원도급업자가 하수급업자에게 직불한 공사대금을 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 하는지 여부

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구인은 2016. 2. 1. 주식회사 J사(이하 “J사” 이라 한다)과 사이에 J사로부터 S 신축공사 중 철근콘크리트공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 총공사금액 1,870,000,000원(공급대가)으로 하도급받는 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였다.
• 나. 처분청이 2017년 3월 부가가치세 환급현장확인을 하자 청구인은 2017. 3. 28. 쟁점계약금액 중 신고누락한 2016년 2기분 부가가치세 매출 과세표준 174,919,011원(공급대가)을 수정신고한 후, 2017. 8. 8. 수정신고 한 매출액의 일부인 73,095,836원(공급대가)을 감액하는 수정세금계산서를 발행하고 부가가치세액 7,900,074원을 환급해 달라는 경정청구하였다.
• 다. 처분청은 청구인이 J사를 상대로 공사대금청구소송(이하 “쟁점소송”이라 한다)을 진행 중이며, 공사대금이 확정되지 않았다는 이유로 2017. 9. 27. 경정청구를 거부(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다.
• 라. 청구인이 이에 불복하여 2017. 11. 27. 이의신청을 하였으나 2017. 12. 28. 이의신청이 기각되자 2018. 3. 27. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 공사대금에서 노무비를 제외하는 변경계약 청구인과 J사는 2016.2.1. 철근콘크리트(골조) 공사를 내용으로 쟁점계약을 하였으나 청구인의 건설면허 미보유 등의 사유로 쟁점공사의 원도급자인 주식회사 P사(이하 “P사”이라 한다)이 철근콘크리트(골조) 공사를 직영으로 처리하고 청구인은 공사에 소요되는 ‘자재 및 장비의 납품과 관리’만을 수행하였다. P사가 2016. 10. 13. 작성한 공문 및, T시 교육감이 2017. 3. 9. T지방법원에 보낸 사실조회에 의하면 ‘P사가 쟁점공사를 직접 시공하였고, 자재 및 장비는 J사 및 S사(청구인)이 관리하였다’는 사실을 알 수 있다. S사가 J사에 발행한 세금계산서 내역과 J사가 송금한 업체에 현장 노무비가 제외된 사실을 보면, 공사대금에서 노무비를 제외한 사실을 알 수 있다. 쟁점계약은 실재 ‘자재 및 장비 공급과 관리계약’으로써 노무비관련 부문이 제외되었는바 쟁점계약 금액 1,870,000,000원은 노무비로 책정된 비용 1,186,778,912원을 제외한 683,221,088원으로 변경되었으므로 쟁점계약서는 수정되어야 하나 P사 및 J사에 대한 청구인의 신뢰와 을(乙)의 입장에서 구두상으로 변경된 계약내용을 인정하고 쟁점공사의 자재 및 장비의 납품과 관리를 수행하였다.
• 나. 직불을 통한 계약금액 변경 J사는 청구인을 통하지 않고 K사(사업주 H) 등과 직접 거래하고 세금계산서를 발급받고 대금을 송금하여 청구인이 거래에서 배제되었다. 따라서 J사가 직접 지급한 대금은 제외하는 것으로 쟁점계약의 계약금액이 변경되었다.
• 다. 2017년 3월 처분청의 부가가치세 환급현장확인에 의하여, 노무비를 제외하는 것으로 변경된 쟁점계약금액 683,221,088원(부가세 포함)에서 J사가 청구인을 통하지 않고 타사업자들로부터 자재 및 장비를 직접거래하고 세금계산서를 수취한 ①178,420,902원과 기청구된 금액 330,881,175원(청구인이 J사에 기발행한 매출세금계산서)을 제외한 174,919,011원(정확한 계산금액은 173,919,011원이나 1,000,000원을 오류로 과다하게 신고)을 매출세금계산서 발행 후 2016년 2기 부가가치세 수정신고 하였다.
• 라. 청구인은 이후 J사가 자재 및 장비를 K사에 직불처리하고 세금계산서를 수취한 ②73,095,846원이 추가로 확인되어 당초 수정신고시 제외하였어야 하나 착오로 포함된 것으로 수정신고하여 (-)오류수정으로 청구인은 경정청구를 신청하였다.
• 마. J사가 신축공사 과정에서 자재 및 장비 납품을 청구인을 통하지 않고 타업체들로부터 세금계산서를 직접 수수하고 공사대금을 직불한 자재 및 장비 251,516,748원(=①+②)을 제외한 쟁점계약금액은 431,704,340원으로 최종변경된 것으로 보아야 한다.
• 바. 청구인과 J사와의 공사대금 소송 분쟁은 쟁점계약 금액과는 관련성이 없는 사항이다. 피고측인 J사의 반소장을 보면 당초의 쟁점계약을 유효한 것으로 보고 청구인이 J사에 청구한 공사대금과 청구인의 요청으로 하도급업체에 직불된 금액이 최초 계약금액 1,870,000,000원보다 과다하여 청구인에게 지급할 내역이 없다는 것이며, 원고측인 청구인은 쟁점계약금액에서 노무비로 책정된 금액을 제외한 683,221,088원을 주장하며 소송을 제기하였으나 소송 특성상 대금을 돌려받고자 하는 사업주의 심정으로 제시한 것일 뿐 쟁점계약금액은 소송결과와 상관없이 431,704,340원이다. P사가 쟁점공사를 직영하였으므로 J사가 하수급업체에 직접 지급한 대금은 쟁점소송을 변동될 것이 아니므로 쟁점소송은 이 건 심사청구와 관련이 없다.
• 사. 청구인은 공사기간의 지연으로 인한 가설재 등의 사용기간의 연장분에 대하여 손해배상청구를 별개로 진행할 예정으로 처분청이 주장하는 소송분쟁과 관련한 세금계산서 발급시기와 대응되는 부분은 추후 진행할 예정이므로 이번 소송과는 별개의 것이다.
• 아. 쟁점공사는 원도급자 P사가 직영을 하였는바 노무비 공사 분야는 청구인과 상관이 없고, J사와 청구인과의 거래금액은 소송 분쟁으로 변동이 될 바 없으므로 처분청의 경정청구 거부결정은 취소되고 관련 부가가치세액을 환급하여야 할 것이다.

• 가. 청구인이 부가가치세 환급현장확인의 결과로 발급한 세금계산서 174,919,011원에 대하여 공급가액의 변동으로 인한 사유로 수정세금계산서 (-)73,095,846원을 발행하였으나 청구인이 쟁점소송 당시 쟁점계약금액을 683,221,088원으로 소송 청구하였고 쟁점소송의 근거가 되는 쟁점계약서는 공사대금과 관련된 수정된 계약서가 없다.
• 나. 쟁점소송에서 청구인은 쟁점계약금액 683,221,088원을 총액으로 J사로부터 기 청구한 공사대금 375,198,175원을 제외한 308,022,913원을 공사대금으로 소송을 하였고 거래상대방인 J사는 2016년 제2기분 부가가치세 수정신고 한 이력이 없다.
• 다. 청구인이 주장하는 변경된 공사계약금액 683,221,088원으로 명시된 계약서가 존재하거나 변경된 계약금액과 관련하여 거래상대방 J사의 동의가 확인되지 않으며 쟁점소송의 판결 결과가 나오지 않는 현시점에서 청구인의 독단으로 공급가액 변동을 원인으로 발급한 (-)수정세금계산서는 정당한 발급 사유가 아니다.
• 라. 공사대금과 관련하여 법적분쟁이 발생한 경우 수정세금계산서 발급은 그 사유가 발생한 날(법원의 확정 또는 조정판결을 받은 때)에 세금계산서를 수정 발급하는 것(부가가치세-950, 2013.10.16.)으로 청구인의 2016년 2기 부가가치세 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 원도급업자가 하수급업자에게 직불한 공사대금을 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 하는지 여부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제5조 【과세기간】

① 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 다음 각 호와 같다.

2) 부가가치세법 제29조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. <개정 2017.12.19>

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 3) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다. 3-2) 부가가치세법 시행령 제70조 【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】

① 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급 4) 부가가치세법 제34조 【세금계산서 발급시기】

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 5) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 5-1) 국세기본법 시행령 제25조의2 【후발적 사유】 법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 소득세법 제118조의10제1항 에 따른 국외전출자 국내주식등을 실제로 양도하는 경우로서 실제 양도가액과 같은 항 본문에 따른 출국일 당시의 양도가액 간 차액이 발생한 경우

5. 제1호부터 제4호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

• 다. 사실관계

1. 청구인의 사업 정보

○ 청구인은 2011. 7. 6. T에서 부동산임대사업자로 사업을 개시하여 2016. 1. 29. 사업장 상호를 ‘S사’으로 변경하고 건설업종(건축, 토목)을 추가 등록하였다.

2. 쟁점공사 및 쟁점계약 정보

• 가) 쟁점계약서 건설공사 표준하도급계약서

1. 발 주 자: J사

2. 원도급공사명: (가칭)S 하도급공사명: 철근콘크리트 공사

3. 공 사 장 소: T

4. 공 사 기 간: 착공 2016년02월01일부터 준공 2016년07월15일까지

5. 계 약 금 액: 일금일십팔억칠천만원정 (￦1,870,000,000) 공 급 가 액: 일금일십칠억원정 (￦1,700,000,000) 부 가 세 액: 일금일억칠천만원정 (￦170,000,000)

6. 대금의지급: 발주처로부터 수령한날로부터 15일이내 그 내용과 비율에 따름

7. 선 급 금: 없 음 (이 하 생 략) 2016년 02월 01일 원사업자 J사 도급사업자 청구인

• 나) 변경된 계약서

○청구인과 J사는 2016. 7. 6. 쟁점계약의 공사기간 종료일을 2016. 7. 15.에서 2016. 9. 15.까지 연장하여 변경계약 하였다. 변경된 쟁점계약서는 다음과 같다. 건설공사 변경하도급 계약서 ※ 공 사 명: (가칭)S 공사 중 철근콘크리트공사 ※ 계약일자: 2016년 02월 01일 ※ 하도급자: 청 구 인 위 공사 원 계약의 일부를 아래와 같이 변경한다.

• 가. 계약금액 변경: 해 당 없 음
• 나. 공사기간 변경: 변경전 2016.02.01.∼2016.07.15. 변경후 2016.02.01.∼2016.09.15.
• 다. 기타계약 변경: 해 당 없 음

2. 계약변경사유: □계약금액 변경 ■공사기간 변경 □기타

3. 본 계약서에 협의한 이외의 사항은 원하도급 계약서에 의한다.

4. 본 게약 변경을 입증하기 위해서 계약서를 작성 갑을이 서명 각기 날인하여 각 1통씩 원 계약에 첨부하여 보관한다. 2016년 07월 06일 도급사업자 J사 수급사업자 청구인

• 다) 공사내역서 요약 (단위: 원) 품 명 ※철근콘크리트공사 재 료 비 노 무 비 경 비 합 계 327,315,110 808,591,160 87,419,410 109,442,440 260,536,040 26,299,540 2,240,130 4,385,380 597,130 1,774,100 4,963,800 707,300 147,240 413,540 80,040 직접공사비 소 계 440,919,020 1,078,889,920 115,103,420 간접공사비 소 계 65,087,640 합 계(공급가액) 440,919,020 1,078,889,920 180,191,060 1,700,000,000 합 계(공급대가) 485,010,922 1,186,778,912 198,210,166 1,870,000,000

3. 청구인이 J사에 발급한 매출세금계산서 내역 (단위: 원) 과세기간 작성일자 발급일자 발급유형 공급가액 공급대가 2016년 1기 2016.5.31

• 수 동 45,454,545 50,000,000 2016년 1기 2016.6.28. 2016.6.28. 전 자 90,909,090 100,000,000 2016년 2기 2016.7.5. 2016.7.5. 전 자 10,336,363 11,370,000 2016년 2기 2016.8.11 2016.8.11. 전 자 154,101,068 169,511,175 소 계 300,801,066 330,881,175 2016년 2기 2016.12.19 2017.3.27. (수정신고) 전 자 159,017,283 174,919,011 소 계 459,818,349 505,800,186 2016년 2기 2016.12.19 2017.8.7. (경정청구) 전자수정 -66,450,770 -73,095,846 합 계 393,367,579 432,704,340

○ J사는 청구인이 2017. 3. 27. 및 2017. 8. 7. 각각 발급한 세금계산서 및 수정세금계산서와 관련하여 2016년 2기 부가가치세 경정청구 혹은 수정신고를 한 사실이 없다.

4. 청구인의 부가가치세 신고내용

○ 공사기간 2016. 2. 1. ~ 2016. 9. 15.에 해당하는 과세기간인 2016년 1기·2기 청구인의 부가가치세 제세신고 현황은 다음과 같다.

• 청구인의 2016년 1기 및 2기 매출과세표준은 부동산임대사업에서 발생한 수입금액 29,225천원(공급가액) 및 33,338천원(공급가액)이 각 포함되었다. (단위: 천원) 과세기간 신고유형 매출과표 (공급가액) 매입가액 (공급가액) 가산세 납부세액 (환급신청세액) 비 고 2016년 1기 정기 신고 (2016.7.25.) 165,589 293,434

• △12,784 환급필 2016년 2기 정기 신고 (2017.1.25.) 197,775 234,106

• △3,633 환급필 2016년 합 계 363,364 527,540

• △16,417

○ 2016년 2기 수정신고 및 경정청구 신청 내역 (단위: 천원) 과세기간 신고유형 매출과표 (공급가액) 매입가액 (공급가액) 가산세 납부세액 (환급신청세액) 비 고 2016년 2기 수정 신고 (2017.3.28.) 356,793 234,106 2,584 14,852 경정 청구 (2017.8.8.) 290,342 234,106 1,329 6,952 경정청구세액 △7,900

5. 공사대금청구소송

• 가) 청구인의 주장 청구인(원고, 반소피고)이 2016. 12. 19. J사(피고, 반소원고)을 상대로 공사대금 청구소송(쟁점소송)을 제기하여 현재 계속 중이다. 쟁점소송의 청구인 주장은 다음과 같다.

○ 쟁점계약금액의 변동 주장 P사를 실질적으로 관리하고 있는 ㈜L사의 대표이사 B은 쟁점공사 제1회 기성금을 정산할 때인 같은 해 2016년 4월경 자신의 사무실에서 청구인의 배우자 등을 불러 ‘피고가 인부들을 직접 고용하고 인건비도 직접 지급하겠다.’고 선언하여 쟁점계약금액 중 인건비로 책정된 1,186,778,912원을 공제한 나머지 683,221,088원으로 공사금액이 수정되었다.

○ 쟁점공사기간의 변동과 계약해지 이 사건 공사를 시공하기 위해서 선행되어야 하는 토목공사의 시공을 맡은 P사가 공사를 지체하는 바람에 쟁점공사가 지연되었고 이에 J사는 2016년 7월경 청구인에게 2016. 7. 15.로 예정된 준공예정일을 2016. 9. 15.로 변경하도록 하였으며 공정률이 96%에 이를 때쯤인 2016. 9. 20.경 P사의 최고 관리현장소장이 청구인에게 공사에서 손을 떼도록 강요하여 이 사건 공사현장에서 철수할 수밖에 없었다.

○ 청구인의 공사대금 청구 J사는 청구인이 공사현장에 자재를 납품한 업자들에게 자재비 직불을 요청함에 따라 자재비로 375,198,175원을 지급하였다. 그러므로 J사는 청구인에게 당초 지급하기 되어 있었던 자재비 및 장비대금 683,221,088원에서 이미 지급한 자재비 375,198,175원을 공제한 나머지 308,022,913원을 지급하여야 한다.

• 나) J사는 반소장을 제출하며 다음과 같이 주장하였다.

○ 청구인의 공사지연 청구인은 S 철근콘크리트공사(쟁점계약 1,870,000,000원)를 하수급 받았는바 당초 공사기간이 2016. 2. 1.부터 2016. 7. 15.까지였으나 청구인의 공사지연으로 공사기간을 2016. 9. 15.까지 연장하는 등의 배려와 노력에도 청구인의 공사지연으로 공사전반이 지체되고 급기야 청구인은 공사를 중단한 채 공사를 진행하지 않았다.

○ 쟁점계약 해지 예정된 공사만료일인 2016.9.15. 청구인의 채무불이행을 원인으로 한 이 사건 하도급공사 해지를 유선으로 먼저 통보하고 이후 2016. 11. 2. 내용증명으로 이사건 하도급공사 계약해지를 통보하였다.

○ J사의 손해배상 청구 J사가 그동안 청구인에게 지급한 기성금은 330,881,175원과 공제 직불금액 1,663,147,421원 합계 1,994,028,596원이지만 청구인의 공정율은 79.8% 정도에 지나지 않고 공정율에 해당하는 기성고는 1,492,260,000원(= 1,870,000,000 × 79.8%)으로서 J사가 청구인의 기성고를 초과하여 지급한 501,768,596원(= 1,994,028,596원 - 1,492,260,000원)은 J사가 입은 손해에 해당하므로 청구인은 J사에 이 금원을 지급할 책임이 있다.

• 다) T시교육감의 사실조회 회신

○ T시교육감은 2017. 3. 9. T지방법원의 쟁점소송 재판부에 (가칭)S 공사대금과 관련하여, ‘P사가 쟁점공사를 직영으로 시공하였고 J사와 S사는 자재 및 장비를 관리하는 업체이며, 자재 및 장비는 J사에서 S사로 발주하였다’는 취지로 아래와 같은 내용의 사실조회 회신을 제출하였다.

6. P사의 S 관련 공문

○ P사는 2016. 10. 13. ㈜Y S 건설사업관리단장에게 S 신축현장 대금체불과 관련하여 ‘공조공사는 P사가 직영하였고, J사 및 S사가 자재 및 장비를 관리하였다’는 아래와 같은 내용의 공문을 보냈다.

7. 청구인의 부가가치세 환급신청

○ 청구인은 2016년 1기 부가가치세 환급신청을 하였다.

○ 처분청은 매출누락혐의가 있음을 이유로 2017. 3. 2.부터 2017. 3. 14.까지 2016년 1기 부가가치세 환급 현장확인을 실시하였다. 처분청은 청구인이 2016년 9월경 쟁점공사 철수명령을 받아 공사현장에서 철수하였으며 2016. 11. 21. J사로부터 계약해지내용을 내용증명으로 통보받은 사실을 종합하여 쟁점계약이 2016년 2기에 해지되었음을 확인하였다.

○ 청구인은 쟁점소송 과정에서 수집한 피고의 매입세금계산서 거래 일부가 청구인을 통하지 않고 자재 및 장비를 하도급사업자와 직접거래하고 매입세금계산서를 수취한 내역이 있음을 주장하였다.

○ 청구인은 쟁점소송에서 주장한 변동된 쟁점계약금액 683,213,388원에서 J사가 자재 및 장비를 타사업자에게 직접 송금하고 세금계산서를 수취한 거래 178,420,902원을 제외하고 청구인이 J사에 기청구한 공사대금 330,881,175원을 차감한 잔액인 174,919,011원에 관한 세금계산서를 발행하고 수정신고(2016년 2기)하였다. 이에 처분청은 2016년 제1기 부가가치세 12,784,490원을 환급결정하고 현장확인을 종결하였다.

8. 청구인이 주장하는 쟁점계약의 공사대금

• 가) 계산내역

○ 쟁점소송상의 청구된 공사계약금액: 683,221,088원 (-) J사와 E 외 30개 업체와의 거래: 58,420,902원 (-) J사와 K사와의 거래: 120,000,000원 (-) 추가로 확인한 J사와 K사와의 거래: 73,095,846원

○ 청구인 주장 최종 변경된 공사금액: 431,704,340원

• 나) J사가 직접 지급한 내역 58,420,902원
• 다) K사가 J사에 발급한 세금계산서 중 수정신고 관련 부분 (단위: 원) 작성일자 품목 공급가액 공급대가

2016. 11. 6. 10월분 자재대 29,881,002 32,869,102

2016. 11. 5. 10월분 자재대 -216,000 -237,600

2016. 12. 1. 자재대 62,585,522 68,844,074

2016. 12. 5. 11월분 자재대 15,844,162 17,428,578 합 계 108,094,686 118,904,154

9. 경정청구 관련 세금계산서 내용

○ K사는 J사에 아래와 같은 내용의 매출세금계산서 2매(품목명: 자재대)를 발행하고 공급대가를 계좌로 송금받았는데, 청구인은 처분청에 이를 제출하여 경정청구를 하였다. (단위: 원) 작성일자 계좌송금일자 공급가액 공급대가

2016. 9. 13.

2016. 9. 13. 31,818,182 35,000,000

2016. 10. 19.

2016. 10. 19. 34,632,588 38,095,846 합 계 66,450,770 73,095,846

10. K사가 청구인에게 발급한 매출세금계산서

○ K사는 2016년에 청구인에게 아래 표와 같이 매출세금계산서를 발급하였는데, 모두 TS와 관련하여 발급되었다. 작성일자 발급일자 공급대가 공급가액 세액

2016. 2. 29.

2016. 3. 9. 495,798 450,725 45,073

2016. 4. 5.

2016. 4. 14. 21,350,140 19,409,218 1,940,922

2016. 5. 5.

2016. 5. 9. 14,952,861 13,593,510 1,359,351

2016. 6. 7.

2016. 6. 10. 29,980,447 27,254,952 2,725,495

2016. 7. 5.

2016. 7. 11. 42,107,390 38,279,445 3,827,945

2016. 8. 5.

2016. 8. 5. 40,687,658 36,988,780 3,698,878

2016. 9. 5.

2016. 9. 6. 40,687,658 36,988,780 3,698,878

2016. 11. 1.

2016. 12. 5. -35,000,000 -31,818,182 -3,181,818

2016. 12. 1.

2017. 1. 5. -97,261,952 -88,419,956 -8,841,996 합계 58,000,000 52,727,272 5,272,728 (단위: 원)

11. 청구인과 K사의 계약

○ 청구인은 2016. 2. 24. K사(사업주: H)과 사이에 아래와 같이 K사로부터 건축가설재를 250,000,000원에 임차하는 계약을 체결하였는데, P사가 위 계약을 연대보증하였다.

12. 이의신청 결과 1) 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 혹은 용역을 공급하고 세금계산서를 발급한 후 당초의 공급가액에 추가(감액)되는 금액이 발생하는 경우에는 같은 법 시행령 제70조에 따라 그 사유가 발생한 날 에 세금계산서를 수정교부 할 수 있다.

2. 청구인이 쟁점법인을 상대로 한 공사대금 청구소송의 소장 등에 의하면, 청구인 은 당초 쟁점신축공사의 철근콘크리트(골조) 공사를 하도급 받아 공사금 액 총 1,870,000,000원(공급대가)에 공사계약을 한 뒤, 쟁점신축공사 진 행 중에 쟁점법인이 노무비와 관련된 공사를 직접 수행하기로 하면서, 청구인은 ‘자재 및 장비의 납 품과 관리’와 관련된 683,221,088원 (공급대가) 에 대해서만 청구인의 공사수입금액으로 확정하 여 공사대금 청구소송을 진행하고 있으나, 청구인과 쟁점법인 간 쟁점공사 계약의 소송 분쟁이 청구일 현재까지도 진행 중이며, 쟁점공사계약의 공사대 금 변동과 거래상대방인 쟁점법인과 합의된 변경 계약서가 존재하지 않으며 쟁점공사계약의 공사금액 변동은 청구인 일방의 주장임을 종합하면, 청구인이

2017. 8. 7. 발급한 부(-)의 수정세금계산서 73,095,846원(공급대가)은 부가가치세법 시행령 제70 조【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】 에서 규정하고 있는 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 확정되지 않은 상태로 확인된다. 따라서 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 판단 부가가치세는 일반과세자의 경우 1년을 제1기 및 제2기로 나누어 과세하는 기간과세 세목으로서(부가가치세법 제5조제2항제2호), 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화와 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다(같은 법 제29조제1항). 이 사건에서 청구인이 경정청구를 구하는 2016년 2기 부가가치세와 관련하여, 청구인이 2016년 2기에 J사에 공급한 용역의 공급가액을 다투는 민사소송이 계속 중이다. 따라서 청구인이 2016년 2기에 공급한 용역의 공급가액을 확정할 수가 없으므로 청구 주장을 받아들이기 어렵다. 참고로 위 민사소송에서 청구인이 2016년 2기에 공급한 용역의 공급가액이 감액되는 것으로 확정되는 경우 청구인은 국세기본법 제45조의2제2항 에 따른 후발적 경정청구를 통하여 구제받을 수 있을 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.