토지와 건물을 함께 공급받는 경우 그 가액이 불분명한 경우란 지급하는 대금이 아니라 그 실지거래가액이 불분명한 것을 의미함

AAA세무서장이 2015.10.20. 청구인에게 한 2014년 제1기분 부가가치세 9,724,420원의 부과처분은 청구인이 2014.6.30. ㈜BBB개발로부터 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 11,000,000원 전액을 매출세액에서 공제하여 이를 경정합니다.

가. 청구인은 □□ ○○시 42-46번지에 2014.7.16. 사업자등록하여 부동산 임대업을 영위하는 개인사업자이다. 나. 청구인은 위 사업장에 공장건물을 신축하여 이를 임대업에 제공하기 위하여 2014.4.2. 토지 소유자 ㈜BBB개발(비주거용건물 건설업)로부터 토지(공장부지 1,236㎡, 도로 113㎡) 및 건물(공장 223.2㎡)(이하 토지와 공장건물을 합쳐 “쟁점 부동산”이라 한다)을 총 691,900천원에 매수(공장건물에 대한 부가가치세 11,000천원 별도)하기 로 부동산매매계약을 체결하였다. 다. 청구인은 공장건물 신축 중 2014.4.4. 계약금 69,000천원, 2014.6.5. 중도금 69,000천원, 합계 138,000천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 ㈜BBB개발에 지급 하고, 공장건물 신축완료 전인 2014.6.30. ㈜BBB개발로부터 공장건물에 대하여 세금계산서 1매(공급가액 110,000천원, 부가가치세 11,000천원, 합계 121,000천원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였으며, 이후 ㈜BBB개발은 2014.10.16. 공장건물의 신축을 완료 하고, 청구인은 2014.10.31. 본인 명의로 토지와 공장건물의 소유권이전 등기를 마쳤다. 라. 위와 관련하여 청구인은 공장건물 신축에 따른 관련 매입세액 11,000천원에 대해 부가가치세 환급신청하였으나, 처분청은 환급현장확인 결과, 공장건물 신축완료 전인 쟁점세금계산서 발행일 현재 선지급한 쟁점금액은 토지 및 공장건물분의 매매대금이 구분되지 아니한 합계금액에 해당한다고 보아 2015.10.20. 쟁점금액에 총 매매대금 중 공장건물분 공급대가가 차지하는 비율을 곱하여 산정한 매입세액만을 매출세액에서 공제하고 관련 가산세를 차감하여 1,275,580원만 환급하고 나머지 9,724,420원의 환급을 거부하였다. 마. 청구인은 이에 불복하여 2016.1.6. 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점세금계산서 발급일 현재 공장건물대금이 확정되었고, 공장건물신축대금을 이미 지급한 상태에서 거래품목을 ‘공장건물’로 하여 청구인이 수취한 쟁점세금 계산서의 매입세액은 전액 매출세액에서 공제되어야 한다.

쟁점금액은 토지 및 공장건물분의 매매대금이 구분되지 아니한 합계금액으로 토지 및 공장건물분의 매매대금이 차지하는 비율로 안분하여 토지 매매대금 분에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 불공제되어야 한다.

• 가. 쟁점 쟁점금액은 토지와 공장건물대금이 합쳐진 것으로 보아 토지대금에 상당한 매입 세액은 불공제하는 것인지, 쟁점금액 중 쟁점세금계산서상 해당금액은 전부 공장 건물 대금으로 보아 전액 매입세액 공제하는 것인지 여부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】 [2014.1.1. -12167호] 일부 개정

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

2) 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】 [2014.1.1.-12167호] 일부 개정

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 2-1) 부가가치세법 시행령 제80조 【토지에 관련된 매입세액】 [2014.2.21.-25196호] 일부 개정 법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액 3) 부가가치세법 제29조 【과세표준】

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지 거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 3-1) 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 [2014.2.21.-25196호] 일부 개정 법 제29조제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조 에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정 평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정 평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가 가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 4) 부가가치세법 제34조 【세금계산서 발급시기】 [2014.1.1.-12167호] 일부 개정

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

• 다. 사실관계 등

1. 쟁점부동산 매매계약서 내용 청구인이 제출한 쟁점부동산 매매계약서에 의하면, 매매목적물은 토지와 공장건물이며, 계약체결 당시 공장건물은 없었던 상태로 건설업자인 ㈜BBB개발이 신축하여 매매하기로 한 것으로 나타난다. 또한, 매매계약서는 당초 청구인의 배우자 명의로 계약이 체결되었다가 이후 청구인 명의로 변경되었으며, 당초 계약서에는 ‘건물에 대한 부가세 별도’, 변경 계약서에는 ‘건물에 대한 부가가치세(11,000천원) 별도’가 특약사항에 기재되어 있다. 위와 관련한 쟁점부동산에 대한 매매계약서의 주요 기재내용은 다음과 같다. < 쟁점부동산 매매계약서 주요 기재내용 > (단위: 천원) 구분 당초 계약서 변경 계약서 매수인 CCC(배우자) 청구인 총 매매대금 691,900 691,900 *1) 계약일자 및 계약금 2014.4.2. 69,000 2014.9.10. 138,000 중도금일자 및 중도금 공사착공시 69,000

• 잔금일자 및 잔금 2014.8.31 553,900 2014.10.31 553,900 특약사항 건물에 대한 부가세는 별도 건물에 대한 부가가치세(11,000천원) 별도 *1) 부가가치세 11,000천원을 포함한 총 매매대금은 702,900천원임

2. 청구인의 쟁점세금계산서 수취내역 및 경위 청구인이 제출한 쟁점세금계산서 사본에 의하면, 작성일자는 쟁점부동산 매매계약서 변경 계약일자인 2014.9.10.보다 빠른 2014.6.30., 공급받는 자를 청구인으로 하여 주민등록번호로 발급되었으며, 품목은 공장건물, 공급가액은 110,000천원, 부가가치세는 11,000천원(공급대가 121,000천원)으로 나타 나며, 쟁점세금계산서상 부가가치세는 쟁점부동산 매매계약서상 부가가치세와 같은 것으로 나타난다. 청구인이 제출한 2015.12.23.자 ㈜BBB 개발의 확인서에 의하면, ㈜BBB 개발은 청구인의 쟁점세금계산서의 수취경위에 대하여 “2014.4.2. CCC (매수인 청구인의 대리인)과 공장신축매각계약을 체결하면서 총 매매대금을 691,900천원으로 합의해 결정하고, 계약금으로 69,000천원, 중도금으로 69,000천원을 지급하기로 약정하였고, 중도금을 그렇게 정한 이유는 건축비로 부 가가 치세를 포함하여 135,000천원에서 140,000천원으로 추정하였기 때문이었다. 계약금과 중도금 138,000천원은 약정대로 2014.4.4. 및 2014.6.5. 수령하였고, 부가가치세를 포함한 건축비를 6월말쯤에 121,000천원으로 확정하여 2014.6.30.자 로 세금계산서를 발행하였다. 발행된 세금계산서는 정상적으로 부가가치세 신고가 이루어졌고 해당 부가가치세에 대해서도 완납되었다.”로 나타난다. 한편, 국세통합 전산망에 의하면, ㈜BBB개발은 청구인에게 발행한 쟁점세금계산서에 대해 세금계산서합계표를 제출한 내역이 확인된다. 3) 쟁점부동산 매매대금 지급내역과 쟁점세금계산서상 부가가치세 등 금액 청구인이 제출한 청구인 명의 우리은행 계좌(731-***-101) 등에 의하면, 청구인은 ㈜BBB개발에 다음과 같이 쟁점부동산 매매대금으로 총 702,900천원을 지급한 것으로 나타나며, 총 매매대금 지급액 702,900천원은 총 매매대금 691,900천원과 공장건물에 대한 부가가치세 11,000천원의 합계금액으로서 총 매매대금 지급액 702,900천원 중 121,000천원은 쟁점세금 계산서상 공장건물에 대한 공급가액 110,000천원과 부가 가치세 11,000천원을 합한 금액으로 계산되고, 공장건물 완성 전에 수취한 것으로 나타난다. < 총 매매대금 지급액 등 > (단위: 천원) 분기 일자 총 매매대금 지급액 쟁점세금계산서 관련 대금지급액 합계 702,900 121,000 2014년 제1기 소계 138,000 121,000 2014.04.04 69,000 (계약금) 2014.06.05 69,000 (중도금) 2014.06.30 121,000 (공장건물) 2014년 제2기 소계 564,900 2014.09.10 등기원인일 (매매) 1) 2014.10.16 준공일 2) 2014.10.31 464,390 (잔금 일부) 2014.11.01 100,000 (잔금 일부) 2014.11.03 510 (잔금 일부) *1) 쟁점부동산의 공장건물에 대하여 등기사항 전부 증명서에 의하면,

• 청구인은 2014.10.31. ㈜BBB개발의 명의로 소유권보존등기된 공장건물을 2014.9.10.자 매매를 원인으로 2014.10.31. 청구인 명의로 소유권이전등기함 *2) 청구인이 이 건 심사청구이유에서 기재한 내용에 의하면, 공장건물은 2014.1 0.16. 공사완료한 것으로 나타남

4. 처분청의 쟁점세금계산서에 대한 매입세액 공제액 이 건 처분청의 부가가치세 경정결의서 및 공장건물분 환급 적정여부 검토내용에 의하면, 처분청은 “매매대금이 지급된 사실에 비추어 선발행 세금계산서를 검토한바, 최초 계약금 지급 후 87일 후, 중도금 지급 후 25일 후 세금계산서가 발행되었으며, 이에 대한 거래당사자 간 청구시기와 지급시기를 구분한 내용이 어디에도 확인되지 아니하며, 사회통념상 선 지급한 대금은 토지와 건물분이 구분되지 아니한 하나의 단위로 보아야할 것이므로, 매입세액 공제 인정 가능한 건물분은 총 계약금액에서 토지, 건물분을 안분하여 아래와 같이 계산하는 것이 옳다고 판단되며, 이에 매입세액 8,841천원을 불공제하고 초과환급신고 불성실 가산세 1 0%인 884천원을 차감한 뒤 매입세액 1,275천원에 대하여 개별 환급결정처리함 ” 으로 나타난다. 또한, 처분청이 산정한 이 건 매입세액 11,000천원 중 공제가능세액은 ‘선 지급금액 × 공장건물분 공급대가 / 총 공사금액’으로 계산한 2,159원 으로 나타난다. 23,755(공급가액 21,596, 세액 2,159) = 138,000천원 × 121,000천원 / 702,900천원

• 라. 판단 살피건대,부가가치세법제26조제1항제1호는 “토지의 공급에 대하여는 부가 가치세를 면제한다”로, 같은 법제39조제1항제7호는 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”로, 같은 법제29조제9항은 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다”로 규정하고 있다. 이 건의 경우, 청구인이 제출한 쟁점부동산에 대한 매매계약서에 의하면, 매매목적물은 토지와 공장건물이며, 쟁점부동산에 대한 당초 및 변경계약서를 종합하면, ‘건물에 대한 부가가치세(11,000천원) 별도’의 특약사항이 기재되어 있어, 부가가치세를 제외한 총 매매대금 691,900천원 중 공장건물의 실지거래 가액은 110,0000천원으로, 토지의 실지거래가액은 581,900천원으로 계산 되어 토지와 공장건물의 실지거래가액이 구분되는 점, 쟁점세금계산서상 공장건물의 공급가액은 110,000천원, 부가가치세는 11,000천원으로 총 공급대가는 121,000천원인바, 쟁점세금계산서상 부가가치세는 쟁점 부동산 매매계약서상 부가가치세 11,0000천원과 같은 금액으로 나타나고 있어 쟁점세금계산서가 공장건물의 실지거래가액과 다르게 발급되지도 않은 점, 청구인이 제출한 쟁점세금계산서 사본에 의하면, 청구인은 공장건물 신축 완료 전에 쟁점금액을 선 지급하고 쟁점부동산 매매계약서 변경 계약일자인 2014.9.10. 보다 앞선 2014.6.30.자로 공급받는 자를 청구인으로 하여 주민등록번호로 쟁점 세 금계산서를 발급받았던바, 청구인이 선 지급한 쟁점금액 중 121,000천원(부가 가치세 11,000천원 포함)은 실지거래가액으로 분명히 확인되는 부가가치세 과세 대 상인 공 장건물의 대금으로서 부가가치세 면제대상인 토지와 관련도 없 는 대금인 점 등 이상의 관련법령과 사실관계를 종합하면, 청구인이 공장건물 신축이 완료되기 전에 매매대금조로 선 지급한 쟁점금액이 토지와 공장건물분으로 구분되지 않는다고 하여 처분청이 쟁점세금계산서상 매입세액 중 토지 관련 매입세액 으로 산정한 8,841천원을 불공제하고, 관련 가산세 884천원을 차감한 후 매입세액 1,275천원만 환급한 처분은 토지와 공장건물의 대금으로 함께 선 지급한 쟁점금액이 토지와 공장 건물의 대금으로 구분되지 않는 경우가 아니라, 토지와 공장건물을 함께 공급하는 경우 토지의 실지거래가액과 공장건물의 실지거래가액이 구분되지 않는 경우에 적용 되는부가가치세법제29조제9항 단서의 법리를 오해한 잘못이 있다고 판단된다(심사부가2004-0025, 2004.5.25. 같은 뜻).

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로국세기본법제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.