과세사업(상가분양)과 면세사업(국민주택규모이하 아파트분양)을 겸영하는 경우 공통매입세액으로서 안분대상인지 여부

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2015.9.5. ○○시 △△구 ○○시지역주택조합추진위원회(이하 “청구법인②”라고 한다)는 2015.2.12. 같은 동 670-27에서 각 국민주택규모이하 아파트 및 상가분양을 목적으로 하는 지역주택조합을 설립하기 위하여 결성되었다.
• 나. 청구법인의 2015년 제2기 예정‧확정신고 내역

(1) 청구법인은 2015.10.23. 2015년 제2기(9.1.～9.30.)에 지역주택설립인가를 위한 조합원을 모집하는 과정에서 ① 조합업무대행용역비용, ② 조합원모집‧광고비용, ③ 모델하우스 건축비용, ④ 토지매입용역대가 등으로 8,956,500원을 지출하고 이를 과세사업(상가의 공급)‧면세사업(국민주택규모이하 아파트의 공급) 겸영에 따른 공통경비로 보아 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 제3호 (총예정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율)에 따라 안분한 매입세액 796,693원을 공제받지 못할 매입세액으로, 98,957원을 환급세액으로 예정신고하였다.

(2) 또한 청구법인은 2016.1.22. 2015년 제2기(10.1.～12.31.)에 위와 같은 명목 등으로 9,132,417,909원을 지출하고 위와 같은 방법으로 안분한 810,807,784원을 공제받지 못할 매입세액으로, 102,434,007원을 환급세액으로 확정신고하였다. [표1] 청구법인의 2015년 제2기 예정‧확정신고 내역 (생략)

• 다. 청구법인②의 2015년 제1기 확정～제2기 예정‧확정신고 내역 (1) 청구법인②는 2015.7.27. 2015년 제1기(4.1.～6.30.)에 청구법인과 동일한 명목으로 14,021,851,073원을 지출하고 위와 같은 방법으로 안분한 1,246,064,469원을 공제받지 못할 매입세액으로, 156,120,638원을 환급세액으로 확정신고하였다. (2) 청구법인②는 2015.10.23. 2015년 제2기(7.1.～9.30.)에 청구법인과 동일한 명목으로 3,270,436,704원을 지출하고 위와 같은 방법으로 안분한 290,317,301원을 공제받지 못할 매입세액으로, 36,726,370원을 환급세액으로 예정신고하였다. (3) 청구법인②는 2016.1.20. 2015년 제2기(10.1.～12.31.)에 청구법인과 동일한 명목으로 959,852,100원(이상 청구법인이 2015년 제2기에 지출한 8,956,500원 및 9,132,417,909원, 청구법인②가 2015년 제1기에 지출한 14,021,851,073원 및 2015년 제2기에 지출한 3,270,436,704원과 통틀어 합계 27,393,514,286원 중 청구법인이 “조합업무대행용역비용”으로 지출한 15억원, “조합원모집‧광고비용”으로 지출한 51억 720만원, “모델하우스 건축비용”으로 지출한 4억 2,600만원, 청구법인②가 “조합업무대행용역비용”으로 지출한 55억 8,900만원, “조합원모집‧광고비용”으로 지출한 82억 4,860만원, “모델하우스 건축비용”으로 지출한 17억 8천만원 합계 226억 5,080만원을 “쟁점비용”이라고 한다)을 지출하고 위와 같은 방법으로 안분한 85,474,779원을 공제받지 못할 매입세액으로, 10,510,431원을 환급세액으로 확정신고하였다. [표2] 청구법인②의 2015년 제1기 확정～제2기 예정‧확정신고 내역(생략)
• 라. 처분청은 2016.2.22.～2016.2.26. 청구법인들에 대한 (조기‧일반)환급현지확인을 실시하여, “쟁점비용” 및 청구법인들이 ㈜AA개발에 “토지매입용역대가”로 지급한 12억 9,520만원은 면세사업인 국민주택규모이하의 아파트 공급에 직접 대응되는 비용이므로 그와 관련된 매입세액을 불공제 대상으로 보아, 2016.7.4. 다음과 같이 청구법인에 대하여는 2015년 제2기 부가가치세 2,912,930원(가산세 9,056,366원 포함)만을 환급하는 한편, 청구법인②에 대하여는 2015년 제1기 부가가치세 167,309,409원(가산세 27,137,316원 포함) 및 2015년 제2기 부가가치세 3,588,948원(가산세 4,620,522원 포함)을 경정‧고지하였다. [표3] 청구법인에 대한 경정내역 (생략) [표4] 청구법인②에 대한 경정내역(생략)
• 마. 청구법인들은 이에 불복하여 2017.2.13. 이 건 심사청구를 제기하였다. 다만 청구법인들은 ㈜AA개발에 “토지매입용역대가”로 지급한 12억 9,520만원은 면세사업에의 실지귀속이 분명하므로 공통매입세액 안분대상이 아니라고 인정하고, ① 조합업무대행용역비용, ② 조합원모집‧광고비용, ③ 모델하우스 건축비용만 공통매입세액으로서 안분대상으로 보아 청구법인의 경우 2015년 제2기 부가가치세 93,543,374원 1) 의 환급, 청구법인②의 경우 2015년 제1기 부가가치세 167,309,409원 중 156,916,138원 2), 2015년 제2기 부가가치세 3,588,948원 3) 전부의 취소를 구하고 있다.

• 가. 부가가치세 매출세액에서 공제하는 매입세액은 당해 사업이 과세사업인지 아니면 면세사업인지 여부에 달려있는 것이므로 과세사업을 위하여 사용한 매입세액에 대하여는 당연히 매출세액에서 공제하는 것이다(대법원94누1449, 1995.12.21. 참조).
• 나. 주택법상 지역주택조합을 설립하기 위해서는 공급세대수 50% 이상의 조합원을 모집하는 한편 사업예정지 80% 이상의 토지소유주로부터 사용승낙을 얻어야 하므로, 청구법인들도 ① 지역주택조합 설립 및 운영을 위한 일체의 업무대행용역, ② 조합원 모집‧광고대행용역, ③ 모델하우스 건축용역을 제공받고 쟁점비용을 지출하였다.
• 다. 따라서 쟁점비용은 지역주택조합 설립‧인가를 위한 필요불가결한 창업‧개업비용으로서 청구법인들의 목적사업인 조합원 및 일반에 대한 국민주택 규모의 아파트 공급(면세사업) 및 상가 분양(과세사업)에 공통된 것이지, 특정면세재화(국민주택규모의 아파트)의 공급에만 직접적인 관련이 있는 것이 아니므로 공통매입세액 안분대상이다.

• 가. 청구법인들이 지역주택조합의 설립‧인가 요건을 충족하기 위하여 지출한 쟁점비용은 건축물 착공 이전단계에서 필요로 하는 일련의 절차와 관련하여 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이므로 매입세액 불공제 대상이다.
• 나. 청구법인들은 현재 지역주택조합 설립인가 전단계로 상가분양은 진행하지 않고 조합원만 모집하고 있는 단계이므로, 청구법인들이 지출한 업무대행용역 비용은 전부 과세사업인 국민주택규모이하 아파트 공급과 관련된 비용이므로 매입세액 불공제 대상이다.
• 다. 조합원 모집‧광고비용 및 모델하우스 건축비용은 국민주택규모이하의 아파트 공급을 위하여 필수적으로 소요되는 비용으로서 청구법인들이 상가분양업 등을 영위하지 않는 경우에도 당연히 필요로 하고, 위 비용에는 상가 수분양자의 모집이나 상가에 대한 모델하우스는 포함되어 있지 않은 이상, 위 비용은 모두 면세사업인 국민주택 규모의 아파트 공급에만 관련된 매입세액으로서 불공제 대상이다.

• 가. 쟁점 쟁점비용 관련 매입세액이 과세(상가분양)‧면세사업(국민주택규모이하 아파트분양)의 공통매입세액으로서 안분대상인지 아니면 면세사업에만 관련되어 불공제대상인지 여부
• 나. 관련법령 1) 주택법
• 가) 제2조【정의】

11. “주택조합”이란 많은 수의 구성원이 제15조에 따른 사업계획의 승인을 받아 주택을 마련하거나 제66조에 따라 리모델링하기 위하여 결성하는 다음 각 목의 조합을 말한다.

• 가. 지역주택조합: 다음 구분에 따른 지역에 거주하는 주민이 주택을 마련하기 위하여 설립한 조합

1. ○○시특별시‧인천광역시 및 경기도

• 나) 제11조【주택조합의 설립 등】

① 많은 수의 구성원이 주택을 마련하거나 리모델링하기 위하여 주택조합을 설립하려는 경우(제5항에 따른 직장주택조합의 경우는 제외한다)에는 관할 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장‧군수‧구청장”이라 한다)의 인가를 받아야 한다. (이하 생략)

② 제1항에 따라 주택을 마련하기 위하여 주택조합설립인가를 받으려는 자는 해당 주택건설대지의 80퍼센트 이상에 해당하는 토지의 사용권원을 확보하여야 한다. (이하 생략) 2) 주택법 시행령 제20조 【주택조합의 설립인가 등】

④ 주택조합(리모델링주택조합은 제외한다)은 주택건설 예정 세대수(설립인가 당시의 사업계획서상 주택건설 예정 세대수를 말하되, 법 제20조에 따라 임대주택으로 건설·공급하는 세대수는 제외한다. 이하 같다)의 50퍼센트 이상의 조합원으로 구성하되, 조합원은 20명 이상이어야 한다. (이하 생략)

3. 부가가치세법(2016.1.19. 법률 제13805호로 개정되기 전의 것)

• 가) 제38조【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

• 나) 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

• 다) 제40조【공통매입세액의 안분】 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. 4) 부가가치세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26983호로 개정되기 전의 것)
• 가) 제80조【토지에 관련된 매입세액】 법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

• 나) 제81조【공통매입세액 안분 계산】

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업 등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업 등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 ×

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업 등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업 등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율 5) 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다) 6) 조세특례제한법 시행령 가) 제106조【부가가치세 면제 등】

④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택 나) 제51조의2【자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례】

③ 법 제55조의2 제4항에서 "대통령령으로 정하는 규모"란주택법에 따른 국민주택 규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다.

• 다. 사실관계 등

1. 청구법인이 제출한 △△구 주변지역 특별계획구역2 주상복합신축계획안 2매에 따르면, 청구법인은 당초 2015.3.16. 지하2층, 지상29층의 총 6개동 합계 764세대의 아파트 및 상가를 건축하기로 하였다가 2016.9.20. 지하3층, 지상35층 총 6개동 합계 825세대의 아파트 및 상가를 건축하기로 계획을 변경하여 다음과 같이 대지 및 건물면적이 달라지게 된 사실이 확인된다. (단위:㎡) 구분 건축 비고 계 아파트 등 비주거(근생) 대지 19,528.00 17,302.69 2,225.31 당초 20,449.49 18,588.23 1,861.26 변경 건물(연면적) 109,382.98 97,405.49 11,977.49 당초 82,025.66 74,812.97 7,212.69 변경

2. 청구법인이 제출한 △△구 주변지역 특별계획구역1 주상복합신축계획안 2매에 따르면, 청구법인②는 당초 2015.3.31. 지하2층, 지상29층의 총 6개동 합계 879세대의 아파트 및 상가를 건축하기로 하였다가 2016.10.24. 지하3층, 지상34층 총 4개동 총 528세대의 아파트 및 상가를 건축하기로 계획을 변경하여 다음과 같이 대지 및 건물면적이 달라지게 된 사실이 확인된다. (단위:㎡) 구분 건축 비고 계 아파트 등 비주거(근생) 대지 22,845.00 20,249.86 2,595.14 당초 12,778.69 11,235.61 1,543.08 변경 건물(연면적) 127,434.65 113,355.01 14,079.64 당초 72,733.63 63,942.93 8,790.70 변경

3. 청구법인이 제출한 업무대행용역계약서 1매에 따르면, 청구법인은 2015.10.1. 주식회사 AA개발과 ○○시 지역주택조합아파트 및 부대복리시설 신축사업에 관한 업무대행용역계약을 체결하였는데 4), 주요내용은 다음과 같다.

4. 청구법인이 제출한 발기인조합원모집 위탁업무계약서 1매에 따르면, 청구법인 및 주식회사 AA개발은 2015.10.1. ㈜BBB홀딩스 및 ㈜CCC스자산관리와 발기인조합원모집 위탁업무계약을 체결한 사실이 확인되는데 5), 주요내용은 다음과 같다.

5. 청구법인이 제출한 광고대행 및 제작용역계약서 1매에 따르면, 청구법인 및 주식회사 AA개발은 2015.10.1. ㈜BBB홀딩스와 광고대행 및 제작용역계약을 체결한 사실이 확인되는데 6), 주요내용은 다음과 같다.

6. 청구법인이 제출한 공사도급계약서 1매에 따르면, 청구법인 및 주식회사 AA개발은 2015.9. ㈜DDD공간과 ○○시2주택홍보관 개‧보수공사에 관한 공사도급계약을 체결한 사실이 확인되는데 7), 주요내용은 다음과 같다. 특히 계약서에 첨부된 ㈜DDD공간이 2015.9.1. 주식회사 AA개발에 제출한 견적서에 따르면, 주택홍보관에는 전용면적 84㎡ 및 59㎡ 아파트의 견본만 설치되고 상가의 견본은 설치되지 않은 사실이 확인된다.

7. 국세청 전산자료에 따르면, 청구법인의 2015년 제2기 부가가치세 신고내역 및 공통매입세액의 정산명세는 다음과 같다.

• 가) 2015년 제2기 부가가치세 신고내역 과세기간 구분 공제받지 못할 매입세액 환급세액 2015년 제2기 예정신고 796,693원 98,957원 확정신고 810,807,784원 102,434,007원 합계 811,604,477원 102,532,964원
• 나) 2015년 제2기 공통매입세액의 정산명세 총공통매입세액 면세사업 등 확정비율 불공제매입세액총액 기 불공제 매입세액 가산 또는 공제되는 매입세액 912,412,541원 88.951482 811,604,477원 796,693원 810,807,784원

8. 국세청 전산자료에 따르면, 청구법인②의 2015년 제1기‧제2기 부가가치세 신고내역은 다음과 같다.

• 가) 2015년 제1‧2기 부가가치세 신고내역 과세기간 구분 공제받지 못할 매입세액 환급세액 2015년 제1기 확정신고 1,246,064,469원 156,120,638원 2015년 제2기 예정신고 290,317,301원 36,726,370원 확정신고 85,474,779원 10,510,431원
• 나) 2015년 제1기 공통매입세액의 정산명세 총공통매입세액 면세사업등 확정비율 불공제매입세액총액 기 불공제 매입세액 가산 또는 공제되는 매입세액 1,399,287,107원 89.04995 1,246,064,469원 0원 1,246,064,469원
• 다) 2015년 제2기 공통매입세액의 정산명세 총공통매입세액 면세사업등 확정비율 불공제매입세액총액 기 불공제 매입세액 가산 또는 공제되는 매입세액 422,001,450원 89.04995 375,792,080원 290,317,301원 85,474,779원

9. 청구법인이 제출한 공통매입세액 안분계산 내역 3매에 따르면, 청구법인 들은 다음과 같은 방법으로 공통매입세액을 안분계산한 사실이 확인된다. 가) 청구법인의 2015년 제2기 확정신고

• 기불공제매입세액

총공통매입세액: 912,412,541원 면세사용면적: 113,355.01㎡ 총 사용면적: 127,434.65㎡ 기불공제 매입세액: 796,693원 810,807,784=912,412,541×

• 796,693

3. 매입세액 불공제분: 810,807,784원 총매입세액 불공제분: 810,807,784원

• 나) 청구법인②의 2015년 제1기 확정신고

총공통매입세액: 1,399,287,107원 면세사용면적: 97,405.49㎡ 총 사용면적: 109,382.98㎡ 기불공제 매입세액: 원 1,246,064,469=1,399,287,107×

3. 매입세액 불공제분: 1,246,064,469원 총매입세액 불공제분: 1,246,064,469원

• 다) 청구법인②의 2015년 제2기 확정신고

총공통매입세액: 422,001,450원 면세사용면적: 97,405.49㎡ 총 사용면적: 109,382.98㎡ 기불공제 매입세액: 290,317,301원 85,474,779=422,001,450×

• 290,317,301

3. 매입세액 불공제분: 85,474,779원 총매입세액 불공제분: 85,474,779원

10. 청구법인이 제출한 거래처별 세금계산서 수수금액 및 거래내용에 따르면, 처분청은 다음과 같이 청구법인이 2015년 제2기에 지출한 비용에 대한 매입세액을 불공제하거나 공통매입세액으로 안분한 사실이 확인된다. (단위: 천원) 거래처명 거래금액(세액) 주거래(계약)내용 공제여부 2015년 제2기 ㈜건축 17,249 상가건축설계 공제 ㈜AA개발 1,500,000 업무대행용역 불공제 500,000 토지매입용역 ㈜CCC스 2,793,000 조합원 모집용역 ㈜DDD공감 426,000 모델하우스 보수비 ㈜BBB홀딩스 2,314,200 광고 및 홍보제작 도급 ㈜건축 926,249 개발계획, PM용역 공통매입세액 안분 ㈜**자산신탁 외 816,187 기타 수수료 등 합계 9,292,885 (914,137) 1

1. 청구법인②가 제출한 거래처별 세금계산서 수수금액 및 거래내용에 따르면, 처분청은 다음과 같이 청구법인②가 2015년 제1‧2기에 지출한 비용에 대한 매입세액을 불공제하거나 공통매입세액으로 안분한 사실이 확인된다. (단위: 천원) 거래처명 거래금액 주거래(계약)내용 공제여부 2015년 제1기 2015년 제2기 ㈜***건축 28,980 10,274 상가건축설계 공제 ㈜AA개발 3,970,000 1,619,000 업무대행용역 불공제 795,200

• 토지매입용역 ㈜BBB디앤씨 4,296,000 2,140,000 조합원모집용역 ㈜오서아이티엠 1,780,000

• 모델하우스 건축비 ㈜BBB홀딩스 1,500,000 312,600 광고 및 홍보제작 도급 ㈜*건축 1,357,980 10,274 개발계획, PM용역 공통매입세액안분 ㈜신탁 외 529,411 576,839 기타 수수료 등 합계 14,257,571 (1,402,185) 4,668,987 (423,028)

12. 국세청 전산자료에 따르면, 처분청은 다음과 같이 청구법인이 2015년 제2기에 지출한 비용 914,1374,409원 중 추가로 905,636,680원을 공통매입 면세사업분으로서 불공제매입금액으로 보아 청구법인에 대하여 2015년 제2기 부가가치세 2,912,930원(가산세 9,056,366원 포함)만을 환급한 사실이 확인된다. 매입금액 및 매입세액 공제내역 (단위: 원) 구분 신고(당초) 경정(재경정) 증감액 세금계산서 수취분 일반매입 금액 8,598,457,409 8,598,457,409 0 세액 859,845,741 859,845,741 0 고정자산 금액 542,917,000 542,917,000 0 세액 54,291,700 54,291,700 0 공제매입 계 금액 9,141,374,409 9,141,374,409 0 세액 914,137,441 914,137,441 0 공통매입 면세사업분 금액 8,116,044,770 9,021,681,450 905,636,680 세액 811,604,477 902,168,145 90,563,668 불공제매입 계 금액 8,116,044,770 9,021,681,450 905,636,680 세액 811,604,477 902,168,145 90,563,668 차감매입 계 (공제매입 계-불공제매입 계) 금액 1,025,329,639 119,692,959 -905,636,680 세액 102,532,964 11,969,296 -90,563,668 경정(재경정)내용 (단위: 원) 과세기간 구분 신고내역 경정내역 2015년 제1기 납부(환급)세액 -102,532,964 -11,969,296 기납부세액 -102,532,964 0 가산세액 0 9,056,366 차감고지(환급)세액 -2,912,930

13. 국세청 전산자료에 따르면, 처분청은 다음과 같이 청구법인②가 2015년 제1기에 지출한 비용 14,021,851,073원 중 추가로 1,401,720,930원, 2015년 제2기에 지출한 비용 4,230,288,804원 중 추가로 462,052,270원을 공통매입 면세사업분으로서 불공제매입금액으로 보아 청구법인②에 대하여 2015년 제1기 부가가치세 167,309,409원(가산세 27,137,316원 포함) 및 2015년 제2기 부가가치세 3,588,948원(가산세 4,620,522원 포함)을 결정‧고지한 사실이 확인된다.

14. 처분청 과세근거와 입증 등

• 가) 쟁점비용은 토지조성 등을 위한 자본적 지출이므로 공통매입세액 안분대상에 해당하지 않는다. 즉, 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조 각호에 따르면, ① 토지의 취득 및 형질변경, 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, ② 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액은 불공제 대상이다. 그런데 청구법인들이 지역주택조합의 설립‧인가 요건을 충족하기 위하여 지출한 쟁점비용은 건축물 착공 이전단계에서 필요한 일련의 절차와 관련하여 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이므로 매입세액 불공제 대상이라는 의견이다.
• 나) 쟁점비용은 면세사업에 직접 대응되는 비용이므로 공통매입세액 안분대상에 해당하지 않는다. 즉, 쟁점비용은 지역주택조합의 조합원 모집‧관리라는 면세사업에 직접 대응되는 비용으로 공통매입세액으로 볼 여지가 없고, 추후 청구법인들이 상가를 분양할 경우 업무대행비, 광고비, 영업비 등을 지출하면 이는 과세사업과 관련된 비용이므로 그때 매입세액 공제가 가능하다는 의견이다.
• 다) 구체적으로 쟁점비용 중 업무대행용역비용의 경우 청구법인들과 ㈜AA개발이 체결한 업무대행용역계약 제7조에 따르면, 업무대행용역의 대가는 아파트 업무대행비와 근린생활 업무대행비로 구성되어 있는데, 아파트 조합원 모집 1인당 업무대행비가 정액으로 책정되어 있고, 상가분양 관련 업무대행비는 향후 상가분양 시점에 별도로 청구될 예정이다. 그런데 청구법인들은 현재는 상가분양을 진행하지 않고 지역주택조합의 조합원만 모집하고 있는 단계임을 고려하여 볼 때, 청구법인들이 지출한 업무대행용역 관련 비용은 전부 아파트 업무대행용역 관련 비용이므로 매입세액 불공제 대상이라는 의견이다.
• 라) 쟁점비용 중 조합원 모집‧광고비용, 모델하우스 건축비용의 경우 대법원2013두17336, 2013.12.26.에 따르면, 버스구입비, 유류비, 수리를 위한 부품비 등은 면세사업인 여객운송업을 위하여 필수적으로 소요되는 비용으로서 과세사업인 광고사업을 영위하지 않는 경우에도 당연히 필요로 하고 광고물의 부착에 따라 위 비용이 추가로 소요되는 것이 아닌 이상, 이는 여객운송업에만 관련된 매입세액에 해당하여 공제할 수 없다고 판시하고 있다. 조합원 모집‧광고비용 및 모델하우스 건축비용 또한 면세사업인 국민주택규모이하의 아파트 공급을 위하여 필수적으로 소요되는 비용으로서 청구법인들이 과세사업인 상가분양업 등을 영위하지 않는 경우에도 당연히 필요로 하고 상가분양에 따라 추가로 소요되는 것이 아니므로, 모두 면세사업인 국민주택 규모의 아파트 공급에만 관련된 매입세액으로서 공제될 수 없다는 의견이다. 한편 조합원 모집‧광고비용 및 모델하우스 건축비용은 상가를 분양받을 사람의 모집이나 상가에 대한 모델하우스는 포함되어 있지 않기 때문에 이는 면세사업인 국민주택 규모의 아파트 공급에만 관련되는 이상 전액 매입세액불공제 대상이라는 의견이다.
• 마) 청구법인들은 심사부가2015-0019, 2015.6.9.을 근거로 쟁점비용이 공통매입세액으로 안분대상이라고 주장하나, 위 결정은 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받았다는 이유로 관련 매입세액을 불공제한 건으로, 오히려 공통매입세액 중 면세사업 관련 매입세액만을 불공제하는 방법의 처분은 합리적이지 않다고 결정하여 본건과는 무관하다는 의견이다.

15. 청구주장 근거와 입증 등 가) 지역주택조합이란 무주택자 또는 국민주택규모이하의 1주택 소유자가 출자금(금전)을 출연하여 조합설립인가를 받은 후 사업계획승인하에 주택을 공급하는 것을 말하는데, 청구법인들은 현재 지역주택조합 설립 전 추진위원회 상태이다. 한편 지역주택조합을 설립하기 위해서는 ① 전체공급가구 수의 50% 이상을 조합원으로 모집 후, ② 해당 주택건설대지의 80/100 이상의 토지에 대한 사용승낙서, 사업계획서 등을 첨부하여 주택조합의 주택건설 대지를 관할하는 시장‧군수‧구청장에게 제출하여 인가를 받아야 한다. 구분 분류 지역주택조합 관련법 주택법 설립 전단계 (창업비용) 공급주체 지역주택조합 (당연의제법인) 구성원 조합원 출자형식 출자금 설립전 추진위원회 (법인으로 보는 단체) 설립요건 조합원1/2 모집, 토지 80% 사용승낙 설립 및 영업 전 (개업비용) 설립 조합설립인가 세법상 인격 법인 사업계획승인 토지 95%이상 매입 사업(영업)단계 (판관비, 공사원가) 공급형태 자가공급, 일반분양 공사진행 착공 및 준공 사업종료 청산 및 해산

• 나) 부가가치세 매출세액에서 공제하는 매입세액은 당해 사업이 과세사업인지 아니면 면세사업인지 여부에 달려있는 것이므로 과세사업을 위하여 사용한 매입세액에 대하여는 당연히 매출세액에서 공제하는 것이다(대법원94누1449, 1995.12.21. 참조). 그런데 청구법인들은 면세사업인 국민주택 규모의 아파트 공급(조합원에 대한 자가공급 및 일반분양)과 과세사업인 상가분양을 목적으로 지역주택조합 설립을 추진하고 있는 “법인으로 보는 단체”이므로, 지역주택조합 설립과정에서 지출된 공통매입세액인 쟁점비용을 부가가치세법에 따라 안분계산하였다.
• 다) 국심2003서2850, 2004.1.20. 및 국심1994서4495, 1995.1.27.에 따르면, 조합원 모집, 토지‧건물의 매입 및 평가, 아파트의 신축 및 분양 등 일련의 업무를 관리‧집행하며, 아파트 분양가를 산정하기 위하여 지출한 토지감정평가수수료 등은 과세사업(국민주택규모이하 초과주택, 상가공급) 및 면세사업(국민주택 규모 주택)을 위하여 지출한 공통매입세액으로 보는 것이 타당하다고 결정한 바 있다. 더 구체적으로 심사부가2015-0019, 2015.6.9.에 따르면, 사업권양도비, 분양모집수수료, 설계용역비, 모델하우스, 현수막, 비계공사대, 도우미 인건비 등은 추후 설립될 지역주택조합의 과세사업 및 면세사업 공통비용으로 보아 면적비율로 안분한 매입세액의 공제를 인정한 바 있다.
• 라) 지역주택조합을 설립하기 위해서는 공급세대수 50% 이상의 조합원을 모집하는 한편 사업예정지 80% 이상의 토지소유주로부터 사용승낙을 얻어야 하므로, 청구법인들도 ① 지역주택조합 설립 및 운영을 위한 업무 일체를 업무대행사에 위탁하고, ② 모델하우스 건축, 조합원 모집업무 및 광고업무를 위탁하고 쟁점비용을 지출하였다.
• 마) 따라서 쟁점비용은 지역주택조합 설립‧인가를 위한 필요불가결한 창업‧개업비용으로 청구법인들의 목적사업인 국민주택 규모의 아파트 공급(면세사업)과 상가분양사업(과세사업)에 공통된 것이지, 특정재화(국민주택 규모의 아파트)의 공급과 직접적인 관련이 없다고 주장한다.
• 바) 쟁점비용 중 업무대행용역비용의 경우, 청구법인은 2015.10.1. ㈜AA개발과 업무대행용역계약을 체결하였는데, 처분청은 업무대행용역계약 제7조(업무대행용역 보수금액) 제3호에서 아파트 업무대행료와 근린생활 업무대행료가 구분되어 있는 점을 근거로 전자는 면세사업, 후자는 과세사업과 직접적인 관련이 있으므로 공통매입세액 안분대상이 아니라는 의견이다. 그러나 청구법인은 이는 용역수수료 산정기준과 지급원천인 자금의 수입시기에 따라 조합원부담분, 일반분양분, 상가분양분으로 구분하여 약정한 것에 불과할 뿐, 업무대행용역계약 제4조 제2항에 따르면 업무대행용역의 대부분은 청구법인으로부터 지역주택조합의 설립준비부터 청산까지 일체의 업무를 위임받아 면세사업‧과세사업의 구분없이 수행하는 공통업무라고 주장한다.
• 사) 쟁점비용 중 조합원 모집‧광고비용의 경우, 과세사업‧면세사업 겸영사업자인 지역주택조합의 설립비용이지, 지역주택조합의 설립 이후 공급하게 되는 면세재화인 국민주택규모이하의 아파트와는 상관이 없는 비용이라고 주장한다. 즉, 지역주택조합은 구성원이자 출자자인 조합원을 모집하여 설립인가를 받은 후 조합원에게 출자금에 상응하는 1주택을 분양받을 수 있는 권리를 주고, 향후 아파트 및 상가의 일반분양으로 남은 이익으로 출자금 정산절차를 밟게 되므로, 조합원 모집‧광고비용은 국민주택규모이하의 아파트 공급과는 전혀 무관한 지역주택조합 설립에 필요한 “조합원 모집 및 출자금 완료”에 대응하는 비용이라고 주장한다.
• 아) 쟁점비용 중 모델하우스 건축비용의 경우, 청구법인이 신축한 모델하우스는 지역주택조합의 설립 및 인가과정에서 반드시 필요한 주택건설 예정 세대수 50% 이상의 조합원 모집을 위한 홍보수단일 뿐만 아니라 청구법인들 및 업무대행사의 업무장소로 사용된다. 따라서 이는 지역주택조합 설립‧인가 후 주택의 일반분양이나 상가분양을 위한 모델하우스와는 성격이 엄격히 구분되므로, 처분청과 같이 모델하우스 건축비용을 단순히 국민주택규모이하 아파트의 공급을 위한 홍보비용으로 단정하는 것은 지역주택조합의 특수성을 간과한 것이라고 주장한다.
• 라. 판단 청구법인은 쟁점비용 관련 매입세액이 과세사업(상가분양)과 면세사업(국민주택규모이하 아파트 분양)의 실지귀속이 불분명한 공통매입세액으로서 안분하여야 한다고 주장하므로, 이에 관하여 살펴본다. 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 경우에는 원칙적으로 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 하지만, 그 매입세액이 오로지 면세사업에만 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없고, 특히 면세사업을 위하여 필수적으로 소요되는 비용으로서 과세사업을 영위하지 않는 경우에도 당연히 필요로 하고 과세사업을 영위한다고 하여 비용이 추가로 소요되는 것도 아닌 경우 그 비용은 면세사업에만 관련된 매입세액에 해당하여 공제할 수 없다(대법원99두11615, 2001.7.13. 및 대법원2013두17336, 2013.12.26. 참조). 그런데 청구법인이 2015.10.1. 주식회사 AA개발과 체결한 ○○시지역주택조합아파트 및 부대복리시설 신축사업에 관한 업무대행용역계약 제4조(계약당사자의 역할 및 의무) 제2항 및 제7조(업무대행용역 보수금액)에 따르면, ① 주식회사 AA개발의 업무에는 조합원모집 관리업무, 일반분양관리 업무 및 판매, 근생, 커뮤니티 시설 분양관련 지원업무 등이 포함되어 있는 사실, ② 아파트 업무대행비로 세대당 2,000만원～2,300만원, 근린생활 업무대행료로 예상매출액의 4%를 구분하여 지급하기로 약정한 사실이 확인되는데, ③ 다만 청구법인 또한 쟁점비용은 조합설립 전단계에서 지출되어 쟁점비용에 근린생활 업무대행료는 포함되어 있지 않다는 점에 관하여는 다툼이 없다. 또한 청구법인 및 주식회사 AA개발이 2015.10.1. ㈜BBB홀딩스 및 ㈜CCC스자산관리와 체결한 발기인조합원모집 위탁업무계약 제2조(업무용역의 범위) 및 제7조(위임사무수수료 및 지급), 같은 날 ㈜BBB홀딩스와 체결한 광고대행 및 제작용역계약 제2조(“을” 업무범위 및 이행사항) 및 제7조(광고용역 금액 및 지급)에 따르면, ① 청구법인 및 주식회사 AA개발은 조합원모집업무 권한을 ㈜BBB홀딩스 및 ㈜CCC스자산관리에 부여하는 한편, 위탁수수료는 모집한 조합원 1세대당 1,000만원을 지급하기로 한 사실, ② ㈜BBB홀딩스는 조합원 모집 및 분양촉진을 위한 마케팅 홍보물 제작 및 운영용역을 제공하고 광고용역금액을 모집한 조합원 1세대당 280만원을 지급받기로 한 사실이 확인된다. 한편 청구법인 및 주식회사 AA개발이 2015.9. ㈜DDD공간과 체결한 ○○시주택홍보관 개․보수공사에 관한 공사도급계약에 따르면, 주택홍보관 내에 국민주택규모이하 아파트의 견본만 설치되고 상가의 견본은 설치되지 않은 사실이 확인된다. 이와 같은 사실에 비추어 볼 때, 쟁점비용은 오로지 면세사업인 국민주택규모이하의 아파트분양을 위한 조합원 모집과 관련하여 지출되었을 뿐 과세사업인 상가분양을 위한 수분양자 모집과는 무관하고, 이는 국민주택규모이하의 아파트분양과 관련하여 필수적으로 소요되는 비용으로서 청구법인이 상가분양을 할 것인지 여부와 상관없이 당연히 소요되는 비용인 이상, 쟁점비용 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다. 청구법인은 향후 지역주택조합설립인가를 받은 후 상가분양과 관련하여 별도로 업무대행용역비용, 수분양자 모집․광고비용, 모델하우스 건축비용 등을 지출하면, 그 때 관련 매입세액을 매출세액에서 공제받을 수 있을 뿐이다. 따라서 처분청이 청구법인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) =(재계산한 환급세액 97,008,703원-초과환급가산세 552,426원-경정한 환급세액 2,912,930원) 2) ={고지세액 167,309,400원-(당초 신고한 환급세액 156,120,638원-재계산한 환급세액 147,413,146원+초과환급신고가산세 870,749원+납부불성실가산세 815,021원)} 3) 청구법인②는 2015년 제2기에는 ㈜AA개발에 토지매입용역대가를 지급한 사실이 없어, 고지세액 전부의 취소를 구하고 있다. 4) 청구법인②가 제출한 업무용역대행계약서 1매에 따르면, 청구법인②는 2015.1.15. 주식회사 AA개발과 유사한 내용의 업무대행용역계약을 체결한 사실이 확인된다. 5) 청구법인②가 제출한 조합원모집 용역계약서 1매에 따르면, 청구법인② 및 주식회사 AA개발은 2014.12.20. ㈜BBB디앤시와 유사한 내용의 조합원모집 용역계약을 체결한 사실이 확인된다. 6) 청구법인②가 제출한 광고 및 제작 도급계약서 1매에 따르면, 청구법인② 및 주식회사 AA개발은 2015.1.15. ㈜BBB홀딩스와 유사한 내용의 광고대행 및 제작용역계약을 체결한 사실이 확인된다. 7) 청구법인②가 제출한 공사도급계약서 1매에 따르면, 청구법인② 및 주식회사 AA개발은 ㈜오서아이티엠과 유사한 내용의 △△구 주변지역 특별계획구역2 홍보관 건립공사계약을 체결한 사실이 확인된다.