2. 과세표준의 안분계산
4) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】
① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. <신설 2015.12.15>
1. 청구인이 쟁점건물의 신축과 처분상황에 대한 주장을 다음과 같이 하고 있으며, 처분청도 이에 대한 다툼은 없다.
- 가) 쟁점건물 신축배경 청구인은 2002.10월 모텔신축 목적으로 720백만원에 쟁점건물이 소재한 토지를 취득하였으며, 취득당시부터 2010년까지 8년간 천안시청의 토지사용에 대한 규제로 인하여 개발 및 신축이 지연되었고, 2010년 토지규제가 해제 되었으나, 인근주민들의 민원제기로 모텔신축사업에 차질이 발생하게 되었다. 이에 따라, 보유기간동안 누적적으로 발생된 금융비용과 채무가 부담되어 빠른 매각을 통하여 투자자금을 회수하고자 고시원형태의 원룸형오피스텔을 신축판매하는 것으로 사업계획을 변경하였다. 신축비용 절감을 위하여 지인이 있는 ㈜00종합건설과 쟁점건물 신축을 진행하게 되었다(타 건설사 견적비용 18억원 대비 15억원 계약)
- 나) 쟁점건물 신축 진행상황 ㈜00종합건설의 쟁점건물 신축과정에서 소방검열 시정작업 등으로 공시기간이 지연되어 2011.3.14. 착공한 공사가 2011.11.23.에야 완공하기에 이르렀고, 공사기간 지연에 따른 피해는 오로지 청구인이 감수해야만 했고, 완공이후 여러 하자가 발생하여 대규모 수선이 필요한 상태였다.
- 다) ㈜00종합건설과의 소송진행 쟁점건물 신축후 2011.10.12.부터 매일경제신문에 매매광고를 3회 게재하였으나 매매가 성사되지 않아 일시적인 임대를 개시하였고, 인테리어 마감재와 부실시공으로 2012.6월경이 되어서 시세보다 저렴한 조건으로 임대를 개시하였다. ㈜00종합건설에 미지급된 잔금지급을 조건으로 하자보수를 지속적으로 요구하였으나, 하자보수가 이루어지지 아니하였고 공사계약서상의 약정된 하자보수기간 1년이 도래하자 ㈜00종합건설은 청구인에게 공사대금반환 소송을 제기하였고, 동시에 청구인의 개인주택을 포함한 소유재산에 가압류를 신청하게 되었다. 이에 청구인이 공사대금을 쟁점건물로 대물변제하고자 하였으나, ㈜00종합건설이 쟁점건물 인수마저 거절하여 임대보증금으로도 공사대금을 지급하기 어려운 실정이었다.
- 라) 쟁점건물의 처분 청구인은 ㈜00종합건설로부터 제기받은 소송과 가압류 등 채무변제에 대한 부담감 등으로 쟁점건물을 빨리 매각하고자 하였고, 5년여 만에 나타난 매수자 ㈜00종합건설과의 매매협상시 하자건물임을 감안하여 쟁점건물의 매매가액을 제대로 평가받지 못하고 낮은 매매가액으로 2015.8.31. 매도계약한 것이다. 매수자와 매매협상 과정에서 부실시공된 쟁점건물은 추후 이 지역이 재건축 가능성이 높은 지역이기 때문에, 전체 매매가격 중 건물가액의 상당부분을 토지가액에 포함시킴에 따라 상대적으로 건물가액이 낮게 책정되게 되었고, 결국, 청구인과 ㈜00종합건설은 매매계약서상에 총매매대금을 2,620백만원으로 하고 그 중 쟁점건물 공급가액은 700백만원, 토지가격은 1,920백만원으로 매매계약을 체결한 후 쟁점건물 부분에 대하여 세금계산서를 발행하였다.
2. 처분청 부가가치세 환급 현지확인 복명서
- 가) 현장확인 사유 처분청은 2016.2월 청구인이 쟁점건물 신축과 관련하여 환급받은 2011년 부가가치세 170백만원에 대하여, 쟁점건물 신축후 주거용 시설로 임대한 면세전용 여부에 대하여 현장확인을 실시하였다.
- 나) 현장확인 내용 건축물대장에는 2~4층은 고시원, 5~6층은 오피스텔로 되어있으나, 현장확인 결과, 원룸형태의 주거용 시설로 확인되었고, 쟁점건물 인수한 (주)00종합건설은 쟁점건물 임대를 주택임대 면세업으로 신고하고 있다. 면세전용 여부에 대하여는 청구인이 당초 상업용 건물을 신축하여 매매하려는 신축매매업자임을 인정하여 일시적인 임대행위로 보아 면세전용한 것으로 판단하지 않았다.
- 다) 양도가액 적정여부에 대한 검토 쟁점건물 취득․양도당시 매매가액 및 기준시가는 아래와 같다. 양도시 건물 매매가액이 기준시가 및 공사원가 대비 현저히 낮고(48.7%, 46.7%) 토지 매매가액은 ㎡당 3,629천원으로 주변시세 대비 현저히 높은 가액으로, 토지·건물의 개별가격이 당사자간의 임의 산정가액에 불과하므로 기준시가로 안분하여 건물과세표준을 산정함이 타당하다. 건물분 과세표준: * 건물과세표준은 경정시 건물기준시가 용도지수를 오피스텔에서 실제 용도인 주택으로 하여 기준시가 재산정하여 1,696백만원으로 경정함
3. 쟁점건물 부동산매매계약서 제출된 쟁점건물 부동산매매계약서는 매도인, 매수인, 중개업자 3자간에 2015.8.31. 작성되었으며, 매매대금은 2,620백만원으로 기재되어 있고, 특약사항에 대출금 승계내용과 토지대금은 1,920백만원으로 계산서를 발행하고, 건물대금은 700백만원으로 부가세는 별도로 한다고 기재되어 있다.
4. 쟁점건물 양도전 임대현황 임대현황은 53개실 중 공실이 10개실이고, 임대보증금은 1,141백만원, 관리비 포함 임대료는 14백만원으로 확인된다.
5. 쟁점건물 인근 대지 매매사례 국토교통부에서 공시한 실거래가자료를 정리하면 다음과 같다.
6. 조사청 세부주장
- 가) 부가가치세법상 토지와 건물을 함께 공급하는 경우 토지․건물 가액은 실지거래가액으로 하는 것이나, 가액의 구분이 불분명한 경우 감정가액․기준시가에 의해 안분계산한 금액으로 하고 있는바, 현장확인 결과에 따르면, 양도시 건물 매매가액이 기준시가 및 공사원가 대비 현저히 낮고, 건물신축 당시 토지기준시가는 ㎡당 1,060천원(2011년), 양도시 기준시가는 ㎡당 1,138천원(2015년)으로 특별한 개발호재에 따른 지가 상승 요인도 없고, 인터넷상 등에서 조회되는 주변시세 또한 1,600천원～1,900천원으로 탐문 되고 있는바, 계약서상 토지가액이 주변시세 및 기준시가 대비 현저히 높은 것으로 판단된다.
- 나) 청구인은 하자로 인하여 건물가액이 현저히 떨어진다고 보아 건물가액을 7억원으로 결정하였으나, 이는 신축가액 대비 965백만원 감액된 금액으로, 현지확인 당시 매수인이 제출한 임대현황을 보면 쟁점건물은 지상 2∼7층 총 53개실 원·투룸으로 5개 공실 외 총 보증금 1,141백만원, 총 월세 14백만원에 정상적으로 임대사업에 사용하고 있는 사실에 비추어, 청구인이 제출한 하자보고서상 하자로 인하여 객관적으로 건물의 가치가 그만큼 현저하게 하락하였다고 볼 수 없고, 쟁점건물을 주변시세 보다 현저히 낮게 책정하였다면 전체 거래가액이 낮아졌어야 하나 그러하지 않은 사실로 보아 매매계약서상 건물가액은 이례적으로 현저히 낮게 책정되었다.
- 다) 일반적으로 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 일괄하여 공급가액을 정하는 경우 각각의 가액을 구분하는 경우는 많지 않은 경우가 대부분으로‚ 이를 구분하여 공급가액을 정하는 경우에도 객관적인 가격산출이 이루어져야 당사자간에 합의된 실질거래가액으로 인정되는바, 쟁점건물 매매 계약서상 구분된 가액은 전문 감정평가법인의 감정가액도 아니고 주택임대사업자(면세)인 매수인은 매입세액 불공제 대상으로 건물가액을 임의로 낮게 정해도 전혀 불이익이 없는바, 매매계약서에 기재된 토지·건물 가액은 개별 실질거래가액이 아닌 매매자간에 임의로 기재한 가액에 불과한 것이다.
- 라) 따라서, 계약서상 토지․건물가액은 그 구분이 불분명한 경우에 해당하고, 또한, 계약서상 표시된 가액이 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 국세청 기준시가나 감정평가액에 따라 안분계산한 가액을 공급가액으로 하는 것으로, 당초처분은 정당하다.
7. 청구인 세부주장
- 가) 쟁점건물의 매매계약서상 토지와 건물가액 구분이 명백하므로 그 가액이 불분명한 경우에 해당하지 않는다. 2015.8.31. 작성된 쟁점건물의 매매계약서에는 매매대금을 2,620백만원, 계약금 180백만원, 중도금 310백만원, 잔금 2,130백만원으로 약정하면서, 특약사항에 토지와 건물가액을 분명하게 구분하고 있다. 그리고 위 특약사항에 따라 건물부분 공급가액에 대하여 세금계산서도 발행하였다.
- 나) 처분청에서는 기준시가 대비 토지‧건물 구분가액이 차이가 나서 불분명한 것이고, 그러므로 기준시가로 안분하여 구분된 가액을 쟁점건물의 매매가액으로 보아야한다는 것은 법리를 오해한 것이다. 토지와 건물을 일괄양도함에 있어서 부가가치세법 제29조 에서는 토지와 건물의 구분이 불분명한 경우 토지와 건물의 기준시가에 의하여 안분할 수 있다는 것이지, 구분된 토지와 건물의 가액이 기준시가로 안분한 가액과 비교하여 차이가 난다고하여 이를 불분명한 경우로 보라는 의미는 아니다. 토지와 건물을 일괄양도하는 경우 구분된 가액이 기준시가에 비하여 30%이상 차이가 나는 경우에 불분명한 경우로 보아 기준시가에 의하여 안분할 수 있도록 규정한 것은 2015.12.15. 신설된 소득세법 제100조 3항 의 규정일 뿐이다.
- 다) 대법원에 따르면 실지거래가액이라 함은 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하며, 원고와 양수인들 사이에서는 결국 매매계약서 내지 세금계산서에 표시된 가액을 위 각 건물의 매매대금으로 삼기로 하는 의사의 합치가 있었다고 할 것이므로，이를 각 건물의 실지거래가액으로 보는 것이 타당하다고 하는 비교적 최근의 대법원 판례가 존재한다. 그리고 전심인 서울행법2012구합36651(2013.4.5.)에서도 “실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하는 것이므로，피고 주장과 같이 ’토지와 건물의 가액 등이 합당하다고 인정되지 않는 경우’를 실지거래가액 중 토지와 건물의 가액이 불분명한 경우라고 볼 수도 없다”고 하여 이건 관련하여 처분청에서 일관되게 주장하는 이른바 ‘기준시가에 비하여 토지와 건물의 구분된 가액이 불합리하다는 것’을 토지와 건물가액이 불분명한 경우로 판단하지 않았다.
- 라) 쟁점건물 가액의 결정은 매도자와 매수자 상호간에 매매가격 협상 과정에서 쟁점건물의 시공상의 하자 등과 매도자의 사정 및 매수자의 의사가 반영되어 결정된 가격이므로 불합리하지도 아니하며, 계약자유의 원칙상 존중되어야 한다. 청구인은 쟁점건물 신축과정에서 시공사의 사후 하자보수 이행을 받지 못한 상태에서 제때 매도하지도 못하고, 청구인이 예상하였던 매도가액이 크게 낮아지는 상황에서 자금난으로 인하여 부득이 쟁점건물을 ㈜00종합건설에 매도할 수밖에 없었다. 쟁점건물의 매수자와의 협상과정에서 쟁점건물의 하자부분이 의외로 비중있게 인식되었고, 매수자 입장에서는 하자있는 건물의 가액보다 미래를 내다보고 토지의 가액에 더 비중을 둔 결과 매매계약서와 같이 토지와 건물가액의 구분으로 합의에 이르게 되었고 본 합의에 의하여 매매계약서가 작성된 것이다.
- 마) 또한, 처분청은 계약서상 토지의 가액이 기준시가에 비하여 지나치게 높고 쟁점건물의 가액이 지나치게 낮다는 점을 들어 불분명한 경우로 판단하고 있으나, 토지의 경우 토지구획정리 시행중이던 쟁점건물의 토지 취득당시(토지구획정리사업 이전) 단위당 공시지가는 @180,000원(구획정리 완료된 2003년 공시지가 @618,000원)이었고, 양도당시인 2015년 단위당 공시지가는 @1,138,000원으로서 무려 7배이상으로 상승한 사실을 감안해보면, 2002.10월 당시 720백만원에 취득한 당해토지를 13년이나 경과한 2015년에 불과 2.7배 남짓한 1,960백만원으로 가격 책정한 사실이 불합리하다고만 볼 수는 없다. 쟁점건물의 경우 수많은 하자로 제값을 받기 어려운 사정이외에도 신축된지 5년이나 경과하였고, 하자로 인하여 공실률이 약 30%수준에 달하는 건물을 감가상각이 반영되지 아니한 신축건물 수준으로 평가되어야 한다고 보는 처분청의 주장은 합리성이 없다. 그리고, 부가가치세법 제66조 에서는 폐업시의 잔존재화를 과세함에 있어서 감가상각자산인 건물의 경우 1년에 10%씩 감가율을 인정하여 5년 경과시에는 50%의 감가율을 인정하고 부가가치세 과세표준으로 산정하도록 하고 있는 점을 고려한다면, 쟁점건물의 매도가액이 신축원가의 50%수준인 7억원으로 책정한 것은 그리 불합리하다고 볼 수도 없다.
- 바) 한편, 민법에서는 기본원칙으로 계약자유의 원칙을 두고 있다. 쟁점건물의 매도가액은 매도자인 청구인과 매수자간에 합치된 의사로서 결정된 것이다. 매수자가 쟁점건물을 취득하면서 궁극적으로 부담하는 것은 부가가치세를 포함한 건물의 매수가격이다. 부가가치세가 필수적으로 수반되는 당해 거래에서 부가가치세의 크기는 쟁점건물을 취득하는 매수자의 입장에서 금전적 부담이 비례적으로 발생하는 중요한 요소이다. 이러한 사정이 반영되어 결정된 쟁점건물의 매도가액이 매도인와 매수인의 자율적인 의지와 무관하게 처분청의 과세권행사 방침에 따라 결정되어야 한다면 이는 계약자유의 원칙을 두고 있는 민법의 기본정신에도 위배된다고 할 것이다.
- 라. 판단 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때라 함은 토지와 건물 등을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라 계약서상 토지의 가액과 건물 등의 가액이 명확하게 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어나 조세회피를 의도하는 것 이외에는 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는바(서울행정법원2012구단22617, 2013.5.8. 참조), 위 법리에 따라 청구인이 쟁점건물 매매계약서에 명백하게 건물과 토지부분의 실거래가액이 구분 기재되어 있음에도 처분청이 이를 불분명한 가액으로 보아 기준시가 안분한 것은 부당하다는 주장에 대하여 살펴본다. 이 건에 있어 쟁점건물 매매계약서는 쟁점건물 매매가액 2,620백만원 중 토지가액 1,920백만원(기준시가 602백만원 대비 319%)과 건물 매매가액 700백만원(기준시가 1,437백만원 대비 49%)으로 구분 기재되어 있어 그 가액이 기준시가 대비 그 차이가 현저하고, 임대보증금이 1,141백만원, 공사원가 15억원인 신축건물을 4년이 지난 후에 7억원으로 평가한 것은 합리적인 구분가액으로 보기는 어려운 점, 또한, 토지 기준시가의 경우 쟁점건물 신축한 2011년 ㎡당 1,060천원에서 양도한 2015년은 ㎡당 1,138천원(107% 상승)으로 특별한 개발호재에 따른 지가 상승요인이 있었다고 보기 어렵고, 실제 거래된 매매사례가액도 평균 ㎡당 1,600천원～1,900천원으로 확인되고 있는 반면, 쟁점건물 매매계약서에 기재된 토지가액은 ㎡당 3,630천원으로 합리적인 가액이 아니라고 보이는 점, 그리고 매수인은 면세 주택임대사업자인 관계로 매입세액 공제가 불필요하고, 청구인은 건물 부가가치세를 적게 부담할 필요에 따라 건물 구분가액을 임의적으로 낮추었다고 보이는 점 등을 고려하면, 청구인 주장과 같이 쟁점건물의 토지‧건물 구분가액을 통상의 거래관행에 따른 합리적인 가액이라 볼 수 없어 그 가액은 불분명하다고 보인다. 따라서 처분청이 쟁점건물의 구분가액을 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분하여 건물분에 대한 부가가치세를 고지‧결정한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.