수입물품 가격을 허위·과다신고하여 수입세금계산서를 발급받은 경우 매입세액불공제 및 가산세 부과처분의 당부

○○세무서장이 2017.4.12. 청구법인에게 한 2011.1기에서 2014.2기 과세기간까지 부가가치세 42,625,620,260원의 부과처분은

1. 2011.1기분 838,029,490원, 2011.2기분 550,228,724원은 이를 취소하고, 2012.1기에서 2014.2기분까지 세금계산서불성실가산세 2%를 1%로 적용하여 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2004.4.27. 컴퓨터 및 주변기기 제조를 업종으로 ○○ ○○구에서 설립한 기업으로 청구법인의 대표이사인 AAA은 재화의 수출·입 가격을 부풀려 과다하게 신고 등으로 2014.11월 관세청에서 검찰에 고발되었으며 대법원에서 관세법 위반혐의 등으로 유죄판결이 확정되었다(대법원2000도0000, 0000.00.00.). 또한, 청구법인은 영업부진으로 채무가 자산을 초과하는 채무초과 상태에 이르러 2014.12.9. ○○지방법원으로부터 파산선고를 받고 법원이 선임한 파산관재인(BBB)에 의해 파산절차가 진행 중이며 2016.1.31. 폐업되었다.
• 나. ○○지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)이 실시한 세무조사에서 2011.1〜2014.2기 부가가치세 과세기간에 해외거래처 등과 공모, 수입물품의 수입가격을 실제보다 2,446억원을 과다하게 신고하여 세관장으로부터 공급가액과 매입세액이 과다하게 기재된 수입세금계산서(이하 “쟁점수입세금계산서”라 한다)를 발급받은 것으로 확인되어, 조사청의 조사결과에 따라 처분청은 2017.4.12. 청구법인에게 매입세액불공제 24,468백만원, 과소신고가산세(10%) 2,446백만원, 납부불성실가산세 9,428백만원, 세금계산서불성실가산세(2%) 6,281백만원 총 42,625백만원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 2017.6.5. ○○세관장에게 2012.1〜2014.2기 과다신고·납부한 수입부가가치세를 경정청구하여 2017.8월 과다신고한 세액 21,893백만원에 대하여 ○○세관장으로부터 환급세액을 결정받았으며, 청구법인은 총고지세액에 대하여 2017.7.11. 불복하였으나, 이를 수정하여 환급세액을 제외한 20,732백만원(42,625백만원-21,893백만원)에 대하여 이 건 심사청구를 제기하였다. * ’12.1기분은 과다신고세액 3,909백만원 중 6월 이전분은 청구기한 경과로 1,335백만원만 환급

1. 쟁점수입세금계산서에 대한 매입세액을 불공제(’12.1기 세관장으로부터 환급받지 못한 매입세액)하고, ’12〜’14년 과세기간 과소신고가산세, 납부불성실가산세 부과는 부당함 수입세금계산서는 세관장이 수입가격을 조사하여 수정·발급할 때까지 부가가치세법상 유효한 세금계산서이고, 수입세금계산서를 수정·발급하지 않은 이상 당초 부가가치세 신고시 수입세금계산서상 매입세액을 매출세액에서 공제하고 그 초과분을 환급받은 것은 전단계세액공제 방식을 취하고 있는 현 부가가치세법에 따른 세무처리이므로, 세관장이 수입세금계산서를 수정·발급하기에 앞서 처분청이 직권으로 매입세액을 환급받지 않은 ’12.1기분 쟁점수입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 과소신고가산세를 부과하는 것은 부당하며, 법리를 오해한 것이다. 납부불성실가산세 또는 환급불성실가산세의 과세대상에 해당하기 위해서는 일정기간 동안 미납부, 과소납부 또는 초과환급 상태에 놓여 있어야 할 것으로 청구법인은 이에 해당하지 아니한 경우인바, 청구법인이 수입신고를 할 때 세관장에 과다 납부했던 부가가치세를 조기환급신고, 예정신고 또는 확정신고 후 관할세무서로부터 환급받는 것으로써 종전에 과다 납부한 상태에 놓여 있던 것이 실제에 부합되게 회복된 것일 뿐, 부가가치세법에 따라 납부하여야 할 부가가치세액보다 과소하게 납부하거나 초과하여 환급받은 것이 아니므로, 청구법인이 ○○세관장으로부터 수취한 쟁점수입세금계산서상 실제보다 과다하게 기재된 부가가치세에 대해 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 추징하면서 납부불성실 또는 환급불성실 가산세를 부과한 처분은 위법·부당하므로 취소되어야 한다.

2. 수입세금계산서를 과다하게 교부받은 것은 ｢부가가치세법｣ 제60조 제3항 제2호 에 해당하지 아니한 것으로 세금계산서불성실 가산세 2%를 부과한 처분은 부당함 ｢부가가치세법｣ 제4조 제1호 와 제2호는 부가가치세 과세대상 거래를 ‘재화 또는 용역의 공급’과 ‘재화의 수입’으로 명확하게 구분하여 규정하고 있으며, ｢부가가치세법｣ 제32조 제1항 은 ‘사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.’고 규정하고 있으며, 같은 법 제35조 제1항은 ‘세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 “수입세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.’고 규정하여 “세금계산서”와 “수입세금계산서”가 서로 다른 용어임을 분명히 하고 있는 것을 알 수 있다. 따라서, ‘재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서 등을 발급받은 경우’에 수입세금계산서는 포함되지 않아, ｢부가가치세법｣ 제60조 제3항 제2호 (이하 “쟁점법률조항”이라 한다)에 따른 세금계산서불성실가산세 2%를 부과할 수 없는 것이다. 수입세금계산서는 세관장이 ‘재화의 수입’에 대해 발급하는 세금계산서이므로 ‘재화의 수입’이 아닌 ‘재화 또는 용역의 공급’에 대해서는 수입세금계산서를 교부할 수 없는바, 만일 부가가치세법 쟁점법률조항(구 부가가치세법 제22조 제3항 제3호)에서 규정한 세금계산서에 수입세금계산서가 포함된다고 해석할 경우 재화를 수입하는 자가 세관장으로부터 적법하게 발급받은 모든 수입세금계산서 역시 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우에 해당되어 쟁점법률조항에서 규정한 가산세 중과 대상에 해당하게 되는 참으로 부당한 결론에 이르게 되는 것이다. 청구법인이 이 건 관련하여 기획재정부에 2017.7.18. 질의하였으며, 기획재정부에서 2017.9.19. 회신된 내용을 보면 세관장으로부터 공급가액과 세액이 과다하게 기재된 수입세금계산서를 발급받은 경우는 쟁점법률조항의 ‘재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우’에 해당하지 아니한 것으로 해석하고 있어(기획재정부 부가가치세제과-478, 2017.9.19.), 처분청이 고지한 2%의 세금계산서불성실가산세는 취소되어야 한다. 또한, 조사청의 의견에 따르면 쟁점수입세금계산서에 대해 쟁점법률조항에 따른 2%의 세금계산서불성실가산세를 고지한 것은 법리를 오해한 것이며, 쟁점수입세금계산서의 경우 공급가액을 부풀려 과다하게 신고한 것으로 보아부가가치세법제60조 제2항 제5호의 규정을 적용하여 2012.1기부터 2014.2기분 세금계산서불성실가산세 2%를 1%로 감액경정하는 것이 타당하다는 의견이나, 대법원 전원합의체 판결(대법원 2012.10.18. 선고 2010두12347)에서 보듯이 여러 종류의 가산세가 부과되면 그 각 가산세 부과처분도 종류별로 각각 별개의 과세처분이라고 보아야 하므로 쟁점수입세금계산서에 대하여 당초 조사청이 쟁점법률조항에 따라 2% 가산세를 부과하였던 것을부가가치세법제60조 제2항 제5호에 따른 1% 가산세를 부과하려는 것 또한 각각 별개의 과세처분에 해당하며, 2012.1기분 부가가치세는 그 부과제척기간이 2017.7.25.로 경과되었기에 본 심사청구의 결과에 따른 후속처분으로서 쟁점수입세금계산서에 관해 쟁점법률조항에 따른 2%의 가산세를 취소하더라도부가가치세법제60조 제2항 제5호를 적용하여 1%의 가산세를 부과할 수는 없다.

3. ’11.1기분 838백만원, 2기분 550백만원의 부가가치세 고지는 부과제척기간 5년이 경과한 것으로 처분청이 고지는 위법·부당함

1. 청구법인이 허위수입신고로 과다하게 발급받아 신고한 쟁점수입계산서에 대하여 매입세액을 불공제하고, 과소신고가산세, 납부불성실가산세 부과는 정당함 청구법인은 세관장이 수입가격을 조사하여 쟁점수입세금계산서를 수정발급할 때까지 부가가치세법상 유효한 수입세금계산서이므로 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 주장하나, 청구법인이 접수한 경정청구 결과 ○○세관장은 2012.6.5부터 2014.12.31 까지 당초 발급한 쟁점수입세금계산서를 유효하지 않은 세금계산서로 보아 과다발급한 공급가액을 감액하여 수정발급하였으며, 2012.1기 과세기간 중 과다발급한 나머지 수입세금계산서에 대하여도 거래품목 및 거래상대방 등으로 볼 때 유효한 수입세금계산서라고 볼 만한 다른 이유가 없는 것이다. 당초 조사청은 청구법인이 발급받은 쟁점수입세금계산서 중 실제로 수입한 물품의 가액으로 관세청에서 조사한 금액에 대하여는 매입세액 공제를 인정하고, 나머지 과다 발급받은 매입세액에 대하여만 불공제하였던 것이다. 따라서, 허위수입신고로 공급가액을 과다하게 부풀려 발급받은 사실과 다른 세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하여 경정·고지한 처분은 정당하다. 또한, 세법상 가산세는 법령에 규정된 신고납부 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 부과할 수 없는 것으로, 청구법인에게 정당한 사유가 있다고 보기 어려워, 쟁점수입세금계산서에 대하여 부가가치세 매입세액을 불공제하여 산출된 세액에 대한 과소신고가산세와 납부불성실가산세를 부과한 처분은 적법하다.

2. 세금계산서불성실 가산세 2%를 부과하였으나, ｢부가가치세법｣ 제60조 제2항 제5호 의 규정에 의하여 1%를 적용하여 가산세를 감액 청구법인은 세금계산서불성실 가산세 2% 전액을 취소해야 한다고 주장하나, 조세심판원 결정(조심2016중0408, 2016.11.30.)에 의하면 부가가치세 과세대상 재화의 거래가 있는 경우에는 수입세금계산서 모두를 가공거래로 볼 수 없으며,부가가치세법제38조 제1항 제2호 및 제60조 제2항 제5호에 따라 공제되는 매입세액 및 가산세를 경정하여야 할 것으로 판단하고 있는바, 동일한 취지로 청구법인이 기획재정부 질의하여 회신된 내용을 보면 쟁점법률조항으로 2%를 적용하여 고지하였던 것은 조사청이 법리를 오해한 것이며, 쟁점수입세금계산서의 경우 공급가액을 부풀려 과다하게 신고한 것으로 보아 ｢부가가치세법｣ 제60조 제2항 제5호 의 규정을 적용하여 2012.1기부터 2014.2기분 세금계산서불성실가산세 2%를 1%로 감액경정하는 것이 타당하다. 청구법인은 조사청에서 쟁점수입세금계산서 세금불성실가산세 2%를 1%로 감액경정하는 것이 당초 고지를 취소하여 별개의 사항으로 고지해야 하므로 2012.1기분 부가가치세는 그 부과제척기간이 경과한 것으로 부과할 수 없는 것으로 주장하나, 납세자가 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능하다고 보아야 하는 것으로(대법원2000두6657, 2002.9.24. 등 판결 참조), 당초 처분을 취소하고 새로이 고지하는 것은 청구법인이 법리를 오해한 것이다.

3. ’11.1기 및 2기의 가산세 부과는 국세부과 제척기간을 경과한 것으로 직권으로 취소할 예정임

• 가. 쟁점 수입물품 가격을 허위·과다신고하여 수입세금계산서를 발급받은 경우 매입세액불공제 및 가산세 부과처분의 당부
• 나. 관련 법령

□ 2013.6.7. 법률 제11875호 전부개정되기 전의 것 1) 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

2) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다. <개정 2010.1.1>

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

⑤ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수입자에게 발급하여야 한다. <개정 2010.1.1> 2-1) 부가가치세법 시행령 제56조 【수입세금계산서】 법 제16조제5항에 따라 발급하는 세금계산서는 법 제16조제1항의 규정을 준용하여 관세청장이 정하는 바에 따른다. <개정 2009.2.4, 2010.2.18> 3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다. <개정 2010.1.1>

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. <개정 2010.1.1, 2011.12.31, 2013.1.1>

1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

4. 부가가치세 제22조【가산세】

② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1(제3호에 해당하는 경우에는 1천분의5)에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 제3호 및 제4호는 법인사업자에 대해서는 2010년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2011년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지는 각각 1천분의 1, 1천분의 3을 적용하며, 대통령령으로 정하는 개인사업자에 대해서는 2011년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2012년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지는 각각 1천분의 1, 1천분의 3을 적용한다. <개정 2010.1.1, 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1>

1. 제16조에 따른 세금계산서의 발급시기를 경과한 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간(대통령령으로 정하는 경우에는 그 과세기간 말의 다음 달 10일) 이내에 발급하는 경우

2. 제16조에 따라 발급한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. <개정 2010.1.1, 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1>

1. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간(대통령령으로 정하는 경우에는 그 과세기간 말의 다음 달 10일)까지 제16조에 따른 세금계산서를 발급하지 아니한 경우

2. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 제16조에 따른 세금계산서 또는 제32조의2제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 이 조 및 제26조에서 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우

3. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우

4. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우

5. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우

⑤ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래 사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다. <개정 2010.1.1, 2013.1.1>

1. 제17조제2항제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

2. 제20조제1항 및 제3항에 따른 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우. 다만, 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

3. 제20조제1항 및 제3항에 따라 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 경우

⑨ 제1항이 적용되는 부분에 대하여는 제2항 및 제4항을 적용하지 아니하고, 제3항이 적용되는 부분에 대하여는 제1항ㆍ제4항 및 제5항을 적용하지 아니하며, 제4항이 적용되는 부분에 대하여는 제2항을 적용하지 아니한다. <개정 2010.1.1, 2010.12.27>

⑩ 제2항제1호 또는 제3항제1호가 적용되는 부분에 대해서는 제2항제2호부터 제4호까지의 규정을 적용하지 아니하고, 제2항제2호가 적용되는 부분에 대해서는 같은 항 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다. <개정 2011.12.31, 2013.1.1>

□ 2013.6.7. 법률 제11875호 전부개정된 것 1) 부가가치세법 제4조 【과세대상】

부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 3) 부가가치세법 제35조 【수입세금계산서】

① 관할 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

② 관할 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 이 경우 관할 세관장은 제54조를 준용하여 작성한 수정된 매출처별 세금계산서합계표를 해당 세관 소재지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 관세법 제38조 및 같은 법 제46조에 따라 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 경우에 해당되어 관할 세관장이 부가가치세를 징수하거나 환급하는 경우

2. 부가가치세가 징수된 수입재화가 관세법 제106조 에 따라 계약 내용과 다른 물품 등에 해당하여 관할 세관장이 부가가치세를 환급하는 경우 3-1) 부가가치세법 시행령 제72조 【수입세금계산서】

① 법 제35조제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다.

② 세관장은 관세법에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조제2항, 제38조의2제1항・제2항, 제38조의3제1항부터 제3항까지, 제38조의4제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 4) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 5) 부가가치세법 제60조 【가산세】

② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

5. 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액에 1퍼센트를 곱한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외한다.

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)에 2퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우

⑦ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 사업자가 수령한 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 거래사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제39조제1항제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액에 1퍼센트를 곱한 금액

2. 제54조제1항 및 제3항에 따른 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액에 1퍼센트를 곱한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

3. 제54조제1항 및 제3항에 따라 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 경우에는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 공급가액에 1퍼센트를 곱한 금액

⑨ 제1항이 적용되는 부분은 제2항(제2호는 제외한다)・제5항 및 제6항을 적용하지 아니하고, 제2항제2호 또는 제3항이 적용되는 부분은 제1항・제6항 및 제7항을 적용하지 아니하며, 제6항이 적용되는 부분은 제2항(제2호는 제외한다) 및 제5항을 적용하지 아니한다.

• 다. 사실관계

1. 조사청의 청구법인에 대한 부가가치세 과세내역 조사청에서 제출한 청구법인에 대한 결의서에 의하면 1. 처분개요 [표]의 청구법인 고지내역, ○○세관장 환급세액, 청구세액과 같이 2011.1기부터 2014.2기분까지 가산세를 포함하여 42,625백만원을 과세한 것으로 확인되며, 2011.1기〜2기분 부가가치세는 세금계산서불성실가산세 2%만 적용하여 기분별로 각 838백만원, 550백만원이 고지된 것으로 나타난다.

2. 쟁점수입세금계산서에 대한 ○○세관장 환급내역 조사청 및 청구인의 심리자료에 의하면 청구법인이 ○○세관장에 경정청구 결과 1. 처분개요 [표]의 청구법인 고지내역 등과 같이 2012.1기부터 2014.2기분까지 쟁점수입세금계산서 관련 과다신고한 매입세액에 해당하는 21,893백만원을 환급한 것으로 확인되며, 이 중 2012.1기분은 매입세액이 3,909백만원이었으나, 경정청구 기한경과분의 매입세액 2,574백만원을 제외하고 1,335백만원을 환급한 것으로 나타난다.

3. 기획재정부 질의 회신내용(2017.9.19.) 쟁점수입세금계산서 관련한 가산세에 대하여 기획재정부는 다음과 같이 회신한 것으로 나타난다. <기획재정부 회신내용(부가가치세제과-478, 2017.9.19.) >

1. 귀 법인에서 2017.7.18. 제출한 질의에 대한 회신입니다.

2. 귀 질의의 경우와 같이 수입하는 자가 사실과 다른 회계처리를 하는 과정에서 수입물품의 수입가격을 실제보다 과다하게 신고함으로써 세관장으로부터 공급가액과 세액이 과다하게 기재된 수입세금계산서를 발급받은 경우는부가가치세법제60조 제3항 제2호의 ‘재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우’에 해당하지 아니하는 것입니다.

4. 청구법인의 대표자 AAA의 대법원 판결내용 조사청과 청구법인이 제출한 대법원 판결(0000도0000, 0000.00.00.)과 전심인 ○○고등법원 판결(0000노0000, 0000.0.00.)에 의하면 청구법인의 대표자 AAA은 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(재산국외도피), 관세법위반 등으로 유죄로 확정되었으며, 조사청은 ○○고등법원의 범죄일람표에 따라 부과제척기간 경과분을 제외하고 수입물품을 과다하게 신고하고 발급받은 쟁점수입세금계산서 매입세액에 대하여 과세하였으며 불공제되는 매입세액의 가액은 청구법인과 조사청 간 다툼이 없다.

• 라. 판단 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 조사청에서 2011.1기에서 2011.2기분 부가가치세 부과처분을 살펴보면, 조사청에서도 해당 과세기간 부과처분은 국세부과 제척기간을 경과하여 감액해야 하는 것으로 의견을 제출한 점 등을 감안하면 2011.1기에서 2기분까지 부가가치세 처분은 취소해야 하는 것으로 판단된다. 다음으로 청구법인은 쟁점수입세금계산서에 대한 매입세액을 불공제(’12.1기 세관장으로부터 환급받지 못한 매입세액)하고, 2012.1기에서 2014.2기 과소신고가산세, 납부불성실가산세 부과는 부당하다고 주장하나, 쟁점수입세금계산서 중 실제로 수입한 물품의 가액으로 관세청에서 조사한 금액에 대하여는 매입세액 공제를 인정하고 나머지 과다 발급받은 매입세액에 대하여만 불공제하였던 것으로, 과다하게 부풀려 신고하여 발급받은 부분에 대해서 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 과소신고가산세, 납부불성실가산세를 부과해야 하는 점에 있어 수입세금계산서라고 달리 적용될 수 없는 것으로(대법원2009두11546, 2011.4.28. 판결 참조), 조사청이 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다. 마지막으로, 조사청은 2012.1기에서 2014.2기분까지 ｢부가가치세법｣ 제60조 제3항 제2호 (쟁점법률조항)에 따른 세금계산서불성실가산세 2%를 부과하였으나, 수입물픔의 가격을 실제보다 과다하게 신고함으로써 세관장으로부터 공급가액과 세액이 과다하게 기재된 수입세금계산서를 발급받은 경우는 쟁점법률조항을 적용할 수 없는 점(기획재정부 부가가치세제과-478, 2017.9.19., 조심2016중0408, 2016.11.30. 참조), 조사청에서도 ｢부가가치세법｣ 제60조 제2항 제5호 의 규정에 의하여 1%를 적용하여 가산세를 감액·경정하는 것으로 의견을 제출한 점에 비추어 2012.1기에서 2014.2기분까지 세금계산서불성실가산세는 1%를 부과하는 것이 타당하다 할 것이다. 다만, 청구법인은 가산세 부과처분도 종류별로 별개의 부과처분에 해당하므로 조사청이 쟁점법률조항에 의하여 2%를 과세하였던 것을 ｢부가가치세법｣ 제60조 제2항 제5호 의 규정으로 1% 가산세를 적용하여 감액경정할 수 없으며, 당초 2%의 가산세 부과처분을 취소해야 한다고 주장하나, 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능한 것으로 당초 과세한 세금계산서불성실가산세 2%에 대해 1%를 적용하여 감액경정할 수 있는 것으로 해당 부과처분 전체를 취소할 필요가 없다고 판단된다(대법원2000두6657, 2002.9.24. 등 판결 참조).

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.