쟁점매입세금계산서가 적법하게 발급되었는지 여부

**세무서장이 2018.3.29. 청구인에게 한 2016년 제2기 과세기간 부가가치세 114,075,000원의 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구인은 북도 시 구 로 237(지번주소는 시 구 **동 2가 1244-3) 103호(이하 “쟁점건물”이라 한다)에서 2015.1.5. 개업하여 안경 및 보청기 등을 도소매하는 개인사업자이다.
• 나. 청구인은 2016.11.9. (유)A(이하 “쟁점거래처”라 한다)과 쟁점건물을 매매대금 2,000백만원에 매매하기로 계약을 체결하고 2016.12.27. 소유권이전등기를 완료하였다.
• 다. 청구인은 쟁점거래처로부터 쟁점건물 매입과 관련하여 수취한 작성일자 2016.12.27., 공급가액 1,166백만원의 종이세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 부가가치세 신고 당시 누락하였다고 주장하며, 2018.2.6. 쟁점세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
• 라. 한편 **지방국세청 조사*국(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점거래처에 대하여 2018.2.1.부터 2018.3.2.까지 비정기 법인세 통합조사를 실시한 결과, 쟁점거래처가 쟁점건물의 양도에 따른 양도가액(수입금액) 2,000백만원(이 중 쟁점건물분 공급가액 1,166백만원)에 대한 법인세 및 부가가치세를 신고누락 한 사실을 확인하여 법인세 및 부가가치세를 경정하면서 쟁점세금계산서에 대하여는 전자세금계산서 미발급가산세(1%)를 적용하였다.
• 마. 처분청은 쟁점세금계산서가부가가치세법제34조에 따른 세금계산서 발급시기에 발급되지 아니한 것으로 보아 2018.3.29. 경정청구를 거부 처분하였고, 청구인은 이에 불복하여 2018.6.28. 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점건물의 양도자인 쟁점거래처는 쟁점건물의 매매계약서에 부가가치세가 명시되어 있지는 않지만 일반적인 상거래에서 부가가치세는 별도인 점을 들어 청구인에게 부가가치세를 지급하여 줄 것을 요구하였고, 청구인은 매매계약서상 매매대금 2,000백만원에 부가가치세가 당연히 포함되어 있으므로 매매대금 2,000백만원 이외에 별도로 부가가치세를 지급할 의무가 없다고 주장하여 양자 간에 분쟁이 발생하였다.
• 나. 2016.12.27. 소유권 이전등기 후 쟁점거래처와 청구인은 의견차이가 좁혀지지 않았고, 쟁점거래처는 세금계산서 발급기한인 2017.1.10.까지 전자세금계산서를 발급하지 못한 대신에 수기(종이)세금계산서를 발행하여 청구인에게 전달하였으나, 청구인은 부가가치세를 별도로 지급할 의무가 없다고 생각하여 2016.2기 부가가치세 확정신고 당시 신고를 누락하였다. 또한, 쟁점거래처도 쟁점세금계산서에 대하여 신고․납부를 하지 않은 것으로 알고 있다.
• 다. 이후에 쟁점거래처와 청구인은 수차례 부가가치세 문제로 다투어 왔으나 합의가 이루어지지 않다가 최근에 쟁점거래처가 세무조사를 받아 쟁점세금계산서 신고누락분에 대하여 거액의 부가가치세 및 법인세를 추징당하게 되자 청구인에게 부가가치세를 지급하여 줄 것을 재차 요청하였고, 청구인 또한 소유권이전등기를 하면서 매매대금으로 부가가치세를 제외한 2,000백만원으로 실거래가를 신고함으로써 청구인 스스로 부가가치세가 별도인 점을 인정하는 꼴이 되어 쟁점거래처와 부가가치세 지급문제로 민사소송 등 다툼이 예상되어 본 경정청구에 이르게 된 것이다.
• 라. 그러므로 청구인이 쟁점건물과 관련하여 쟁점거래처로부터 2017.1.10. 수취한 2016.2기 매입세금계산서 공급가액 1,166백만원은 매매계약서에 부가가치세가 명시되지 않아 쟁점거래처와 분쟁으로 인해 신고누락한 것을 경정청구한 건이다. 이를 처분청이 세금계산서 발급시기 경과 후에 작성한 세금계산서로 보아 경정청구를 거부한 당초 결정은 취소되어야 한다.

• 가. 청구인은 쟁점건물의 매매와 관련하여 부가가치세 지급문제로 쟁점세금계산서 제출을 누락하였다고 주장하나, 부가가치세를 사실상 누가 부담하며 어떻게 전가시킬 것인가 하는 문제는 거래 당사자 간의 약정 또는 거래관행 등에 의하여 결정될 사적 자치의 문제일 뿐이다.
• 나. 또한 청구인의 주장대로 정상적인 세금계산서 수수였다면 부가가치세 확정신고 및 조기환급 신청 등의 방법을 통하여 환급을 받아서 쟁점거래처에게 부가가치세를 지급하면 되고, 분쟁에 대한 합의로 금액이 변경되었다면 수정세금계산서를 통하여 수정신고 내지 경정청구를 제기하면 되는 것으로 부가가치세 문제로 고액의 거래에 대하여 단순히 신고를 누락하였다는 청구인의 주장은 이해하기 힘들다.
• 다. 청구인은 부가가치세에 대한 분쟁이 있었다고 주장하나, 그에 대한 입증서류는 제출한 사실이 없다. 분쟁이 있었다 하더라도 청구인은 세무대리인의 조력을 받아 제세를 신고하고 있었고, 종합소득세 신고 당시 쟁점건물 매입금액 2,000백만원을 표준재무상태표의 건물계정에 반영하였고, 쟁점건물 매입금액을 영수증수취명세서(1)(세금계산서 등 미사용 내역)에 기재한 것으로 확인되었다(16쪽 참고). 만약 청구인이 쟁점세금계산서를 정상적으로 수수하였다면 세무대리인을 통해 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세 신고가 정상적으로 이루어졌을 거라 판단되나, 공급시기가 1년 경과한 후 쟁점거래처에 대한 세무조사가 착수된 시점에서야 종이세금계산서를 증빙자료로 하여 경정청구를 신청한 사실은 이해하기 힘들다.
• 라. 쟁점거래처는 종이세금계산서를 정상적으로 발급하였다고 하면서도 부가가치세 및 법인세 신고를 누락하였고, 쟁점건물의 매매에 대하여 청구인과 합의가 이루어지면 수정신고를 할 예정이었다고 하나 이는 근거 없는 주장에 불과하다. 쟁점거래처는 쟁점건물 양도가액 신고누락에 따른 고액의 가산세를〔66백만원(부가가치세 38백만원, 법인세 28백만원) 쟁점건물 관련 부가가치세 116백만원의 1/2에 상당〕감내하면서까지 굳이 수정신고 할 이유가 없는바, 합의가 이루어지지 않았다는 이유로 신고누락 및 종이세금계산서를 발급하였다는 쟁점거래처의 주장은 받아들이기 힘들다. 그러므로 상기 내용을 종합하여 볼 때, 쟁점세금계산서는 세무조사 이후 쌍방 통정에 의한 작성일자 불상의 허위세금계산서로 판단되므로 당초 경정청구 거부처분은 정당하다. 3-1. 쟁점거래처를 조사한 조사청 의견
• 가. 처분청은 쟁점세금계산서의 발급과 관련하여 조사청에 사전의견 조회 없이 쟁점거래처가 쟁점세금계산서를 조사기간 중에 조사청에 제출한 사실만으로 정상적인 발급기간 내에 발급하지 않았다고 판단하였으나, 조사청이 쟁점세금계산서에 대하여 부가가치세 경정결의를 하면서 전자세금계산서 미발급가산세 1%를 적용한 사유는 조사청이 비정기 세무조사와 관련해서 사전에 조사예고통지 없이 쟁점거래처에 세무조사를 착수하여 현장에서 직접(즉시) 확보한 세금계산서 등 관련서류이지 추가로 제출받은 서류가 아니었기 때문이다.
• 나. 조사를 착수한 당일 현장에서 쟁점세금계산서를 확보하지 않았다면 쟁점거래처와 청구인이 담합하여 쟁점세금계산서를 사후에 발행하였을 것이라는 등의 의심을 하였겠지만, 세무조사 착수 당일 확보한 부가가치세신고서 원본에서 쟁점세금계산서가 확인되었고, 조사 진행과정에서 확보한 매매계약서상 내용(부가가치세에 대하여 별도 표기 없음)에 의하면 쟁점거래처의 주장대로 양도자와 양수자 간에 분쟁이 발생할 소지가 충분하였고, 그 분쟁으로 인해 적기에 전자세금계산서가 발급되지 않아 전자세금계산서 미발급에 따른 1% 가산세를 적용한 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세금계산서가 적법하게 발급되었는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다. 2) 부가가치세법 제15조 【재화의 공급시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때 3) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 4) 부가가치세법 제34조 【세금계산서 발급시기】

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 5) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 6) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 7) 부가가치세법 시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 발급받은 경우 8) 부가가치세법 제60조 【가산세】

② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

1. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하는 경우 그 공급가액의 1퍼센트

2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트. 다만, 제32조제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하여야 할 의무가 있는 자가 전자세금계산서를 발급하지 아니하고 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기에 전자세금계산서 외의 세금계산서를 발급한 경우에는 그 공급가액의 1퍼센트로 한다.

• 다. 사실관계

1. 쟁점건물의 등기사항전부증명서의 주요내용은 다음과 같다.(생략)

2. 청구인은 쟁점거래처로부터 쟁점건물을 매입하면서 2016.11.9. 대지와 건물의 구분 없이 매매대금을 2,000백만원〔계약금 260백만원(지급일 2016.11.9.) 잔금 1,740백만원(지급일 2016.12.31.)〕으로 하고, 쟁점건물의 명도일자는 2016.12.31.로 하는 부동산 매매계약서를 작성하였다(붙임① 계약서 참고).

3. 청구인은 쟁점건물을 2016.12.27. 매매를 원인으로 소유권이전등기를 하였으나, 쟁점건물 매입분에 대하여 2016년 제2기분 부가가치세 확정신고를 누락하였다. 이후 2018.2.6. 쟁점세금계산서 및 부동산매매 거래내역 확인서와 함께 2016년 제2기분 부가가치세 경정청구서를 처분청에 접수하였다.

• 가) 작성일이 2016.12.27.이고, 공금가액이 1,166백만원인 쟁점세금계산서는 다음과 같다.(생략) ※ 양도가액(2,000백만원) 중 토지, 건물가액은 부가가치세법 시행령제64조에 따라 기준시가로 안분(건물 1,166백만원(부가가치세 별도), 토지 834백만원)
• 나) 청구인은 경정청구서와 함께 쟁점건물을 토지와 건물 및 부가가치세를 구분하여 총 매매금액 2,116백만원(건물 1,166백만원, 부가가치세 116백만원, 토지 834백만원)이라고 쟁점거래처가 2016.11.9. 확인한 ‘부동산 매매 거래 내역 확인서’를 제출하였는데 그 주요내용은 다음과 같다.

4. 처분청은 청구인이 제출한 경정청구서를 2018.3.28. ‘매입처 조사분으로 과세기간 경과 후에 작성한 세금계산서는 매입세액 불공제 대상이므로 기각처리함’이란 처리사유로 기각 통지하였는데, 처분청이 작성한 검토서 중 주요내용은 다음과 같다.(생략)

5. 청구인은 이 건 심사청구서를 제출하면서 2018.4월에 쟁점거래처의 대표가 작성한 ‘확인서’를 제출하였는데 그 내용은 다음과 같다.

6. 청구인은 쟁점거래처의 대표가 제출한 확인서 외에 쟁점거래처와 부가가치세 지급문제로 분쟁이 발생한 사실에 대한 다른 입증서류는 제출하지 않았다.

7. 청구인의 2016년 과세연도 종합소득세 신고서 내용을 보면, 표준재무상태표의 토지계정에는 0원, 건물계정에는 2,092백만원으로 기재되어 있고, 영수증수취명세서(1)에는 부동산구입 2,000백만원이 기재되어 있다. (생략)

8. 쟁점세금계산서와 관련하여 쟁점거래처를 조사한 조사청 의견

• 가) 조사청은 쟁점거래처에 대하여 비정기 법인세 통합조사를 실시한 후, 쟁점건물의 양도와 관련하여 부가가치세 과세표준 1,166백만원, 매출세액 116백만원, 가산세 38백만원(전자세금계산서 미발급가산세 11백만원 포한), 납부세액155백만원을 과세하였으나, 현재 징수유예중인 것으로 확인된다.
• 나) 조사청에서 쟁점거래처에 실시한 세무조사는 사전통지가 이루어지지 않은 비정기 세무조사로 조사를 착수한 시점까지 쟁점거래처는 조사를 받는다는 사실을 인지하지 못하였고, 조사를 착수한 당일 쟁점거래처의 대표를 만나 바로 조사가 이루어졌고, 세무대리인이 위임장을 접수한 후에 바로 세무대리인 사무실로 이동하여 부가가치세 등 관련제세의 신고서류 원본 일체를 임의 제출받았다.
• 다) 제출받은 부가가치세 신고서철 원본에는 ‘ 시 구 로 237, 103호’와 관련하여 쟁점세금계산서, 부동산매매계약서 및 국세청 홈텍스에서 건물 기준시가를 평가하여 매매가액을 토지와 건물로 안분한 부가가치세 과세표준산정 근거서류(붙임② 참고)가 편철되어 있었다.
• 다) 매매계약서상 부가가치세와 관련하여 별도 명시 사항이 없어, 양도자는 일반적인 상거래상 부가가치세가 별도인 점을 들어 부가가치세 지급을 요구하였고, 양수자는 계약서상 총 매매대금 20억원에 당연히 부가가치세가 포함되어 별도로 부가가치세를 지급할 내역이 없다고 주장하였는바, 서로 의견차가 좁혀지지 않아 세금계산서 발급기한까지 전자세금계산서를 발행하지 못하고, 2017.1.10. 수기(종이)세금계산서를 발행하여 청구인에게 전달하였으며, 당사자간 합의가 이루어지면 수정신고를 하고자 하였으나, 합의가 이루어지지 않아 쌍방간 신고가 누락된 상태로 조사 종결시까지 지속된 것이라는 쟁점거래처의 주장을 조사청은 진실된 것으로 판단하였다.

9. 사전열람에 대한 처분청의 추가의견

• 가) 조사청은 쟁점거래처에 대한 세무조사 당시 쟁점세금계산서에 대하여 전자세금계산서를 미발급(전자세금계산서 발급의무자가 전자세금계산서를 발급하지 아니하고 발급시기에 종이세금계산서를 발급한 경우에 해당)한 것으로 보아 미발급가산세 1%를 부과한 것으로 확인된다. 즉 조사청은 쟁점세금계산서를 정상적인 공급시기에 발급된 수기(종이)세금계산서로 판단한 것인데, 조사 당시 신고누락으로 확인된 쟁점건물에 대한 수기(종이)세금계산서를 사전 조사예고통지 없이 세무조사에 착수하였고 세무대리인 사무실로 이동하여 신고서류 원본 일체를 제출 받았고, 부가가치세 신고서철에 쟁점세금계산서가 같이 편철이 되어 있었다는 이유로 실제 발급일자에 대한 아무런 객관적 증빙도 없이 이를 인정한 것으로 이는 착오에 의한 잘못된 결정으로 판단된다.
• 나) 조사청이 조사착수 당시에 확인하였다는 사실은 쟁점세금계산서가 적어도 조사개시일 이전에 작성되었을 것이라는 방증은 될 수 있으나, 쟁점세금계산서가 정상발급기한 내(적어도 확정신고기간까지) 발급되었다는 사실을 입증하는 객관적 증빙은 될 수 없을 것이다. 쟁점세금계산서에 대한 정상 발급여부 판단은 매출처인 쟁점거래처에는 단순히 가산세 문제뿐이나, 매입처인 청구인에게는 매입세액공제 여부를 판단하는 중요한 문제로 발급여부에 대한 잘못된 판단은 고액의 부정환급을 낳을 수도 있다.
• 다) 공급시기가 1년이나 경과한 후인 쟁점거래처의 세무조사가 착수된 시점에 제출된 세금계산서를 수기(종이)세금계산서 발급에 대한 객관적 사실판단 없이 처분청이 정상 발급된 세금계산서로 인정하게 된다면, 이를 악용한 사례들이 비일비재 발생할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서에 대하여 조사청의 착오로 인한 잘못된 결정이라고 판단하면서도 그 결정에 따라 무조건적인 결정을 하게 된다면 착오에 의한 잘못된 결정이 또 다른 잘못된 결정을 낳는 결과로 이어지게 될 것이므로 당초 경정청구 거부처분은 정당하다고 판단된다.

10. 사전열람에 대한 청구인의 추가주장

• 가) 쟁점세금계산서를 수취하게 된 경위를 보면, 청구인은 현재 운영 중인 안경점의 부동산을 구입하면서 체결한 부동산매매계약서상에 부가가치세를 별도로 기재하지 않아 쟁점거래처와 부가가치세 문제로 분쟁이 발생하였다. 즉, 쟁점거래처는 쟁점거래처의 불찰로 인하여 계약서상에 부가가치세에 대하여 언급하지 않았을 뿐, 상거래상 부가가치세는 당연히 별도이므로 이를 지급하여야 한다고 주장하였고, 청구인은 계약서상에 부가가치세에 대한 언급이 없어 매매금액에 부가가치세가 포함되어 있으므로 지급할 의무가 없다고 주장한 것이다. 이에 대한 분쟁이 전자세금계산서 발급시한인 2017.1.10.까지 해결되지 않자 쟁점거래처에서 2017.1.10.에 종이세금계산서를 편지봉투에 담아 청구인에게 전달하게 된 것이다.
• 나) 쟁점세금계산서를 발급한 사유에 대하여 쟁점거래처에게 확인한바, 쟁점거래처는 세무대리인의 조력을 받아 추후 수정신고를 할 요량으로 전자세금계산서 대신 종이세금계산서를 발행한 것이고, 당해 건에 대하여 부가가치세 등을 신고하지 않은 것은 부가가치세를 받지 못하여 납부할 여력이 없어 신고하지 않은 것으로 확인되었다. 또한 청구인 역시 종이세금계산서를 수령하긴 하였으나 이를 신고하면 청구인 스스로 부가가치세가 별도임을 용인하는 꼴이 되어 신고하지 않은 것이다.
• 다) 그러나 이후 쟁점거래처와의 분쟁이 끝나지 않은 상태에서 쟁점거래처가 세무조사를 받아 거액의 부가가치세 및 법인세를 추징당하자, 청구인에게 재차 부가가치세를 지급하여 줄 것을 요구하였고, 청구인 역시 쟁점거래처와 계속해서 다투기 싫고 또한 환급받아서 지급하면 손해가 없을 것으로 생각되어 경정청구하게 된 것이다. 추가로 쟁점거래처에 대한 세무조사 당시 국세공무원은 쟁점거래처의 세무자료 일체를 제출받았으며 동 세무자료에 포함된 쟁점세금계산서를 발견하고 이를 근거로 부가가치세 및 법인세를 추징한 것으로 알고 있다.
• 라) 위 내용과 같이 처분청이 쟁점세금계산서를 세무조사 이후 청구인과 쟁점거래처간의 통정에 의해 발행한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당한 것으로 판단된다.
• 라. 판단 앞에서 본 관련법령 및 사실관계를 종합하여 살피건대, 처분청은 2018.2.6. 쟁점세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 114,075,799원을 환급해 달라는 청구인의 경정청구에 대하여 쟁점세금계산서가 소급 작성되었다고 보아 2018.3.29. 거부하였으나, 조사청이 쟁점거래처에 대한 사전통지 없는 비정기 세무조사를 착수하면서 세무대리인 사무실에서 제출받은 부가가치세 신고서철 원본에 부동산매매계약서 및 국세청 홈텍스에서 건물 기준시가를 평가하여 매매가액을 토지와 건물로 안분한 부가가치세 과세표준 산정 근거서류와 함께 쟁점세금계산서가 편철되어 있었던 것으로 보아 조사 착수 이후 사후 발급되었다고 보기는 어려운 점, 쟁점거래처를 조사한 조사청도 쟁점세금계산서가 공급시기에 정상 발급되었다고 보아 전자세금계산서 미 발급 가산세(1%)만을 적용하여 경정한 점, 당시 쟁점거래처와 청구인이 부가가치세 문제로 상호 다툼이 있어 신고 누락하였다는 청구인의 주장이 거래처 대표의 확인내용 등에 비추어 신빙성이 있어 보이는 점 등을 고려 시, 이 건 쟁점세금계산서는 공급시기에 적법하게 발급되었다고 볼 수 있어 처분청이 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 작성된 것으로 보아 청구인의 부가가치세 환급 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.