조세심판원 심사청구 부가가치세

비록 사업자등록 정정신고는 늦게 하였지만 쟁점선박 취득은 사업 확장에 해당하여 기존사업의 매출에서 공제 가능함

사건번호 심사-부가-2016-0125 선고일 2017.03.09

비록 사업자등록 정정신고는 늦게 하였지만 쟁점선박 취득은 공동사업자 변경에 따른 사업 확장에 해당하여 쟁점매입세액은 기존사업의 매출에서 공제 가능하다고 보는 것이 타당함

주 문

◊◊세무서장이 2016.9.9. 청구인에게 한 2016년 제1기분 부가가치세 환급신고세액 420,000,000원의 환급거부처분 및 2016.11.2. 청구인에게 한 2016년 제1기분 부가가치세 138,677,250원의 부과처분은, 청구인이 2016.6.10. 청구외 주식회사 AAA해상관광개발로부터 수취한 매입세금계산서(1매, 공급가액 4,200,000,000원)와 관련한 부가가치세 매입세액 420,000,000원을 매출세액에서 공제하여 이를 경정합니다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2010.11.12. BBB호(사업자등록번호: 417-08-*, 이하 “BBB호”라 한다)란 상호로 유람선을 운영해 오다가, 2012.4.17.부터는 이SN과 함께 공동(청구인: 52.63%, 이SN: 47.37%)으로 사업을 영위하고 있다.
  • 나. 한편, 청구인과 이SN은 2016.5.18. 청구외 김NN 및 임SN과 함께 4명이 공동으로 주식회사 AAA해상관광개발로부터 새로운 유람선(‘QQQ크루즈’, 이하 “쟁점선박”이라 한다)을 42억원에 매입하는 매매계약을 체결하고, 2016.6.10. 선박 소유권이전등기(공유자 지분 각 4분의 1)를 경료하였으며, 2016.7.4. ‘청구인외 3명’이 공동사업자로 하여 사업자등록【사업자등록번호: 616-44-*, 상호: BBB호(KK유람선), 개업일자: 2016.6.23., 이하 “KK유람선”이라 한다】하였다.
  • 다. 청구인은 2016년 제1기분 부가가치세 확정 신고시 쟁점선박 매입으로 수취한 매입세금계산서(발행일: 2016.6.10., 공급가액: 42억원, 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)상 매입세액 420,000천원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 환급금 407,688,404원을 신고하였다.
  • 라. 처분청은 청구인의 부가가치세 환급신고 적정여부에 대한 현장확인을 실시하여 쟁점매입세액이 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】규정에 의해 공제대상 매입세액이 아니라고 보아 2016.9.9. 환급거부 통지를 하였고, 이에 대해 청구인이 2016.9.27. 처분청에 이의신청을 제기하였으나 2016.10.25. 기각 결정되자 처분청은 2016.11.2. 2016년 제1기분 부가가치세 미납부 세액 및 관련 가산세를 포함하여 138,677,250원을 경정 고지하였으며,
  • 마. 청구인은 이에 불복하여 2016.11.28. 이 건 심사청구를 제기하였
2. 청구주장
  • 가. 쟁점선박의 취득자는 ‘BBB호’의 공동사업자들이므로 쟁점매입세액은 ‘BBB호’의 매입세액으로 공제되어야 한다.
  • 나. 면허사업인 유람선 사업은 운수업에 해당하고 운수업의 사업장은 “업무를 총괄하는 장소”인 ‘BBB호’의 사업장이므로 쟁점매입세금계산서의 수수는 정당하다.
  • 다. 사업 확장에 따른 신규 사업장에 대한 매입세액은 기존사업장에서 공제받을 수 있고 신규 사업장을 추가적으로 등록하였다고 하여 쟁점매입세금계산서 상 ‘공급받는 자’가 변경될 수 없다.
  • 라. 세금계산서상 공동사업자 수를 확인할 수 있는 ‘공급받는 자’의 성명란은 ‘임의적 기재사항’에 해당하고, 이를 부실기재하였다고 하더라도 세금계산서의 효력에도 아무런 영향이 없다.
3. 처분청 의견
  • 가. 공동사업의 수익원·구성원·수익분배비율이 상이하므로 별개의 사업자이고, 쟁점매입세금계산서는 ‘KK유람선’ 명의로 교부받아야 함에도 ‘BBB호’ 명의로 교부받았으므로 ‘사실과 다른 매입세금계산서’에 해당하여 매입세액 불공제 대상이다.
  • 나. 쟁점매입세금계산서 상 실제 공급받는 자는 ‘KK유람선’이므로, ‘BBB호’ 사업의 매입세액으로 공제할 수 없다.
  • 다. 부가가치세법상 ‘BBB호’와 ‘KK유람선’은 별개의 사업자(납세의무자)에 해당하므로 ‘KK유람선’ 사업에 사용하기 위해 매입한 쟁점선박 매입세액을 ‘BBB호’ 사업의 매출세액에서 공제할 수는 없다.
  • 라. 민법상으로도 ‘청구인 외 1인’과 ‘청구인 외 3인’은 별개의 조합에 해당하므로 각각 별개의 사업자로 등록 하여야 하고, 따라서 타인의 사업에 사용하기 위해 타인이 부담한 매입세액을 다른 사업자의 사업에 대한 매입세액으로 공제할 수는 없다.
4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점매입세금계산서를 ‘사실과 다른 세금계산서’로 보아 매입세액 불공제한 처분이 정당한지 여부
  • 나. 관련 법령 1) 부가가치세법 제6조 【납세지】

① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법 제8조 【사업자등록】

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다. 3) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 4) 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 5) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다. 6) 부가가치세법 시행령 제8조 【사업장】

① 법 제6조제2항에 따른 사업장의 범위는 다음 표와 같다. 사 업 사업장의 범위

3. 건설업ㆍ운수업과 부동산매매업

  • 나. 개인인 경우 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소
  • 라. 개인의 명의로 등록된 차량을 다른 개인이 운용하는 경우 그 등록된 개인이 업무를 총괄하는 장소

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 사업장 외의 장소도 사업자의 신청에 따라 추가로 사업장으로 등록할 수 있다. (이하생략) 7) 부가가치세법 시행령 제14조 【사업자등록 사항의 변경】

① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 세무서장(관할 세무서장 또는 그 밖의 세무서장 중 어느 한 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 따른 제출을 포함한다)하여야 한다.

2. 법인 또는

국세기본법 제13조제1항 및 제2항에 따라 법인으로 보는 단체 외의 단체로서 기획재정부령으로 정하는 단체가 대표자를 변경하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 사업의 종류에 변동이 있는 경우

4. 사업장[법 제8조제3항에 따른 사업자 단위 과세 사업자(이하 "사업자 단위 과세 사업자"라 한다)의 경우에는 사업자 단위 과세 적용 사업장을 말한다]을 이전하는 경우

5. 상속으로 사업자의 명의가 변경되는 경우

6. 공동사업자의 구성원 또는 출자지분이 변경되는 경우 8) 부가가치세법 시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】 법 제39조제1항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2016.2.17>

1. 제11조제1항 또는 제2항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제11조제5항에 따른 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우 9) 부가가치세법 시행령 제77조 【사업과 직접 관련이 없는 지출】 법 제39조제1항제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조, 제49조제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다. 10) 부가가치세법 기본통칙 8-14-1【공동사업자의 사업자등록 및 정정】 2인 이상의 사업자가 공동사업을 하는 경우 사업자등록신청은 공동사업자 중 1인을 대표자로 하여 대표자명의로 신청하여야 하며, 공동사업자 중 일부의 변경 및 탈퇴, 새로운 공동사업자 추가의 경우에는 사업자등록을 정정하여야 한다.

  • 다. 사실관계

1. 국세청 전산자료에서 확인되는 청구인 관련 BBB호KK유람선의 사업자등록 내역은 아래와 같다. (2016.7.4. 현재) 상 호 성명 개업일자 업태/종목 사업장 공동사업 지분율 BBB호 (417-08-) 청구인 외1 2010.11.12. 운수업 유람선 전남 ◊◊시 ○○5길 청구인 87.95% 이SN 12.05% BBB호 (KK유람선) (616-44-) 청구인 외3 2016.6.23. 운수업 유람선 전남 ◊◊시 ○○읍 ○○로 **-18, ○○대교 아래 청구인 25% 임SN 25% 김NN 25% 이SN 25%

2. 청구인이 2016.7.4. ‘KK유람선’(616-44-*) 사업자등록 신청 당시 제출한 공동사업자 명세는 아래와 같다.

○ 청구인 25%, 이SN 25%, 임SN 25%, 김NN 25%

3. 청구인이 2016.11.18. ‘BBB호’(417-08-*)의 사업자등록 정정신고 내용은 다음과 같다. 이력구분명 변경일자 변경전사항 변경후사항 처리일시 출자금 2016.11.18. 66,500,000원 910,000,000원 2016.11.18. 공동사업자 변경 2016.06.10. 2명에서 4명으로 2016.11.18. 공동사업자 변경 2016.07.04. 4명에서 2명으로 2016.11.18.

4. ‘청구인 외 3인’은 2016.5.18. ‘주식회사 AAA해상관광개발’과 매매금액 4,200,000천원(부가가치세 별도)에 쟁점선박을 매입하는 계약을 체결하였으며, 세금계산서는 청구인 외 1인 명의로 된 ‘BBB호’의 사업자등록번호로 수취하였음이 확인된다.

5. 청구인은 쟁점선박에 대한 쟁점매입세금계산서와 관련하여 2016.7.22. BBB호 명의로 2016년 제1기분 부가가치세 신고시 쟁점선박 매입세액 420,000천원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 407,688,404원을 환급신고 하였다.

6. ‘청구인 외 3인’은 2016.7.4. 사업자등록 신청 당시 아래와 같은 ‘공동대표자 지분 변동 및 추가 신고서’를 제출하였다고 하나, 국세청 전산자료 상 사업자등록 내용은 2016.11.18. 정정되었음이 확인된다. 공동대표자 지분 변동 및 추가 신고서

• 상호: ‘BBB호’

• 대표자: 청구인, 이SN BBB호의 공동대표자 청구인(52.63%), 이SN(47.37%)의 합의하에 2016.6.10. QQQ크루즈 선박 구매에 대하여 공유자 변동으로 인하여 임SN, 김NN을 추가한다. QQQ크루즈의 최종 변경 지분율은 청구인, 이SN, 임SN, 김NN 각 25%로 최종 변경하고 ‘청구인외 3인’으로 사업자등록을 변경하기로 한다.

2016. 6. 13.

7. ◊◊해양경비안전서장이 2016.6.23. 청구인에게 발급한 유선사업면허증에는 쟁점선박의 사업기간이 2016.6.23.∼2017.6.30.로 확인되며, 쟁점선박의 선박국적증서에는 쟁점선박 소유자가 ‘청구인 외 3인’이 각각 지분 25%로 공동소유하고 있음이 기재되어 있다.

8. 쟁점선박 등기사항전부증명서에는 2016.6.10. 청구인 외3인(공유자 지분 각 4분의 1)으로 소유권이전 되었음이 확인된다.

9. 처분청의 부가가치세 환급금 현장확인 당시 청구인은 다음과 같은 소명서를 제출하였음이 확인된다. (...) 사업허가증에 나타난 바와 같이, 하나의 사업자가 선박을 구입하여 ◊◊ 일원에서 관광 사업을 하고자 하였음. 그리하여 추가 선박을 BBB호 대표자가 계약하여 구입절차를 완료하고 세금계산서 발급 후 공동사업을 원하는 투자자의 제안으로 공동사업에 동의하였음. 추가 공동사업자의 참여로 사업자등록증 변경사항이 발생하였으나 지분율을 변경하기가 곤란(각 선박의 수익을 기준으로 이익을 분배하여야 하기 때문)하여 부득이 사업자등록증을 새로 발급하게 된 것임. 최초 계약서에 공동사업자가 기재된 것은 선박 등록을 할 때 공동사업자 전체가 기재되어야 해서 공동사업 합의 후 추가 기재된 것임 세금계산서 발급 시점에서는 정당한 세금계산서로 어떠한 하자도 없음을 다시 한 번 강조함. 다만, 추가 사업자등록한 것은 지분율 변동을 할 수 없어 부득이 하게 되었고(광의의 사업자등록 정정), 설령 행정 절차상 조금의 흠결이 있다 할지라도 전후 사정을 감안하여 초기 투자자금의 경색으로 인한 계속적인 사업영위의 곤란함, 지역 경제의 영세성 등을 고려하여 현명한 판단을 부탁함

10. 국세청 전산자료(부가가치세 신고내용) 및 청구인이 제출한 자료(매출집계표)에 따르면 2016.6월분(2016.6.11.∼6.30.) 쟁점선박 운항수입에 대하여 기존 사업자등록번호인 ‘BBB호’ 명의로 부가가치세 신고하였음이 확인된다.

11. 쟁점선박 관련 일자별 주요 내용을 요약하면 아래와 같다. 일 자 내 용 비 고 2016.5.18.

• 쟁점선박 매매계약

• 선박명: QQQ크루즈호

• 매도자: AAA해상관광개발

• 매수자: 청구인 외 3인 2016.6.10.

• 쟁점선박 소유권 이전 (등기원인: 2016.5.18. 매매)

• 청구인 외 3인(공유 지분 ¼)

• 쟁점매입세금계산서 수취

• BBB호 사업자번호로 수취 2016.6.13.

• ‘공동대표자 지분 변동 및 추가’ 신고서 작성

• 전산상 사업자등록 정정 사실 없음 2016.6.23.

• 유선사업면허증 변경

• 선박, 유선장, 영업구역 등 추가 2016.7.4.

• 쟁점선박 사업자등록 신청 【상호: BBB호(KK유람선)】

• 공동사업자 청구인 외3인(지분율 각 25%)

• 개업일자 2016. 6. 23.

  • 나. 처분청 의견 요지

1. 공동사업의 수익원·구성원·수익분배비율이 상이하므로 별개의 사업자이고, 쟁점매입세금계산서는 ‘KK유람선’ 명의로 교부받아야 함에도 ‘BBB호’ 명의로 교부받았으므로 ‘사실과 다른 매입세금계산서’에 해당하여 매입세액 불공제 대상이다. 사업자가 동일한 경우에는 사업의 확장을 위한 매입세액은 기존 사업의 매출세액에서 공제가 가능한 것이나, 이 건의 경우 수익원인 선박[BBB호, 쟁점선박(QQQ크루즈호)]⋅공동사업자(청구인·이SN, 청구인·이SN·임SN·김NN)⋅수익분배비율 등이 상이하므로 부가가치세법상 하나의 사업자로 볼 수 없고 별개의 사업자에 해당하는 것이며, 실제로도 별개의 사업자등록을 하였다. 따라서 KK유람선 사업에 사용하기 위해 청구인외 3인이 대금을 지불하고 구입한 쟁점선박의 쟁점매입세금계산서를 BBB호 명의로 교부받은 것은 사실과 다른 매입세금계산서에 해당하여 매입세액 불공제 대상이다.

2. 쟁점매입세금계산서 상 실제 공급받는 자는 ‘KK유람선’이므로, ‘BBB호’ 사업의 매입세액으로 공제할 수 없다. 2016.05.18.자 쟁점선박 매매계약서상 매수인은 청구인·이SN·임SN·김NN 등 4인이며, 2016.06.10.자 쟁점선박 소유권이전 등기도 위 4인 명의로 되었음에도, 2016.06.10.자 쟁점매입세금계산서는 ‘청구인 외 1인’으로 되어 있는 ‘BBB호’ 명의로 수취하였는바, 쟁점매입세금계산서의 매입세액은 BBB호 사업에 대한 매입세액으로 공제할 수 없는 것이다. 또한, 쟁점매입세금계산서 상의 쟁점매입세액을 실제 부담한 자는 청구인 외 4인인바, 청구인 외 1인의 사업에 대한 매입세액으로 공제할 수 없다.

3. 부가가치세법상 ‘BBB호’와 ‘KK유람선’은 별개의 사업자(납세의무자)에 해당하므로 KK유람선 사업에 사용하기 위해 매입한 쟁점선박 매입세액을 ‘BBB호’ 사업의 매출세액에서 공제할 수는 없다. 부가가치세법 제3조 【납세의무자】에서 “다음 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.”고 서술하고 “제1호 사업자”를 규정하고 있다. BBB호(청구인 외 1)와 KK유람선(청구인 외 3) 사업의 수익 원천인 선박이 서로 다르고, 해당 선박의 운항노선, 이용 승객, 운임 및 공동사업자간 수익 분배비율도 상이하므로 부가가치세법상 하나의 사업자로 볼 수 없다. 따라서 KK유람선 사업에 사용하기 위해 부담한 부가가치세액을 BBB호 사업에 대한 매출세액에서 공제하는 것은 부가가치세법상 불가한 것이다. * 청구인도 소명서를 통해 ‘각 선박의 수익을 기준으로 이익을 분배하여야 하기 때문에 별도의 사업자 등록을 하였다’라고 진술하고 있음

4. 민법상으로도 ‘청구인 외 1인’과 ‘청구인 외 3인’은 별개의 조합에 해당하므로 각각 별개의 사업자로 등록 하여야 하고, 따라서 타인의 사업에 사용하기 위해 타인이 부담한 매입세액을 다른 사업자의 사업에 대한 매입세액으로 공제할 수는 없다. 민법상 조합이란 2인 이상이 상호출자하고 손익분배비율을 정하여(정하지 아니할 때에는 출자가액에 비례하는 것으로 봄) 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생기는 것이며, 국세청 예규에서도 “공동사업이라 함은 민법상의 조합계약에 의하여 2인 이상이 그 지분 또는 손익분배의 비율, 대표자 기타 필요한 사항 등을 정하여 ① 공동으로 출자하여 ② 공동으로 경영하고 ③ 당사자 전원이 그 사업의 성공 여부에 대해 이해관계를 가지는 사업을 말하는 것”(과세기준자문 법규과-4969, 2008.11.25., 서면1팀-443, 2005.04.26.)이라고 설명하고 있는바, BBB호와 KK유람선은 각각의 수익원[BBB호, 쟁점선박(QQQ크루즈호)]에 대해 각각 공동으로 출자하고 공동으로 경영하며 사업성공에 대해 각각 이해관계를 가지는 별개의 사업자에 해당한다.

5. 청구주장에 대한 반박

  • 가) 쟁점선박의 취득자는 BBB호의 공동사업자들이므로 쟁점매입세액은 BBB호의 매입세액으로 공제되어야 한다는 주장에 대하여 청구인은 쟁점선박의 취득자금이 BBB호 공동사업자의 자기자본 및 차입금 등 BBB호의 회계에서 지출되었고, BBB호의 공동사업자 변경에 따른 정정신고를 지연하였을 뿐이므로 매입세액 공제는 정당하다고 주장하고 있으나, KK유람선의 공동사업자들은 쟁점선박의 운영수입에 대한 공동사업 참여만을 표명하였을 뿐 BBB호의 공동사업자로 참여하겠다는 어떠한 의사표시도 행한 적이 없으므로 청구주장은 이유 없다. 청구인이 BBB호의 공동사업자를 추가하였다는 근거로 제시하고 있는 2016.6.13.자 “공동대표자 지분 변동 및 추가 신고서” 내용을 보면 청구인의 주장과 배치되는 다음과 같은 사실을 확인할 수 있다. ➀ 문서 작성일(합의일)이 2016. 6. 13.이다. 즉, 쟁점선박의 구매계약일(2016.5.18.), 잔금청산일 및 쟁점매입세금계산서 수취일(2016.6.10.) 이후작성된 것임 ➁ 공동사업자 추가에 따른 BBB호의 지분율 변경 내용이 없다. 공동사업을 위해 자금을 지출하는 경우에 당연하게 당해 사업에 대한 자기의 몫(지분율)이 첨예한 이해관계일 수밖에 없는 것이나, BBB호에 대한 지분율 변경내용은 표시되어 있지 않음 ➂ 이에 반해 쟁점선박(QQQ크루즈)에 대한 공동사업자 지분율은 각 25%로 최종 변경하고, 청구인외 3인으로 사업자등록을 변경하는 것으로 합의한 사실이 확인됨 따라서 KK유람선 공동사업자들은 쟁점선박의 운영수입에 대한 공동사업 참여만을 표명하였을 뿐 BBB호의 공동사업자로 참여하겠다는 어떠한 의사표시도 행한 적이 없으므로 청구 주장은 이유 없는 것이다. 쟁점선박의 취득자금을 BBB호 사업의 회계에서 지출한 것으로 처리하였다면, 이는 단순한 회계처리 오류일 뿐이다. 또한, BBB호의 2016년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점선박 운항 수입을 포함하여 신고한 경우에도 이는 단지 회계 오류로서 BBB호 수입금액에서 제외함이 당연하다. 쟁점선박의 취득자가 BBB호의 공동사업자들이라는 청구인의 주장은 청구인의 이의신청에 대한 ○○지방국세청의 기각결정 이후에, 이의신청 결정과 배치되는 결론을 도출하기 위해 기 확인된 사실관계에 반하는 상반된 주장을 펴는 것에 다름 아니다. * 청구인의 이의신청에 대한 결정문(○○청-이의-2016-****, 2016.10.25.) 청구인은 2012. 4. 17.부터 청구인 외1인을 사업자로 하여 현재까지 사업을 영위하고 있음이 확인되고, 쟁점선박은 선박매매계약서, 등기사항전부증명서(선박), 선박국적증서, 사업자등록 신청서의 공동사업자 명세 등 공부상 및 사업자등록 서류에 일관되게 청구인 외3인이 각각 4분의 1 또는 25%의 지분을 소유하고 있으며, 쟁점선박은 4명의 공동사업자로 구성되어 있으나 2명의 공동사업자로 구성된 청구인과는 사업자가 동일하지 않아 청구인과는 별개의 사업자로 판단되며, (중략)

2016. 6. 13. 당사자 간 작성한 공동대표자 지분 변동 및 추가 신고서에 쟁점선박에 대한 지분율(각 25%)을 최종 변경하고 청구인 외3인으로 사업자등록 변경하기로 하였으나 BBB호에 대한 지분율 변경 내용은 없으며 사업자등록 정정도 하지 않은 점, 2016. 7. 4. 추가공동사업자의 참여로 지분율을 변경하기가 곤란(각 선박의 수익을 기준으로 이익을 분배하여야 하기 때문)하여 쟁점선박에 대하여 청구인 외3인을 공동사업자로 사업자등록 신청하였다고 소명한 점 등으로 보아 ‘청구인 외1인’과 ‘청구인 외3인’을 공동사업자라고 인정하기 어려운 점 (이하 생략)

  • 나) 유람선 사업은 운수업에 해당하고 운수업의 사업장은 ‘업무를 총괄하는 장소’인 기존 ‘BBB호’의 사업장이므로 쟁점매입세금계산서 수취는 정당하다는 주장에 대하여 유선 및 도선 사업법에 따른 사업의 면허는 유선(遊船)의 규모 및 영업구역 등에 대한 관할관청의 의사표현일 뿐 부가세법상의 사업자 또는 사업장, 민법상의 조합을 구분하는 근거가 될 수 없으며, 청구인은 하나의 사업장이라고 주장하고 있으나 면허증 상 3척의 선박의 유선장 위치가 별도로 지정되어 있고, 사업자등록도 사업장을 별개의 장소로 등록하였다. 또한 이 건의 근본적 쟁점은 사업장이 동일한지가 아니라 ‘청구인 외 1인’과 ‘청구인 외 3인’을 동일 사업자로 볼 수 있느냐 하는 것이다.
  • 다) 사업확장에 따른 신규 사업장에 대한 매입세액은 기존 사업장에서 공제받을 수 있으므로 신규 사업장을 추가적으로 등록하였다고 하여 쟁점매입세금계산서 상 공급받는 자가 변경될 수 없다는 주장에 대하여 청구인이 제시하는 국세청 예규(부가22601-1310, 1988.7.28., 부가46015-1071, 2000.5.18.)는 사업자가 동일함을 전제로 사업확장을 위한 재화취득에 대해 기존사업장의 매출세액에서 공제 가능하다는 것이나, 이 건은 별개의 사업자에 해당하는 것으로 타 사업자의 사업을 위해 구입하고 타 사업자가 부담한 부가가치세액을 청구인의 매출세액에서 공제가능하다는 뜻이 아니다. 대법원 (대법원 2005두14608, 2006. 1. 26. 외 다수 같은 뜻) 에서도 사업자가 변경될 경우에는 동 예규를 적용할 수 없다고 판시하고 있다.
  • 라) 쟁점선박 운항에 따른 ’16.6월분 수입을 청구인의 부가가치세 매출과세표준으로 신고하였다는 주장에 대해 청구인의 ’16.1기 부가가치세 과세표준 신고 시 청구외 사업자의 수입금액인 쟁점선박 운항 수입이 포함되었다면 이는 청구인의 회계오류로서 청구인의 수입금액에서 제외함이 당연하며, 처분청은 이에 대해 청구인에게 ‘2016년 1기 확정 부가가치세 신고 관련 매출액 내역자료 제출안내(개인납세과-4634, 2016.11.02)’ 공문을 발송하여, 감액경정을 위한 관련자료를 ’16.11.18.까지 제출하거나 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의거 경정청구가 가능함을 안내 하였다. ’17.2.3. 현재까지 관련자료 제출 및 경정청구 접수내역 없음
  • 마) 공급받는 자의 성명은 임의적 기재사항이고 이를 부실기재하였다고 하더라도 세금계산서의 효력에 아무런 영향이 없다는 주장에 대해 청구인은 세금계산서상 공동사업자 수를 확인할 수 있는 공급받는 자의 성명은 임의적 기재사항이므로 이를 부실기재하였다고 하더라도 세금계산서의 효력에 아무런 영향이 없다는 주장을 펴고 있으나, 부가세법§32①에서 세금계산서의 필요적 기재사항을 나열하면서 2호에서 “공급받는 자의 등록번호”를 언급하고 있으므로, 쟁점매입세금계산서를 정당한 매입세금계산서로 볼 수 있으려면 쟁점매입세금계산서의 ‘공급받는 자’란에 실제 매입자인 ‘KK유람선’사업자의 등록번호(미등록일 경우에는 주민등록번호)가 기재되어야 한다.
  • 다. 청구주장 요지

1. B BB호의 공동사업자 현황 청구인은 BBB호의 공동사업자로서 2016년 중 BBB호의 자기자본 변동내역과 각 시기별 공동사업자의 자기자본 및 지분율은 아래와 같다(제5호 증. BBB호 출연금 및 자본금 계정별 원장 사본). < 자기자본 변동 내역 > (단위: 원) 일자 공동사업자별 자기자본 증감액 자기자본 잔액(누계) 청구인 이SN 임SN 김NN 전기 이월 41,305,236 37,177,067 78,482,303 5.18. (+)316,000,000 (+)100,000,000 (+)100,000,000 594,482,303 5.23. (+)84,000,000 (+)100,000,000 778,482,303

6. 2. (+)30,000,000 (+)70,000,000 878,482,303

6. 8. (+)40,000,000 918,482,303

6. 9. (+)70,000,000 988,482,303

7. 4. (-)170,000,000 (-)170,000,000 (-)170,000,000 (-)170,000,000 308,482,404 < 자기자본 및 지분율 현황 > (단위: 원, %) 공 동 사업자 1.1. ~ 5.17. 5.18. ~ 7. 3.

7. 4. ~ 현재 자기자본 지분율 자기자본 지분율 자기자본 지분율 청구인 41,305,236 52.63 441,305,236 44.64 271,305,236 87.95 이SN 37,177,067 47.37 207,177,067 20.96 37,177,067 12.05 임SN 170,000,000 17.20 김NN 170,000,000 17.20 계 78,482,303 100.00 988,482,303 100.00 308,482,303 100.00 한편, 본 청구의 쟁점이 되는 매입세액은 2016. 6. 10. 발생한 것으로 이 시기의 공동사업자는 청구인, 이SN, 임SN, 김NN 등 4인이나, 청구인은 위와 같은 공동사업자 변동 사실을 처분청에 즉시 신고하지 못하다가 2016. 11. 17.에 공동사업자 변동에 따른 사업자등록정정신고를 이행하였다(제6호 증. 사업자등록정정신고서 사본 및 사업자등록증 사본).

2. 유람선 사업 개요 청구인은 ○○도유람선 사업을 영위하기 위하여 유선 및 도선사업법에 따라 관할관청인 ◊◊해양경비안전서장으로부터 유선사업면허를 받은 후, 이SN과 공동으로 전라남도 ◊◊시 ○○도 인근에서 유람선사업을 영위하여 왔다. 이후 청구인과 이SN은 본건 면허에 따른 사업을 ◊◊시 ○○대교 인근으로 확장하기 위하여 임SN, 김NN과 공동으로 2016. 6. 10. 매도인으로부터 쟁점선박을 취득하였다. 이에 따라 2016. 6. 23. 본건 면허는 아래와 같이 갱신되었다(제7호 증. 유선사업면허증 사본). 면허번호 유선장 위치 선박명 2010-**

○○도 인근 (입구, 상가 앞) BBB호

○○대교 아래 쟁점선박 및 ◊◊거북선호(위탁운영)

3. 쟁점선박 취득 및 세금계산서 수취 청구인은 2016. 5. 18. 매도인으로부터 쟁점선박을 4,620,000,000원(부가가치세 포함)에 취득하는 계약을 아래와 같이 체결하였다(제8호 증. 선박매매계약서 사본). (단위: 원) 구분 일자 금액 비고 계약금

2016. 5. 18. 1,000,000,000 중도금

2016. 5. 23. 500,000,000 잔 금

2016. 6. 8. 2,700,000,000 부가가치세 420,000,000 계 4,620,000,000 대금은 공동사업자 4인의 자기자본 910,000,000원 및 장기차입금 3,350,000,000원으로 충당되었고(미지급금 620,000,000원은 ‘KK유람선’ 사업자에게 승계된 후 2016.7.20. 지급되었음), 쟁점선박 취득금액 4,349,114,000원(취득세 등 부대비용 포함)을 포함한 이들 자금원천은 ‘BBB호’의 회계에 전액 반영되었다. 한편 청구인은 2016. 6. 10. 쟁점선박 취득에 따른 등기를 마쳤고, 같은 날 매도인으로부터 ‘BBB호’를 공급받는 자로 하는 쟁점매입세금계산서를 교부받았다(제9호 증. 세금계산서 사본).

4. 쟁점선박 관련 매출액에 대한 부가가치세 신고 쟁점선박 취득 이후 2016. 6. 11.부터 6. 30.까지 82,704,000원의 쟁점선박의 운항수입이 발생하였고, 청구인은 이를 BBB호의 2016년 1기 확정 부가가치세 신고시 매출과세표준에 포함하였다(제1호 증. 2016년 1기 부가가치세 조기환급 신고서 사본).

5. 사업 확장에 따른 사업장 추가 등록 청구인은 ◊◊시 ○○대교 인근의 유람선사업을 별도로 구분하여 관리하기 위해 2016. 7. 4. 청구인 등 4인을 공동사업자로 하여 ‘KK유람선’ 사업에 대한 사업자등록을 이행하였다. 그리고 BBB호의 쟁점선박과 관련한 자산, 부채 및 자기자본은 ‘KK유람선’ 사업자에게 포괄승계 되었고, ‘KK유람선’ 사업자의 2016.7.4. 현재 재무상태표는 아래와 같다(제10호 증. KK유람선 재무상태표). (단위: 원) 자 산 부 채 선박(부대비용 포함) 4,349,114,000 미지급금(선박) 미수금(BBB호) 300,886,000 AAA해상관광개발 620,000,000 장기차입금 이 ○ ○ 1,000,000,000 김 ○ ○ 150,000,000

○○수협 2,200,000,000 (부채 계) 3,970,000,000 자기자본 청구인(1/4) 170,000,000 이 S N(1/4) 170,000,000 임 S N(1/4) 170,000,000 김 N N(1/4) 170,000,000 (자산 계) 4,650,000,000 (자기자본 계) 680,000,000

6. 구체적 주장

  • 가) 쟁점선박의 취득자는 BBB호의 공동사업자들이므로 쟁점매입세액은 BBB호의 매입세액으로 공제되어야 한다. 쟁점선박을 취득하기 위한 자금은 ‘KK유람선’ 공동사업자의 자기자본 910,000,000원, 장기차입금 3,350,000,000원 및 미지급금 620,000,000원으로 충당되었고, 이들 자금은 BBB호의 회계에 반영되었을 뿐만 아니라 쟁점선박 운항 수입을 BBB호의 매출에 포함하여 부가가치세를 신고하였다. 따라서 쟁점선박의 공급받는 자 및 취득자를 ‘BBB호’로 보아야 한다. 설령 청구인이 BBB호의 공동사업자 변경에 따른 사업자등록정정신고를 지연하였다고 하더라도 쟁점매입세금계산서의 필요적 기재사항인 공급받는 자의 사업자등록번호를 BBB호 사업자등록번호를 기재한 이상 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 여지가 없고 사업자등록정정신고 지연으로 쟁점선박의 취득자가 변경된 것이라고 볼 수도 없다. 또한 쟁점매입세금계산서의 필요적 기재사항 및 임의적 기재사항으로 보아 쟁점선박의 거래사실을 충분히 확인할 수 있으므로 쟁점매입세액은 BBB호의 매입세액으로 공제되어야 한다. ※ 부가가치세법 기본통칙 38-0-4 【사업자등록을 정정하지 아니한 경우 매입세액 공제】 사업자가 사업장 이전ㆍ상호변경 등 영 제14조제1항에 해당하는 사업자등록증 정정사유가 발생하였으나 이를 정정하지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우에 해당 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 그 거래사실이 확인되는 때에는 그 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하거나 환급할 수 있다.
  • 나) 본건 면허 사업인 유람선 사업은 운수업에 해당하고, 운수업의 사업장은 ‘업무를 총괄하는 장소’인 BBB호의 사업장이므로 쟁점매입세금계산서의 수수는 정당하다. 사업자는 부가가치세법의 규정에 따라 사업장마다 사업자등록을 신청하여야 하고(제8조 제1항), 이 때 사업장은 ‘사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 고정된 장소’를 말하며(제6조 제2항), 개인이 영위하는 운수업의 경우 사업의 특성을 고려하여 ‘사업에 관한 업무를 총괄하는 장소’를 원칙적인 사업장으로 규정하고 있다(시행령 제8조 제3호 나목). 다만, 예외적으로 사업장 외의 장소도 사업자의 신청에 따라 추가로 사업장으로 등록할 수 있다(시행령 제8조 제4항). 그리고 사업자는 법령에 따라 허가를 받거나 등록 또는 신고를 하여야 하는 사업에 대한 사업자등록을 신청하는 경우 ‘사업허가증 사본, 사업등록증 사본 또는 신고확인증 사본’을 반드시 첨부하도록 규정하고 있다(부가가치세법 시행령 제11조 제2항 제1호). 한편 유선사업 및 도선사업을 하려는 자는 선박의 규모 또는 영업구역에 따라 관할관청의 면허를 받거나 관할관청에 신고하도록 규정하고 있고(유․도선법 제3조), 총 톤수가 5톤 이상이거나 5톤 미만 중 승객 정원이 13명 이상인 선박과 유․도선사업의 영업구역이 2해리 이상인 경우에는 반드시 관할관청의 면허를 받도록 규정하고 있다(같은 법 시행령 제3조). 이에 따라 청구인은 2010년 62톤의 기존 선박(BBB호)을 이용한 유람선 사업을 영위하기 위하여 관할 관청인 ◊◊해양경비안전서장으로부터 본건 면허를 득한 후, 업무를 총괄하는 장소인 ‘전라남도 ◊◊시 수정동 ***-13’을 사업장으로 하여 사업자등록을 마쳤고, 이후 쟁점선박(QQQ크루즈선, 754톤)을 포함한 2척의 선박을 추가로 도입하면서 본건 면허 사업의 영업구역 확대를 위해 관할관청에 면허 갱신을 신청하였으며, 2016. 6. 23. 본건 면허 갱신이 이루어졌다. 따라서 쟁점선박 취득 당시 본건 면허사업의 사업장은 업무를 총괄하는 장소인 BBB호의 사업장이므로 BBB호를 공급받는 자로 하는 쟁점매입세금계산서 수수는 정당하다.
  • 다) 사업확장에 따른 신규 사업장에 대한 매입세액은 기존사업장에서 공제받을 수 있고 신규 사업장을 추가적으로 등록하였다고 하여 쟁점매입세금계산서상 공급받는 자가 변경될 수 없다. 국세청은 행정해석을 통해 하나의 사업을 확장하는 과정에서 기존 사업장 명의로 수취한 세금계산서상 매입세액의 기존 사업장의 매출세액에서 공제되어야 한다고 해석하고 있다(부가22601-1310, 1988.7.28., 부가46015-1071, 2000.5.18. 참조) 청구인이 기존의 사업장소 이외에 추가적으로 사업자등록을 하는 것은 부가치세법 규정(시행령 제8조 제4항)에 따라 선택적으로 기존 사업장을 확장하기 위해 이행한 것으로서, 쟁점선박 매입 당시에는 청구인이 별도 사업자에 대한 사업자등록을 추가할 것인지 여부가 불분명한 상태였을 뿐만 아니라, 사업장 추가 등록은 쟁점매입세금계산서 수수일 이후에 이루어진 것이어서 쟁점매입세금계산서의 수수 및 쟁점매입세액 공제 가능 여부와는 전혀 관계가 없는 것이다. 따라서 청구인이 사업장을 추가 등록하였다고 하여 쟁점매입세금계산서의 공급받는 자가 변경되었다고 볼 수 없다.

7. 추가주장

  • 가) 처분청은 쟁점선박을 ‘KK유람선’ 사업자가 매수한 것이므로 ‘BBB호’의 매입세액으로 공제할 수 없다고 주장하나, 이는 왜곡된 사실관계를 바탕으로 주장한 것이므로 타당하지 않다. 처분청의 주장에 따르면, 청구인은 2인의 공동사업자(청구인, 이SN)이고, ‘KK유람선’ 사업자는 4인의 공동사업자(청구인, 이SN, 임SN, 김NN)이며, 쟁점선박은 이들 4인의 공동사업자가 매수한 것이므로 청구인(BBB호)의 사업과 무관하다는 것이다. 그러나 청구인은 쟁점선박 매입 당시(2016. 6. 10.) 2인의 공동사업자가 아닌 4인의 공동사업자로 이미 구성되어 있었고(자기자본 변동 내역, 자기자본 및 지분율 현황 참조), 이들 4인의 공동사업자가 출자한 자기자본은 쟁점선박 매입 대금으로 사용되었을 뿐만 아니라, 쟁점선박 운항에 따른 2016. 6월분 수입(82,704,000원)을 청구인의 부가가치세 매출과세표준으로 신고하였다. 따라서 청구인(BBB호)이 쟁점선박을 매입한 것이 아니라는 처분청 주장은 전혀 근거가 없는 것이다. 아울러 처분청의 ① ‘BBB호’와 ‘KK유람선’ 사업자의 보유선박, 공동사업자 및 수익분배비율이 상이하므로 하나의 사업자로 볼 수 없다는 주장, ② 쟁점선박을 실제 공급받는 자가 ‘KK유람선’ 사업자라는 주장, ③ 세금계산서상 부가가치세를 부담한 자가 ‘KK유람선’ 사업자라는 주장, ④ 이들 두 개의 사업자는 민법상 별개의 조합에 해당하므로 쟁점매입세액을 다른 사업자 매출세액에서 공제할 수 없다는 주장, ⑤ ‘KK유람선’ 사업의 공동사업자들이 ‘BBB호’ 사업의 공동사업자로 참여하겠다는 어떠한 의사표시를 행한 적이 없다는 주장, ⑥ 쟁점선박의 취득자금을 ‘BBB호’의 회계에 반영한 것은 회계처리의 오류라는 주장 등은 모두 쟁점선박 매입 당시 공동사업자들의 의사를 반영한 자기자본 불입, 쟁점선박 매입에 따른 자금 차입, 선박 대금 지불 및 그에 따른 회계처리를 전부 무시하고 사실관계를 왜곡한 일방적인 주장에 불과하다.
  • 나) 쟁점선박 매입에 따른 세금계산서 수수와 ‘KK유람선’ 사업에 대한 사업자등록은 전혀 관련이 없다. 처분청은 4인 공동사업자가 2016.7.4. 사업자등록 했다는 이유로 쟁점선박의 매입자는 ‘BBB호’ 사업자가 아닌 ‘KK유람선’ 사업자라고 판단한 것으로 이해된다. 그러나 ‘KK유람선’의 사업자등록은 청구인이 쟁점선박을 매입한 이후 기존사업장과 구분⋅운영할 목적으로 선택적으로 사업자등록을 한 것이고, 그 시기도 세금계산서 수수일(2016.6.10.) 이후에 있었던 것이므로 쟁점선박 매입에 따른 세금계산서 수취와는 전혀 관련이 없다.
  • 다) 세금계산서상 공동사업자 수를 확인할 수 있는 ‘공급받는 자’의 성명란은 ‘임의적 기재사항’에 해당하고, 이를 부실기재하였다고 하더라도 세금계산서의 효력에도 아무런 영향이 없다. 부가가치세법 제32조제1항 은 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭(제1호), 공급받는 자의 등록번호(제2호), 공급가액과 부가가치세액(제3호), 작성 연월일(제4호)을 필요적 기재사항으로 규정하면서, 같은 법 제39조제1항제2호는 발급받은 세금계산서에 위 4가지 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 불공제 한다고 규정하고 있을 뿐, ‘공급받는 자의 상호, 성명, 주소’ 등의 부실기재는 매입세액의 불공제 사유로 규정하고 있지 않다(대법원94누1449, 1995.12.21., 조심2016서2775, 2016.11.11. 참조).
  • 라. 판단 처분청은 쟁점매입세금계산서의 경우 ‘KK유람선’ 명의로 교부받아야 하나 ‘BBB호’ 명의로 교부받았으므로 ‘사실과 다른 매입세금계산서’에 해당하여 매입세액 불공제 대상이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 부가가치세법 제6조제1항 에서 “ 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.”라고 규정하고, 제2항에서는 “제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하면서, 동법 시행령 제8조에서 운수업을 영위하는 개인사업자의 경우 “사업에 관한 업무를 총괄하는 장소”를 사업장의 범위로 규정하고 있다. 또한 사업자는 부가가치세법의 규정에 따라 사업장마다 사업자등록을 신청하여야 하며(부가가치세법 제8조제1항), 동법 시행령 제14조에 따르면 공동사업자의 구성원 또는 출자지분이 변경되는 경우 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경사항 등을 적은 ‘사업자등록 정정신고서’를 관할 세무서장 등에게 제출하여야 하고, 부가가치세법 기본통칙(8-14-1)에서는, “2인 이상의 사업자가 공동사업을 하는 경우 사업자등록신청은 공동사업자 중 1인을 대표자로 하여 대표자명의로 신청하여야 하며, 공동사업자 중 일부의 변경 및 탈퇴, 새로운 공동사업자 추가의 경우에는 사업자등록을 정정하여야 한다.”고 규정하고 있다. 청 구인은 2010.11.12. ‘BBB호’란 상호로 유람선 사업을 운영해 오다가, 2012.4.17.부터 이SN과 함께 공동으로 사업을 영위하고 있으며, 2016.5.18. 청구외 김NN 및 임SN과 함께 4명이 공동으로 새로운 유람선인 쟁점선박을 매입하는 계약을 체결하고, 2016.6.10. 공유자 4명이 공동 소유하는 것으로 소유권이전등기를 경료하였다. 또한 2016.7.4. 처분청에 ‘청구인등 4명’을 공동사업자로 하여 ‘BBB호’와 별도로 ‘KK유람선’ 사업에 대한 사업자등록을 마쳤다. 청구인 등 공동사업자 4인이 ‘KK유람선’에 대한 사업자등록을 하기 전인 2016.6.13. 작성한 ‘공동대표자 지분 변동 및 추가 신고서’를 보면, ‘BBB호’의 공동대표자인 청구인 및 이SN이 쟁점선박을 매입할 때 청구외 임SN과 김NN을 공동사업자로 추가하는데 합의한 것으로 나타나고, 쟁점선박의 운영 수익금 관리 및 분배에 대하여 공동대표자 및 추가공동대표자들의 합의하에 결정하는 것으로 되어 있으며, 국세청 전산자료에는 2016.11.18. 사업자등록이 정정 처리되었음이 확인된다. 또한 청구인이 처분청의 ‘부가가치세 환급금 현장확인’ 당시 처분청에 제출한 소명서를 보면, 추가 공동사업자의 참여로 사업자등록증 변경사항이 발생하였으나 각 선박 수익을 기준으로 이익을 분배하여야 하기 때문에 지분율 변경이 곤란하여 부득이 새로 사업자등록 하였다는 사실이 확인되고, 청구인의 ‘BBB호’ 관련 유선사업면허는 2016.6.23. 쟁점선박 운행 면허가 추가되는 것으로 갱신되었으며, 2016.6.11.부터 2016.6.30.까지 발생한 쟁점선박 운항수입에 대하여 ‘BBB호’ 수입금액에 포함하여 부가가치세를 신고한 것으로 확인된다. 위와 같은 법령 및 사실관계로 볼 때, 쟁점매입세액의 경우 청구인이 처음부터 ‘BBB호’의 공동사업자 변경내용에 대한 사업자등록 사항을 정정하거나, ‘KK유람선’을 등록하여 해당 사업자등록번호로 쟁점세금계산서를 수취하였다면 정상적으로 공제될 매입세액에 해당하는바 쟁점선박 매입 당시 4인 공동의 별도 사업자등록을 하지 않고 ‘BBB호’ 사업자등록번호로 쟁점세금계산서를 수취한 것은 ‘BBB호’ 사업을 ‘2인 공동사업’에서 ‘4인 공동사업’으로 변경하기로 하였기 때문인 것으로 보이고, 처분청에서도 2016.11.18. ‘BBB호’의 사업자등록 정정신고를 정상적으로 접수⋅처리하였는바 비록 청구인이 즉시 사업자등록 정정신고를 하지 못한 잘못은 있다 하더라도 쟁점세금계산서 발행 당시 ‘BBB호’의 공동사업자는 ‘청구인 등 4명’으로 변경되었다고 보는 것이 타당하다고 판단된다(조심2010중3061, 2011.09.05. 참조). 사업 자가 사업규모를 확장할 목적으로 취득한 사업용 자산에 대하여 기존사업장 명의로 세금계산서를 교부받을 경우 기존사업자의 매출세액에서 공제할 수 있는바(조심2010부3766, 2011.4.14., 과세기준자문-법규과-648, 2013.6.4. 참조) 청구인의 쟁점선박 취득은 공동사업자 변경에 따른 사업의 확장에 해당하여 쟁점매입세액은 청구인의 기존사업자인 ‘BBB호’ 매출에서 공제할 수 있다고 할 것이다. 한편, 부가가치세법 제38조제1항제1호 에서 ‘공제하는 매입세액’으로 규정하고 있는 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’은 동일한 사업장 내에서 그 사업장의 사업상 필요에 의하여 사용되었거나 사용될 재화 등의 공급에 대한 세액을 의미하는 것인바(대법원2005두14608, 2006.01.26. 같은 뜻), 청구인은 쟁점선박 매입 후인 2016.6.11.부터 2016.6.30.까지 쟁점선박 운항수입에 대하여 ‘BBB호’ 명의로 부가가치세를 신고하였으며, 유람선 사업을 영위하는 사업자로서 쟁점선박 취득 당시 부가가치세법 시행령 제8조 에 의한 ‘KK유람선’의 ‘사업 총괄 장소’는 ‘BBB호’와 동일하여, 동일 사업장의 사업상 필요에 의하여 취득한 것이므로 쟁점매입세액은 ‘자기의 사업을 위하여 공급받은 매입세액’으로서 공제 가능한 매입세액이라고 판단된다. 그렇다면 처분청이 쟁점세금계산서에 대하여 ‘공급받는 자를 사실과 다르게 기재한 것’으로 보아 ‘사실과 다른 세금계산서’로 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이라고 판단된다. ※ 청구인이 2016.7.4. 별도 사업자등록한 ‘KK유람선’ 사업자로 쟁점선박을 이전한 것이 ‘사업의 포괄적 양도양수’ 등에 해당하는지는 별론으로 함
5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)