사업자등록 이후 소급하여 작성된 세금계산서에 대한 매입세액은 공제 여부

○○세무서장이 2017.2.23. 청구인들에게 한 2016년 제1기 부가가치세 98,548,418원의 경정거부처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구인들은 2016.4.1. 변AA 및 김BB으로부터 ○○광역시 △△구 69-1 대 168.6㎡ 및 그 지상 7층 규모의 근린생활시설(이하 “쟁점부동산”이라고 한다)을 20억 4천만원에 매수하기로 하되, 계약금 3억원은 같은 날, 중도금 8억원은 2016.4.22.까지, 잔금 9억 4천만원은 2016.5.23.까지 지급하기로 하는 계약을 체결하였다. 이에 따라 청구인들은 변AA 및 김BB에게 2016.4.1. 3억원, 2016.4.11. 5억원, 2016.4.25. 3억원, 2016.5.16. 9억 4천만원을 각 지급한 후, 2016.5.17. 소유권이전등기를 경료하였다(청구인 이CC 지분 10분의 8, 청구인 양DD 지분 10분의 2).
• 나. 청구인 이FF은 2016.7.4. 상호는 GG빌딩, 개업일자는 2016.5.20., 사업장 소재지는 쟁점부동산, 사업의 종류는 부동산임대업, 공동사업자는 양DD로 하여 사업자등록을 신청하여 같은 날 사업자등록증을 발급받았고, 2016.7.22. 무실적으로 2016년 제1기 부가가치세 확정신고를 하였다.
• 다. 한편 변AA는 청구인들에게 공급자는 “상호 변AA부틱 성명 변AA”, 공급받는 자는 “상호 GG빌딩 성명 이FF 외 1 사업자등록번호 104-14-*”, 작성연월일은 “2016.5.31.”, 공급가액 및 세액은 건물분으로 안분하여 각 “985,484,182원” 및 “98,548,418원”(이하 “쟁점매입세액”이라고 한다)으로 한 세금계산서(이하 “쟁점당초세금계산서”라고 한다)를 발급한 후, 2016.7.25. 2016년 제1기 부가가치세를 확정신고하였다.
• 라. 반면 청구인은 위와 같이 부가가치세 신고시 쟁점부동산 취득 관련 매입세액 공제를 받지 않고, 2016.12.28. 쟁점당초세금계산서를 근거로 2016년 제1기 부가가치세 98,548,418원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 라. 처분청은 청구인들의 경정청구를 검토하던 중 당초 세금계산서의 작성일자는 2016.5.31.인데 청구인들은 2016.7.4.에야 사업자등록을 하였음에도 불구하고 당초 세금계산서의 공급받는 자가 청구인들이 아니라 GG빌딩으로 되어 있는 것은 잘못이라고 지적하였고, 이에 청구인들은 2017.2.15. 변AA로부터 당초 세금계산서의 공급가액 및 세액을 음(-)으로 표시하여 발급을 취소하고 공급받는자를 “이FF”, 비고에 청구인 이FF의 주민등록번호인 “520805-1”, 작성연월일 및 공급연월일을 “2016.6.30.”로 수정한 세금계산서(이하 “쟁점수정세금계산서”라고 한다)를 발급받아 2016년 제1기 부가가치세 98,548,418원의 환급을 구하는 영세율등조기환급 수정신고서를 다시 제출하였다.
• 마. 그러나 처분청은 2017.2.23. 쟁점당초세금계산서는 사업자등록 이후 소급하여 작성된 세금계산서로서 공제할 수 없는 매입세액이라는 이유로 청구인들의 경정청구를 거부하였고, 청구인들은 이에 불복하여 2017.4.11. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인들이 교부받은 쟁점당초세금계산서의 필요적 기재사항이 착오에 의하여 잘못 기재되었다고 하더라도 거래사실이 확인되는 이상 쟁점매입세액은 공제되어야 한다.

처분청이 청구인들의 경정청구를 심사하던 중 발급된 쟁점수정세금계산서는 “과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우”에 해당하여 적법하지 않고, 쟁점당초세금계산서는 청구인들의 사업자등록 이후 소급해서 작성된 것인 이상 쟁점매입세액은 불공제되어야 한다.

• 가. 쟁점 쟁점당초세금계산서가 청구인들의 사업자등록 이후 소급하여 작성된 세금계산서로서 쟁점매입세액은 공제할 수 없는 매입세액인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 (가) 제15조【재화의 공급시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다. (나) 제17조【재화 및 용역의 공급시기의 특례】

① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 "재화 또는 용역의 공급시기"라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

③ 제2항에도 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일이 지난 후 대가를 받더라도 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

1. 거래 당사자 간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기와 지급시기를 따로 적을 것

2. 대금 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내일 것

④ 사업자가 할부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급한 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (다) 제32조【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (라) 제34조【세금계산서 발급시기】

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 (마) 제38조【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) (바) 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 (가) 제67조【세금계산서】

② 법 제32조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 적을 그 밖의 사항은 다음 각 호와 같다.

2. 공급받는 자의 상호·성명·주소

3. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

8. 사업자 단위 과세 사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호 (나) 제70조【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】

① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급

• 가. 세무조사의 통지를 받은 경우
• 나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우
• 다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우
• 라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우 (다) 제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제11조 제1항 또는 제2항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제11조 제5항에 따른 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우<2016.2.17. 대통령령 제26983호로 개정>

5. 법 제32조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우 <2016.2.17. 대통령령 제26983호로 개정> (라) 부칙 <제26983호, 2016.2.17.> 제4조(매입세액 공제 등에 관한 적용례) 제75조 제3호ㆍ제5호 및 제108조 제5항의 개정규정은 2016년 1월 1일 이후 개시하는 과세기간에 재화나 용역을 공급받는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 등

(1) 청구인이 제출한 쟁점부동산 관련 매매계약서 1매에 따르면, 청구인들은 2016.4.1. 변AA 및 김BB으로부터 쟁점부동산을 매수하되 계약금 3억원은 계약당일, 중도금 8억원은 2016.4.22.까지, 잔금 9억 4천만원은 2016.5.23.까지 지급하기로 합의한 사실이 확인된다.

(2) 청구인이 제출한 2016.4.1.자 1천만원정 수표 10매 및 입금확인증 4매에 따르면, 청구인들은 변AA에게 ① 2016.4.1. 1억원은 수표로 2억원은 계좌이체로 계약금을 지급한 사실, ② 2016.4.11. 중도금 중 5억원을 계좌이체로 지급한 사실, ③ 2016.4.25. 중도금 중 3억원을 계좌이체로 지급한 사실, ④ 2016.5.16.잔금 9억 4천만원을 계좌이체로 지급한 사실이 각 확인된다.

(3) 국세청 전산시스템(NTIS) 자료에 따르면, 청구인들은 2016.5.17. 쟁점부동산에 관하여 2016.4.1.자 매매를 원인으로 소유권이전등기를 경료한 사실 및 청구인 이FF의 지분은 10분의 8, 청구인 양DD의 지분은 10분의 2인 사실이 각 확인된다.

(4) 국세청 전산시스템(NTIS) 자료 및 청구인이 제출한 사업자등록증 1매에 따르면, 청구인들은 2016.7.4. 상호는 GG빌딩, 개업일자는 2016.5.20., 사업장 소재지는 쟁점부동산으로 하여 사업자등록을 신청하였고 같은 날 사업자등록증(사업자등록번호 104-14-*)을 발급받은 사실이 확인된다.

(5) 국세청 전산시스템(NTIS) 자료에 따르면, 청구인들은 2016.7.22. 무실적으로 2016년 제1기 부가가치세 확정신고를 한 사실이 확인된다.

(6) 국세청 전산시스템(NTIS) 자료에 따르면, 변AA(상호 변AA부틱, 사업자등록번호 408--***)는 2016.7.25. 다음과 같이 쟁점부동산 중 건물분의 공급가액을 985,484,182원으로 안분하여 2016년 제1기 부가가치세를 확정신고한 사실이 확인된다.

(7) 처분청이 제출한 청구인들의 2016.12.28.자 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서 및 일반과세자부가가치세 확정 수정신고서 각 1매에 따르면, 다음과 같은 사실이 각 확인된다. (가) 청구인들은 2016.12.28. 처분청에 대하여 2016년 제1기 부가가치세 98,548,418원의 환급을 구하는 경정청구를 한 사실 (나) 일반과세자 부가가치세 확정 수정신고서에는 다음과 같이 기재되어 있는 사실 (다) 매입처별세금계산서합계표(갑)에는 다음과 같이 기재되어 있는 사실 (라) 일반과세자부가가치세 확정 수정신고서에 첨부된 쟁점당초세금계산서에 다음과 같이 공급받는자는 “등록번호 104-14-*, 상호(법인명) GG빌딩 성명 청구인 이FF외1”, 작성일자는 “2016년 5월 31일”, 공급가액은 “985,484,182원”, 세액은 “98,548,418원”, 공급월일은 “5월 31일”, 품목은 “건물매매”로 기재되어 있는 사실이 확인된다.

(8) 청구인이 제출한 쟁점수정세금계산서 1매에 따르면, 청구인은 처분청의 경정청구 검토 중 다음과 같이 변AA로부터 쟁점당초세금계산서의 공급가액 및 세액을 음(-)으로 하여 발급을 취소 받은 후 쟁점수정세금계산서를 다시 발급받아 제출하였는데, 쟁점수정세금계산서에 공급받는자는 “등록번호 520805-1, 상호(법인명) 청구인 이FF”, 작성일자는 “2016년 6월 30일”, 공급가액은 “985,484,182원”, 세액은 “98,548,418원”, 공급월일은 “6월 30일”, 품목은 “건물매매”로 기재되어 있는 사실이 확인된다.

(9) 처분청이 제출한 경정청구 자료검토서 및 청구인이 제출한 부가가치세 경정청구 결과 통지서 각 1매에 따르면, 처분청은 다음과 같은 이유로 청구인의 경정청구를 거부한 사실이 확인된다. 경정청구 자료 검토서 (중략) Ⅲ. 검토내용

○ 세금계산서 교부 적정여부 검토

• 해당 사업자는 2016.5.20.을 개업일로 사업자등록신청함(신청일 2016.7.4.)

• 거래상대방 변AA부틱과 상기 납세자인 GG빌딩의 사업자번호가 적시된 수동세금계산서(작성년월일 2016.5.31.)를 경정청구 증빙으로 제출함. Ⅳ. 검토자 의견 상기 내용 검토한 바 경정청구 증빙자료로 제출한 세금계산서는 사업자등록이후 소급해서 작성된 세금계산서로 판단되어 전액 매입세액 불공제 처리하고 경정청구 기각처리하고자 합니다. (이하 생략)

(10) 청구인 주장 및 입증 청구인들은 공급자의 착오로 발행된 쟁점당초세금계산서의 적법성을 모르고 정당하게 교부된 세금계산서라고 믿고 있었고 이를 기초로 경정청구를 하였는데, 처분청의 경정청구 심사 도중 착오내용을 알게 되어 공급자에게 시정요구하여 쟁점당초세금계산서를 취소발행하게 하고 쟁점수정세금계산서를 발행받아 처분청에 제출하여 당초 오류내용을 치유하였다. 따라서 쟁점당초세금계산서의 필요적 기재사항이 공급자의 착오에 의해 발행되었다고 하더라도 그 거래사실이 확인되는 경우로 보아 쟁점매입세액은 공제되어야 한다고 주장한다.

(11) 처분청의 의견 및 입증 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우 수정세금계산서를 발행할 수는 있으나 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우 등 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우에는 수정세금계산서를 발급할 수 없는바(부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제5호 나목 참조), 처분청이 이미 청구인의 경정청구를 심사하고 있었던 이상 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우에 해당하여 쟁점수정세금계산서는 적법한 것으로 볼 수 없다는 의견이다. 또한 과세기간이 경과한 후에 작성한 쟁점당초세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다고 하더라도 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하므로(부가가치세법 제17조 제2항 제1호 참조), 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 안된다는 의견이다.

• 라. 판단 청구인들은 쟁점당초세금계산서의 필요적 기재사항이 공급자의 착오에 의해 발행되었다고 하더라도 그 거래사실이 확인되는 이상 쟁점매입세액은 공제되어야 한다고 주장하므로, 이에 관하여 살펴본다. 구 부가가치세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26983호로 개정되기 전의 것) 제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제)는 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액이더라도 매출세액에서 공제할 수 있는 매입세액에 관하여 “재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(법 제34조제3항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)”(제3호) 또는 “법 제32조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급(법 제34조제3항에 따른 발급을 포함한다)받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우”(제5호)라고 규정하고 있었다. 그러나 개정 부가가치세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26983호로 개정된 것) 제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제)는 “재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우”(제3호) 또는 “법 제32조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우”(제5호)라고 규정하는 한편, 부칙 제4조(매입세액 공제 등에 관한 적용례)에서 위 개정규정은 2016.1.1. 개시하는 과세기간에 재화나 용역을 공급받는 분부터 적용하다고 규정하였다. 이는 납세자의 부담경감을 위하여 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 발급받은 경우에도 매입세액 공제가 가능하도록 한 것으로 정책적인 배려에서 취해진 조치이다(서울고등법원2016누55317, 2016.11.17. 참조). 한편 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우의 매입세액, 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액이라고 할지라도 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 사업자등록을 신청한 경우 사업자등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 매입세액은 매출세액에서 공제가 가능한 이상(부가가치세법 제39조 제1항 제8호, 같은 법 시행령 제75조 제2호 참조), 사업자등록신청 후 작성일자를 공급시기로 소급하여 세금계산서를 발급하면서 설령 공급받는 자의 주민등록번호 대신에 세금계산서 발급 당시 이미 부여받은 사업자등록번호를 기재하였다고 하더라도 매입세액 공제가 가능하다(심사부가2006-0145, 2006.7.25. 참조). 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 국세청 전산시스템(NTIS) 자료, 쟁점부동산 관련 매매계약서, 2016.4.1.자 1천만원정 수표 및 입금확인증에 따라 인정되는 다음과 같은 사실 즉, ① 청구인들은 2016.7.4. 사업자등록을 신청하여 같은 날 사업자등록증을 발급받은 점, ② 변AA는 2016년 제1기 부가가치세의 확정신고기한 내인 2016.7.25. 작성일자를 공급시기인 2016.5.30.로 소급하면서 청구인들의 주민등록번호가 아닌 사업자등록번호를 기재하여 쟁점당초세금계산서를 발급한 후 이를 근거로 2016년 제1기 부가가치세 확정신고를 마친 점, ③ 청구인들은 쟁점당초세금계산서의 기재사항과 같이 변AA 및 김BB으로부터 쟁점부동산을 취득하기로 하고 2017.5.16. 잔금을 지급하는 한편, 2017.5.17. 쟁점부동산에 관하여 소유권이전등기를 경료한 점을 고려하여 볼 때, 쟁점당초세금계산서는 적법하게 발급되었다고 할 것이므로 청구인들은 이를 근거로 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제받을 수 있다고 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점당초세금계산서가 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성되었다는 이유로 쟁점매입세액이 매출세액에서 공제될 수 없다고 보아 한 이 건 경정거부처분은 잘못된 것으로 판단된다.

이상과 같이 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.