쟁점매입처가 공사현장에서 종이세금계산서를 발급하고 차후에 전자세금계산서로 대체 발급해주기로 하였다는 청구법인의 주장에 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어 쟁점종이세금계산서는 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 것으로 판단됨
쟁점매입처가 공사현장에서 종이세금계산서를 발급하고 차후에 전자세금계산서로 대체 발급해주기로 하였다는 청구법인의 주장에 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어 쟁점종이세금계산서는 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 것으로 판단됨
○○세무서장이 2018. 4. 12. 청구법인에게 한 2017년 2기 과세기간 부가가치세 65,000,000원의 경정거부 처분은 이를 취소합니다.
가. 청구법인은 합성수지 제조업 및 도매업을 영위하는 법인으로, 2017년 2기 과세기간에 CC건축(대표 박DD, 이하 “ 쟁점매입처 ”라 한다)으로부터 경기도 이천시 ○○면 ○○리 000 외 16필지 지상에 공장건물(연면적: 5,813㎡, 사용승인일: 2017.9.20., 이하 “ 쟁점 공장건물 ”이라 한다) 신축 관련 건설용역을 제공받고, 2018.1.5. 전자세금계산서 2매(작성일자 2017.12.29., 공급가액 합계 650백만원, 이하 “ 쟁점 전자세금계산서 ”라 한다)를 발급받아 2017년 2기 확정 부가가치세 신고를 할 때 이를 매출세액에서 공제하여 조기환급신청을 하였다. 나. 2018.2월경 처분청의 환급신고 검토과정에 환급검토 담당공무원은 쟁점 공장건물 건설용역의 공급시기를 준공일인 2017.9.20.인 것으로 판단하여 쟁점 전자세금계산서에 기재된 작성일자가 공급시기와 다르게 기재되어 있어 매입세액 공제가 불가하다는 취지의 의견을 제시하자, 청구법인은 2018.2.23. 쟁점 전자세금계산서는 당초 2017.9.20.에 발급받은 종이세금계산서의 보관 사실을 잊어버리고 착오로 이중발급을 받았다는 사유로 동일 금액을 감액하는 (-)수정세금계산서를 쟁점매입처로부터 발급받아 같은 날 2017년 제2기 확정 부가가치세 수정신고를 하였다. 다. 이후 청구법인은 2018.2.26. 당초 2017.9.20.에 발급받은 종이세금계산서 2매(작성일자 2017.9.20., 공급가액 합계 650백만원, 이하 “ 쟁점 종이세금계산서 ”라 한다)를 2017년 2기 부가가치세 예정신고시 누락하였다는 사유로 관련 매입세액 65백만원을 매출세액에서 공제하여 달라는 취지로 2017년 2기 부가가치세 예정신고분에 대한 경정청구서를 제출하였다. 라. 처분청은 2018.4.12. 쟁점 종이세금계산서를 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 경과한 이후 발급받은 세금계산서로 보아 경정청구를 거부하는 통지를 하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2018.7.6. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 공장건물 사용승인일인 2017.9.20.에 쟁점 종이세금계산서를 발급받은 것은 사실이다.
① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 1-1) 부가가치세법 시행령 제68조 【전자세금계산서의 발급 등】
① 법 제32조제2항에서 "대통령령으로 정하는 개인사업자"란 직전 연도의 사업장별 재화 및 용역의 공급가액의 합계액이 3억원 이상인 개인사업자(이하 이 조에서 "전자세금계산서 의무발급 개인사업자"라 한다)를 말한다.
② 전자세금계산서 의무발급 개인사업자가 전자세금계산서를 발급하여야 하는 기간은 사업장별 재화 및 용역의 공급가액의 합계액이 3억원 이상인 해의 다음 해 제2기 과세기간과 그 다음 해 제1기 과세기간으로 한다.(단서 생략) 2) 부가가치세법 제34조 【세금계산서 발급시기】
① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.
② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.
③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다. 1.～2. (생략)
3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 3) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】
① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. (생략)
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 4) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. (생략)
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 4-1) 부가가치세법 시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. (생략)
2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우
4. (생략)
5. 법 제32조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우 (이하 생략) 4-2) 부가가치세법 기본통칙 39-75-1【공급시기 후에 발급받은 세금계산서의 매입세액 불공제】 공급시기 후에 발급받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제 또는 환급하지 아니한다. 다만, 재화 또는 용역의 공급시기 후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 경우에는 그러하지 아니한다. 5) 부가가치세법 제60조 【가산세】
② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.
1. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하는 경우 그 공급가액의 1퍼센트 (이하 생략)
⑦ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 사업자가 수령한 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 거래사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 제39조 제1항 제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액의 0.5퍼센트 (이하 생략)
• 3,363 2017.2기 정기신고 807,340 29,086
• 76,144
종이세금 계산서 발급관련 가산세 수정신고 수정신고 (’18.5.8.) 807,340 29,086
• 82,644 3) 쟁점 공장건물 신축공사 및 대금결제 내역 가) 청구법인은 쟁점매입처와 다음과 같이 쟁점 공장건물의 ‘인테리어 공사계약’과 ‘토목공사 및 준공관련 공사계약’을 체결한 것으로 확인되고, 쟁점 공장건물의 건축물대장 및 사용승인서에 의하면 쟁점 공장건물의 주용도는 공장, 대지면적 14,272㎡, 건축 연면적 5,818㎡이고, 사용승인일은 2017.9.20.인 것으로 확인된다. <쟁점 공장건물 공사계약서 내역> 구분 인테리어 공사계약 토목공사 및 준공관련 공사계약 당초 계약 변경 계약 작성일자 2016.11.30. 2017.2.15. 2017.2.1. 계약금액 330백만원 495백만원 550백만원 공사기간 2016.12.1.～ 2017.2.10. 2016.12.1.～ 2018.2.28. 2017.2.1.～ 2018.2.28. 대금의 지급 계약금 150백만원 계약서 상 언급 없음 150백만원 중도금 100백만원 300백만원 잔 금 50백만원 100백만원 기타사항 ▪중도금: 공사진행에 따라 지급 ▪잔 금: 공사완료 후 * 총 공사금액 1,045백만원 (부가가치세 포함) 나) 청구법인이 제출한 계좌이체내역 등에 의하면, 청구법인은 ‘쟁점 공장건물 인테리어 공사’ 및 ‘쟁점 공장건물 토목공사 및 준공관련공사’와 관련하여 쟁점매입처에게 다음과 같이 2016.6월～2017.1월 기간중 공사대금 1,062백만원을 지급한 것으로 확인된다. <청구법인이 쟁점매입처에 송금한 대금지급내역> (단위: 천원) 지급일 지급액 지급일 지급액 지급일 지급액 2016.6.27. 10,000 2016.7.26. 50,000 2016.8.4. 40,000 2016.8.11. 50,000 2016.8.25. 15,000 2016.9.7. 150,000 2016.9.12. 30,000 2016.10.7. 12,000 2016.10.11. 30,000 2016.10.13. 30,000 2016.11.8. 60,000 2016.11.18. 100,000 2016.12.01. 200,000 2016.12.13. 50,000 2017.1.3. 110,000 2017.1.06. 50,000 2017.1.9. 75,000 총 지급액 1,062,000
전자 세금계산서 2017.12.29. 2018.1.5. 쟁점매입처 청구법인 500,000 토목공사 및 준공관련공사 2017.12.29. 2018.2.23. 쟁점매입처 청구법인 △150,000 이천공장 인테리어공사 (-)수정전자 세금계산서 2017.12.29. 2018.2.23. 쟁점매입처 청구법인 △500,000 토목공사 및 준공관련공사
전자 세금계산서 및 (-)수정 세금계산서 2017.12.29 2018.1.5 쟁점매입처 청구법인 500,000 토목공사 및 준공관련공사 2017.12.29 2018.2.23 쟁점매입처 청구법인 △150,000 이천공장 인테리어공사 2017.12.29 2018.2.23 쟁점매입처 청구법인 △500,000 토목공사 및 준공관련공사 2018.3.31. 2018.4.10. 쟁점매입처 ㈜MMMM 373,000 율암리 공장 보수공사 2018.4.30. 2018.4.30. 쟁점매입처 ㈜NN 아이앤씨 16,000 태백샘플하우스 보수공사 7) 쟁점매입처가 종이세금계산서 발급 후 전자세금계산서를 발급한 사례가 있는지 여부에 대한 검토 가) 청구법인은 쟁점매입처가 쟁점 종이세금계산서를 발급한 이후에 전자세금계산서를 대체 발급해주기로 하였다고 주장하고 있는바, 쟁점매입처의 세금계산서 발급내역을 검토한 결과 다음과 같이 종이세금계산서를 발급한 이후에 전자세금계산서로 대체 발급해준 사례가 있는 것으로 확인된다. 나) 쟁점매입처는 2017.6.13. 매출처 FF식당에 전자세금계산서(작성일자 2017.6.13., 공급가액 45백만원)를 발급하였다가 2017.7.4. 착오에 의한 이중발급을 사유로 (-)수정세금계산서를 발급하고, 2017년 1기 확정 부가가치세 신고를 하면서 FF식당에 종이세금계산서(공급가액 45백만원)를 발급한 것으로 매출처별 세금계산서합계표를 작성하여 제출하였으며, FF식당은 2017.6.23. 2017.1기 5월분 부가가치세 조기환급신고를 하면서 쟁점매입처로부터 2017.5월중에 종이세금계산서(공급가액 45백만원)를 발급받은 것으로 매입처별 세금계산서합계표를 작성하여 제출한 사실이 확인되는바, 다) 이는 쟁점매입처가 당초 2017.5월중에 FF식당에 종이세금계산서를 발급한 이후에 2017.6.13. 전자세금계산서를 대체 발급하였다가 FF식당이 2017.5월에 발급받은 종이세금계산서로 2017년 1기 5월분 조기환급신고(신고일자 2017.6.23.)를 하였기에 대체 발급하였던 전자세금계산서(발급일자 2017.6.23)에 대해 착오에 의한 이중발급을 사유로 (-)수정세금계산서(발급일자 2017.7.4.)를 발급한 것으로 보여진다. 8) 처분청의 거부처분 근거와 입증 등
○ 처분청의 ｢경정청구 검토조서｣
○ 2017년 2기 과세기간 중 쟁점매입처로부터 쟁점 공장건물 건설용역을 제공받고 공급가액 650백만원의 전자세금계산서(작성일자 2017.12.29., 발급일자 2018.1.5.)를 발급받아 2017년 2기 확정 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다가, 우리서에서 2017년 2기 확정 부가가치세 환급신고 검토시 상기 거래에 대하여 공급시기를 준공검사일(2017.9.20.)로 판단하자, 작성일자 2017.12.29.인 쟁점 전자세금계산서는 ‘착오에 의한 이중발급’ 사유 로 쟁점매입처로부터 △650백만원의 수정세금계산서를 발급받고 2017.2기 확정 부가 가치세 수정신고(납부세액 1,627천원)하고 납부함(2018.2.23.)
○ 한편 2017년 2기 예정 부가가치세 신고분에 대하여 쟁점 종이세금계산서 신고 누락을 사유로 경정청구함(2018.2.26.)
○ 공급자 쟁점매입처는 실내건축 건설업을 영위하는 개인사업자로, 2017.7.1.～ 2018.6.30. 전자세금계산서 의무발급 개인사업자임에도 쟁점 종이세금계산서를 발급 하였다고 하나 2017년 2기 과세기간 동안 매출처별 세금계산서합계표상의 모든 세금계산서를 전자세금계산서 발급한 것으로 부가가치세 신고하였으며, 전자세금계산서 미발급가산세 신고내역도 없음
○ 2017년 2기 과세기간 중 공급자 쟁점매입처가 청구법인에 발급한 쟁점 종이세금 계산서 외에 청구법인에 발급한 2016년 2기 다른 전자세금계산서(작성일자 2016.12.30., 발급일자 2017.1.10.)가 국세청 전산자료상 전자세금계산서 목록에 있으며, 공급자 쟁점매입처는 2016년 2기 및 2017년 2기 부가가치세 신고시에도 매출처별 세금계산서합계표상의 모든 세금계산서를 전자세금계산서 발급으로 신고하였음
○ 상기 검토내용과 같이 2017.9월에 발급된 쟁점 종이세금계산서를 발견하여 2017.12월에 이중발급된 쟁점 전자세금계산서를 취소하였다고 주장만할 뿐, 쟁점 종이세금계산서를 거래일이 속하는 2017.9.20.에 실제 발급되어 적법하게 교부받았다는 청구주장을 뒷받침할 만한 입증자료의 제시가 부족하므로 과세기간이 경과하여 발급받은 세금계산서로 보아 경정청구를 거부하고자 함 9) 청구주장 근거와 입증 등
- 가) 쟁점 종이세금계산서 (생략) 나) 쟁점매입처 대표(박DD)의 사실확인서 사실확인서 쟁점매입처는 기존 공사업체의 문제로 중단된 청구법인 쟁점 공장건물의 공사를 2016년 7월부터 진행하게 되었습니다. 당시에는 공사 진행이 급박했던 상황이라 공사 범위와 금액 등을 확정하지 않고 당장 급한 공사부터 청구법인의 자금이 준비될 때마다 필요한 공사를 일부씩 진행 하였습니다. 그런데 기존 공사업체의 하청업체들과의 문제와 기후 그리고 현장 여건 등이 여의치 않아 자금은 계속 투입되었지만 공사는 더디게 진행되었습니다. 결국 2017년 여름이 되어서야 준공 신청을 할 수 있을 정도의 공사가 진행되었고, 준공을 앞두고도 민원해결 및 관련서류 준비 등으로 본인은 이천 현장에서 눈코 뜰 새 없이 바쁜 상황이었습니다. 이때 청구법인에서는 지급한 자금만큼 세금계산서 발행을 계속 요청하였으나 준공관련 준비와 공사 마무리 등으로 계속 바쁜 상황이어서 세금계산서 발행을 미루고 있었습니다. 계속된 요청에 현장에서 종이세금계산서를 먼저 발행한 후 차후에 전자세금계 산서로 대체키로 하고 종이세금계산서를 발행해주었습니다. 당시 준공이 무엇보다 급한 상황이었고 준공후에도 마무리 작업 등으로 정신이 없어 종이세금계산서 발행사실을 잊고 그 해 연말에 전자세금계산서를 또 발행하였습니다. 그 후 청구법인에서 세금계산서가 중복 발행되었다는 얘기를 듣고 나중에 발행한 전자세금계산서를 취소하게 되었습니다. 이 모든 사실은 거짓없이 사실임을 확인합니다.
2018. 4. 19. 쟁점매입처 대표 박DD (날인) 다) 청구법인의 사실확인서 사실확인서 청구법인(이하 ‘당사’)은 경기도 광주에서 공장을 임차하여 제품생산을 하던 중 공장 이전을 목적으로 경기도 이천 소재 부지에 ㈜GG종합건설과 2015.9월에 착공하여 2016.3월 준공을 목표로 쟁점 공장건물 건축공사를 진행하였습니다. 하지만 동절기 공사라 날씨가 순조롭지 못하고, 토목설계의 변경 그리고 토목 설계자(PP토목)의 행방불명 등으로 공사 진행이 매우 늦어지고 있었습니다. 한편 ㈜GG종합건설은 하청업체와 공사비 문제로 비용증액을 요청하며 공사를 제때 진행하지 않았고, 이에 공장 이전이 급한 당사는 쟁점매입처를 통하여 2016.7월부터 중단된 공사를 일부씩 계속하게 되었습니다. 이후 공사 진행 중에도 이천시청의 공사관련 허가처리, 민원해결, 도로 및 인접 국유지 매입 등의 이유로 공사 진행이 계속 늦어져 당사는 피해가 심각한 지경에 이르게 되었습니다. 따라서 쟁점매입처에 공사 진행을 계속 독촉하였고, 또 지급된 자금만큼 세금계산서 발급도 계속 요청하였습니다. 쟁점매입처에서는 나중에 종이세금계산서를 전자세금계산서로 대체 교부해주겠다고 했었는데 쟁점매입처가 2017.9.20. 종이세금계산서 교부 사실을 잊고 2018.1.5.에 2017.12.29.자로 전자세금계산서를 발행 교부하였고, 당사 경리직원은 종이세금 계 산서 존재를 모르기 때문에 쟁점매입처와 금액만 확인하고 확정신고를 하였습니다. 신고 후 처분청의 지적사항을 이야기하는 와중에 종이세금계산서를 생각하게 되었고 곧바로 쟁점매입처에 연락하여 전자세금계산서는 취소하고 종이세금계산서를 수정신고하게 되었습니다.
2018. 5. 16. 청구법인 대표이사 박BB (날인)
- 라. 판단 위의 사실관계를 종합하여 볼 때, 처분청은 쟁점 종이세금계산서를 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 경과한 이후 발급받은 세금계산서로 보아 경정청구를 거부하였으나, ① 청구법인이 제시한 쟁점 공장건물 관련 공사계약서, 대금지급증빙, 건축물대장 등에 의하여 쟁점매입처와의 거래사실이 인정되는 점, ② 거래상대방인 쟁점매입처는 2018.5.8. 쟁점 종이세금계산서 신고누락에 대해 수정신고(전자세금계산서 외의 세금계산서 발급 가산세 6,500천원)를 한 점, ③ 쟁점 전자세금계산서는 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급되어 매입세액 공제대상임에도 굳이 이를 감액 수정신고하면서까지 소급하여 쟁점 종이세금계산서를 발급받아 불공제당하는 불이익을 감수할 필요가 없어 보이는 점, ④ 쟁점매입처의 세금계산서 발급내역에 의하면 2017.5월경 매출처 FF식당에 종이세금계산서를 발급한 이후에 2017.6.13. 전자세금계산서를 대체 발급한 적이 있고, 2016년 1기부터 2017년 2기까지 세금계산서 발급 건수가 15건에 불과한 소규모 사업체로서 공사현장에서 전자세금계산서를 발급하기는 어려운 업체이었던 점으로 보아 쟁점매입처가 공사현장에서 쟁점 종이세금계산서를 발급하고 차후에 전자세금계산서로 대체 발급해주기로 하였다는 청구법인의 주장에 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어 쟁점 종이세금계산서는 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 것으로 봄이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.