다. 구 분 쟁점1사업장 쟁점2사업장 과세연도 2014.1.1.-12.31. 2015.1.1.-12.31. 기장의무 복식부기의무자 복식부기의무자 신고유형 성실신고확인 성실신고확인 주업종코드 451102 451102 총수입금액 3,510,000,000 3,122,000,000 필요경비 3,291,051,372 2,975,467,824 소득금액 218,948,628 146,532,176

4. 조사청은 처분청을 상대로 한 업무종합감사시 청구인이 신고한 쟁점1사업장 총수입금액 중 1,525,382,526원(공급가액: 1,386,711,388원), 쟁점2사업장 총수입금액 중 1,347,780,498원(공급가액: 1,225,254,999원)은 부가가치세 과세대상인 업무용부동산 분양 수입금액에 해당한다고 감사지적하였다.

5. 처분청은 청구인이 부가가치세 과세대상 수입금액을 면세 수입금액으로 신고한 부분에 대하여 무신고 가산세 및 납부불성실 가산세를 적용하여 다음과 같이 부가가치세를 결정하였으며, 분양수입금액이 발생하기 전의 과세기간에 공급받은 재화 및 용역에 대한 매입세액은 해당 과세기간의 환급할세액으로 결정하였다. (원) 구 분 쟁점1사업장 쟁점2사업장 과세기간 2013.2기 2014.1기 2014.2기 2015.1기 과세표준 0 1,386,711,388 0 1,225,254,999 매출세액 0 138,671,138 0 122,525,499 매입세액 35,077,920 26,932,805 37,004,520 41,031,781 납부할세액 △35,077,920 111,738,333 △37,004,520 81,493,718 가산세 0 74,607,684 0 45,514,240 결정세액 △35,077,920 186,346,017 △37,004,520 127,007,950

6. 조세심판원은 공부상의 용도가 업무시설인 오피스텔의 공급이 조특법 제106조 제1항 제4호에 따른 국민주택의 공급에 해당하여 부가가치세의 면제가 적용되는지 여부에 대하여, 심판결정례(조심 2015중4669, 2015.11.25., 조심 2015중5668, 2016.3.9., 조심 2016구288, 2016.5.17., 조심 2016중1641, 2016.7.21.)와 같이 해당 오피스텔의 공부상의 용도가 아니라 실제용도에 따라 국민주택의 공급에 해당하는지를 판단하도록 하거나, 심판결정례(조심 2010전3002, 2011.6.1. 등)와 같이 업무시설인 오피스텔이 설사 주거용으로 공급되었더라도 위 조항에 따른 면세대상에 해당하지 아니하는 것으로 판단하다가, 2017.12.20. 조세심판관 합동회의에서 후자와 같이 판단하도록 결정(조심 2017서0991)한 이후 같은 쟁점의 심판청구에 대하여 같은 취지로 결정하고 있다.

7. 상기 조세심판관합동회의 이후 조세심판원은 개별 심판부에서 오피스텔이 부가가치세 과세대상이라는 사건에서 부가가치세 가산세 면제의 정당한 사유가 있다는 결정(조심2018중3564, 2019.1.8. 등)을 하고 있으나, 동일 사안에 대해 1심법원에서는 부가가치세 가산세 면제에 대한 정당한 사유가 없다고 판결(인천지방법원2017구합55316, 2018.11.29.)하였고 2심 계류 중에 있음이 확인된다.

• 라. 판단 먼저, 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부를 살펴보면, 세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이러한 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다 할 것인바(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결 참조), 세무서장이 납세의무자에게 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부하였다 하더라도 그가 영위하는 사업에 관하여 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것으로 볼 수 없는 점, 조세심판원 결정이 과세관청의 공적 견해표명이라고 볼 수 없으며, 특정사건에 대한 조세심판원의 판결은 원칙적으로 당해 사건의 해결을 위한 것이라 그 외의 사건에 있어서 과세관청을 기속할 수 없으며, 과세관청에서는 업무용 오피스텔을 분양하여 주거용으로 사용하더라도 부가가치세 과세대상이라고 지속적으로 공적인 견해 표명을 한 점(법규부가-2012-201, ’12.5.23., 기획재정부 부가가치세제과-563, ’14.9.24., 사전-2017-법령해석부가-0515, ’17.10.12.), 업무용 오피스텔을 분양하여 주거용으로 사용하더라도 부가가치세 과세대상이라고 결정한 조세심판원 사건들(조심2017중0897～0903, 2017.9.22.)이 2심 법원에 계류중에 있으며, 1심 법원이 부가가치세 가산세 면제의 정당한 사유가 없다고 판결(인천지방법원2017구합55316, 2018.11.29.)한 점 등으로 볼 때 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 다음으로 매출세액이 발생한 과세기간에 이전 과세기간의 매입세액을 공제할 수 있는지 여부를 살펴보면, 부가가치세 매입세액은 부가가치세법 제5조 및 제38조에 따라 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제하는 것이므로 오피스텔 신축 및 분양사업에 있어 매출액이 발생하기 이전 과세기간의 매입세액을 해당 과세기간에 공제받지 아니하고 매출액이 발생한 과세기간에 몰아서 공제할 수 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.