처분청이 면세사업자로 등록처리하고도 부가가치세를 부과처분하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2005.12.5.부터 울산 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 0-00에서 ‘ㅇㅇ어패류’(2013.10.16. 이후부터는 ‘신ㅇㅇ’, 이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로, 업종은 활어 도소매업으로 하여 부가가치세 면세사업자로 사업자등록한 후 사업을 영위하였고, 이에 대한 2011년～2017년 과세연도 사업소득은 종합소득세로 신고(2013년 과세연도는 무신고)․납부하였다.
• 나. 처분청은 2018.9.6.～2019.10.10. 기간 동안 청구인에 대한 개인통합조사를 실시한 결과, 2011년 제2기～2018년 제1기 부가가치세 과세기간(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 동안 쟁점사업장이 면세사업자로 사업자등록된 것과 달리 청구인이 실제로는 부가가치세 과세대상 업종인 횟집(음식업)을 영위한 것으로 보아 2018.12.3. 청구인에게 다음 [표1]과 같이 2011년 제2기～2018년 제1기 부가가치세 14건 합계 299,400,622원을 결정․고지하고, 2013년～2017년 과세연도 종합소득세 5건 합계 42,518,778원을 결(경)정․고지하였다. [표1] 청구인의 부가가치세 및 종합소득세 결(경)정․고지내역 (단위: 원) 세목 과세기간 과세표준 매출세액 공제세액․ 가산세 고지세액 부가 가치세 2011년 제2기 49,652,486 4,965,247 3,851,713 8,816,960 2012년 제1기 102,816,366 10,281,636 7,461,079 17,742,715 2012년 제2기 137,939,906 13,793,990 9,357,028 23,151,018 2013년 제1기 149,573,397 14,957,339 9,533,193 24,490,532 2013년 제2기 159,831,603 15,983,160 9,427,775 25,410,935 2014년 제1기 222,807,903 22,280,789 12,319,580 34,600,369 2014년 제2기 220,558,006 22,055,800 12,639,132 34,694,932 2015년 제1기 181,098,487 18,109,848 8,140,895 26,250,743 2015년 제2기 199,405,968 19,940,596 8,456,543 28,397,139 2016년 제1기 149,532,305 14,953,230 5,274,237 20,227,467 2016년 제2기 123,782,240 12,378,223 3,778,798 16,157,021 2017년 제1기 114,763,098 11,476,309 2,951,611 14,427,920 2017년 제2기 105,381,722 10,538,171 2,211,037 12,749,208 2018년 제1기 105,750,909 10,575,090 1,708,573 12,283,663 소 계 2,022,894,396 24,952,292 97,111,194 299,400,622 종합 소득세 과세연도 총수입금액 소득금액 총결정세액 고지세액 2013년 195,537,739 51,060,582 9,639,048 9,639,048 2014년 448,365,909 16,917,907 796,211 120,657 2015년 385,504,455 84,770,773 24,151,576 22,899,806 2016년 277,157,943 43,944,468 6,609,575 6,173,353 2017년 275,367,424 34,405,248 4,439,549 3,685,914 소 계 1,581,933,470 231,098,978 45,635,959 42,518,778 * 처분청은 부가가치세는 7년, 종합소득세는 5년의 부과제척기간을 적용하여 부과처분한 것으로 나타남
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.1.14. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 국유지인 쟁점사업장 지상에서 가공되지 아니한 수산물을 판매하고 있으며, 청구인이 사업자등록시 어패류 도소매업을 업종으로 하여 부가가치세 면세사업자로 사업자등록하였고 처분청도 그 사업자등록을 수리․처분하여 쟁점사업장은 면세사업자임에도 처분청이 쟁점과세기간에 대하여 이 건 부가가치세를 부과처분하는 것은 부당하다.
• 나. 청구인은 2005.12.2. 쟁점사업장에 대하여 처분청에 사업자등록을 하고 이에 대한 종합소득세를 신고․납부하였으므로 쟁점사업장에 대한 국세부과제척기간은 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 따라 5년을 적용되어야 함에도 처분청이 이를 도과하여 부과처분한 2011년 제2기분, 2012년 제1기분, 2012년 제2기분 부가가치세 3건 합계 49,710,693원은 취소되어야 한다.
• 다. 처분청이 쟁점사업장 수입금액에 대하여 종합소득세를 결(경)정함에 있어 인정한 필요경비가 매출액 대비 2.7～23%에 지나지 아니하므로 이는 부당한 결정이며, 수산물을 매입하여 가공되지 아니한 상태로 판매하는 업종의 평균 필요경비 비율을 적용하여 종합소득세를 경정하여야 한다.

• 가. 쟁점사업장에 대한 사진, 명함, 청구인이 스스로 음식점 허가가 나지 아니하여 부가가치세 면세사업자(소매/활어)로 사업자등록을 하였다는 확인서 등에 의하여 청구인이 쟁점사업장에서 부가가치세 과세대상 업종인 음식점업(횟집)을 영위한 것으로 확인되었으므로 쟁점사업장에서 발생한 수입금액에 대하여 부가가치세를 과세한 이 건 부과처분은 적법하다. 청구인은 부가가치세법상 면세사업자로서 쟁점사업장에서 수산물 판매업을 영위하였다고 주장하나, 이를 뒷받침할 어떠한 증빙서류도 제출하지 아니하고 있으며, 쟁점사업장에 대한 현황을 조사한 결과, 쟁점사업장은 탁자, 의자 등 접객시설을 갖춘 장소로 나타나며 그 곳에서 직접 음용·소비할 수 있도록 음식용역을 제공한 것으로 확인되었다. 또한 청구인은 처분청이 면세사업자로 사업자등록을 처리하고도 이 건 부가가치세를 부과처분하는 것은 부당하다고 주장하나, 부가가치세법상 사업자등록은 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 세무서장에게 사업자 등록신청서를 제출함으로써 성립되므로 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과하므로 납세의무자에게 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부하였다 하더라도 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것이라고 볼 수 없으므로(대법원2001두9370, 2002.9.4., 조심2010중3167, 2011.4.5., 같은 뜻임) 이 건 부가가치세 부과처분이 신의성실 원칙을 위반한 것이 아니다.
• 나. 청구인이 쟁점사업장에 대한 수입금액에 대하여 부가가치세 과세표준신고서를 법정신고기한 내 제출한 사실이 없으므로 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 에 따라 부과제척기간 7년을 적용하여 이 건 부가가치세를 부과처분한 것은 적법하다.
• 다. 청구인은 쟁점사업장 수입금액에 대하여 소득금액을 추계결정하여 이 건 종합소득세를 과세하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구인은 2013년 과세연도 종합소득세를 무신고 하였고 2014년∼2017년 과세연도 종합소득세는 신고하였으나, 조사결과 매출원가 등을 임의로 계상하는 등 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위에 해당하여 기준경비율을 적용하여 소득금액을 추계로 결정하였다. 또한 필요경비는 납세자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계도 납세자의 지배영역 안에 있는 것이므로 추가적인 필요경비에 대해서는 납세자가 적극적으로 입증하여야 하나(대법원2002두1588, 2004.9.23. 참조), 청구인은 현재까지 이러한 증빙서류를 제출하지 아니하고 있어 처분청의 소득금액 추계결정은 적법하다.

• 가. 쟁점

① 처분청이 면세사업자로 등록처리하고도 부가가치세를 부과처분하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

② 면세사업자로 사업자등록하였으므로 국세부과제척기간 5년을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 소득금액을 추계결정하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부

• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】 (2010.12.27. 법률 제10405호로 일부 개정된 것, 이하 같다)

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 1-1) 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. 2) 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. (단서 생략)

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호・제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 3) 부가가치세법 제1조 【과세대상】 (2010.12.27. 법률 제10409호로 일부 개정된 것, 이하 같다)

① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

③ 제1항에서 "용역"이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무(役務) 및 그 밖의 행위를 말한다. 3-1) 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. 3-2) 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. 가공되지 아니한 식료품{식용(食用)으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다} 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것 3-3) 부가가치세법 시행령 제2조 【용역의 범위】 (2010.12.27. 대통령령 제22578호로 일부 개정된 것)

① 법 제1조 제3항에 규정하는 용역은 다음 각호의 사업에 해당하는 모든 역무 및 그 밖의 행위로 한다.

4) 소득세법 제80조 【결정과 경정】 (2013.1.1. 법률 제11611호로 일부 개정된 것)

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. 4-1) 소득세법 시행령 제143조 【추계결정 및 경정】(2013.2.15. 대통령령 제24356호로 일부 개정된 것)

① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

• 다. 사실관계

1. 청구인의 사업자등록 현황 국세청 대내포털시스템(NTIS)에 의하여 쟁점사업장을 비롯한 청구인의 사업자등록 내역은 다음 [표2]와 같다. [표2] 청구인의 사업자등록 현황 상호 사업장 소재지 업태/ 종목 개업일 폐업일 비고 ㅇㅇ 식당 부산 ㅇㅇ 구 ㅇㅇ 로 00(연산동) 음식/ 한식 1999.7.21. 2004.5.27. 신 ㅇㅇ 쟁점사업장 도소매/ 활어 2005.12.5. 2018.9.30. (직권폐업) 신 ㅇㅇ 쟁점사업장 음식/ 일식 2011.7.1. 2018.12.27. (신고폐업) 직권 등록 정 ㅇㅇ 전남 여수시 ㅇㅇ 로 000-0, 000호(ㅇㅇ 동) 어업/ 연안자망 2016.6.29. 2018.10.11.

2. 청구인의 종합소득세 신고 현황 청구인은 2011년～2017년 과세연도 기간 동안 쟁점사업장 수입금액에 대하여 종합소득세를 신고한 내역은 다음과 같다. [표3] 청구인의 종합소득세 신고현황 (단위: 원) 과세연도 신고유형 총수입금액 소득금액 과세표준 총결정세액 2011 추계(기준율) 56,692,700 8,571,936 1,884,136 135,657 2012 간편장부 264,831,900 8,342,248 5,742,248 344,534 2013 무 신 고 2014 외부조정 499,000,000 17,075,980 12,170,360 675,554 2015 외부조정 418,280,900 19,830,692 11,763,122 1,251,770 2016 외부조정 300,646,000 13,025,840 9,318,920 436,222 2017 외부조정 (쟁점사업장) 242,159,302 12,460,684 외부조정 (정해호) 49,781,013 46,079,611 3,701,402 소계 291,940,315 16,162,086 13,149,606 753,635 합계 1,831,391,815 125,386,991 44,580,188 2,843,737

3. 쟁점사업장에 대한 조사 내역 등

• 가) 처분청이 쟁점사업장에서 부가가치세가 면제되는 활어 도소매업이 아닌 음식점업(횟집)을 영위한 증빙으로 제시한 사진자료는 다음과 같다.
• 나) 처분청은 청구인으로부터 쟁점사업장에서 실제 음식점업을 영위한 사실, 2014년부터 2017년 과세연도 종합소득세를 신고하면서 필요경비 항목 중 매출원가는 실제보다 과다 또는 과소하게 계상한 사실 및 인건비 등 다른 필요경비 항목을 증빙 없이 계상한 사실 등에 관한 확인서(작성일 2018.10.5.)를 받은 것으로 나타나는바, 그 주요 내용은 다음과 같다. 청구인은 신 ㅇㅇ 의 대표로 사업의 경영에 관한 모든 책임은 본인에게 있으며, 처분청에서 실시한 청구인의 개인통합조사 및 부가가치세 조사와 관련하여 아래 사실을 확인함

○ 청구인은 쟁점사업장에서 2005.12.25.부터 신 ㅇㅇ 횟집이라는 상호로 횟집을 운영하고 있으나, 쟁점사업장이 울산 ㅇㅇ 공원지구 내에 있어 음식점업 허가가 나지 아니하여 세무서에 사업자등록시 업종을 소매/활어로 하여 면세사업자로 등록하고 수입금액에 대하여 부가가치세를 신고누락하였음

○ 2013년 과세연도 종합소득세는 무신고하였고, 2014년～2017년 과세연도 종합소득세 신고시 아래와 같이 매입처별계산서합계 과다 기재(실제 매입 없이 청구인이 임의로 작성한 계산서, 거래처 매출신고 없음) 또는 과소 기재(실제 매입분이나 계산서합계표기재 누락, 거래처는 매출신고함)하여 매출원가를 과다 또는 과소계상하였음 (단위: 원) 귀속 매입처 상호 과다 매입 과소 매입 2015 ㅇㅇ 호 100,000,000 2015 ㅇㅇ 호 5,500,000 2017 ㅇㅇ 활어유통 10,000,000 합계 100,000,000 15,500,000

○ 2014년～2017년 과세연도 종합소득세 신고시 인건비, 소모품비, 복리후생비, 접대비, 지급수수료 등 판매관리비 계상금액 204,362,000원은 대략적인 지출금액의 임의 계상한 것으로서 실제 지출증빙은 보관하고 있지 아니함

• 다) 부동산등기사항전부증명서에 의하면 쟁점사업장의 토지는 국가(처분청 기획재정부)인 것으로 나타나고, 건물인 블록조 스레트지붕 단층주택(99.17㎡)은 소유자가 1998.8.17.부터 오ㅇㅇ이었다가 2016.7.14. 박ㅇㅇ이 증여받아 소유하고 있는 것으로 나타난다.

4. 처분청의 부가가치세 및 종합소득세 결(경)정 내역

• 가) 쟁점사업장 수입금액에 대한 부가가치세 결정 내역 (단위: 원) 과세기간 과세표준 매출세액 공제세액 가산세액 고지세액 2011년 제2기 49,652,486 4,965,247 699,669 4,551,382 8,816,960 2012년 제1기 102,816,366 10,281,636 1,465,944 8,927,023 17,742,715 2012년 제2기 137,939,906 13,793,990 1,966,731 11,323,759 23,151,018 2013년 제1기 149,573,397 14,957,339 2,085,915 11,619,108 24,490,532 2013년 제2기 159,831,603 15,983,160 2,228,974 11,656,749 25,410,935 2014년 제1기 222,807,903 22,280,789 2,977,098 15,296,678 34,600,369 2014년 제2기 220,558,006 22,055,800 2,022,903 14,662,035 34,694,932 2015년 제1기 181,098,487 18,109,848 2,518,295 10,659,190 26,250,743 2015년 제2기 199,405,968 19,940,596 2,481,705 10,938,248 28,397,139 2016년 제1기 149,532,305 14,953,230 2,102,750 7,376,987 20,227,467 2016년 제2기 123,782,240 12,378,223 1,740,648 5,519,446 16,157,021 2017년 제1기 114,763,098 11,476,309 1,625,923 4,577,534 14,427,920 2017년 제2기 105,381,722 10,538,171 1,493,011 3,704,048 12,749,208 2018년 제1기 105,750,909 10,575,090 1,512,238 3,220,811 12,283,663 소 계 2,022,894,396 202,289,428 26,921,804 124,032,998 299,400,622
• 나) 처분청은 2013년～2017년 쟁점사업장 수입금액 및 2017년 정해호(어업/연안자망) 수입금액에 대하여 다음과 같이 소득금액을 추계로 결정한 것으로 나타난다. (단위: 원) 과세연도 총수입금액 필요경비 소득금액 과세표준 총결정세액 2013년 195,537,739 144,477,157 51,060,582 9,639,048 9,639,048 2014년 448,365,909 431,448,002 16,917,907 120,657 796,211 2015년 385,504,455 300,733,682 84,770,773 22,899,806 24,151,576 2016년 277,157,943 233,213,475 43,944,468 6,173,353 6,609,575 2017년 275,367,424 240,962,176 34,405,248 3,685,914 4,439,549 소 계 1,581,933,470 1,350,834,492 231,098,978 42,518,778 45,635,959
• 라. 판단 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.
• 가. 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 쟁점사업장에 대하여 면세사업자로 사업자등록처리하였음에도 이 건 부가가치세를 부과처분하는 것은 부당하다고 주장하나, 사업자등록은 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 세무서장에게 사업자 등록신청서를 제출함으로써 성립되므로 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과한 것으로 과세관청이 납세의무자에게 면세사업자등록증을 교부하고 수년간 면세사업자로서 종합소득세 확정신고를 받은 행위 등만으로는 과세관청이 납세의무자에게 그가 영위하는 사업에 관하여 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것이라 할 수 없는바(대법원 2002.9.4. 선고 2001두9370 판결 같은 뜻임), 처분청이 청구인에게 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부하였다 하더라도 청구인이 실제 부가가치세 과세대상 사업을 영위한 이상 그 수입금액에 대하여 부가가치세를 신고․납부할 의무가 있으므로 처분청이 이 건 부가가치세를 부과한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
• 나. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점사업장에 대한 이 건 부가가치세 부과처분 중 국세부과제척기간 5년을 도과한 과세기간에 대한 부과처분은 부당하다고 주장하나, 비록 청구인이 면세사업자로서 종합소득세 과세표준신고서는 제출하였으나 부가가치세법에 따른 부가가치세 과세표준신고서를 법정신고기한 내 제출한 사실이 없으므로 처분청이 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 에 따라 청구인이 무신고한 부가가치세 과세기간에 대하여 부과제척기간 7년을 적용한 것에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
• 다. 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점사업장 사업소득에 대하여 소득금액을 추계로 결정하여 이 건 종합소득세를 부과처분하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구인이 신고한 2014년～2017년 과세연도 쟁점사업장 사업소득에 대하여 처분청이 조사한 결과 필요경비에 관한 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 것으로 조사된 점, 처분청이 이 건 종합소득세를 부과처분하기 이전 필요한 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 사업소득 소득금액을 계산하기 위하여 청구인에게 관련증빙을 요청하였으나 청구인이 미제출하여 부득이 기준경비율을 적용하여 추계로 소득금액을 계산한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 소득금액을 추계하여 이 건 종합소득세를 부과한 처분도 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.