공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없음

000 세무서장이 2011.7.7. 청구인에게 한 2016년 제2기분 부가가치세 1,616,651원의 부과처분과 11,533,333원의 환급신청 거부처분은

1. 2016.8.25. 0000도시개발(유)로부터 교부받은 매입세금계산서(32,727,273원)의 매입세액 3,272,727원 중 1,636,363원을 매출세액에서 공제하여 이를 재경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2011.11.18. 인천 00구 0000로232 0동 1층 000호, 000호 등을 임차하여 커피전문점 0000 00000파크점(이하 “0000”라 한다)을 운영하다 2016.10.17. 폐업하였다.
• 나. 청구인은 0000도시개발(유)(이하 “쟁점임대인”이라 한다)로부터 작 성일자가 2016.8.25.이고, 공급가액이 82,606,060원인 매입세금계산서 1매(이하 “쟁점①세금계산서”라 한다)와 공급가액이 32,727,273원인 매입세금 계산서 1매(이하 “쟁점②세금계산서”라 한다) 합계 2매 공급가액 115,333,333 원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후 2017년 1월 2016년 제2기 과세기간 부가가치세 확정신고 때에 매입세액으로 공제하여 부가가치세 12,038,068원의 환급을 신청하였다.
• 다. 처분청은 청구인의 신고내용을 검토하여 쟁점세금계산서는 청구인이 미지급한 임차료를 한꺼번에 지급하면서 받은 매입세금계산서로 발급일자가 법원의 조정기일인 2016.4.25.이 아닌 대금지급이 완료된 2016.8.25.인 것을 확인하고, 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 2017.7.7. 청구인에게 2016년 제2기 부가가치세 1,616,651원을 경정․고지하면서 환급신청 거부를 통지하였다.
• 라. 청구인은 처분청에 이의신청(0002017-0000, 2017.10.30.)을 거쳐 2018.1.11. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 법원의 조정결정과 별개로 쟁점임대인과 임대료, 임대료 지급일, 세금계산서 발행일, 임대기간 연장 등의 내용을 포함한 합의서를 작성하였으며, 합의내용에 따라 임대료를 지급하고 적법하게 발행된 쟁점세금계산서를 수취한 것이므로, 2017.7.7. 처분청이 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제하지 않아 환급되지 않은 11,533,333원을 환급해주어야 한다.

• 가. 청구인은 쟁점임대인으로부터 2016년 8월 쟁점세금계산서를 수취하여 2016년 제2기 부가가치세 확정신고 때 일반매입으로 환급 신청하였으나, 쟁점세금계산서 발급일이 법원의 조정기일 2016.4.25.과 다르게 발급되어, 사실과 다른 세금계산서로 판단하여 매출세액에서 공제하지 않았다.
• 나. 임대용역에 대한 공급시기는 임대차계약의 존부 또는 임대료 금액에 대하여 쟁송 중에 있더라도 계약에 의하여 정해진 각 대가를 받기로 한 때라 할 것이고, 법원의 확정판결에 의하여 약정내용과 달리 결정되면 그 때 수정세금계산서를 교부해야 하는 것이므로 당초 처분 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점①, ②세금계산서의 매입세액 공제 가능여부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】

① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법 시행령 제29조 【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】

② 법 제16조제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 3) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

7) 부가가치세법 제34조 【세금계산서 발급시기】

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 8) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 9) 부가가치세법 시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】 법 제39조제1항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2016.2.17.>

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우

5. 법 제32조제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우

• 다. 사실관계 1) 국세통합시스템에 의하면 청구인 의 2016년 제2기 부가가치세 신고와 경정의 주요내용은 다음과 같다. (단위: 원) 구 분 2016년 제2기(2016.7.1.~2016.10.17.) 확정신고 경 정 과세 표준 신용카드 등 발급분 24,338,664 24,338,664 기타(현금) 3,994,828 3,994,828 합 계 28,333,492 28,333,492 매출세액 2,833,348 2,833,348 매입 매입 금액 128,582,427 13,249,094 매입세액 12,839,416 1,306,044 납부할 세액 △10,006,068 1,527,304 가산세 89,347 예정고지세액 2,032,000 총납부세액 △12,038,068 차감고지세액 1,616,651 2,032,000 원: 예정고지세액 고지 후 결정취소 되었으나 청구인은 이를 기납부세액으로 넣어 신고함 89,347 원: 납부할 세액 1,527,304원에 대한 납부불성실 가산세 2) 국세통합전산망 수록자료(이하 “국세청 전산자료”라 한다)와 2015.8.28. 제기된 건물명도 청구 소장에 의하면 쟁점임대인은 청구인에게 아래와 같이 임대료에 대한 전자세금계산서를 발급하였고, 그 중 미지급한 임대료 내역은 아래와 같다. 전자세금계산서 발급 내역 미지급금 임대인 작성일자 공급가액 공급대가 쟁점임대인 (0000 도시개발(유)) 2014.09.25 10,000,000 11,000,000 9,200,000 2014.10.25 10,000,000 11,000,000 11,000,000 2014.11.25 10,166,667 11,183,334 11,183,334 2014.12.25 10,500,000 11,550,000 11,550,000 2015.01.25 10,500,000 11,550,000 11,550,000 2015.02.25 10,500,000 11,550,000 11,550,000 2015.03.25 10,500,000 11,550,000 11,550,000 2015.04.25 10,500,000 11,550,000 11,550,000 2015.05월∼2016.07월 미발급 2016.08.25 82,606,060 A) 90,866,666 쟁점①세금계산서 2016.08.25 32,727,273 B) 36,000,000 쟁점②세금계산서 합계 198,000,000 217,800,000 89,133,334 (단위: 원) A) 90,866,666원 (2015.5월~2016.4월 공급분) = 조정(합의)결정금액 180,000,000원 - 미지급금 89,133,334원 B) 36,000,000원(2016.5월~2016.8월 공급분) = 매월 9,000,000원 × 4개월

4. 국세청 전산자료에 의하면 청구인은 2016.8.25. 쟁점①․②세금계산서를 수취하였으며, 각 매입세금계산서 수취 근거는 다음과 같다. ◆ 쟁점①세금계산서: 2016.8.25. 작성된 공급가액 82,606,060원 매입세금계산서 163,636,363원(조정결정금액 180,000,000원의 공급가액)

• 8,363,636원(2014년 9월분 일부 미납분)

• 72,666,667원(2014년 10월 ～ 2015년 4월 세금계산서 발급 후 미납분) = 82,606,060원(2015년 5월 ～ 2016년 4월까지 미납 임대료) ◆ 쟁점②세금계산서: 2016.8.25. 작성된 공급가액 32,727,273원 매입세금계산서 = 2016년 5월 ∼ 2016년 8월까지 미납 임대료(월 9,000,000원(VAT포함))

5. 건물명도 청구의 소 소장에 의하면 쟁점임대인은 2014년 9월 일부 미 납분 임대료 9,200,000원을 비롯하여 이후 발생한 임대료와 연체료 등 합계 128,592,700원을 청구하는 소송을 제기한 것이며, 청구인이 2015.4.30.까지 미납임대료를 납부하지 않자 임대료 미지급을 이유로 2015.4.30. 청구인에게 임대차 계약 해지를 통보하였다고 기재되어 있다. 00지방법원 조정을 갈음하는 결정조서

• 조정기일 2016.4.25. 조정사항

• 가. 피고(청구인)가 2014.9월부터 2016.4.30.까지 원고(쟁점임대인)에게 지급하지 못한 이 사건 임대차계약상의 차임 합계액을 180,000,000원(부가가치세 포함)으로 확정한다. 피고(청구인)는 위 연체 차임 중 임차보증금 60,000,000원으로 변제충당하고 남은 나머지 120,000,000원을 원고에게 다음과 같이 분할하여 지급한다.

① 2016.6.30.까지 40,000,000원

② 2016.7.31.까지 40,000,000원

③ 2016.8.31.까지 40,000,000원

• 나. 피고는 위 금원과 별도로 2016.5.1.부터 2016.8.31.까지 원고에게 차임조로 매월 9,000,000원(부가가치세 포함)을 지급하되, 그 차임 지급은 2016.8.31.까지 이자 없이 유예할 수 있다. (이하 생략)

6. 청구인이 제출한 00지방법원의 ‘조정을 갈음하는 결정조서’에 의하면, 청구인과 쟁점임대인 사이에 조정이 성립 되었으며 그 주요내용은 다음과 같고, 대법원 사건검색에서 조회한바 청구인의 건물명도 소송(2016머60000) 결과는 2016.5.26. 강제조정으로 확정된 사실이 조회된다.

7. 청구인은 2016.8.1. 쟁점임대인과 ‘00지방법원의 조정을 갈음하는 결정조서 조정사항 및 임대인과 임차인의 상관례’에 따라 임대료 납부 및 세금계산서 발행에 대해 상호 합의하였으며 그 내용은 다음과 같다. 합의서 내용 ․ 임대인과 임차인은 조정을 갈음하는 결정조서의 조정사항에 관하여 이의가 없으나, 임차인이 영업계속의 의사를 표명함에 따라 차임 납부 및 이에 따른 세금계산서 발행과 관련하여 조정할 필요가 있음을 확인한다. ․ 조정사항 1조의 가항 차임의 2016년 6월분은 40,000,000원은 기발행 세금계산서의 미납임대료에 충당하기로 한다. ․ 2016년 7월분 40,000,000분과 8월분 40,000,000원 및 나항의 2016년 5월 ∼ 2016년 8월 까지 월 차임 9,000,000(부가가치세 포함)은 8월 달 세금계산서로 발행한다. ․ 임차인의 요구에 따라 위 사항과 별도로 10월 말일까지 임차인이 시설물을 타인에게 임대할 수 있는 기간일 2개월(10월31일)까지 무상 연장한다. ․ 임대료 입금은 합의서 작성일에 7월분 40,000,000원을 입금하고 8월분과 나항(2016년 5월～2016년 8월)은 8월 말일까지 입금하기로 한다. 2016년 8월 1일 8) 청구인이 2016.6.30.과 2016.8.1. 및 2016.8.23. 각 40,000,000원, 2016.8.31. 36,000,000원 합계 156,000,000을 쟁점임대인에게 송금한 사실이 제출한 금융거래 내역에 의하여 확인된다.

• 라. 판 단 청구인은 2016.8.1. 법원의 조정결정과는 별도로 쟁점임대인과 임대료 지급일, 세금계산서 발행일, 임대기간 연장 등을 합의 후 이를 이행하였으므로, 쟁점세금계산서의 공급시기가 합의일이 속한 2016년 8월이고 따라서 매입세액 공제대상이라고 주장한다. 부가가치세법제14조와 부가가치세법 시행령 제29조 에서는 용역의 공급시기를, 통상적인 공급의 경우에는 ‘역무의 제공이 완료되는 때’, ‘완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때’, ‘역무의 제공이 완료되었음에도 공급가액이 확정되지 아니한 경우에는 역무의 제공이 완료되고 공급가액이 확정되는 때’로 규정하고 있다. 한편, 쟁점임대인은 2015.3.18. 청구인이 2015.4.30.까지 미납 임대료를 납부하지 않으면 2015.4.30. 청구인과의 임대차계약을 해지하겠다는 계약해지 통보문을 발송한 것으로 확인되므로, 청구인이 2015.5.1. 이후 쟁점임대인으로부터 공급받은 용역은 정확한 공급가액이 확정되지 아니한 상태에서 제공받은 것(이하 “쟁점용역”이라 한다)이라 할 수 있고 따라서 쟁점용역의 공급시기를 ‘역무의 제공이 완료되었음에도 공급가액이 확정되지 아니한 경우에는 역무의 제공이 완료되고 공급가액이 확정되는 때’로 적용해야할 것으로 판단되는데, 쟁점①세금계산서는 부동산임대차계약이 해지된 2015년 5월부터 2016년 4월까지 부동산임대용역을 공급받은 것에 대한 것으로 그 공급가액은 2016.5.26. 법원의 강제조정에 의해 확정되었고, 쟁점임대인과 별도의 합의서를 작성하였다고 주장하나 법원의 조정결정조서 내용과 동일하여 조정결정 사항을 재확인하는 것에 지나지 않아 공급시기가 법원의 강제조정 확정일인 2016.5.26.로 보이므로 쟁점①세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 쟁점②세금계산서는 2016년 5월부터 2016년 8월까지 부동산임대 용역을 공급받은 것에 대한 것으로, 2016.5.26. 법원 강제조정에 의해 부동산임대 공급대가(부가가치세 포함)가 매월 9,000,000원으로 확정된 점, 청구인이 쟁점임대인과 별도의 합의서를 작성하였다고 주장하나 합의서의 내용이 법원의 조정결정 사항을 재확인하는 것에 불과한 점 등을 종합하여 볼 때 당해 부동산임대용역의 공급시기가 매월 용역의 공급이 완료된 시점이라 할 것이다. 그런데, 처분청은 쟁점②세금계산서 공급가액 전액을 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 공제하지 않았으나 그 중 7월분 차임에 대한 8,181,818원은 용역의 공급시기 이후에 발급받은 것이지만 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 것이고, 8월분 차임에 대한 8,181,818원은 용역의 공급시기에 세금계산서를 발급받은 것이므로, 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분은 잘못이 있고 나머지 공급가액에 대한 매입세액 불공제는 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제65조제1항제2호 및 3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.